Result of FASTA (ccds) for pF1KB3294
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3294, 950 aa
  1>>>pF1KB3294 950 - 950 aa - 950 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2972+/-0.00097; mu= 12.3669+/- 0.058
 mean_var=128.8973+/-25.077, 0's: 0 Z-trim(108.1): 196  B-trim: 0 in 0/53
 Lambda= 0.112967
 statistics sampled from 9795 (9996) to 9795 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.645), E-opt: 0.2 (0.307), width:  16
 Scan time:  4.760

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS54913.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5        ( 950) 6178 1019.0       0
CCDS54914.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5        ( 948) 5111 845.1       0
CCDS54915.1 PCDHA3 gene_id:56145|Hs108|chr5        ( 950) 5078 839.7       0
CCDS54919.1 PCDHA8 gene_id:56140|Hs108|chr5        ( 950) 5066 837.8       0
CCDS54916.1 PCDHA4 gene_id:56144|Hs108|chr5        ( 947) 5033 832.4       0
CCDS47281.1 PCDHA6 gene_id:56142|Hs108|chr5        ( 950) 5033 832.4       0
CCDS4240.1 PCDHA13 gene_id:56136|Hs108|chr5        ( 950) 5009 828.5       0
CCDS54920.1 PCDHA9 gene_id:9752|Hs108|chr5         ( 950) 5006 828.0       0
CCDS47284.1 PCDHA11 gene_id:56138|Hs108|chr5       ( 949) 5000 827.0       0
CCDS54921.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5       ( 948) 4878 807.2       0
CCDS54917.1 PCDHA5 gene_id:56143|Hs108|chr5        ( 936) 4094 679.4 8.9e-195
CCDS64269.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5        ( 808) 4073 675.9 8.5e-194
CCDS54918.1 PCDHA7 gene_id:56141|Hs108|chr5        ( 937) 3991 662.6  1e-189
CCDS75326.1 PCDHA11 gene_id:56138|Hs108|chr5       ( 810) 3956 656.8 4.7e-188
CCDS47285.1 PCDHA12 gene_id:56137|Hs108|chr5       ( 941) 3867 642.4 1.2e-183
CCDS75325.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5       ( 844) 3839 637.8 2.6e-182
CCDS75327.1 PCDHA12 gene_id:56137|Hs108|chr5       ( 792) 3836 637.3 3.5e-182
CCDS54912.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5        ( 686) 3443 573.2  6e-163
CCDS47282.1 PCDHA6 gene_id:56142|Hs108|chr5        ( 686) 2577 432.1 1.8e-120
CCDS34255.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5       ( 685) 2563 429.8 8.9e-120
CCDS4261.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5         ( 934) 2023 341.8 3.6e-93
CCDS75348.1 PCDHGC3 gene_id:5098|Hs108|chr5        ( 863) 1985 335.6 2.5e-91
CCDS75346.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5      ( 820) 1925 325.8 2.1e-88
CCDS4260.1 PCDHGA12 gene_id:26025|Hs108|chr5       ( 932) 1925 325.9 2.3e-88
CCDS47292.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5      ( 936) 1918 324.7 5.1e-88
CCDS75343.1 PCDHGA10 gene_id:56106|Hs108|chr5      ( 850) 1917 324.5 5.3e-88
CCDS54928.1 PCDHGB4 gene_id:8641|Hs108|chr5        ( 923) 1911 323.6 1.1e-87
CCDS58980.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5       ( 929) 1908 323.1 1.6e-87
CCDS75336.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5       ( 817) 1904 322.4 2.2e-87
CCDS54927.1 PCDHGA7 gene_id:56108|Hs108|chr5       ( 932) 1904 322.5 2.5e-87
CCDS4257.1 PCDHB15 gene_id:56121|Hs108|chr5        ( 787) 1892 320.5 8.3e-87
CCDS75345.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5      ( 837) 1891 320.3 9.8e-87
CCDS47289.1 PCDHGA2 gene_id:56113|Hs108|chr5       ( 932) 1891 320.3 1.1e-86
CCDS47294.1 PCDHGA11 gene_id:56105|Hs108|chr5      ( 935) 1891 320.3 1.1e-86
CCDS47291.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5        ( 932) 1881 318.7 3.3e-86
CCDS75338.1 PCDHGA8 gene_id:9708|Hs108|chr5        ( 820) 1876 317.9 5.2e-86
CCDS58981.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5       ( 932) 1870 316.9 1.1e-85
CCDS75341.1 PCDHGA9 gene_id:56107|Hs108|chr5       ( 828) 1868 316.6 1.3e-85
CCDS47293.1 PCDHGB7 gene_id:56099|Hs108|chr5       ( 929) 1862 315.6 2.8e-85
CCDS75334.1 PCDHGB3 gene_id:56102|Hs108|chr5       ( 814) 1860 315.2 3.2e-85
CCDS54923.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5       ( 927) 1860 315.3 3.5e-85
CCDS75330.1 PCDHGB1 gene_id:56104|Hs108|chr5       ( 810) 1857 314.8 4.4e-85
CCDS75350.1 PCDHGC5 gene_id:56097|Hs108|chr5       ( 878) 1853 314.1 7.5e-85
CCDS4263.1 PCDHGC5 gene_id:56097|Hs108|chr5        ( 944) 1853 314.1 7.9e-85
CCDS75329.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5       ( 829) 1847 313.1 1.4e-84
CCDS47290.1 PCDHGA3 gene_id:56112|Hs108|chr5       ( 932) 1847 313.2 1.5e-84
CCDS54925.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5       ( 931) 1845 312.8 1.9e-84
CCDS75333.1 PCDHGA5 gene_id:56110|Hs108|chr5       ( 813) 1843 312.5 2.2e-84
CCDS75335.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5       ( 818) 1843 312.5 2.2e-84
CCDS54926.1 PCDHGA6 gene_id:56109|Hs108|chr5       ( 932) 1843 312.5 2.4e-84


>>CCDS54913.1 PCDHA1 gene_id:56147|Hs108|chr5             (950 aa)
 initn: 6178 init1: 6178 opt: 6178  Z-score: 5445.8  bits: 1019.0 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6178; 100.0% identity (100.0% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDAD
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 SGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPALT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPALT
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 LRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPPKTDLMAFSPGLSPSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPPKTDLMAFSPGLSPSL
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 NTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950
pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
              910       920       930       940       950

>>CCDS54914.1 PCDHA2 gene_id:56146|Hs108|chr5             (948 aa)
 initn: 5112 init1: 4073 opt: 5111  Z-score: 4506.0  bits: 845.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5111; 83.3% identity (92.2% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-948)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
       :. : : : ::   :: ::::::::::::::.::.::::::::::::.:::::::: :::
CCDS54 MASSIRRGRGAWTRLLSLLLLAAWEVGSGQLRYSVPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELEELV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
       ::::::::: : ::::::::::::::::::::::::  :::::::.:.:.::::::::::
CCDS54 PRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHVEVIVDRPLQVFHVE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
       :.:::::::::.:    . : .::::::.::::.:::.:::::.::::.: :: :..: :
CCDS54 VEVKDINDNPPIFPMTVKTIRFPESRLLDSRFPLEGASDADIGVNALLSYKLSSSEFFFL
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       :..:.::::.:: : : : :::::: :..:::.::::::::: :::..:: ::::::: :
CCDS54 DIQANDELSESLSLVLGKSLDREETAEVNLLLVATDGGKPELTGTVQILIKVLDVNDNEP
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        : :.::.:.:::.:::::::. ::::::::: :.:.:.:. : .:  :: :: .:  ::
CCDS54 TFAQSVYKVKLLENTANGTLVVKLNASDADEGPNSEIVYSLGSDVSSTIQTKFTIDPISG
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pF1KB3 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
       :::   ::::::.::::::: :.:::.: ::.:::. .:..:.:::.::...::: ::: 
CCDS54 EIRTKGKLDYEEAKSYEIQVTATDKGTPSMSGHCKISLKLVDINDNTPEVSITSLSLPIS
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       :.: :.::::::::::::::.::.::::: :::::::::::::::::::::::::::.:.
CCDS54 ENASLGTVIALITVSDRDSGTNGHVTCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSA
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       ::::::::::::::::::. ::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::: 
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATTSVSIEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAW
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       :::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::.::::::::::::
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       :::::::::::::::::::::::::::::.: . ::::::::  ::::::::::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRAGTAAGAVSELVPWSVGAGHVVAKVRAVDAD
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       :::::::::::: ..:.::::::::::::::::::.:::::  :.:::::::::::::::
CCDS54 SGYNAWLSYELQLGTGSARIPFRVGLYTGEISTTRALDEADSPRHRLLVLVKDHGEPALT
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       :::::::::::::::::::::: ::.:: ::.::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKASSRAWVGAAGSEATLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTVLLYTA
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       ::::::::::: .:::::::::::.:::: ::::::::::.: :::::::::::.:: . 
CCDS54 LRCSVPPTEGARAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEDPPKTDLMAFSPSLSQGP
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       ...:...  :.  .  :.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DSAEEKQLSES--EYVGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>CCDS54915.1 PCDHA3 gene_id:56145|Hs108|chr5             (950 aa)
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CCDS54 MLFSWREDPGAQCLLLSLLLLAASEVGSGQLHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
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CCDS54 VEVKDINDNAPVFPMAVKNLFISESRQPGSRFSLEGASDADIGTNSLLTYSLDSTEYFTL
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CCDS54 AFERTIYKVRLLENAPNGTLVVTVNATDLDEGVNKDIAYSFNTDMSADILSKFHLDPVNG
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pF1KB3 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
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CCDS54 QISVKGNIDFEESKSYEIQVEATDKGNPPMSDHCTVLLEIVDINDNVPELVIQSLSLPVL
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       ::::::::::::::::::: :::::::::::::::.: ::::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVEVADVNDNAPAFSQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
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CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRVGERALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
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CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLMPRVGGIGGAVSELVPRSVGAGHVVAKVRAVDAD
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       :::::::::::::..::::::::::::::::::::.:::.:  :.::::::::::::.::
CCDS54 SGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRALDEVDAPRHRLLVLVKDHGEPSLT
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
       ::::::::::::::::::::.::.:..::::::::::::::.::::::::::::::::::
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKASSQASAGATGPEAALVDVNVYLIVAICAVSSLLVLTLLLYTA
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CCDS54 LRCSAPPTEGDCGPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRQQRVCSGEGLPKTDLMAFSPSLPPCP
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pF1KB3 NTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
        . .:.:. ....:::..::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ISRDREEKQDVDVDLSAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>CCDS54919.1 PCDHA8 gene_id:56140|Hs108|chr5             (950 aa)
 initn: 5066 init1: 5066 opt: 5066  Z-score: 4466.4  bits: 837.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5066; 81.1% identity (91.8% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
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CCDS54 MDYHWRGELGSWRLLLLLLLLAAWKVGSGQLHYSVPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
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pF1KB3 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
       ::::::::: :::::::.::::::::::::::::::  :::::::::.:.:::::::::.
CCDS54 PRLFRVASKRHRDLLEVSLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
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pF1KB3 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
       :.:::.:::::::: ..: .:. :::. .::::.:::.:::.:::..::: ::  ::: :
CCDS54 VEVKDVNDNPPVFRVKDQKLFVSESRMPDSRFPLEGASDADVGANSVLTYRLSSHDYFML
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pF1KB3 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
       ::..... .: . : ::: ::::..:  ::.::::::::::: :::.::.::::::::::
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CCDS54 TFEQSEYEVRIFENADNGTTVIKLNASDPDEGANGAISYSFNSLVETMVIDHFSIDRNTG
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CCDS54 EIVIRGNLDFEQENLYKILIDATDKGHPPMAGHCTVLVRILDKNDNVPEIALTSLSLPVR
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CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>CCDS54916.1 PCDHA4 gene_id:56144|Hs108|chr5             (947 aa)
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CCDS54 SGYNAWLSYELQPGTGGARIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRHRLLVLVKDHGEPALT
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CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>CCDS47281.1 PCDHA6 gene_id:56142|Hs108|chr5             (950 aa)
 initn: 5033 init1: 5033 opt: 5033  Z-score: 4437.3  bits: 832.4 E(32554):    0
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CCDS47 MVFTPEDRLGKQCLLLPLLLLAAWKVGSGQLHYSVPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
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       :: .  .::.:. . :.: . :.::: :::..:: :::..:: :::.::.:.::: ::.:
CCDS47 EIVIRGNLDFEQENLYKILIDATDKGHPPMAGHCTVLVRILDKNDNVPEIALTSLSLPVR
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       ::: ..::::::.:.: ::::::::.::: :::::::::::::::::::::::::::.:.
CCDS47 EDAQFGTVIALISVNDLDSGANGQVNCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESVSA
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       ::::::::::::::::::: .::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YELVVTARDGGSPSLWATASLSVEVADMNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
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CCDS47 IMMGKAENQDLNEDHDAKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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CCDS47 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>CCDS4240.1 PCDHA13 gene_id:56136|Hs108|chr5             (950 aa)
 initn: 5009 init1: 5009 opt: 5009  Z-score: 4416.2  bits: 828.5 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5009; 81.2% identity (91.2% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
       :. : .::   :.::::::.:::::.::::::::.::::::::::::.::::::::::::
CCDS42 MLSSWQGGPRPRQLLLWLLILAAWETGSGQLHYSVPEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAELV
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       ::::::::: : ::::::::::::::::::::::::  :::::::::.:.::::::::::
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       :::.:::::::.:   .. :.: :::  ..:::..::.:::::.:. ::: :.:.:::.:
CCDS42 VKVRDINDNPPIFPESKKRIIIAESRPPETRFPLDGASDADIGVNSALTYRLDPNDYFTL
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pF1KB3 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
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CCDS42 EFYQSVYKVTVLENAFNGTLVIKLNATDPDDGTNGDIVYSFRRPVWPAVVYAFTINPNNG
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pF1KB3 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
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CCDS42 EIRTKGKLDFEEKKLYEISVEAVDKGNIPMAGHCTLLVEVLDVNDNAPEVTITSLSLPIR
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CCDS42 YELVVTARDGGSPSLWATASVSVGVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAQ
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       ::::::::::::::::::::::::::.: .:.. :.::::.:: ::::::::::::::::
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       :::::::::::: :: ::::::::::::::::::: :::.:  ..:::::::::::::::
CCDS42 SGYNAWLSYELQLAAVGARIPFRVGLYTGEISTTRPLDEVDAPHHRLLVLVKDHGEPALT
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pF1KB3 ATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
       ::::::.:::::::::.::::::.:..:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 ATATVLLSLVESGQAPQASSRASAGAVGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTA
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       ::::.:::::: .::::::::::: :::: ::::: ::::.::: :::::::::.: : :
CCDS42 LRCSAPPTEGACAPGKPTLVCSSAAGSWSYSQQRRPRVCSGEGPHKTDLMAFSPSLPPCL
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       ...: . : : . .   .::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 GSAEGTGQREEDSECLKEPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS42 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>CCDS54920.1 PCDHA9 gene_id:9752|Hs108|chr5              (950 aa)
 initn: 5006 init1: 5006 opt: 5006  Z-score: 4413.5  bits: 828.0 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5006; 80.6% identity (91.7% similar) in 950 aa overlap (1-950:1-950)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
       :..: ::   .. ::: ::.:: : :::::::::.::::.:::::::.::::::::::::
CCDS54 MLYSSRGDPEGQPLLLSLLILAMWVVGSGQLHYSVPEEAEHGTFVGRIAQDLGLELAELV
               10        20        30        40        50        60

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pF1KB3 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
       ::::.. :: . ::::::::::::::::::::::::  :::::::::.:.:::::::::.
CCDS54 PRLFQLDSKGRGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSAECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
               70        80        90       100       110       120

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pF1KB3 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
       :.::::::::::: . .. .:: ::: :.::::.:::.::::: :::::: :::..:: :
CCDS54 VEVKDINDNPPVFPATQKNLFIAESRPLDSRFPLEGASDADIGENALLTYRLSPNEYFFL
              130       140       150       160       170       180

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pF1KB3 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
       :: .:..  : : : ::: ::::::::::::::::::::::: :::.::::::: :::::
CCDS54 DVPTSNQQVKPLGLVLRKLLDREETPELHLLLTATDGGKPELTGTVQLLITVLDNNDNAP
              190       200       210       220       230       240

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pF1KB3 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
       .::...: :.: :... ::::   :::: :::.::....::.: .: ::. ::..:  ::
CCDS54 VFDRTLYTVKLPENVSIGTLVIHPNASDLDEGLNGDIIYSFSSDVSPDIKSKFHMDPLSG
              250       260       270       280       290       300

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pF1KB3 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
        : .: ..:.::.....: :.::::: ::...:: .::.:.:::::::.:.. .: .:..
CCDS54 AITVIGHMDFEESRAHKIPVEAVDKGFPPLAGHCTLLVEVVDVNDNAPQLTIKTLSVPVK
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       ::: :.::::::.: : :. ::::::::: ::::::::::.::::::::: ::::::.:.
CCDS54 EDAQLGTVIALISVIDLDADANGQVTCSLTPHVPFKLVSTYKNYYSLVLDRALDRESVSA
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS54 YELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQSEYTVFVKENNPPGCHIFTVSAR
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       ::::::::::::::::::.:::.::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DADAQENALVSYSLVERRLGERSLSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARDA
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       ::::::::::::::::::::::::::.::. :: :::::.: : :::: ::.::::::::
CCDS54 GVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLTPRMRGTDGAVSEMVLRSVGAGVVVGKVRAVDAD
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       ::::::::::::: ...: ::::::::::::::::.:::.:  : :::::::::::::::
CCDS54 SGYNAWLSYELQPETASASIPFRVGLYTGEISTTRALDETDAPRQRLLVLVKDHGEPALT
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       :::::::::::::::::.:::::::..:::..:::::::::::::::::::::::::::.
CCDS54 ATATVLVSLVESGQAPKSSSRASVGATGPEVTLVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYTV
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       ::::. ::::  .:::::::::::.:::: ::::::::::.::  :::::::::::::  
CCDS54 LRCSAMPTEGECAPGKPTLVCSSAVGSWSYSQQRRQRVCSGEGKQKTDLMAFSPGLSPCA
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pF1KB3 NTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
       ...::. .: :. : .:.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GSTERTGEPSASSDSTGKPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQWP
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pF1KB3 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISIR
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pF1KB3 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
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>>CCDS47284.1 PCDHA11 gene_id:56138|Hs108|chr5            (949 aa)
 initn: 4995 init1: 3729 opt: 5000  Z-score: 4408.3  bits: 827.0 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5000; 81.9% identity (91.7% similar) in 948 aa overlap (3-950:4-949)

                10        20        30        40        50         
pF1KB3  MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAEL
          :.::: ::.  : ::::::  :::::::::::. :::::::::::.:::::::::::
CCDS47 MFGFQRRG-LGTPRLQLWLLLLEFWEVGSGQLHYSVSEEAKHGTFVGRIAQDLGLELAEL
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pF1KB3 VPRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHV
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CCDS47 VQRLFRVASKTHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGQSAECSIHLEVIVDRPLQVFHV
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pF1KB3 EVKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFS
       .:.:::::::::::  ::: ..: ::.  .::::.:::.::::  :::::: :: ..:::
CCDS47 NVEVKDINDNPPVFSLREQKLLIAESKQSDSRFPLEGASDADIEENALLTYRLSKNEYFS
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pF1KB3 LDVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNA
       ::  .. .  : : : :.: ::::.::::.::::::::::::: :::.::. ::::::: 
CCDS47 LDSPTNGKQIKRLSLILKKSLDREKTPELNLLLTATDGGKPELTGTVRLLVQVLDVNDND
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pF1KB3 PLFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSS
       : ::.. :.: :.:..:. :::  :::.: ::::::::..:. : :. . .. : .:...
CCDS47 PEFDKSEYKVSLMENAAKETLVLKLNATDRDEGVNGEVTYSLMS-IKPNGRHLFTLDQNN
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pF1KB3 GEIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPI
       ::.:.   :::::.: :.:.:.:.:::.:::..:: : :..::.:::.::.::::: ::.
CCDS47 GEVRVNGTLDYEENKFYKIEVQATDKGTPPMAGHCTVWVEILDTNDNSPEVAVTSLSLPV
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pF1KB3 REDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLS
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CCDS47 REDAQPSTVIALISVSDRDSGVNGQVTCSLTPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRENVW
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pF1KB3 VYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSA
       .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKENNPPGCHIFTVSA
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pF1KB3 RDADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARD
       :::::::::::::::::::.:.::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RDADAQENALVSYSLVERRLGDRALSSYVSVHAESGKVYALQPLDHEELELLQFQVSARD
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pF1KB3 AGVPPLGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLVGAGHVVAKVRAVDA
       ::::::.::::::::::::::::::::: ..:.. :::..:::: :::::::::::::::
CCDS47 AGVPPLSSNVTLQVFVLDENDNAPALLATQAGSAGGAVNKLVPRSVGAGHVVAKVRAVDA
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pF1KB3 DSGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRYRLLVLVKDHGEPAL
       ::::::::::::::::::.:::::::::::::::::.:::::  :.::::::::::::::
CCDS47 DSGYNAWLSYELQPAAGGSRIPFRVGLYTGEISTTRALDEADSPRHRLLVLVKDHGEPAL
      600       610       620       630       640       650        

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pF1KB3 TATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAICAVSSLLVLTLLLYT
       ::::::::::::::::::::::. .:.:.:::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS47 TATATVLVSLVESGQAPKASSRTLAGAASPEAALVDVNVYLIIAICVVSSLLVLTLLLYT
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pF1KB3 ALRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPPKTDLMAFSPGLSPS
       ::  :. ::::: .::::::::: :.:::: :::::::::: :::::::::::::.:  .
CCDS47 ALWWSATPTEGACAPGKPTLVCSRAVGSWSYSQQRRQRVCSEEGPPKTDLMAFSPSLPLG
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pF1KB3 LNTSERNEQPEANLDLSGNPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQW
       ::  :..:. : . .  :.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LNKEEEGERQEPGSNHPGQPRQPNPDWRYSASLRAGMHSSVHLEEAGILRAGPGGPDQQW
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pF1KB3 PTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PTVSSATPEPEAGEVSPPVGAGVNSNSWTFKYGPGNPKQSGPGELPDKFIIPGSPAIISI
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     900       910       920       930       940       950
pF1KB3 RQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 RQEPTNSQIDKSDFITFGKKEETKKKKKKKKGNKTQEKKEKGNSTTDNSDQ
      900       910       920       930       940         

>>CCDS54921.1 PCDHA10 gene_id:56139|Hs108|chr5            (948 aa)
 initn: 4876 init1: 3360 opt: 4878  Z-score: 4300.8  bits: 807.2 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4878; 80.1% identity (90.5% similar) in 947 aa overlap (4-950:3-948)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAWEVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLGLELAELV
          :: . ::.. ::: :::::::::::::::::. :::.:::::::.::::::::::::
CCDS54  MVSRCSCLGVQCLLLSLLLLAAWEVGSGQLHYSVYEEARHGTFVGRIAQDLGLELAELV
                10        20        30        40        50         

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pF1KB3 PRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIADRPLQVFHVE
        :::::::: : ::::::::::::::::::::::::  :.:::::::.:.:::::::::.
CCDS54 QRLFRVASKRHGDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCGRSVECSIHLEVIVDRPLQVFHVD
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 VKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLSPSDYFSL
       :.::::::::: :   :: . :::::::.::::.:::.:::.: :::::: :::..:: :
CCDS54 VEVKDINDNPPRFSVTEQKLSIPESRLLDSRFPLEGASDADVGENALLTYKLSPNEYFVL
     120       130       140       150       160       170         

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pF1KB3 DVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVLDVNDNAP
       :.  . . .:   : ::: :::::.:.:.::::::::::::. :.: ::: :::.:::::
CCDS54 DIINKKDKDKFPVLVLRKLLDREENPQLKLLLTATDGGKPEFTGSVSLLILVLDANDNAP
     180       190       200       210       220       230         

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pF1KB3 LFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKFKVDSSSG
       .::. ::.:.. :. .: :::  :::::.:::.: :...::.: .   :..:: ..  .:
CCDS54 IFDRPVYEVKMYENQVNQTLVIRLNASDSDEGINKEMMYSFSSLVPPTIRRKFWINERTG
     240       250       260       270       280       290         

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pF1KB3 EIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVTSLYLPIR
       ::.. : .:.:....:::.: ..:::.::: .:: :::..:: :::.::. :::: ::..
CCDS54 EIKVNDAIDFEDSNTYEIHVDVTDKGNPPMVGHCTVLVELLDENDNSPEVIVTSLSLPVK
     300       310       320       330       340       350         

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pF1KB3 EDAPLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYSLVLDSALDRESLSV
       ::: ..::::::.:::.:::::::::::: ::::::::::.::::::::::::::: .:.
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