Result of FASTA (ccds) for pF1KB3863
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3863, 801 aa
  1>>>pF1KB3863 801 - 801 aa - 801 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.2628+/-0.000915; mu= -3.2622+/- 0.056
 mean_var=341.6766+/-68.067, 0's: 0 Z-trim(117.2): 49  B-trim: 201 in 1/52
 Lambda= 0.069385
 statistics sampled from 17811 (17860) to 17811 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.806), E-opt: 0.2 (0.549), width:  16
 Scan time:  4.880

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4762.1 BRD2 gene_id:6046|Hs108|chr6            ( 801) 5299 544.2 3.1e-154
CCDS56421.1 BRD2 gene_id:6046|Hs108|chr6           ( 754) 4981 512.4 1.1e-144
CCDS56420.1 BRD2 gene_id:6046|Hs108|chr6           ( 836) 4149 429.1 1.5e-119
CCDS6980.1 BRD3 gene_id:8019|Hs108|chr9            ( 726) 1971 211.0 5.6e-54
CCDS46004.1 BRD4 gene_id:23476|Hs108|chr19         ( 722) 1101 124.0 9.1e-28
CCDS82307.1 BRD4 gene_id:23476|Hs108|chr19         ( 794) 1101 124.0 9.8e-28
CCDS12328.1 BRD4 gene_id:23476|Hs108|chr19         (1362) 1101 124.2 1.5e-27
CCDS55616.1 BRDT gene_id:676|Hs108|chr1            ( 874)  738 87.7 9.2e-17
CCDS55615.1 BRDT gene_id:676|Hs108|chr1            ( 901)  738 87.7 9.4e-17
CCDS72820.1 BRDT gene_id:676|Hs108|chr1            ( 951)  708 84.7 7.9e-16
CCDS735.1 BRDT gene_id:676|Hs108|chr1              ( 947)  701 84.0 1.3e-15


>>CCDS4762.1 BRD2 gene_id:6046|Hs108|chr6                 (801 aa)
 initn: 5299 init1: 5299 opt: 5299  Z-score: 2882.4  bits: 544.2 E(32554): 3.1e-154
Smith-Waterman score: 5299; 100.0% identity (100.0% similar) in 801 aa overlap (1-801:1-801)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MLQNVTPHNKLPGEGNAGLLGLGPEAAAPGKRIRKPSLLYEGFESPTMASVPALQLTPAN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MLQNVTPHNKLPGEGNAGLLGLGPEAAAPGKRIRKPSLLYEGFESPTMASVPALQLTPAN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 PPPPEVSNPKKPGRVTNQLQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYHKIIKQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PPPPEVSNPKKPGRVTNQLQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYHKIIKQP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 MDMGTIKRRLENNYYWAASECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFLQKVASM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MDMGTIKRRLENNYYWAASECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFLQKVASM
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 PQEEQELVVTIPKNSHKKGAKLAALQGSVTSAHQVPAVSSVSHTALYTPPPEIPTTVLNI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PQEEQELVVTIPKNSHKKGAKLAALQGSVTSAHQVPAVSSVSHTALYTPPPEIPTTVLNI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 PHPSVISSPLLKSLHSAGPPLLAVTAAPPAQPLAKKKGVKRKADTTTPTPTAILAPGSPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PHPSVISSPLLKSLHSAGPPLLAVTAAPPAQPLAKKKGVKRKADTTTPTPTAILAPGSPA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 SPPGSLEPKAARLPPMRRESGRPIKPPRKDLPDSQQQHQSSKKGKLSEQLKHCNGILKEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SPPGSLEPKAARLPPMRRESGRPIKPPRKDLPDSQQQHQSSKKGKLSEQLKHCNGILKEL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 LSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 MFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPDEPLEPGPLPVSTAMPPGLAKSSSES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPDEPLEPGPLPVSTAMPPGLAKSSSES
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 SSEESSSESSSEEEEEEDEEDEEEEESESSDSEEERAHRLAELQEQLRAVHEQLAALSQG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SSEESSSESSSEEEEEEDEEDEEEEESESSDSEEERAHRLAELQEQLRAVHEQLAALSQG
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 PISKPKRKREKKEKKKKRKAEKHRGRAGADEDDKGPRAPRPPQPKKSKKASGSGGGSAAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PISKPKRKREKKEKKKKRKAEKHRGRAGADEDDKGPRAPRPPQPKKSKKASGSGGGSAAL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 GPSGFGPSGGSGTKLPKKATKTAPPALPTGYDSEEEEESRPMSYDEKRQLSLDINKLPGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GPSGFGPSGGSGTKLPKKATKTAPPALPTGYDSEEEEESRPMSYDEKRQLSLDINKLPGE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 KLGRVVHIIQAREPSLRDSNPEEIEIDFETLKPSTLRELERYVLSCLRKKPRKPYTIKKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KLGRVVHIIQAREPSLRDSNPEEIEIDFETLKPSTLRELERYVLSCLRKKPRKPYTIKKP
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 VGKTKEELALEKKRELEKRLQDVSGQLNSTKKPPKKANEKTESSSAQQVAVSRLSASSSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VGKTKEELALEKKRELEKRLQDVSGQLNSTKKPPKKANEKTESSSAQQVAVSRLSASSSS
              730       740       750       760       770       780

              790       800 
pF1KB3 SDSSSSSSSSSSSDTSDSDSG
       :::::::::::::::::::::
CCDS47 SDSSSSSSSSSSSDTSDSDSG
              790       800 

>>CCDS56421.1 BRD2 gene_id:6046|Hs108|chr6                (754 aa)
 initn: 4981 init1: 4981 opt: 4981  Z-score: 2710.8  bits: 512.4 E(32554): 1.1e-144
Smith-Waterman score: 4981; 100.0% identity (100.0% similar) in 754 aa overlap (48-801:1-754)

        20        30        40        50        60        70       
pF1KB3 GLLGLGPEAAAPGKRIRKPSLLYEGFESPTMASVPALQLTPANPPPPEVSNPKKPGRVTN
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56                               MASVPALQLTPANPPPPEVSNPKKPGRVTN
                                             10        20        30

        80        90       100       110       120       130       
pF1KB3 QLQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYHKIIKQPMDMGTIKRRLENNYYWA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 QLQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYHKIIKQPMDMGTIKRRLENNYYWA
               40        50        60        70        80        90

       140       150       160       170       180       190       
pF1KB3 ASECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFLQKVASMPQEEQELVVTIPKNSHK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ASECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFLQKVASMPQEEQELVVTIPKNSHK
              100       110       120       130       140       150

       200       210       220       230       240       250       
pF1KB3 KGAKLAALQGSVTSAHQVPAVSSVSHTALYTPPPEIPTTVLNIPHPSVISSPLLKSLHSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KGAKLAALQGSVTSAHQVPAVSSVSHTALYTPPPEIPTTVLNIPHPSVISSPLLKSLHSA
              160       170       180       190       200       210

       260       270       280       290       300       310       
pF1KB3 GPPLLAVTAAPPAQPLAKKKGVKRKADTTTPTPTAILAPGSPASPPGSLEPKAARLPPMR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GPPLLAVTAAPPAQPLAKKKGVKRKADTTTPTPTAILAPGSPASPPGSLEPKAARLPPMR
              220       230       240       250       260       270

       320       330       340       350       360       370       
pF1KB3 RESGRPIKPPRKDLPDSQQQHQSSKKGKLSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RESGRPIKPPRKDLPDSQQQHQSSKKGKLSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVD
              280       290       300       310       320       330

       380       390       400       410       420       430       
pF1KB3 ASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVA
              340       350       360       370       380       390

       440       450       460       470       480       490       
pF1KB3 MARKLQDVFEFRYAKMPDEPLEPGPLPVSTAMPPGLAKSSSESSSEESSSESSSEEEEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MARKLQDVFEFRYAKMPDEPLEPGPLPVSTAMPPGLAKSSSESSSEESSSESSSEEEEEE
              400       410       420       430       440       450

       500       510       520       530       540       550       
pF1KB3 DEEDEEEEESESSDSEEERAHRLAELQEQLRAVHEQLAALSQGPISKPKRKREKKEKKKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DEEDEEEEESESSDSEEERAHRLAELQEQLRAVHEQLAALSQGPISKPKRKREKKEKKKK
              460       470       480       490       500       510

       560       570       580       590       600       610       
pF1KB3 RKAEKHRGRAGADEDDKGPRAPRPPQPKKSKKASGSGGGSAALGPSGFGPSGGSGTKLPK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 RKAEKHRGRAGADEDDKGPRAPRPPQPKKSKKASGSGGGSAALGPSGFGPSGGSGTKLPK
              520       530       540       550       560       570

       620       630       640       650       660       670       
pF1KB3 KATKTAPPALPTGYDSEEEEESRPMSYDEKRQLSLDINKLPGEKLGRVVHIIQAREPSLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KATKTAPPALPTGYDSEEEEESRPMSYDEKRQLSLDINKLPGEKLGRVVHIIQAREPSLR
              580       590       600       610       620       630

       680       690       700       710       720       730       
pF1KB3 DSNPEEIEIDFETLKPSTLRELERYVLSCLRKKPRKPYTIKKPVGKTKEELALEKKRELE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DSNPEEIEIDFETLKPSTLRELERYVLSCLRKKPRKPYTIKKPVGKTKEELALEKKRELE
              640       650       660       670       680       690

       740       750       760       770       780       790       
pF1KB3 KRLQDVSGQLNSTKKPPKKANEKTESSSAQQVAVSRLSASSSSSDSSSSSSSSSSSDTSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 KRLQDVSGQLNSTKKPPKKANEKTESSSAQQVAVSRLSASSSSSDSSSSSSSSSSSDTSD
              700       710       720       730       740       750

       800 
pF1KB3 SDSG
       ::::
CCDS56 SDSG
           

>>CCDS56420.1 BRD2 gene_id:6046|Hs108|chr6                (836 aa)
 initn: 4134 init1: 4134 opt: 4149  Z-score: 2260.0  bits: 429.1 E(32554): 1.5e-119
Smith-Waterman score: 5198; 95.8% identity (95.8% similar) in 833 aa overlap (1-798:1-833)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MLQNVTPHNKLPGEGNAGLLGLGPEAAAPGKRIRKPSLLYEGFESPTMASVPALQLTPAN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MLQNVTPHNKLPGEGNAGLLGLGPEAAAPGKRIRKPSLLYEGFESPTMASVPALQLTPAN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 PPPPEVSNPKKPGRVTNQLQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYHKIIKQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PPPPEVSNPKKPGRVTNQLQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYHKIIKQP
               70        80        90       100       110       120

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MDMGTIKRRLENNYYWAASECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFLQKVASM
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PQEEQELVVTIPKNSHKKGAKLAALQGSVTSAHQVPAVSSVSHTALYTPPPEIPTTVLNI
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PHPSVISSPLLKSLHSAGPPLLAVTAAPPAQPLAKKKGVKRKADTTTPTPTAILAPGSPA
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SPPGSLEPKAARLPPMRRESGRPIKPPRKDLPDSQQQHQSSKKGKLSEQLKHCNGILKEL
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRL
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPDEPLEPGPLPVSTAMPPGLAKSSSES
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 SSEESSSESSSEEEEEEDEEDEEEEESESSDSEEERAHRLAELQEQLRAVHEQLAALSQG
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PISKPKRKREKKEKKKKRKAEKHRGRAGADEDDKGPRAPRPPQPKKSKKASGSGGGSAAL
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pF1KB3 GPSGFGPSGGSGTKL-----------------------------------PKKATKTAPP
       :::::::::::::::                                   ::::::::::
CCDS56 GPSGFGPSGGSGTKLQAGVQWRDLGLLQPPLLGFKRFSCLSLPSSQDYRLPKKATKTAPP
              610       620       630       640       650       660

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pF1KB3 ALPTGYDSEEEEESRPMSYDEKRQLSLDINKLPGEKLGRVVHIIQAREPSLRDSNPEEIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 ALPTGYDSEEEEESRPMSYDEKRQLSLDINKLPGEKLGRVVHIIQAREPSLRDSNPEEIE
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pF1KB3 IDFETLKPSTLRELERYVLSCLRKKPRKPYTIKKPVGKTKEELALEKKRELEKRLQDVSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 IDFETLKPSTLRELERYVLSCLRKKPRKPYTIKKPVGKTKEELALEKKRELEKRLQDVSG
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pF1KB3 QLNSTKKPPKKANEKTESSSAQQVAVSRLSASSSSSDSSSSSSSSSSSDTSDSDSG
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::   
CCDS56 QLNSTKKPPKKANEKTESSSAQQVAVSRLSASSSSSDSSSSSSSSSSSDTSDSDSG
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>>CCDS6980.1 BRD3 gene_id:8019|Hs108|chr9                 (726 aa)
 initn: 2503 init1: 961 opt: 1971  Z-score: 1082.6  bits: 211.0 E(32554): 5.6e-54
Smith-Waterman score: 2918; 63.5% identity (79.5% similar) in 764 aa overlap (49-799:10-726)

       20        30        40        50        60        70        
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CCDS69                      MSTATTVAPAGIPATP-GPVNPPPPEVSNPSKPGRKTNQ
                                    10         20        30        

       80        90       100       110       120       130        
pF1KB3 LQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYHKIIKQPMDMGTIKRRLENNYYWAA
       :::...::.:.:::::::::: :::::.::.:::::::::.::::::::.::::::::.:
CCDS69 LQYMQNVVVKTLWKHQFAWPFYQPVDAIKLNLPDYHKIIKNPMDMGTIKKRLENNYYWSA
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pF1KB3 SECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFLQKVASMPQEEQELVVTIPKNSHKK
       :::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::: ::.   ::.. .:
CCDS69 SECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQALEKIFLQKVAQMPQEEVELLPPAPKGKGRK
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pF1KB3 GAKLAALQGSVTSAHQVPAVSSVSH-TALYTPPPEIPTT--VLNIPHPS----VISSPLL
        :  :   :.    .:: ::::::  : . . :: .  :  .   : :.    : : :. 
CCDS69 PAAGAQSAGT----QQVAAVSSVSPATPFQSVPPTVSQTPVIAATPVPTITANVTSVPVP
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pF1KB3 KSLHSAGPPLLAVTAAPPAQPLAKKKGVKRKADTTTPTPTAILAPGSPASPPGSLEPKAA
        .     :    : ..::. :..::::::::::::::: .:: :  : . :: : .:: :
CCDS69 PAAAPPPPATPIVPVVPPTPPVVKKKGVKRKADTTTPTTSAITASRSESPPPLS-DPKQA
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pF1KB3 RLPPMRRESGRPIKPPRKDLPDSQQQHQSSKKGKLSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWP
       ..   :. .:::::::.::: :..  ....:::::::.:..:..::.:.:::::::::::
CCDS69 KVVARRESGGRPIKPPKKDLEDGEVPQHAGKKGKLSEHLRYCDSILREMLSKKHAAYAWP
           280       290       300       310       320       330   

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pF1KB3 FYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPP
       ::::::: :: :::::::::::::::::::::..:.: ::: ::::::::::::::::::
CCDS69 FYKPVDAEALELHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMDGREYPDAQGFAADVRLMFSNCYKYNPP
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pF1KB3 DHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPDEPLEPGPLPVSTAMPPGLAKSSSES-SSEESSSESS
       ::.:::::::::::::.:.:::::::.:   ::. .:  : ..:..  : :::::::.:.
CCDS69 DHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMPDEPVEAPALPAPAA--PMVSKGAESSRSSEESSSDSG
           400       410       420       430         440       450 

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pF1KB3 SEEEEEEDEEDEEEEESESSDSEEERAHRLAELQEQLRAVHEQLAALSQGPISKPKRKRE
       :                  :::::::: :::::::::.:::::::::::.:..:::.:.:
CCDS69 S------------------SDSEEERATRLAELQEQLKAVHEQLAALSQAPVNKPKKKKE
                               460       470       480       490   

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pF1KB3 KKEKKKKRK---AEKHRGRAGADEDDKGPRAPRPPQPKKSKKASGSGGGSAALGPSGFGP
       ::::.::.:    ::.. .. :.:. :.  :: : .  ..::: .. ..:..        
CCDS69 KKEKEKKKKDKEKEKEKHKVKAEEEKKAKVAP-PAKQAQQKKAPAKKANSTTT-------
           500       510       520        530       540            

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pF1KB3 SGGSGTKLPKKATKTAPPALPTGYDSEEEEESRPMSYDEKRQLSLDINKLPGEKLGRVVH
          .: .: ::. : :     ..::::::::. :::::::::::::::.:::::::::::
CCDS69 ---AGRQL-KKGGKQAS----ASYDSEEEEEGLPMSYDEKRQLSLDINRLPGEKLGRVVH
            550            560       570       580       590       

       670       680       690       700       710         720     
pF1KB3 IIQAREPSLRDSNPEEIEIDFETLKPSTLRELERYVLSCLRKKPRKPYTI--KKPVGKTK
       :::.::::::::::.:::::::::::.::::::::: :::.:: :::..   :: ..:.:
CCDS69 IIQSREPSLRDSNPDEIEIDFETLKPTTLRELERYVKSCLQKKQRKPFSASGKKQAAKSK
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pF1KB3 EELALEKKRELEKRLQDVSGQLNSTKKPPKKANEKTESSSAQQVAVSRLSASSSSSDSSS
       :::: :::.:::::::::::::.:.::: .:  ::   .:: . . :::: :::::.:.:
CCDS69 EELAQEKKKELEKRLQDVSGQLSSSKKPARK--EKP--GSAPSGGPSRLS-SSSSSESGS
       660       670       680         690         700        710  

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pF1KB3 SSSSSSSSDTSDSDSG
       ::::.::::.:::.  
CCDS69 SSSSGSSSDSSDSE  
            720        

>>CCDS46004.1 BRD4 gene_id:23476|Hs108|chr19              (722 aa)
 initn: 2481 init1: 898 opt: 1101  Z-score: 612.0  bits: 124.0 E(32554): 9.1e-28
Smith-Waterman score: 2486; 54.8% identity (72.9% similar) in 764 aa overlap (27-754:5-721)

               10        20        30        40        50          
pF1KB3 MLQNVTPHNKLPGEGNAGLLGLGPEAAAPGKRIRKPSLLYEGFESPTMASVPAL-QLTPA
                                 ..:: :.:.  .. .:.:.  :... :  :  ::
CCDS46                       MSAESGPGTRLRNLPVMGDGLETSQMSTTQAQAQPQPA
                                     10        20        30        

      60             70        80        90       100       110    
pF1KB3 N-----PPPPEVSNPKKPGRVTNQLQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYH
       :     :::::.:::.:: : ::::::: .::.:.::::::::::.::::::::.::::.
CCDS46 NAASTNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYY
       40        50        60        70        80        90        

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB3 KIIKQPMDMGTIKRRLENNYYWAASECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFL
       :::: ::::::::.:::::::: :.::.:::::::::::::::: :::::::..:::.::
CCDS46 KIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFL
      100       110       120       130       140       150        

          180       190       200       210       220       230    
pF1KB3 QKVASMPQEEQELVVTIPKNSHKKGAKLAALQGSVTSAHQVPAVSSVSHTALYTPPPEIP
       ::.  .: :: :....  :.  .   . .. . .:... ..  .:.  .:   :: :. :
CCDS46 QKINELPTEETEIMIVQAKGRGRGRKETGTAKPGVSTVPNTTQASTPPQTQ--TPQPN-P
      160       170       180       190       200         210      

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pF1KB3 TTVLNIPHPS-------VISSPLLKSLH----SAGPPLLAVTAAPPA-------------
         :   :::        ....:..  .     .. ::.      :::             
CCDS46 PPVQATPHPFPAVTPDLIVQTPVMTVVPPQPLQTPPPVPPQPQPPPAPAPQPVQSHPPII
         220       230       240       250       260       270     

                  280       290        300       310       320     
pF1KB3 ----QPLAKKKGVKRKADTTTPTPT-AILAPGSPASPPGSLEPKAARLPPMRRESGRPIK
           ::.  ::::::::::::::    :  :  :. ::   :::...:  .::::.::.:
CCDS46 AATPQPVKTKKGVKRKADTTTPTTIDPIHEP--PSLPP---EPKTTKLG-QRRESSRPVK
         280       290       300         310           320         

         330       340       350       360       370       380     
pF1KB3 PPRKDLPDSQQQHQSSKKGKLSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHD
       ::.::.:::::.    :..:.::::: :.:::::...:::::::::::::::. ::::::
CCDS46 PPKKDVPDSQQHPAPEKSSKVSEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHD
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       ::.:.::::::: ::     : :.::  .:  .  :: .:::.:::            . 
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       .: ..:::::::.:::::::::.:::::::::::   .:::.: ..::::::    :::.
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        :    :..:  .: .:: :::.:: ..:... .   :.   :             :. :
CCDS46 -RKEEVEENKKSKAKEPP-PKKTKKNNSSNSNVSKKEPA---P------------MKSKP
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       ::::::::::::::::::: :::::: ::: . :  :   . ..   .. : :.  .. :
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       .. ....  :                                               
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CCDS82                       MSAESGPGTRLRNLPVMGDGLETSQMSTTQAQAQPQPA
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pF1KB3 FEFRYAKMPDEPLEPGPLPVSTAMPPGLAKSSSESSSEESSSESSSEEEEEEDEEDEEEE
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CCDS12                       MSAESGPGTRLRNLPVMGDGLETSQMSTTQAQAQPQPA
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       .: ..:::::::.:::::::::.:::::::::::   .:::.: ..::::::    :::.
CCDS12 DSSTDDSEEERAQRLAELQEQLKAVHEQLAALSQPQQNKPKKKEKDKKEKKK----EKHK
        500       510       520       530       540           550  

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pF1KB3 GRAGADEDDKGPRAPRPPQPKKSKKASGSGGGSAALGPSGFGPSGGSGTKLPKKATKTAP
        :    :..:  .: .:: :::.:: ..:... .   :.   :             :. :
CCDS12 -RKEEVEENKKSKAKEPP-PKKTKKNNSSNSNVSKKEPA---P------------MKSKP
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pF1KB3 PALPTGYDSEEEEESRPMSYDEKRQLSLDINKLPGEKLGRVVHIIQAREPSLRDSNPEEI
       :  :: :.::::.. .::::.:::::::::::::::::::::::::.:::::..:::.::
CCDS12 P--PT-YESEEEDKCKPMSYEEKRQLSLDINKLPGEKLGRVVHIIQSREPSLKNSNPDEI
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pF1KB3 EIDFETLKPSTLRELERYVLSCLRKKPRKPYTIKKPV--GKTKEELALEKKRELEKRLQD
       ::::::::::::::::::: :::::: ::: . :  :  :..: .    .. :  .. ..
CCDS12 EIDFETLKPSTLRELERYVTSCLRKK-RKPQAEKVDVIAGSSKMKGFSSSESESSSESSS
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pF1KB3 VSGQLNSTKKPPKKANEKTESSSAQQVAVSRLSASSSSSDSSSSSSSSSSSDTSDSDSG 
        ... . :.  ::                                               
CCDS12 SDSEDSETEMAPKSKKKGHPGREQKKHHHHHHQQMQQAPAPVPQQPPPPPQQPPPPPPPQ
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>>CCDS55616.1 BRDT gene_id:676|Hs108|chr1                 (874 aa)
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                                     ::..:::.::::.::  ::::..::::::.
CCDS55                               MDLNTIKKRLENKYYAKASECIEDFNTMFS
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pF1KB3 NCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFLQKVASMPQEEQELVVTIPKNSHKKGAKLAALQGSVT
       :::.:::: ::::::::.:::.:.::...::::::  :: . :.  :::..      .:.
CCDS55 NCYLYNKPGDDIVLMAQALEKLFMQKLSQMPQEEQ--VVGV-KERIKKGTQQNI---AVS
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pF1KB3 SAHQVPAVSSVSHTALYTPPPEIPTTVLNIPHPSVISSPLLKSLHSAGPPLLAVTAAPPA
       ::..    :: : :       :::..   .:. :.  ::: . ...:.    . :::  .
CCDS55 SAKEK---SSPSATEKVFKQQEIPSV---FPKTSI--SPL-NVVQGASVNSSSQTAAQVT
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pF1KB3 QPLAKKKGVKRKADTTTPTPTAILAPGSPASPPGSLEPKAARLPPMRRESGRPIKPPRKD
             ::::::::::::. .:. : .:  ::  ..  :.. :::....       :.. 
CCDS55 ------KGVKRKADTTTPATSAVKA-SSEFSP--TFTEKSVALPPIKENM------PKNV
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pF1KB3 LPDSQQQHQSSKKGKLSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDII
       :::::::..  :  :..:::.::. ::::.:.::: .::::::.:::..:::::.:.:..
CCDS55 LPDSQQQYNVVKTVKVTEQLRHCSEILKEMLAKKHFSYAWPFYNPVDVNALGLHNYYDVV
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pF1KB3 KHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRY
       :.::::.:.:.::.:..:.:: .::::::::: ::::::::::.::.::: :::::: ..
CCDS55 KNPMDLGTIKEKMDNQEYKDAYKFAADVRLMFMNCYKYNPPDHEVVTMARMLQDVFETHF
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pF1KB3 AKMPDEPLEPGPLPVSTAMPPGLAKSSSESSSEESSSESSSEEEEEEDEEDEEEEESESS
       .:.: ::.:  ::     .   ....... ...:.:::..:                 :.
CCDS55 SKIPIEPVESMPL---CYIKTDITETTGRENTNEASSEGNS-----------------SD
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pF1KB3 DSEEERAHRLAELQEQLRAVHEQLAALSQGPISKPKRKREKKEKKKKRKAEKHRGRAGAD
       :::.::..:::.:::::.:::.:: .::: :. : ..:.::..:.::.  ::      ..
CCDS55 DSEDERVKRLAKLQEQLKAVHQQLQVLSQVPFRKLNKKKEKSKKEKKK--EK------VN
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pF1KB3 EDDKGPRAPRPPQPKKSKKASGSGGGSAALGPSGFGPSGGSGTKLPKKATKTAPPALPTG
       .....::     .  : :                      :  . :::  .        :
CCDS55 NSNENPRKMCEQMRLKEK----------------------SKRNQPKKRKQQF-----IG
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pF1KB3 YDSEEEEESRPMSYDEKRQLSLDINKLPGEKLGRVVHIIQAREPSLRDSNPEEIEIDFET
         ::.:....::.:::::::::.::::::.::::::::::.::::: .:::.::::::::
CCDS55 LKSEDEDNAKPMNYDEKRQLSLNINKLPGDKLGRVVHIIQSREPSLSNSNPDEIEIDFET
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pF1KB3 LKPSTLRELERYVLSCLRKKPRKPYTIKKPVGKTKEELALEKKRELEKRLQDVSGQLNST
       :: :::::::.:: .::::.: :: .  : .  .::::  .::.:::::: ::..:::: 
CCDS55 LKASTLRELEKYVSACLRKRPLKPPA--KKIMMSKEELHSQKKQELEKRLLDVNNQLNSR
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pF1KB3 KKPPKKANEKTESSSAQQVAVSRLSASSSSSDSSSSSSSSSSSDTSDSDSG         
       :.  :  ..::. :.: .  ::::: ::::: :::: : ::::: :.:::          
CCDS55 KRQTK--SDKTQPSKAVE-NVSRLSESSSSS-SSSSESESSSSDLSSSDSSDSESEMFPK
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CCDS55 FTEVKPNDSPSKENVKKMKNECIPPEGRTGVTQIGYCVQDTTSANTTLVHQTTPSHVMPP
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>>CCDS55615.1 BRDT gene_id:676|Hs108|chr1                 (901 aa)
 initn: 1915 init1: 661 opt: 738  Z-score: 414.2  bits: 87.7 E(32554): 9.4e-17
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pF1KB3 LGLGPEAAAPGKRIRKPSLLYEGFESPTMASVPALQLTP-ANPPPPEVSNPKKPGRVTNQ
                                     :.:. : .  .::::::  : :: ::.:::
CCDS55                              MSLPSRQTAIIVNPPPPEYINTKKNGRLTNQ
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pF1KB3 LQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYHKIIKQPMDMGTIKRRLENNYYWAA
       ::::.:::.: ::::.:.:::..::::::: ::                           
CCDS55 LQYLQKVVLKDLWKHSFSWPFQRPVDAVKLQLP---------------------------
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pF1KB3 SECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFLQKVASMPQEEQELVVTIPKNSHKK
                          : ::::::::.:::.:.::...::::::  :: . :.  ::
CCDS55 -------------------PGDDIVLMAQALEKLFMQKLSQMPQEEQ--VVGV-KERIKK
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pF1KB3 GAKLAALQGSVTSAHQVPAVSSVSHTALYTPPPEIPTTVLNIPHPSVISSPLLKSLHSAG
       :..      .:.::..    :: : :       :::..   .:. :.  ::: . ...:.
CCDS55 GTQQNI---AVSSAKEK---SSPSATEKVFKQQEIPSV---FPKTSI--SPL-NVVQGAS
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pF1KB3 PPLLAVTAAPPAQPLAKKKGVKRKADTTTPTPTAILAPGSPASPPGSLEPKAARLPPMRR
           . :::  .      ::::::::::::. .:. : .:  ::  ..  :.. :::...
CCDS55 VNSSSQTAAQVT------KGVKRKADTTTPATSAVKA-SSEFSP--TFTEKSVALPPIKE
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pF1KB3 ESGRPIKPPRKDLPDSQQQHQSSKKGKLSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDA
       .       :.. :::::::..  :  :..:::.::. ::::.:.::: .::::::.:::.
CCDS55 NM------PKNVLPDSQQQYNVVKTVKVTEQLRHCSEILKEMLAKKHFSYAWPFYNPVDV
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pF1KB3 SALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAM
       .:::::.:.:..:.::::.:.:.::.:..:.:: .::::::::: ::::::::::.::.:
CCDS55 NALGLHNYYDVVKNPMDLGTIKEKMDNQEYKDAYKFAADVRLMFMNCYKYNPPDHEVVTM
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pF1KB3 ARKLQDVFEFRYAKMPDEPLEPGPLPVSTAMPPGLAKSS-SESSSEESSSESSSEEEEEE
       :: :::::: ...:.: ::.:        .::    :.. .:....:...:.:::     
CCDS55 ARMLQDVFETHFSKIPIEPVE--------SMPLCYIKTDITETTGRENTNEASSEG----
         320       330               340       350       360       

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pF1KB3 DEEDEEEEESESSDSEEERAHRLAELQEQLRAVHEQLAALSQGPISKPKRKREKKEKKKK
                . :.:::.::..:::.:::::.:::.:: .::: :. : ..:.::..:.::
CCDS55 ---------NSSDDSEDERVKRLAKLQEQLKAVHQQLQVLSQVPFRKLNKKKEKSKKEKK
                    370       380       390       400       410    

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pF1KB3 RKAEKHRGRAGADEDDKGPRAPRPPQPKKSKKASGSGGGSAALGPSGFGPSGGSGTKLPK
       .  ::      .......::     .  : :                      :  . ::
CCDS55 K--EK------VNNSNENPRKMCEQMRLKEK----------------------SKRNQPK
                  420       430                             440    

       620       630       640       650       660       670       
pF1KB3 KATKTAPPALPTGYDSEEEEESRPMSYDEKRQLSLDINKLPGEKLGRVVHIIQAREPSLR
       :  .        :  ::.:....::.:::::::::.::::::.::::::::::.::::: 
CCDS55 KRKQQF-----IGLKSEDEDNAKPMNYDEKRQLSLNINKLPGDKLGRVVHIIQSREPSLS
          450            460       470       480       490         

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pF1KB3 DSNPEEIEIDFETLKPSTLRELERYVLSCLRKKPRKPYTIKKPVGKTKEELALEKKRELE
       .:::.:::::::::: :::::::.:: .::::.: :: .  : .  .::::  .::.:::
CCDS55 NSNPDEIEIDFETLKASTLRELEKYVSACLRKRPLKPPA--KKIMMSKEELHSQKKQELE
     500       510       520       530         540       550       

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pF1KB3 KRLQDVSGQLNSTKKPPKKANEKTESSSAQQVAVSRLSASSSSSDSSSSSSSSSSSDTSD
       ::: ::..:::: :.  :  ..::. :.: .  ::::: ::::: :::: : ::::: :.
CCDS55 KRLLDVNNQLNSRKRQTK--SDKTQPSKAVE-NVSRLSESSSSS-SSSSESESSSSDLSS
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pF1KB3 SDSG                                                        
       :::                                                         
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