Result of FASTA (ccds) for pF1KB3626
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3626, 1154 aa
  1>>>pF1KB3626 1154 - 1154 aa - 1154 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6556+/-0.00152; mu= -0.3167+/- 0.087
 mean_var=301.4595+/-66.800, 0's: 0 Z-trim(104.7): 640  B-trim: 3 in 1/52
 Lambda= 0.073869
 statistics sampled from 7317 (8053) to 7317 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.585), E-opt: 0.2 (0.247), width:  16
 Scan time:  3.840

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS41346.1 JAK1 gene_id:3716|Hs108|chr1           (1154) 7820 849.3       0
CCDS12236.1 TYK2 gene_id:7297|Hs108|chr19          (1187) 2131 243.1   3e-63
CCDS6457.1 JAK2 gene_id:3717|Hs108|chr9            (1132) 1119 135.2 8.4e-31
CCDS12366.1 JAK3 gene_id:3718|Hs108|chr19          (1124) 1039 126.7 3.1e-28
CCDS5103.1 FRK gene_id:2444|Hs108|chr6             ( 505)  521 71.2 7.2e-12
CCDS42811.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs108|chr2          (1292)  502 69.5 5.8e-11
CCDS2394.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs108|chr2           (1308)  502 69.5 5.8e-11


>>CCDS41346.1 JAK1 gene_id:3716|Hs108|chr1                (1154 aa)
 initn: 7820 init1: 7820 opt: 7820  Z-score: 4525.8  bits: 849.3 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7820; 100.0% identity (100.0% similar) in 1154 aa overlap (1-1154:1-1154)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MQYLNIKEDCNAMAFCAKMRSSKKTEVNLEAPEPGVEVIFYLSDREPLRLGSGEYTAEEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MQYLNIKEDCNAMAFCAKMRSSKKTEVNLEAPEPGVEVIFYLSDREPLRLGSGEYTAEEL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 CIRAAQACRISPLCHNLFALYDENTKLWYAPNRTITVDDKMSLRLHYRMRFYFTNWHGTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 CIRAAQACRISPLCHNLFALYDENTKLWYAPNRTITVDDKMSLRLHYRMRFYFTNWHGTN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 DNEQSVWRHSPKKQKNGYEKKKIPDATPLLDASSLEYLFAQGQYDLVKCLAPIRDPKTEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DNEQSVWRHSPKKQKNGYEKKKIPDATPLLDASSLEYLFAQGQYDLVKCLAPIRDPKTEQ
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 DGHDIENECLGMAVLAISHYAMMKKMQLPELPKDISYKRYIPETLNKSIRQRNLLTRMRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DGHDIENECLGMAVLAISHYAMMKKMQLPELPKDISYKRYIPETLNKSIRQRNLLTRMRI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 NNVFKDFLKEFNNKTICDSSVSTHDLKVKYLATLETLTKHYGAEIFETSMLLISSENEMN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 NNVFKDFLKEFNNKTICDSSVSTHDLKVKYLATLETLTKHYGAEIFETSMLLISSENEMN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 WFHSNDGGNVLYYEVMVTGNLGIQWRHKPNVVSVEKEKNKLKRKKLENKHKKDEEKNKIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 WFHSNDGGNVLYYEVMVTGNLGIQWRHKPNVVSVEKEKNKLKRKKLENKHKKDEEKNKIR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 EEWNNFSYFPEITHIVIKESVVSINKQDNKKMELKLSSHEEALSFVSLVDGYFRLTADAH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EEWNNFSYFPEITHIVIKESVVSINKQDNKKMELKLSSHEEALSFVSLVDGYFRLTADAH
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 HYLCTDVAPPLIVHNIQNGCHGPICTEYAINKLRQEGSEEGMYVLRWSCTDFDNILMTVT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 HYLCTDVAPPLIVHNIQNGCHGPICTEYAINKLRQEGSEEGMYVLRWSCTDFDNILMTVT
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 CFEKSEQVQGAQKQFKNFQIEVQKGRYSLHGSDRSFPSLGDLMSHLKKQILRTDNISFML
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 CFEKSEQVQGAQKQFKNFQIEVQKGRYSLHGSDRSFPSLGDLMSHLKKQILRTDNISFML
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 KRCCQPKPREISNLLVATKKAQEWQPVYPMSQLSFDRILKKDLVQGEHLGRGTRTHIYSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KRCCQPKPREISNLLVATKKAQEWQPVYPMSQLSFDRILKKDLVQGEHLGRGTRTHIYSG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 TLMDYKDDEGTSEEKKIKVILKVLDPSHRDISLAFFEAASMMRQVSHKHIVYLYGVCVRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TLMDYKDDEGTSEEKKIKVILKVLDPSHRDISLAFFEAASMMRQVSHKHIVYLYGVCVRD
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 VENIMVEEFVEGGPLDLFMHRKSDVLTTPWKFKVAKQLASALSYLEDKDLVHGNVCTKNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VENIMVEEFVEGGPLDLFMHRKSDVLTTPWKFKVAKQLASALSYLEDKDLVHGNVCTKNL
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 LLAREGIDSECGPFIKLSDPGIPITVLSRQECIERIPWIAPECVEDSKNLSVAADKWSFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LLAREGIDSECGPFIKLSDPGIPITVLSRQECIERIPWIAPECVEDSKNLSVAADKWSFG
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 TTLWEICYNGEIPLKDKTLIEKERFYESRCRPVTPSCKELADLMTRCMNYDPNQRPFFRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TTLWEICYNGEIPLKDKTLIEKERFYESRCRPVTPSCKELADLMTRCMNYDPNQRPFFRA
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB3 IMRDINKLEEQNPDIVSEKKPATEVDPTHFEKRFLKRIRDLGEGHFGKVELCRYDPEGDN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IMRDINKLEEQNPDIVSEKKPATEVDPTHFEKRFLKRIRDLGEGHFGKVELCRYDPEGDN
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB3 TGEQVAVKSLKPESGGNHIADLKKEIEILRNLYHENIVKYKGICTEDGGNGIKLIMEFLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TGEQVAVKSLKPESGGNHIADLKKEIEILRNLYHENIVKYKGICTEDGGNGIKLIMEFLP
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB3 SGSLKEYLPKNKNKINLKQQLKYAVQICKGMDYLGSRQYVHRDLAARNVLVESEHQVKIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SGSLKEYLPKNKNKINLKQQLKYAVQICKGMDYLGSRQYVHRDLAARNVLVESEHQVKIG
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB3 DFGLTKAIETDKEYYTVKDDRDSPVFWYAPECLMQSKFYIASDVWSFGVTLHELLTYCDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DFGLTKAIETDKEYYTVKDDRDSPVFWYAPECLMQSKFYIASDVWSFGVTLHELLTYCDS
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB3 DSSPMALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCPDEVYQLMRKCWEFQPSNRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 DSSPMALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCPDEVYQLMRKCWEFQPSNRT
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150    
pF1KB3 SFQNLIEGFEALLK
       ::::::::::::::
CCDS41 SFQNLIEGFEALLK
             1150    

>>CCDS12236.1 TYK2 gene_id:7297|Hs108|chr19               (1187 aa)
 initn: 2305 init1: 1121 opt: 2131  Z-score: 1249.1  bits: 243.1 E(32554): 3e-63
Smith-Waterman score: 3371; 46.6% identity (72.2% similar) in 1141 aa overlap (46-1146:41-1166)

          20        30        40         50        60        70    
pF1KB3 CAKMRSSKKTEVNLEAPEPGVEVIFYLSDREP-LRLGSGEYTAEELCIRAAQACRISPLC
                                     :: . .. .  ::::.::. :.   :.: :
CCDS12 GSKPVGDGAQPMAAMGGLKVLLHWAGPGGGEPWVTFSESSLTAEEVCIHIAHKVGITPPC
               20        30        40        50        60        70

           80        90       100       110       120       130    
pF1KB3 HNLFALYDENTKLWYAPNRTITVDDKMSLRLHYRMRFYFTNWHGTNDNEQSVWRHSPKKQ
        :::::.: ....:  ::. . .    :: :..:.:::: :::: :  : .:.: .:   
CCDS12 FNLFALFDAQAQVWLPPNHILEIPRDASLMLYFRIRFYFRNWHGMNPREPAVYRCGPPGT
               80        90       100       110       120       130

          140       150       160       170       180       190    
pF1KB3 KNGYEKKKIPDATPLLDASSLEYLFAQGQYDLVKCLAPIRDPKTEQDGHDIENECLGMAV
       . . ..    ..  ::: .:.:::: ::....:. .: . . .::.. : ..:: :::: 
CCDS12 EASSDQTA--QGMQLLDPASFEYLFEQGKHEFVNDVASLWELSTEEEIHHFKNESLGMAF
                140       150       160       170       180        

          200       210       220       230       240       250    
pF1KB3 LAISHYAMMKKMQLPELPKDISYKRYIPETLNKSIRQRNLLTRMRINNVFKDFLKEFNNK
       : . : :. . . : :. :  :.:  ::... . :::.. :::.:. :::. ::..:.  
CCDS12 LHLCHLALRHGIPLEEVAKKTSFKDCIPRSFRRHIRQHSALTRLRLRNVFRRFLRDFQ--
      190       200       210       220       230       240        

          260       270       280       290       300       310    
pF1KB3 TICDSSVSTHDLKVKYLATLETLTKHYGAEIFETSMLLISSENEMNWFHSNDGGNVLY--
           . .: . . :::::::: :. ..:.:   .  : . .. : .  .  :.: .    
CCDS12 ---PGRLSQQMVMVKYLATLERLAPRFGTERVPVCHLRLLAQAEGEPCYIRDSGVAPTDP
           250       260       270       280       290       300   

                      320       330                340       350   
pF1KB3 ----------YEVMVTGNLGIQWRHKPNVVSVEK---------EKNKLKRKKLENKHKKD
                 .::.:::. ::::    . :. :.          . .:  :: . ..   
CCDS12 GPESAAGPPTHEVLVTGTGGIQWWPVEEEVNKEEGSSGSSGRNPQASLFGKKAKAHKAVG
           310       320       330       340       350       360   

           360        370       380       390       400       410  
pF1KB3 EEKNKIREE-WNNFSYFPEITHIVIKESVVSINKQDNKKMELKLSSHEEALSFVSLVDGY
       .  .. ::  :  :  : .:::.:.::  :::..:::: .::.: :.  :::::::::::
CCDS12 QPADRPREPLWAYFCDFRDITHVVLKEHCVSIHRQDNKCLELSLPSRAAALSFVSLVDGY
           370       380       390       400       410       420   

            420       430       440       450       460       470  
pF1KB3 FRLTADAHHYLCTDVAPPLIVHNIQNGCHGPICTEYAINKLRQEGSEEGMYVLRWSCTDF
       ::::::. :::: .:::: .: .:..: :::.   ..  :::    :.:.:...:: .  
CCDS12 FRLTADSSHYLCHEVAPPRLVMSIRDGIHGPLLEPFVQAKLR---PEDGLYLIHWSTSHP
           430       440       450       460          470       480

            480       490        500       510       520       530 
pF1KB3 DNILMTVTCFEKSEQVQGAQK-QFKNFQIEVQKGRYSLHGSDRSFPSLGDLMSHLKKQIL
         ...::.  ..:.  .: :. ....: :: : : . :.:  :::::. .: . :.  .:
CCDS12 YRLILTVA--QRSQAPDGMQSLRLRKFPIEQQDGAFVLEGWGRSFPSVRELGAALQGCLL
                490       500       510       520       530        

             540       550       560       570       580       590 
pF1KB3 RTDNISFMLKRCCQPKPREISNLLVATKKAQEWQPVYPMSQLSFDRILKKDLVQGEHLGR
       :. .  : :.::: :.: : :::..  . :.    .  .::::: :. .:...:  :::.
CCDS12 RAGDDCFSLRRCCLPQPGETSNLIIM-RGARASPRTLNLSQLSFHRVDQKEITQLSHLGQ
      540       550       560        570       580       590       

             600                     610       620       630       
pF1KB3 GTRTHIYSGTL------------MDYKDD--EGTSEEKKIKVILKVLDPSHRDISLAFFE
       ::::..: : :            :: .:    : .. ....:.::::::::.::.:::.:
CCDS12 GTRTNVYEGRLRVEGSGDPEEGKMDDEDPLVPGRDRGQELRVVLKVLDPSHHDIALAFYE
       600       610       620       630       640       650       

       640       650       660       670       680       690       
pF1KB3 AASMMRQVSHKHIVYLYGVCVRDVENIMVEEFVEGGPLDLFMHRKSDVLTTPWKFKVAKQ
       .::.: :::: :.....:::::  ::::: :.:: ::::....:.   .   ::. ::.:
CCDS12 TASLMSQVSHTHLAFVHGVCVRGPENIMVTEYVEHGPLDVWLRRERGHVPMAWKMVVAQQ
       660       670       680       690       700       710       

       700       710       720       730       740       750       
pF1KB3 LASALSYLEDKDLVHGNVCTKNLLLAREGIDSECGPFIKLSDPGIPITVLSRQECIERIP
       :::::::::.:.::::::: .:.:::: :.    .:::::::::. . .:::.: .::::
CCDS12 LASALSYLENKNLVHGNVCGRNILLARLGLAEGTSPFIKLSDPGVGLGALSREERVERIP
       720       730       740       750       760       770       

       760        770       780       790       800       810      
pF1KB3 WIAPECVEDSKN-LSVAADKWSFGTTLWEICYNGEIPLKDKTLIEKERFYESRCRPVTPS
       :.::::.  . : ::.: :::.::.:: :::..:: ::....  :::.::. . :   ::
CCDS12 WLAPECLPGGANSLSTAMDKWGFGATLLEICFDGEAPLQSRSPSEKEHFYQRQHRLPEPS
       780       790       800       810       820       830       

        820       830       840       850        860       870     
pF1KB3 CKELADLMTRCMNYDPNQRPFFRAIMRDINKLEEQN-PDIVSEKKPATEVDPTHFEKRFL
       : .:: : ..:..:.:.::: ::.:.::...:. .:  :... .  .   ::: :.::.:
CCDS12 CPQLATLTSQCLTYEPTQRPSFRTILRDLTRLQPHNLADVLTVNPDSPASDPTVFHKRYL
       840       850       860       870       880       890       

         880       890       900       910       920       930     
pF1KB3 KRIRDLGEGHFGKVELCRYDPEGDNTGEQVAVKSLKPESGGNHIADLKKEIEILRNLYHE
       :.:::::::::::: :  ::: .:.:::.::::.:: . : .: .  :.::.:::.::::
CCDS12 KKIRDLGEGHFGKVSLYCYDPTNDGTGEMVAVKALKADCGPQHRSGWKQEIDILRTLYHE
       900       910       920       930       940       950       

         940       950       960       970       980       990     
pF1KB3 NIVKYKGICTEDGGNGIKLIMEFLPSGSLKEYLPKNKNKINLKQQLKYAVQICKGMDYLG
       .:.:::: : ..: ....:.::..: :::..:::..  .:.: : : .: :::.:: :: 
CCDS12 HIIKYKGCCEDQGEKSLQLVMEYVPLGSLRDYLPRH--SIGLAQLLLFAQQICEGMAYLH
       960       970       980       990        1000      1010     

        1000      1010      1020      1030      1040      1050     
pF1KB3 SRQYVHRDLAARNVLVESEHQVKIGDFGLTKAIETDKEYYTVKDDRDSPVFWYAPECLMQ
       ...:.::::::::::..... ::::::::.::.   .::: :..: :::::::::::: .
CCDS12 AQHYIHRDLAARNVLLDNDRLVKIGDFGLAKAVPEGHEYYRVREDGDSPVFWYAPECLKE
        1020      1030      1040      1050      1060      1070     

        1060      1070      1080      1090      1100      1110     
pF1KB3 SKFYIASDVWSFGVTLHELLTYCDSDSSPMALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLP
        ::: :::::::::::.::::.:::..:: . ::..:: ..::::: ::.. :..:.:::
CCDS12 YKFYYASDVWSFGVTLYELLTHCDSSQSPPTKFLELIGIAQGQMTVLRLTELLERGERLP
        1080      1090      1100      1110      1120      1130     

        1120      1130      1140      1150                 
pF1KB3 CPPNCPDEVYQLMRKCWEFQPSNRTSFQNLIEGFEALLK             
        : .:: :::.::..::: . : : .:.:::                     
CCDS12 RPDKCPCEVYHLMKNCWETEASFRPTFENLIPILKTVHEKYQGQAPSVFSVC
        1140      1150      1160      1170      1180       

>>CCDS6457.1 JAK2 gene_id:3717|Hs108|chr9                 (1132 aa)
 initn: 2087 init1: 760 opt: 1119  Z-score: 666.5  bits: 135.2 E(32554): 8.4e-31
Smith-Waterman score: 3082; 44.0% identity (71.5% similar) in 1157 aa overlap (28-1145:31-1119)

                  10        20        30        40            50   
pF1KB3    MQYLNIKEDCNAMAFCAKMRSSKKTEVNLEAPEPGVEVIFYLS----DREPLRLGSG
                                     ...  .: ..: .: :    . . : . ::
CCDS64 MGMACLTMTEMEGTSTSSIYQNGDISGNANSMKQIDPVLQVYLYHSLGKSEADYLTFPSG
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KB3 EYTAEELCIRAAQACRISPLCHNLFALYDENTKLWYAPNRTITVDDKMSLRLHYRMRFYF
       ::.:::.:: :..:: :.:. ::.:::..:. ..:: ::... .:..    . ::.::::
CCDS64 EYVAEEICIAASKACGITPVYHNMFALMSETERIWYPPNHVFHIDESTRHNVLYRIRFYF
               70        80        90       100       110       120

           120       130       140       150       160       170   
pF1KB3 TNWHGTNDNEQSVWRHSPKKQKNGYEKKKIPDATPLLDASSLEYLFAQGQYDLVKCLAPI
         :. ...:.  ..::. ..   : :       .::::   . ::::: ..:.:.  . :
CCDS64 PRWYCSGSNR--AYRHGISR---GAE-------APLLDDFVMSYLFAQWRHDFVH--GWI
              130            140              150       160        

           180       190       200        210       220       230  
pF1KB3 RDPKTEQDGHDIENECLGMAVLAISHYAMMKKMQLP-ELPKDISYKRYIPETLNKSIRQR
       . : :    :. ..:::::::: . . :  .  : :  . ..:::: ..:. .  .:.. 
CCDS64 KVPVT----HETQEECLGMAVLDMMRIAKEND-QTPLAIYNSISYKTFLPKCIRAKIQDY
        170           180       190        200       210       220 

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB3 NLLTRMRINNVFKDFLKEFNNKTICDSSVSTHDLKVKYLATLETLTKHYGAEIFETSMLL
       ..::: ::   :. :...:..   : ..  ...::.::: .:::: . . .: ::..   
CCDS64 HILTRKRIRYRFRRFIQQFSQ---CKAT--ARNLKLKYLINLETLQSAFYTEKFEVK---
             230       240            250       260       270      

            300       310       320       330       340       350  
pF1KB3 ISSENEMNWFHSNDGGNVLYYEVMVTGNLGIQWRHKPNVVSVEKEKNKLKRKKLENKHKK
            : .   :. .:. ..  ...::: :::: .                    .:::.
CCDS64 -----EPG---SGPSGEEIFATIIITGNGGIQWSR--------------------GKHKE
                   280       290       300                         

            360       370       380                390       400   
pF1KB3 DEEKNKIREEWNNFSYFPEITHIVIKES---------VVSINKQDNKKMELKLSSHEEAL
       .:  ..  .. . .  ::.:  . ::..         ::.:.:::.:..:..::: .:::
CCDS64 SETLTE--QDLQLYCDFPNIIDVSIKQANQEGSNESRVVTIHKQDGKNLEIELSSLREAL
         310         320       330       340       350       360   

           410       420       430       440       450       460   
pF1KB3 SFVSLVDGYFRLTADAHHYLCTDVAPPLIVHNIQNGCHGPICTEYAINKLRQEGSEEGMY
       :::::.:::.::::::::::: .:::: ...:::..:::::  ..::.::.. :.. :.:
CCDS64 SFVSLIDGYYRLTADAHHYLCKEVAPPAVLENIQSNCHGPISMDFAISKLKKAGNQTGLY
           370       380       390       400       410       420   

           470       480       490       500        510       520  
pF1KB3 VLRWSCTDFDNILMTVTCFEKSEQVQGAQKQFKNFQIEVQKGR-YSLHGSDRSFPSLGDL
       ::: :  ::.. ..: .  :. . ..     .:.  :  .... :.: :. ..: :: ::
CCDS64 VLRCSPKDFNKYFLTFAV-ERENVIE-----YKHCLITKNENEEYNLSGTKKNFSSLKDL
           430       440             450       460       470       

            530       540       550       560              570     
pF1KB3 MSHLKKQILRTDNISFMLKRCCQPKPREISNLLVATKKAQEWQPVYP-------MSQLSF
       ..  . . .:.::: :.. .:: :::.. :::::   ..    :. :       :.:. :
CCDS64 LNCYQMETVRSDNIIFQFTKCCPPKPKDKSNLLVFRTNGVSDVPTSPTLQRPTHMNQMVF
       480       490       500       510       520       530       

         580       590       600       610       620       630     
pF1KB3 DRILKKDLVQGEHLGRGTRTHIYSGTLMDYKDDEGTSEEKKIKVILKVLDPSHRDISLAF
        .: ..::. .: ::.:: :.:..:.  .   : :  .:   .:.::::: .::. : .:
CCDS64 HKIRNEDLIFNESLGQGTFTKIFKGVRREV-GDYGQLHET--EVLLKVLDKAHRNYSESF
       540       550       560        570         580       590    

         640       650       660       670       680       690     
pF1KB3 FEAASMMRQVSHKHIVYLYGVCVRDVENIMVEEFVEGGPLDLFMHRKSDVLTTPWKFKVA
       ::::::: ..::::.:  :::::   :::.:.:::. : :: ....... ..  ::..::
CCDS64 FEAASMMSKLSHKHLVLNYGVCVCGDENILVQEFVKFGSLDTYLKKNKNCINILWKLEVA
          600       610       620       630       640       650    

         700       710       720       730         740       750   
pF1KB3 KQLASALSYLEDKDLVHGNVCTKNLLLAREGIDSECG--PFIKLSDPGIPITVLSRQECI
       :::: :. .::.. :.:::::.::.:: ::  : . :  :::::::::: :::: ..   
CCDS64 KQLAWAMHFLEENTLIHGNVCAKNILLIREE-DRKTGNPPFIKLSDPGISITVLPKDILQ
          660       670       680        690       700       710   

           760       770       780       790       800       810   
pF1KB3 ERIPWIAPECVEDSKNLSVAADKWSFGTTLWEICYNGEIPLKDKTLIEKERFYESRCRPV
       :::::. :::.:. :::..:.::::::::::::: .:. ::.     .: .:::.: .  
CCDS64 ERIPWVPPECIENPKNLNLATDKWSFGTTLWEICSGGDKPLSALDSQRKLQFYEDRHQLP
           720       730       740       750       760       770   

           820       830       840       850       860             
pF1KB3 TPSCKELADLMTRCMNYDPNQRPFFRAIMRDINKLEEQNPDIVSEKK--PATEV------
       .:.  :::.:.. ::.:.:. :: ::::.::.:.:   . ....:.   :  ..      
CCDS64 APKWAELANLINNCMDYEPDFRPSFRAIIRDLNSLFTPDYELLTENDMLPNMRIGALGFS
           780       790       800       810       820       830   

               870       880       890       900       910         
pF1KB3 ------DPTHFEKRFLKRIRDLGEGHFGKVELCRYDPEGDNTGEQVAVKSLKPESGGNHI
             :::.::.: :: ...::.:.::.::.:::::  ::::: ::::.:. .:  .:.
CCDS64 GAFEDRDPTQFEERHLKFLQQLGKGNFGSVEMCRYDPLQDNTGEVVAVKKLQ-HSTEEHL
           840       850       860       870       880        890  

     920       930       940       950       960       970         
pF1KB3 ADLKKEIEILRNLYHENIVKYKGICTEDGGNGIKLIMEFLPSGSLKEYLPKNKNKINLKQ
        :...:::::..: :.:::::::.:   :  ..:::::.:: :::..:: :.:..:.  .
CCDS64 RDFEREIEILKSLQHDNIVKYKGVCYSAGRRNLKLIMEYLPYGSLRDYLQKHKERIDHIK
            900       910       920       930       940       950  

     980       990      1000      1010      1020      1030         
pF1KB3 QLKYAVQICKGMDYLGSRQYVHRDLAARNVLVESEHQVKIGDFGLTKAIETDKEYYTVKD
        :.:. ::::::.:::...:.:::::.::.:::.:..::::::::::..  ::::: ::.
CCDS64 LLQYTSQICKGMEYLGTKRYIHRDLATRNILVENENRVKIGDFGLTKVLPQDKEYYKVKE
            960       970       980       990      1000      1010  

    1040      1050      1060      1070      1080      1090         
pF1KB3 DRDSPVFWYAPECLMQSKFYIASDVWSFGVTLHELLTYCDSDSSPMALFLKMIG-PTHGQ
         .::.:::::: : .::: .:::::::::.:.::.:: ....:: : :..:::   .::
CCDS64 PGESPIFWYAPESLTESKFSVASDVWSFGVVLYELFTYIEKSKSPPAEFMRMIGNDKQGQ
           1020      1030      1040      1050      1060      1070  

     1100      1110      1120      1130      1140      1150        
pF1KB3 MTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCPDEVYQLMRKCWEFQPSNRTSFQNLIEGFEALLK    
       : : .:.. ::.. ::: : .::::.:..: .::. . ..: ::..:             
CCDS64 MIVFHLIELLKNNGRLPRPDGCPDEIYMIMTECWNNNVNQRPSFRDLALRVDQIRDNMAG
           1080      1090      1100      1110      1120      1130  

>>CCDS12366.1 JAK3 gene_id:3718|Hs108|chr19               (1124 aa)
 initn: 2449 init1: 838 opt: 1039  Z-score: 620.4  bits: 126.7 E(32554): 3.1e-28
Smith-Waterman score: 2620; 40.1% identity (66.3% similar) in 1134 aa overlap (47-1145:38-1091)

         20        30        40        50          60        70    
pF1KB3 AKMRSSKKTEVNLEAPEPGVEVIFYLSDREPLRLGS--GEYTAEELCIRAAQACRISPLC
                                     : ::.   :.. ::.::..::.:  : :. 
CCDS12 TPLIPQRSCSLLSTEAGALHVLLPARGPGPPQRLSFSFGDHLAEDLCVQAAKASGILPVY
        10        20        30        40        50        60       

           80        90       100       110       120       130    
pF1KB3 HNLFALYDENTKLWYAPNRTITVDDKMSLRLHYRMRFYFTNWHGTNDNEQSVWRHSPKKQ
       :.::::  :. . :. :.. ..:.:  .  : ::.:::: :: : .           : .
CCDS12 HSLFALATEDLSCWFPPSHIFSVEDASTQVLLYRIRFYFPNWFGLE-----------KCH
        70        80        90       100       110                 

          140       150       160       170       180       190    
pF1KB3 KNGYEKKKIPDATPLLDASSLEYLFAQGQYDLVKCLAPIRDPKTEQDGHDIENECLGMAV
       . : .:     :. .::   ::.:::: . :::.   :.     ::      .:::..::
CCDS12 RFGLRKDL---ASAILDLPVLEHLFAQHRSDLVSGRLPVGLSLKEQ------GECLSLAV
        120          130       140       150             160       

          200       210       220       230       240       250    
pF1KB3 LAISHYAMMKKMQLPELPKDISYKRYIPETLNKSIRQRNLLTRMRINNVFKDFLKEFNNK
       : ....:  . ..  :: : .:::  .: .:   :.  ...:: ::  . .  :..    
CCDS12 LDLARMAREQAQRPGELLKTVSYKACLPPSLRDLIQGLSFVTRRRIRRTVRRALRRV---
       170       180       190       200       210       220       

          260       270       280       290       300       310    
pF1KB3 TICDSSVSTHDLKVKYLATLETLTKHYGAEIFETSMLLISSENEMNWFHSNDGGNVLYYE
       . :..  . :.: .::.  :: :    .:: :....         . . ..:: ..:   
CCDS12 AACQA--DRHSLMAKYIMDLERLDPAGAAETFHVGL--------PGALGGHDGLGLLR--
            230       240       250               260       270    

          320       330       340       350       360       370    
pF1KB3 VMVTGNLGIQWRHKPNVVSVEKEKNKLKRKKLENKHKKDEEKNKIREEWNNFSYFPEITH
         :.:. :: :        .. :.. :.                       :  ::::. 
CCDS12 --VAGDGGIAW--------TQGEQEVLQ----------------------PFCDFPEIVD
              280               290                             300

          380                 390       400       410       420    
pF1KB3 IVIKES----------VVSINKQDNKKMELKLSSHEEALSFVSLVDGYFRLTADAHHYLC
       : ::..          .:.... ::. .: .. .  ::::::.:::::::::.:..:..:
CCDS12 ISIKQAPRVGPAGEHRLVTVTRTDNQILEAEFPGLPEALSFVALVDGYFRLTTDSQHFFC
              310       320       330       340       350       360

          430       440       450       460       470       480    
pF1KB3 TDVAPPLIVHNIQNGCHGPICTEYAINKLRQEGSEEGMYVLRWSCTDFDNILMTVTCFEK
        .:::: ..... . :::::  ..:::::.  ::. : :::: :  :::..:.:: : ..
CCDS12 KEVAPPRLLEEVAEQCHGPITLDFAINKLKTGGSRPGSYVLRRSPQDFDSFLLTV-CVQN
              370       380       390       400       410          

          490       500        510       520       530       540   
pF1KB3 SEQVQGAQKQFKNFQIEVQK-GRYSLHGSDRSFPSLGDLMSHLKKQILRTDNISFMLKRC
            :   ..:.  :. .  : . : : .:   :: .:..      :..:...  :  :
CCDS12 P---LGP--DYKGCLIRRSPTGTFLLVGLSRPHSSLRELLATCWDGGLHVDGVAVTLTSC
     420            430       440       450       460       470    

           550              560       570       580       590      
pF1KB3 CQPKPREISNLLVA-------TKKAQEWQPVYPMSQLSFDRILKKDLVQGEHLGRGTRTH
       : :.:.: :::.:.       :..  . :  : .::..: .:   .:   :.::.:. :.
CCDS12 CIPRPKEKSNLIVVQRGHSPPTSSLVQPQSQYQLSQMTFHKIPADSLEWHENLGHGSFTK
          480       490       500       510       520       530    

        600       610       620       630       640       650      
pF1KB3 IYSGTLMDYKDDEGTSEEKKIKVILKVLDPSHRDISLAFFEAASMMRQVSHKHIVYLYGV
       :: :   .  :    .: .: .:.:::.: .:..   .:.::::.: :::..:.: :.::
CCDS12 IYRGCRHEVVD----GEARKTEVLLKVMDAKHKNCMESFLEAASLMSQVSYRHLVLLHGV
          540           550       560       570       580       590

        660       670       680       690       700       710      
pF1KB3 CVRDVENIMVEEFVEGGPLDLFMHRKSDVLTTPWKFKVAKQLASALSYLEDKDLVHGNVC
       :.   .. ::.:::. : .:....... .. . ::..:.:::: ::.::::: : :::: 
CCDS12 CMAG-DSTMVQEFVHLGAIDMYLRKRGHLVPASWKLQVVKQLAYALNYLEDKGLPHGNVS
               600       610       620       630       640         

        720       730       740       750       760       770      
pF1KB3 TKNLLLAREGIDSECGPFIKLSDPGIPITVLSRQECIERIPWIAPECVEDSKNLSVAADK
       ....:::::: :.   :::::::::.  .::: .   .::::.::::......::. :::
CCDS12 ARKVLLAREGADGS-PPFIKLSDPGVSPAVLSLEMLTDRIPWVAPECLREAQTLSLEADK
     650       660        670       680       690       700        

        780       790       800       810       820       830      
pF1KB3 WSFGTTLWEICYNGEIPLKDKTLIEKERFYESRCRPVTPSCKELADLMTRCMNYDPNQRP
       :.::.:.::.  .  .:..     .: .:::.: .  .:.  ::: :. .:: :.: :::
CCDS12 WGFGATVWEVFSGVTMPISALDPAKKLQFYEDRQQLPAPKWTELALLIQQCMAYEPVQRP
      710       720       730       740       750       760        

        840       850       860                      870       880 
pF1KB3 FFRAIMRDINKLEEQNPDIVSEKKPATEV---------------DPTHFEKRFLKRIRDL
        :::..::.:.:  .. ...:.  :.. .               ::: ::.: :: : .:
CCDS12 SFRAVIRDLNSLISSDYELLSDPTPGALAPRDGLWNGAQLYACQDPTIFEERHLKYISQL
      770       780       790       800       810       820        

             890       900       910       920       930       940 
pF1KB3 GEGHFGKVELCRYDPEGDNTGEQVAVKSLKPESGGNHIADLKKEIEILRNLYHENIVKYK
       :.:.::.:::::::: :::::  ::::.:. .:: ..  :...::.::. :. . ::::.
CCDS12 GKGNFGSVELCRYDPLGDNTGALVAVKQLQ-HSGPDQQRDFQREIQILKALHSDFIVKYR
      830       840       850        860       870       880       

             950       960       970       980       990      1000 
pF1KB3 GICTEDGGNGIKLIMEFLPSGSLKEYLPKNKNKINLKQQLKYAVQICKGMDYLGSRQYVH
       :.    : ....:.::.:::: :...: ... ... .. : :. ::::::.:::::. ::
CCDS12 GVSYGPGRQSLRLVMEYLPSGCLRDFLQRHRARLDASRLLLYSSQICKGMEYLGSRRCVH
       890       900       910       920       930       940       

            1010      1020      1030      1040      1050      1060 
pF1KB3 RDLAARNVLVESEHQVKIGDFGLTKAIETDKEYYTVKDDRDSPVFWYAPECLMQSKFYIA
       :::::::.::::: .:::.::::.: .  ::.::.:..  .::.:::::: : .. :   
CCDS12 RDLAARNILVESEAHVKIADFGLAKLLPLDKDYYVVREPGQSPIFWYAPESLSDNIFSRQ
       950       960       970       980       990      1000       

            1070      1080      1090      1100      1110      1120 
pF1KB3 SDVWSFGVTLHELLTYCDSDSSPMALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCP
       ::::::::.:.::.::::.. :: : ::.:.:  .   .. ::.. :.::.::: :: ::
CCDS12 SDVWSFGVVLYELFTYCDKSCSPSAEFLRMMGCERDVPALCRLLELLEEGQRLPAPPACP
      1010      1020      1030      1040      1050      1060       

            1130      1140      1150                            
pF1KB3 DEVYQLMRKCWEFQPSNRTSFQNLIEGFEALLK                        
        ::..::. ::  .:..: ::. :                                 
CCDS12 AEVHELMKLCWAPSPQDRPSFSALGPQLDMLWSGSRGCETHAFTAHPEGKHHSLSFS
      1070      1080      1090      1100      1110      1120    

>>CCDS5103.1 FRK gene_id:2444|Hs108|chr6                  (505 aa)
 initn: 598 init1: 211 opt: 521  Z-score: 326.5  bits: 71.2 E(32554): 7.2e-12
Smith-Waterman score: 636; 39.4% identity (68.7% similar) in 284 aa overlap (865-1145:224-483)

          840       850       860       870       880       890    
pF1KB3 RPFFRAIMRDINKLEEQNPDIVSEKKPATEVDPTHFEKRFLKRIRDLGEGHFGKVELCRY
                                     ::  ....  .. .. :: :.::.:    .
CCDS51 TKTSDGLCVKLGKPCLKIQVPAPFDLSYKTVDQWEIDRNSIQLLKRLGSGQFGEV----W
           200       210       220       230       240             

          900       910       920       930       940       950    
pF1KB3 DPEGDNTGEQVAVKSLKPESGGNHIADLKKEIEILRNLYHENIVKYKGICTEDGGNGIKL
       .   .::   ::::.:::  :.    :. .: .:..:: : ....  ..:: .  . : .
CCDS51 EGLWNNT-TPVAVKTLKP--GSMDPNDFLREAQIMKNLRHPKLIQLYAVCTLE--DPIYI
     250        260         270       280       290         300    

          960       970        980       990      1000      1010   
pF1KB3 IMEFLPSGSLKEYLPKNK-NKINLKQQLKYAVQICKGMDYLGSRQYVHRDLAARNVLVES
       : :..  :::.::: ..  .::.: ::. .:.:. .:: :: ::.:.::::::::::: .
CCDS51 ITELMRHGSLQEYLQNDTGSKIHLTQQVDMAAQVASGMAYLESRNYIHRDLAARNVLV-G
          310       320       330       340       350       360    

           1020      1030       1040      1050      1060      1070 
pF1KB3 EHQV-KIGDFGLTKAIETDKE-YYTVKDDRDSPVFWYAPECLMQSKFYIASDVWSFGVTL
       ::.. :..::::......:.:  :  . .   :: : ::: . ..:: : :::::::. :
CCDS51 EHNIYKVADFGLARVFKVDNEDIYESRHEIKLPVKWTAPEAIRSNKFSIKSDVWSFGILL
           370       380       390       400       410       420   

            1080      1090      1100      1110      1120      1130 
pF1KB3 HELLTYCDSDSSPMALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCPDEVYQLMRKC
       .:..::            ::  :  : :: ..... : .. ::: : :::.. :..: .:
CCDS51 YEIITYG-----------KM--PYSG-MTGAQVIQMLAQNYRLPQPSNCPQQFYNIMLEC
           430                     440       450       460         

            1140      1150                 
pF1KB3 WEFQPSNRTSFQNLIEGFEALLK             
       :. .:..: .:..:                      
CCDS51 WNAEPKERPTFETLRWKLEDYFETDSSYSDANNFIR
     470       480       490       500     

>>CCDS42811.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs108|chr2               (1292 aa)
 initn: 540 init1: 264 opt: 502  Z-score: 310.4  bits: 69.5 E(32554): 5.8e-11
Smith-Waterman score: 603; 36.8% identity (62.9% similar) in 280 aa overlap (875-1154:718-979)

          850       860       870       880       890       900    
pF1KB3 INKLEEQNPDIVSEKKPATEVDPTHFEKRFLKRIRDLGEGHFGKVELCRYDPEGDNTGEQ
                                     :::.. :: : :: :    . :::...   
CCDS42 RFLETELVEPLTPSGTAPNQAQLRILKETELKRVKVLGSGAFGTVYKGIWVPEGETVKIP
       690       700       710       720       730       740       

          910       920       930       940       950       960    
pF1KB3 VAVKSLKPESGGNHIADLKKEIEILRNLYHENIVKYKGICTEDGGNGIKLIMEFLPSGSL
       ::.: :.  .: .  ...  :  :. .. : ..:.  :.:       :.:. ...: : :
CCDS42 VAIKILNETTGPKANVEFMDEALIMASMDHPHLVRLLGVCLSPT---IQLVTQLMPHGCL
       750       760       770       780       790          800    

          970       980       990      1000      1010      1020    
pF1KB3 KEYLPKNKNKINLKQQLKYAVQICKGMDYLGSRQYVHRDLAARNVLVESEHQVKIGDFGL
        ::. ..:..:. .  :.. ::: ::: ::  :. ::::::::::::.: ..::: ::::
CCDS42 LEYVHEHKDNIGSQLLLNWCVQIAKGMMYLEERRLVHRDLAARNVLVKSPNHVKITDFGL
          810       820       830       840       850       860    

         1030      1040      1050      1060      1070      1080    
pF1KB3 TKAIETDKEYYTVKDDRDSPVFWYAPECLMQSKFYIASDVWSFGVTLHELLTYCDSDSSP
       .. .: :.. :.. :    :. :.: ::.   ::   :::::.:::. ::.:.       
CCDS42 ARLLEGDEKEYNA-DGGKMPIKWMALECIHYRKFTHQSDVWSYGVTIWELMTFG------
          870        880       890       900       910             

         1090      1100      1110      1120      1130      1140    
pF1KB3 MALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCPDEVYQLMRKCWEFQPSNRTSFQN
               :  .  . . .. . :..:.::: :: :  .::..: ::: .. ..: .:..
CCDS42 --------GKPYDGIPTREIPDLLEKGERLPQPPICTIDVYMVMVKCWMIDADSRPKFKE
               920       930       940       950       960         

         1150                                                      
pF1KB3 LIEGFEALLK                                                  
       :   :  . .                                                  
CCDS42 LAAEFSRMARDPQRYLVIQGDDRMKLPSPNDSKFFQNLLDEEDLEDMMDAEEYLVPQAFN
     970       980       990      1000      1010      1020         

>>CCDS2394.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs108|chr2                (1308 aa)
 initn: 540 init1: 264 opt: 502  Z-score: 310.3  bits: 69.5 E(32554): 5.8e-11
Smith-Waterman score: 603; 36.8% identity (62.9% similar) in 280 aa overlap (875-1154:718-979)

          850       860       870       880       890       900    
pF1KB3 INKLEEQNPDIVSEKKPATEVDPTHFEKRFLKRIRDLGEGHFGKVELCRYDPEGDNTGEQ
                                     :::.. :: : :: :    . :::...   
CCDS23 RFLETELVEPLTPSGTAPNQAQLRILKETELKRVKVLGSGAFGTVYKGIWVPEGETVKIP
       690       700       710       720       730       740       

          910       920       930       940       950       960    
pF1KB3 VAVKSLKPESGGNHIADLKKEIEILRNLYHENIVKYKGICTEDGGNGIKLIMEFLPSGSL
       ::.: :.  .: .  ...  :  :. .. : ..:.  :.:       :.:. ...: : :
CCDS23 VAIKILNETTGPKANVEFMDEALIMASMDHPHLVRLLGVCLSPT---IQLVTQLMPHGCL
       750       760       770       780       790          800    

          970       980       990      1000      1010      1020    
pF1KB3 KEYLPKNKNKINLKQQLKYAVQICKGMDYLGSRQYVHRDLAARNVLVESEHQVKIGDFGL
        ::. ..:..:. .  :.. ::: ::: ::  :. ::::::::::::.: ..::: ::::
CCDS23 LEYVHEHKDNIGSQLLLNWCVQIAKGMMYLEERRLVHRDLAARNVLVKSPNHVKITDFGL
          810       820       830       840       850       860    

         1030      1040      1050      1060      1070      1080    
pF1KB3 TKAIETDKEYYTVKDDRDSPVFWYAPECLMQSKFYIASDVWSFGVTLHELLTYCDSDSSP
       .. .: :.. :.. :    :. :.: ::.   ::   :::::.:::. ::.:.       
CCDS23 ARLLEGDEKEYNA-DGGKMPIKWMALECIHYRKFTHQSDVWSYGVTIWELMTFG------
          870        880       890       900       910             

         1090      1100      1110      1120      1130      1140    
pF1KB3 MALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCPDEVYQLMRKCWEFQPSNRTSFQN
               :  .  . . .. . :..:.::: :: :  .::..: ::: .. ..: .:..
CCDS23 --------GKPYDGIPTREIPDLLEKGERLPQPPICTIDVYMVMVKCWMIDADSRPKFKE
               920       930       940       950       960         

         1150                                                      
pF1KB3 LIEGFEALLK                                                  
       :   :  . .                                                  
CCDS23 LAAEFSRMARDPQRYLVIQGDDRMKLPSPNDSKFFQNLLDEEDLEDMMDAEEYLVPQAFN
     970       980       990      1000      1010      1020         




1154 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Thu Nov  3 13:32:29 2016 done: Thu Nov  3 13:32:29 2016
 Total Scan time:  3.840 Total Display time:  0.260

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com