seq1 = pF1KSDA1859.tfa, 2223 bp
seq2 = pF1KSDA1859/gi568815575f_52085923.tfa (gi568815575f:52085923_52291862), 205940 bp

>pF1KSDA1859 2223
>gi568815575f:52085923_52291862 (ChrX)

1-210  (100001-100210)   100% ->
211-1044  (100475-101308)   100% ->
1045-1248  (101720-101923)   100% ->
1249-1312  (102027-102090)   100% ->
1313-1392  (102284-102363)   100% ->
1393-1484  (102752-102843)   100% ->
1485-1564  (103465-103544)   100% ->
1565-1607  (103630-103672)   100% ->
1608-1670  (104064-104126)   100% ->
1671-1785  (105072-105186)   100% ->
1786-2223  (105509-105944)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGGGAAGCTTCAGCGTGCAATCGGAAAGCTACAGTGTTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAGGGAAGCTTCAGCGTGCAATCGGAAAGCTACAGTGTTGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGGATGAGGGTAGCGACGAAGTCGGGGAGGAAGAGATGGTTGAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGGATGAGGGTAGCGACGAAGTCGGGGAGGAAGAGATGGTTGAAGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGACTATGAAGAATTCGGTGCGTTTGGTGGCTATGGCACCCTCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGACTATGAAGAATTCGGTGCGTTTGGTGGCTATGGCACCCTCACCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTGACATCCATATCCTCAGAGCCTTCGGAAGCTTGGGTCCAGGCCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTGACATCCATATCCTCAGAGCCTTCGGAAGCTTGGGTCCAGGCCTTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCTTATCG         AATGAGCCCTGGGAACTGGAAAACCCTGTGC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATCTTATCGGTG...CAGAATGAGCCCTGGGAACTGGAAAACCCTGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGCCCAGACCCTGGTGGAGGCATTGCAGCTGGATCCGGAAACACTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100506 TGGCCCAGACCCTGGTGGAGGCATTGCAGCTGGATCCGGAAACACTTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATGAGACGGCCGCCCGTGCTGCCAACGTAGCCCGCGCCGCCGCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100556 AATGAGACGGCCGCCCGTGCTGCCAACGTAGCCCGCGCCGCCGCCTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCGTGCGGCTCGGGCCGCTGCCGCCGCTGCCCGTACCGCCTTCAGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100606 CCGTGCGGCTCGGGCCGCTGCCGCCGCTGCCCGTACCGCCTTCAGTCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGTCGCTAGCCACCGGGTGGCCACGCCGCAGGTCTCAGGAGAGGATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100656 TGGTCGCTAGCCACCGGGTGGCCACGCCGCAGGTCTCAGGAGAGGATACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGCCCACGACCTACGCCGCCGAGGCTCAGGGGCCCACCCCTGAGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100706 CAGCCCACGACCTACGCCGCCGAGGCTCAGGGGCCCACCCCTGAGCCACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCTTGCTTCTCCGCAGACCTCCCAGATGTTAGTCACCAGTAAGATGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100756 CCTTGCTTCTCCGCAGACCTCCCAGATGTTAGTCACCAGTAAGATGGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCCCCGAGGCTCCGGCAACCTCCGCACAGTCCCAGACAGGCTCCCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100806 CCCCCGAGGCTCCGGCAACCTCCGCACAGTCCCAGACAGGCTCCCCGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAGGAGGCTGCTACTGAGGGCCCTAGTAGCGCCTGTGCTTTCTCTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100856 CAGGAGGCTGCTACTGAGGGCCCTAGTAGCGCCTGTGCTTTCTCTCAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCCGTGTGCCAGGGAGGTGGACGCCAACCGGCCCAGCACAGCCTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100906 TCCGTGTGCCAGGGAGGTGGACGCCAACCGGCCCAGCACAGCCTTCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCCAGAATGATGTCTTCGATTTCACTCAGCCGGCAGGTGTCAGTGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100956 GCCAGAATGATGTCTTCGATTTCACTCAGCCGGCAGGTGTCAGTGGCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCCTTCCCGCGCCCCAAGAGACCTGCCCCAGCCCAAGAGGCTGCCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101006 GCCTTCCCGCGCCCCAAGAGACCTGCCCCAGCCCAAGAGGCTGCCACAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGGCCCCAGTGCTGCCTCTGGTGTGCCCCAGACGGGACCTGGCAGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101056 GGGCCCCAGTGCTGCCTCTGGTGTGCCCCAGACGGGACCTGGCAGGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGGCAGCCACCCGGCCCAAGACCACCAAGTCGGGGAAGGCGCTGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101106 TGGCAGCCACCCGGCCCAAGACCACCAAGTCGGGGAAGGCGCTGGCCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ACTCGGTGGGTGGAGCCTCAGAATGTTGTGGCAGCAGCTGCTGCCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101156 ACTCGGTGGGTGGAGCCTCAGAATGTTGTGGCAGCAGCTGCTGCCAAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAAGATGGCCACGAGCATCCCTGAGCCGGAGGGTGCAGCTGCTGCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101206 CAAGATGGCCACGAGCATCCCTGAGCCGGAGGGTGCAGCTGCTGCCACTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CTCAGCACAGTGCTGAGCCCTGGGCCAGGATGGGAGGCAAGAGGACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101256 CTCAGCACAGTGCTGAGCCCTGGGCCAGGATGGGAGGCAAGAGGACCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AAG         TCCAAGCACCTGGATGATGAGTATGAGAGCAGCGAGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101306 AAGGTG...CAGTCCAAGCACCTGGATGATGAGTATGAGAGCAGCGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GGAGAGAGAGACTCCCGCGGTCCCACCCACCTGGAGAGCATCACAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101758 GGAGAGAGAGACTCCCGCGGTCCCACCCACCTGGAGAGCATCACAGCCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CATTGACGGTGCGGGCTCAGTTGGCCCCTCGGCCCCCGATGGCCCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101808 CATTGACGGTGCGGGCTCAGTTGGCCCCTCGGCCCCCGATGGCCCCGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TCCCAGATACCCTCAAGGCACGTACTGTGCCTGCCCCCCCGCAACGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101858 TCCCAGATACCCTCAAGGCACGTACTGTGCCTGCCCCCCCGCAACGTGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CCTTCTGCAGGAGAGG         GCAAATAAGTTGGTGAAATACCTGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101908 CCTTCTGCAGGAGAGGGTA...CAGGCAAATAAGTTGGTGAAATACCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TGATTAAGGACTACAAGAAGATCCCCATCAAGCGCGCAG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102052 TGATTAAGGACTACAAGAAGATCCCCATCAAGCGCGCAGGTA...CAGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 ATGCTGAAGGATGTCATCAGAGAATATGATGAACATTTCCCTGAGATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102286 ATGCTGAAGGATGTCATCAGAGAATATGATGAACATTTCCCTGAGATCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 TGAACGAGCAACGTACACCCTGGAAAAG         AAGTTTGGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102336 TGAACGAGCAACGTACACCCTGGAAAAGGTG...TAGAAGTTTGGGATCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 ACCTGAAGGAGATCGACAAGGAAGAACACCTGTATATTCTTGTCTGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102765 ACCTGAAGGAGATCGACAAGGAAGAACACCTGTATATTCTTGTCTGCACA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CGGGACTCCTCAGCTCGCCTCCTTGGAAA         AACCAAGGACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102815 CGGGACTCCTCAGCTCGCCTCCTTGGAAAGTA...TAGAACCAAGGACAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 TCCCAGGCTGAGTCTCCTCTTGGTGATTCTGGGCGTCATCTTCATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103477 TCCCAGGCTGAGTCTCCTCTTGGTGATTCTGGGCGTCATCTTCATGAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 GCAACCGTGCCAGCGAGG         CTGTCCTCTGGGAGGCACTACGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 103527 GCAACCGTGCCAGCGAGGGTG...CAGCTGTCCTCTGGGAGGCACTACGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 AAGATGGGACTGCGCCCTGG         GGTGAGGCACCCATTCCTCGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103653 AAGATGGGACTGCGCCCTGGGTA...CAGGGTGAGGCACCCATTCCTCGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CGATCTGAGGAAGCTCATCACAGATGACTTTGTGAAGCAGAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104085 CGATCTGAGGAAGCTCATCACAGATGACTTTGTGAAGCAGAAGTA...AA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1671  GTACCTGGAATACAAGAAGATCCCCAACAGCAACCCACCTGAGTATGAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105071 GGTACCTGGAATACAAGAAGATCCCCAACAGCAACCCACCTGAGTATGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 TTCCTCTGGGGCCTGCGAGCCCGCCATGAGACCAGCAAGATGAGGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105121 TTCCTCTGGGGCCTGCGAGCCCGCCATGAGACCAGCAAGATGAGGGTCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GAGATTCATCGCCCAG         AATCAGAACCGAGACCCCCGGGAAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105171 GAGATTCATCGCCCAGGTA...CAGAATCAGAACCGAGACCCCCGGGAAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 GGAAGGCTCATTTCTTGGAGGCTGTGGATGATGCTTTCAAGACAATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105534 GGAAGGCTCATTTCTTGGAGGCTGTGGATGATGCTTTCAAGACAATGGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GTGGATATGGCCGAGGAACATGCCAGGGCCCAGATGAGGGCCCAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105584 GTGGATATGGCCGAGGAACATGCCAGGGCCCAGATGAGGGCCCAGATGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TATCGGGGATGAAGCGCTGATTGGACGGTGGAGCTGGGATGACATACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105634 TATCGGGGATGAAGCGCTGATTGGACGGTGGAGCTGGGATGACATACAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 TCGAGCTCCTGACCTGGGATGAGGACGGAGATTTTGGCGATGCCTGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105684 TCGAGCTCCTGACCTGGGATGAGGACGGAGATTTTGGCGATGCCTGGGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 AGGATCCCCTTTGCTTTCTGGGCCAGATACCATCAGTACATTCTGAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105734 AGGATCCCCTTTGCTTTCTGGGCCAGATACCATCAGTACATTCTGAATAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 CAACCGTGCCAACAGGAGGGCCACGTGGAGAGCTGGCGTCAGCAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105784 CAACCGTGCCAACAGGAGGGCCACGTGGAGAGCTGGCGTCAGCAGTGGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 CCAATGGAGGGGCCAGCACCAGCGTCCTAGATGGCCCCAGCACCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105834 CCAATGGAGGGGCCAGCACCAGCGTCCTAGATGGCCCCAGCACCAGCTCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 ACCATCCGGACCAGAAATGCTGCCAGAGCTGGCGCCAGCTTCTTCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105884 ACCATCCGGACCAGAAATGCTGCCAGAGCTGGCGCCAGCTTCTTCTCCTG

   2300     .    :
   2211 GATCCAGCACCGT
        ||||||| | -|-
 105934 GATCCAGTAA G