Result of FASTA (ccds) for pF1KB5199
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5199, 452 aa
  1>>>pF1KB5199 452 - 452 aa - 452 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0112+/-0.0011; mu= 18.7041+/- 0.066
 mean_var=60.0376+/-12.207, 0's: 0 Z-trim(101.7): 67  B-trim: 29 in 1/47
 Lambda= 0.165525
 statistics sampled from 6552 (6621) to 6552 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.56), E-opt: 0.2 (0.203), width:  16
 Scan time:  2.870

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1             ( 452) 2965 717.0 9.4e-207
CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473) 1093 270.0 3.6e-72
CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 512) 1093 270.0 3.9e-72
CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5          ( 474) 1090 269.3   6e-72
CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4          ( 474) 1088 268.8 8.4e-72
CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 473) 1077 266.2 5.2e-71
CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5           ( 440) 1060 262.1 8.1e-70
CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6         ( 462) 1049 259.5 5.2e-69
CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6         ( 392) 1048 259.2 5.4e-69
CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6          ( 479) 1049 259.5 5.4e-69
CCDS5020.3 GABRR2 gene_id:2570|Hs108|chr6          ( 465) 1032 255.4 8.7e-68
CCDS54617.1 GABRR3 gene_id:200959|Hs108|chr3       ( 467) 1015 251.4 1.5e-66
CCDS4359.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5          ( 475)  968 240.2 3.5e-63
CCDS54942.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5          ( 457)  967 239.9   4e-63
CCDS3822.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4           ( 464)  965 239.4 5.7e-63
CCDS14707.1 GABRQ gene_id:55879|Hs108|chrX         ( 632)  936 232.6   9e-61
CCDS53921.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 402)  933 231.8   1e-60
CCDS4320.1 GLRA1 gene_id:2741|Hs108|chr5           ( 449)  927 230.4   3e-60
CCDS48085.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 452)  926 230.1 3.6e-60
CCDS14160.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 452)  926 230.1 3.6e-60
CCDS4358.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5          ( 467)  924 229.6 5.1e-60
CCDS43283.1 GLRA3 gene_id:8001|Hs108|chr4          ( 449)  918 228.2 1.3e-59
CCDS43980.2 GLRA4 gene_id:441509|Hs108|chrX        ( 417)  911 226.5   4e-59
CCDS53920.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15        ( 388)  910 226.3 4.4e-59
CCDS45195.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15        ( 467)  885 220.3 3.2e-57
CCDS3473.1 GABRA4 gene_id:2557|Hs108|chr4          ( 554)  861 214.6   2e-55
CCDS3470.1 GABRG1 gene_id:2565|Hs108|chr4          ( 465)  854 212.9 5.4e-55
CCDS75368.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5          ( 289)  850 211.9 7.1e-55
CCDS4356.1 GABRA6 gene_id:2559|Hs108|chr5          ( 453)  851 212.2 8.8e-55
CCDS14706.1 GABRA3 gene_id:2556|Hs108|chrX         ( 492)  849 211.8 1.3e-54
CCDS45194.1 GABRA5 gene_id:2558|Hs108|chr15        ( 462)  832 207.7 2.1e-53
CCDS55371.1 GLRA2 gene_id:2742|Hs108|chrX          ( 363)  830 207.1 2.4e-53
CCDS14703.1 GABRE gene_id:2564|Hs108|chrX          ( 506)  812 202.9 6.1e-52
CCDS4357.1 GABRA1 gene_id:2554|Hs108|chr5          ( 456)  809 202.2 9.2e-52
CCDS3471.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4          ( 451)  804 201.0 2.1e-51
CCDS82921.1 GABRA2 gene_id:2555|Hs108|chr4         ( 511)  804 201.0 2.3e-51
CCDS3796.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4            ( 497)  728 182.9 6.6e-46
CCDS54813.1 GLRB gene_id:2743|Hs108|chr4           ( 303)  587 149.1   6e-36
CCDS59251.1 GABRG3 gene_id:2567|Hs108|chr15        ( 253)  477 122.8 4.2e-28
CCDS47333.1 GABRG2 gene_id:2566|Hs108|chr5         ( 515)  411 107.2 4.2e-23
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4         ( 479)  307 82.3 1.2e-15
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11         ( 463)  304 81.6 1.9e-15
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 484)  304 81.6 1.9e-15
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3         ( 447)  285 77.0 4.2e-14
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 456)  272 73.9 3.7e-13
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3         ( 471)  272 74.0 3.8e-13
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11          ( 441)  271 73.7 4.2e-13
CCDS58869.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 441)  270 73.5   5e-13
CCDS58870.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 456)  270 73.5 5.1e-13
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8          ( 458)  264 72.0 1.4e-12


>>CCDS36.1 GABRD gene_id:2563|Hs108|chr1                  (452 aa)
 initn: 2965 init1: 2965 opt: 2965  Z-score: 3825.3  bits: 717.0 E(32554): 9.4e-207
Smith-Waterman score: 2965; 100.0% identity (100.0% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MDAPARLLAPLLLLCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 MDAPARLLAPLLLLCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 GPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFVDKLW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 GPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFVDKLW
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 LPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 LPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECML
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 DLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 DLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLH
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 FHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 FHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 LPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAKVKVSRPRAEMDVRNAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 LPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAKVKVSRPRAEMDVRNAI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 VLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 VLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450  
pF1KB5 PIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 PIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
              430       440       450  

>>CCDS10018.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15             (473 aa)
 initn: 1137 init1: 657 opt: 1093  Z-score: 1409.1  bits: 270.0 E(32554): 3.6e-72
Smith-Waterman score: 1171; 40.8% identity (70.8% similar) in 476 aa overlap (7-450:8-471)

                10        20          30        40         50      
pF1KB5  MDAPARLLAPLLLLCAQQLRGT--RAMNDIGDYVGSNLEISWLPN-LDGLIAGYARNFR
              :: :. :  .   ::.  :..:: :.       .:.. . .: :. ::   .:
CCDS10 MCSGLLELLLPIWLSWTLGTRGSEPRSVNDPGN-------MSFVKETVDKLLKGYDIRLR
               10        20        30               40        50   

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB5 PGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFV
       : .::::: :.. ...:::: .::.::.::.:....: :::.::.:.    .: ::.: .
CCDS10 PDFGGPPVCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLTLDNRVA
            60        70        80        90       100       110   

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB5 DKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQ
       :.::.:::...: :... : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .::.:::
CCDS10 DQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQ
           120       130       140       150       160       170   

        180       190       200       210       220       230      
pF1KB5 ECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPR
       .: :..:::::...:: .::  ... . :.....: ::.:. .:.... . : ..: .::
CCDS10 NCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVF-ATGAYPR
           180       190       200       210       220        230  

        240       250       260       270       280       290      
pF1KB5 LSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVS
       ::: :.:.:: : .:.:.::::.:.. .:::::::.  :  :::.:::::::::::. . 
CCDS10 LSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTINTH
            240       250       260       270       280       290  

        300       310       320       330           340            
pF1KB5 ARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHF----NADYRKKQ----KAKVKVS
        : .::.   .::.:.:.  :.:::: ::.::::...     .  :.:.     ::.: .
CCDS10 LRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKTAKAKND
            300       310       320       330       340       350  

      350          360                 370              380        
pF1KB5 RPRAE---MDVRNAIVLFSL----------SAAGVTQELAIS-------RRQRRVPGNLM
       : ..:   .:... :.: ::          .. : :.. :::        :.. .: .  
CCDS10 RSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQSMPRE--
            360       370       380       390       400       410  

      390       400       410       420        430       440       
pF1KB5 GSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLRPI-DADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYW
       :  : .: ..   ::    : ..:  .. ..  . :...:: ..: ::: .:.  :..::
CCDS10 GHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQ--LKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSLFNLVYW
              420       430         440       450       460        

       450  
pF1KB5 AAYAM
         :  
CCDS10 LYYVN
      470   

>>CCDS4355.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5               (512 aa)
 initn: 1169 init1: 674 opt: 1093  Z-score: 1408.5  bits: 270.0 E(32554): 3.9e-72
Smith-Waterman score: 1129; 41.6% identity (70.2% similar) in 447 aa overlap (10-436:16-447)

                     10          20        30        40        50  
pF1KB5       MDAPARLLAPLLL--LCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYA
                      ::..  .:::..     :. . . :            : :. :: 
CCDS43 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETV------------DRLLKGYD
               10        20        30        40                    

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pF1KB5 RNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLD
         .:: .::::: :.. ...:::: .::.::.::.:....:.:::.:::::    .: ::
CCDS43 IRLRPDFGGPPVAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLD
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pF1KB5 SRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYP
       .: .:.::.:::...: :... : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .::
CCDS43 NRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYP
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pF1KB5 MDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAG
       .:::.: :..:::::...:: .::  ... . :. :..: ::.:..:.. :. . : :.:
CCDS43 LDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVF-STG
      170       180       190       200       210       220        

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pF1KB5 QFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTT
       ..::::: :.:.:: : .:.:.::::.:.. .:::::::.  :  :::.:::::::::::
CCDS43 SYPRLSLSFKLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTT
       230       240       250       260       270       280       

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pF1KB5 LMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAH---FNADYRKKQKAKVKVSR
       . .  : .::.   .::.:.:.  :.:::: ::.:::...   :.   ....::  :.. 
CCDS43 INTHLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAAS
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pF1KB5 PRAE---MDVRNAIVLFSLSAAGV--------TQELAISRRQRRVPGNL--MGSYRSVGV
          :   .:: : :   ...  :.        : .:. .::      .:  :  .... .
CCDS43 ANNEKMRLDV-NKIFYKDIKQNGTQYRSLWDPTGNLSPTRRTTNYDFSLYTMDPHENILL
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pF1KB5 ETGETKKEGAARSG--GQGGIRARLRPIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM  
        : : :.: :.  .  : :  :. .   ::..:. : .: .:                  
CCDS43 STLEIKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQ-YRKAGLPRHSFGRNALERHVAQKKS
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CCDS43 RLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFFNIVYWLYYVN
         470       480       490       500       510  

>>CCDS4354.1 GABRB2 gene_id:2561|Hs108|chr5               (474 aa)
 initn: 1135 init1: 691 opt: 1090  Z-score: 1405.2  bits: 269.3 E(32554): 6e-72
Smith-Waterman score: 1155; 40.4% identity (68.3% similar) in 473 aa overlap (10-450:16-472)

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pF1KB5       MDAPARLLAPLLL--LCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYA
                      ::..  .:::..     :. . . :            : :. :: 
CCDS43 MWRVRKRGYFGIWSFPLIIAAVCAQSVNDPSNMSLVKETV------------DRLLKGYD
               10        20        30        40                    

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pF1KB5 RNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLD
         .:: .::::: :.. ...:::: .::.::.::.:....:.:::.:::::    .: ::
CCDS43 IRLRPDFGGPPVAVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQAWRDKRLSYNVIPLNLTLD
       50        60        70        80        90       100        

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pF1KB5 SRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYP
       .: .:.::.:::...: :... : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .::
CCDS43 NRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYP
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pF1KB5 MDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAG
       .:::.: :..:::::...:: .::  ... . :. :..: ::.:..:.. :. . : :.:
CCDS43 LDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGDDNAVTGVTKIELPQFSIVDYKLITKKVVF-STG
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pF1KB5 QFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTT
       ..::::: :.:.:: : .:.:.::::.:.. .:::::::.  :  :::.:::::::::::
CCDS43 SYPRLSLSFKLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTT
       230       240       250       260       270       280       

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pF1KB5 LMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAH---FNADYRKKQKAKVKVSR
       . .  : .::.   .::.:.:.  :.:::: ::.:::...   :.   ....::  :.. 
CCDS43 INTHLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFMALLEYALVNYIFFGRGPQRQKKAAEKAAS
       290       300       310       320       330       340       

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pF1KB5 PRAE--------MDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQRRV--PGNLMGSY-------R
          :        :: .. :.: .:    . .:.: :.    .  : . : .:       :
CCDS43 ANNEKMRLDVNKMDPHENILLSTLE---IKNEMATSEAVMGLGDPRSTMLAYDASSIQYR
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pF1KB5 SVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLR--------P--IDADTIDIYARAVFPAAFAAV
       ..:.      ...  :  .:   : : :        :   :...:: ..:  ::..:.  
CCDS43 KAGLPRHSFGRNALERHVAQKKSRLRRRASQLKITIPDLTDVNAIDRWSRIFFPVVFSFF
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            450  
pF1KB5 NVIYWAAYAM
       :..::  :  
CCDS43 NIVYWLYYVN
          470    

>>CCDS3474.1 GABRB1 gene_id:2560|Hs108|chr4               (474 aa)
 initn: 780 init1: 681 opt: 1088  Z-score: 1402.6  bits: 268.8 E(32554): 8.4e-72
Smith-Waterman score: 1173; 42.4% identity (73.4% similar) in 436 aa overlap (44-450:41-472)

            20        30        40        50        60        70   
pF1KB5 LCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIGGPPVNVALALEVA
                                     .: :. ::   .:: .:::::.:.. ..::
CCDS34 GLLSFPVMITMVCCAHSTNEPSNMSYVKETVDRLLKGYDIRLRPDFGGPPVDVGMRIDVA
               20        30        40        50        60        70

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pF1KB5 SIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAW
       ::: .::.::.::.:....:::.:.::::.    .: ::.: .:.::.:::...: :...
CCDS34 SIDMVSEVNMDYTLTMYFQQSWKDKRLSYSGIPLNLTLDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSF
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pF1KB5 FHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECMLDLESYGYSSEDIV
        : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .::.:::.: :..:::::...:: 
CCDS34 VHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRRYPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIE
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pF1KB5 YYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQ
       .::. ..  . :..:..: ::.:..:..... ..: ..: .::::: :.:.:: : .:.:
CCDS34 FYWNGGEGAVTGVNKIELPQFSIVDYKMVSKKVEF-TTGAYPRLSLSFRLKRNIGYFILQ
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pF1KB5 SYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSSLPRASAIKALDVY
       .::::.:.. .:::::::.  :  :::.:::::::::::. .  : .::.   .::.:.:
CCDS34 TYMPSTLITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTMTTISTHLRETLPKIPYVKAIDIY
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pF1KB5 FWICYVFVFAALVEYAFAH---FNADYRKK------QKA--KVKVSRPRAEMDVRNAIVL
       .  :.:::: ::.::::..   :.   .::      :.:  : :.   ....:... :.:
CCDS34 LMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGKGPQKKGASKQDQSANEKNKLEMNKVQVDAHGNILL
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pF1KB5 FSLSAAGVTQELAISRRQRRV--PGNLMGSYRSVGVETGE--TKKEGAARSGGQGGI--R
        .:    . .: . :.    :  :   : :: :....  .  ...:. .:.  . :.  .
CCDS34 STLE---IRNETSGSEVLTSVSDPKATMYSYDSASIQYRKPLSSREAYGRALDRHGVPSK
     370          380       390       400       410       420      

        420                   430       440       450  
pF1KB5 ARLR----------P--IDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM
       .:.:          :   :...:: ..:  :: .:.  ::.::  :  
CCDS34 GRIRRRASQLKVKIPDLTDVNSIDKWSRMFFPITFSLFNVVYWLYYVH
        430       440       450       460       470    

>>CCDS10019.1 GABRB3 gene_id:2562|Hs108|chr15             (473 aa)
 initn: 1137 init1: 657 opt: 1077  Z-score: 1388.4  bits: 266.2 E(32554): 5.2e-71
Smith-Waterman score: 1158; 40.6% identity (70.5% similar) in 475 aa overlap (9-450:15-471)

                     10           20        30        40         50
pF1KB5       MDAPARLLAPLLLL---CAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPN-LDGLIAG
                     ::.:.    :::      ..:: :.       .:.. . .: :. :
CCDS10 MWGLAGGRLFGIFSAPVLVAVVCCAQ------SVNDPGN-------MSFVKETVDKLLKG
               10        20              30               40       

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pF1KB5 YARNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLG
       :   .:: .::::: :.. ...:::: .::.::.::.:....: :::.::.:.    .: 
CCDS10 YDIRLRPDFGGPPVCVGMNIDIASIDMVSEVNMDYTLTMYFQQYWRDKRLAYSGIPLNLT
        50        60        70        80        90       100       

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pF1KB5 LDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAK
       ::.: .:.::.:::...: :... : :::.:..:::.:::..::..:::.:.:: ::: .
CCDS10 LDNRVADQLWVPDTYFLNDKKSFVHGVTVKNRMIRLHPDGTVLYGLRITTTAACMMDLRR
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              180       190       200       210       220       230
pF1KB5 YPMDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKS
       ::.:::.: :..:::::...:: .::  ... . :.....: ::.:. .:.... . : .
CCDS10 YPLDEQNCTLEIESYGYTTDDIEFYWRGGDKAVTGVERIELPQFSIVEHRLVSRNVVF-A
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pF1KB5 AGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTM
       .: .::::: :.:.:: : .:.:.::::.:.. .:::::::.  :  :::.:::::::::
CCDS10 TGAYPRLSLSFRLKRNIGYFILQTYMPSILITILSWVSFWINYDASAARVALGITTVLTM
        230       240       250       260       270       280      

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pF1KB5 TTLMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHF----NADYRKKQ----K
       ::. .  : .::.   .::.:.:.  :.:::: ::.::::...     .  :.:.     
CCDS10 TTINTHLRETLPKIPYVKAIDMYLMGCFVFVFLALLEYAFVNYIFFGRGPQRQKKLAEKT
        290       300       310       320       330       340      

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pF1KB5 AKVKVSRPRAE---MDVRNAIVLFSL----------SAAGVTQELAIS-------RRQRR
       ::.: .: ..:   .:... :.: ::          .. : :.. :::        :.. 
CCDS10 AKAKNDRSKSESNRVDAHGNILLTSLEVHNEMNEVSGGIGDTRNSAISFDNSGIQYRKQS
        350       360       370       380       390       400      

            390       400       410       420        430       440 
pF1KB5 VPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLRPI-DADTIDIYARAVFPAAFAA
       .: .  :  : .: ..   ::    : ..:  .. ..  . :...:: ..: ::: .:. 
CCDS10 MPRE--GHGRFLGDRSLPHKKTHLRRRSSQ--LKIKIPDLTDVNAIDRWSRIVFPFTFSL
        410         420       430         440       450       460  

             450  
pF1KB5 VNVIYWAAYAM
        :..::  :  
CCDS10 FNLVYWLYYVN
            470   

>>CCDS4375.1 GABRP gene_id:2568|Hs108|chr5                (440 aa)
 initn: 1019 init1: 468 opt: 1060  Z-score: 1366.9  bits: 262.1 E(32554): 8.1e-70
Smith-Waterman score: 1101; 42.9% identity (76.0% similar) in 420 aa overlap (32-450:30-437)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB5 DAPARLLAPLLLLCAQQLRGTRAMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIGG
                                     :: . ..: ::....: ::: . .::..::
CCDS43  MNYSLHLAFVCLSLFTERMCIQGSQFNVEVGRSDKLS-LPGFENLTAGYNKFLRPNFGG
                10        20        30         40        50        

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pF1KB5 PPVNVALALEVASIDHISEANMEYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNETLGLDSRFVDKLWL
        ::..::.:..:::. :::.::.:: :..:.: : :.:: ..  :... ::.:.:. ::.
CCDS43 EPVQIALTLDIASISSISESNMDYTATIYLRQRWMDQRLVFEG-NKSFTLDARLVEFLWV
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pF1KB5 PDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECMLD
       :::.::..:....:.::: :.::::  .:..::..:::.::::.:::.::::: : : :.
CCDS43 PDTYIVESKKSFLHEVTVGNRLIRLFSNGTVLYALRITTTVACNMDLSKYPMDTQTCKLQ
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pF1KB5 LESYGYSSEDIVYYWSESQEHIHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLHF
       :::.::...:. . : .... ..::..:.:::.::  : ::    . . .:.. :: :.:
CCDS43 LESWGYDGNDVEFTWLRGNDSVRGLEHLRLAQYTIERY-FTLVTRSQQETGNYTRLVLQF
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pF1KB5 HLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSSL
       .::::   .:...:.::..::..::::::::  .::::. .:.::::.:::::...:.::
CCDS43 ELRRNVLYFILETYVPSTFLVVLSWVSFWISLDSVPARTCIGVTTVLSMTTLMIGSRTSL
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pF1KB5 PRASA-IKALDVYFWICYVFVFAALVEYAFAHFNADYRKKQKAKVKVSRPRAEMDVRNAI
       : ..  :::.:::. ::. :::.::.::: ::...  .   : .  ...   :... : :
CCDS43 PNTNCFIKAIDVYLGICFSFVFGALLEYAVAHYSSLQQMAAKDR-GTTKEVEEVSITN-I
        300       310       320       330       340        350     

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pF1KB5 VLFSLSAAGVTQELAISRRQRRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLR
       .  :.:    . .  ::  . .. .. . .: .. ..:.. : . . :   .: :   . 
CCDS43 INSSIS----SFKRKISFASIEISSDNV-DYSDLTMKTSD-KFKFVFREK-MGRIVDYFT
          360           370        380        390        400       

              430       440       450   
pF1KB5 PIDADTIDIYARAVFPAAFAAVNVIYWAAYAM 
         . ...: :.. .::  :  .::.::: :   
CCDS43 IQNPSNVDHYSKLLFPLIFMLANVFYWAYYMYF
       410       420       430       440

>>CCDS59029.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6              (462 aa)
 initn: 894 init1: 798 opt: 1049  Z-score: 1352.4  bits: 259.5 E(32554): 5.2e-69
Smith-Waterman score: 1049; 38.2% identity (74.8% similar) in 401 aa overlap (54-451:70-462)

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pF1KB5 AMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANM
                                     ..:::.::: . :.. ..: :.: :::..:
CCDS59 GSPILRRSPDITKSPLTKSEQLLRIDDHDFSMRPGFGGPAIPVGVDVQVESLDSISEVDM
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pF1KB5 EYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNE-TLGLDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENK
       ..:::..:.. :.: :::.  ::. .. .:.:.: :.:.:: :.:..: ...::.:..: 
CCDS59 DFTMTLYLRHYWKDERLSFPSTNNLSMTFDGRLVKKIWVPDMFFVHSKRSFIHDTTTDNV
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pF1KB5 LIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEH
       ..:.:::: .:::.:.: :. :.::....:.: : : :..:::.:. .:.. ::..... 
CCDS59 MLRVQPDGKVLYSLRVTVTAMCNMDFSRFPLDTQTCSLEIESYAYTEDDLMLYWKKGNDS
     160       170       180       190       200       210         

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pF1KB5 IHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLV
       ..  ....:.:: :  .. ::.:  ..:.: . :: ..: :::.   ...:.:.:..:.:
CCDS59 LKTDERISLSQFLIQEFHTTTKLAFYSSTGWYNRLYINFTLRRHIFFFLLQTYFPATLMV
     220       230       240       250       260       270         

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pF1KB5 AMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVF
        .:::::::.. :::::: :::::::::.:..... .:.::.: :::.:.:.:. .::::
CCDS59 MLSWVSFWIDRRAVPARVPLGITTVLTMSTIITGVNASMPRVSYIKAVDIYLWVSFVFVF
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pF1KB5 AALVEYAFAHF--NADYRKKQKAKVKVSRPRAEMDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQ
        ...::: ...  ... ::.:: . :.    .    :.:..       :  ..  ..  .
CCDS59 LSVLEYAAVNYLTTVQERKEQKLREKLPCTSGLPPPRTAML------DGNYSDGEVNDLD
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pF1KB5 RRVPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLRPIDADTIDIYARAVFPAAFA
         .: :     : . :.   ...... .  .: .  . .: ::. .:: :.: .::::. 
CCDS59 NYMPENGEKPDRMM-VQLTLASERSSPQRKSQRSSYVSMR-IDTHAIDKYSRIIFPAAYI
           400        410       420       430        440       450 

              450  
pF1KB5 AVNVIYWAAYAM
         :.:::. .. 
CCDS59 LFNLIYWSIFS 
             460   

>>CCDS59028.1 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6              (392 aa)
 initn: 894 init1: 798 opt: 1048  Z-score: 1352.2  bits: 259.2 E(32554): 5.4e-69
Smith-Waterman score: 1048; 38.3% identity (74.7% similar) in 399 aa overlap (56-451:2-392)

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pF1KB5 NDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANMEY
                                     :::.::: . :.. ..: :.: :::..:..
CCDS59                              MRPGFGGPAIPVGVDVQVESLDSISEVDMDF
                                            10        20        30 

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pF1KB5 TMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNE-TLGLDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENKLI
       :::..:.. :.: :::.  ::. .. .:.:.: :.:.:: :.:..: ...::.:..: ..
CCDS59 TMTLYLRHYWKDERLSFPSTNNLSMTFDGRLVKKIWVPDMFFVHSKRSFIHDTTTDNVML
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pF1KB5 RLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEHIH
       :.:::: .:::.:.: :. :.::....:.: : : :..:::.:. .:.. ::..... ..
CCDS59 RVQPDGKVLYSLRVTVTAMCNMDFSRFPLDTQTCSLEIESYAYTEDDLMLYWKKGNDSLK
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pF1KB5 GLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLVAM
         ....:.:: :  .. ::.:  ..:.: . :: ..: :::.   ...:.:.:..:.: .
CCDS59 TDERISLSQFLIQEFHTTTKLAFYSSTGWYNRLYINFTLRRHIFFFLLQTYFPATLMVML
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pF1KB5 SWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVFAA
       :::::::.. :::::: :::::::::.:..... .:.::.: :::.:.:.:. .:::: .
CCDS59 SWVSFWIDRRAVPARVPLGITTVLTMSTIITGVNASMPRVSYIKAVDIYLWVSFVFVFLS
             220       230       240       250       260       270 

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pF1KB5 LVEYAFAHF--NADYRKKQKAKVKVSRPRAEMDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQRR
       ..::: ...  ... ::.:: . :.    .    :.:..       :  ..  ..  .  
CCDS59 VLEYAAVNYLTTVQERKEQKLREKLPCTSGLPPPRTAML------DGNYSDGEVNDLDNY
             280       290       300       310             320     

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pF1KB5 VPGNLMGSYRSVGVETGETKKEGAARSGGQGGIRARLRPIDADTIDIYARAVFPAAFAAV
       .: :     : . :.   ...... .  .: .  . .: ::. .:: :.: .::::.   
CCDS59 MPENGEKPDRMM-VQLTLASERSSPQRKSQRSSYVSMR-IDTHAIDKYSRIIFPAAYILF
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            450  
pF1KB5 NVIYWAAYAM
       :.:::. .. 
CCDS59 NLIYWSIFS 
           390   

>>CCDS5019.2 GABRR1 gene_id:2569|Hs108|chr6               (479 aa)
 initn: 894 init1: 798 opt: 1049  Z-score: 1352.2  bits: 259.5 E(32554): 5.4e-69
Smith-Waterman score: 1049; 38.2% identity (74.8% similar) in 401 aa overlap (54-451:87-479)

            30        40        50        60        70        80   
pF1KB5 AMNDIGDYVGSNLEISWLPNLDGLIAGYARNFRPGIGGPPVNVALALEVASIDHISEANM
                                     ..:::.::: . :.. ..: :.: :::..:
CCDS50 VSPILRRSPDITKSPLTKSEQLLRIDDHDFSMRPGFGGPAIPVGVDVQVESLDSISEVDM
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            90       100        110       120       130       140  
pF1KB5 EYTMTVFLHQSWRDSRLSYNHTNE-TLGLDSRFVDKLWLPDTFIVNAKSAWFHDVTVENK
       ..:::..:.. :.: :::.  ::. .. .:.:.: :.:.:: :.:..: ...::.:..: 
CCDS50 DFTMTLYLRHYWKDERLSFPSTNNLSMTFDGRLVKKIWVPDMFFVHSKRSFIHDTTTDNV
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pF1KB5 LIRLQPDGVILYSIRITSTVACDMDLAKYPMDEQECMLDLESYGYSSEDIVYYWSESQEH
       ..:.:::: .:::.:.: :. :.::....:.: : : :..:::.:. .:.. ::..... 
CCDS50 MLRVQPDGKVLYSLRVTVTAMCNMDFSRFPLDTQTCSLEIESYAYTEDDLMLYWKKGNDS
        180       190       200       210       220       230      

            210       220       230       240       250       260  
pF1KB5 IHGLDKLQLAQFTITSYRFTTELMNFKSAGQFPRLSLHFHLRRNRGVYIIQSYMPSVLLV
       ..  ....:.:: :  .. ::.:  ..:.: . :: ..: :::.   ...:.:.:..:.:
CCDS50 LKTDERISLSQFLIQEFHTTTKLAFYSSTGWYNRLYINFTLRRHIFFFLLQTYFPATLMV
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pF1KB5 AMSWVSFWISQAAVPARVSLGITTVLTMTTLMVSARSSLPRASAIKALDVYFWICYVFVF
        .:::::::.. :::::: :::::::::.:..... .:.::.: :::.:.:.:. .::::
CCDS50 MLSWVSFWIDRRAVPARVPLGITTVLTMSTIITGVNASMPRVSYIKAVDIYLWVSFVFVF
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pF1KB5 AALVEYAFAHF--NADYRKKQKAKVKVSRPRAEMDVRNAIVLFSLSAAGVTQELAISRRQ
        ...::: ...  ... ::.:: . :.    .    :.:..       :  ..  ..  .
CCDS50 LSVLEYAAVNYLTTVQERKEQKLREKLPCTSGLPPPRTAML------DGNYSDGEVNDLD
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CCDS50 LFNLIYWSIFS 
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