Result of FASTA (omim) for
pF1KSDA1857
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KSDA1857, 530 aa
1>>>pF1KSDA1857 530 - 530 aa - 530 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8086+/-0.000465; mu= 11.7714+/- 0.029
mean_var=171.3022+/-32.957, 0's: 0 Z-trim(115.7): 279 B-trim: 106 in 1/53
Lambda= 0.097992
statistics sampled from 26044 (26411) to 26044 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.675), E-opt: 0.2 (0.31), width: 16
Scan time: 9.190
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011539323 (OMIM: 608818) PREDICTED: netrin-G1 i ( 539) 2373 348.4 3.2e-95
XP_016856169 (OMIM: 608818) PREDICTED: netrin-G1 i ( 539) 2373 348.4 3.2e-95
XP_016856170 (OMIM: 608818) PREDICTED: netrin-G1 i ( 539) 2373 348.4 3.2e-95
NP_001106697 (OMIM: 608818) netrin-G1 isoform G1a ( 539) 2373 348.4 3.2e-95
XP_016856171 (OMIM: 608818) PREDICTED: netrin-G1 i ( 483) 1586 237.1 9.3e-62
NP_001299617 (OMIM: 608818) netrin-G1 isoform G1n ( 505) 1534 229.8 1.6e-59
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NP_055732 (OMIM: 608818) netrin-G1 isoform G1c pre ( 438) 1516 227.2 8.3e-59
XP_016856174 (OMIM: 608818) PREDICTED: netrin-G1 i ( 438) 1516 227.2 8.3e-59
XP_006710518 (OMIM: 608818) PREDICTED: netrin-G1 i ( 480) 1501 225.1 3.8e-58
NP_001106699 (OMIM: 608818) netrin-G1 isoform G1d ( 480) 1501 225.1 3.8e-58
XP_016856173 (OMIM: 608818) PREDICTED: netrin-G1 i ( 480) 1501 225.1 3.8e-58
XP_016856172 (OMIM: 608818) PREDICTED: netrin-G1 i ( 480) 1501 225.1 3.8e-58
NP_001317594 (OMIM: 608818) netrin-G1 isoform 5 pr ( 460) 1500 224.9 4.1e-58
XP_011539327 (OMIM: 608818) PREDICTED: netrin-G1 i ( 388) 1497 224.4 4.9e-58
XP_016856175 (OMIM: 608818) PREDICTED: netrin-G1 i ( 364) 1491 223.5 8.5e-58
XP_006723861 (OMIM: 601033) PREDICTED: laminin sub (2300) 657 106.5 9e-22
XP_011527121 (OMIM: 601033) PREDICTED: laminin sub (3609) 657 106.7 1.2e-21
XP_011527120 (OMIM: 601033) PREDICTED: laminin sub (3654) 657 106.7 1.2e-21
NP_005551 (OMIM: 601033) laminin subunit alpha-5 p (3695) 657 106.7 1.2e-21
XP_006723859 (OMIM: 601033) PREDICTED: laminin sub (3700) 657 106.7 1.2e-21
NP_006172 (OMIM: 602349) netrin-3 precursor [Homo ( 580) 574 94.1 1.2e-18
XP_011524283 (OMIM: 226650,226700,245660,600805) P (3298) 540 90.1 1.1e-16
NP_001304977 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 ( 772) 510 85.2 7.8e-16
XP_006721658 (OMIM: 601614) PREDICTED: netrin-1 is ( 604) 508 84.8 8.1e-16
NP_004813 (OMIM: 601614) netrin-1 precursor [Homo ( 604) 508 84.8 8.1e-16
NP_001304976 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 (1101) 510 85.4 9.9e-16
XP_011514282 (OMIM: 616380) PREDICTED: laminin sub (1564) 510 85.5 1.3e-15
XP_016867369 (OMIM: 616380) PREDICTED: laminin sub (1567) 510 85.5 1.3e-15
XP_011514281 (OMIM: 616380) PREDICTED: laminin sub (1703) 510 85.6 1.3e-15
XP_011514280 (OMIM: 616380) PREDICTED: laminin sub (1723) 510 85.6 1.3e-15
XP_016867368 (OMIM: 616380) PREDICTED: laminin sub (1753) 510 85.6 1.4e-15
NP_001304975 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 (1761) 510 85.6 1.4e-15
NP_031382 (OMIM: 616380) laminin subunit beta-4 is (1761) 510 85.6 1.4e-15
XP_011514277 (OMIM: 616380) PREDICTED: laminin sub (1772) 510 85.6 1.4e-15
NP_001316631 (OMIM: 610401) netrin-4 isoform 3 [Ho ( 591) 494 82.8 3.1e-15
NP_001316630 (OMIM: 610401) netrin-4 isoform 3 [Ho ( 591) 494 82.8 3.1e-15
NP_001316629 (OMIM: 610401) netrin-4 isoform 2 pre ( 605) 494 82.8 3.2e-15
NP_067052 (OMIM: 610401) netrin-4 isoform 1 precur ( 628) 494 82.8 3.3e-15
NP_001289925 (OMIM: 226650,226700,245660,600805) l ( 488) 490 82.2 4.1e-15
XP_016866342 (OMIM: 156225,607855) PREDICTED: lami (1916) 497 83.8 5.1e-15
NP_001073291 (OMIM: 156225,607855) laminin subunit (3118) 497 84.0 7.1e-15
NP_000417 (OMIM: 156225,607855) laminin subunit al (3122) 497 84.0 7.1e-15
XP_005267039 (OMIM: 156225,607855) PREDICTED: lami (3206) 497 84.0 7.2e-15
XP_011534122 (OMIM: 156225,607855) PREDICTED: lami (3208) 497 84.0 7.2e-15
XP_005267038 (OMIM: 156225,607855) PREDICTED: lami (3210) 497 84.0 7.3e-15
XP_016866340 (OMIM: 156225,607855) PREDICTED: lami (3212) 497 84.0 7.3e-15
XP_005273181 (OMIM: 104530,150310,226650,226700) P (1172) 455 77.6 2.3e-13
NP_001017402 (OMIM: 104530,150310,226650,226700) l (1172) 455 77.6 2.3e-13
NP_001121113 (OMIM: 104530,150310,226650,226700) l (1172) 455 77.6 2.3e-13
>>XP_011539323 (OMIM: 608818) PREDICTED: netrin-G1 isofo (539 aa)
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Smith-Waterman score: 2373; 59.9% identity (82.1% similar) in 519 aa overlap (13-528:24-537)
10 20 30 40
pF1KSD MLHLLALFLHCLPLASGDYDICKSWVTTDEGPTWEFYACQPKVMRLKDY
::. : ::.::. . :.:: .:...::::. . :
XP_011 MYLSRFLSIHALWVTVSSVMQPYPLVWGHYDLCKTQIYTEEGKVWDYMACQPESTDMTKY
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD VKVKVEPSGITCGDPPERFCSHENPYLCSNECDASNPDLAHPPRLMFDKEEEGLATYWQS
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XP_011 LKVKLDPPDITCGDPPETFCAMGNPYMCNNECDASTPELAHPPELMFDFEGRHPSTFWQS
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110 120 130 140 150 160
pF1KSD ITWSRYPSPLEANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYGRPTVMVLEKSLDNGRTWQPYQFYAE
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XP_011 ATWKEYPKPLQVNITLSWSKTIELTDNIVITFESGRPDQMILEKSLDYGRTWQPYQYYAT
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170 180 190 200 210 220
pF1KSD DCMEAFGMSARRARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPDLRN
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XP_011 DCLDAFHMDPKSVKDLSQHTVLEIICTEEYST-GYTTNSKIIHFEIKDRFAFFAGPRLRN
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230 240 250 260 270 280
pF1KSD MDNLYTRLESAKGLKEFFTLTDLRMRLLRPALGGTYVQRENLYKYFYAISNIEVIGRCKC
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XP_011 MASLYGQLDTTKKLRDFFTVTDLRIRLLRPAVGEIFVDELHLARYFYAISDIKVRGRCKC
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290 300 310 320 330 340
pF1KSD NLHANLCSMREGSLQCECEHNTTGPDCGKCKKNFRTRSWRAGSYLPLPHGSPNACAAA-G
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XP_011 NLHATVCVYDNSKLTCECEHNTTGPDCGKCKKNYQGRPWSPGSYLPIPKGTANTCIPSIS
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350 360 370 380 390 400
pF1KSD SFGNCECYGHSNRCSYIDFLNVVTCVSCKHNTRGQHCQHCRLGYYRNGSAELDDENVCIE
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pF1KSD CNCNQIGSVHDRCNETGFCECREGAAGPKCDDCLPTHYWRQGCYPNVCDDDQLLCQNGGT
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XP_011 CYCNPLGSIHDRCNGSGFCECKTGTTGPKCDECLPGNSWHYGCQPNVCDNELLHCQNGGT
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470 480 490 500 510 520
pF1KSD CLQNQRCACPRGYTGVRCEQPRCDPADDDGGLDCDRAPGAAPR--PATLLGCLLLLGLAA
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XP_011 CHNNVRCLCPAAYTGILCEKLRCEEA---GSCGSDSGQGAPPHGSPALLL-LTTLLGTAS
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530
pF1KSD RLGR
:
XP_011 PLVF
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10 20 30 40
pF1KSD MLHLLALFLHCLPLASGDYDICKSWVTTDEGPTWEFYACQPKVMRLKDY
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XP_016 MYLSRFLSIHALWVTVSSVMQPYPLVWGHYDLCKTQIYTEEGKVWDYMACQPESTDMTKY
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pF1KSD VKVKVEPSGITCGDPPERFCSHENPYLCSNECDASNPDLAHPPRLMFDKEEEGLATYWQS
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pF1KSD ITWSRYPSPLEANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYGRPTVMVLEKSLDNGRTWQPYQFYAE
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pF1KSD DCMEAFGMSARRARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPDLRN
::..:: :. . ..:.:. .. ...:::::: . . . : ..::..::::.:::: :::
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pF1KSD MDNLYTRLESAKGLKEFFTLTDLRMRLLRPALGGTYVQRENLYKYFYAISNIEVIGRCKC
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pF1KSD NLHANLCSMREGSLQCECEHNTTGPDCGKCKKNFRTRSWRAGSYLPLPHGSPNACAAA-G
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XP_016 NLHATVCVYDNSKLTCECEHNTTGPDCGKCKKNYQGRPWSPGSYLPIPKGTANTCIPSIS
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pF1KSD SFGNCECYGHSNRCSYIDFLNVVTCVSCKHNTRGQHCQHCRLGYYRNGSAELDDENVCIE
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pF1KSD CLQNQRCACPRGYTGVRCEQPRCDPADDDGGLDCDRAPGAAPR--PATLLGCLLLLGLAA
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XP_016 CHNNVRCLCPAAYTGILCEKLRCEEA---GSCGSDSGQGAPPHGSPALLL-LTTLLGTAS
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530
pF1KSD RLGR
:
XP_016 PLVF
>>XP_016856170 (OMIM: 608818) PREDICTED: netrin-G1 isofo (539 aa)
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Smith-Waterman score: 2373; 59.9% identity (82.1% similar) in 519 aa overlap (13-528:24-537)
10 20 30 40
pF1KSD MLHLLALFLHCLPLASGDYDICKSWVTTDEGPTWEFYACQPKVMRLKDY
::. : ::.::. . :.:: .:...::::. . :
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pF1KSD VKVKVEPSGITCGDPPERFCSHENPYLCSNECDASNPDLAHPPRLMFDKEEEGLATYWQS
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XP_016 LKVKLDPPDITCGDPPETFCAMGNPYMCNNECDASTPELAHPPELMFDFEGRHPSTFWQS
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pF1KSD ITWSRYPSPLEANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYGRPTVMVLEKSLDNGRTWQPYQFYAE
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XP_016 ATWKEYPKPLQVNITLSWSKTIELTDNIVITFESGRPDQMILEKSLDYGRTWQPYQYYAT
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pF1KSD DCMEAFGMSARRARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPDLRN
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XP_016 MASLYGQLDTTKKLRDFFTVTDLRIRLLRPAVGEIFVDELHLARYFYAISDIKVRGRCKC
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pF1KSD RLGR
:
XP_016 PLVF
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10 20 30 40
pF1KSD MLHLLALFLHCLPLASGDYDICKSWVTTDEGPTWEFYACQPKVMRLKDY
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170 180 190 200 210 220
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::..:: :. . ..:.:. .. ...:::::: . . . : ..::..::::.:::: :::
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pF1KSD MDNLYTRLESAKGLKEFFTLTDLRMRLLRPALGGTYVQRENLYKYFYAISNIEVIGRCKC
: .:: .:...: :..:::.::::.::::::.: .:.. .: .::::::.:.: :::::
NP_001 MASLYGQLDTTKKLRDFFTVTDLRIRLLRPAVGEIFVDELHLARYFYAISDIKVRGRCKC
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::::..: . ...: ::::::::::::::::::.. : : :::::.:.:. :.: . .
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530
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pF1KSD DCMEAFGMSARRARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPDLRN
::..:: :. . ..:.:. .. ...:::::: . . . : ..::..::::.:::: :::
NP_001 DCLDAFHMDPKSVKDLSQHTVLEIICTEEYST-GYTTNSKIIHFEIKDRFAFFAGPRLRN
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NP_001 MASLYGQLDTTKKLRDFFTVTDLRIRLLRPAVGEIFVDELHLARYFYAISDIKVRGRCKC
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530
pF1KSD RLGR
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pF1KSD ITWSRYPSPLEANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYGRPTVMVLEKSLDNGRTWQPYQFYAE
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pF1KSD DCMEAFGMSARRARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPDLRN
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XP_006 DCLDAFHMDPKSVKDLSQHTVLEIICTEEYST-GYTTNSKIIHFEIKDRFAFFAGPRLRN
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: .:: .:...: :..:::.::::.::::::.: .:.. .: .::::::.:.: :::::
XP_006 MASLYGQLDTTKKLRDFFTVTDLRIRLLRPAVGEIFVDELHLARYFYAISDIKVRGRCKC
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pF1KSD NLHANLCSMREGSLQCECEHNTTGPDCGKCKKNFRTRSWRAGSYLPLPHGSPNACAAAGS
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XP_006 NLHATVCVYDNSKLTCECEHNTTGPDCGKCKKNYQGRPWSPGSYLPIPKGTANTC-----
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. .:
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.::. ::::.. : :::::::
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pF1KSD LGR
:
XP_006 LVF
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pF1KSD MLHLLALFLHCLPLASGDYDICKSWVTTDEGPTWEFYACQPKVMRLKDY
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pF1KSD VKVKVEPSGITCGDPPERFCSHENPYLCSNECDASNPDLAHPPRLMFDKEEEGLATYWQS
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NP_055 LKVKLDPPDITCGDPPETFCAMGNPYMCNNECDASTPELAHPPELMFDFEGRHPSTFWQS
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NP_055 ATWKEYPKPLQVNITLSWSKTIELTDNIVITFESGRPDQMILEKSLDYGRTWQPYQYYAT
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD DCMEAFGMSARRARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPDLRN
::..:: :. . ..:.:. .. ...:::::: . . . : ..::..::::.:::: :::
NP_055 DCLDAFHMDPKSVKDLSQHTVLEIICTEEYST-GYTTNSKIIHFEIKDRFAFFAGPRLRN
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pF1KSD MDNLYTRLESAKGLKEFFTLTDLRMRLLRPALGGTYVQRENLYKYFYAISNIEVIGRCKC
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NP_055 MASLYGQLDTTKKLRDFFTVTDLRIRLLRPAVGEIFVDELHLARYFYAISDIKVRGRCKC
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD NLHANLCSMREGSLQCECEHNTTGPDCGKCKKNFRTRSWRAGSYLPLPHGSPNACAAAGS
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NP_055 NLHATVCVYDNSKLTCECEHNTTGPDCGKCKKNYQGRPWSPGSYLPIPKGTANTC-----
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pF1KSD FGNCECYGHSNRCSYIDFLNVVTCVSCKHNTRGQHCQHCRLGYYRNGSAELDDENVCIEC
. .:
NP_055 ---------------------IPSIS----------------------------------
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pF1KSD NCNQIGSVHDRCNETGFCECREGAAGPKCDDCLPTHYWRQGCYPNVCDDDQLLCQNGGTC
.::. ::::.. : :::::::
NP_055 ---SIGT-------------------------------------NVCDNELLHCQNGGTC
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pF1KSD LQNQRCACPRGYTGVRCEQPRCDPADDDGGLDCDRAPGAAPR--PATLLGCLLLLGLAAR
.: :: :: .:::. ::. ::. : :. : . :: :. :: :: ::: :.
NP_055 HNNVRCLCPAAYTGILCEKLRCEEA---GSCGSDSGQGAPPHGSPALLL-LTTLLGTASP
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530
pF1KSD LGR
:
NP_055 LVF
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Smith-Waterman score: 1524; 45.6% identity (64.9% similar) in 518 aa overlap (13-528:24-436)
10 20 30 40
pF1KSD MLHLLALFLHCLPLASGDYDICKSWVTTDEGPTWEFYACQPKVMRLKDY
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XP_016 MYLSRFLSIHALWVTVSSVMQPYPLVWGHYDLCKTQIYTEEGKVWDYMACQPESTDMTKY
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KSD VKVKVEPSGITCGDPPERFCSHENPYLCSNECDASNPDLAHPPRLMFDKEEEGLATYWQS
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XP_016 LKVKLDPPDITCGDPPETFCAMGNPYMCNNECDASTPELAHPPELMFDFEGRHPSTFWQS
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KSD ITWSRYPSPLEANITLSWNKTVELTDDVVMTFEYGRPTVMVLEKSLDNGRTWQPYQFYAE
::..::.::..::::::.::.::::..:.::: ::: :.:::::: ::::::::.::
XP_016 ATWKEYPKPLQVNITLSWSKTIELTDNIVITFESGRPDQMILEKSLDYGRTWQPYQYYAT
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KSD DCMEAFGMSARRARDMSSSSAHRVLCTEEYSRWAGSKKEKHVRFEVRDRFAIFAGPDLRN
::..:: :. . ..:.:. .. ...:::::: . . . : ..::..::::.:::: :::
XP_016 DCLDAFHMDPKSVKDLSQHTVLEIICTEEYST-GYTTNSKIIHFEIKDRFAFFAGPRLRN
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KSD MDNLYTRLESAKGLKEFFTLTDLRMRLLRPALGGTYVQRENLYKYFYAISNIEVIGRCKC
: .:: .:...: :..:::.::::.::::::.: .:.. .: .::::::.:.: :::::
XP_016 MASLYGQLDTTKKLRDFFTVTDLRIRLLRPAVGEIFVDELHLARYFYAISDIKVRGRCKC
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KSD NLHANLCSMREGSLQCECEHNTTGPDCGKCKKNFRTRSWRAGSYLPLPHGSPNACAAAGS
::::..: . ...: ::::::::::::::::::.. : : :::::.:.:. :.:
XP_016 NLHATVCVYDNSKLTCECEHNTTGPDCGKCKKNYQGRPWSPGSYLPIPKGTANTC-----
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KSD FGNCECYGHSNRCSYIDFLNVVTCVSCKHNTRGQHCQHCRLGYYRNGSAELDDENVCIEC
. .:
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