Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1542
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1542, 1649 aa
  1>>>pF1KSDA1542 1649 - 1649 aa - 1649 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.2478+/-0.00103; mu= -0.5773+/- 0.063
 mean_var=390.5693+/-77.635, 0's: 0 Z-trim(115.3): 122  B-trim: 0 in 0/55
 Lambda= 0.064897
 statistics sampled from 15708 (15820) to 15708 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.768), E-opt: 0.2 (0.486), width:  16
 Scan time:  7.560

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS65988.1 PHRF1 gene_id:57661|Hs108|chr11        (1649) 11098 1054.6       0
CCDS44507.1 PHRF1 gene_id:57661|Hs108|chr11        (1648) 11081 1053.0       0
CCDS65989.1 PHRF1 gene_id:57661|Hs108|chr11        (1647) 11063 1051.3       0
CCDS65987.1 PHRF1 gene_id:57661|Hs108|chr11        (1645) 11050 1050.1       0


>>CCDS65988.1 PHRF1 gene_id:57661|Hs108|chr11             (1649 aa)
 initn: 11098 init1: 11098 opt: 11098  Z-score: 5629.4  bits: 1054.6 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 11098; 99.9% identity (100.0% similar) in 1649 aa overlap (1-1649:1-1649)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MDDDSLDELVARSPGPDGHPQVGPADPAGDFEESSVGSSGDSGDDSDSEHGDGTDGEDEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 MDDDSLDELVARSPGPDGHPQVGPADPAGDFEESSVGSSGDSGDDSDSEHGDGTDGEDEG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD ASEEEDLEDRSGSEDSEDDGETLLEVAGTQGKLEAAGSFNSDDDAESCPICLNAFRDQAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 ASEEEDLEDRSGSEDSEDDGETLLEVAGTQGKLEAAGSFNSDDDAESCPICLNAFRDQAV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD GTPENCAHYFCLDCIVEWSKNANSCPVDRTLFKCICIRAQFGGKILKKIPVENTKASEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS65 GTPENCAHYFCLDCIVEWSKNANSCPVDRTLFKCICIRAQFGGKILRKIPVENTKASEEE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD EDPTFCEVCGRSDREDRLLLCDGCDAGYHMECLDPPLQEVPVDEWFCPECAAPGVVLAAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 EDPTFCEVCGRSDREDRLLLCDGCDAGYHMECLDPPLQEVPVDEWFCPECAAPGVVLAAD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD AGPVSEEEVSLLLADVVPTTSRLRPRAGRTRAIARTRQSERVRATVNRNRISTARRVQHT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 AGPVSEEEVSLLLADVVPTTSRLRPRAGRTRAIARTRQSERVRATVNRNRISTARRVQHT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD PGRLGSSLLDEAIEAVATGLSTAVYQRPLTPRTPARRKRKTRRRKKVPGRKKTPSGPSAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 PGRLGSSLLDEAIEAVATGLSTAVYQRPLTPRTPARRKRKTRRRKKVPGRKKTPSGPSAK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD SKSSATRSKKRQHRVKKRRGKKVKSEATTRSRIARTLGLRRPVHSSCIPSVLKPVEPSLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 SKSSATRSKKRQHRVKKRRGKKVKSEATTRSRIARTLGLRRPVHSSCIPSVLKPVEPSLG
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD LLRADIGAASLSLFGDPYELDPFDSSEELSANPLSPLSAKRRALSRSALQSHQPVARPVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 LLRADIGAASLSLFGDPYELDPFDSSEELSANPLSPLSAKRRALSRSALQSHQPVARPVS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD VGLSRRRLPAAVPEPDLEEEPVPDLLGSILSGQSLLMLGSSDVIIHRDGSLSAKRAAPVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 VGLSRRRLPAAVPEPDLEEEPVPDLLGSILSGQSLLMLGSSDVIIHRDGSLSAKRAAPVS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD FQRNSGSLSRGEEGFKGCLQPRALPSGSPAQGPSGNRPQSTGLSCQGRSRTPARTAGAPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 FQRNSGSLSRGEEGFKGCLQPRALPSGSPAQGPSGNRPQSTGLSCQGRSRTPARTAGAPV
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD RLDLPAAPGAVQARNLSNGSVPGFRQSHSPWFNGTNKHTLPLASAASKISSRDSKPPCRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 RLDLPAAPGAVQARNLSNGSVPGFRQSHSPWFNGTNKHTLPLASAASKISSRDSKPPCRS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD VVPGPPLKPAPRRTDISELPRIPKIRRDDGGGRRDAAPAHGQSIEIPSACISRLTGREGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 VVPGPPLKPAPRRTDISELPRIPKIRRDDGGGRRDAAPAHGQSIEIPSACISRLTGREGT
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD GQPGRGTRAESEASSRVPREPGVHTGSSRPPAPSSHGSLAPLGPSRGKGVGSTFESFRIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 GQPGRGTRAESEASSRVPREPGVHTGSSRPPAPSSHGSLAPLGPSRGKGVGSTFESFRIN
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD IPGNMAHSSQLSSPGFCNTFRPVDDKEQRKENPSPLFSIKKTKQLRSEVYDPSDPTGSDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 IPGNMAHSSQLSSPGFCNTFRPVDDKEQRKENPSPLFSIKKTKQLRSEVYDPSDPTGSDS
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD SAPGSSPERSGPGLLPSEITRTISINSPKAQTVQAVRCVTSYTVESIFGTEPEPPLGPSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 SAPGSSPERSGPGLLPSEITRTISINSPKAQTVQAVRCVTSYTVESIFGTEPEPPLGPSS
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD AMSKLRGAVAAEGASDTEREEPTESQGLAARLRRPSPPEPWDEEDGASCSTFFGSEERTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 AMSKLRGAVAAEGASDTEREEPTESQGLAARLRRPSPPEPWDEEDGASCSTFFGSEERTV
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD TCVTVVEPEAPPSPDVLQAATHRVVELRPPSRSRSTSSSRSRKKAKRKRVSREHGRTRSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 TCVTVVEPEAPPSPDVLQAATHRVVELRPPSRSRSTSSSRSRKKAKRKRVSREHGRTRSG
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD TRSESRDRSSRSASPSVGEERPRRQRSKAKSRRSSSDRSSSRERAKRKKAKDKSREHRRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 TRSESRDRSSRSASPSVGEERPRRQRSKAKSRRSSSDRSSSRERAKRKKAKDKSREHRRG
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KSD PWGHSRRTSRSRSGSPGSSSYEHYESRKKKKRRSASRPRGRECSPTSSLERLCRHKHQRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 PWGHSRRTSRSRSGSPGSSSYEHYESRKKKKRRSASRPRGRECSPTSSLERLCRHKHQRE
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KSD RSHERPDRKESVAWPRDRRKRRSRSPSSEHRAREHRRPRSREKWPQTRSHSPERKGAVRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 RSHERPDRKESVAWPRDRRKRRSRSPSSEHRAREHRRPRSREKWPQTRSHSPERKGAVRE
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KSD ASPAPLAQGEPGREDLPTRLPALGEAHVSPEVATADKAPLQAPPVLEVAAECEPDDLDLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 ASPAPLAQGEPGREDLPTRLPALGEAHVSPEVATADKAPLQAPPVLEVAAECEPDDLDLD
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KSD YGDSVEAGHVFDDFSSDAVFIQLDDMSSPPSPESTDSSPERDFPLKPALPPASLAVAAIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 YGDSVEAGHVFDDFSSDAVFIQLDDMSSPPSPESTDSSPERDFPLKPALPPASLAVAAIQ
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

             1330      1340      1350      1360      1370      1380
pF1KSD REVSLMHDEDPSQPPPLPEGTQEPHLLRPDAAEKAEAPSSPDVAPAGKEDSPSASGRVQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 REVSLMHDEDPSQPPPLPEGTQEPHLLRPDAAEKAEAPSSPDVAPAGKEDSPSASGRVQE
             1330      1340      1350      1360      1370      1380

             1390      1400      1410      1420      1430      1440
pF1KSD AARPEEVVSQTPLLRSRALVKRVTWNLQESESSAPAEDRAPRAPLHRPQKPREGAWDMED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 AARPEEVVSQTPLLRSRALVKRVTWNLQESESSAPAEDRAPRAPLHRPQKPREGAWDMED
             1390      1400      1410      1420      1430      1440

             1450      1460      1470      1480      1490      1500
pF1KSD VAPTGVRQAFSELPFPSHVLPEPGFPDTDPSQVYSPGLPPAPAQPSSIPPCALVSQPTVQ
       ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 VAPTGVRQVFSELPFPSHVLPEPGFPDTDPSQVYSPGLPPAPAQPSSIPPCALVSQPTVQ
             1450      1460      1470      1480      1490      1500

             1510      1520      1530      1540      1550      1560
pF1KSD FILQGSLPLVGCGAAQTLAPVPAALTPASEPASQATAASNSEEKTPAPRLAAEKTKKEEY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 FILQGSLPLVGCGAAQTLAPVPAALTPASEPASQATAASNSEEKTPAPRLAAEKTKKEEY
             1510      1520      1530      1540      1550      1560

             1570      1580      1590      1600      1610      1620
pF1KSD MKKLHMQERAVEEVKLAIKPFYQKREVTKEEYKDILRKAVQKICHSKSGEINPVKVANLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 MKKLHMQERAVEEVKLAIKPFYQKREVTKEEYKDILRKAVQKICHSKSGEINPVKVANLV
             1570      1580      1590      1600      1610      1620

             1630      1640         
pF1KSD KAYVDKYRHMRRHKKPEAGEEPPTQGAEG
       :::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 KAYVDKYRHMRRHKKPEAGEEPPTQGAEG
             1630      1640         

>>CCDS44507.1 PHRF1 gene_id:57661|Hs108|chr11             (1648 aa)
 initn: 8091 init1: 8091 opt: 11081  Z-score: 5620.8  bits: 1053.0 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 11081; 99.8% identity (99.9% similar) in 1649 aa overlap (1-1649:1-1648)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MDDDSLDELVARSPGPDGHPQVGPADPAGDFEESSVGSSGDSGDDSDSEHGDGTDGEDEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MDDDSLDELVARSPGPDGHPQVGPADPAGDFEESSVGSSGDSGDDSDSEHGDGTDGEDEG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD ASEEEDLEDRSGSEDSEDDGETLLEVAGTQGKLEAAGSFNSDDDAESCPICLNAFRDQAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ASEEEDLEDRSGSEDSEDDGETLLEVAGTQGKLEAAGSFNSDDDAESCPICLNAFRDQAV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD GTPENCAHYFCLDCIVEWSKNANSCPVDRTLFKCICIRAQFGGKILKKIPVENTKASEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS44 GTPENCAHYFCLDCIVEWSKNANSCPVDRTLFKCICIRAQFGGKILRKIPVENTKASEEE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD EDPTFCEVCGRSDREDRLLLCDGCDAGYHMECLDPPLQEVPVDEWFCPECAAPGVVLAAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 EDPTFCEVCGRSDREDRLLLCDGCDAGYHMECLDPPLQEVPVDEWFCPECAAPGVVLAAD
              190       200       210       220       230       240

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pF1KSD AGPVSEEEVSLLLADVVPTTSRLRPRAGRTRAIARTRQSERVRATVNRNRISTARRVQHT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AGPVSEEEVSLLLADVVPTTSRLRPRAGRTRAIARTRQSERVRATVNRNRISTARRVQHT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD PGRLGSSLLDEAIEAVATGLSTAVYQRPLTPRTPARRKRKTRRRKKVPGRKKTPSGPSAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PGRLGSSLLDEAIEAVATGLSTAVYQRPLTPRTPARRKRKTRRRKKVPGRKKTPSGPSAK
              310       320       330       340       350       360

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pF1KSD SKSSATRSKKRQHRVKKRRGKKVKSEATTRSRIARTLGLRRPVHSSCIPSVLKPVEPSLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SKSSATRSKKRQHRVKKRRGKKVKSEATTRSRIARTLGLRRPVHSSCIPSVLKPVEPSLG
              370       380       390       400       410       420

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pF1KSD LLRADIGAASLSLFGDPYELDPFDSSEELSANPLSPLSAKRRALSRSALQSHQPVARPVS
       ::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LLRADIGAASLSLFGDPYELDPFDS-EELSANPLSPLSAKRRALSRSALQSHQPVARPVS
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pF1KSD VGLSRRRLPAAVPEPDLEEEPVPDLLGSILSGQSLLMLGSSDVIIHRDGSLSAKRAAPVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VGLSRRRLPAAVPEPDLEEEPVPDLLGSILSGQSLLMLGSSDVIIHRDGSLSAKRAAPVS
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pF1KSD FQRNSGSLSRGEEGFKGCLQPRALPSGSPAQGPSGNRPQSTGLSCQGRSRTPARTAGAPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FQRNSGSLSRGEEGFKGCLQPRALPSGSPAQGPSGNRPQSTGLSCQGRSRTPARTAGAPV
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RLDLPAAPGAVQARNLSNGSVPGFRQSHSPWFNGTNKHTLPLASAASKISSRDSKPPCRS
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pF1KSD VVPGPPLKPAPRRTDISELPRIPKIRRDDGGGRRDAAPAHGQSIEIPSACISRLTGREGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VVPGPPLKPAPRRTDISELPRIPKIRRDDGGGRRDAAPAHGQSIEIPSACISRLTGREGT
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pF1KSD GQPGRGTRAESEASSRVPREPGVHTGSSRPPAPSSHGSLAPLGPSRGKGVGSTFESFRIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GQPGRGTRAESEASSRVPREPGVHTGSSRPPAPSSHGSLAPLGPSRGKGVGSTFESFRIN
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pF1KSD IPGNMAHSSQLSSPGFCNTFRPVDDKEQRKENPSPLFSIKKTKQLRSEVYDPSDPTGSDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 IPGNMAHSSQLSSPGFCNTFRPVDDKEQRKENPSPLFSIKKTKQLRSEVYDPSDPTGSDS
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pF1KSD SAPGSSPERSGPGLLPSEITRTISINSPKAQTVQAVRCVTSYTVESIFGTEPEPPLGPSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SAPGSSPERSGPGLLPSEITRTISINSPKAQTVQAVRCVTSYTVESIFGTEPEPPLGPSS
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pF1KSD AMSKLRGAVAAEGASDTEREEPTESQGLAARLRRPSPPEPWDEEDGASCSTFFGSEERTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AMSKLRGAVAAEGASDTEREEPTESQGLAARLRRPSPPEPWDEEDGASCSTFFGSEERTV
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pF1KSD TCVTVVEPEAPPSPDVLQAATHRVVELRPPSRSRSTSSSRSRKKAKRKRVSREHGRTRSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TCVTVVEPEAPPSPDVLQAATHRVVELRPPSRSRSTSSSRSRKKAKRKRVSREHGRTRSG
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pF1KSD TRSESRDRSSRSASPSVGEERPRRQRSKAKSRRSSSDRSSSRERAKRKKAKDKSREHRRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 TRSESRDRSSRSASPSVGEERPRRQRSKAKSRRSSSDRSSSRERAKRKKAKDKSREHRRG
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pF1KSD PWGHSRRTSRSRSGSPGSSSYEHYESRKKKKRRSASRPRGRECSPTSSLERLCRHKHQRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PWGHSRRTSRSRSGSPGSSSYEHYESRKKKKRRSASRPRGRECSPTSSLERLCRHKHQRE
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pF1KSD RSHERPDRKESVAWPRDRRKRRSRSPSSEHRAREHRRPRSREKWPQTRSHSPERKGAVRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 RSHERPDRKESVAWPRDRRKRRSRSPSSEHRAREHRRPRSREKWPQTRSHSPERKGAVRE
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pF1KSD ASPAPLAQGEPGREDLPTRLPALGEAHVSPEVATADKAPLQAPPVLEVAAECEPDDLDLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 ASPAPLAQGEPGREDLPTRLPALGEAHVSPEVATADKAPLQAPPVLEVAAECEPDDLDLD
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pF1KSD YGDSVEAGHVFDDFSSDAVFIQLDDMSSPPSPESTDSSPERDFPLKPALPPASLAVAAIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 YGDSVEAGHVFDDFSSDAVFIQLDDMSSPPSPESTDSSPERDFPLKPALPPASLAVAAIQ
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pF1KSD REVSLMHDEDPSQPPPLPEGTQEPHLLRPDAAEKAEAPSSPDVAPAGKEDSPSASGRVQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 REVSLMHDEDPSQPPPLPEGTQEPHLLRPDAAEKAEAPSSPDVAPAGKEDSPSASGRVQE
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pF1KSD AARPEEVVSQTPLLRSRALVKRVTWNLQESESSAPAEDRAPRAPLHRPQKPREGAWDMED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 AARPEEVVSQTPLLRSRALVKRVTWNLQESESSAPAEDRAPRAPLHRPQKPREGAWDMED
    1380      1390      1400      1410      1420      1430         

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pF1KSD VAPTGVRQAFSELPFPSHVLPEPGFPDTDPSQVYSPGLPPAPAQPSSIPPCALVSQPTVQ
       ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 VAPTGVRQVFSELPFPSHVLPEPGFPDTDPSQVYSPGLPPAPAQPSSIPPCALVSQPTVQ
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pF1KSD FILQGSLPLVGCGAAQTLAPVPAALTPASEPASQATAASNSEEKTPAPRLAAEKTKKEEY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 FILQGSLPLVGCGAAQTLAPVPAALTPASEPASQATAASNSEEKTPAPRLAAEKTKKEEY
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pF1KSD MKKLHMQERAVEEVKLAIKPFYQKREVTKEEYKDILRKAVQKICHSKSGEINPVKVANLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MKKLHMQERAVEEVKLAIKPFYQKREVTKEEYKDILRKAVQKICHSKSGEINPVKVANLV
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             1630      1640         
pF1KSD KAYVDKYRHMRRHKKPEAGEEPPTQGAEG
       :::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 KAYVDKYRHMRRHKKPEAGEEPPTQGAEG
    1620      1630      1640        

>>CCDS65989.1 PHRF1 gene_id:57661|Hs108|chr11             (1647 aa)
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       :::::::::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 MDDDSLDELVARSPGPDGHPQVGPADPAGDFE-SSVGSSGDSGDDSDSEHGDGTDGEDEG
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pF1KSD ASEEEDLEDRSGSEDSEDDGETLLEVAGTQGKLEAAGSFNSDDDAESCPICLNAFRDQAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 ASEEEDLEDRSGSEDSEDDGETLLEVAGTQGKLEAAGSFNSDDDAESCPICLNAFRDQAV
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS65 GTPENCAHYFCLDCIVEWSKNANSCPVDRTLFKCICIRAQFGGKILRKIPVENTKASEEE
     120       130       140       150       160       170         

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 EDPTFCEVCGRSDREDRLLLCDGCDAGYHMECLDPPLQEVPVDEWFCPECAAPGVVLAAD
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pF1KSD AGPVSEEEVSLLLADVVPTTSRLRPRAGRTRAIARTRQSERVRATVNRNRISTARRVQHT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 AGPVSEEEVSLLLADVVPTTSRLRPRAGRTRAIARTRQSERVRATVNRNRISTARRVQHT
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 PGRLGSSLLDEAIEAVATGLSTAVYQRPLTPRTPARRKRKTRRRKKVPGRKKTPSGPSAK
     300       310       320       330       340       350         

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pF1KSD SKSSATRSKKRQHRVKKRRGKKVKSEATTRSRIARTLGLRRPVHSSCIPSVLKPVEPSLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 SKSSATRSKKRQHRVKKRRGKKVKSEATTRSRIARTLGLRRPVHSSCIPSVLKPVEPSLG
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pF1KSD LLRADIGAASLSLFGDPYELDPFDSSEELSANPLSPLSAKRRALSRSALQSHQPVARPVS
       ::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 LLRADIGAASLSLFGDPYELDPFDS-EELSANPLSPLSAKRRALSRSALQSHQPVARPVS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 VGLSRRRLPAAVPEPDLEEEPVPDLLGSILSGQSLLMLGSSDVIIHRDGSLSAKRAAPVS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 FQRNSGSLSRGEEGFKGCLQPRALPSGSPAQGPSGNRPQSTGLSCQGRSRTPARTAGAPV
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 RLDLPAAPGAVQARNLSNGSVPGFRQSHSPWFNGTNKHTLPLASAASKISSRDSKPPCRS
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pF1KSD VVPGPPLKPAPRRTDISELPRIPKIRRDDGGGRRDAAPAHGQSIEIPSACISRLTGREGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 VVPGPPLKPAPRRTDISELPRIPKIRRDDGGGRRDAAPAHGQSIEIPSACISRLTGREGT
      660       670       680       690       700       710        

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD GQPGRGTRAESEASSRVPREPGVHTGSSRPPAPSSHGSLAPLGPSRGKGVGSTFESFRIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 GQPGRGTRAESEASSRVPREPGVHTGSSRPPAPSSHGSLAPLGPSRGKGVGSTFESFRIN
      720       730       740       750       760       770        

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pF1KSD IPGNMAHSSQLSSPGFCNTFRPVDDKEQRKENPSPLFSIKKTKQLRSEVYDPSDPTGSDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 IPGNMAHSSQLSSPGFCNTFRPVDDKEQRKENPSPLFSIKKTKQLRSEVYDPSDPTGSDS
      780       790       800       810       820       830        

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD SAPGSSPERSGPGLLPSEITRTISINSPKAQTVQAVRCVTSYTVESIFGTEPEPPLGPSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 SAPGSSPERSGPGLLPSEITRTISINSPKAQTVQAVRCVTSYTVESIFGTEPEPPLGPSS
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pF1KSD AMSKLRGAVAAEGASDTEREEPTESQGLAARLRRPSPPEPWDEEDGASCSTFFGSEERTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 AMSKLRGAVAAEGASDTEREEPTESQGLAARLRRPSPPEPWDEEDGASCSTFFGSEERTV
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pF1KSD TCVTVVEPEAPPSPDVLQAATHRVVELRPPSRSRSTSSSRSRKKAKRKRVSREHGRTRSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 TCVTVVEPEAPPSPDVLQAATHRVVELRPPSRSRSTSSSRSRKKAKRKRVSREHGRTRSG
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pF1KSD TRSESRDRSSRSASPSVGEERPRRQRSKAKSRRSSSDRSSSRERAKRKKAKDKSREHRRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 TRSESRDRSSRSASPSVGEERPRRQRSKAKSRRSSSDRSSSRERAKRKKAKDKSREHRRG
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pF1KSD PWGHSRRTSRSRSGSPGSSSYEHYESRKKKKRRSASRPRGRECSPTSSLERLCRHKHQRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 PWGHSRRTSRSRSGSPGSSSYEHYESRKKKKRRSASRPRGRECSPTSSLERLCRHKHQRE
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pF1KSD RSHERPDRKESVAWPRDRRKRRSRSPSSEHRAREHRRPRSREKWPQTRSHSPERKGAVRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 RSHERPDRKESVAWPRDRRKRRSRSPSSEHRAREHRRPRSREKWPQTRSHSPERKGAVRE
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pF1KSD ASPAPLAQGEPGREDLPTRLPALGEAHVSPEVATADKAPLQAPPVLEVAAECEPDDLDLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 ASPAPLAQGEPGREDLPTRLPALGEAHVSPEVATADKAPLQAPPVLEVAAECEPDDLDLD
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pF1KSD YGDSVEAGHVFDDFSSDAVFIQLDDMSSPPSPESTDSSPERDFPLKPALPPASLAVAAIQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 YGDSVEAGHVFDDFSSDAVFIQLDDMSSPPSPESTDSSPERDFPLKPALPPASLAVAAIQ
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pF1KSD REVSLMHDEDPSQPPPLPEGTQEPHLLRPDAAEKAEAPSSPDVAPAGKEDSPSASGRVQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 REVSLMHDEDPSQPPPLPEGTQEPHLLRPDAAEKAEAPSSPDVAPAGKEDSPSASGRVQE
     1320      1330      1340      1350      1360      1370        

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pF1KSD AARPEEVVSQTPLLRSRALVKRVTWNLQESESSAPAEDRAPRAPLHRPQKPREGAWDMED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 AARPEEVVSQTPLLRSRALVKRVTWNLQESESSAPAEDRAPRAPLHRPQKPREGAWDMED
     1380      1390      1400      1410      1420      1430        

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pF1KSD VAPTGVRQAFSELPFPSHVLPEPGFPDTDPSQVYSPGLPPAPAQPSSIPPCALVSQPTVQ
       ::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 VAPTGVRQVFSELPFPSHVLPEPGFPDTDPSQVYSPGLPPAPAQPSSIPPCALVSQPTVQ
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pF1KSD FILQGSLPLVGCGAAQTLAPVPAALTPASEPASQATAASNSEEKTPAPRLAAEKTKKEEY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 FILQGSLPLVGCGAAQTLAPVPAALTPASEPASQATAASNSEEKTPAPRLAAEKTKKEEY
     1500      1510      1520      1530      1540      1550        

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pF1KSD MKKLHMQERAVEEVKLAIKPFYQKREVTKEEYKDILRKAVQKICHSKSGEINPVKVANLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 MKKLHMQERAVEEVKLAIKPFYQKREVTKEEYKDILRKAVQKICHSKSGEINPVKVANLV
     1560      1570      1580      1590      1600      1610        

             1630      1640         
pF1KSD KAYVDKYRHMRRHKKPEAGEEPPTQGAEG
       :::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 KAYVDKYRHMRRHKKPEAGEEPPTQGAEG
     1620      1630      1640       

>>CCDS65987.1 PHRF1 gene_id:57661|Hs108|chr11             (1645 aa)
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Smith-Waterman score: 11050; 99.6% identity (99.8% similar) in 1649 aa overlap (1-1649:1-1645)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MDDDSLDELVARSPGPDGHPQVGPADPAGDFEESSVGSSGDSGDDSDSEHGDGTDGEDEG
       ::::::::::::::::::::::::::::    ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 MDDDSLDELVARSPGPDGHPQVGPADPA----ESSVGSSGDSGDDSDSEHGDGTDGEDEG
               10        20            30        40        50      

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pF1KSD ASEEEDLEDRSGSEDSEDDGETLLEVAGTQGKLEAAGSFNSDDDAESCPICLNAFRDQAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 ASEEEDLEDRSGSEDSEDDGETLLEVAGTQGKLEAAGSFNSDDDAESCPICLNAFRDQAV
         60        70        80        90       100       110      

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pF1KSD GTPENCAHYFCLDCIVEWSKNANSCPVDRTLFKCICIRAQFGGKILKKIPVENTKASEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS65 GTPENCAHYFCLDCIVEWSKNANSCPVDRTLFKCICIRAQFGGKILRKIPVENTKASEEE
        120       130       140       150       160       170      

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pF1KSD EDPTFCEVCGRSDREDRLLLCDGCDAGYHMECLDPPLQEVPVDEWFCPECAAPGVVLAAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 EDPTFCEVCGRSDREDRLLLCDGCDAGYHMECLDPPLQEVPVDEWFCPECAAPGVVLAAD
        180       190       200       210       220       230      

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pF1KSD AGPVSEEEVSLLLADVVPTTSRLRPRAGRTRAIARTRQSERVRATVNRNRISTARRVQHT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 AGPVSEEEVSLLLADVVPTTSRLRPRAGRTRAIARTRQSERVRATVNRNRISTARRVQHT
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pF1KSD PGRLGSSLLDEAIEAVATGLSTAVYQRPLTPRTPARRKRKTRRRKKVPGRKKTPSGPSAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 PGRLGSSLLDEAIEAVATGLSTAVYQRPLTPRTPARRKRKTRRRKKVPGRKKTPSGPSAK
        300       310       320       330       340       350      

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pF1KSD SKSSATRSKKRQHRVKKRRGKKVKSEATTRSRIARTLGLRRPVHSSCIPSVLKPVEPSLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 SKSSATRSKKRQHRVKKRRGKKVKSEATTRSRIARTLGLRRPVHSSCIPSVLKPVEPSLG
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pF1KSD LLRADIGAASLSLFGDPYELDPFDSSEELSANPLSPLSAKRRALSRSALQSHQPVARPVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 LLRADIGAASLSLFGDPYELDPFDSSEELSANPLSPLSAKRRALSRSALQSHQPVARPVS
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pF1KSD VGLSRRRLPAAVPEPDLEEEPVPDLLGSILSGQSLLMLGSSDVIIHRDGSLSAKRAAPVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 VGLSRRRLPAAVPEPDLEEEPVPDLLGSILSGQSLLMLGSSDVIIHRDGSLSAKRAAPVS
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pF1KSD FQRNSGSLSRGEEGFKGCLQPRALPSGSPAQGPSGNRPQSTGLSCQGRSRTPARTAGAPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 FQRNSGSLSRGEEGFKGCLQPRALPSGSPAQGPSGNRPQSTGLSCQGRSRTPARTAGAPV
        540       550       560       570       580       590      

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pF1KSD RLDLPAAPGAVQARNLSNGSVPGFRQSHSPWFNGTNKHTLPLASAASKISSRDSKPPCRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 RLDLPAAPGAVQARNLSNGSVPGFRQSHSPWFNGTNKHTLPLASAASKISSRDSKPPCRS
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pF1KSD VVPGPPLKPAPRRTDISELPRIPKIRRDDGGGRRDAAPAHGQSIEIPSACISRLTGREGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 VVPGPPLKPAPRRTDISELPRIPKIRRDDGGGRRDAAPAHGQSIEIPSACISRLTGREGT
        660       670       680       690       700       710      

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pF1KSD GQPGRGTRAESEASSRVPREPGVHTGSSRPPAPSSHGSLAPLGPSRGKGVGSTFESFRIN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 GQPGRGTRAESEASSRVPREPGVHTGSSRPPAPSSHGSLAPLGPSRGKGVGSTFESFRIN
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              790       800       810       820       830       840
pF1KSD IPGNMAHSSQLSSPGFCNTFRPVDDKEQRKENPSPLFSIKKTKQLRSEVYDPSDPTGSDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 IPGNMAHSSQLSSPGFCNTFRPVDDKEQRKENPSPLFSIKKTKQLRSEVYDPSDPTGSDS
        780       790       800       810       820       830      

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pF1KSD SAPGSSPERSGPGLLPSEITRTISINSPKAQTVQAVRCVTSYTVESIFGTEPEPPLGPSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 SAPGSSPERSGPGLLPSEITRTISINSPKAQTVQAVRCVTSYTVESIFGTEPEPPLGPSS
        840       850       860       870       880       890      

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pF1KSD AMSKLRGAVAAEGASDTEREEPTESQGLAARLRRPSPPEPWDEEDGASCSTFFGSEERTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 AMSKLRGAVAAEGASDTEREEPTESQGLAARLRRPSPPEPWDEEDGASCSTFFGSEERTV
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pF1KSD TCVTVVEPEAPPSPDVLQAATHRVVELRPPSRSRSTSSSRSRKKAKRKRVSREHGRTRSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 TCVTVVEPEAPPSPDVLQAATHRVVELRPPSRSRSTSSSRSRKKAKRKRVSREHGRTRSG
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pF1KSD TRSESRDRSSRSASPSVGEERPRRQRSKAKSRRSSSDRSSSRERAKRKKAKDKSREHRRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 TRSESRDRSSRSASPSVGEERPRRQRSKAKSRRSSSDRSSSRERAKRKKAKDKSREHRRG
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pF1KSD PWGHSRRTSRSRSGSPGSSSYEHYESRKKKKRRSASRPRGRECSPTSSLERLCRHKHQRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 PWGHSRRTSRSRSGSPGSSSYEHYESRKKKKRRSASRPRGRECSPTSSLERLCRHKHQRE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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