Result of FASTA (omim) for pF1KB5244
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5244, 356 aa
  1>>>pF1KB5244 356 - 356 aa - 356 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.6729+/-0.000357; mu= 5.0189+/- 0.023
 mean_var=303.0724+/-60.326, 0's: 0 Z-trim(123.6): 27  B-trim: 0 in 0/62
 Lambda= 0.073672
 statistics sampled from 43792 (43821) to 43792 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.813), E-opt: 0.2 (0.514), width:  16
 Scan time:  9.000

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_002491 (OMIM: 125853,601724,606394) neurogenic  ( 356) 2437 271.8 1.6e-72
NP_067014 (OMIM: 611635) neurogenic differentiatio ( 331) 1102 129.9   8e-30
NP_006151 (OMIM: 601725) neurogenic differentiatio ( 382) 1092 128.9 1.8e-29
NP_073565 (OMIM: 611513) neurogenic differentiatio ( 337) 1011 120.2 6.6e-27
NP_076924 (OMIM: 606624) neurogenin-2 [Homo sapien ( 272)  297 44.2  0.0004
NP_006152 (OMIM: 601726) neurogenin-1 [Homo sapien ( 237)  292 43.6 0.00053
NP_066279 (OMIM: 604882,610370) neurogenin-3 [Homo ( 214)  277 42.0  0.0015
XP_016871769 (OMIM: 604882,610370) PREDICTED: neur ( 214)  277 42.0  0.0015


>>NP_002491 (OMIM: 125853,601724,606394) neurogenic diff  (356 aa)
 initn: 2437 init1: 2437 opt: 2437  Z-score: 1422.9  bits: 271.8 E(85289): 1.6e-72
Smith-Waterman score: 2437; 100.0% identity (100.0% similar) in 356 aa overlap (1-356:1-356)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLEAMNAEEDSLRNGGEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLEAMNAEEDSLRNGGEEE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 DEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGLNAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 DEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGLNAA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 LDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 LDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQPT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 TNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSSHVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 TNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSSHVF
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 HVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNYAFT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 HVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNYAFT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350      
pF1KB5 MHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERVMSAQLNAIFHD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERVMSAQLNAIFHD
              310       320       330       340       350      

>>NP_067014 (OMIM: 611635) neurogenic differentiation fa  (331 aa)
 initn: 1187 init1: 714 opt: 1102  Z-score: 656.4  bits: 129.9 E(85289): 8e-30
Smith-Waterman score: 1207; 52.9% identity (77.9% similar) in 357 aa overlap (1-354:1-329)

               10        20        30        40           50       
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDD---LEAMNAEEDSLRNGG
       :.:.. .:  :::    . ::: :. :.::.: .: ...      : ... :.::.    
NP_067 MSKTFVKSKEMGEL--VNTPSWMDKGLGSQNEVKEEESRPGTYGMLSSLTEEHDSI----
               10          20        30        40        50        

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB5 EEEDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGL
                  :::::::.: .::::::::::::::::::::. ::.:::::::.:::::
NP_067 -----------EEEEEEEEDGEKPKRRGPKKKKMTKARLERFRARRVKANARERTRMHGL
                      60        70        80        90       100   

       120       130       140       150       160       170       
pF1KB5 NAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLS
       : ::::::.:.::::::::::::::::::.::::::::.:..:..:.  .::. ::::::
NP_067 NDALDNLRRVMPCYSKTQKLSKIETLRLARNYIWALSEVLETGQTPEGKGFVEMLCKGLS
           110       120       130       140       150       160   

       180       190       200       210       220       230       
pF1KB5 QPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSS
       :::.:::::::::.:.. : :...:  :   .:   . :: ..:::::::::::: :.. 
NP_067 QPTSNLVAGCLQLGPQSVLLEKHEDKSPICDSA---ISVHNFNYQSPGLPSPPYGHMET-
           170       180       190          200       210          

       240       250       260       270       280       290       
pF1KB5 HVFHVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNY
       :..:.:  :.....  :  : : : ::..: ..:::.:::::.::::.:.. : ..::.:
NP_067 HLLHLK--PQVFKSLGESSFGSHLPDCSTPPYEGPLTPPLSISGNFSLKQDGSPDLEKSY
     220         230       240       250       260       270       

       300       310       320       330       340       350      
pF1KB5 AFTMHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERVMSAQLNAIFHD
       .:  :::...:.... :.. :.. ..:: ..:::  ::.::. ::   ...:::..:  
NP_067 SFMPHYPSSSLSSGHVHSTPFQA-GTPRYDVPID--MSYDSYPHHG--IGTQLNTVFTE
       280       290       300        310         320         330 

>>NP_006151 (OMIM: 601725) neurogenic differentiation fa  (382 aa)
 initn: 1075 init1: 811 opt: 1092  Z-score: 650.0  bits: 128.9 E(85289): 1.8e-29
Smith-Waterman score: 1092; 51.5% identity (69.5% similar) in 361 aa overlap (6-356:31-382)

                                        10         20        30    
pF1KB5                          MTKSYSESGLMGEPQPQGP-PSWTDECLSSQDEEH
                                     :..:    : : .: :.      ...    
NP_006 MLTRLFSEPGLLSDVPKFASWGDGEDDEPRSDKGDAPPPPPPAPGPGAPGPARAAKPVPL
               10        20        30        40        50        60

           40        50        60        70        80        90    
pF1KB5 EADKKEDDLEAMNAEEDSLRNGGEEEDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKA
       ....  .   :   ::  :  :::::.:    :::::  .: . ..::.:::::.:::::
NP_006 RGEEGTEATLAEVKEEGEL--GGEEEEE----EEEEEGLDEAEGERPKKRGPKKRKMTKA
               70          80            90       100       110    

          100       110       120       130       140       150    
pF1KB5 RLERFKLRRMKANARERNRMHGLNAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALS
       :::: ::::.::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_006 RLERSKLRRQKANARERNRMHDLNAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALS
          120       130       140       150       160       170    

          160       170       180       190       200       210    
pF1KB5 EILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASF
       ::::::: :::::.::::::::::::::::::::::: :.:: ::. :   ..  ... :
NP_006 EILRSGKRPDLVSYVQTLCKGLSQPTTNLVAGCLQLNSRNFLTEQGADGAGRFHGSGGPF
          180       190       200       210       220       230    

          220          230       240       250       260       270 
pF1KB5 PVHPYSYQSP---GLPSPPYGTMDSSHVFHVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFD-
        .::: :      :      : . .. .  ..   :.: :: : .. .     .::... 
NP_006 AMHPYPYPCSRLAGAQCQAAGGLGGGAAHALRT--HGYCAAYETLYAAAGGGGASPDYNS
          240       250       260         270       280       290  

                  280       290       300       310       320      
pF1KB5 ----GPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNYAFTMHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRC
           ::::::: .:::::.:.. : . ::.: ..::: :   .   .:: .: :..: : 
NP_006 SEYEGPLSPPLCLNGNFSLKQDSSPDHEKSYHYSMHYSALPGSRPTGHGLVF-GSSAVRG
            300       310       320       330       340        350 

        330       340        350      
pF1KB5 EIPIDNIMSFDSHSHHER-VMSAQLNAIFHD
        .  .:..:.: : ::.:  :  .:::.::.
NP_006 GVHSENLLSYDMHLHHDRGPMYEELNAFFHN
             360       370       380  

>>NP_073565 (OMIM: 611513) neurogenic differentiation fa  (337 aa)
 initn: 941 init1: 724 opt: 1011  Z-score: 604.0  bits: 120.2 E(85289): 6.6e-27
Smith-Waterman score: 1053; 49.9% identity (71.9% similar) in 359 aa overlap (1-356:2-337)

                10        20        30        40        50         
pF1KB5  MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLEAMNAEEDSLRNGGEE
        .:  ..:: .:  :. :   ... ::    .....  : :.  . .  .  :.. .  :
NP_073 MLTLPFDESVVM--PESQMCRKFSREC----EDQKQIKKPESFSKQIVLRGKSIKRAPGE
               10          20            30        40        50    

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB5 EDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGLNA
       : : :  ::::..::::..  :.::: .::: :: :::: :.::..::::::::::::: 
NP_073 ETEKE--EEEEDREEEDENGLPRRRGLRKKKTTKLRLERVKFRRQEANARERNRMHGLND
             60        70        80        90       100       110  

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB5 ALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: :::..:::.::::::::
NP_073 ALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRIGKRPDLLTFVQNLCKGLSQP
            120       130       140       150       160       170  

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB5 TTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPP-YGTMDSSH
       :::::::::::: :.::  :. .   :  .  ..:  .:  :.:: : .:: .::.:.:.
NP_073 TTNLVAGCLQLNARSFLMGQGGEAAHHTRSPYSTF--YP-PYHSPELTTPPGHGTLDNSK
            180       190       200          210       220         

      240       250       260       270        280       290       
pF1KB5 VFHVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPP-LSINGNFSFKHEPSAEFEKNY
        ..    :. : .: : :.::   .:.::.:.:::::: .. :: ::.:.: . .. :::
NP_073 SMK----PYNYCSAYESFYESTSPECASPQFEGPLSPPPINYNGIFSLKQEETLDYGKNY
     230           240       250       260       270       280     

       300       310       320       330       340        350      
pF1KB5 AFTMHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERV-MSAQLNAIFHD
        . ::: :.   :  ..:..:        ..: :. . .: : . . . :. .:::.::.
NP_073 NYGMHYCAVPPRGPLGQGAMF--------RLPTDSHFPYDLHLRSQSLTMQDELNAVFHN
         290       300               310       320       330       

>>NP_076924 (OMIM: 606624) neurogenin-2 [Homo sapiens]    (272 aa)
 initn: 326 init1: 271 opt: 297  Z-score: 195.0  bits: 44.2 E(85289): 0.0004
Smith-Waterman score: 297; 37.8% identity (58.0% similar) in 193 aa overlap (76-253:85-265)

          50        60        70        80         90       100    
pF1KB5 MNAEEDSLRNGGEEEDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKR-RGPKKKKMTKARLERFK-LRR
                                     :  ..:.: :. ..   :   ..:.:  ::
NP_076 RGAEAGQGARGGVAAGAEGCRPARLLGLVHDCKRRPSRARAVSRGAKTAETVQRIKKTRR
           60        70        80        90       100       110    

           110       120       130       140       150             
pF1KB5 MKANARERNRMHGLNAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILR-----
       .::: :::::::.:::::: ::.:.: . .  ::.::::::.:.::::::.: ::     
NP_076 LKANNRERNRMHNLNAALDALREVLPTFPEDAKLTKIETLRFAHNYIWALTETLRLADHC
          120       130       140       150       160       170    

         160        170       180       190       200       210    
pF1KB5 ---SGKSPD-LVSFVQTLCKGLSQPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASF
          .:  :  : : .  :  : .  .. : ..  . .: .     :.  :    .. .: 
NP_076 GGGGGGLPGALFSEAVLLSPGGA--SAALSSSGDSPSPASTWSCTNSPAPS---SSVSSN
          180       190         200       210       220            

          220        230       240          250       260       270
pF1KB5 PVHPYSYQ-SPGLPSPPYGTMDSSHVFHVKPPP---HAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFD
        . :::   ::.  ::  . ::     . .:::   : :.  :                 
NP_076 STSPYSCTLSPA--SPAGSDMD-----YWQPPPPDKHRYAPHLPIARDCI          
     230       240              250       260       270            

              280       290       300       310       320       330
pF1KB5 GPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNYAFTMHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPI

>>NP_006152 (OMIM: 601726) neurogenin-1 [Homo sapiens]    (237 aa)
 initn: 336 init1: 278 opt: 292  Z-score: 192.8  bits: 43.6 E(85289): 0.00053
Smith-Waterman score: 292; 55.3% identity (77.6% similar) in 85 aa overlap (75-158:65-149)

           50        60        70        80        90       100    
pF1KB5 AMNAEEDSLRNGGEEEDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKL-RR
                                     .::.:. .::  . .  ..: :. ..  ::
NP_006 LQQAASASGPPAPARRGAPNISRASEVPGAQDDEQERRRRRGRTRVRSEALLHSLRRSRR
           40        50        60        70        80        90    

           110       120       130       140       150       160   
pF1KB5 MKANARERNRMHGLNAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSP
       .::: :::::::.:::::: ::.:.: .    ::.::::::.: ::::::.: ::     
NP_006 VKANDRERNRMHNLNAALDALRSVLPSFPDDTKLTKIETLRFAYNYIWALAETLRLADQG
          100       110       120       130       140       150    

           170       180       190       200       210       220   
pF1KB5 DLVSFVQTLCKGLSQPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQS
                                                                   
NP_006 LPGGGARERLLPPQCVPCLPGPPSPASDAESWGSGAAAASPLSDPSSPAASEDFTYRPGD
          160       170       180       190       200       210    

>>NP_066279 (OMIM: 604882,610370) neurogenin-3 [Homo sap  (214 aa)
 initn: 279 init1: 247 opt: 277  Z-score: 184.7  bits: 42.0 E(85289): 0.0015
Smith-Waterman score: 277; 38.5% identity (60.1% similar) in 148 aa overlap (14-158:3-140)

               10        20        30        40         50         
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLEA-MNAEEDSLRNGGEE
                    :::.: :.     .. . :.     .::..    .:  .  :. :  
NP_066            MTPQPSGAPTVQ---VTRETERSFPRASEDEVTCPTSAPPSPTRTRG--
                          10           20        30        40      

      60        70        80         90        100       110       
pF1KB5 EDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPK-RRGPKKKKMTKARLER-FKLRRMKANARERNRMHGL
            .  : ::   .   .: . ::: ...  ..  : .  . :: ::: :::::::.:
NP_066 -----NCAEAEEGGCRGAPRKLRARRGGRSRPKSELALSKQRRSRRKKANDRERNRMHNL
                50        60        70        80        90         

       120       130       140       150       160       170       
pF1KB5 NAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLS
       :.::: :: :.: .    ::.::::::.:.::::::.. ::                   
NP_066 NSALDALRGVLPTFPDDAKLTKIETLRFAHNYIWALTQTLRIADHSLYALEPPAPHCGEL
     100       110       120       130       140       150         

       180       190       200       210       220       230       
pF1KB5 QPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSS
                                                                   
NP_066 GSPGGSPGDWGSLYSPVSQAGSLSPAASLEERPGLLGATFSACLSPGSLAFSDFL     
     160       170       180       190       200       210         

>>XP_016871769 (OMIM: 604882,610370) PREDICTED: neurogen  (214 aa)
 initn: 279 init1: 247 opt: 277  Z-score: 184.7  bits: 42.0 E(85289): 0.0015
Smith-Waterman score: 277; 38.5% identity (60.1% similar) in 148 aa overlap (14-158:3-140)

               10        20        30        40         50         
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLEA-MNAEEDSLRNGGEE
                    :::.: :.     .. . :.     .::..    .:  .  :. :  
XP_016            MTPQPSGAPTVQ---VTRETERSFPRASEDEVTCPTSAPPSPTRTRG--
                          10           20        30        40      

      60        70        80         90        100       110       
pF1KB5 EDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPK-RRGPKKKKMTKARLER-FKLRRMKANARERNRMHGL
            .  : ::   .   .: . ::: ...  ..  : .  . :: ::: :::::::.:
XP_016 -----NCAEAEEGGCRGAPRKLRARRGGRSRPKSELALSKQRRSRRKKANDRERNRMHNL
                50        60        70        80        90         

       120       130       140       150       160       170       
pF1KB5 NAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLS
       :.::: :: :.: .    ::.::::::.:.::::::.. ::                   
XP_016 NSALDALRGVLPTFPDDAKLTKIETLRFAHNYIWALTQTLRIADHSLYALEPPAPHCGEL
     100       110       120       130       140       150         

       180       190       200       210       220       230       
pF1KB5 QPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSS
                                                                   
XP_016 GSPGGSPGDWGSLYSPVSQAGSLSPAASLEERPGLLGATFSACLSPGSLAFSDFL     
     160       170       180       190       200       210         




356 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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