Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0307
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0307, 706 aa
  1>>>pF1KSDA0307 706 - 706 aa - 706 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5652+/-0.00106; mu= 0.2509+/- 0.063
 mean_var=202.6589+/-42.590, 0's: 0 Z-trim(110.1): 54  B-trim: 297 in 1/51
 Lambda= 0.090093
 statistics sampled from 11320 (11364) to 11320 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.699), E-opt: 0.2 (0.349), width:  16
 Scan time:  3.400

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS32307.1 ARNT2 gene_id:9915|Hs108|chr15         ( 717) 4760 631.8 1.1e-180
CCDS971.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1              ( 774) 2156 293.3 8.8e-79
CCDS65642.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1            ( 787) 2156 293.3   9e-79
CCDS970.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1              ( 789) 2149 292.4 1.7e-78
CCDS65641.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1            ( 775) 2105 286.7 8.8e-77
CCDS76387.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11          ( 583) 1095 155.4 2.3e-37
CCDS73259.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11          ( 626) 1095 155.4 2.4e-37
CCDS44543.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11          ( 582) 1081 153.6   8e-37
CCDS31430.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11          ( 625) 1081 153.6 8.5e-37
CCDS58222.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12       ( 540)  595 90.4 7.7e-18
CCDS58220.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12       ( 588)  595 90.4 8.3e-18
CCDS58221.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12       ( 599)  595 90.4 8.5e-18
CCDS8712.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12        ( 636)  594 90.3 9.8e-18
CCDS58219.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12       ( 622)  585 89.1 2.2e-17


>>CCDS32307.1 ARNT2 gene_id:9915|Hs108|chr15              (717 aa)
 initn: 4760 init1: 4760 opt: 4760  Z-score: 3357.5  bits: 631.8 E(32554): 1.1e-180
Smith-Waterman score: 4760; 99.7% identity (100.0% similar) in 706 aa overlap (1-706:12-717)

                          10        20        30        40         
pF1KSD            MASDIPGSVTLPVAPMAATGQVRMAGAMPARGGKRRSGMDFDDEDGEGP
                  :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MATPAAVNPPEMASDIPGSVTLPVAPMAATGQVRMAGAMPARGGKRRSGMDFDDEDGEGP
               10        20        30        40        50        60

      50        60        70        80        90       100         
pF1KSD SKFSRENHSEIERRKRNKMTQYITELSDMVPTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSMRGTG
       ::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 SKFSRENHSEIERRRRNKMTQYITELSDMVPTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSMRGTG
               70        80        90       100       110       120

     110       120       130       140       150       160         
pF1KSD NKSTDGAYKPSFLTEQELKHLILEAADGFLFVVAAETGRVIYVSDSVTPVLNQPQSEWFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 NKSTDGAYKPSFLTEQELKHLILEAADGFLFVVAAETGRVIYVSDSVTPVLNQPQSEWFG
              130       140       150       160       170       180

     170       180       190       200       210       220         
pF1KSD STLYEQVHPDDVEKLREQLCTSENSMTGRILDLKTGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 STLYEQVHPDDVEKLREQLCTSENSMTGRILDLKTGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICR
              190       200       210       220       230       240

     230       240       250       260       270       280         
pF1KSD MRCGNAPLDHLPLNRITTMRKRFRNGLGPVKEGEAQYAVVHCTGYIKAWPPAGMTIPEED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MRCGNAPLDHLPLNRITTMRKRFRNGLGPVKEGEAQYAVVHCTGYIKAWPPAGMTIPEED
              250       260       270       280       290       300

     290       300       310       320       330       340         
pF1KSD ADVGQGSKYCLVAIGRLQVTSSPVCMDMNGMSVPTEFLSRHNSDGIITFVDPRCISVIGY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ADVGQGSKYCLVAIGRLQVTSSPVCMDMNGMSVPTEFLSRHNSDGIITFVDPRCISVIGY
              310       320       330       340       350       360

     350       360       370       380       390       400         
pF1KSD QPQDLLGKDILEFCHPEDQSHLRESFQQVVKLKGQVLSVMYRFRTKNREWMLIRTSSFTF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QPQDLLGKDILEFCHPEDQSHLRESFQQVVKLKGQVLSVMYRFRTKNREWMLIRTSSFTF
              370       380       390       400       410       420

     410       420       430       440       450       460         
pF1KSD QNPYSDEIEYIICTNTNVKQLQQQQAELEVHQRDGLSSYDLSQVPVPNLPAGVHEAGKSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QNPYSDEIEYIICTNTNVKQLQQQQAELEVHQRDGLSSYDLSQVPVPNLPAGVHEAGKSV
              430       440       450       460       470       480

     470       480       490       500       510       520         
pF1KSD EKADAIFSQERDPRFAEMFAGISASEKKMMSSASAAGTQQIYSQGSPFPSGHSGKAFSSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EKADAIFSQERDPRFAEMFAGISASEKKMMSSASAAGTQQIYSQGSPFPSGHSGKAFSSS
              490       500       510       520       530       540

     530       540       550       560       570       580         
pF1KSD VVHVPGVNDIQSSSSTGQNMSQISRQLNQSQVAWTGSRPPFPGQQIPSQSSKTQSSPFGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VVHVPGVNDIQSSSSTGQNMSQISRQLNQSQVAWTGSRPPFPGQQIPSQSSKTQSSPFGI
              550       560       570       580       590       600

     590       600       610       620       630       640         
pF1KSD GTSHTYPADPSSYSPLSSPATSSPSGNAYSSLANRTPGFAESGQSSGQFQGRPSEVWSQW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GTSHTYPADPSSYSPLSSPATSSPSGNAYSSLANRTPGFAESGQSSGQFQGRPSEVWSQW
              610       620       630       640       650       660

     650       660       670       680       690       700      
pF1KSD QSQHHGQQSGEQHSHQQPSQTEVFQDMLPMPGDPTQGTGNYNIEDFADLGMFPPFSE
       ::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QSQHHGQQSGEQHSHQQPGQTEVFQDMLPMPGDPTQGTGNYNIEDFADLGMFPPFSE
              670       680       690       700       710       

>>CCDS971.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1                   (774 aa)
 initn: 2396 init1: 2153 opt: 2156  Z-score: 1527.8  bits: 293.3 E(32554): 8.8e-79
Smith-Waterman score: 2832; 59.8% identity (78.5% similar) in 763 aa overlap (1-689:10-760)

                        10        20            30        40       
pF1KSD          MASDIPGSVTLPVAPMAATGQ----VRMAGAMPARGGKRRSGMDFDDEDGE
                :.::.:.     ..:  :.:.    .. .::.  :. ::: :.:::: :::
CCDS97 MAATTANPEMTSDVPS-----LGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDD-DGE
               10             20        30        40        50     

        50                       60        70        80        90  
pF1KSD GPSKF---------------SRENHSEIERRKRNKMTQYITELSDMVPTCSALARKPDKL
       : :::               .::::::::::.::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS97 GNSKFLRCDDDQMSNDKERFARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCSALARKPDKL
           60        70        80        90       100       110    

            100       110       120       130       140       150  
pF1KSD TILRMAVSHMKSMRGTGNKSTDGAYKPSFLTEQELKHLILEAADGFLFVVAAETGRVIYV
       ::::::::::::.::::: ::::.:::::::.::::::::::::::::.:. :::::.::
CCDS97 TILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIVSCETGRVVYV
          120       130       140       150       160       170    

            160       170       180       190       200       210  
pF1KSD SDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYEQVHPDDVEKLREQLCTSENSMTGRILDLKTGTVKKEGQ
       :::::::::::::::::::::.:::::::.:::::: ::::..:::::::::::::::::
CCDS97 SDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRILDLKTGTVKKEGQ
          180       190       200       210       220       230    

            220       230       240       250       260       270  
pF1KSD QSSMRMCMGSRRSFICRMRCGNAPLDHLPLNRITTMRKRFRNGLGPVKEGEAQYAVVHCT
       :::::::::::::::::::::.. .: . .::.. .:.: ::::: ::.:: ...:::::
CCDS97 QSSMRMCMGSRRSFICRMRCGSSSVDPVSVNRLSFVRNRCRNGLGSVKDGEPHFVVVHCT
          240       250       260       270       280       290    

            280       290       300       310       320       330  
pF1KSD GYIKAWPPAGMTIPEEDADVGQGSKYCLVAIGRLQVTSSPVCMDMNGMSVPTEFLSRHNS
       ::::::::::...:..: ..:::::.:::::::::::::: : ::...  ::::.:::: 
CCDS97 GYIKAWPPAGVSLPDDDPEAGQGSKFCLVAIGRLQVTSSPNCTDMSNVCQPTEFISRHNI
          300       310       320       330       340       350    

            340       350       360       370       380       390  
pF1KSD DGIITFVDPRCISVIGYQPQDLLGKDILEFCHPEDQSHLRESFQQVVKLKGQVLSVMYRF
       .::.:::: ::....:::::.::::.:.::::::::. ::.::::::::::::::::.::
CCDS97 EGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKGQVLSVMFRF
          360       370       380       390       400       410    

            400       410       420                        430     
pF1KSD RTKNREWMLIRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVK-----------------QL-----
       :.::.::. .::::::::::::::::::::::::::                 ::     
CCDS97 RSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVKNSSQEPRPTLSNTIQRPQLGPTAN
          420       430       440       450       460       470    

                             440       450       460       470     
pF1KSD --------------QQQQAELE-VHQRDGLSSYDLSQVPVPNLPAGVHEAGKSVEKADAI
                     ::::.::. :  ::::.::. :::  :   .:  : .: .::.:..
CCDS97 LPLEMGSGQLAPRQQQQQTELDMVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTTG-PEHSKPLEKSDGL
          480       490       500       510       520        530   

         480       490       500       510        520       530    
pF1KSD FSQERDPRFAEMFAGISASEKKMMSSASAAGTQQIYSQGSPFP-SGHSGKAFSSSVVHVP
       :.:.:::::.:.. .:.:...: .::... .:::..:::. :: . . .. : .: . .:
CCDS97 FAQDRDPRFSEIYHNINADQSKGISSSTVPATQQLFSQGNTFPPTPRPAENFRNSGL-AP
           540       550       560       570       580       590   

          540       550       560           570       580          
pF1KSD GVNDIQSSSSTGQNMSQISRQLNQSQVA---WTGS-RPPFPGQQIPSQSS-KTQSSPFGI
        :. .: :.:.:: ..::::. : .: :   :: . :  : .::. .:.. ::..: ::.
CCDS97 PVTIVQPSASAGQMLAQISRHSNPTQGATPTWTPTTRSGFSAQQVATQATAKTRTSQFGV
            600       610       620       630       640       650  

     590       600         610       620        630       640      
pF1KSD GTSHTYPADPSSYSPLSSPA--TSSPSGNAYSSLANRTPGFA-ESGQSSGQFQGRPSE--
       :. .:    :::.: .: :.  :.::.. :: ::.::  .:: :.::..:::: : .:  
CCDS97 GSFQT----PSSFSSMSLPGAPTASPGAAAYPSLTNRGSNFAPETGQTAGQFQTRTAEGV
                660       670       680       690       700        

           650         660           670       680       690       
pF1KSD -VWSQWQSQ--HHGQQSGEQHSHQ----QPSQTEVFQDMLPMPGDPTQGTGNYNIEDFAD
        :: :::.:  :: ..:.::: .:    ::.: ::::.:: : :: ... .:        
CCDS97 GVWPQWQGQQPHHRSSSSEQHVQQPPAQQPGQPEVFQEMLSMLGDQSNSYNNEEFPDLTM
      710       720       730       740       750       760        

       700      
pF1KSD LGMFPPFSE
                
CCDS97 FPPFSE   
      770       

>>CCDS65642.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1                 (787 aa)
 initn: 2332 init1: 2143 opt: 2156  Z-score: 1527.7  bits: 293.3 E(32554): 9e-79
Smith-Waterman score: 2798; 58.6% identity (76.9% similar) in 778 aa overlap (1-689:10-773)

                        10        20            30        40       
pF1KSD          MASDIPGSVTLPVAPMAATGQ----VRMAGAMPARGGKRRSGMDFDDEDGE
                :.::.:.     ..:  :.:.    .. .::.  :. ::: :.:::: :::
CCDS65 MAATTANPEMTSDVPS-----LGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDD-DGE
               10             20        30        40        50     

        50                                      60        70       
pF1KSD GPSKF------------------------------SRENHSEIERRKRNKMTQYITELSD
       : :::                              .::::::::::.::::: :::::::
CCDS65 GNSKFLRCDDDQMSNDKERFARSDDEQSSADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYITELSD
           60        70        80        90       100       110    

        80        90       100       110       120       130       
pF1KSD MVPTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSMRGTGNKSTDGAYKPSFLTEQELKHLILEAADG
       :::::::::::::::::::::::::::.::::: ::::.:::::::.:::::::::::::
CCDS65 MVPTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADG
          120       130       140       150       160       170    

       140       150       160       170       180       190       
pF1KSD FLFVVAAETGRVIYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYEQVHPDDVEKLREQLCTSENSMTG
       :::.:. :::::.:::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::: ::::..::
CCDS65 FLFIVSCETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTG
          180       190       200       210       220       230    

       200       210       220       230       240       250       
pF1KSD RILDLKTGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGNAPLDHLPLNRITTMRKRFRNGLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.. .: . .::.. .:.: :::::
CCDS65 RILDLKTGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGSSSVDPVSVNRLSFVRNRCRNGLG
          240       250       260       270       280       290    

       260       270       280       290       300       310       
pF1KSD PVKEGEAQYAVVHCTGYIKAWPPAGMTIPEEDADVGQGSKYCLVAIGRLQVTSSPVCMDM
        ::.:: ...:::::::::::::::...:..: ..:::::.:::::::::::::: : ::
CCDS65 SVKDGEPHFVVVHCTGYIKAWPPAGVSLPDDDPEAGQGSKFCLVAIGRLQVTSSPNCTDM
          300       310       320       330       340       350    

       320       330       340       350       360       370       
pF1KSD NGMSVPTEFLSRHNSDGIITFVDPRCISVIGYQPQDLLGKDILEFCHPEDQSHLRESFQQ
       ...  ::::.:::: .::.:::: ::....:::::.::::.:.::::::::. ::.::::
CCDS65 SNVCQPTEFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQ
          360       370       380       390       400       410    

       380       390       400       410       420                 
pF1KSD VVKLKGQVLSVMYRFRTKNREWMLIRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVK---------
       ::::::::::::.:::.::.::. .::::::::::::::::::::::::::         
CCDS65 VVKLKGQVLSVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVKNSSQEPRPT
          420       430       440       450       460       470    

              430                           440       450       460
pF1KSD --------QL-------------------QQQQAELE-VHQRDGLSSYDLSQVPVPNLPA
               ::                   ::::.::. :  ::::.::. :::  :   .
CCDS65 LSNTIQRPQLGPTANLPLEMGSGQLAPRQQQQQTELDMVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTT
          480       490       500       510       520       530    

              470       480       490       500       510          
pF1KSD GVHEAGKSVEKADAIFSQERDPRFAEMFAGISASEKKMMSSASAAGTQQIYSQGSPFP-S
       :  : .: .::.:..:.:.:::::.:.. .:.:...: .::... .:::..:::. :: .
CCDS65 G-PEHSKPLEKSDGLFAQDRDPRFSEIYHNINADQSKGISSSTVPATQQLFSQGNTFPPT
           540       550       560       570       580       590   

     520       530       540       550       560           570     
pF1KSD GHSGKAFSSSVVHVPGVNDIQSSSSTGQNMSQISRQLNQSQVA---WTGS-RPPFPGQQI
        . .. ::.    .: :. .: :.:.:: ..::::. : .: :   :: . :  : .::.
CCDS65 PRPAENFSG---LAPPVTIVQPSASAGQMLAQISRHSNPTQGATPTWTPTTRSGFSAQQV
           600          610       620       630       640       650

         580        590       600         610       620        630 
pF1KSD PSQSS-KTQSSPFGIGTSHTYPADPSSYSPLSSPA--TSSPSGNAYSSLANRTPGFA-ES
        .:.. ::..: ::.:. .:    :::.: .: :.  :.::.. :: ::.::  .:: :.
CCDS65 ATQATAKTRTSQFGVGSFQT----PSSFSSMSLPGAPTASPGAAAYPSLTNRGSNFAPET
              660       670           680       690       700      

             640          650         660           670       680  
pF1KSD GQSSGQFQGRPSE---VWSQWQSQ--HHGQQSGEQHSHQ----QPSQTEVFQDMLPMPGD
       ::..:::: : .:   :: :::.:  :: ..:.::: .:    ::.: ::::.:: : ::
CCDS65 GQTAGQFQTRTAEGVGVWPQWQGQQPHHRSSSSEQHVQQPPAQQPGQPEVFQEMLSMLGD
        710       720       730       740       750       760      

            690       700      
pF1KSD PTQGTGNYNIEDFADLGMFPPFSE
        ... .:                 
CCDS65 QSNSYNNEEFPDLTMFPPFSE   
        770       780          

>>CCDS970.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1                   (789 aa)
 initn: 2386 init1: 2143 opt: 2149  Z-score: 1522.8  bits: 292.4 E(32554): 1.7e-78
Smith-Waterman score: 2802; 58.6% identity (77.0% similar) in 778 aa overlap (1-689:10-775)

                        10        20            30        40       
pF1KSD          MASDIPGSVTLPVAPMAATGQ----VRMAGAMPARGGKRRSGMDFDDEDGE
                :.::.:.     ..:  :.:.    .. .::.  :. ::: :.:::: :::
CCDS97 MAATTANPEMTSDVPS-----LGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDD-DGE
               10             20        30        40        50     

        50                                      60        70       
pF1KSD GPSKF------------------------------SRENHSEIERRKRNKMTQYITELSD
       : :::                              .::::::::::.::::: :::::::
CCDS97 GNSKFLRCDDDQMSNDKERFARSDDEQSSADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYITELSD
           60        70        80        90       100       110    

        80        90       100       110       120       130       
pF1KSD MVPTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSMRGTGNKSTDGAYKPSFLTEQELKHLILEAADG
       :::::::::::::::::::::::::::.::::: ::::.:::::::.:::::::::::::
CCDS97 MVPTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADG
          120       130       140       150       160       170    

       140       150       160       170       180       190       
pF1KSD FLFVVAAETGRVIYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYEQVHPDDVEKLREQLCTSENSMTG
       :::.:. :::::.:::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::: ::::..::
CCDS97 FLFIVSCETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTG
          180       190       200       210       220       230    

       200       210       220       230       240       250       
pF1KSD RILDLKTGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGNAPLDHLPLNRITTMRKRFRNGLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::.. .: . .::.. .:.: :::::
CCDS97 RILDLKTGTVKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGSSSVDPVSVNRLSFVRNRCRNGLG
          240       250       260       270       280       290    

       260       270       280       290       300       310       
pF1KSD PVKEGEAQYAVVHCTGYIKAWPPAGMTIPEEDADVGQGSKYCLVAIGRLQVTSSPVCMDM
        ::.:: ...:::::::::::::::...:..: ..:::::.:::::::::::::: : ::
CCDS97 SVKDGEPHFVVVHCTGYIKAWPPAGVSLPDDDPEAGQGSKFCLVAIGRLQVTSSPNCTDM
          300       310       320       330       340       350    

       320       330       340       350       360       370       
pF1KSD NGMSVPTEFLSRHNSDGIITFVDPRCISVIGYQPQDLLGKDILEFCHPEDQSHLRESFQQ
       ...  ::::.:::: .::.:::: ::....:::::.::::.:.::::::::. ::.::::
CCDS97 SNVCQPTEFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQ
          360       370       380       390       400       410    

       380       390       400       410       420                 
pF1KSD VVKLKGQVLSVMYRFRTKNREWMLIRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVK---------
       ::::::::::::.:::.::.::. .::::::::::::::::::::::::::         
CCDS97 VVKLKGQVLSVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVKNSSQEPRPT
          420       430       440       450       460       470    

              430                           440       450       460
pF1KSD --------QL-------------------QQQQAELE-VHQRDGLSSYDLSQVPVPNLPA
               ::                   ::::.::. :  ::::.::. :::  :   .
CCDS97 LSNTIQRPQLGPTANLPLEMGSGQLAPRQQQQQTELDMVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTT
          480       490       500       510       520       530    

              470       480       490       500       510          
pF1KSD GVHEAGKSVEKADAIFSQERDPRFAEMFAGISASEKKMMSSASAAGTQQIYSQGSPFP-S
       :  : .: .::.:..:.:.:::::.:.. .:.:...: .::... .:::..:::. :: .
CCDS97 G-PEHSKPLEKSDGLFAQDRDPRFSEIYHNINADQSKGISSSTVPATQQLFSQGNTFPPT
           540       550       560       570       580       590   

     520       530       540       550       560           570     
pF1KSD GHSGKAFSSSVVHVPGVNDIQSSSSTGQNMSQISRQLNQSQVA---WTGS-RPPFPGQQI
        . .. : .: . .: :. .: :.:.:: ..::::. : .: :   :: . :  : .::.
CCDS97 PRPAENFRNSGL-APPVTIVQPSASAGQMLAQISRHSNPTQGATPTWTPTTRSGFSAQQV
           600        610       620       630       640       650  

         580        590       600         610       620        630 
pF1KSD PSQSS-KTQSSPFGIGTSHTYPADPSSYSPLSSPA--TSSPSGNAYSSLANRTPGFA-ES
        .:.. ::..: ::.:. .:    :::.: .: :.  :.::.. :: ::.::  .:: :.
CCDS97 ATQATAKTRTSQFGVGSFQT----PSSFSSMSLPGAPTASPGAAAYPSLTNRGSNFAPET
            660       670           680       690       700        

             640          650         660           670       680  
pF1KSD GQSSGQFQGRPSE---VWSQWQSQ--HHGQQSGEQHSHQ----QPSQTEVFQDMLPMPGD
       ::..:::: : .:   :: :::.:  :: ..:.::: .:    ::.: ::::.:: : ::
CCDS97 GQTAGQFQTRTAEGVGVWPQWQGQQPHHRSSSSEQHVQQPPAQQPGQPEVFQEMLSMLGD
      710       720       730       740       750       760        

            690       700      
pF1KSD PTQGTGNYNIEDFADLGMFPPFSE
        ... .:                 
CCDS97 QSNSYNNEEFPDLTMFPPFSE   
      770       780            

>>CCDS65641.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1                 (775 aa)
 initn: 2304 init1: 1340 opt: 2105  Z-score: 1492.0  bits: 286.7 E(32554): 8.8e-77
Smith-Waterman score: 2774; 58.3% identity (76.1% similar) in 786 aa overlap (1-697:1-766)

               10        20            30        40        50      
pF1KSD MASDIPGSVTLPVAPMAATGQ----VRMAGAMPARGGKRRSGMDFDDEDGEGPSKF----
       :.::.:.     ..:  :.:.    .. .::.  :. ::: :.:::: :::: :::    
CCDS65 MTSDVPS-----LGPAIASGNSGPGIQGGGAIVQRAIKRRPGLDFDD-DGEGNSKFLRCD
                    10        20        30        40         50    

                                       60        70        80      
pF1KSD --------------------------SRENHSEIERRKRNKMTQYITELSDMVPTCSALA
                                 .::::::::::.::::: ::::::::::::::::
CCDS65 DDQMSNDKERFARSDDEQSSADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTCSALA
           60        70        80        90       100       110    

         90       100       110       120       130       140      
pF1KSD RKPDKLTILRMAVSHMKSMRGTGNKSTDGAYKPSFLTEQELKHLILEAADGFLFVVAAET
       ::::::::::::::::::.::::: ::::.:::::::.::::::::::::::::.:. ::
CCDS65 RKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIVSCET
          120       130       140       150       160       170    

        150       160       170       180       190       200      
pF1KSD GRVIYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYEQVHPDDVEKLREQLCTSENSMTGRILDLKTGT
       :::.:::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::: ::::..:::::::::::
CCDS65 GRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRILDLKTGT
          180       190       200       210       220       230    

        210       220       230       240       250       260      
pF1KSD VKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGNAPLDHLPLNRITTMRKRFRNGLGPVKEGEAQY
       :::::::::::::::::::::::::::.. .: . .::.. .:.: ::::: ::.:: ..
CCDS65 VKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGSSSVDPVSVNRLSFVRNRCRNGLGSVKDGEPHF
          240       250       260       270       280       290    

        270       280       290       300       310       320      
pF1KSD AVVHCTGYIKAWPPAGMTIPEEDADVGQGSKYCLVAIGRLQVTSSPVCMDMNGMSVPTEF
       .::::::::::::::     ..: ..:::::.:::::::::::::: : ::...  ::::
CCDS65 VVVHCTGYIKAWPPA-----DDDPEAGQGSKFCLVAIGRLQVTSSPNCTDMSNVCQPTEF
          300            310       320       330       340         

        330       340       350       360       370       380      
pF1KSD LSRHNSDGIITFVDPRCISVIGYQPQDLLGKDILEFCHPEDQSHLRESFQQVVKLKGQVL
       .:::: .::.:::: ::....:::::.::::.:.::::::::. ::.:::::::::::::
CCDS65 ISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKGQVL
     350       360       370       380       390       400         

        390       400       410       420                          
pF1KSD SVMYRFRTKNREWMLIRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVK-----------------Q
       :::.:::.::.::. .::::::::::::::::::::::::::                 :
CCDS65 SVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVKNSSQEPRPTLSNTIQRPQ
     410       420       430       440       450       460         

     430                           440       450       460         
pF1KSD L-------------------QQQQAELE-VHQRDGLSSYDLSQVPVPNLPAGVHEAGKSV
       :                   ::::.::. :  ::::.::. :::  :   .:  : .: .
CCDS65 LGPTANLPLEMGSGQLAPRQQQQQTELDMVPGRDGLASYNHSQVVQPVTTTG-PEHSKPL
     470       480       490       500       510       520         

     470       480       490       500       510        520        
pF1KSD EKADAIFSQERDPRFAEMFAGISASEKKMMSSASAAGTQQIYSQGSPFP-SGHSGKAFSS
       ::.:..:.:.:::::.:.. .:.:...: .::... .:::..:::. :: . . .. : .
CCDS65 EKSDGLFAQDRDPRFSEIYHNINADQSKGISSSTVPATQQLFSQGNTFPPTPRPAENFRN
      530       540       550       560       570       580        

      530       540       550       560           570       580    
pF1KSD SVVHVPGVNDIQSSSSTGQNMSQISRQLNQSQVA---WTGS-RPPFPGQQIPSQSS-KTQ
       : . .: :. .: :.:.:: ..::::. : .: :   :: . :  : .::. .:.. ::.
CCDS65 SGL-APPVTIVQPSASAGQMLAQISRHSNPTQGATPTWTPTTRSGFSAQQVATQATAKTR
      590        600       610       620       630       640       

           590       600         610       620        630       640
pF1KSD SSPFGIGTSHTYPADPSSYSPLSSPA--TSSPSGNAYSSLANRTPGFA-ESGQSSGQFQG
       .: ::.:. .:    :::.: .: :.  :.::.. :: ::.::  .:: :.::..:::: 
CCDS65 TSQFGVGSFQT----PSSFSSMSLPGAPTASPGAAAYPSLTNRGSNFAPETGQTAGQFQT
       650           660       670       680       690       700   

                 650         660           670       680       690 
pF1KSD RPSE---VWSQWQSQ--HHGQQSGEQHSHQ----QPSQTEVFQDMLPMPGDPTQGTGNYN
       : .:   :: :::.:  :: ..:.::: .:    ::.: ::::.:: : ::    ...::
CCDS65 RTAEGVGVWPQWQGQQPHHRSSSSEQHVQQPPAQQPGQPEVFQEMLSMLGDQ---SNSYN
           710       720       730       740       750          760

             700      
pF1KSD IEDFADLGMFPPFSE
        :.: :         
CCDS65 NEEFPDLTMFPPFSE
              770     

>>CCDS76387.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11               (583 aa)
 initn: 1090 init1: 582 opt: 1095  Z-score: 784.4  bits: 155.4 E(32554): 2.3e-37
Smith-Waterman score: 1117; 36.7% identity (65.3% similar) in 539 aa overlap (40-548:10-533)

      10        20        30        40               50        60  
pF1KSD TLPVAPMAATGQVRMAGAMPARGGKRRSGMDFDDEDG-------EGPSKFSRENHSEIER
                                     : ::  :       .:  : .:: ::.::.
CCDS76                      MINIESMDTDKDDPHGRLEYTEHQGRIKNAREAHSQIEK
                                    10        20        30         

             70        80        90       100       110       120  
pF1KSD RKRNKMTQYITELSDMVPTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSMRGTGNKSTDGAYKPSFL
       :.:.::...: ::...::::.:..:: ::::.:::::.:::..::. :  :.. :::.::
CCDS76 RRRDKMNSFIDELASLVPTCNAMSRKLDKLTVLRMAVQHMKTLRGATNPYTEANYKPTFL
      40        50        60        70        80        90         

            130       140       150       160       170       180  
pF1KSD TEQELKHLILEAADGFLFVVAAETGRVIYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYEQVHPDDVE
       ...:::::::.:::::::::. . :....::.::  .::  :.. .:..:.. .:: :. 
CCDS76 SDDELKHLILRAADGFLFVVGCDRGKILFVSESVFKILNYSQNDLIGQSLFDYLHPKDIA
     100       110       120       130       140       150         

            190       200        210       220       230       240 
pF1KSD KLREQLCTSENSMTGRILDLKTGT-VKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGNAPLDHLP
       :..::: .:...   :..: :::  :: .   .  :.: :.::::.:::.: : :     
CCDS76 KVKEQLSSSDTAPRERLIDAKTGLPVKTDITPGPSRLCSGARRSFFCRMKC-NRP-----
     160       170       180       190       200       210         

             250       260       270       280       290        300
pF1KSD LNRITTMRKRFRNGLGPVKEGEAQYAVVHCTGYIKAWPPAGMTIPEEDADVGQGSKY-CL
          . .  : : .  .  :  . .. ..: :::.:.:::. : . :..   ..: .  ::
CCDS76 --SVKVEDKDFPSTCSKKKADRKSFCTIHSTGYLKSWPPTKMGLDEDNEPDNEGCNLSCL
             220       230       240       250       260       270 

                310       320       330       340       350        
pF1KSD VAIGRLQ--VTSSPVCMDMNGMSVPTEFLSRHNSDGIITFVDPRCISVIGYQPQDLLGKD
       ::::::.  :. .::  ..   :.  :..:::  :: ..::: :  ....: ::.::: .
CCDS76 VAIGRLHSHVVPQPVNGEIRVKSM--EYVSRHAIDGKFVFVDQRATAILAYLPQELLGTS
             280       290         300       310       320         

      360       370       380       390       400       410        
pF1KSD ILEFCHPEDQSHLRESFQQVVKLKGQVLSVMYRFRTKNREWMLIRTSSFTFQNPYSDEIE
         :. : .: .:: :  .::.. . .. .  :.:. :.  .. .:.  :.:.::.. :.:
CCDS76 CYEYFHQDDIGHLAECHRQVLQTREKITTNCYKFKIKDGSFITLRSRWFSFMNPWTKEVE
     330       340       350       360       370       380         

      420                   430       440       450       460      
pF1KSD YIICTNTNV------------KQLQQQQAELEVHQRDGLSSYDLSQVPVPNLPAGVHEAG
       ::. ::: :             ::  .   ..    .: ..   ..  ::..:.:.. ..
CCDS76 YIVSTNTVVLANVLEGGDPTFPQLTASPHSMDSMLPSGEGGPKRTHPTVPGIPGGTRAGA
     390       400       410       420       430       440         

        470         480       490       500           510          
pF1KSD KSVEK--ADAIFSQERDPRFAEMFAGISASEKKMMSS----ASAAGTQQIYSQGSP-FPS
        .. .  :. :.  .:    .    :  .:  .. :.    ::. : ..: . :.: .::
CCDS76 GKIGRMIAEEIMEIHRIRGSSPSSCG--SSPLNITSTPPPDASSPGGKKILNGGTPDIPS
     450       460       470         480       490       500       

     520       530       540       550       560       570         
pF1KSD GHSGKAFSSSVVHVPGVNDIQSSSSTGQNMSQISRQLNQSQVAWTGSRPPFPGQQIPSQS
         ::  .:... . ::    .:::  :.:                               
CCDS76 --SG-LLSGQAQENPGYPYSDSSSILGENPHIGIDMIDNDQGSSSPSNDEAAMAVIMSLL
          510       520       530       540       550       560    

>>CCDS73259.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11               (626 aa)
 initn: 1090 init1: 582 opt: 1095  Z-score: 783.9  bits: 155.4 E(32554): 2.4e-37
Smith-Waterman score: 1121; 35.1% identity (64.2% similar) in 575 aa overlap (6-548:18-576)

                           10        20        30        40        
pF1KSD             MASDIPGSVTLPVAPMAATGQVRMAGAMPARGGKRRSGMDFDDEDGEG
                        :: . :  . ....: :       . .   . .:: : .: .:
CCDS73 MADQRMDISSTISDFMSPGPTDLLSSSLGTSG-VDCNRKRKGSSTDYQESMDTDKDDPHG
               10        20        30         40        50         

       50                 60        70        80        90         
pF1KSD PSKFS---------RENHSEIERRKRNKMTQYITELSDMVPTCSALARKPDKLTILRMAV
         ...         :: ::.::.:.:.::...: ::...::::.:..:: ::::.:::::
CCDS73 RLEYTEHQGRIKNAREAHSQIEKRRRDKMNSFIDELASLVPTCNAMSRKLDKLTVLRMAV
      60        70        80        90       100       110         

     100       110       120       130       140       150         
pF1KSD SHMKSMRGTGNKSTDGAYKPSFLTEQELKHLILEAADGFLFVVAAETGRVIYVSDSVTPV
       .:::..::. :  :.. :::.::...:::::::.:::::::::. . :....::.::  .
CCDS73 QHMKTLRGATNPYTEANYKPTFLSDDELKHLILRAADGFLFVVGCDRGKILFVSESVFKI
     120       130       140       150       160       170         

     160       170       180       190       200        210        
pF1KSD LNQPQSEWFGSTLYEQVHPDDVEKLREQLCTSENSMTGRILDLKTGT-VKKEGQQSSMRM
       ::  :.. .:..:.. .:: :. :..::: .:...   :..: :::  :: .   .  :.
CCDS73 LNYSQNDLIGQSLFDYLHPKDIAKVKEQLSSSDTAPRERLIDAKTGLPVKTDITPGPSRL
     180       190       200       210       220       230         

      220       230       240       250       260       270        
pF1KSD CMGSRRSFICRMRCGNAPLDHLPLNRITTMRKRFRNGLGPVKEGEAQYAVVHCTGYIKAW
       : :.::::.:::.: : :        . .  : : .  .  :  . .. ..: :::.:.:
CCDS73 CSGARRSFFCRMKC-NRP-------SVKVEDKDFPSTCSKKKADRKSFCTIHSTGYLKSW
     240       250               260       270       280       290 

      280       290        300         310       320       330     
pF1KSD PPAGMTIPEEDADVGQGSKY-CLVAIGRLQ--VTSSPVCMDMNGMSVPTEFLSRHNSDGI
       ::. : . :..   ..: .  ::::::::.  :. .::  ..   :.  :..:::  :: 
CCDS73 PPTKMGLDEDNEPDNEGCNLSCLVAIGRLHSHVVPQPVNGEIRVKSM--EYVSRHAIDGK
             300       310       320       330         340         

         340       350       360       370       380       390     
pF1KSD ITFVDPRCISVIGYQPQDLLGKDILEFCHPEDQSHLRESFQQVVKLKGQVLSVMYRFRTK
       ..::: :  ....: ::.::: .  :. : .: .:: :  .::.. . .. .  :.:. :
CCDS73 FVFVDQRATAILAYLPQELLGTSCYEYFHQDDIGHLAECHRQVLQTREKITTNCYKFKIK
     350       360       370       380       390       400         

         400       410       420                   430       440   
pF1KSD NREWMLIRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNV------------KQLQQQQAELEVHQRD
       .  .. .:.  :.:.::.. :.:::. ::: :             ::  .   ..    .
CCDS73 DGSFITLRSRWFSFMNPWTKEVEYIVSTNTVVLANVLEGGDPTFPQLTASPHSMDSMLPS
     410       420       430       440       450       460         

           450       460       470         480       490       500 
pF1KSD GLSSYDLSQVPVPNLPAGVHEAGKSVEK--ADAIFSQERDPRFAEMFAGISASEKKMMSS
       : ..   ..  ::..:.:.. .. .. .  :. :.  .:    .    :  .:  .. :.
CCDS73 GEGGPKRTHPTVPGIPGGTRAGAGKIGRMIAEEIMEIHRIRGSSPSSCG--SSPLNITST
     470       480       490       500       510         520       

                 510        520       530       540       550      
pF1KSD ----ASAAGTQQIYSQGSP-FPSGHSGKAFSSSVVHVPGVNDIQSSSSTGQNMSQISRQL
           ::. : ..: . :.: .::  ::  .:... . ::    .:::  :.:        
CCDS73 PPPDASSPGGKKILNGGTPDIPS--SG-LLSGQAQENPGYPYSDSSSILGENPHIGIDMI
       530       540       550          560       570       580    

        560       570       580       590       600       610      
pF1KSD NQSQVAWTGSRPPFPGQQIPSQSSKTQSSPFGIGTSHTYPADPSSYSPLSSPATSSPSGN
                                                                   
CCDS73 DNDQGSSSPSNDEAAMAVIMSLLEADAGLGGPVDFSDLPWPL                  
          590       600       610       620                        

>>CCDS44543.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11               (582 aa)
 initn: 1090 init1: 582 opt: 1081  Z-score: 774.6  bits: 153.6 E(32554): 8e-37
Smith-Waterman score: 1110; 36.7% identity (65.5% similar) in 539 aa overlap (40-548:10-532)

      10        20        30        40               50        60  
pF1KSD TLPVAPMAATGQVRMAGAMPARGGKRRSGMDFDDEDG-------EGPSKFSRENHSEIER
                                     : ::  :       .:  : .:: ::.::.
CCDS44                      MINIESMDTDKDDPHGRLEYTEHQGRIKNAREAHSQIEK
                                    10        20        30         

             70        80        90       100       110       120  
pF1KSD RKRNKMTQYITELSDMVPTCSALARKPDKLTILRMAVSHMKSMRGTGNKSTDGAYKPSFL
       :.:.::...: ::...::::.:..:: ::::.:::::.:::..::. :  :.. :::.::
CCDS44 RRRDKMNSFIDELASLVPTCNAMSRKLDKLTVLRMAVQHMKTLRGATNPYTEANYKPTFL
      40        50        60        70        80        90         

            130       140       150       160       170       180  
pF1KSD TEQELKHLILEAADGFLFVVAAETGRVIYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYEQVHPDDVE
       ...:::::::.:::::::::. . :....::.::  .::  :.. .:..:.. .:: :. 
CCDS44 SDDELKHLILRAADGFLFVVGCDRGKILFVSESVFKILNYSQNDLIGQSLFDYLHPKDIA
     100       110       120       130       140       150         

            190       200        210       220       230       240 
pF1KSD KLREQLCTSENSMTGRILDLKTGT-VKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMRCGNAPLDHLP
       :..::: .:...   :..: :::  :: .   .  :.: :.::::.:::.: : :     
CCDS44 KVKEQLSSSDTAPRERLIDAKTGLPVKTDITPGPSRLCSGARRSFFCRMKC-NRP-----
     160       170       180       190       200       210         

             250       260       270       280       290        300
pF1KSD LNRITTMRKRFRNGLGPVKEGEAQYAVVHCTGYIKAWPPAGMTIPEEDADVGQGSKY-CL
          . .  : : .  .  :. . .. ..: :::.:.:::. : . :..   ..: .  ::
CCDS44 --SVKVEDKDFPSTCSK-KKDRKSFCTIHSTGYLKSWPPTKMGLDEDNEPDNEGCNLSCL
             220        230       240       250       260       270

                310       320       330       340       350        
pF1KSD VAIGRLQ--VTSSPVCMDMNGMSVPTEFLSRHNSDGIITFVDPRCISVIGYQPQDLLGKD
       ::::::.  :. .::  ..   :.  :..:::  :: ..::: :  ....: ::.::: .
CCDS44 VAIGRLHSHVVPQPVNGEIRVKSM--EYVSRHAIDGKFVFVDQRATAILAYLPQELLGTS
              280       290         300       310       320        

      360       370       380       390       400       410        
pF1KSD ILEFCHPEDQSHLRESFQQVVKLKGQVLSVMYRFRTKNREWMLIRTSSFTFQNPYSDEIE
         :. : .: .:: :  .::.. . .. .  :.:. :.  .. .:.  :.:.::.. :.:
CCDS44 CYEYFHQDDIGHLAECHRQVLQTREKITTNCYKFKIKDGSFITLRSRWFSFMNPWTKEVE
      330       340       350       360       370       380        

      420                   430       440       450       460      
pF1KSD YIICTNTNV------------KQLQQQQAELEVHQRDGLSSYDLSQVPVPNLPAGVHEAG
       ::. ::: :             ::  .   ..    .: ..   ..  ::..:.:.. ..
CCDS44 YIVSTNTVVLANVLEGGDPTFPQLTASPHSMDSMLPSGEGGPKRTHPTVPGIPGGTRAGA
      390       400       410       420       430       440        

        470         480       490       500           510          
pF1KSD KSVEK--ADAIFSQERDPRFAEMFAGISASEKKMMSS----ASAAGTQQIYSQGSP-FPS
        .. .  :. :.  .:    .    :  .:  .. :.    ::. : ..: . :.: .::
CCDS44 GKIGRMIAEEIMEIHRIRGSSPSSCG--SSPLNITSTPPPDASSPGGKKILNGGTPDIPS
      450       460       470         480       490       500      

     520       530       540       550       560       570         
pF1KSD GHSGKAFSSSVVHVPGVNDIQSSSSTGQNMSQISRQLNQSQVAWTGSRPPFPGQQIPSQS
         ::  .:... . ::    .:::  :.:                               
CCDS44 --SG-LLSGQAQENPGYPYSDSSSILGENPHIGIDMIDNDQGSSSPSNDEAAMAVIMSLL
           510       520       530       540       550       560   

>>CCDS31430.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11               (625 aa)
 initn: 1090 init1: 582 opt: 1081  Z-score: 774.1  bits: 153.6 E(32554): 8.5e-37
Smith-Waterman score: 1114; 35.1% identity (64.3% similar) in 575 aa overlap (6-548:18-575)

                           10        20        30        40        
pF1KSD             MASDIPGSVTLPVAPMAATGQVRMAGAMPARGGKRRSGMDFDDEDGEG
                        :: . :  . ....: :       . .   . .:: : .: .:
CCDS31 MADQRMDISSTISDFMSPGPTDLLSSSLGTSG-VDCNRKRKGSSTDYQESMDTDKDDPHG
               10        20        30         40        50         

       50                 60        70        80        90         
pF1KSD PSKFS---------RENHSEIERRKRNKMTQYITELSDMVPTCSALARKPDKLTILRMAV
         ...         :: ::.::.:.:.::...: ::...::::.:..:: ::::.:::::
CCDS31 RLEYTEHQGRIKNAREAHSQIEKRRRDKMNSFIDELASLVPTCNAMSRKLDKLTVLRMAV
      60        70        80        90       100       110         

     100       110       120       130       140       150         
pF1KSD SHMKSMRGTGNKSTDGAYKPSFLTEQELKHLILEAADGFLFVVAAETGRVIYVSDSVTPV
       .:::..::. :  :.. :::.::...:::::::.:::::::::. . :....::.::  .
CCDS31 QHMKTLRGATNPYTEANYKPTFLSDDELKHLILRAADGFLFVVGCDRGKILFVSESVFKI
     120       130       140       150       160       170         

     160       170       180       190       200        210        
pF1KSD LNQPQSEWFGSTLYEQVHPDDVEKLREQLCTSENSMTGRILDLKTGT-VKKEGQQSSMRM
       ::  :.. .:..:.. .:: :. :..::: .:...   :..: :::  :: .   .  :.
CCDS31 LNYSQNDLIGQSLFDYLHPKDIAKVKEQLSSSDTAPRERLIDAKTGLPVKTDITPGPSRL
     180       190       200       210       220       230         

      220       230       240       250       260       270        
pF1KSD CMGSRRSFICRMRCGNAPLDHLPLNRITTMRKRFRNGLGPVKEGEAQYAVVHCTGYIKAW
       : :.::::.:::.: : :        . .  : : .  .  :. . .. ..: :::.:.:
CCDS31 CSGARRSFFCRMKC-NRP-------SVKVEDKDFPSTCSK-KKDRKSFCTIHSTGYLKSW
     240       250               260       270        280       290

      280       290        300         310       320       330     
pF1KSD PPAGMTIPEEDADVGQGSKY-CLVAIGRLQ--VTSSPVCMDMNGMSVPTEFLSRHNSDGI
       ::. : . :..   ..: .  ::::::::.  :. .::  ..   :.  :..:::  :: 
CCDS31 PPTKMGLDEDNEPDNEGCNLSCLVAIGRLHSHVVPQPVNGEIRVKSM--EYVSRHAIDGK
              300       310       320       330         340        

         340       350       360       370       380       390     
pF1KSD ITFVDPRCISVIGYQPQDLLGKDILEFCHPEDQSHLRESFQQVVKLKGQVLSVMYRFRTK
       ..::: :  ....: ::.::: .  :. : .: .:: :  .::.. . .. .  :.:. :
CCDS31 FVFVDQRATAILAYLPQELLGTSCYEYFHQDDIGHLAECHRQVLQTREKITTNCYKFKIK
      350       360       370       380       390       400        

         400       410       420                   430       440   
pF1KSD NREWMLIRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNV------------KQLQQQQAELEVHQRD
       .  .. .:.  :.:.::.. :.:::. ::: :             ::  .   ..    .
CCDS31 DGSFITLRSRWFSFMNPWTKEVEYIVSTNTVVLANVLEGGDPTFPQLTASPHSMDSMLPS
      410       420       430       440       450       460        

           450       460       470         480       490       500 
pF1KSD GLSSYDLSQVPVPNLPAGVHEAGKSVEK--ADAIFSQERDPRFAEMFAGISASEKKMMSS
       : ..   ..  ::..:.:.. .. .. .  :. :.  .:    .    :  .:  .. :.
CCDS31 GEGGPKRTHPTVPGIPGGTRAGAGKIGRMIAEEIMEIHRIRGSSPSSCG--SSPLNITST
      470       480       490       500       510         520      

                 510        520       530       540       550      
pF1KSD ----ASAAGTQQIYSQGSP-FPSGHSGKAFSSSVVHVPGVNDIQSSSSTGQNMSQISRQL
           ::. : ..: . :.: .::  ::  .:... . ::    .:::  :.:        
CCDS31 PPPDASSPGGKKILNGGTPDIPS--SG-LLSGQAQENPGYPYSDSSSILGENPHIGIDMI
        530       540         550        560       570       580   

        560       570       580       590       600       610      
pF1KSD NQSQVAWTGSRPPFPGQQIPSQSSKTQSSPFGIGTSHTYPADPSSYSPLSSPATSSPSGN
                                                                   
CCDS31 DNDQGSSSPSNDEAAMAVIMSLLEADAGLGGPVDFSDLPWPL                  
           590       600       610       620                       

>>CCDS58222.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12            (540 aa)
 initn: 929 init1: 519 opt: 595  Z-score: 433.7  bits: 90.4 E(32554): 7.7e-18
Smith-Waterman score: 974; 35.6% identity (67.1% similar) in 483 aa overlap (13-480:32-492)

                                 10        20         30         40
pF1KSD                   MASDIPGSVTLPVAPMAATGQVRMA-GAMPARGGKRRSGM-D
                                     .::....   :.. :. :.  :.  : : .
CCDS58 AAEEEAAAGGEVAGGEATAPGKVLREENQCIAPVVSS---RVSPGTRPTAMGSFSSHMTE
              10        20        30           40        50        

               50        60        70        80        90       100
pF1KSD FDDEDGEGPSKFSRENHSEIERRKRNKMTQYITELSDMVPTCSALARKPDKLTILRMAVS
       :  .   . :  :.: ::. :.:.:.::.. : ::: :.: :. .::: ::::.:::::.
CCDS58 FPRKRKGSDSDPSQEAHSQTEKRRRDKMNNLIEELSAMIPQCNPMARKLDKLTVLRMAVQ
       60        70        80        90       100       110        

              110       120       130       140       150       160
pF1KSD HMKSMRGTGNKSTDGAYKPSFLTEQELKHLILEAADGFLFVVAAETGRVIYVSDSVTPVL
       :..:..:  :. . . :.:::: ..::.::::..:.::::::. : :....:: ::. .:
CCDS58 HLRSLKGLTNSYVGSNYRPSFLQDNELRHLILKTAEGFLFVVGCERGKILFVSKSVSKIL
      120       130       140       150       160       170        

              170       180       190       200        210         
pF1KSD NQPQSEWFGSTLYEQVHPDDVEKLREQLCTSENSMTGRILDLKTGT-VKKEGQQSSMRMC
       :  :.   :..:.. .:: :: :..::: . . :   ...: :::  :... . .  :. 
CCDS58 NYDQASLTGQSLFDFLHPKDVAKVKEQLSSFDISPREKLIDAKTGLQVHSNLHAGRTRVY
      180       190       200       210       220       230        

     220       230           240       250       260       270     
pF1KSD MGSRRSFICRMR-CG-NAPLDH--LPLNRITTMRKRFRNGLGPVKEGEAQYAVVHCTGYI
        ::::::.::.. :  ..  .:  ::    .. .:. :           .. ..:::::.
CCDS58 SGSRRSFFCRIKSCKISVKEEHGCLP----NSKKKEHR-----------KFYTIHCTGYL
      240       250       260           270                  280   

         280       290        300       310       320          330 
pF1KSD KAWPPAGMTIPEEDADVGQGSKY-CLVAIGRLQVTSSPVCMDMNGMSV---PTEFLSRHN
       ..:::  . . ::  .  ..:.. :::::::::    :  . .:.  .   ::::..:  
CCDS58 RSWPPNIVGMEEERNSKKDNSNFTCLVAIGRLQ----PYIVPQNSGEINVKPTEFITRFA
           290       300       310           320       330         

             340       350       360       370       380       390 
pF1KSD SDGIITFVDPRCISVIGYQPQDLLGKDILEFCHPEDQSHLRESFQQVVKLKGQVLSVMYR
        .: ...:: :  ...:: ::.::: .  :. : .:...: .. . :.. : ..:.  :.
CCDS58 VNGKFVYVDQRATAILGYLPQELLGTSCYEYFHQDDHNNLTDKHKAVLQSKEKILTDSYK
     340       350       360       370       380       390         

             400       410       420       430         440         
pF1KSD FRTKNREWMLIRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVKQLQQ--QQAELEVHQRDGLSSYD
       ::.:.  .. .... :.: ::.. :.:::. .:: :   ..  . . :   ....  :  
CCDS58 FRAKDGSFVTLKSQWFSFTNPWTKELEYIVSVNTLVLGHSEPGEASFLPCSSQSSEESSR
     400       410       420       430       440       450         

     450       460         470       480       490       500       
pF1KSD LSQVPVPNLPAG-VHEAGK-SVEKADAIFSQERDPRFAEMFAGISASEKKMMSSASAAGT
        : . ::.. .: :  ::. ... :. :.. .:                           
CCDS58 QSCMSVPGMSTGTVLGAGSIGTDIANEILDLQRLQSSSYLDDSSPTGLMKDTHTVNCRSV
     460       470       480       490       500       510         

       510       520       530       540       550       560       
pF1KSD QQIYSQGSPFPSGHSGKAFSSSVVHVPGVNDIQSSSSTGQNMSQISRQLNQSQVAWTGSR
                                                                   
CCDS58 MVHSWISMPYVTMMTQPWLHL                                       
     520       530       540                                       




706 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 18:30:09 2016 done: Thu Nov  3 18:30:10 2016
 Total Scan time:  3.400 Total Display time:  0.190

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com