Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1445
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1445, 1151 aa
  1>>>pF1KSDA1445 1151 - 1151 aa - 1151 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3312+/-0.000958; mu= 24.0115+/- 0.058
 mean_var=116.1421+/-21.983, 0's: 0 Z-trim(109.8): 126  B-trim: 41 in 1/50
 Lambda= 0.119009
 statistics sampled from 11030 (11166) to 11030 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.693), E-opt: 0.2 (0.343), width:  16
 Scan time:  4.600

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS35491.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3        (1151) 8212 1422.1       0
CCDS58848.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3        (1205) 8212 1422.1       0
CCDS74995.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3        (1057) 6033 1047.9       0
CCDS3875.1 SEMA5A gene_id:9037|Hs108|chr5          (1074) 4734 824.9       0
CCDS1132.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1         ( 761)  910 168.2 6.8e-41
CCDS32229.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       ( 476)  881 162.9 1.6e-39
CCDS32228.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       ( 597)  881 163.1 1.8e-39
CCDS32227.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       ( 998)  881 163.3 2.6e-39
CCDS32224.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       (1011)  881 163.3 2.6e-39
CCDS32226.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       (1017)  881 163.3 2.6e-39
CCDS32225.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       (1073)  881 163.4 2.7e-39
CCDS12131.1 SEMA6B gene_id:10501|Hs108|chr19       ( 888)  851 158.1 8.4e-38
CCDS47256.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5        (1030)  837 155.8 4.9e-37
CCDS75288.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5        (1047)  837 155.8 4.9e-37
CCDS984.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1          ( 930)  818 152.5 4.4e-36
CCDS53364.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1        ( 962)  818 152.5 4.5e-36
CCDS53378.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1        ( 629)  795 148.3 5.3e-35
CCDS2029.1 SEMA4C gene_id:54910|Hs108|chr2         ( 833)  615 117.6 1.3e-25
CCDS2811.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3          ( 785)  604 115.6 4.5e-25
CCDS30956.1 HMCN1 gene_id:83872|Hs108|chr1         (5635)  608 117.4 9.9e-25
CCDS82780.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3         ( 686)  595 114.0 1.2e-24
CCDS82779.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3         ( 754)  595 114.1 1.3e-24
CCDS5599.1 SEMA3A gene_id:10371|Hs108|chr7         ( 771)  589 113.1 2.7e-24
CCDS53363.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1        ( 922)  521 101.5 9.8e-21
CCDS72746.1 ADGRB2 gene_id:576|Hs108|chr1          (1551)  520 101.6 1.5e-20
CCDS72747.1 ADGRB2 gene_id:576|Hs108|chr1          (1584)  520 101.6 1.6e-20
CCDS45347.1 SEMA4B gene_id:10509|Hs108|chr15       ( 837)  503 98.3 7.9e-20
CCDS55121.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7         ( 715)  498 97.4 1.3e-19
CCDS34674.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7         ( 775)  498 97.4 1.4e-19
CCDS5596.1 SEMA3C gene_id:10512|Hs108|chr7         ( 751)  488 95.7 4.4e-19
CCDS4968.1 ADGRB3 gene_id:577|Hs108|chr6           (1522)  483 95.2 1.2e-18
CCDS55724.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10       ( 702)  474 93.3 2.2e-18
CCDS64985.1 ADGRB1 gene_id:575|Hs108|chr8          (1584)  476 94.0 2.9e-18
CCDS7501.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10        ( 843)  467 92.2 5.7e-18
CCDS32194.1 THBS1 gene_id:7057|Hs108|chr15         (1170)  460 91.1 1.6e-17
CCDS10262.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15        ( 666)  454 89.8 2.3e-17
CCDS53959.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15        ( 652)  452 89.4 2.9e-17
CCDS14282.1 CFP gene_id:5199|Hs108|chrX            ( 469)  431 85.7 2.9e-16
CCDS34574.1 THBS2 gene_id:7058|Hs108|chr6          (1172)  430 86.0 5.8e-16
CCDS47991.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9        ( 738)  427 85.2 6.1e-16
CCDS6685.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9         ( 862)  415 83.2 2.8e-15
CCDS1955.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2         ( 770)  398 80.3   2e-14
CCDS2856.1 SEMA3G gene_id:56920|Hs108|chr3         ( 782)  398 80.3   2e-14
CCDS34676.1 SEMA3D gene_id:223117|Hs108|chr7       ( 777)  396 79.9 2.5e-14
CCDS74941.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3         ( 749)  392 79.2   4e-14
CCDS53958.1 SEMA7A gene_id:8482|Hs108|chr15        ( 501)  383 77.5   9e-14
CCDS77744.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3         ( 748)  382 77.5 1.3e-13
CCDS74529.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2        ( 737)  344 71.0 1.2e-11
CCDS3643.1 UNC5C gene_id:8633|Hs108|chr4           ( 931)  334 69.4 4.6e-11
CCDS7309.1 UNC5B gene_id:219699|Hs108|chr10        ( 945)  328 68.4 9.4e-11


>>CCDS35491.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3             (1151 aa)
 initn: 8212 init1: 8212 opt: 8212  Z-score: 7621.2  bits: 1422.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 8212; 99.7% identity (99.7% similar) in 1151 aa overlap (1-1151:1-1151)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MPCGFSPSPVAHHLVPGPPDTPAQQLRCGWTVGGWLLSLVRGLLPCLPPGARTAEGPIMV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MPCGFSPSPVAHHLVPGPPDTPAQQLRCGWTVGGWLLSLVRGLLPCLPPGARTAEGPIMV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD LAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD PGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFRLSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 PGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFRLSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD ECQNYVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMCTSRQVGNLSRTTEKINGVARCPYDPRHNSTAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS35 ECQNYVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMCTSRQVGNLSRTIEKINGVARCPYDPRHNSTAV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD ISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 ISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD LRENAVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LRENAVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQ
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD SAFHLPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SAFHLPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPI
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD PNFQCGTLPETGPNENLTERSLQDAQRLFLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 PNFQCGTLPETGPNENLTERSLQDAQRLFLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQ
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD AKDTLYHVLYIGTESGTILKALSTASRSLHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AKDTLYHVLYIGTESGTILKALSTASRSLHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARAL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD FVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 FVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITA
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD CPVRNVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIAN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 CPVRNVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIAN
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD CSRNGAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQRSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 CSRNGAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQRSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCP
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KSD VPIFWASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRACENGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 VPIFWASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRACENGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWT
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KSD PWLPVNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLADPHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVED
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: 
CCDS35 PWLPVNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLADPHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEV
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KSD LLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQ
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KSD DCNPQACPVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGHYQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 DCNPQACPVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGHYQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCA
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KSD TQACPEGWSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCEELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 TQACPEGWSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCEELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPA
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KSD SSMEEATGCAGFNLIHLVATGISCFLGSGLLTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHL
       ::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 SSMEEATDCAGFNLIHLVATGISCFLGSGLLTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHL
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KSD HYKGGGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIPDDRANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 HYKGGGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIPDDRANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPE
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150 
pF1KSD ASPGQRCFPNS
       :::::::::::
CCDS35 ASPGQRCFPNS
             1150 

>>CCDS58848.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3             (1205 aa)
 initn: 8212 init1: 8212 opt: 8212  Z-score: 7621.0  bits: 1422.1 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 8212; 99.7% identity (99.7% similar) in 1151 aa overlap (1-1151:55-1205)

                                             10        20        30
pF1KSD                               MPCGFSPSPVAHHLVPGPPDTPAQQLRCGW
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 FGRGHSTGTGKQKRRDRVSGSSWCLACVSWMPCGFSPSPVAHHLVPGPPDTPAQQLRCGW
           30        40        50        60        70        80    

               40        50        60        70        80        90
pF1KSD TVGGWLLSLVRGLLPCLPPGARTAEGPIMVLAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 TVGGWLLSLVRGLLPCLPPGARTAEGPIMVLAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSE
           90       100       110       120       130       140    

              100       110       120       130       140       150
pF1KSD PSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTYPGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFRLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTYPGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFRLS
          150       160       170       180       190       200    

              160       170       180       190       200       210
pF1KSD LANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEEECQNYVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMCTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEEECQNYVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMCTS
          210       220       230       240       250       260    

              220       230       240       250       260       270
pF1KSD RQVGNLSRTTEKINGVARCPYDPRHNSTAVISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGP
       ::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RQVGNLSRTIEKINGVARCPYDPRHNSTAVISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGP
          270       280       290       300       310       320    

              280       290       300       310       320       330
pF1KSD PLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFFLRENAVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGGRF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFFLRENAVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGGRF
          330       340       350       360       370       380    

              340       350       360       370       380       390
pF1KSD LLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFHLPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFHLPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAF
          390       400       410       420       430       440    

              400       410       420       430       440       450
pF1KSD NLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPIPNFQCGTLPETGPNENLTERSLQDAQRLFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPIPNFQCGTLPETGPNENLTERSLQDAQRLFL
          450       460       470       480       490       500    

              460       470       480       490       500       510
pF1KSD MSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDTLYHVLYIGTESGTILKALSTASRSLH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDTLYHVLYIGTESGTILKALSTASRSLH
          510       520       530       540       550       560    

              520       530       540       550       560       570
pF1KSD GCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARALFVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGARD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARALFVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGARD
          570       580       590       600       610       620    

              580       590       600       610       620       630
pF1KSD PYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSG
          630       640       650       660       670       680    

              640       650       660       670       680       690
pF1KSD SCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRNGAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRNGAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQRS
          690       700       710       720       730       740    

              700       710       720       730       740       750
pF1KSD CSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCPVPIFWASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRACE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 CSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCPVPIFWASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRACE
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              760       770       780       790       800       810
pF1KSD NGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWTPWLPVNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLADPH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 NGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWTPWLPVNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLADPH
          810       820       830       840       850       860    

              820       830       840       850       860       870
pF1KSD GLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEDLLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCE
       ::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 GLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEVLLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCE
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              880       890       900       910       920       930
pF1KSD LGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQDCNPQACPVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQDCNPQACPVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGH
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pF1KSD YQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCATQACPEGWSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 YQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCATQACPEGWSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCE
          990      1000      1010      1020      1030      1040    

             1000      1010      1020      1030      1040      1050
pF1KSD ELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPASSMEEATGCAGFNLIHLVATGISCFLGSGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS58 ELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPASSMEEATDCAGFNLIHLVATGISCFLGSGL
         1050      1060      1070      1080      1090      1100    

             1060      1070      1080      1090      1100      1110
pF1KSD LTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHLHYKGGGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIPDD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHLHYKGGGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIPDD
         1110      1120      1130      1140      1150      1160    

             1120      1130      1140      1150 
pF1KSD RANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPEASPGQRCFPNS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPEASPGQRCFPNS
         1170      1180      1190      1200     

>>CCDS74995.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3             (1057 aa)
 initn: 6015 init1: 6015 opt: 6033  Z-score: 5599.7  bits: 1047.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7398; 96.4% identity (96.4% similar) in 1093 aa overlap (59-1151:1-1057)

       30        40        50        60        70        80        
pF1KSD GWTVGGWLLSLVRGLLPCLPPGARTAEGPIMVLAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVS
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74                               MVLAGPLAVSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVS
                                             10        20        30

       90       100       110       120       130       140        
pF1KSD SEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTYPGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTYPGARDFSQLALDPSGNQLIVGARNYLFR
               40        50        60        70        80        90

      150       160       170       180       190       200        
pF1KSD LSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEEECQNYVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 LSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEEECQNYVRVLIVAGRKVFMCGTNAFSPMC
              100       110       120       130       140       150

      210       220       230       240       250       260        
pF1KSD TSRQVGNLSRTTEKINGVARCPYDPRHNSTAVISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGS
       ::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 TSRQVGNLSRTIEKINGVARCPYDPRHNSTAVISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGS
              160       170       180       190       200       210

      270       280       290       300       310       320        
pF1KSD GPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFFLRENAVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 GPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFFLRENAVEHDCGRTVYSRVARVCKNDVGG
              220       230       240       250       260       270

      330       340       350       360       370       380        
pF1KSD RFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFHLPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 RFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFHLPEQDLIYGVFTTNVNSIAASAVC
              280       290       300       310       320       330

      390       400       410       420       430       440        
pF1KSD AFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPIPNFQCGTLPETGPNENLTERSLQDAQRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 AFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPIPNFQCGTLPETGPNENLTERSLQDAQRL
              340       350       360       370       380       390

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pF1KSD FLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDTLYHVLYIGTESGTILKALSTASRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 FLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDTLYHVLYIGTESGTILKALSTASRS
              400       410       420       430       440       450

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pF1KSD LHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARALFVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 LHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARALFVGLRDGVLRVPLERCAAYRSQGACLGA
              460       470       480       490       500       510

      570       580       590       600       610       620        
pF1KSD RDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 RDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNVTRDGGFGPWSPWQPCEHLDGDN
              520       530       540       550       560       570

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pF1KSD SGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRNGAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 SGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRNGAWTPWSSWALCSTSCGIGFQVRQ
              580       590       600       610       620       630

      690       700       710       720       730       740        
pF1KSD RSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCPVPIFWASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 RSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCPVPIFWASWGSWSKCSSNCGGGMQSRRRA
              640       650       660       670       680       690

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pF1KSD CENGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWTPWLPVNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 CENGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWTPWLPVNVTQGGARQEQRFRFTCRAPLAD
              700       710       720       730       740       750

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pF1KSD PHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEDLLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 PHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEVLLRSGSTSPHTVSGGWAAWGPWSSCSRD
              760       770       780       790       800       810

      870       880       890       900       910       920        
pF1KSD CELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQDCNPQACPVRGAWSCWTSWSPCSASCGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                    
CCDS74 CELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQDCNPQACP--------------------
              820       830       840       850                    

      930       940       950       960       970       980        
pF1KSD GHYQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCATQACPEGWSPWSEWSKCTDDGAQSRSRH
                       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 ----------------GEDICLGLHTEEALCATQACPEGWSPWSEWSKCTDDGAQSRSRH
                              860       870       880       890    

      990      1000      1010      1020      1030      1040        
pF1KSD CEELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPASSMEEATGCAGFNLIHLVATGISCFLGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::
CCDS74 CEELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSEIPVILPASSMEEATDCAGFNLIHLVATGISCFLGS
          900       910       920       930       940       950    

     1050      1060      1070      1080      1090      1100        
pF1KSD GLLTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHLHYKGGGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 GLLTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHLHYKGGGTPKNEKYTPMEFKTLNKNNLIP
          960       970       980       990      1000      1010    

     1110      1120      1130      1140      1150 
pF1KSD DDRANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPEASPGQRCFPNS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 DDRANFYPLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPEASPGQRCFPNS
         1020      1030      1040      1050       

>>CCDS3875.1 SEMA5A gene_id:9037|Hs108|chr5               (1074 aa)
 initn: 4667 init1: 2810 opt: 4734  Z-score: 4394.3  bits: 824.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 4734; 59.2% identity (83.9% similar) in 1045 aa overlap (98-1135:30-1071)

        70        80        90       100       110       120       
pF1KSD SLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTYPGARDFS
                                     :  ..::....... ::. .:   .: :::
CCDS38  MKGTCVIAWLFSSLGLWRLAHPEAQGTTQCQRTEHPVISYKEIGPWLREFRAKNAVDFS
                10        20        30        40        50         

       130       140       150       160       170       180       
pF1KSD QLALDPSGNQLIVGARNYLFRLSLANVSLLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEEECQNYVR
       ::..::. ..:.::::::::::.: ..::.::.::  .: :...: ::::..::::::.:
CCDS38 QLTFDPGQKELVVGARNYLFRLQLEDLSLIQAVEWECDEATKKACYSKGKSKEECQNYIR
      60        70        80        90       100       110         

       190       200       210       220       230       240       
pF1KSD VLIVAGRKVFMCGTNAFSPMCTSRQVGNLSRTTEKINGVARCPYDPRHNSTAVISSQGEL
       ::.:.: ..: ::::::.:.::.:...::..  ..:.:.:::::.:.:::::.... :::
CCDS38 VLLVGGDRLFTCGTNAFTPVCTNRSLSNLTEIHDQISGMARCPYSPQHNSTALLTAGGEL
     120       130       140       150       160       170         

       250       260       270       280       290       300       
pF1KSD YAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGPPLRTAQYNSKWLNEPNFVAAYDIGLFAYFFLRENAVE
       ::::..:: :::::::::::  :::::::::::::::::::..:::: :.:::.::::::
CCDS38 YAATAMDFPGRDPAIYRSLGILPPLRTAQYNSKWLNEPNFVSSYDIGNFTYFFFRENAVE
     180       190       200       210       220       230         

       310       320       330       340       350       360       
pF1KSD HDCGRTVYSRVARVCKNDVGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFHLPE
       ::::.::.::.:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :::
CCDS38 HDCGKTVFSRAARVCKNDIGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSTFFLPE
     240       250       260       270       280       290         

       370       380       390       400       410       420       
pF1KSD QDLIYGVFTTNVNSIAASAVCAFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPIPNFQCGT
        :::::.::::::::::::::.::::::.:::.:::.:::: :.::::  :: :.:::::
CCDS38 LDLIYGIFTTNVNSIAASAVCVFNLSAIAQAFSGPFKYQENSRSAWLPYPNPNPHFQCGT
     300       310       320       330       340       350         

       430       440       450       460       470       480       
pF1KSD LPETGPNENLTERSLQDAQRLFLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDTLYH
       . . :   :::::.:::::...:: :.:::::  :   .:. ::::..::.::....: :
CCDS38 V-DQGLYVNLTERNLQDAQKFILMHEVVQPVTTVPSFMEDNSRFSHVAVDVVQGREALVH
     360        370       380       390       400       410        

       490       500       510       520       530       540       
pF1KSD VLYIGTESGTILKALSTASRSLHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARALFVGLRDG
       ..:..:. ::: :.    ...  .: :::....:  ::::.:::.::::  .::::::. 
CCDS38 IIYLATDYGTIKKVRVPLNQTSSSCLLEEIELFPERRREPIRSLQILHSQSVLFVGLREH
      420       430       440       450       460       470        

       550       560       570       580       590       600       
pF1KSD VLRVPLERCAAYRSQGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNVT
       :...::.::  ::....:.::.:::::::  ...:..::.: .:. : :.:.:::.::.:
CCDS38 VVKIPLKRCQFYRTRSTCIGAQDPYCGWDVVMKKCTSLEESLSMTQWEQSISACPTRNLT
      480       490       500       510       520       530        

       610       620       630       640       650       660       
pF1KSD RDGGFGPWSPWQPCEHLDGDNSGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRNGAW
        :: :: :::: :: : ::.  ::::::.:::::: :.::: .: ::...::::::::.:
CCDS38 VDGHFGVWSPWTPCTHTDGSAVGSCLCRTRSCDSPAPQCGGWQCEGPGMEIANCSRNGGW
      540       550       560       570       580       590        

       670       680       690       700       710       720       
pF1KSD TPWSSWALCSTSCGIGFQVRQRSCSNPAPRHGGRICVGKSREERFCNENTPCPVPIFWAS
       :::.::. :::.:::::::::::::::.::::::.:::..::::.:::.  ::  .::..
CCDS38 TPWTSWSPCSTTCGIGFQVRQRSCSNPTPRHGGRVCVGQNREERYCNEHLLCPPHMFWTG
      600       610       620       630       640       650        

       730       740       750       760       770       780       
pF1KSD WGSWSKCSSNCGGGMQSRRRACENGNSCLGCGVEFKTCNPEGCPEVRRNTPWTPWLPVNV
       :: : .:...::::.:.::: :::: .: ::.::...:: . :::....:::::: :::.
CCDS38 WGPWERCTAQCGGGIQARRRICENGPDCAGCNVEYQSCNTNPCPELKKTTPWTPWTPVNI
      660       670       680       690       700       710        

       790       800       810       820       830       840       
pF1KSD TQGGARQEQRFRFTCRAPLADPHGLQFGRRRTETRTCPADGSGSCDTDALVEDLLRSGST
       ...:.. :::::.::.: ::::. :. ::.: : : : .::...:.::.:  :.::.:  
CCDS38 SDNGGHYEQRFRYTCKARLADPNLLEVGRQRIEMRYCSSDGTSGCSTDGLSGDFLRAGRY
      720       730       740       750       760       770        

       850       860       870       880       890       900       
pF1KSD SPHTVSGGWAAWGPWSSCSRDCELGFRVRKRTCTNPEPRNGGLPCVGDAAEYQDCNPQAC
       : :::.:.:.::  ::.:::::  :.: :::.:.::::. ::.::.: . :::.::   :
CCDS38 SAHTVNGAWSAWTSWSQCSRDCSRGIRNRKRVCNNPEPKYGGMPCLGPSLEYQECNILPC
      780       790       800       810       820       830        

       910       920       930       940       950       960       
pF1KSD PVRGAWSCWTSWSPCSASCGGGHYQRTRSCTSPAPSPGEDICLGLHTEEALCATQACPEG
       :: :.::::. :. :::.::::::.:::::..:::. : ::::::::::::: :: :::.
CCDS38 PVDGVWSCWSPWTKCSATCGGGHYMRTRSCSNPAPAYGGDICLGLHTEEALCNTQPCPES
      840       850       860       870       880       890        

       970       980       990      1000      1010        1020     
pF1KSD WSPWSEWSKCTDDGAQSRSRHCEELLPGSSACAGNSSQSRPCPYSE--IPVILPA--SSM
       :: ::.::.:  .:.: :.:.:  :.: .: :.::...:::: ..   :: .  :  ::.
CCDS38 WSEWSDWSECEASGVQVRARQCILLFPMGSQCSGNTTESRPCVFDSNFIPEVSVARSSSV
      900       910       920       930       940       950        

          1030      1040      1050      1060      1070      1080   
pF1KSD EEATGCAGFNLIHLVATGISCFLGSGLLTLAVYLSCQHCQRQSQESTLVHPATPNHLHYK
       ::   :. ::..:..:.:.:  . . :::: ::  ::. :.::...:..::..:  :. .
CCDS38 EEKR-CGEFNMFHMIAVGLSSSILGCLLTLLVYTYCQRYQQQSHDATVIHPVSPAPLNTS
      960        970       980       990      1000      1010       

           1090       1100      1110       1120      1130      1140
pF1KSD -GGGTPKNEKYTPME-FKTLNKNNLIPDDRANFY-PLQQTNVYTTTYYPSPLNKHSFRPE
         .   : .::  .: .:..:::::: ..: ... :    ..:...:. . ::..     
CCDS38 ITNHINKLDKYDSVEAIKAFNKNNLILEERNKYFNPHLTGKTYSNAYF-TDLNNYDEY  
      1020      1030      1040      1050      1060       1070      

             1150 
pF1KSD ASPGQRCFPNS

>>CCDS1132.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1              (761 aa)
 initn: 651 init1: 199 opt: 910  Z-score: 847.6  bits: 168.2 E(32554): 6.8e-41
Smith-Waterman score: 974; 35.9% identity (65.5% similar) in 502 aa overlap (115-598:53-538)

           90       100       110       120       130       140    
pF1KSD QDVSSEPSSEQQLCALSKHPTVAFEDLQPWVSNFTYPGARDFSQLALDPSGNQLIVGARN
                                     .: :   : .::. : :. .:: : ::::.
CCDS11 QLLLPTTTAGGGGQGPMPRVRYYAGDERRALSFFHQKGLQDFDTLLLSGDGNTLYVGARE
             30        40        50        60        70        80  

          150          160       170       180        190          
pF1KSD YLFRLSLANVS---LLQATEWASSEDTRRSCQSKGKTEE-ECQNYVRVLIVAG-RKVFMC
        .. :.. . .   : .   : .:.  .  :  : :..: .: :..:::.  .  ... :
CCDS11 AILALDIQDPGVPRLKNMIPWPASDRKKSECAFKKKSNETQCFNFIRVLVSYNVTHLYTC
             90       100       110       120       130       140  

     200       210          220        230       240       250     
pF1KSD GTNAFSPMCTSRQVGN---LSRTTEKI-NGVARCPYDPRHNSTAVISSQGELYAATVIDF
       :: :::: ::  .. .   :  . .:. .: .. :.:: :. :::. . : ::..:. .:
CCDS11 GTFAFSPACTFIELQDSYLLPISEDKVMEGKGQSPFDPAHKHTAVLVD-GMLYSGTMNNF
            150       160       170       180       190        200 

         260       270       280        290       300       310    
pF1KSD SGRDPAIYRSLGSGPPLRTAQYNSKWLN-EPNFVAAYDIGLFAYFFLRENAVEHDCGRTV
        : .: ..:.::: : :.: ..  .::. . .::::      .:::..:.: : :  . .
CCDS11 LGSEPILMRTLGSQPVLKTDNF-LRWLHHDASFVAAIPSTQVVYFFFEETASEFDFFERL
             210       220        230       240       250       260

           320       330       340       350       360             
pF1KSD Y-SRVARVCKNDVGGRFLLEDTWTTFMKARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFHLPEQD----
       . :::::::::::::. ::.  ::::.::.: :..::..::  : .. :  :: ..    
CCDS11 HTSRVARVCKNDVGGEKLLQKKWTTFLKAQLLCTQPGQLPF--NVIRHAVLLPADSPTAP
              270       280       290       300         310        

     370         380       390       400       410       420       
pF1KSD LIYGVFTTN--VNSIAASAVCAFNLSAISQAFNGPFRYQENPRAAWLPIANPIPNFQCGT
        ::.:::..  :..  .::::::.:  : ..:.: ..  ..  . :    .:  : . :.
CCDS11 HIYAVFTSQWQVGGTRSSAVCAFSLLDIERVFKGKYKELNKETSRWTTYRGPETNPRPGS
      320       330       340       350       360       370        

       430       440       450       460       470       480       
pF1KSD LPETGPNENLTERSLQDAQRLFLMSEAVQPVTPEPCVTQDSVRFSHLVVDLVQAKDTLYH
          .::.   ....:   .  :::.:    :.  : .....:....:.:. .:. :   :
CCDS11 CS-VGPS---SDKALTFMKDHFLMDEQ---VVGTPLLVKSGVEYTRLAVETAQGLDGHSH
      380           390       400          410       420       430 

        490       500       510       520       530       540      
pF1KSD -VLYIGTESGTILKALSTASRSLHGCYLEELHVLPPGRREPLRSLRILHSARALFVGLRD
        :.:.:: .:.. ::. ... : :   .::....:    ::.:.:..  .  :.:::.  
CCDS11 LVMYLGTTTGSLHKAVVSGDSSAH--LVEEIQLFPDP--EPVRNLQLAPTQGAVFVGFSG
             440       450         460         470       480       

        550       560       570       580       590       600      
pF1KSD GVLRVPLERCAAYRSQGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNV
       :: :::   :..:.:   :. ::::.:.:: ... :  : .. :.. : :..        
CCDS11 GVWRVPRANCSVYESCVDCVLARDPHCAWDPESRTCCLL-SAPNLNSWKQDMERGNPEWA
       490       500       510       520        530       540      

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        .. :..:  ::: ..::.:...:..  . . ::.::::::.:::   ....:    :.:
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       .:.::::.: :....:.... :.::.::: :: . : .::::.:.:  ::: .:.:::..
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       ::.:. : . : ..:::.:: ::::.  :..:::::::.::::.:: . .::  ::.:.:
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       :::::: ::.  ::.. :::   . . .    . :::::..::: .::::::... : ..
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       :.   : :                                                    
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CCDS32                    MRVFLLCAYILLLMVSQLRAVSFPEDDEP-LNTVDYHYSRQ
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       .  .   ::::        ::..  :. :.     ..  .:.. .  ::        : :
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        .. :..:  ::: ..::.:...:..  . . ::.::::::.:::   ....:    :.:
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       .:.::::.: :....:.... :.::.::: :: . : .::::.:.:  ::: .:.:::..
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       :.: :. :..: ..:  .  . .:. . :   . :  :      .. ...:.  .   ::
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       :. .  :::.    :.   .. :  .   ::.. .. .::.:.. . ..:.:: ::  : 
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pF1KSD VSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSEPSSEQQLCALSKHPTVAF-EDLQPWVSNFTYPGARD
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CCDS32                    MRVFLLCAYILLLMVSQLRAVSFPEDDEP-LNTVDYHYSRQ
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pF1KSD FSQLALDPSGN--------QLIVGARNYLF-----RLSLANVSLLQATE--------WAS
       .  .   ::::        ::..  :. :.     ..  .:.. .  ::        : :
CCDS32 YPVFRGRPSGNESQHRLDFQLMLKIRDTLYIAGRDQVYTVNLNEMPKTEVIPNKKLTWRS
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pF1KSD SEDTRRSCQSKGKTEEECQNYVRVLIVAGRK-VFMCGTNAFSPMCTSRQVGNLSRTTEKI
        .. :..:  ::: ..::.:...:..  . . ::.::::::.:::   ....:    :.:
CCDS32 RQQDRENCAMKGKHKDECHNFIKVFVPRNDEMVFVCGTNAFNPMCRYYRLSTLEYDGEEI
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pF1KSD NGVARCPYDPRHNSTAVISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGPPLRTAQYNSKWLN
       .:.::::.: :....:.... :.::.::: :: . : .::::.:.:  ::: .:.:::..
CCDS32 SGLARCPFDARQTNVALFAD-GKLYSATVADFLASDAVIYRSMGDGSALRTIKYDSKWIK
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pF1KSD EPNFVAAYDIGLFAYFFLRENAVEHDC-GRTVYSRVARVCKNDVGG-RFLLEDTWTTFMK
       ::.:. : . : ..:::.:: ::::.  :..:::::::.::::.:: . .::  ::.:.:
CCDS32 EPHFLHAIEYGNYVYFFFREIAVEHNNLGKAVYSRVARICKNDMGGSQRVLEKHWTSFLK
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pF1KSD ARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFHLPEQD---LIYGVFTTNVNSIAASAVCAFNLSAISQA
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pF1KSD FNGPFRYQENPRAAWLPIA-NPIPNFQCGTLPETGPNE------NLTERSLQDAQRLFLM
       :.: :. :..: ..:  .  . .:. . :   . :  :      .. ...:.  .   ::
CCDS32 FKGRFKEQKTPDSVWTAVPEDKVPKPRPGCCAKHGLAEAYKTSIDFPDETLSFIKSHPLM
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pF1KSD SEAVQPVTPEPCVTQDSVRF--SHLVVDLVQAKDTLYHVLYIGTESGTILKALS-TASRS
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CCDS32 DSAVPPIADEPWFTKTRVRYRLTAISVDHSAGPYQNYTVIFVGSEAGMVLKVLAKTSPFS
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pF1KSD LH-GCYLEEL----HVLPPGRREPLR---SLRILHSARALFVGLRDGVLRVPLERCAAYR
       :. .  :::.    :.   .. :  .   ::.. .. .::.:.. . ..:.:: ::  : 
CCDS32 LNDSVLLEEIEAYNHAKCSAENEEDKKVISLQLDKDHHALYVAFSSCIIRIPLSRCERYG
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pF1KSD S-QGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNVTRDGGFGPWSPWQ
       : . .:...::::::: . :  :                                     
CCDS32 SCKKSCIASRDPYCGWLS-QGSCGRVTPGMLAEGYEQDTEFGNTAHLGDCHGVRWEVQSG
     520       530        540       550       560       570        

>>CCDS32224.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15            (1011 aa)
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                                     :  .:.  .:.: :: .: ...  :  .:.
CCDS32                    MRVFLLCAYILLLMVSQLRAVSFPEDDEP-LNTVDYHYSRQ
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pF1KSD FSQLALDPSGN--------QLIVGARNYLF-----RLSLANVSLLQATE--------WAS
       .  .   ::::        ::..  :. :.     ..  .:.. .  ::        : :
CCDS32 YPVFRGRPSGNESQHRLDFQLMLKIRDTLYIAGRDQVYTVNLNEMPKTEVIPNKKLTWRS
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pF1KSD SEDTRRSCQSKGKTEEECQNYVRVLIVAGRK-VFMCGTNAFSPMCTSRQVGNLSRTTEKI
        .. :..:  ::: ..::.:...:..  . . ::.::::::.:::   ....:    :.:
CCDS32 RQQDRENCAMKGKHKDECHNFIKVFVPRNDEMVFVCGTNAFNPMCRYYRLSTLEYDGEEI
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       .:.::::.: :....:.... :.::.::: :: . : .::::.:.:  ::: .:.:::..
CCDS32 SGLARCPFDARQTNVALFAD-GKLYSATVADFLASDAVIYRSMGDGSALRTIKYDSKWIK
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       ::.:. : . : ..:::.:: ::::.  :..:::::::.::::.:: . .::  ::.:.:
CCDS32 EPHFLHAIEYGNYVYFFFREIAVEHNNLGKAVYSRVARICKNDMGGSQRVLEKHWTSFLK
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       :::::: ::.  ::.. :::   . . .    . :::::..::: .::::::... : ..
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       :.: :. :..: ..:  .  . .:. . :   . :  :      .. ...:.  .   ::
CCDS32 FKGRFKEQKTPDSVWTAVPEDKVPKPRPGCCAKHGLAEAYKTSIDFPDETLSFIKSHPLM
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       . :: :.. ::  :.  ::.  . . ::   .    : :...:.:.: .::.:. :.  :
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pF1KSD LH-GCYLEEL----HVLPPGRREPLR---SLRILHSARALFVGLRDGVLRVPLERCAAYR
       :. .  :::.    :.   .. :  .   ::.. .. .::.:.. . ..:.:: ::  : 
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       : . .:...::::::: . :  :. .  . .: : :... :     ...  .:  ::  .
CCDS32 SCKKSCIASRDPYCGWLS-QGSCGRV--TPGMLLLTEDFFAFHNHSAEGYEQDTEFGNTA
     520       530        540         550       560       570      

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pF1KSD PWQPCEHLDGDNSGSCLCRARSCDSPRPRCGGLDCLGPAIHIANCSRNGAWTPWSSWALC
           :                                                       
CCDS32 HLGDCHGVRWEVQSGESNQMVHMNVLITCVFAAFVLGAFIAGVAVYCYRDMFVRKNRKIH
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>>CCDS32226.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15            (1017 aa)
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Smith-Waterman score: 1108; 37.1% identity (66.2% similar) in 533 aa overlap (97-582:12-541)

         70        80        90       100        110       120     
pF1KSD VSLLLPSLTLLVSHLSSSQDVSSEPSSEQQLCALSKHPTVAF-EDLQPWVSNFTYPGARD
                                     :  .:.  .:.: :: .: ...  :  .:.
CCDS32                    MRVFLLCAYILLLMVSQLRAVSFPEDDEP-LNTVDYHYSRQ
                                  10        20         30        40

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pF1KSD FSQLALDPSGN--------QLIVGARNYLF-----RLSLANVSLLQATE--------WAS
       .  .   ::::        ::..  :. :.     ..  .:.. .  ::        : :
CCDS32 YPVFRGRPSGNESQHRLDFQLMLKIRDTLYIAGRDQVYTVNLNEMPKTEVIPNKKLTWRS
               50        60        70        80        90       100

          170       180       190        200       210       220   
pF1KSD SEDTRRSCQSKGKTEEECQNYVRVLIVAGRK-VFMCGTNAFSPMCTSRQVGNLSRTTEKI
        .. :..:  ::: ..::.:...:..  . . ::.::::::.:::   ....:    :.:
CCDS32 RQQDRENCAMKGKHKDECHNFIKVFVPRNDEMVFVCGTNAFNPMCRYYRLSTLEYDGEEI
              110       120       130       140       150       160

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pF1KSD NGVARCPYDPRHNSTAVISSQGELYAATVIDFSGRDPAIYRSLGSGPPLRTAQYNSKWLN
       .:.::::.: :....:.... :.::.::: :: . : .::::.:.:  ::: .:.:::..
CCDS32 SGLARCPFDARQTNVALFAD-GKLYSATVADFLASDAVIYRSMGDGSALRTIKYDSKWIK
              170       180        190       200       210         

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pF1KSD EPNFVAAYDIGLFAYFFLRENAVEHDC-GRTVYSRVARVCKNDVGG-RFLLEDTWTTFMK
       ::.:. : . : ..:::.:: ::::.  :..:::::::.::::.:: . .::  ::.:.:
CCDS32 EPHFLHAIEYGNYVYFFFREIAVEHNNLGKAVYSRVARICKNDMGGSQRVLEKHWTSFLK
     220       230       240       250       260       270         

             350       360          370       380       390        
pF1KSD ARLNCSRPGEVPFYYNELQSAFHLPEQD---LIYGVFTTNVNSIAASAVCAFNLSAISQA
       :::::: ::.  ::.. :::   . . .    . :::::..::: .::::::... : ..
CCDS32 ARLNCSVPGDSFFYFDVLQSITDIIQINGIPTVVGVFTTQLNSIPGSAVCAFSMDDIEKV
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pF1KSD FNGPFRYQENPRAAWLPIA-NPIPNFQCGTLPETGPNE------NLTERSLQDAQRLFLM
       :.: :. :..: ..:  .  . .:. . :   . :  :      .. ...:.  .   ::
CCDS32 FKGRFKEQKTPDSVWTAVPEDKVPKPRPGCCAKHGLAEAYKTSIDFPDETLSFIKSHPLM
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             460       470         480       490       500         
pF1KSD SEAVQPVTPEPCVTQDSVRF--SHLVVDLVQAKDTLYHVLYIGTESGTILKALS-TASRS
       . :: :.. ::  :.  ::.  . . ::   .    : :...:.:.: .::.:. :.  :
CCDS32 DSAVPPIADEPWFTKTRVRYRLTAISVDHSAGPYQNYTVIFVGSEAGMVLKVLAKTSPFS
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pF1KSD LH-GCYLEEL----HVLPPGRREPLR---SLRILHSARALFVGLRDGVLRVPLERCAAYR
       :. .  :::.    :.   .. :  .   ::.. .. .::.:.. . ..:.:: ::  : 
CCDS32 LNDSVLLEEIEAYNHAKCSAENEEDKKVISLQLDKDHHALYVAFSSCIIRIPLSRCERYG
     460       470       480       490       500       510         

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pF1KSD S-QGACLGARDPYCGWDGKQQRCSTLEDSSNMSLWTQNITACPVRNVTRDGGFGPWSPWQ
       : . .:...::::::: . :  :                                     
CCDS32 SCKKSCIASRDPYCGWLS-QGSCGRVTPGMLAEGYEQDTEFGNTAHLGDCHEILPTSTTP
     520       530        540       550       560       570        




1151 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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