seq1 = pF1KA1558.tfa, 2637 bp
seq2 = pF1KA1558/gi568815587f_68437665.tfa (gi568815587f:68437665_68713114), 275450 bp

>pF1KA1558 2637
>gi568815587f:68437665_68713114 (Chr11)

1-227  (100001-100227)   100% ->
228-414  (107174-107360)   100% ->
415-552  (110403-110540)   100% ->
553-618  (113457-113522)   100% ->
619-731  (116481-116593)   100% ->
732-845  (120902-121015)   100% ->
846-975  (126639-126768)   100% ->
976-1128  (129350-129502)   100% ->
1129-1278  (132084-132233)   100% ->
1279-1343  (133376-133440)   100% ->
1344-1459  (136445-136560)   100% ->
1460-1545  (138294-138379)   100% ->
1546-1632  (145379-145465)   100% ->
1633-1730  (150263-150360)   100% ->
1731-1785  (152996-153050)   100% ->
1786-1916  (153912-154042)   100% ->
1917-2038  (158433-158554)   100% ->
2039-2192  (162677-162830)   100% ->
2193-2299  (164199-164305)   100% ->
2300-2450  (165678-165828)   100% ->
2451-2468  (171947-171964)   100% ->
2469-2588  (172240-172359)   100% ->
2589-2637  (175402-175450)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTTGGAAATTTGATCTTCACTCATCATCCCACATAGACACACTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTTTGGAAATTTGATCTTCACTCATCATCCCACATAGACACACTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAAAGAGAAGATGTAACACTGAAGGAGTTAATGGATGAGGAAGATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAAAGAGAAGATGTAACACTGAAGGAGTTAATGGATGAGGAAGATGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TACAGGAATGTAAAGCTCAGAACCGCAAACTTATAGAGTTTCTGTTAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TACAGGAATGTAAAGCTCAGAACCGCAAACTTATAGAGTTTCTGTTAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCAGAATGTCTCGAAGATTTAGTCTCATTCATTATAGAAGAACCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCAGAATGTCTCGAAGATTTAGTCTCATTCATTATAGAAGAACCACCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGACATGGATGAAAAGATCAGATACAA         GTATCCAAATATAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100201 AGACATGGATGAAAAGATCAGATACAAGTA...TAGGTATCCAAATATAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTGTGAGTTGCTCACTTCTGATGTCTCCCAGATGAATGATAGACTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107188 CTTGTGAGTTGCTCACTTCTGATGTCTCCCAGATGAATGATAGACTGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGATGAATCCTTGCTAATGAAATTATATAGCTTCCTCCTAAACGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107238 GAAGATGAATCCTTGCTAATGAAATTATATAGCTTCCTCCTAAACGATTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCTTTGAATCCACTACTTGCCAGTTTCTTCAGCAAGGTGCTAAGTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107288 CCCTTTGAATCCACTACTTGCCAGTTTCTTCAGCAAGGTGCTAAGTATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTATCAGCAGAAAACCAGAACAG         ATTGTGGATTTCTTAAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 107338 TTATCAGCAGAAAACCAGAACAGGTA...TAGATTGTGGATTTCTTAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGAAGCATGATTTTGTAGACCTTATTATAAAGCACATAGGAACTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110421 AAGAAGCATGATTTTGTAGACCTTATTATAAAGCACATAGGAACTTCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TATCATGGATTTGTTGCTCAGGCTCCTGACGTGTATCGAACCTCCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110471 TATCATGGATTTGTTGCTCAGGCTCCTGACGTGTATCGAACCTCCACAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCAGGCAAGATGTGCTGAAT         TGGTTAAATGAGGAGAAAATT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 110521 CCAGGCAAGATGTGCTGAATGTG...CAGTGGTTAAATGAGGAGAAAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATCCAGAGGCTTGTGGAAATAGTTCATCCATCGCAAGAAGAAGAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113478 ATCCAGAGGCTTGTGGAAATAGTTCATCCATCGCAAGAAGAAGATGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    619     CGACATTCAAATGCATCACAATCACTTTGTGAAATTGTTCGCCTGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113528 .TAGCGACATTCAAATGCATCACAATCACTTTGTGAAATTGTTCGCCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCAGAGACCAGATGTTACAAATTCAGAACAGTACAGAGCCCGACCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116527 GCAGAGACCAGATGTTACAAATTCAGAACAGTACAGAGCCCGACCCCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTTGCCACTCTAGAAAA         GCAAGAAATTATAGAGCAGCTTCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116577 CTTGCCACTCTAGAAAAGTA...TAGGCAAGAAATTATAGAGCAGCTTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATCAAATATTTTCCACAAGGAGAAAAATGAGTCAGCCATAGTCAGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120926 ATCAAATATTTTCCACAAGGAGAAAAATGAGTCAGCCATAGTCAGTGCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCCAGATATTGCTGACTTTACTTGAGACACGACGACCAAC         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 120976 TCCAGATATTGCTGACTTTACTTGAGACACGACGACCAACGTA...AAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTGAAGGCCATATAGAGATCTGCCCACCAGGCATGAGCCATTCAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126640 TTTGAAGGCCATATAGAGATCTGCCCACCAGGCATGAGCCATTCAGCTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TTCAGTAAACAAGAGTGTTCTAGAAGCCATCAGAGGAAGACTTGGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126690 TTCAGTAAACAAGAGTGTTCTAGAAGCCATCAGAGGAAGACTTGGATCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTCATGAACTCCTGCTGGAGCCACCCAAG         AAAAGTGTGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 126740 TTCATGAACTCCTGCTGGAGCCACCCAAGGTA...CAGAAAAGTGTGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGACCACATGGGGTGTGCTGGATCCTCCTGTGGGGAATACCCGGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129362 AAGACCACATGGGGTGTGCTGGATCCTCCTGTGGGGAATACCCGGTTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGTCATTAGGTTGATATCCAGCCTGCTTCAAACCAATACCAGCAGTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129412 TGTCATTAGGTTGATATCCAGCCTGCTTCAAACCAATACCAGCAGTATAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATGGGGACCTTATGGAGCTGAATAGCATTGGAGTCATATTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 129462 ATGGGGACCTTATGGAGCTGAATAGCATTGGAGTCATATTGGTG...TAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AACATGTTCTTCAAGTATACATGGAATAACTTTTTGCATACACAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132084 AACATGTTCTTCAAGTATACATGGAATAACTTTTTGCATACACAAGTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AATTTGTATTGCACTGATTCTTGCAAGTCCTTTTGAAAACACAGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132134 AATTTGTATTGCACTGATTCTTGCAAGTCCTTTTGAAAACACAGAAAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CCACAATTACCGATCAAGACTCCACTGGTGATAATTTGTTATTAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132184 CCACAATTACCGATCAAGACTCCACTGGTGATAATTTGTTATTAAAACAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279          CTTTTCCAAAAATGTCAATTAATAGAACGAATACTTGAAGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132234 GTA...CAGCTTTTCCAAAAATGTCAATTAATAGAACGAATACTTGAAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CTGGGAAATGAATGAGAAGAAACA         GGCTGAGGGAGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 133417 CTGGGAAATGAATGAGAAGAAACAGTA...CAGGGCTGAGGGAGGAAGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GGCATGGTTACATGGGACACCTAACGAGGATAGCTAACTGTATCGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136462 GGCATGGTTACATGGGACACCTAACGAGGATAGCTAACTGTATCGTGCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AGCACTGACAAGGGCCCCAACAGTGCATTAGTGCAGCAGCTTATCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 136512 AGCACTGACAAGGGCCCCAACAGTGCATTAGTGCAGCAGCTTATCAAAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1460         ATCTTCCCGACGAAGTCAGGGAACGATGGGAGACGTTCTGCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136562 TA...AAGATCTTCCCGACGAAGTCAGGGAACGATGGGAGACGTTCTGCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CAAGCTCCTTAGGAGAAACTAACAAGAGGAACACGGTAGATCTA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 138336 CAAGCTCCTTAGGAGAAACTAACAAGAGGAACACGGTAGATCTAGTA...

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1546    GTTACAACCTGCCATATTCATTCATCCAGTGATGATGAAATTGACTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145376 TAGGTTACAACCTGCCATATTCATTCATCCAGTGATGATGAAATTGACTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TAAAGAAACGGGTTTCTCACAGGATTCTTCTTTGCAGCAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 145426 TAAAGAAACGGGTTTCTCACAGGATTCTTCTTTGCAGCAAGTG...CAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CCTTTTCTGATTATCAGATGCAACAAATGACGTCCAATTTTATTGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150264 CCTTTTCTGATTATCAGATGCAACAAATGACGTCCAATTTTATTGACCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TTTGGCTTCAACGATGAGAAGTTTGCAGATCAAGATGACATTGGCAA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 150314 TTTGGCTTCAACGATGAGAAGTTTGCAGATCAAGATGACATTGGCAAGTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1731       TGTTTCTTTTGATCGAGTATCAGACATCAACTTTACTCTCAATA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150364 ...CAGTGTTTCTTTTGATCGAGTATCAGACATCAACTTTACTCTCAATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CAAATGAAAGT         GGAAATATTGCCTTGTTTGAAGCATGTTGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 153040 CAAATGAAAGTGTA...TAGGGAAATATTGCCTTGTTTGAAGCATGTTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 AAGGAAAGAATACAACAGTTTGATGATGGTGGCTCTGATGAGGAAGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153942 AAGGAAAGAATACAACAGTTTGATGATGGTGGCTCTGATGAGGAAGATAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 ATGGGAGGAAAAGCACATCGCATTCACACCAGAATCCCAAAGACGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153992 ATGGGAGGAAAAGCACATCGCATTCACACCAGAATCCCAAAGACGATCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 G         CTCGGGGAGTACAGACAGTGAGGAAAGTACAGACTCTGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154042 GGTG...TAGCTCGGGGAGTACAGACAGTGAGGAAAGTACAGACTCTGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GAAGAAGATGGAGCAAAGCAAGACTTGTTTGAACCCAGCAGTGCCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158473 GAAGAAGATGGAGCAAAGCAAGACTTGTTTGAACCCAGCAGTGCCAACAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GGAGGATAAAATGGAGGTGGACCTGAGTGAAC         CACCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 158523 GGAGGATAAAATGGAGGTGGACCTGAGTGAACGTA...TAGCACCCAACT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 GGTCAGCTAACTTTGATGTCCCAATGGAAACAACCCACGGTGCTCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162686 GGTCAGCTAACTTTGATGTCCCAATGGAAACAACCCACGGTGCTCCATTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GATTCTGTGGGATCTGATGTCTGGAGCACAGAGGAGCCGATGCCAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162736 GATTCTGTGGGATCTGATGTCTGGAGCACAGAGGAGCCGATGCCAACTAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 AGAGACGGGCTGGGCTTCTTTTTCAGAGTTCACGTCTTCCCTGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 162786 AGAGACGGGCTGGGCTTCTTTTTCAGAGTTCACGTCTTCCCTGAGGTG..

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193     CACAAAAGATTCTTTAAGGAGTAATTCTCCAGTGGAAATGGAAACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162836 .AAGCACAAAAGATTCTTTAAGGAGTAATTCTCCAGTGGAAATGGAAACC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 AGCACTGAACCCATGGACCCTCTGACTCCCAGTGCGGCTGCCCTGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164245 AGCACTGAACCCATGGACCCTCTGACTCCCAGTGCGGCTGCCCTGGCAGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 GCAGCCAGAAG         CGGCAGGCAGTGTGGCCATGGAAGCCAGCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 164295 GCAGCCAGAAGGTG...CAGCGGCAGGCAGTGTGGCCATGGAAGCCAGCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 CTGACGGAGAGGAGGATGCAGAAAGTACAGACAAGGTAACTGAGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165708 CTGACGGAGAGGAGGATGCAGAAAGTACAGACAAGGTAACTGAGACAGTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 ATGAATGGCGGCATGAAGGAAACGCTCAGCCTCACTGTAGATGCCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165758 ATGAATGGCGGCATGAAGGAAACGCTCAGCCTCACTGTAGATGCCAAGAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 AGAGACTGCGGTCTTCAAAAG         AGTGTTGAAATCCTATCG  
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||>>
 165808 AGAGACTGCGGTCTTCAAAAGGTA...CAGAGTGTTGAAATCCTATCGGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2469        TGAGGAAGGGAAACTGTCTACCTCTCAAGATGCTGCTTGTAAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171967 A...CAGTGAGGAAGGGAAACTGTCTACCTCTCAAGATGCTGCTTGTAAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2512 GACGCAGAGGAGTGTCCCGAGACTGCAGAGGCGAAGTGCGCGGCGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172283 GACGCAGAGGAGTGTCCCGAGACTGCAGAGGCGAAGTGCGCGGCGCCCAG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2562 GCCTCCCAGCAGCAGTCCCGAGCAGAG         GACTGGCCAACCAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 172333 GCCTCCCAGCAGCAGTCCCGAGCAGAGGTA...TAGGACTGGCCAACCAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .
   2603 GCGCACCAGGTGACACTTCAGTGAATGGCCCTGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175416 GCGCACCAGGTGACACTTCAGTGAATGGCCCTGTA