seq1 = pF1KSDA1737.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KSDA1737/gi568815584f_77005709.tfa (gi568815584f:77005709_77214315), 208607 bp

>pF1KSDA1737 1197
>gi568815584f:77005709_77214315 (Chr14)

1-136  (100001-100136)   100% ->
137-306  (104104-104273)   100% ->
307-1197  (107717-108607)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGGAAAAACCCATCCAGAGAGAGCCCCAGAAGACTCTCTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGGAAAAACCCATCCAGAGAGAGCCCCAGAAGACTCTCTGCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTAGGCAAAGGCACAGAGATGAAGAAAGTGGCTCGTCAGCTTGGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTAGGCAAAGGCACAGAGATGAAGAAAGTGGCTCGTCAGCTTGGGATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCTGCTGAGTCAGACAAGGACTCTGGCTTTTCAG         ATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100101 CTGCTGCTGAGTCAGACAAGGACTCTGGCTTTTCAGGTT...CAGATGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCTCGGAATGTCTGAGCTCTGCAGAGCAGATGGAGTCCGAGGACATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104109 AGCTCGGAATGTCTGAGCTCTGCAGAGCAGATGGAGTCCGAGGACATGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGCGCCTTAGGCTGGAGCAGAGAAGACAGGCCGAGGCAGAACTCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104159 GAGCGCCTTAGGCTGGAGCAGAGAAGACAGGCCGAGGCAGAACTCCAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGCAAAGAATGCCTTCCCTACCCTGTCTCCCATGGTCGTCATGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104209 CTGCAAAGAATGCCTTCCCTACCCTGTCTCCCATGGTCGTCATGAAGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGCTTGTCAAACAG         GGCAGCAGCTCATCCCAGCTCCAGTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104259 GTGCTTGTCAAACAGGTG...CAGGGCAGCAGCTCATCCCAGCTCCAGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTGGACTGTCCAGCCCTCCTTTGAAGTGATCTCAGCACAGCCACAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107743 GTGGACTGTCCAGCCCTCCTTTGAAGTGATCTCAGCACAGCCACAGCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TATTCCTTCATCCACCTGTACCATCTCCTGTCAGTCCATGTCACACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107793 TATTCCTTCATCCACCTGTACCATCTCCTGTCAGTCCATGTCACACTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGAAAAAGTCCGACTCCAGGAACTACTTGCCCATTCTGAATTCTTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107843 GAGAAAAAGTCCGACTCCAGGAACTACTTGCCCATTCTGAATTCTTACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAAATAGCCCCACATCCAGGCAAAAGGGGCCTTTCCCTTGGCCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107893 CAAAATAGCCCCACATCCAGGCAAAAGGGGCCTTTCCCTTGGCCCAGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAAAAGGAACAAGTGGAGTGCAGAAGAAAATCTGTACTGAGAGACTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107943 AAAAAGGAACAAGTGGAGTGCAGAAGAAAATCTGTACTGAGAGACTTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCTAGCTTGTCTTCCAGTGAGCCAACCAAGGCTGGTGCTGTCCCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107993 CCTAGCTTGTCTTCCAGTGAGCCAACCAAGGCTGGTGCTGTCCCATCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCCCTCGACGCCAGCACCACCCAGCGCCAAACTTGCCGAGGACTCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108043 TCCCTCGACGCCAGCACCACCCAGCGCCAAACTTGCCGAGGACTCAGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGCAGGGTGTGCCCTCTCTGGTGGCAGGTGGAAGTCCACAGACTCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108093 TGCAGGGTGTGCCCTCTCTGGTGGCAGGTGGAAGTCCACAGACTCTTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCGGTATCCAGCAGTCACGTGGCTAAAGCTCCCAGTCTGACCTTCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108143 CCGGTATCCAGCAGTCACGTGGCTAAAGCTCCCAGTCTGACCTTCGCTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCCCGCCAGTCCTGTCTGCGCATCAGACAGCACTCTCCATGGGTTAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108193 CCCCGCCAGTCCTGTCTGCGCATCAGACAGCACTCTCCATGGGTTAGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCAACTCTCCCCTTTCACCACTGTCCGCTAATTATAGCTCACCTTTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108243 GCAACTCTCCCCTTTCACCACTGTCCGCTAATTATAGCTCACCTTTATGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCTGCAGAGCACCTCTGCCGCAGCCCAGATATCTTTTCAGAGCAGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108293 GCTGCAGAGCACCTCTGCCGCAGCCCAGATATCTTTTCAGAGCAGCGGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GAGCAAACATAGGCGCTTTCAGAATACCCTAGTAGTCCTACATAAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108343 GAGCAAACATAGGCGCTTTCAGAATACCCTAGTAGTCCTACATAAATCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GTTTGCTGGAGATCACTTTGAAAACCAAGGAGTTGATTCGTCAGAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108393 GTTTGCTGGAGATCACTTTGAAAACCAAGGAGTTGATTCGTCAGAATCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GCAACTCAGGTAGAACTAGACCAGCTAAAGGAGCAAACCCAGCTGTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108443 GCAACTCAGGTAGAACTAGACCAGCTAAAGGAGCAAACCCAGCTGTTTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AGAAGCCACCAAGAGCAGGGCCCCTCAGGCTTGGGCCAAGCTGCAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108493 AGAAGCCACCAAGAGCAGGGCCCCTCAGGCTTGGGCCAAGCTGCAGGCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CTTTAACACCTGGGTCCAGTAATACAGGCAGTGACCTAGAAGCATTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108543 CTTTAACACCTGGGTCCAGTAATACAGGCAGTGACCTAGAAGCATTCTCT

   1200     .    :    .
   1183 GATCACCCAGCCATA
        |||||||||||||||
 108593 GATCACCCAGCCATA