Result of FASTA (omim) for pF1KB5613
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5613, 501 aa
  1>>>pF1KB5613 501 - 501 aa - 501 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.3427+/-0.000453; mu= 23.4516+/- 0.028
 mean_var=61.5436+/-12.473, 0's: 0 Z-trim(108.1): 66  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.163487
 statistics sampled from 16148 (16214) to 16148 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.546), E-opt: 0.2 (0.19), width:  16
 Scan time:  9.130

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_055146 (OMIM: 607933) cystine/glutamate transpo ( 501) 3248 775.3       0
XP_011530104 (OMIM: 607933) PREDICTED: cystine/glu ( 506) 3130 747.5  2e-215
NP_003477 (OMIM: 600182) large neutral amino acids ( 507) 1568 379.1 1.6e-104
XP_016879224 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 509) 1546 373.9  6e-103
XP_011521736 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 1509 365.2 2.6e-100
XP_011521735 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 1509 365.2 2.6e-100
XP_011521740 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 515) 1509 365.2 2.6e-100
NP_003974 (OMIM: 605641) Y+L amino acid transporte ( 515) 1509 365.2 2.6e-100
NP_001070253 (OMIM: 605641) Y+L amino acid transpo ( 515) 1509 365.2 2.6e-100
NP_001119577 (OMIM: 222700,603593) Y+L amino acid  ( 511) 1492 361.2 4.1e-99
XP_011535600 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L  ( 511) 1492 361.2 4.1e-99
NP_001119578 (OMIM: 222700,603593) Y+L amino acid  ( 511) 1492 361.2 4.1e-99
XP_006720365 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L  ( 511) 1492 361.2 4.1e-99
XP_011535601 (OMIM: 222700,603593) PREDICTED: Y+L  ( 511) 1492 361.2 4.1e-99
NP_036376 (OMIM: 604235) large neutral amino acids ( 535) 1415 343.0 1.2e-93
XP_011524704 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 487) 1404 340.4   7e-93
NP_055085 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type amino  ( 487) 1404 340.4   7e-93
NP_001229965 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type ami ( 487) 1404 340.4   7e-93
NP_001119807 (OMIM: 220100,604144) B(0,+)-type ami ( 487) 1404 340.4   7e-93
NP_062823 (OMIM: 607959) asc-type amino acid trans ( 523) 1357 329.3 1.6e-89
XP_016881719 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 399) 1137 277.3 5.5e-74
XP_006721349 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 352) 1001 245.2 2.3e-64
XP_016879340 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 382)  985 241.5 3.3e-63
XP_016879226 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 332)  974 238.8 1.8e-62
XP_006723347 (OMIM: 607959) PREDICTED: asc-type am ( 444)  928 228.1 4.1e-59
NP_001253965 (OMIM: 604235) large neutral amino ac ( 430)  918 225.7 2.1e-58
XP_011521741 (OMIM: 605641) PREDICTED: Y+L amino a ( 307)  913 224.4 3.7e-58
XP_016879225 (OMIM: 600182) PREDICTED: large neutr ( 467)  904 222.5 2.2e-57
NP_877392 (OMIM: 604235) large neutral amino acids ( 332)  846 208.6 2.2e-53
XP_011525421 (OMIM: 607959) PREDICTED: asc-type am ( 660)  812 200.9 9.4e-51
NP_001253966 (OMIM: 604235) large neutral amino ac ( 311)  713 177.2 5.9e-44
XP_006723055 (OMIM: 220100,604144) PREDICTED: B(0, ( 260)  703 174.8 2.7e-43
XP_011525422 (OMIM: 607959) PREDICTED: asc-type am ( 633)  437 112.4 3.9e-24
NP_004164 (OMIM: 603752) cationic amino acid trans ( 635)  263 71.4 8.7e-12
NP_003036 (OMIM: 104615) high affinity cationic am ( 629)  227 62.9 3.1e-09
XP_005266564 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 629)  227 62.9 3.1e-09
XP_016876205 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 629)  227 62.9 3.1e-09
XP_016876202 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 643)  227 62.9 3.2e-09
XP_016876203 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 643)  227 62.9 3.2e-09
XP_016876204 (OMIM: 104615) PREDICTED: high affini ( 643)  227 62.9 3.2e-09
NP_116192 (OMIM: 300443) cationic amino acid trans ( 619)  215 60.1 2.2e-08
NP_001041629 (OMIM: 300443) cationic amino acid tr ( 619)  215 60.1 2.2e-08
XP_016885401 (OMIM: 300443) PREDICTED: cationic am ( 619)  215 60.1 2.2e-08
XP_016869235 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658)  214 59.9 2.7e-08
XP_005273667 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658)  214 59.9 2.7e-08
XP_005273668 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658)  214 59.9 2.7e-08
XP_005273669 (OMIM: 601872) PREDICTED: cationic am ( 658)  214 59.9 2.7e-08
NP_001008539 (OMIM: 601872) cationic amino acid tr ( 658)  214 59.9 2.7e-08
NP_001158243 (OMIM: 601872) cationic amino acid tr ( 698)  214 59.9 2.8e-08
NP_066000 (OMIM: 615720,615725) probable cationic  ( 771)  211 59.2 4.9e-08


>>NP_055146 (OMIM: 607933) cystine/glutamate transporter  (501 aa)
 initn: 3248 init1: 3248 opt: 3248  Z-score: 4138.9  bits: 775.3 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 3248; 100.0% identity (100.0% similar) in 501 aa overlap (1-501:1-501)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVRKPVVSTISKGGYLQGNVNGRLPSLGNKEPPGQEKVQLKRKVTLLRGVSIIIGTIIGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MVRKPVVSTISKGGYLQGNVNGRLPSLGNKEPPGQEKVQLKRKVTLLRGVSIIIGTIIGA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 GIFISPKGVLQNTGSVGMSLTIWTVCGVLSLFGALSYAELGTTIKKSGGHYTYILEVFGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 GIFISPKGVLQNTGSVGMSLTIWTVCGVLSLFGALSYAELGTTIKKSGGHYTYILEVFGP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 LPAFVRVWVELLIIRPAATAVISLAFGRYILEPFFIQCEIPELAIKLITAVGITVVMVLN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 LPAFVRVWVELLIIRPAATAVISLAFGRYILEPFFIQCEIPELAIKLITAVGITVVMVLN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 SMSVSWSARIQIFLTFCKLTAILIIIVPGVMQLIKGQTQNFKDAFSGRDSSITRLPLAFY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SMSVSWSARIQIFLTFCKLTAILIIIVPGVMQLIKGQTQNFKDAFSGRDSSITRLPLAFY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 YGMYAYAGWFYLNFVTEEVENPEKTIPLAICISMAIVTIGYVLTNVAYFTTINAEELLLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 YGMYAYAGWFYLNFVTEEVENPEKTIPLAICISMAIVTIGYVLTNVAYFTTINAEELLLS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 NAVAVTFSERLLGNFSLAVPIFVALSCFGSMNGGVFAVSRLFYVASREGHLPEILSMIHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 NAVAVTFSERLLGNFSLAVPIFVALSCFGSMNGGVFAVSRLFYVASREGHLPEILSMIHV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 RKHTPLPAVIVLHPLTMIMLFSGDLDSLLNFLSFARWLFIGLAVAGLIYLRYKCPDMHRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RKHTPLPAVIVLHPLTMIMLFSGDLDSLLNFLSFARWLFIGLAVAGLIYLRYKCPDMHRP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 FKVPLFIPALFSFTCLFMVALSLYSDPFSTGIGFVITLTGVPAYYLFIIWDKKPRWFRIM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 FKVPLFIPALFSFTCLFMVALSLYSDPFSTGIGFVITLTGVPAYYLFIIWDKKPRWFRIM
              430       440       450       460       470       480

              490       500 
pF1KB5 SEKITRTLQIILEVVPEEDKL
       :::::::::::::::::::::
NP_055 SEKITRTLQIILEVVPEEDKL
              490       500 

>>XP_011530104 (OMIM: 607933) PREDICTED: cystine/glutama  (506 aa)
 initn: 3130 init1: 3130 opt: 3130  Z-score: 3988.4  bits: 747.5 E(85289): 2e-215
Smith-Waterman score: 3130; 100.0% identity (100.0% similar) in 481 aa overlap (1-481:1-481)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVRKPVVSTISKGGYLQGNVNGRLPSLGNKEPPGQEKVQLKRKVTLLRGVSIIIGTIIGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MVRKPVVSTISKGGYLQGNVNGRLPSLGNKEPPGQEKVQLKRKVTLLRGVSIIIGTIIGA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 GIFISPKGVLQNTGSVGMSLTIWTVCGVLSLFGALSYAELGTTIKKSGGHYTYILEVFGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GIFISPKGVLQNTGSVGMSLTIWTVCGVLSLFGALSYAELGTTIKKSGGHYTYILEVFGP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 LPAFVRVWVELLIIRPAATAVISLAFGRYILEPFFIQCEIPELAIKLITAVGITVVMVLN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LPAFVRVWVELLIIRPAATAVISLAFGRYILEPFFIQCEIPELAIKLITAVGITVVMVLN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 SMSVSWSARIQIFLTFCKLTAILIIIVPGVMQLIKGQTQNFKDAFSGRDSSITRLPLAFY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SMSVSWSARIQIFLTFCKLTAILIIIVPGVMQLIKGQTQNFKDAFSGRDSSITRLPLAFY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 YGMYAYAGWFYLNFVTEEVENPEKTIPLAICISMAIVTIGYVLTNVAYFTTINAEELLLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 YGMYAYAGWFYLNFVTEEVENPEKTIPLAICISMAIVTIGYVLTNVAYFTTINAEELLLS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 NAVAVTFSERLLGNFSLAVPIFVALSCFGSMNGGVFAVSRLFYVASREGHLPEILSMIHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NAVAVTFSERLLGNFSLAVPIFVALSCFGSMNGGVFAVSRLFYVASREGHLPEILSMIHV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 RKHTPLPAVIVLHPLTMIMLFSGDLDSLLNFLSFARWLFIGLAVAGLIYLRYKCPDMHRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 RKHTPLPAVIVLHPLTMIMLFSGDLDSLLNFLSFARWLFIGLAVAGLIYLRYKCPDMHRP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 FKVPLFIPALFSFTCLFMVALSLYSDPFSTGIGFVITLTGVPAYYLFIIWDKKPRWFRIM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FKVPLFIPALFSFTCLFMVALSLYSDPFSTGIGFVITLTGVPAYYLFIIWDKKPRWFRIM
              430       440       450       460       470       480

              490       500      
pF1KB5 SEKITRTLQIILEVVPEEDKL     
       :                         
XP_011 SVTENTKCRLINTPLFKERVPRVDYP
              490       500      

>>NP_003477 (OMIM: 600182) large neutral amino acids tra  (507 aa)
 initn: 1585 init1: 914 opt: 1568  Z-score: 1997.3  bits: 379.1 E(85289): 1.6e-104
Smith-Waterman score: 1568; 48.1% identity (79.0% similar) in 476 aa overlap (26-498:31-506)

                    10        20        30         40        50    
pF1KB5      MVRKPVVSTISKGGYLQGNVNGRLPSLGNKEPPGQ-EKVQLKRKVTLLRGVSIII
                                     :  .. : :. : : :.:..::: ::.::.
NP_003 MAGAGPKRRALAAPAAEEKEEAREKMLAAKSADGSAPAGEGEGVTLQRNITLLNGVAIIV
               10        20        30        40        50        60

           60        70        80        90       100       110    
pF1KB5 GTIIGAGIFISPKGVLQNTGSVGMSLTIWTVCGVLSLFGALSYAELGTTIKKSGGHYTYI
       :::::.:::..: :::...:: :..:..:..:::.:. ::: ::::::::.:::: :.:.
NP_003 GTIIGSGIFVTPTGVLKEAGSPGLALVVWAACGVFSIVGALCYAELGTTISKSGGDYAYM
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pF1KB5 VRKHTPLPAVIVLHPLTMIMLFSGDLDSLLNFLSFARWLFIGLAVAGLIYLRYKCPDMHR
       ... ::.::..    ...:.:.  :. .:.:..::. :.:.::.:.: .:::.: :   :
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       :.:. .:.: .: .  .:.: . :..: ... ::. :.:.::: :..  ..  ...: ..
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       : .   ::: : :. . :. : :            
XP_011 RNVLAAITRGTQQLCFCVLTELDVAEEKKDERKTD
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       .:::.:::::: .:.: :::: .:.. :..:. ::: :::::::: :::. :.::::.::
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        . ::.:.:: ::...:.. :.:...:. ::..: : .:. : :: .:..:. : ..  .
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       : ....:.::  :::::::..:::...:::: ::: :::. :.::::::.:..:  ..: 
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pF1KB5 VRKHTPLPAVIVLHPLTMIMLFSGDLDSLLNFLSFARWLFIGLAVAGLIYLRYKCPDMHR
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XP_011 IERFTPIPALLFNCTMALIYLIVEDVFQLINYFSFSYWFFVGLSVVGQLYLRWKEPKRPR
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pF1KB5 PFKVPLFIPALFSFTCLFMVALSLYSDPFSTGIGFVITLTGVPAYYL--FIIWDKKPRWF
       :.:. .:.: .: .  .:.: . :..: ... ::. :.:.::: :..  ..  ...: ..
XP_011 PLKLSVFFPIVFCICSVFLVIVPLFTDTINSLIGIGIALSGVPFYFMGVYLPESRRPLFI
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pF1KB5 RIMSEKITR-TLQIILEVVPEEDKL          
       : .   ::: : :. . :. : :            
XP_011 RNVLAAITRGTQQLCFCVLTELDVAEEKKDERKTD
              490       500       510     

>>NP_003974 (OMIM: 605641) Y+L amino acid transporter 2   (515 aa)
 initn: 1502 init1: 1468 opt: 1509  Z-score: 1922.0  bits: 365.2 E(85289): 2.6e-100
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        . ::.:.:: ::...:.. :.:...:. ::..: : .:. : :: .:..:. : ..  .
NP_003 GFIAFIRLWVSLLVVEPTGQAIIAITFANYIIQPSFPSCDPPYLACRLLAAACICLLTFV
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NP_003 NCAYVKWGTRVQDTFTYAKVVALIAIIVMGLVKLCQGHSEHFQDAFEGSSWDMGNLSLAL
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       :.::::::... .: :: ..:: :::::::..:...:: ::::.:.:::::::..:::::
NP_003 SDAVAVTFADQTFGMFSWTIPIAVALSCFGGLNASIFASSRLFFVGSREGHLPDLLSMIH
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pF1KB5 VRKHTPLPAVIVLHPLTMIMLFSGDLDSLLNFLSFARWLFIGLAVAGLIYLRYKCPDMHR
       ... ::.::..    ...:.:.  :. .:.:..::. :.:.::.:.: .:::.: :   :
NP_003 IERFTPIPALLFNCTMALIYLIVEDVFQLINYFSFSYWFFVGLSVVGQLYLRWKEPKRPR
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pF1KB5 PFKVPLFIPALFSFTCLFMVALSLYSDPFSTGIGFVITLTGVPAYYL--FIIWDKKPRWF
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NP_003 PLKLSVFFPIVFCICSVFLVIVPLFTDTINSLIGIGIALSGVPFYFMGVYLPESRRPLFI
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pF1KB5 RIMSEKITR-TLQIILEVVPEEDKL          
       : .   ::: : :. . :. : :            
NP_003 RNVLAAITRGTQQLCFCVLTELDVAEEKKDERKTD
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>>NP_001070253 (OMIM: 605641) Y+L amino acid transporter  (515 aa)
 initn: 1502 init1: 1468 opt: 1509  Z-score: 1922.0  bits: 365.2 E(85289): 2.6e-100
Smith-Waterman score: 1509; 46.5% identity (79.9% similar) in 473 aa overlap (32-499:31-503)

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pF1KB5 AGIFISPKGVLQNTGSVGMSLTIWTVCGVLSLFGALSYAELGTTIKKSGGHYTYILEVFG
       .:::.:::::: .:.: :::: .:.. :..:. ::: :::::::: :::. :.::::.::
NP_001 SGIFVSPKGVLVHTASYGMSLIVWAIGGLFSVVGALCYAELGTTITKSGASYAYILEAFG
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pF1KB5 PLPAFVRVWVELLIIRPAATAVISLAFGRYILEPFFIQCEIPELAIKLITAVGITVVMVL
        . ::.:.:: ::...:.. :.:...:. ::..: : .:. : :: .:..:. : ..  .
NP_001 GFIAFIRLWVSLLVVEPTGQAIIAITFANYIIQPSFPSCDPPYLACRLLAAACICLLTFV
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pF1KB5 NSMSVSWSARIQIFLTFCKLTAILIIIVPGVMQLIKGQTQNFKDAFSGRDSSITRLPLAF
       :   :.:..:.:  .:. :..:.. ::: :...: .:....:.::: : . ..  : ::.
NP_001 NCAYVKWGTRVQDTFTYAKVVALIAIIVMGLVKLCQGHSEHFQDAFEGSSWDMGNLSLAL
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pF1KB5 YYGMYAYAGWFYLNFVTEEVENPEKTIPLAICISMAIVTIGYVLTNVAYFTTINAEELLL
       : ....:.::  :::::::..:::...:::: ::: :::. :.::::::.:..:  ..: 
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NP_001 SDAVAVTFADQTFGMFSWTIPIAVALSCFGGLNASIFASSRLFFVGSREGHLPDLLSMIH
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pF1KB5 VRKHTPLPAVIVLHPLTMIMLFSGDLDSLLNFLSFARWLFIGLAVAGLIYLRYKCPDMHR
       ... ::.::..    ...:.:.  :. .:.:..::. :.:.::.:.: .:::.: :   :
NP_001 IERFTPIPALLFNCTMALIYLIVEDVFQLINYFSFSYWFFVGLSVVGQLYLRWKEPKRPR
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pF1KB5 PFKVPLFIPALFSFTCLFMVALSLYSDPFSTGIGFVITLTGVPAYYL--FIIWDKKPRWF
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NP_001 PLKLSVFFPIVFCICSVFLVIVPLFTDTINSLIGIGIALSGVPFYFMGVYLPESRRPLFI
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pF1KB5 RIMSEKITR-TLQIILEVVPEEDKL          
       : .   ::: : :. . :. : :            
NP_001 RNVLAAITRGTQQLCFCVLTELDVAEEKKDERKTD
              490       500       510     

>>NP_001119577 (OMIM: 222700,603593) Y+L amino acid tran  (511 aa)
 initn: 1487 init1: 1461 opt: 1492  Z-score: 1900.4  bits: 361.2 E(85289): 4.1e-99
Smith-Waterman score: 1492; 45.2% identity (79.2% similar) in 476 aa overlap (27-499:20-495)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVRKPVVSTISKGGYLQGNVNGRLPSLGNKEPPGQEKVQLKRKVTLLRGVSIIIGTIIGA
                                 ::.   :: :.:.::....:: :: .:.:..::.
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