Result of FASTA (ccds) for pF1KB5244
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5244, 356 aa
  1>>>pF1KB5244 356 - 356 aa - 356 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.8499+/-0.00089; mu= 3.9335+/- 0.054
 mean_var=274.5804+/-55.100, 0's: 0 Z-trim(115.7): 30  B-trim: 0 in 0/54
 Lambda= 0.077400
 statistics sampled from 16210 (16236) to 16210 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.803), E-opt: 0.2 (0.499), width:  16
 Scan time:  2.880

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS2283.1 NEUROD1 gene_id:4760|Hs108|chr2         ( 356) 2432 284.1 1.2e-76
CCDS8886.1 NEUROD4 gene_id:58158|Hs108|chr12       ( 331) 1102 135.6   6e-32
CCDS11338.1 NEUROD2 gene_id:4761|Hs108|chr17       ( 382) 1092 134.5 1.4e-31
CCDS5434.1 NEUROD6 gene_id:63974|Hs108|chr7        ( 337) 1011 125.4 6.9e-29


>>CCDS2283.1 NEUROD1 gene_id:4760|Hs108|chr2              (356 aa)
 initn: 2432 init1: 2432 opt: 2432  Z-score: 1489.3  bits: 284.1 E(32554): 1.2e-76
Smith-Waterman score: 2432; 99.7% identity (100.0% similar) in 356 aa overlap (1-356:1-356)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLEAMNAEEDSLRNGGEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS22 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLETMNAEEDSLRNGGEEE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 DEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGLNAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 DEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGLNAA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 LDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQPT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 LDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQPT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 TNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSSHVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 TNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSSHVF
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 HVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNYAFT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 HVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNYAFT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350      
pF1KB5 MHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERVMSAQLNAIFHD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS22 MHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERVMSAQLNAIFHD
              310       320       330       340       350      

>>CCDS8886.1 NEUROD4 gene_id:58158|Hs108|chr12            (331 aa)
 initn: 1187 init1: 714 opt: 1102  Z-score: 687.1  bits: 135.6 E(32554): 6e-32
Smith-Waterman score: 1207; 52.9% identity (77.9% similar) in 357 aa overlap (1-354:1-329)

               10        20        30        40           50       
pF1KB5 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDD---LEAMNAEEDSLRNGG
       :.:.. .:  :::    . ::: :. :.::.: .: ...      : ... :.::.    
CCDS88 MSKTFVKSKEMGEL--VNTPSWMDKGLGSQNEVKEEESRPGTYGMLSSLTEEHDSI----
               10          20        30        40        50        

        60        70        80        90       100       110       
pF1KB5 EEEDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGL
                  :::::::.: .::::::::::::::::::::. ::.:::::::.:::::
CCDS88 -----------EEEEEEEEDGEKPKRRGPKKKKMTKARLERFRARRVKANARERTRMHGL
                      60        70        80        90       100   

       120       130       140       150       160       170       
pF1KB5 NAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLS
       : ::::::.:.::::::::::::::::::.::::::::.:..:..:.  .::. ::::::
CCDS88 NDALDNLRRVMPCYSKTQKLSKIETLRLARNYIWALSEVLETGQTPEGKGFVEMLCKGLS
           110       120       130       140       150       160   

       180       190       200       210       220       230       
pF1KB5 QPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSS
       :::.:::::::::.:.. : :...:  :   .:   . :: ..:::::::::::: :.. 
CCDS88 QPTSNLVAGCLQLGPQSVLLEKHEDKSPICDSA---ISVHNFNYQSPGLPSPPYGHMET-
           170       180       190          200       210          

       240       250       260       270       280       290       
pF1KB5 HVFHVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNY
       :..:.:  :.....  :  : : : ::..: ..:::.:::::.::::.:.. : ..::.:
CCDS88 HLLHLK--PQVFKSLGESSFGSHLPDCSTPPYEGPLTPPLSISGNFSLKQDGSPDLEKSY
     220         230       240       250       260       270       

       300       310       320       330       340       350      
pF1KB5 AFTMHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERVMSAQLNAIFHD
       .:  :::...:.... :.. :.. ..:: ..:::  ::.::. ::   ...:::..:  
CCDS88 SFMPHYPSSSLSSGHVHSTPFQA-GTPRYDVPID--MSYDSYPHHG--IGTQLNTVFTE
       280       290       300        310         320         330 

>>CCDS11338.1 NEUROD2 gene_id:4761|Hs108|chr17            (382 aa)
 initn: 1075 init1: 811 opt: 1092  Z-score: 680.3  bits: 134.5 E(32554): 1.4e-31
Smith-Waterman score: 1092; 51.5% identity (69.5% similar) in 361 aa overlap (6-356:31-382)

                                        10         20        30    
pF1KB5                          MTKSYSESGLMGEPQPQGP-PSWTDECLSSQDEEH
                                     :..:    : : .: :.      ...    
CCDS11 MLTRLFSEPGLLSDVPKFASWGDGEDDEPRSDKGDAPPPPPPAPGPGAPGPARAAKPVPL
               10        20        30        40        50        60

           40        50        60        70        80        90    
pF1KB5 EADKKEDDLEAMNAEEDSLRNGGEEEDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKA
       ....  .   :   ::  :  :::::.:    :::::  .: . ..::.:::::.:::::
CCDS11 RGEEGTEATLAEVKEEGEL--GGEEEEE----EEEEEGLDEAEGERPKKRGPKKRKMTKA
               70          80            90       100       110    

          100       110       120       130       140       150    
pF1KB5 RLERFKLRRMKANARERNRMHGLNAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALS
       :::: ::::.::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RLERSKLRRQKANARERNRMHDLNAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALS
          120       130       140       150       160       170    

          160       170       180       190       200       210    
pF1KB5 EILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASF
       ::::::: :::::.::::::::::::::::::::::: :.:: ::. :   ..  ... :
CCDS11 EILRSGKRPDLVSYVQTLCKGLSQPTTNLVAGCLQLNSRNFLTEQGADGAGRFHGSGGPF
          180       190       200       210       220       230    

          220          230       240       250       260       270 
pF1KB5 PVHPYSYQSP---GLPSPPYGTMDSSHVFHVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFD-
        .::: :      :      : . .. .  ..   :.: :: : .. .     .::... 
CCDS11 AMHPYPYPCSRLAGAQCQAAGGLGGGAAHALRT--HGYCAAYETLYAAAGGGGASPDYNS
          240       250       260         270       280       290  

                  280       290       300       310       320      
pF1KB5 ----GPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNYAFTMHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRC
           ::::::: .:::::.:.. : . ::.: ..::: :   .   .:: .: :..: : 
CCDS11 SEYEGPLSPPLCLNGNFSLKQDSSPDHEKSYHYSMHYSALPGSRPTGHGLVF-GSSAVRG
            300       310       320       330       340        350 

        330       340        350      
pF1KB5 EIPIDNIMSFDSHSHHER-VMSAQLNAIFHD
        .  .:..:.: : ::.:  :  .:::.::.
CCDS11 GVHSENLLSYDMHLHHDRGPMYEELNAFFHN
             360       370       380  

>>CCDS5434.1 NEUROD6 gene_id:63974|Hs108|chr7             (337 aa)
 initn: 941 init1: 724 opt: 1011  Z-score: 632.1  bits: 125.4 E(32554): 6.9e-29
Smith-Waterman score: 1053; 49.9% identity (71.9% similar) in 359 aa overlap (1-356:2-337)

                10        20        30        40        50         
pF1KB5  MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDDLEAMNAEEDSLRNGGEE
        .:  ..:: .:  :. :   ... ::    .....  : :.  . .  .  :.. .  :
CCDS54 MLTLPFDESVVM--PESQMCRKFSREC----EDQKQIKKPESFSKQIVLRGKSIKRAPGE
               10          20            30        40        50    

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB5 EDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGLNA
       : : :  ::::..::::..  :.::: .::: :: :::: :.::..::::::::::::: 
CCDS54 ETEKE--EEEEDREEEDENGLPRRRGLRKKKTTKLRLERVKFRRQEANARERNRMHGLND
             60        70        80        90       100       110  

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB5 ALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLSQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :: :::..:::.::::::::
CCDS54 ALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRIGKRPDLLTFVQNLCKGLSQP
            120       130       140       150       160       170  

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB5 TTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPP-YGTMDSSH
       :::::::::::: :.::  :. .   :  .  ..:  .:  :.:: : .:: .::.:.:.
CCDS54 TTNLVAGCLQLNARSFLMGQGGEAAHHTRSPYSTF--YP-PYHSPELTTPPGHGTLDNSK
            180       190       200          210       220         

      240       250       260       270        280       290       
pF1KB5 VFHVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPP-LSINGNFSFKHEPSAEFEKNY
        ..    :. : .: : :.::   .:.::.:.:::::: .. :: ::.:.: . .. :::
CCDS54 SMK----PYNYCSAYESFYESTSPECASPQFEGPLSPPPINYNGIFSLKQEETLDYGKNY
     230           240       250       260       270       280     

       300       310       320       330       340        350      
pF1KB5 AFTMHYPAATLAGAQSHGSIFSGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERV-MSAQLNAIFHD
        . ::: :.   :  ..:..:        ..: :. . .: : . . . :. .:::.::.
CCDS54 NYGMHYCAVPPRGPLGQGAMF--------RLPTDSHFPYDLHLRSQSLTMQDELNAVFHN
         290       300               310       320       330       




356 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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