seq1 = pF1KB3311.tfa, 1878 bp
seq2 = pF1KB3311/gi568815589f_99728043.tfa (gi568815589f:99728043_99963864), 235822 bp

>pF1KB3311 1878
>gi568815589f:99728043_99963864 (Chr9)

1-951  (100001-100951)   99% ->
952-1081  (104647-104776)   100% ->
1082-1254  (105240-105412)   99% ->
1255-1454  (116607-116806)   100% ->
1455-1633  (119395-119573)   100% ->
1634-1878  (135578-135822)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCTGCGTCCAAGCCCAATATAGCCCTTCCCCTCCAGGTTCCAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCTGCGTCCAAGCCCAATATAGCCCTTCCCCTCCAGGTTCCAGTTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCGGCGCAGACATACAGCTCGGAATACACCACGGAGATCATGAACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCGGCGCAGACATACAGCTCGGAATACACCACGGAGATCATGAACCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTACACCAAGCTGACCATGGACCTTGGCAGCACTGAGATCACGGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTACACCAAGCTGACCATGGACCTTGGCAGCACTGAGATCACGGCTACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCACCACGTCCCTGCCCAGCATCAGTACCTTCGTGGAGGGCTACTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCACCACGTCCCTGCCCAGCATCAGTACCTTCGTGGAGGGCTACTCGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACTACGAACTCAAGCCTTCCTGCGTGTACCAAATGCAGCGGCCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACTACGAACTCAAGCCTTCCTGCGTGTACCAAATGCAGCGGCCCTTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAAAGTGGAGGAGGGGCGGGCGCCCAGCTACCATCACCATCACCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAAAGTGGAGGAGGGGCGGGCGCCCAGCTACCATCACCATCACCACCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACCACCACCACCACCACCATCACCAGCAGCAGCATCAGCAGCCATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACCACCACCACCACCACCATCACCAGCAGCAGCATCAGCAGCCATCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCCTCCAGCCTCCAGCCCGGAGGACGAGGTGCTGCCCAGCACCTCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCCTCCAGCCTCCAGCCCGGAGGACGAGGTGCTGCCCAGCACCTCCATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACTTCAAGCAGTCCCCACCGTCCACCCCCACCACGCCGGCCTTCCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACTTCAAGCAGTCCCCACCGTCCACCCCCACCACGCCGGCCTTCCCCCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGGCGGGGGCGTTATGGGACGAGGCACTGCCCTCGGCGCCCGGCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGGCGGGGGCGTTATGGGACGAGGCACTGCCCTCGGCGCCCGGCTGCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGCACCCGGCCCGCTGCTGGACCCGCCGATGAAGGCGGTCCCCACGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGCACCCGGCCCGCTGCTGGACCCGCCGATGAAGGCGGTCCCCACGGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCGGCGCGCGCTTCCCGCTCTTCCACTTCAAGCCCTCGCCGCCGCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCGGCGCGCGCTTCCCGCTCTTCCACTTCAAGCCCTCGCCGCCGCATCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCCGCGCCCAGCCCGGCCGGCGGCCACCACCTCGGCTACGACCCGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCCGCGCCCAGCCCGGCCGGCGGCCACCACCTCGGCTACGACCCGACGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGCTGCCGCGCTCAGCCTGCCGCTGGGAGCCGCAGCCGCCGCGGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGCTGCCGCGCTCAGCCTGCCGCTGGGAGCCGCAGCCGCCGCGGGCAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGGCCGCCGCGCTTGAGGGCCACCCGTACGGGCTGCCGCTGGCCAAGAGG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGCCGCCGCGCTTGAGAGCCACCCGTACGGGCTGCCGCTGGCCAAGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCGGCCCCGCTGGCCTTCCCGCCTCTCGGCCTCACGCCCTCCCCTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCGGCCCCGCTGGCCTTCCCGCCTCTCGGCCTCACGCCCTCCCCTACCGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTCCAGCCTGCTGGGCGAGAGTCCCAGCCTGCCGTCGCCGCCCAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GTCCAGCCTGCTGGGCGAGAGTCCCAGCCTGCCGTCGCCGCCCAGCAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCTCGTCGTCTGGCGAGGGCACGTGTGCCGTGTGCGGGGACAACGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCTCGTCGTCTGGCGAGGGCACGTGTGCCGTGTGCGGGGACAACGCCGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGCCAGCACTACGGCGTGCGAACCTGCGAGGGCTGCAAGGGCTTTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TGCCAGCACTACGGCGTGCGAACCTGCGAGGGCTGCAAGGGCTTTTTCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 G         AGAACAGTGCAGAAAAATGCAAAATATGTTTGCCTGGCAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGTG...CAGAGAACAGTGCAGAAAAATGCAAAATATGTTTGCCTGGCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ATAAAAACTGCCCAGTAGACAAGAGACGTCGAAACCGATGTCAGTACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104687 ATAAAAACTGCCCAGTAGACAAGAGACGTCGAAACCGATGTCAGTACTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CGATTTCAGAAGTGTCTCAGTGTTGGAATGGTAAAAGAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104737 CGATTTCAGAAGTGTCTCAGTGTTGGAATGGTAAAAGAAGGTA...CAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGTCCGTACAGATAGTCTGAAAGGGAGGAGAGGTCGTCTGCCTTCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105241 TGTCCGTACAGATAGTCTGAAAGGGAGGAGAGGTCGTCTGCCTTCCAAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CAAAGAGCCCATTACAACAGGAACCTTCTCAGCCCTCTCCACCTTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105291 CAAAGAGCCCATTACAACAGGAACCTTCTCAGCCCTCTCCACCTTCTCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CCAATCTGCATGATGAATGCTCTTGTCCGAGCTTTAACAGACTCAACACC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 105341 CCAATCTGCATGATGAATGCCCTTGTCCGAGCTTTAACAGACTCAACACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CAGAGATCTTGATTATTCCAGA         TACTGTCCCACTGACCAGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105391 CAGAGATCTTGATTATTCCAGAGTA...TAGTACTGTCCCACTGACCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CTGCTGCAGGCACAGATGCTGAGCATGTGCAACAATTCTACAACCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116626 CTGCTGCAGGCACAGATGCTGAGCATGTGCAACAATTCTACAACCTCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 ACAGCCTCCATTGATGTATCCAGAAGCTGGGCAGAAAAGATTCCGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116676 ACAGCCTCCATTGATGTATCCAGAAGCTGGGCAGAAAAGATTCCGGGATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 TACTGATCTCCCCAAAGAAGATCAGACATTACTTATTGAATCAGCCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116726 TACTGATCTCCCCAAAGAAGATCAGACATTACTTATTGAATCAGCCTTTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TGGAGCTGTTTGTCCTCAGACTTTCCATCAG         GTCAAACACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 116776 TGGAGCTGTTTGTCCTCAGACTTTCCATCAGGTA...CAGGTCAAACACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 GCTGAAGATAAGTTTGTGTTCTGCAATGGACTTGTCCTGCATCGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119405 GCTGAAGATAAGTTTGTGTTCTGCAATGGACTTGTCCTGCATCGACTTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GTGCCTTCGTGGATTTGGGGAGTGGCTCGACTCTATTAAAGACTTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119455 GTGCCTTCGTGGATTTGGGGAGTGGCTCGACTCTATTAAAGACTTTTCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 TAAATTTGCAGAGCCTGAACCTTGATATCCAAGCCTTAGCCTGCCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119505 TAAATTTGCAGAGCCTGAACCTTGATATCCAAGCCTTAGCCTGCCTGTCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GCACTGAGCATGATCACAG         AAAGACATGGGTTAAAAGAACC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 119555 GCACTGAGCATGATCACAGGTA...CAGAAAGACATGGGTTAAAAGAACC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 AAAGAGAGTCGAAGAGCTATGCAACAAGATCACAAGCAGTTTAAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135600 AAAGAGAGTCGAAGAGCTATGCAACAAGATCACAAGCAGTTTAAAAGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 ACCAGAGTAAGGGACAGGCTCTGGAGCCCACCGAGTCCAAGGTCCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135650 ACCAGAGTAAGGGACAGGCTCTGGAGCCCACCGAGTCCAAGGTCCTGGGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GCCCTGGTAGAACTGAGGAAGATCTGCACCCTGGGCCTCCAGCGCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135700 GCCCTGGTAGAACTGAGGAAGATCTGCACCCTGGGCCTCCAGCGCATCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 CTACCTGAAGCTGGAAGACTTGGTGTCTCCACCTTCCATCATTGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135750 CTACCTGAAGCTGGAAGACTTGGTGTCTCCACCTTCCATCATTGACAAGC

   1900     .    :    .    :
   1856 TCTTCCTGGACACCCTACCTTTC
        |||||||||||||||||||||||
 135800 TCTTCCTGGACACCCTACCTTTC