Result of FASTA (omim) for pF1KB5383
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5383, 539 aa
  1>>>pF1KB5383 539 - 539 aa - 539 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5873+/-0.000522; mu= 17.5552+/- 0.032
 mean_var=74.6598+/-15.073, 0's: 0 Z-trim(108.3): 67  B-trim: 444 in 1/50
 Lambda= 0.148433
 statistics sampled from 16347 (16397) to 16347 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.522), E-opt: 0.2 (0.192), width:  16
 Scan time:  8.750

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_006421 (OMIM: 605142) T-complex protein 1 subun ( 539) 3355 728.5 1.2e-209
NP_001243650 (OMIM: 605142) T-complex protein 1 su ( 509) 2782 605.8  1e-172
NP_036205 (OMIM: 256840,610150) T-complex protein  ( 541) 1177 262.1 3.1e-69
NP_001293082 (OMIM: 256840,610150) T-complex prote ( 520) 1175 261.7   4e-69
NP_001293085 (OMIM: 256840,610150) T-complex prote ( 503) 1164 259.3   2e-68
NP_005989 (OMIM: 600114) T-complex protein 1 subun ( 545) 1039 232.6 2.4e-60
NP_006420 (OMIM: 605140) T-complex protein 1 subun ( 543) 1005 225.3 3.8e-58
XP_011530781 (OMIM: 605140) PREDICTED: T-complex p ( 499)  909 204.7 5.4e-52
NP_001159757 (OMIM: 605140) T-complex protein 1 su ( 499)  909 204.7 5.4e-52
XP_011530780 (OMIM: 605140) PREDICTED: T-complex p ( 499)  909 204.7 5.4e-52
NP_110379 (OMIM: 186980) T-complex protein 1 subun ( 556)  874 197.2 1.1e-49
NP_001008800 (OMIM: 600114) T-complex protein 1 su ( 507)  867 195.7 2.8e-49
NP_001293084 (OMIM: 256840,610150) T-complex prote ( 448)  857 193.6 1.1e-48
NP_001293083 (OMIM: 256840,610150) T-complex prote ( 486)  857 193.6 1.2e-48
NP_006422 (OMIM: 605139) T-complex protein 1 subun ( 535)  843 190.6   1e-47
NP_006575 (OMIM: 610730) T-complex protein 1 subun ( 530)  813 184.2 8.8e-46
NP_001753 (OMIM: 104613) T-complex protein 1 subun ( 531)  805 182.5 2.9e-45
NP_001185771 (OMIM: 605139) T-complex protein 1 su ( 488)  760 172.8 2.2e-42
NP_001159756 (OMIM: 605140) T-complex protein 1 su ( 456)  715 163.1 1.6e-39
XP_016879512 (OMIM: 610730) PREDICTED: T-complex p ( 464)  666 152.7 2.4e-36
NP_001180459 (OMIM: 610730) T-complex protein 1 su ( 485)  550 127.8 7.4e-29
NP_001009186 (OMIM: 104613) T-complex protein 1 su ( 486)  537 125.0 5.1e-28
NP_001008897 (OMIM: 186980) T-complex protein 1 su ( 401)  532 123.9 9.1e-28
NP_001009570 (OMIM: 605140) T-complex protein 1 su ( 339)  519 121.1 5.5e-27
XP_011522505 (OMIM: 610730) PREDICTED: T-complex p ( 388)  478 112.4 2.7e-24
NP_001180458 (OMIM: 610730) T-complex protein 1 su ( 493)  425 101.1 8.6e-21
XP_016879513 (OMIM: 610730) PREDICTED: T-complex p ( 351)  354 85.8 2.4e-16
NP_002147 (OMIM: 118190,605280,612233) 60 kDa heat ( 573)  233 60.0 2.3e-08
NP_955472 (OMIM: 118190,605280,612233) 60 kDa heat ( 573)  233 60.0 2.3e-08
NP_740754 (OMIM: 209900,236700,604896,605231) McKu ( 570)  212 55.5 5.2e-07
NP_061336 (OMIM: 209900,236700,604896,605231) McKu ( 570)  212 55.5 5.2e-07


>>NP_006421 (OMIM: 605142) T-complex protein 1 subunit d  (539 aa)
 initn: 3355 init1: 3355 opt: 3355  Z-score: 3884.7  bits: 728.5 E(85289): 1.2e-209
Smith-Waterman score: 3355; 100.0% identity (100.0% similar) in 539 aa overlap (1-539:1-539)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MPENVAPRSGATAGAAGGRGKGAYQDRDKPAQIRFSNISAAKAVADAIRTSLGPKGMDKM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 MPENVAPRSGATAGAAGGRGKGAYQDRDKPAQIRFSNISAAKAVADAIRTSLGPKGMDKM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 IQDGKGDVTITNDGATILKQMQVLHPAARMLVELSKAQDIEAGDGTTSVVIIAGSLLDSC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 IQDGKGDVTITNDGATILKQMQVLHPAARMLVELSKAQDIEAGDGTTSVVIIAGSLLDSC
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TKLLQKGIHPTIISESFQKALEKGIEILTDMSRPVELSDRETLLNSATTSLNSKVVSQYS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 TKLLQKGIHPTIISESFQKALEKGIEILTDMSRPVELSDRETLLNSATTSLNSKVVSQYS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 SLLSPMSVNAVMKVIDPATATSVDLRDIKIVKKLGGTIDDCELVEGLVLTQKVSNSGITR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 SLLSPMSVNAVMKVIDPATATSVDLRDIKIVKKLGGTIDDCELVEGLVLTQKVSNSGITR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 VEKAKIGLIQFCLSAPKTDMDNQIVVSDYAQMDRVLREERAYILNLVKQIKKTGCNVLLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 VEKAKIGLIQFCLSAPKTDMDNQIVVSDYAQMDRVLREERAYILNLVKQIKKTGCNVLLI
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 QKSILRDALSDLALHFLNKMKIMVIKDIEREDIEFICKTIGTKPVAHIDQFTADMLGSAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 QKSILRDALSDLALHFLNKMKIMVIKDIEREDIEFICKTIGTKPVAHIDQFTADMLGSAE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 LAEEVNLNGSGKLLKITGCASPGKTVTIVVRGSNKLVIEEAERSIHDALCVIRCLVKKRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 LAEEVNLNGSGKLLKITGCASPGKTVTIVVRGSNKLVIEEAERSIHDALCVIRCLVKKRA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 LIAGGGAPEIELALRLTEYSRTLSGMESYCVRAFADAMEVIPSTLAENAGLNPISTVTEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 LIAGGGAPEIELALRLTEYSRTLSGMESYCVRAFADAMEVIPSTLAENAGLNPISTVTEL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530         
pF1KB5 RNRHAQGEKTAGINVRKGGISNILEELVVQPLLVSVSALTLATETVRSILKIDDVVNTR
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 RNRHAQGEKTAGINVRKGGISNILEELVVQPLLVSVSALTLATETVRSILKIDDVVNTR
              490       500       510       520       530         

>>NP_001243650 (OMIM: 605142) T-complex protein 1 subuni  (509 aa)
 initn: 2779 init1: 2779 opt: 2782  Z-score: 3221.9  bits: 605.8 E(85289): 1e-172
Smith-Waterman score: 3091; 94.4% identity (94.4% similar) in 539 aa overlap (1-539:1-509)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MPENVAPRSGATAGAAGGRGKGAYQDRDKPAQIRFSNISAAKAVADAIRTSLGPKGMDKM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MPENVAPRSGATAGAAGGRGKGAYQDRDKPAQIRFSNISAAKAVADAIRTSLGPKGMDKM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 IQDGKGDVTITNDGATILKQMQVLHPAARMLVELSKAQDIEAGDGTTSVVIIAGSLLDSC
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ------------------------------LVELSKAQDIEAGDGTTSVVIIAGSLLDSC
                                             70        80        90

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TKLLQKGIHPTIISESFQKALEKGIEILTDMSRPVELSDRETLLNSATTSLNSKVVSQYS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TKLLQKGIHPTIISESFQKALEKGIEILTDMSRPVELSDRETLLNSATTSLNSKVVSQYS
              100       110       120       130       140       150

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 SLLSPMSVNAVMKVIDPATATSVDLRDIKIVKKLGGTIDDCELVEGLVLTQKVSNSGITR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SLLSPMSVNAVMKVIDPATATSVDLRDIKIVKKLGGTIDDCELVEGLVLTQKVSNSGITR
              160       170       180       190       200       210

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 VEKAKIGLIQFCLSAPKTDMDNQIVVSDYAQMDRVLREERAYILNLVKQIKKTGCNVLLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VEKAKIGLIQFCLSAPKTDMDNQIVVSDYAQMDRVLREERAYILNLVKQIKKTGCNVLLI
              220       230       240       250       260       270

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 QKSILRDALSDLALHFLNKMKIMVIKDIEREDIEFICKTIGTKPVAHIDQFTADMLGSAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QKSILRDALSDLALHFLNKMKIMVIKDIEREDIEFICKTIGTKPVAHIDQFTADMLGSAE
              280       290       300       310       320       330

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 LAEEVNLNGSGKLLKITGCASPGKTVTIVVRGSNKLVIEEAERSIHDALCVIRCLVKKRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LAEEVNLNGSGKLLKITGCASPGKTVTIVVRGSNKLVIEEAERSIHDALCVIRCLVKKRA
              340       350       360       370       380       390

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 LIAGGGAPEIELALRLTEYSRTLSGMESYCVRAFADAMEVIPSTLAENAGLNPISTVTEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LIAGGGAPEIELALRLTEYSRTLSGMESYCVRAFADAMEVIPSTLAENAGLNPISTVTEL
              400       410       420       430       440       450

              490       500       510       520       530         
pF1KB5 RNRHAQGEKTAGINVRKGGISNILEELVVQPLLVSVSALTLATETVRSILKIDDVVNTR
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RNRHAQGEKTAGINVRKGGISNILEELVVQPLLVSVSALTLATETVRSILKIDDVVNTR
              460       470       480       490       500         

>>NP_036205 (OMIM: 256840,610150) T-complex protein 1 su  (541 aa)
 initn: 1067 init1: 427 opt: 1177  Z-score: 1364.0  bits: 262.1 E(85289): 3.1e-69
Smith-Waterman score: 1177; 38.6% identity (70.5% similar) in 536 aa overlap (10-535:5-533)

               10        20        30             40        50     
pF1KB5 MPENVAPRSGATAGAAGGRGKGAYQDRDKPAQIRF-----SNISAAKAVADAIRTSLGPK
                :. :    ::     .:.:. ...       :.: ::::::...::::::.
NP_036      MASMGTLAFDEYGRPFLIIKDQDRKSRLMGLEALKSHIMAAKAVANTMRTSLGPN
                    10        20        30        40        50     

          60        70        80        90       100       110     
pF1KB5 GMDKMIQDGKGDVTITNDGATILKQMQVLHPAARMLVELSKAQDIEAGDGTTSVVIIAGS
       :.:::. :  ::::.::::::::..:.: :  :...:::::.:: : :::::.::..::.
NP_036 GLDKMMVDKDGDVTVTNDGATILSMMDVDHQIAKLMVELSKSQDDEIGDGTTGVVVLAGA
          60        70        80        90       100       110     

         120       130       140       150         160       170   
pF1KB5 LLDSCTKLLQKGIHPTIISESFQKALEKGIEILTDMSRPV--ELSDRETLLNSATTSLNS
       ::.   .::..::::  :......: . .:: :  .:  :  ...: : :...: :.:.:
NP_036 LLEEAEQLLDRGIHPIRIADGYEQAARVAIEHLDKISDSVLVDIKDTEPLIQTAKTTLGS
         120       130       140       150       160       170     

           180       190       200       210       220       230   
pF1KB5 KVVSQYSSLLSPMSVNAVMKVIDPATATSVDLRDIKIVKKLGGTIDDCELVEGLVLTQKV
       :::..    .. ..::::. : :     .::.. ::.  :.:: ..: .:..:... .  
NP_036 KVVNSCHRQMAEIAVNAVLTVAD-MERRDVDFELIKVEGKVGGRLEDTKLIKGVIVDKDF
         180       190        200       210       220       230    

           240        250       260       270       280       290  
pF1KB5 SNSGITR-VEKAKIGLIQFCLSAPKTDMDNQIVVSDYAQMDRVLREERAYILNLVKQIKK
       :.  . . :: :::...   .  ::    ... :..  ..  . . :.  . ....:::.
NP_036 SHPQMPKKVEDAKIAILTCPFEPPKPKTKHKLDVTSVEDYKALQKYEKEKFEEMIQQIKE
          240       250       260       270       280       290    

            300       310       320       330       340       350  
pF1KB5 TGCNVLLIQKSILRDALSDLALHFLNKMKIMVIKDIEREDIEFICKTIGTKPVAHIDQFT
       :: :. . : .     ..: : :.: . .. ... .   .::.:  . : . : .....:
NP_036 TGANLAICQWG-----FDDEANHLLLQNNLPAVRWVGGPEIELIAIATGGRIVPRFSELT
          300            310       320       330       340         

            360       370        380       390       400       410 
pF1KB5 ADMLGSAELAEEVNLNGS-GKLLKITGCASPGKTVTIVVRGSNKLVIEEAERSIHDALCV
       :. :: : :..:.... .  :.: :  : . ...::: .::.::..::::.::.::::::
NP_036 AEKLGFAGLVQEISFGTTKDKMLVIEQCKN-SRAVTIFIRGGNKMIIEEAKRSLHDALCV
     350       360       370        380       390       400        

             420       430       440       450       460       470 
pF1KB5 IRCLVKKRALIAGGGAPEIELALRLTEYSRTLSGMESYCVRAFADAMEVIPSTLAENAGL
       :: :..   .. :::: ::  :: ... .     .:.: .::::::.:::: .:.::.:.
NP_036 IRNLIRDNRVVYGGGAAEISCALAVSQEADKCPTLEQYAMRAFADALEVIPMALSENSGM
      410       420       430       440       450       460        

             480       490        500       510       520       530
pF1KB5 NPISTVTELRNRHAQGEKTA-GINVRKGGISNILEELVVQPLLVSVSALTLATETVRSIL
       :::.:.::.: :...  . : ::.  . : ... .. :.. :. . . ..:::. :: ::
NP_036 NPIQTMTEVRARQVKEMNPALGIDCLHKGTNDMKQQHVIETLIGKKQQISLATQMVRMIL
      470       480       490       500       510       520        

                    
pF1KB5 KIDDVVNTR    
       ::::.        
NP_036 KIDDIRKPGESEE
      530       540 

>>NP_001293082 (OMIM: 256840,610150) T-complex protein 1  (520 aa)
 initn: 1069 init1: 429 opt: 1175  Z-score: 1362.0  bits: 261.7 E(85289): 4e-69
Smith-Waterman score: 1175; 39.5% identity (72.1% similar) in 509 aa overlap (32-535:11-512)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB5 PENVAPRSGATAGAAGGRGKGAYQDRDKPAQIRFSNISAAKAVADAIRTSLGPKGMDKMI
                                     ..  :.: ::::::...::::::.:.:::.
NP_001                     MNSSLGPTIEKLSVSHIMAAKAVANTMRTSLGPNGLDKMM
                                   10        20        30        40

              70        80        90       100       110       120 
pF1KB5 QDGKGDVTITNDGATILKQMQVLHPAARMLVELSKAQDIEAGDGTTSVVIIAGSLLDSCT
        :  ::::.::::::::..:.: :  :...:::::.:: : :::::.::..::.::.   
NP_001 VDKDGDVTVTNDGATILSMMDVDHQIAKLMVELSKSQDDEIGDGTTGVVVLAGALLEEAE
               50        60        70        80        90       100

             130       140       150         160       170         
pF1KB5 KLLQKGIHPTIISESFQKALEKGIEILTDMSRPV--ELSDRETLLNSATTSLNSKVVSQY
       .::..::::  :......: . .:: :  .:  :  ...: : :...: :.:.::::.. 
NP_001 QLLDRGIHPIRIADGYEQAARVAIEHLDKISDSVLVDIKDTEPLIQTAKTTLGSKVVNSC
              110       120       130       140       150       160

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB5 SSLLSPMSVNAVMKVIDPATATSVDLRDIKIVKKLGGTIDDCELVEGLVLTQKVSNSGIT
          .. ..::::. : :     .::.. ::.  :.:: ..: .:..:... .  :.  . 
NP_001 HRQMAEIAVNAVLTVAD-MERRDVDFELIKVEGKVGGRLEDTKLIKGVIVDKDFSHPQMP
              170        180       190       200       210         

     240        250       260       270       280       290        
pF1KB5 R-VEKAKIGLIQFCLSAPKTDMDNQIVVSDYAQMDRVLREERAYILNLVKQIKKTGCNVL
       . :: :::...   .  ::    ... :..  ..  . . :.  . ....:::.:: :. 
NP_001 KKVEDAKIAILTCPFEPPKPKTKHKLDVTSVEDYKALQKYEKEKFEEMIQQIKETGANLA
     220       230       240       250       260       270         

      300       310       320       330       340       350        
pF1KB5 LIQKSILRDALSDLALHFLNKMKIMVIKDIEREDIEFICKTIGTKPVAHIDQFTADMLGS
       . : .     ..: : :.: . .. ... .   .::.:  . : . : .....::. :: 
NP_001 ICQWG-----FDDEANHLLLQNNLPAVRWVGGPEIELIAIATGGRIVPRFSELTAEKLGF
     280            290       300       310       320       330    

      360       370        380       390       400       410       
pF1KB5 AELAEEVNLNGS-GKLLKITGCASPGKTVTIVVRGSNKLVIEEAERSIHDALCVIRCLVK
       : :..:.... .  :.: :  : . ...::: .::.::..::::.::.:::::::: :..
NP_001 AGLVQEISFGTTKDKMLVIEQCKN-SRAVTIFIRGGNKMIIEEAKRSLHDALCVIRNLIR
          340       350        360       370       380       390   

       420       430       440       450       460       470       
pF1KB5 KRALIAGGGAPEIELALRLTEYSRTLSGMESYCVRAFADAMEVIPSTLAENAGLNPISTV
          .. :::: ::  :: ... .     .:.: .::::::.:::: .:.::.:.:::.:.
NP_001 DNRVVYGGGAAEISCALAVSQEADKCPTLEQYAMRAFADALEVIPMALSENSGMNPIQTM
           400       410       420       430       440       450   

       480       490        500       510       520       530      
pF1KB5 TELRNRHAQGEKTA-GINVRKGGISNILEELVVQPLLVSVSALTLATETVRSILKIDDVV
       ::.: :...  . : ::.  . : ... .. :.. :. . . ..:::. :: ::::::. 
NP_001 TEVRARQVKEMNPALGIDCLHKGTNDMKQQHVIETLIGKKQQISLATQMVRMILKIDDIR
           460       470       480       490       500       510   

              
pF1KB5 NTR    
              
NP_001 KPGESEE
           520

>>NP_001293085 (OMIM: 256840,610150) T-complex protein 1  (503 aa)
 initn: 1058 init1: 423 opt: 1164  Z-score: 1349.4  bits: 259.3 E(85289): 2e-68
Smith-Waterman score: 1164; 39.7% identity (72.3% similar) in 501 aa overlap (40-535:2-495)

      10        20        30        40        50        60         
pF1KB5 GATAGAAGGRGKGAYQDRDKPAQIRFSNISAAKAVADAIRTSLGPKGMDKMIQDGKGDVT
                                     ::::::...::::::.:.:::. :  ::::
NP_001                              MAAKAVANTMRTSLGPNGLDKMMVDKDGDVT
                                            10        20        30 

      70        80        90       100       110       120         
pF1KB5 ITNDGATILKQMQVLHPAARMLVELSKAQDIEAGDGTTSVVIIAGSLLDSCTKLLQKGIH
       .::::::::..:.: :  :...:::::.:: : :::::.::..::.::.   .::..:::
NP_001 VTNDGATILSMMDVDHQIAKLMVELSKSQDDEIGDGTTGVVVLAGALLEEAEQLLDRGIH
              40        50        60        70        80        90 

     130       140       150         160       170       180       
pF1KB5 PTIISESFQKALEKGIEILTDMSRPV--ELSDRETLLNSATTSLNSKVVSQYSSLLSPMS
       :  :......: . .:: :  .:  :  ...: : :...: :.:.::::..    .. ..
NP_001 PIRIADGYEQAARVAIEHLDKISDSVLVDIKDTEPLIQTAKTTLGSKVVNSCHRQMAEIA
             100       110       120       130       140       150 

       190       200       210       220       230       240       
pF1KB5 VNAVMKVIDPATATSVDLRDIKIVKKLGGTIDDCELVEGLVLTQKVSNSGITR-VEKAKI
       ::::. : :     .::.. ::.  :.:: ..: .:..:... .  :.  . . :: :::
NP_001 VNAVLTVAD-MERRDVDFELIKVEGKVGGRLEDTKLIKGVIVDKDFSHPQMPKKVEDAKI
             160        170       180       190       200       210

        250       260       270       280       290       300      
pF1KB5 GLIQFCLSAPKTDMDNQIVVSDYAQMDRVLREERAYILNLVKQIKKTGCNVLLIQKSILR
       ...   .  ::    ... :..  ..  . . :.  . ....:::.:: :. . : .   
NP_001 AILTCPFEPPKPKTKHKLDVTSVEDYKALQKYEKEKFEEMIQQIKETGANLAICQWG---
              220       230       240       250       260          

        310       320       330       340       350       360      
pF1KB5 DALSDLALHFLNKMKIMVIKDIEREDIEFICKTIGTKPVAHIDQFTADMLGSAELAEEVN
         ..: : :.: . .. ... .   .::.:  . : . : .....::. :: : :..:..
NP_001 --FDDEANHLLLQNNLPAVRWVGGPEIELIAIATGGRIVPRFSELTAEKLGFAGLVQEIS
         270       280       290       300       310       320     

        370        380       390       400       410       420     
pF1KB5 LNGS-GKLLKITGCASPGKTVTIVVRGSNKLVIEEAERSIHDALCVIRCLVKKRALIAGG
       .. .  :.: :  : . ...::: .::.::..::::.::.:::::::: :..   .. ::
NP_001 FGTTKDKMLVIEQCKN-SRAVTIFIRGGNKMIIEEAKRSLHDALCVIRNLIRDNRVVYGG
         330       340        350       360       370       380    

         430       440       450       460       470       480     
pF1KB5 GAPEIELALRLTEYSRTLSGMESYCVRAFADAMEVIPSTLAENAGLNPISTVTELRNRHA
       :: ::  :: ... .     .:.: .::::::.:::: .:.::.:.:::.:.::.: :..
NP_001 GAAEISCALAVSQEADKCPTLEQYAMRAFADALEVIPMALSENSGMNPIQTMTEVRARQV
          390       400       410       420       430       440    

         490        500       510       520       530             
pF1KB5 QGEKTA-GINVRKGGISNILEELVVQPLLVSVSALTLATETVRSILKIDDVVNTR    
       .  . : ::.  . : ... .. :.. :. . . ..:::. :: ::::::.        
NP_001 KEMNPALGIDCLHKGTNDMKQQHVIETLIGKKQQISLATQMVRMILKIDDIRKPGESEE
          450       460       470       480       490       500   

>>NP_005989 (OMIM: 600114) T-complex protein 1 subunit g  (545 aa)
 initn: 799 init1: 486 opt: 1039  Z-score: 1204.3  bits: 232.6 E(85289): 2.4e-60
Smith-Waterman score: 1039; 34.6% identity (69.3% similar) in 515 aa overlap (27-537:16-524)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MPENVAPRSGATAGAAGGRGKGAYQDRDKPAQIRFSNISAAKAVADAIRTSLGPKGMDKM
                                 :..  ... .::.:::..:: ::: ::::.: ::
NP_005            MMGHRPVLVLSQNTKRESGRKVQSGNINAAKTIADIIRTCLGPKSMMKM
                          10        20        30        40         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 IQDGKGDVTITNDGATILKQMQVLHPAARMLVELSKAQDIEAGDGTTSVVIIAGSLLDSC
       . :  : ...:::: .::...:: ::::. ..:.:..:: :.:::::::.:.:: .:.  
NP_005 LLDPMGGIVMTNDGNAILREIQVQHPAAKSMIEISRTQDEEVGDGTTSVIILAGEMLSVA
      50        60        70        80        90       100         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 TKLLQKGIHPTIISESFQKALEKGIEILTDMSRPVELSDRETLLNSATTSLNSKVVSQYS
        ..:.. .:::..  ...:::.  :  :  .: ::..:: . .::  ..:...:..:..:
NP_005 EHFLEQQMHPTVVISAYRKALDDMISTLKKISIPVDISDSDMMLNIINSSITTKAISRWS
     110       120       130       140       150       160         

              190        200       210        220       230        
pF1KB5 SLLSPMSVNAVMKV-IDPATATSVDLRDIKIVKKL-GGTIDDCELVEGLVLTQKVSNSGI
       ::   ....::  : ..      .:..    :.:. :: :.:  ...:..... :..  .
NP_005 SLACNIALDAVKMVQFEENGRKEIDIKKYARVEKIPGGIIEDSCVLRGVMINKDVTHPRM
     170       180       190       200       210       220         

      240        250       260       270       280       290       
pF1KB5 TR-VEKAKIGLIQFCLSAPKTDMDNQIVVSDYAQMDRVLREERAYILNLVKQIKKTGCNV
        : ... .: :..  :   : . ...: ..   .. :.:. :. :: .: ..: .   .:
NP_005 RRYIKNPRIVLLDSSLEYKKGESQTDIEITREEDFTRILQMEEEYIQQLCEDIIQLKPDV
     230       240       250       260       270       280         

       300       310       320       330       340       350       
pF1KB5 LLIQKSILRDALSDLALHFLNKMKIMVIKDIEREDIEFICKTIGTKPVAHIDQFTADMLG
       .. .:.:     :::: :.: . .: .:. ... : . : .. :.. :.. ...  : .:
NP_005 VITEKGI-----SDLAQHYLMRANITAIRRVRKTDNNRIARACGARIVSRPEELREDDVG
     290            300       310       320       330       340    

       360       370       380       390       400       410       
pF1KB5 SAELAEEVNLNGSGKLLKITGCASPGKTVTIVVRGSNKLVIEEAERSIHDALCVIRCLVK
       ..    :..  :.  .  :: : .: :. ::..::..: .. :.::...::. : : .. 
NP_005 TGAGLLEIKKIGDEYFTFITDCKDP-KACTILLRGASKEILSEVERNLQDAMQVCRNVLL
          350       360        370       380       390       400   

       420       430       440       450       460       470       
pF1KB5 KRALIAGGGAPEIELALRLTEYSRTLSGMESYCVRAFADAMEVIPSTLAENAGLNPISTV
          :. :::: :. .:  ::: :....:.:..  :: :.:.:::: :: .: : . :  .
NP_005 DPQLVPGGGASEMAVAHALTEKSKAMTGVEQWPYRAVAQALEVIPRTLIQNCGASTIRLL
           410       420       430       440       450       460   

       480        490       500       510       520       530      
pF1KB5 TELRNRHAQGE-KTAGINVRKGGISNILEELVVQPLLVSVSALTLATETVRSILKIDDVV
       : :: .:.: . .: :.: . : . .. :  . .:: :....   :.::.  .:.:::.:
NP_005 TSLRAKHTQENCETWGVNGETGTLVDMKELGIWEPLAVKLQTYKTAVETAVLLLRIDDIV
           470       480       490       500       510       520   

                             
pF1KB5 NTR                   
       .                     
NP_005 SGHKKKGDDQSRQGGAPDAGQE
           530       540     

>>NP_006420 (OMIM: 605140) T-complex protein 1 subunit e  (543 aa)
 initn: 830 init1: 413 opt: 1005  Z-score: 1164.9  bits: 225.3 E(85289): 3.8e-58
Smith-Waterman score: 1005; 34.4% identity (68.9% similar) in 514 aa overlap (36-539:24-524)

          10        20        30        40        50        60     
pF1KB5 APRSGATAGAAGGRGKGAYQDRDKPAQIRFSNISAAKAVADAIRTSLGPKGMDKMIQDGK
                                     ::::: ...:.:.::.:::.::::.: ::.
NP_006        MMPTPVILLKEGTDSSQGIPQLVSNISACQVIAEAVRTTLGPRGMDKLIVDGR
                      10        20        30        40        50   

          70        80        90       100       110       120     
pF1KB5 GDVTITNDGATILKQMQVLHPAARMLVELSKAQDIEAGDGTTSVVIIAGSLLDSCTKLLQ
       : .::.:::::::: ..:.::::. ::...:.:: :.:::::::...:. .: .    ..
NP_006 GKATISNDGATILKLLDVVHPAAKTLVDIAKSQDAEVGDGTTSVTLLAAEFLKQVKPYVE
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pF1KB5 KGIHPTIISESFQKALEKGIEILTDMSRPVELSD----RETLLNSATTSLNSKVVSQYSS
       .:.:: :: ..:. : . ... . ...  :. .:    :. : . : :.:.::..:: ..
NP_006 EGLHPQIIIRAFRTATQLAVNKIKEIAVTVKKADKVEQRKLLEKCAMTALSSKLISQQKA
           120       130       140       150       160       170   

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pF1KB5 LLSPMSVNAVMKVIDPATATSVDLRDIKIVKKLGGTIDDCELVEGLVLTQKVSNSGIT--
       ... : :.::: . :      ..:. : : :  ::...: .:: :... .  : .:.   
NP_006 FFAKMVVDAVMMLDD-----LLQLKMIGIKKVQGGALEDSQLVAGVAFKKTFSYAGFEMQ
           180            190       200       210       220        

       240       250       260        270       280       290      
pF1KB5 --RVEKAKIGLIQFCLSAPKTDMDN-QIVVSDYAQMDRVLREERAYILNLVKQIKKTGCN
         . .. ::.:..  :   :.. :: .: :    ... ..  :   . . ...:...: .
NP_006 PKKYHNPKIALLNVELEL-KAEKDNAEIRVHTVEDYQAIVDAEWNILYDKLEKIHHSGAK
      230       240        250       260       270       280       

        300       310       320       330       340       350      
pF1KB5 VLLIQKSILRDALSDLALHFLNKMKIMVIKDIEREDIEFICKTIGTKPVAHIDQFTADML
       :.: .  :     .:.: ...    ..    . .::..    . : .  . .. ..::.:
NP_006 VVLSKLPI-----GDVATQYFADRDMFCAGRVPEEDLKRTMMACGGSIQTSVNALSADVL
       290            300       310       320       330       340  

        360       370       380       390       400       410      
pF1KB5 GSAELAEEVNLNGSGKLLKITGCASPGKTVTIVVRGSNKLVIEEAERSIHDALCVIRCLV
       :  .. ::....:  .   .::: . .:: :...::. .  .::.:::.:::. ..:  .
NP_006 GRCQVFEETQIGGE-RYNFFTGCPK-AKTCTFILRGGAEQFMEETERSLHDAIMIVRRAI
            350        360        370       380       390       400

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pF1KB5 KKRALIAGGGAPEIELALRLTEYSRTLSGMESYCVRAFADAMEVIPSTLAENAGLNPIST
       :. ...::::: :.::.  : .::::. : ..  . :.: :.:.::  : .:::..  . 
NP_006 KNDSVVAGGGAIEMELSKYLRDYSRTIPGKQQLLIGAYAKALEIIPRQLCDNAGFDATNI
              410       420       430       440       450       460

        480       490       500       510       520       530      
pF1KB5 VTELRNRHAQGEKTAGINVRKGGISNILEELVVQPLLVSVSALTLATETVRSILKIDDVV
       ...:: :::::    :... .  :.. .: .: .: .: ..::: :.:..  :...:...
NP_006 LNKLRARHAQGGTWYGVDINNEDIADNFEAFVWEPAMVRINALTAASEAACLIVSVDETI
              470       480       490       500       510       520

                              
pF1KB5 -NTR                   
        : :                   
NP_006 KNPRSTVDAPTAAGRGRGRGRPH
              530       540   

>>XP_011530781 (OMIM: 605140) PREDICTED: T-complex prote  (499 aa)
 initn: 804 init1: 384 opt: 909  Z-score: 1054.4  bits: 204.7 E(85289): 5.4e-52
Smith-Waterman score: 909; 33.3% identity (67.7% similar) in 493 aa overlap (57-539:1-480)

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pF1KB5 RDKPAQIRFSNISAAKAVADAIRTSLGPKGMDKMIQDGKGDVTITNDGATILKQMQVLHP
                                     :::.: ::.: .::.:::::::: ..:.::
XP_011                               MDKLIVDGRGKATISNDGATILKLLDVVHP
                                             10        20        30

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pF1KB5 AARMLVELSKAQDIEAGDGTTSVVIIAGSLLDSCTKLLQKGIHPTIISESFQKALEKGIE
       ::. ::...:.:: :.:::::::...:. .: .    ...:.:: :: ..:. : . ...
XP_011 AAKTLVDIAKSQDAEVGDGTTSVTLLAAEFLKQVKPYVEEGLHPQIIIRAFRTATQLAVN
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pF1KB5 ILTDMSRPVELSD----RETLLNSATTSLNSKVVSQYSSLLSPMSVNAVMKVIDPATATS
        . ...  :. .:    :. : . : :.:.::..:: ..... : :.::: . :      
XP_011 KIKEIAVTVKKADKVEQRKLLEKCAMTALSSKLISQQKAFFAKMVVDAVMMLDD-----L
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pF1KB5 VDLRDIKIVKKLGGTIDDCELVEGLVLTQKVSNSGIT----RVEKAKIGLIQFCLSAPKT
       ..:. : : :  ::...: .:: :... .  : .:.     . .. ::.:..  :   :.
XP_011 LQLKMIGIKKVQGGALEDSQLVAGVAFKKTFSYAGFEMQPKKYHNPKIALLNVELEL-KA
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pF1KB5 DMDN-QIVVSDYAQMDRVLREERAYILNLVKQIKKTGCNVLLIQKSILRDALSDLALHFL
       . :: .: :    ... ..  :   . . ...:...: .:.: .  :     .:.: ...
XP_011 EKDNAEIRVHTVEDYQAIVDAEWNILYDKLEKIHHSGAKVVLSKLPI-----GDVATQYF
          210       220       230       240       250              

       320       330       340       350       360       370       
pF1KB5 NKMKIMVIKDIEREDIEFICKTIGTKPVAHIDQFTADMLGSAELAEEVNLNGSGKLLKIT
           ..    . .::..    . : .  . .. ..::.::  .. ::....:  .   .:
XP_011 ADRDMFCAGRVPEEDLKRTMMACGGSIQTSVNALSADVLGRCQVFEETQIGGE-RYNFFT
     260       270       280       290       300       310         

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pF1KB5 GCASPGKTVTIVVRGSNKLVIEEAERSIHDALCVIRCLVKKRALIAGGGAPEIELALRLT
       :: . .:: :...::. .  .::.:::.:::. ..:  .:. ...::::: :.::.  : 
XP_011 GCPK-AKTCTFILRGGAEQFMEETERSLHDAIMIVRRAIKNDSVVAGGGAIEMELSKYLR
      320        330       340       350       360       370       

       440       450       460       470       480       490       
pF1KB5 EYSRTLSGMESYCVRAFADAMEVIPSTLAENAGLNPISTVTELRNRHAQGEKTAGINVRK
       .::::. : ..  . :.: :.:.::  : .:::..  . ...:: :::::    :... .
XP_011 DYSRTIPGKQQLLIGAYAKALEIIPRQLCDNAGFDATNILNKLRARHAQGGTWYGVDINN
       380       390       400       410       420       430       

       500       510       520       530                           
pF1KB5 GGISNILEELVVQPLLVSVSALTLATETVRSILKIDDVV-NTR                 
         :.. .: .: .: .: ..::: :.:..  :...:... : :                 
XP_011 EDIADNFEAFVWEPAMVRINALTAASEAACLIVSVDETIKNPRSTVDAPTAAGRGRGRGR
       440       450       460       470       480       490       

XP_011 PH
         

>>NP_001159757 (OMIM: 605140) T-complex protein 1 subuni  (499 aa)
 initn: 804 init1: 384 opt: 909  Z-score: 1054.4  bits: 204.7 E(85289): 5.4e-52
Smith-Waterman score: 909; 33.3% identity (67.7% similar) in 493 aa overlap (57-539:1-480)

         30        40        50        60        70        80      
pF1KB5 RDKPAQIRFSNISAAKAVADAIRTSLGPKGMDKMIQDGKGDVTITNDGATILKQMQVLHP
                                     :::.: ::.: .::.:::::::: ..:.::
NP_001                               MDKLIVDGRGKATISNDGATILKLLDVVHP
                                             10        20        30

         90       100       110       120       130       140      
pF1KB5 AARMLVELSKAQDIEAGDGTTSVVIIAGSLLDSCTKLLQKGIHPTIISESFQKALEKGIE
       ::. ::...:.:: :.:::::::...:. .: .    ...:.:: :: ..:. : . ...
NP_001 AAKTLVDIAKSQDAEVGDGTTSVTLLAAEFLKQVKPYVEEGLHPQIIIRAFRTATQLAVN
               40        50        60        70        80        90

        150           160       170       180       190       200  
pF1KB5 ILTDMSRPVELSD----RETLLNSATTSLNSKVVSQYSSLLSPMSVNAVMKVIDPATATS
        . ...  :. .:    :. : . : :.:.::..:: ..... : :.::: . :      
NP_001 KIKEIAVTVKKADKVEQRKLLEKCAMTALSSKLISQQKAFFAKMVVDAVMMLDD-----L
              100       110       120       130       140          

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pF1KB5 VDLRDIKIVKKLGGTIDDCELVEGLVLTQKVSNSGIT----RVEKAKIGLIQFCLSAPKT
       ..:. : : :  ::...: .:: :... .  : .:.     . .. ::.:..  :   :.
NP_001 LQLKMIGIKKVQGGALEDSQLVAGVAFKKTFSYAGFEMQPKKYHNPKIALLNVELEL-KA
         150       160       170       180       190       200     

      260        270       280       290       300       310       
pF1KB5 DMDN-QIVVSDYAQMDRVLREERAYILNLVKQIKKTGCNVLLIQKSILRDALSDLALHFL
       . :: .: :    ... ..  :   . . ...:...: .:.: .  :     .:.: ...
NP_001 EKDNAEIRVHTVEDYQAIVDAEWNILYDKLEKIHHSGAKVVLSKLPI-----GDVATQYF
          210       220       230       240       250              

       320       330       340       350       360       370       
pF1KB5 NKMKIMVIKDIEREDIEFICKTIGTKPVAHIDQFTADMLGSAELAEEVNLNGSGKLLKIT
           ..    . .::..    . : .  . .. ..::.::  .. ::....:  .   .:
NP_001 ADRDMFCAGRVPEEDLKRTMMACGGSIQTSVNALSADVLGRCQVFEETQIGGE-RYNFFT
     260       270       280       290       300       310         

       380       390       400       410       420       430       
pF1KB5 GCASPGKTVTIVVRGSNKLVIEEAERSIHDALCVIRCLVKKRALIAGGGAPEIELALRLT
       :: . .:: :...::. .  .::.:::.:::. ..:  .:. ...::::: :.::.  : 
NP_001 GCPK-AKTCTFILRGGAEQFMEETERSLHDAIMIVRRAIKNDSVVAGGGAIEMELSKYLR
      320        330       340       350       360       370       

       440       450       460       470       480       490       
pF1KB5 EYSRTLSGMESYCVRAFADAMEVIPSTLAENAGLNPISTVTELRNRHAQGEKTAGINVRK
       .::::. : ..  . :.: :.:.::  : .:::..  . ...:: :::::    :... .
NP_001 DYSRTIPGKQQLLIGAYAKALEIIPRQLCDNAGFDATNILNKLRARHAQGGTWYGVDINN
       380       390       400       410       420       430       

       500       510       520       530                           
pF1KB5 GGISNILEELVVQPLLVSVSALTLATETVRSILKIDDVV-NTR                 
         :.. .: .: .: .: ..::: :.:..  :...:... : :                 
NP_001 EDIADNFEAFVWEPAMVRINALTAASEAACLIVSVDETIKNPRSTVDAPTAAGRGRGRGR
       440       450       460       470       480       490       

NP_001 PH
         

>>XP_011530780 (OMIM: 605140) PREDICTED: T-complex prote  (499 aa)
 initn: 804 init1: 384 opt: 909  Z-score: 1054.4  bits: 204.7 E(85289): 5.4e-52
Smith-Waterman score: 909; 33.3% identity (67.7% similar) in 493 aa overlap (57-539:1-480)

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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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