Result of FASTA (omim) for pF1KSDA1562
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1562, 1135 aa
  1>>>pF1KSDA1562 1135 - 1135 aa - 1135 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3580+/-0.000474; mu= 18.2844+/- 0.030
 mean_var=107.5970+/-21.639, 0's: 0 Z-trim(111.7): 406  B-trim: 36 in 1/53
 Lambda= 0.123644
 statistics sampled from 19976 (20385) to 19976 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.239), width:  16
 Scan time: 11.840

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_061908 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform  (1135) 7455 1341.8       0
NP_001287757 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isofo (1134) 7436 1338.4       0
XP_006714302 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 916) 5916 1067.2       0
XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadher ( 915) 5897 1063.8       0
NP_065817 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 i (1100) 2003 369.2 7.5e-101
NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1101) 1996 368.0 1.8e-100
XP_011529299 (OMIM: 300088,300460) PREDICTED: prot (1147) 1805 333.9 3.3e-90
NP_001171809 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-1 (1148) 1805 333.9 3.3e-90
NP_113598 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 807) 1600 297.3 2.6e-79
NP_061723 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 950) 1600 297.3 2.9e-79
NP_113685 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 iso ( 824) 1594 296.2 5.5e-79
NP_061729 (OMIM: 606309) protocadherin alpha-3 iso ( 950) 1594 296.2 6.1e-79
NP_114089 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is ( 884) 1571 292.1 9.9e-78
NP_061722 (OMIM: 606321) protocadherin alpha-C2 is (1007) 1571 292.2 1.1e-77
NP_113689 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 816) 1568 291.6 1.4e-77
NP_061731 (OMIM: 606311) protocadherin alpha-5 iso ( 936) 1568 291.6 1.5e-77
NP_113688 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 798) 1558 289.8 4.6e-77
NP_061730 (OMIM: 606310) protocadherin alpha-4 iso ( 947) 1558 289.8 5.2e-77
NP_114062 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 814) 1554 289.1 7.6e-77
NP_061734 (OMIM: 606314) protocadherin alpha-8 iso ( 950) 1554 289.1 8.6e-77
NP_113684 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 808) 1550 288.3 1.2e-76
NP_113683 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 824) 1550 288.3 1.3e-76
NP_061728 (OMIM: 606308) protocadherin alpha-2 iso ( 948) 1550 288.4 1.4e-76
NP_115782 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 871) 1539 286.4 5.1e-76
NP_061751 (OMIM: 606305) protocadherin gamma-C4 is ( 938) 1539 286.4 5.4e-76
NP_114065 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 844) 1537 286.0 6.4e-76
NP_061724 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 948) 1537 286.1   7e-76
NP_114071 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 807) 1528 284.4 1.9e-75
NP_061727 (OMIM: 606319) protocadherin alpha-13 is ( 950) 1528 284.5 2.1e-75
NP_054724 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 iso ( 842) 1527 284.3 2.2e-75
NP_115783 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 878) 1527 284.3 2.3e-75
NP_061752 (OMIM: 606306) protocadherin gamma-C5 is ( 944) 1527 284.3 2.4e-75
NP_114063 (OMIM: 606315) protocadherin alpha-9 iso ( 950) 1527 284.3 2.4e-75
NP_115778 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 863) 1519 282.8   6e-75
NP_057664 (OMIM: 605622) protocadherin-12 precurso (1184) 1521 283.3 6.1e-75
NP_002579 (OMIM: 603627) protocadherin gamma-C3 is ( 934) 1519 282.9 6.4e-75
NP_114040 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 789) 1507 280.7 2.5e-74
NP_114070 (OMIM: 606318) protocadherin alpha-12 is ( 792) 1506 280.5 2.8e-74
NP_061733 (OMIM: 606313) protocadherin alpha-7 iso ( 937) 1507 280.7 2.8e-74
NP_061726 (OMIM: 606318) protocadherin alpha-12 is ( 941) 1506 280.5 3.2e-74
NP_114036 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 803) 1496 278.7 9.8e-74
NP_061732 (OMIM: 606312) protocadherin alpha-6 iso ( 950) 1496 278.8 1.1e-73
NP_065866 (OMIM: 608286) protocadherin-10 isoform  ( 896) 1431 267.1 3.3e-70
NP_116586 (OMIM: 608286) protocadherin-10 isoform  (1040) 1431 267.2 3.7e-70
XP_011530452 (OMIM: 608286) PREDICTED: protocadher (1057) 1431 267.2 3.8e-70
NP_114067 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 810) 1323 247.8 1.9e-64
NP_061725 (OMIM: 606317) protocadherin alpha-11 is ( 949) 1323 247.9 2.2e-64
NP_113599 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 iso ( 686) 1311 245.7 7.4e-64
NP_114066 (OMIM: 606316) protocadherin alpha-10 is ( 685) 1277 239.6   5e-62
NP_114088 (OMIM: 606320) protocadherin alpha-C1 is ( 818) 1257 236.1 6.8e-61


>>NP_061908 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform 1 pr  (1135 aa)
 initn: 7455 init1: 7455 opt: 7455  Z-score: 7187.4  bits: 1341.8 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 7455; 100.0% identity (100.0% similar) in 1135 aa overlap (1-1135:1-1135)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130     
pF1KSD PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
             1090      1100      1110      1120      1130     

>>NP_001287757 (OMIM: 608287) protocadherin-18 isoform 2  (1134 aa)
 initn: 5345 init1: 5345 opt: 7436  Z-score: 7169.1  bits: 1338.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 7436; 99.9% identity (99.9% similar) in 1135 aa overlap (1-1135:1-1134)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
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pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
              190       200       210       220       230       240

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pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
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pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
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pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
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pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
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pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
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pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
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pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
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pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
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pF1KSD ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
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pF1KSD SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::
NP_001 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVE-VSQLLSMLHQ
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pF1KSD GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
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pF1KSD FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
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pF1KSD QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSL
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pF1KSD DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DTYSECSEVDRSNSLERRKGPLPAKTVGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQ
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             1090      1100      1110      1120      1130     
pF1KSD PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASELVAEINKLLQDVRQS
    1080      1090      1100      1110      1120      1130    

>>XP_006714302 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadherin-1  (916 aa)
 initn: 5916 init1: 5916 opt: 5916  Z-score: 5705.1  bits: 1067.2 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5916; 100.0% identity (100.0% similar) in 913 aa overlap (1-913:1-913)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
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pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
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pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
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pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
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pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
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pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
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pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
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pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
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pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
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pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
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pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
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pF1KSD ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
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pF1KSD SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQ
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pF1KSD GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_006 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
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pF1KSD FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
       :::::::::::::                                               
XP_006 FSDLFLTDGRIPAVQL                                            
              910                                                  

>>XP_016863800 (OMIM: 608287) PREDICTED: protocadherin-1  (915 aa)
 initn: 5345 init1: 5345 opt: 5897  Z-score: 5686.7  bits: 1063.8 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5897; 99.9% identity (99.9% similar) in 913 aa overlap (1-913:1-912)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVSQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVLF
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTINGTLPIRSHHRSSPS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::
XP_016 SSPTLERGQMGSRQSHNSHQSLNSLVTISSNHVPENFSLELTHATPAVE-VSQLLSMLHQ
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pF1KSD GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GQYQPRPSFRGNKYSRSYRYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGRDSPIDRLLGEG
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pF1KSD FSDLFLTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMPPLPSPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQ
       :::::::::::::                                               
XP_016 FSDLFLTDGRIPAVQL                                            
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NP_065 RQASAFRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMS---SSMEI
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         :.::. :.:::.:.:  . : .::::.:. :::::::::.::: :  ...:: :. :.
NP_065 CVIKVEIKDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNE
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       .:..:..:: ::...:::.: . :::: .: : ...:: : : : : :.  :.:...:::
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       ::.:.: ...: ... :::: .: .. :::.:::::.::..:::: ..:. .  : :.::
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        . : .:.   .:::  . ::.::::.::::::::::::. ..:.:.::: : :  ::.:
NP_065 PHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVI--NLLS
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pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
        ..: .  . :. :    .:::::.:.::::::.. :.: :.  :.::. ::.   ::..
NP_065 VNSELVE-VSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-YESFSTILVD
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       . ::::....:.::. :.: :.: :...: ::: :.: ::: :::..  :. ...:::.:
NP_065 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
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       :::. .:.: ::::: ::.:.: :. : .    . :::.:.:..: ::::: :.::... 
NP_065 GAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKA
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pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
       . : : :.::: :. : ::.:: . :.: :::.::. .: : :.:::. ::...  :. :
NP_065 FEFKVLAKDGGLPS-LQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLV
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pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
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NP_065 TVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHD
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pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSV-SQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
       .:. .: ...:.  .:.       : :. .  :..:...:.:.::.::.: ..:.: :..
NP_065 HGKTSLSASALV--LIY------LSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIF
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pF1KSD FATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRS
        : .:.:..:. :.::::.:: .: :. :  ... : :.:: :::  .. :  .     :
NP_065 VAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCS
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pF1KSD SPSSSPT-LERGQ----MGSRQSHNSHQSLNSLVT--ISSNHVPENFSLELTHATPAVEQ
       : .:: . ..  :    .: :.:...  ....  :   :.::. .       :.  .  :
NP_065 SLTSSLNYFDYHQQTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYH-------HSFNS--Q
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pF1KSD VSQLLSMLHQGQYQPRP---SFRGNKY-SRSY---RYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDS
         :  ... .:   :.    :: .:   ::..     ...:..  ::::::. .:.  ::
NP_065 GPQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDS
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pF1KSD DYDLGR----DSPIDRLLGEGFSDLF--LTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMP--P
       ..:. :    :. .. .:. . ...   . :     ... : ::::.:::::.::::  :
NP_065 EHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFH-CREECRILGHSDRCWMPRNP
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pF1KSD LP--SPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQQHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPND
       .:  : : ..  :..  . :            .  :     : :  :..:.:::::  .:
NP_065 MPIRSKSPEHVRNIIALSIE-----------ATAADVEAYDDCGPTKRTFATFGKDV-SD
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pF1KSD EDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSLDTY-----SECSEVDRSNSLERRKGPLPAK-TV
       . . .  :   :.   .:   .  :....      . :  ..  .:  . :. ::.: .:
NP_065 HPAEERPT---LKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSV
        980          990      1000      1010      1020      1030   

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pF1KSD GYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQPSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNH
       .:  ..:  : . .    ..: ::                                    
NP_065 SYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGVK
          1040      1050      1060      1070      1080      1090   

>>NP_001098713 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 is  (1101 aa)
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pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
                   :. :: . ... .   :::: . ::::.:.::: ...:. .. . :  
NP_001      MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDP
                    10        20        30        40        50     

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pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
        ..  ::... .   :. .: ..: .     :::. ::... .: : ..:..     ...
NP_001 RQASAFRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMS---SSMEI
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pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
         :.::. :.:::.:.:  . : .::::.:. :::::::::.::: :  ...:: :. :.
NP_001 CVIKVEIKDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNE
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pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
       .:..:..:: ::...:::.: . :::: .: : ...:: : : : : :.  :.:...:::
NP_001 LFGLEIKTRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSN
            180       190       200       210       220       230  

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pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
       ::.:.: ...: ... :::: .: .. :::.:::::.::..:::: ..:. .  : :.::
NP_001 DNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQID
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pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
        . : .:.   .:::  . ::.::::.::::::::::::. ..:.:.::: : :  ::.:
NP_001 PHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVI--NLLS
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pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
        ..: .  . :. :    .:::::.:.::::::.. :.: :.  :.::. ::.   ::..
NP_001 VNSELVE-VSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-YESFSTILVD
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pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
       . ::::....:.::. :.: :.: :...: ::: :.: ::: :::..  :. ...:::.:
NP_001 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
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pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
       :::. .:.: ::::: ::.:.: :. : .    . :::.:.:..: ::::: :.::... 
NP_001 GAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKA
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pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
       . : : :.::: :. : ::.:: . :.: :::.::. .: : :.:::. ::...  :. :
NP_001 FEFKVLAKDGGLPS-LQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLV
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pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
       : ..: : : : :....  .. :.. ..: ::  . ...:. ..     . .:: :. .:
NP_001 TVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHD
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pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSV-SQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
       .:. .: ...:.  .:.       : :. .  :..:...:.:.::.::.: ..:.: :..
NP_001 HGKTSLSASALV--LIY------LSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIF
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pF1KSD FATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRS
        : .:.:..:. :.::::.:: .: :. :  ... : :.:: :::  .. :  .     :
NP_001 VAIKCKRDNKEIRTYNCRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCS
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pF1KSD SPSSSPT-LERGQ----MGSRQSHNSHQSLNSLVT--ISSNHVPENFSLELTHATPAVEQ
       : .:: . ..  :    .: :.:...  ....  :   :.::. .       :.  .  :
NP_001 SLTSSLNYFDYHQQTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYH-------HSFNS--Q
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pF1KSD VSQLLSMLHQGQYQPRP---SFRGNKY-SRSY----RYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGD
         :  ... .:   :.    :: .:   ::..      ...:..  ::::::. .:.  :
NP_001 GPQQPDLIINGVPLPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTD
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pF1KSD SDYDLGR----DSPIDRLLGEGFSDLF--LTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMP--
       :..:. :    :. .. .:. . ...   . :     ... : ::::.:::::.::::  
NP_001 SEHDVQRSLYCDTAVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFH-CREECRILGHSDRCWMPRN
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pF1KSD PLP--SPSSDYRSNMFIPGEEFPTQPQQQHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPN
       :.:  : : ..  :..  . :            .  :     : :  :..:.:::::  .
NP_001 PMPIRSKSPEHVRNIIALSIE-----------ATAADVEAYDDCGPTKRTFATFGKDV-S
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pF1KSD DEDTGDTSTSSLLSEMSSVFQRLLPPSLDTY-----SECSEVDRSNSLERRKGPLPAK-T
       :. . .  :   :.   .:   .  :....      . :  ..  .:  . :. ::.: .
NP_001 DHPAEERPT---LKGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPS
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pF1KSD VGYPQGVAAWAASTHFQNPTTNCGPPLGTHSSVQPSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLN
       :.:  ..:  : . .    ..: ::                                   
NP_001 VSYTIALAPPARDLEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGV
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pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
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XP_011      MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDP
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pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
        ..  ::... .   :. .: ..: .     :::. ::... .: : ..:..     ...
XP_011 RQASAFRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMS---SSMEI
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pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
         :.::. :.:::.:.:  . : .::::.:. :::::::::.::: :  ...:: :. :.
XP_011 CVIKVEIKDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNE
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pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
       .:..:..:: ::...:::.: . :::: .: : ...:: : : : : :.  :.:...:::
XP_011 LFGLEIKTRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSN
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pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
       ::.:.: ...: ... :::: .: .. :::.:::::.::..:::: ..:. .  : :.::
XP_011 DNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQID
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pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
        . : .:.   .:::  . ::.::::.::::::::::::. ..:.:.::: : :  ::.:
XP_011 PHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVI--NLLS
            300       310       320       330       340         350

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pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
        ..: .  . :. :    .:::::.:.::::::.. :.: :.  :.::. ::.   ::..
XP_011 VNSELVE-VSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-YESFSTILVD
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pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
       . ::::....:.::. :.: :.: :...: ::: :.: ::: :::..  :. ...:::.:
XP_011 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
      410       420       430       440       450       460        

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pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
       :::. .:.: ::::: ::.:.: :. : .    . :::.:.:..: ::::: :.::... 
XP_011 GAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKA
      470       480       490       500       510       520        

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pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
       . : : :.::: :. : ::.:: . :.: :::.::. .: : :.:::. ::...  :. :
XP_011 FEFKVLAKDGGLPS-LQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLV
      530       540        550       560       570       580       

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pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
       : ..: : : : :....  .. :.. ..: ::  . ...:. ..     . .:: :. .:
XP_011 TVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHD
       590       600       610        620       630       640      

              670       680       690        700       710         
pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSV-SQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
       .:. .: ...:.  .:.       : :. .  :..:...:.:.::.::.: ..:.: :..
XP_011 HGKTSLSASALV--LIY------LSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIF
        650         660             670       680       690        

     720       730                                                 
pF1KSD FATRCNREKKDTRSYNC-------------------------------------------
        : .:.:..:. :.:::                                           
XP_011 VAIKCKRDNKEIRTYNCSNCLTITCLLGCFIKGQNSKCLHCISVSPISEEQDKKTEEKVS
      700       710       720       730       740       750        

            740       750        760        770       780          
pF1KSD ----RVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRSSPSSSPT-LERGQ
           :.:: .: :. :  ... : :.:: :::  .. :  .     :: .:: . ..  :
XP_011 LRGKRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCSSLTSSLNYFDYHQ
      760       770       780       790       800       810        

         790       800         810       820       830       840   
pF1KSD ----MGSRQSHNSHQSLNSLVT--ISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQGQY
           .: :.:...  ....  :   :.::. .       :.  .  :  :  ... .:  
XP_011 QTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYH-------HSFNS--QGPQQPDLIINGVP
      820       830       840       850                860         

              850           860       870       880           890  
pF1KSD QPRP---SFRGNKY-SRSY---RYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGR----DSP
        :.    :: .:   ::..     ...:..  ::::::. .:.  ::..:. :    :. 
XP_011 LPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDTA
     870       880       890       900       910       920         

            900         910       920       930           940      
pF1KSD IDRLLGEGFSDLF--LTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMP--PLP--SPSSDYRSN
       .. .:. . ...   . :     ... : ::::.:::::.::::  :.:  : : ..  :
XP_011 VNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFH-CREECRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVRN
     930       940       950        960       970       980        

        950       960       970       980       990      1000      
pF1KSD MFIPGEEFPTQPQQQHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLLS
       ..  . :            .  :     : :  :..:.:::::  .:. . .  :   :.
XP_011 IIALSIE-----------ATAADVEAYDDCGPTKRTFATFGKDV-SDHPAEERPT---LK
      990                 1000      1010      1020       1030      

       1010      1020           1030      1040       1050      1060
pF1KSD EMSSVFQRLLPPSLDTY-----SECSEVDRSNSLERRKGPLPAK-TVGYPQGVAAWAAST
          .:   .  :....      . :  ..  .:  . :. ::.: .:.:  ..:  : . 
XP_011 GKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSVSYTIALAPPARDL
          1040      1050      1060      1070      1080      1090   

             1070      1080      1090      1100      1110      1120
pF1KSD HFQNPTTNCGPPLGTHSSVQPSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDASE
       .    ..: ::                                                 
XP_011 EQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGVKRLKDIVL      
          1100      1110      1120      1130      1140             

>>NP_001171809 (OMIM: 300088,300460) protocadherin-19 is  (1148 aa)
 initn: 1736 init1: 837 opt: 1805  Z-score: 1740.5  bits: 333.9 E(85289): 3.3e-90
Smith-Waterman score: 2105; 35.5% identity (64.1% similar) in 1140 aa overlap (13-1071:8-1105)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLKLPN
                   :. :: . ... .   :::: . ::::.:.::: ...:. .. . :  
NP_001      MESLLLPVLLLLAILWTQAAALINLKYSVEEEQRAGTVIANVAKDAREAGFALDP
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD PSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEHLQL
        ..  ::... .   :. .: ..: .     :::. ::... .: : ..:..     ...
NP_001 RQASAFRVVSNSAPHLVDINPSSGLLVTKQKIDRDLLCRQSPKCIISLEVMS---SSMEI
          60        70        80        90       100          110  

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pF1KSD FHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLSAND
         :.::. :.:::.:.:  . : .::::.:. :::::::::.::: :  ...:: :. :.
NP_001 CVIKVEIKDLNDNAPSFPAAQIELEISEAASPGTRIPLDSAYDPDSGSFGVQTYELTPNE
            120       130       140       150       160       170  

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pF1KSD FFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISISDSN
       .:..:..:: ::...:::.: . :::: .: : ...:: : : : : :.  :.:...:::
NP_001 LFGLEIKTRGDGSRFAELVVEKSLDRETQSHYSFRITALDGGDPPRLGTVGLSIKVTDSN
            180       190       200       210       220       230  

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pF1KSD DNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETFKID
       ::.:.: ...: ... :::: .: .. :::.:::::.::..:::: ..:. .  : :.::
NP_001 DNNPVFSESTYAVSVPENSPPNTPVIRLNASDPDEGTNGQVVYSFYGYVNDRTRELFQID
            240       250       260       270       280       290  

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pF1KSD SERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEININLMS
        . : .:.   .:::  . ::.::::.::::::::::::. ..:.:.::: : :  ::.:
NP_001 PHSGLVTVTGALDYEEGHVYELDVQAKDLGPNSIPAHCKVTVSVLDTNDNPPVI--NLLS
            300       310       320       330       340         350

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYLILTN
        ..: .  . :. :    .:::::.:.::::::.. :.: :.  :.::. ::.   ::..
NP_001 VNSELVE-VSESAPPGYVIALVRVSDRDSGLNGRVQCRLLGNVPFRLQE-YESFSTILVD
               360       370       380       390        400        

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD ATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISENNSP
       . ::::....:.::. :.: :.: :...: ::: :.: ::: :::..  :. ...:::.:
NP_001 GRLDREQHDQYNLTIQARDGGVPMLQSAKSFTVLITDENDNHPHFSKPYYQVIVQENNTP
      410       420       430       440       450       460        

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD GAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHEEVSQ
       :::. .:.: ::::: ::.:.: :. : .    . :::.:.:..: ::::: :.::... 
NP_001 GAYLLSVSARDPDLGLNGSVSYQIVPSQVRDMPVFTYVSINPNSGDIYALRSFNHEQTKA
      470       480       490       500       510       520        

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD ITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEITIPKGAESGFHV
       . : : :.::: :. : ::.:: . :.: :::.::. .: : :.:::. ::...  :. :
NP_001 FEFKVLAKDGGLPS-LQSNATVRVIILDVNDNTPVITAPPLINGTAEVYIPRNSGIGYLV
      530       540        550       560       570       580       

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pF1KSD TRIRAIDRDSGVNAELSCAIVAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEWELSVIIQD
       : ..: : : : :....  .. :.. ..: ::  . ...:. ..     . .:: :. .:
NP_001 TVVKAEDYDEGENGRVTYDMTEGDR-GFFEIDQVNGEVRTTRTFGESSKSSYELIVVAHD
       590       600       610        620       630       640      

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pF1KSD KGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSV-SQASLDVSMIIIISLGAICAVLLVIMVL
       .:. .: ...:.  .:.       : :. .  :..:...:.:.::.::.: ..:.: :..
NP_001 HGKTSLSASALV--LIY------LSPALDAQESMGSVNLSLIFIIALGSIAGILFVTMIF
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pF1KSD FATRCNREKKDTRSYNC-------------------------------------------
        : .:.:..:. :.:::                                           
NP_001 VAIKCKRDNKEIRTYNCSNCLTITCLLGCFIKGQNSKCLHCISVSPISEEQDKKTEEKVS
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pF1KSD ----RVAESTYQHHPKRPSRQ-IHKGDITLVPT-INGTLPIRSHHRSSPSSSPT-LERGQ
           :.:: .: :. :  ... : :.:: :::  .. :  .     :: .:: . ..  :
NP_001 LRGKRIAEYSYGHQKKSSKKKKISKNDIRLVPRDVEETDKMNVVSCSSLTSSLNYFDYHQ
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pF1KSD ----MGSRQSHNSHQSLNSLVT--ISSNHVPENFSLELTHATPAVEQVSQLLSMLHQGQY
           .: :.:...  ....  :   :.::. .       :.  .  :  :  ... .:  
NP_001 QTLPLGCRRSESTFLNVENQNTRNTSANHIYH-------HSFNS--QGPQQPDLIINGVP
      820       830       840       850                860         

              850            860       870       880           890 
pF1KSD QPRP---SFRGNKY-SRSY----RYALQDMDKFSLKDSGRGDSEAGDSDYDLGR----DS
        :.    :: .:   ::..      ...:..  ::::::. .:.  ::..:. :    :.
NP_001 LPETENYSFDSNYVNSRAHLIKSSSTFKDLEGNSLKDSGHEESDQTDSEHDVQRSLYCDT
     870       880       890       900       910       920         

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pF1KSD PIDRLLGEGFSDLF--LTDGRIPAAMRLCTEECRVLGHSDQCWMP--PLP--SPSSDYRS
        .. .:. . ...   . :     ... : ::::.:::::.::::  :.:  : : ..  
NP_001 AVNDVLNTSVTSMGSQMPDHDQNEGFH-CREECRILGHSDRCWMPRNPMPIRSKSPEHVR
     930       940       950        960       970       980        

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pF1KSD NMFIPGEEFPTQPQQQHPHQSLEDDAQPADSGEKKKSFSTFGKDSPNDEDTGDTSTSSLL
       :..  . :            .  :     : :  :..:.:::::  .:. . .  :   :
NP_001 NIIALSIE-----------ATAADVEAYDDCGPTKRTFATFGKDV-SDHPAEERPT---L
      990                 1000      1010      1020       1030      

        1010      1020           1030      1040       1050         
pF1KSD SEMSSVFQRLLPPSLDTY-----SECSEVDRSNSLERRKGPLPAK-TVGYPQGVAAWAAS
       .   .:   .  :....      . :  ..  .:  . :. ::.: .:.:  ..:  : .
NP_001 KGKRTVDVTICSPKVNSVIREAGNGCEAISPVTSPLHLKSSLPTKPSVSYTIALAPPARD
          1040      1050      1060      1070      1080      1090   

    1060      1070      1080      1090      1100      1110         
pF1KSD THFQNPTTNCGPPLGTHSSVQPSSKWLPAMEEIPENYEEDDFDNVLNHLNDGKHELMDAS
        .    ..: ::                                                
NP_001 LEQYVNNVNNGPTRPSEAEPRGADSEKVMHEVSPILKEGRNKESPGVKRLKDIVL     
          1100      1110      1120      1130      1140             

>>NP_113598 (OMIM: 606307) protocadherin alpha-1 isoform  (807 aa)
 initn: 1378 init1: 703 opt: 1600  Z-score: 1545.0  bits: 297.3 E(85289): 2.6e-79
Smith-Waterman score: 1600; 37.4% identity (69.1% similar) in 725 aa overlap (12-725:15-724)

                  10        20        30        40        50       
pF1KSD    MHQMNAKMHFRFVFALLIVSFNHDVLGKNLKYRIYEEQRVGSVIARLSEDVADVLLK
                     ... ::....  .: . .:.: : :: . :. ..:...:..   :.
NP_113 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAW--EVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLG---LE
               10        20          30        40        50        

        60        70        80        90       100       110       
pF1KSD LPNPSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEH
       : .     ::. .. .  :: :: .:: . ... ::::.::: . .:::....:.   . 
NP_113 LAELVPRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIA--DRP
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pF1KSD LQLFHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLS
       ::.::.::.: ::::: : :      : : ::  ...:.:...: : :.: :.: ::.::
NP_113 LQVFHVEVKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLS
           120       130       140       150       160       170   

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pF1KSD ANDFFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISIS
        .:.:...:..  . .:   : . . ::::     .: :::.: : :. .:.  : :.. 
NP_113 PSDYFSLDVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVL
           180       190       200       210       220       230   

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pF1KSD DSNDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETF
       : :::.: :.:  : ..:::..  :::.  :::.: :::.::..:.::.: .:  :.: :
NP_113 DVNDNAPLFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKF
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pF1KSD KIDSERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEINI-
       :.::  :.. :. ..::: ::::::.:.: : :   .  :::...::.::::: ::. . 
NP_113 KVDSSSGEIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVT
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pF1KSD NLMSPGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYL
       .:. : .:.        :..: .::. :.:.::: ::...:.:  :  ::: .:..: : 
NP_113 SLYLPIREDA-------PLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYS
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pF1KSD ILTNATLDREKRSEYSLTVIAEDRGTPSLSTVKHFTVQINDINDNPPHFQRSRYEFVISE
       .. ...::::. : : :.: :.: :.::: .. . .:.. :.::: : : . .:   ..:
NP_113 LVLDSALDRESLSVYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKE
        410       420       430       440       450       460      

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pF1KSD NNSPGAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHE
       :: :: .: ::.: : :  ::. :.:...:  .   ....::..   .: .:::. .:::
NP_113 NNPPGCHIFTVSARDADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHE
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pF1KSD EVSQITFVVEARDGGSPKQLVSNTTVVLTIIDENDNVPVVIGPALRNNTAEIT--IPKGA
       :.  . : : :::.: :  : ::.:. . ..:::::.:....: . .. . ..  .:. .
NP_113 ELELLQFQVSARDAGVPP-LGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLV
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pF1KSD ESGFHVTRIRAIDRDSGVNAELSCAI--VAGNEENIFIIDPRSCDIHTNVSMDSVPYTEW
        .:  :...::.: ::: :: ::  .  .::. .  : .   . .: :.  .: .  ...
NP_113 GAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRY
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pF1KSD ELSVIIQDKGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVS----QASL-DVSMIIIISLG
       .: :...:.:.: : . . .   . : ...  ... .::.    .:.: ::.. .::.. 
NP_113 RLLVLVKDHGEPALTATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAIC
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pF1KSD AICAVLLVIMVLF-ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTIN
       :. ..:.. ..:. : ::.                                         
NP_113 AVSSLLVLTLLLYTALRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPP
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NP_061 MVFSRRGGLGARDLLLWLLLLAAW--EVGSGQLHYSIPEEAKHGTFVGRVAQDLG---LE
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pF1KSD LPNPSTVRFRAMQRGNSPLLVVNEDNGEISIGATIDREQLCQKNLNCSIEFDVITLPTEH
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NP_061 LAELVPRLFRVASKTHRDLLEVNLQNGILFVNSRIDREELCQWSAECSIHLELIA--DRP
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pF1KSD LQLFHIEVEVLDINDNSPQFSRSLIPIEISESAAVGTRIPLDSAFDPDVGENSLHTYSLS
       ::.::.::.: ::::: : :      : : ::  ...:.:...: : :.: :.: ::.::
NP_061 LQVFHVEVKVKDINDNPPVFRGREQIIFIPESRLLNSRFPIEGAADADIGANALLTYTLS
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pF1KSD ANDFFNIEVRTRTDGAKYAELIVVRELDRELKSSYELQLTASDMGVPQRSGSSILKISIS
        .:.:...:..  . .:   : . . ::::     .: :::.: : :. .:.  : :.. 
NP_061 PSDYFSLDVEASDELSKSLWLELRKYLDREETPELHLLLTATDGGKPELQGTVELLITVL
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pF1KSD DSNDNSPAFEQQSYIIQLLENSPVGTLLLDLNATDPDEGANGKIVYSFSSHVSPKIMETF
       : :::.: :.:  : ..:::..  :::.  :::.: :::.::..:.::.: .:  :.: :
NP_061 DVNDNAPLFDQAVYRVHLLETTANGTLVTTLNASDADEGVNGEVVFSFDSGISRDIQEKF
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pF1KSD KIDSERGHLTLFKQVDYEITKSYEIDVQAQDLGPNSIPAHCKIIIKVVDVNDNKPEINI-
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NP_061 KVDSSSGEIRLIDKLDYEETKSYEIQVKAVDKGSPPMSNHCKVLVKVLDVNDNAPELAVT
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pF1KSD NLMSPGKEEISYIFEGDPIDTFVALVRVQDKDSGLNGEIVCKLHGHGHFKLQKTYENNYL
       .:. : .:.        :..: .::. :.:.::: ::...:.:  :  ::: .:..: : 
NP_061 SLYLPIREDA-------PLSTVIALITVSDRDSGANGQVTCSLMPHVPFKLVSTFKNYYS
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NP_061 LVLDSALDRESLSVYELVVTARDGGSPSLWATARVSVEVADVNDNAPAFAQPEYTVFVKE
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pF1KSD NNSPGAYITTVTATDPDLGENGQVTYTILESFILGSSITTYVTIDPSNGAIYALRIFDHE
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NP_061 NNPPGCHIFTVSARDADAQENALVSYSLVERRVGERALSNYVSVHAESGKVYALQPLDHE
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NP_061 ELELLQFQVSARDAGVPP-LGSNVTLQVFVLDENDNAPALLAPRVGGTIGAVSELVPRLV
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NP_061 GAGHVVAKVRAVDADSGYNAWLSYELQPAAGGARIPFRVGLYTGEISTTRVLDEADLSRY
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pF1KSD ELSVIIQDKGNPQLHTKVLLKCMIFEYAESVTSTAMTSVS----QASL-DVSMIIIISLG
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NP_061 RLLVLVKDHGEPALTATATVLVSLVESGQAPKASSRASVGVAGPEAALVDVNVYLIIAIC
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pF1KSD AICAVLLVIMVLF-ATRCNREKKDTRSYNCRVAESTYQHHPKRPSRQIHKGDITLVPTIN
       :. ..:.. ..:. : ::.                                         
NP_061 AVSSLLVLTLLLYTALRCSVPPTEGAYVPGKPTLVCSSALGSWSNSQQRRQRVCSSEGPP
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60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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