Result of FASTA (omim) for pF1KB3028
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3028, 1184 aa
  1>>>pF1KB3028 1184 - 1184 aa - 1184 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7050+/-0.000439; mu= 11.1865+/- 0.027
 mean_var=156.9086+/-31.544, 0's: 0 Z-trim(115.3): 415  B-trim: 54 in 1/55
 Lambda= 0.102388
 statistics sampled from 25267 (25695) to 25267 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.646), E-opt: 0.2 (0.301), width:  16
 Scan time: 17.930

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_057664 (OMIM: 605622) protocadherin-12 precurso (1184) 7769 1160.9       0
XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 915) 1521 237.9 2.3e-61
XP_006714302 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 916) 1521 237.9 2.3e-61
NP_001287757 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isofo (1134) 1521 237.9 2.7e-61
NP_061908 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform  (1135) 1521 237.9 2.7e-61
NP_065817 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 i (1100) 1483 232.3 1.3e-59
NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1101) 1483 232.3 1.3e-59
XP_011529299 (OMIM: 300088,300460) PREDICTED: prot (1147) 1483 232.3 1.3e-59
NP_001171809 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1148) 1483 232.3 1.3e-59
NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is ( 884) 1381 217.2 3.7e-55
NP_061722 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is (1007) 1381 217.2 4.1e-55
NP_115782 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 871) 1316 207.6 2.9e-52
NP_061751 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 938) 1316 207.6   3e-52
NP_115272 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 808) 1313 207.1 3.7e-52
NP_061750 (OMIM: 606304) protocadherin gamma-B7 is ( 929) 1313 207.2 4.1e-52
NP_114382 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 823) 1310 206.7 5.1e-52
NP_061735 (OMIM: 606288) protocadherin gamma-A1 is ( 931) 1310 206.7 5.6e-52
NP_115267 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 811) 1308 206.4 6.2e-52
NP_061746 (OMIM: 606300) protocadherin gamma-B2 is ( 931) 1308 206.4 6.9e-52
NP_115265 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 820) 1306 206.1 7.6e-52
NP_003726 (OMIM: 603059) protocadherin gamma-A12 i ( 932) 1306 206.1 8.4e-52
NP_114398 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 823) 1298 204.9 1.7e-51
NP_061738 (OMIM: 606289) protocadherin gamma-A2 is ( 932) 1298 204.9 1.9e-51
NP_115778 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 863) 1297 204.8   2e-51
NP_002579 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 934) 1297 204.8 2.1e-51
NP_114062 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 814) 1295 204.5 2.3e-51
NP_061734 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 950) 1295 204.5 2.6e-51
NP_061993 (OMIM: 606334) protocadherin beta-8 prec ( 801) 1290 203.7 3.8e-51
NP_115269 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 803) 1290 203.7 3.9e-51
NP_003727 (OMIM: 603058) protocadherin gamma-B4 is ( 923) 1290 203.8 4.3e-51
NP_054723 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 820) 1286 203.1 5.9e-51
NP_114477 (OMIM: 606295) protocadherin gamma-A8 is ( 932) 1286 203.2 6.5e-51
NP_061754 (OMIM: 606337) protocadherin beta-11 pre ( 797) 1280 202.2 1.1e-50
NP_113689 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 816) 1278 201.9 1.3e-50
NP_114036 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 803) 1277 201.8 1.5e-50
NP_061731 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 936) 1278 202.0 1.5e-50
NP_113688 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 798) 1276 201.6 1.6e-50
NP_061732 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 950) 1277 201.8 1.7e-50
NP_113598 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 807) 1275 201.5 1.8e-50
NP_114443 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 813) 1275 201.5 1.8e-50
NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 947) 1276 201.7 1.8e-50
NP_061756 (OMIM: 606339) protocadherin beta-13 pre ( 798) 1274 201.3   2e-50
NP_061741 (OMIM: 606292) protocadherin gamma-A5 is ( 931) 1275 201.5   2e-50
NP_061723 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 950) 1275 201.5   2e-50
NP_114476 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 817) 1271 200.9 2.7e-50
NP_061743 (OMIM: 606294) protocadherin gamma-A7 is ( 932) 1271 200.9   3e-50
NP_114475 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 818) 1267 200.3 4.1e-50
NP_061742 (OMIM: 606293) protocadherin gamma-A6 is ( 932) 1267 200.4 4.6e-50
NP_114071 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 807) 1261 199.4 7.5e-50
NP_115271 (OMIM: 606303) protocadherin gamma-B6 is ( 820) 1261 199.4 7.6e-50


>>NP_057664 (OMIM: 605622) protocadherin-12 precursor [H  (1184 aa)
 initn: 7769 init1: 7769 opt: 7769  Z-score: 6209.0  bits: 1160.9 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 7769; 99.9% identity (100.0% similar) in 1184 aa overlap (1-1184:1-1184)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MMQLLQLLLGLLGPGGYLFLLGDCQEVTTLTVKYQVSEEVPSGTVIGKLSQELGREERRR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 MMQLLQLLLGLLGPGGYLFLLGDCQEVTTLTVKYQVSEEVPSGTVIGKLSQELGREERRR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 QAGAAFQVLQLPQALPIQVDSEEGLLSTGRRLDREQLCRQWDPCLVSFDVLATGDLALIH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 QAGAAFQVLQLPQALPIQVDSEEGLLSTGRRLDREQLCRQWDPCLVSFDVLATGDLALIH
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 VEIQVLDINDHQPRFPKGEQELEISESASLRTRIPLDRALDPDTGPNTLHTYTLSPSEHF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 VEIQVLDINDHQPRFPKGEQELEISESASLRTRIPLDRALDPDTGPNTLHTYTLSPSEHF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 ALDVIVGPDETKHAELIVVKELDREIHSFFDLVLTAYDNGNPPKSGTSLVKVNVLDSNDN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 ALDVIVGPDETKHAELIVVKELDREIHSFFDLVLTAYDNGNPPKSGTSLVKVNVLDSNDN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 SPAFAESSLALEIQEDAAPGTLLIKLTATDPDQGPNGEVEFFLSKHMPPEVLDTFSIDAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SPAFAESSLALEIQEDAAPGTLLIKLTATDPDQGPNGEVEFFLSKHMPPEVLDTFSIDAK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 TGQVILRRPLDYEKNPAYEVDVQARDLGPNPIPAHCKVLIKVLDVNDNIPSIHVTWASQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 TGQVILRRPLDYEKNPAYEVDVQARDLGPNPIPAHCKVLIKVLDVNDNIPSIHVTWASQP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 SLVSEALPKDSFIALVMADDLDSGHNGLVHCWLSQELGHFRLKRTNGNTYMLLTNATLDR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SLVSEALPKDSFIALVMADDLDSGHNGLVHCWLSQELGHFRLKRTNGNTYMLLTNATLDR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 EQWPKYTLTLLAQDQGLQPLSAKKQLSIQISDINDNAPVFEKSRYEVSTRENNLPSLHLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 EQWPKYTLTLLAQDQGLQPLSAKKQLSIQISDINDNAPVFEKSRYEVSTRENNLPSLHLI
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 TIKAHDADLGINGKVSYRIQDSPVAHLVAIDSNTGEVTAQRSLNYEEMAGFEFQVIAEDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 TIKAHDADLGINGKVSYRIQDSPVAHLVAIDSNTGEVTAQRSLNYEEMAGFEFQVIAEDS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 GQPMLASSVSVWVSLLDANDNAPEVVQPVLSDGKASLSVLVNASTGHLLVPIETPNGLGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 GQPMLASSVSVWVSLLDANDNAPEVVQPVLSDGKASLSVLVNASTGHLLVPIETPNGLGP
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 AGTDTPPLATHSSRPFLLTTIVARDADSGANGEPLYSIRNGNEAHLFILNPHTGQLFVNV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
NP_057 AGTDTPPLATHSSRPFLLTTIVARDADSGANGEPLYSIRSGNEAHLFILNPHTGQLFVNV
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 TNASSLIGSEWELEIVVEDQGSPPLQTRALLRVMFVTSVDHLRDSARKPGALSMSMLTVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 TNASSLIGSEWELEIVVEDQGSPPLQTRALLRVMFVTSVDHLRDSARKPGALSMSMLTVI
              670       680       690       700       710       720

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pF1KB3 CLAVLLGIFGLILALFMSICRTEKKDNRAYNCREAESTYRQQPKRPQKHIQKADIHLVPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 CLAVLLGIFGLILALFMSICRTEKKDNRAYNCREAESTYRQQPKRPQKHIQKADIHLVPV
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 LRGQAGEPCEVGQSHKDVDKEAMMEAGWDPCLQAPFHLTPTLYRTLRNQGNQGAPAESRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 LRGQAGEPCEVGQSHKDVDKEAMMEAGWDPCLQAPFHLTPTLYRTLRNQGNQGAPAESRE
              790       800       810       820       830       840

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pF1KB3 VLQDTVNLLFNHPRQRNASRENLNLPEPQPATGQPRSRPLKVAGSPTGRLAGDQGSEEAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 VLQDTVNLLFNHPRQRNASRENLNLPEPQPATGQPRSRPLKVAGSPTGRLAGDQGSEEAP
              850       860       870       880       890       900

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pF1KB3 QRPPASSATLRRQRHLNGKVSPEKESGPRQILRSLVRLSVAAFAERNPVEELTVDSPPVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 QRPPASSATLRRQRHLNGKVSPEKESGPRQILRSLVRLSVAAFAERNPVEELTVDSPPVQ
              910       920       930       940       950       960

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pF1KB3 QISQLLSLLHQGQFQPKPNHRGNKYLAKPGGSRSAIPDTDGPSARAGGQTDPEQEEGPLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 QISQLLSLLHQGQFQPKPNHRGNKYLAKPGGSRSAIPDTDGPSARAGGQTDPEQEEGPLD
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pF1KB3 PEEDLSVKQLLEEELSSLLDPSTGLALDRLSAPDPAWMARLSLPLTTNYRDNVISPDAAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 PEEDLSVKQLLEEELSSLLDPSTGLALDRLSAPDPAWMARLSLPLTTNYRDNVISPDAAA
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB3 TEEPRTFQTFGKAEAPELSPTGTRLASTFVSEMSSLLEMLLEQRSSMPVEAASEALRRLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 TEEPRTFQTFGKAEAPELSPTGTRLASTFVSEMSSLLEMLLEQRSSMPVEAASEALRRLS
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

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pF1KB3 VCGRTLSLDLATSAASGMKVQGDPGGKTGTEGKSRGSSSSSRCL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 VCGRTLSLDLATSAASGMKVQGDPGGKTGTEGKSRGSSSSSRCL
             1150      1160      1170      1180    

>>XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadherin-1  (915 aa)
 initn: 1681 init1: 894 opt: 1521  Z-score: 1222.7  bits: 237.9 E(85289): 2.3e-61
Smith-Waterman score: 2012; 37.0% identity (62.8% similar) in 1039 aa overlap (18-1039:16-904)

               10        20        30        40        50          
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                        :....  ..:   ..::.. ::   :.::..::....    . 
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XP_006 ----------------------------------------------PIRSHHRSSP---S
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       .::: .  :..::               :: :           . .: : ::: .:    
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       :::...:.:.:: :::.. :                                     :: 
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       .::: .  :..::               :: :           . .: : ::: .:    
NP_001 SSPTLE-RGQMGS---------------RQSH-----------NSHQSLNSLVTISSNHV
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pF1KB3 ALIHVEIQVLDINDHQPRFPKGEQELEISESASLRTRIPLDRALDPDTGPNTLHTYTLSP
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NP_061 NDFFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISD
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NP_061 SNDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFK
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NP_061 LTNATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISEN
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       ::..:.. .. .::.  .:.  .:::: ....:.:.: :.:..::. :   .. ::    
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NP_061 ----------------------------------------------PIRSHHRSSP---S
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       .::: .  :..::               :: :           . .: : ::: .:    
NP_061 SSPTLE-RGQMGS---------------RQSH-----------NSHQSLNSLVTISSNHV
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        ..:.   ::   .:...:::::... ::                               
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NP_065 KAFEFKVLAKDGGLPSLQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLING-----------TAEV
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NP_065 YIPRNS--GIG----------------YLVTVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDRG-FFE
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NP_065 KKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCSSLTSSLNYFDYHQQTLPLGCRRSESTFLNVEN
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pF1KB3 MMQLLQLLLGLLGPGGYLFLLGDCQEVTTLTVKYQVSEEVPSGTVIGKLSQ---ELGREE
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       ... :::::  .:.::. :.: :.  :.. :.... :.: ::: : : :  :.: ..:::
NP_001 VDGRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENN
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        .:::.:.:.:.: : : :...: : .::.:::.: .. : : .:           :...
NP_001 KAFEFKVLAKDGGLPSLQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLING-----------TAEV
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NP_001 YIP--RNSGIG----------------YLVTVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDRG-FFE
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NP_114 MEQAGTRPAATEHPRLRRPMPWLLLLPLLLLLL-----LLLPGP----AASQLRYSVPEE
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NP_114 QAPGALVGNVARALGLELRRLGPGCLRINHLGAPSPRYLELDLTSGALFVNERIDREALC
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NP_114 EQRPRCLLSLEVLAHNPVAVSAVEVEILDINDNSPRFPRPNYQLQVSESVAPGARFHIES
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NP_114 AQDPDVGANSVQTYELSPSEHFELDLKPLQENSKVLELVLRKGLDREQAALHHLVLTAVD
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NP_114 GGIPARSGTAQISVRVLDTNDNSPAFDQSTYRVQLREDSPPGTLVVKLNASDPDEGSNGE
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NP_114 LRYSLSSYTSDRERQLFSIDASTGEVRVIGGLDYEEASSYQIYVQATDRGPVPMAGHCKV
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NP_114 LVDIVDVNDNAPEVVLTDLYSP--VPENATPNTIVAVLSVNDQDSGPNRKVSLGLEATLP
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NP_114 -FRLNGF-GNSYTLVVSGPLDRERVAVYNITVTATDGGIPQLTSLRTLKVEISDINDNPP
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NP_114 SFLEDSYSIYIQENNLPGVLLCTVQATDPDEKENAEVTYSLLEREIQGLPVTSYVSINSA
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NP_114 LFYHLAQTSDLDLFKVELHTGEIRTT-RKMGDESGSTFNLTVVVRDNGEPSLSASVAITV
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pF1KB3 MFVTSVDH-LRDSARK---PGALS-MSMLTVICLAVLLGIFGLILALFMSICRTEKKDNR
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NP_114 AVVDRVSKILPDTQRHVKSPRTYSEITLYLIIALSTVSFIF-LLTIIILSIIKCYRYTAY
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NP_114 GTACCGGFCGVRE--RSPAELYKQANNNIDARIPHGLKVQPHFIEV-RGNGSLTKTYCYK
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NP_114 A----CLTAGSGSDTFMFYNTGAQTGPG-PSGAQAAVTDSRNLTGQSGQNAGNLIILKNE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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