Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA1253
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1253, 453 aa
  1>>>pF1KSDA1253 453 - 453 aa - 453 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8344+/-0.00102; mu= 20.4154+/- 0.061
 mean_var=68.0729+/-13.769, 0's: 0 Z-trim(104.4): 24  B-trim: 48 in 2/46
 Lambda= 0.155449
 statistics sampled from 7868 (7883) to 7868 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.598), E-opt: 0.2 (0.242), width:  16
 Scan time:  2.530

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS5125.1 SERINC1 gene_id:57515|Hs108|chr6        ( 453) 3064 696.5 1.5e-200
CCDS30662.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1      ( 455) 1792 411.2 1.1e-114
CCDS55585.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1      ( 459) 1753 402.5 4.8e-112
CCDS55584.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1      ( 459) 1749 401.6 8.9e-112
CCDS55583.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1      ( 464) 1749 401.6  9e-112
CCDS13333.1 SERINC3 gene_id:10955|Hs108|chr20      ( 473) 1341 310.1 3.2e-84
CCDS54874.1 SERINC5 gene_id:256987|Hs108|chr5      ( 461) 1124 261.4 1.4e-69
CCDS83009.1 SERINC5 gene_id:256987|Hs108|chr5      ( 420) 1006 234.9 1.2e-61
CCDS58360.1 SERINC4 gene_id:619189|Hs108|chr15     ( 518)  696 165.5 1.2e-40


>>CCDS5125.1 SERINC1 gene_id:57515|Hs108|chr6             (453 aa)
 initn: 3064 init1: 3064 opt: 3064  Z-score: 3714.1  bits: 696.5 E(32554): 1.5e-200
Smith-Waterman score: 3064; 100.0% identity (100.0% similar) in 453 aa overlap (1-453:1-453)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPCLLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVCVACVMLIPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPCLLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVCVACVMLIPG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD MEEQLNKIPGFCENEKGVVPCNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLLSLLMIKVKSSSDPRAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 MEEQLNKIPGFCENEKGVVPCNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLLSLLMIKVKSSSDPRAA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD VHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPEGTFTTVWFYVGMAGAFCFILIQLVLLIDFAHSWNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 VHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPEGTFTTVWFYVGMAGAFCFILIQLVLLIDFAHSWNE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD SWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPASCSENKAFISVNMLLC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 SWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPASCSENKAFISVNMLLC
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD VGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPETNCNPSLLSIIGYNTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 VGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPETNCNPSLLSIIGYNTT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD STVPKEGQSVQWWHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQVNKLTLTSDESTLIEDGGAR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 STVPKEGQSVQWWHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQVNKLTLTSDESTLIEDGGAR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD SDGSLEDGDDVHRAVDNERDGVTYSYSFFHFMLFLASLYIMMTLTNWYRYEPSREMKSQW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 SDGSLEDGDDVHRAVDNERDGVTYSYSFFHFMLFLASLYIMMTLTNWYRYEPSREMKSQW
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450   
pF1KSD TAVWVKISSSWIGIVLYVWTLVAPLVLTNRDFD
       :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 TAVWVKISSSWIGIVLYVWTLVAPLVLTNRDFD
              430       440       450   

>>CCDS30662.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1           (455 aa)
 initn: 1799 init1: 909 opt: 1792  Z-score: 2172.4  bits: 411.2 E(32554): 1.1e-114
Smith-Waterman score: 1792; 54.7% identity (79.7% similar) in 459 aa overlap (1-452:1-454)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPCLLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVCVACVMLIPG
       ::. :: ::. :   ::::::::.:: :::.. ::::.:::...::..:: :. .:: ::
CCDS30 MGACLGACSLLSCASCLCGSAPCILCSCCPASRNSTVSRLIFTFFLFLGVLVSIIMLSPG
               10        20        30        40        50        60

               70               80        90       100       110   
pF1KSD MEEQLNKIPGFCENEKGV-------VPCNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLLSLLMIKVKS
       .: :: :.:  ::.  :.       . :. :.::.::::.::. : :.....:::. :.:
CCDS30 VESQLYKLPWVCEEGAGIPTVLQGHIDCGSLLGYRAVYRMCFATAAFFFFFTLLMLCVSS
               70        80        90       100       110       120

           120       130       140       150       160       170   
pF1KSD SSDPRAAVHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPEGTFTTVWFYVGMAGAFCFILIQLVLLID
       : :::::..::::::::   ... .:::.::.:.::..::: :..:.: :::::::::::
CCDS30 SRDPRAAIQNGFWFFKFLILVGLTVGAFYIPDGSFTNIWFYFGVVGSFLFILIQLVLLID
              130       140       150       160       170       180

           180       190       200       210       220       230   
pF1KSD FAHSWNESWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPASCSENKAFI
       ::::::. :. : :: .:: :::.:.  : : ::::..:..:.:.:::.:..: :.:.::
CCDS30 FAHSWNQRWLGKAEECDSRAWYAGLFFFTLLFYLLSIAAVALMFMYYTEPSGCHEGKVFI
              190       200       210       220       230       240

           240       250       260       270       280       290   
pF1KSD SVNMLLCVGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPETNCNPSLLS
       :.:. .:: .:. ..:::.:..:: :::::.::::.:::..::::... :: .::: : .
CCDS30 SLNLTFCVCVSIAAVLPKVQDAQPNSGLLQASVITLYTMFVTWSALSSIPEQKCNPHLPT
              250       260       270       280       290       300

           300       310       320       330       340       350   
pF1KSD IIGYNTTSTVPKEGQSVQWWHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQVNKLTLTSDESTL
        .: .:. . : ::  .::: : .:.:::.::::... :.:.:.. :::.:  : .   .
CCDS30 QLGNETVVAGP-EGYETQWWDAPSIVGLIIFLLCTLFISLRSSDHRQVNSLMQTEECPPM
              310        320       330       340       350         

           360       370       380       390       400       410   
pF1KSD IEDGGARSDGSLEDGDDVHRAVDNERDGVTYSYSFFHFMLFLASLYIMMTLTNWYRYEPS
       ..    ... .  .:    :: :::.:::::::::::: : ::::..::::::::.   .
CCDS30 LDATQQQQQVAACEG----RAFDNEQDGVTYSYSFFHFCLVLASLHVMMTLTNWYKPGET
     360       370           380       390       400       410     

           420       430       440       450   
pF1KSD REMKSQWTAVWVKISSSWIGIVLYVWTLVAPLVLTNRDFD
       :.: : :::::::: .:: :..::.:::::::.: :::: 
CCDS30 RKMISTWTAVWVKICASWAGLLLYLWTLVAPLLLRNRDFS
         420       430       440       450     

>>CCDS55585.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1           (459 aa)
 initn: 1756 init1: 909 opt: 1753  Z-score: 2125.1  bits: 402.5 E(32554): 4.8e-112
Smith-Waterman score: 1753; 54.2% identity (79.4% similar) in 452 aa overlap (8-452:12-458)

                   10        20        30        40        50      
pF1KSD     MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPCLLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVCVACVM
                  :  .    ::::::::.:: :::.. ::::.:::...::..:: :. .:
CCDS55 MGAEGAPDFLSCPRVRRASCLCGSAPCILCSCCPASRNSTVSRLIFTFFLFLGVLVSIIM
               10        20        30        40        50        60

         60        70               80        90       100         
pF1KSD LIPGMEEQLNKIPGFCENEKGV-------VPCNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLLSLLMI
       : ::.: :: :.:  ::.  :.       . :. :.::.::::.::. : :.....:::.
CCDS55 LSPGVESQLYKLPWVCEEGAGIPTVLQGHIDCGSLLGYRAVYRMCFATAAFFFFFTLLML
               70        80        90       100       110       120

     110       120       130       140       150       160         
pF1KSD KVKSSSDPRAAVHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPEGTFTTVWFYVGMAGAFCFILIQLV
        :.:: :::::..::::::::   ... .:::.::.:.::..::: :..:.: :::::::
CCDS55 CVSSSRDPRAAIQNGFWFFKFLILVGLTVGAFYIPDGSFTNIWFYFGVVGSFLFILIQLV
              130       140       150       160       170       180

     170       180       190       200       210       220         
pF1KSD LLIDFAHSWNESWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPASCSEN
       ::::::::::. :. : :: .:: :::.:.  : : ::::..:..:.:.:::.:..: :.
CCDS55 LLIDFAHSWNQRWLGKAEECDSRAWYAGLFFFTLLFYLLSIAAVALMFMYYTEPSGCHEG
              190       200       210       220       230       240

     230       240       250       260       270       280         
pF1KSD KAFISVNMLLCVGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPETNCNP
       :.:::.:. .:: .:. ..:::.:..:: :::::.::::.:::..::::... :: .:::
CCDS55 KVFISLNLTFCVCVSIAAVLPKVQDAQPNSGLLQASVITLYTMFVTWSALSSIPEQKCNP
              250       260       270       280       290       300

     290       300       310       320       330       340         
pF1KSD SLLSIIGYNTTSTVPKEGQSVQWWHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQVNKLTLTSD
        : . .: .:. . : ::  .::: : .:.:::.::::... :.:.:.. :::.:  : .
CCDS55 HLPTQLGNETVVAGP-EGYETQWWDAPSIVGLIIFLLCTLFISLRSSDHRQVNSLMQTEE
              310        320       330       340       350         

     350       360       370       380       390       400         
pF1KSD ESTLIEDGGARSDGSLEDGDDVHRAVDNERDGVTYSYSFFHFMLFLASLYIMMTLTNWYR
          ...    ... .  .:    :: :::.:::::::::::: : ::::..::::::::.
CCDS55 CPPMLDATQQQQQVAACEG----RAFDNEQDGVTYSYSFFHFCLVLASLHVMMTLTNWYK
     360       370           380       390       400       410     

     410       420       430       440       450   
pF1KSD YEPSREMKSQWTAVWVKISSSWIGIVLYVWTLVAPLVLTNRDFD
          .:.: : :::::::: .:: :..::.:::::::.: :::: 
CCDS55 PGETRKMISTWTAVWVKICASWAGLLLYLWTLVAPLLLRNRDFS
         420       430       440       450         

>>CCDS55584.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1           (459 aa)
 initn: 1756 init1: 909 opt: 1749  Z-score: 2120.2  bits: 401.6 E(32554): 8.9e-112
Smith-Waterman score: 1749; 55.0% identity (80.4% similar) in 444 aa overlap (16-452:20-458)

                   10        20        30        40        50      
pF1KSD     MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPCLLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVCVACVM
                          ::::::::.:: :::.. ::::.:::...::..:: :. .:
CCDS55 MRSMRLREEESPGPSHTASCLCGSAPCILCSCCPASRNSTVSRLIFTFFLFLGVLVSIIM
               10        20        30        40        50        60

         60        70               80        90       100         
pF1KSD LIPGMEEQLNKIPGFCENEKGV-------VPCNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLLSLLMI
       : ::.: :: :.:  ::.  :.       . :. :.::.::::.::. : :.....:::.
CCDS55 LSPGVESQLYKLPWVCEEGAGIPTVLQGHIDCGSLLGYRAVYRMCFATAAFFFFFTLLML
               70        80        90       100       110       120

     110       120       130       140       150       160         
pF1KSD KVKSSSDPRAAVHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPEGTFTTVWFYVGMAGAFCFILIQLV
        :.:: :::::..::::::::   ... .:::.::.:.::..::: :..:.: :::::::
CCDS55 CVSSSRDPRAAIQNGFWFFKFLILVGLTVGAFYIPDGSFTNIWFYFGVVGSFLFILIQLV
              130       140       150       160       170       180

     170       180       190       200       210       220         
pF1KSD LLIDFAHSWNESWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPASCSEN
       ::::::::::. :. : :: .:: :::.:.  : : ::::..:..:.:.:::.:..: :.
CCDS55 LLIDFAHSWNQRWLGKAEECDSRAWYAGLFFFTLLFYLLSIAAVALMFMYYTEPSGCHEG
              190       200       210       220       230       240

     230       240       250       260       270       280         
pF1KSD KAFISVNMLLCVGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPETNCNP
       :.:::.:. .:: .:. ..:::.:..:: :::::.::::.:::..::::... :: .:::
CCDS55 KVFISLNLTFCVCVSIAAVLPKVQDAQPNSGLLQASVITLYTMFVTWSALSSIPEQKCNP
              250       260       270       280       290       300

     290       300       310       320       330       340         
pF1KSD SLLSIIGYNTTSTVPKEGQSVQWWHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQVNKLTLTSD
        : . .: .:. . : ::  .::: : .:.:::.::::... :.:.:.. :::.:  : .
CCDS55 HLPTQLGNETVVAGP-EGYETQWWDAPSIVGLIIFLLCTLFISLRSSDHRQVNSLMQTEE
              310        320       330       340       350         

     350       360       370       380       390       400         
pF1KSD ESTLIEDGGARSDGSLEDGDDVHRAVDNERDGVTYSYSFFHFMLFLASLYIMMTLTNWYR
          ...    ... .  .:    :: :::.:::::::::::: : ::::..::::::::.
CCDS55 CPPMLDATQQQQQVAACEG----RAFDNEQDGVTYSYSFFHFCLVLASLHVMMTLTNWYK
     360       370           380       390       400       410     

     410       420       430       440       450   
pF1KSD YEPSREMKSQWTAVWVKISSSWIGIVLYVWTLVAPLVLTNRDFD
          .:.: : :::::::: .:: :..::.:::::::.: :::: 
CCDS55 PGETRKMISTWTAVWVKICASWAGLLLYLWTLVAPLLLRNRDFS
         420       430       440       450         

>>CCDS55583.1 SERINC2 gene_id:347735|Hs108|chr1           (464 aa)
 initn: 1756 init1: 909 opt: 1749  Z-score: 2120.2  bits: 401.6 E(32554): 9e-112
Smith-Waterman score: 1749; 55.0% identity (80.4% similar) in 444 aa overlap (16-452:25-463)

                        10        20        30        40        50 
pF1KSD          MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPCLLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVC
                               ::::::::.:: :::.. ::::.:::...::..:: 
CCDS55 MDGRMMRSMRLREEESPGPSHTASCLCGSAPCILCSCCPASRNSTVSRLIFTFFLFLGVL
               10        20        30        40        50        60

              60        70               80        90       100    
pF1KSD VACVMLIPGMEEQLNKIPGFCENEKGV-------VPCNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLL
       :. .:: ::.: :: :.:  ::.  :.       . :. :.::.::::.::. : :....
CCDS55 VSIIMLSPGVESQLYKLPWVCEEGAGIPTVLQGHIDCGSLLGYRAVYRMCFATAAFFFFF
               70        80        90       100       110       120

          110       120       130       140       150       160    
pF1KSD SLLMIKVKSSSDPRAAVHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPEGTFTTVWFYVGMAGAFCFI
       .:::. :.:: :::::..::::::::   ... .:::.::.:.::..::: :..:.: ::
CCDS55 TLLMLCVSSSRDPRAAIQNGFWFFKFLILVGLTVGAFYIPDGSFTNIWFYFGVVGSFLFI
              130       140       150       160       170       180

          170       180       190       200       210       220    
pF1KSD LIQLVLLIDFAHSWNESWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPA
       :::::::::::::::. :. : :: .:: :::.:.  : : ::::..:..:.:.:::.:.
CCDS55 LIQLVLLIDFAHSWNQRWLGKAEECDSRAWYAGLFFFTLLFYLLSIAAVALMFMYYTEPS
              190       200       210       220       230       240

          230       240       250       260       270       280    
pF1KSD SCSENKAFISVNMLLCVGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPE
       .: :.:.:::.:. .:: .:. ..:::.:..:: :::::.::::.:::..::::... ::
CCDS55 GCHEGKVFISLNLTFCVCVSIAAVLPKVQDAQPNSGLLQASVITLYTMFVTWSALSSIPE
              250       260       270       280       290       300

          290       300       310       320       330       340    
pF1KSD TNCNPSLLSIIGYNTTSTVPKEGQSVQWWHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQVNKL
        .::: : . .: .:. . : ::  .::: : .:.:::.::::... :.:.:.. :::.:
CCDS55 QKCNPHLPTQLGNETVVAGP-EGYETQWWDAPSIVGLIIFLLCTLFISLRSSDHRQVNSL
              310       320        330       340       350         

          350       360       370       380       390       400    
pF1KSD TLTSDESTLIEDGGARSDGSLEDGDDVHRAVDNERDGVTYSYSFFHFMLFLASLYIMMTL
         : .   ...    ... .  .:    :: :::.:::::::::::: : ::::..::::
CCDS55 MQTEECPPMLDATQQQQQVAACEG----RAFDNEQDGVTYSYSFFHFCLVLASLHVMMTL
     360       370       380           390       400       410     

          410       420       430       440       450   
pF1KSD TNWYRYEPSREMKSQWTAVWVKISSSWIGIVLYVWTLVAPLVLTNRDFD
       ::::.   .:.: : :::::::: .:: :..::.:::::::.: :::: 
CCDS55 TNWYKPGETRKMISTWTAVWVKICASWAGLLLYLWTLVAPLLLRNRDFS
         420       430       440       450       460    

>>CCDS13333.1 SERINC3 gene_id:10955|Hs108|chr20           (473 aa)
 initn: 1685 init1: 1040 opt: 1341  Z-score: 1625.6  bits: 310.1 E(32554): 3.2e-84
Smith-Waterman score: 1859; 59.2% identity (82.5% similar) in 473 aa overlap (1-452:1-472)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPCLLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVCVACVMLIPG
       ::.:::. :.:::.::::..: :::: :::...::::::::::..::... :. .:    
CCDS13 MGAVLGVFSLASWVPCLCSGASCLLCSCCPNSKNSTVTRLIYAFILLLSTVVSYIMQRKE
               10        20        30        40        50        60

               70             80           90       100       110  
pF1KSD MEEQLNKIPGFCE-----NEKGVVP---CNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLLSLLMIKVK
       ::  :.:::::::     .:  .     :..:::::::::. :..:.:....::::.:::
CCDS13 METYLKKIPGFCEGGFKIHEADINADKDCDVLVGYKAVYRISFAMAIFFFVFSLLMFKVK
               70        80        90       100       110       120

            120       130       140       150       160       170  
pF1KSD SSSDPRAAVHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPEGTFTTVWFYVGMAGAFCFILIQLVLLI
       .:.: ::::::::::::.:: :.:..:.:.:: : :..::: ::: ::  :::::::::.
CCDS13 TSKDLRAAVHNGFWFFKIAALIGIMVGSFYIPGGYFSSVWFVVGMIGAALFILIQLVLLV
              130       140       150       160       170       180

            180       190       200       210       220       230  
pF1KSD DFAHSWNESWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPASCSENKAF
       :::::::::::..::::: : ::::::: :.  :.::.. . :...:::.: .:.::: :
CCDS13 DFAHSWNESWVNRMEEGNPRLWYAALLSFTSAFYILSIICVGLLYTYYTKPDGCTENKFF
              190       200       210       220       230       240

            240       250       260       270       280       290  
pF1KSD ISVNMLLCVGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPETNCNPSLL
       ::.:..::: ::..:: ::::: ::::::::::.::.::::::::::.:::. .:::.:.
CCDS13 ISINLILCVVASIISIHPKIQEHQPRSGLLQSSLITLYTMYLTWSAMSNEPDRSCNPNLM
              250       260       270       280       290       300

                     300          310       320       330       340
pF1KSD SIIGY---------NTTSTVPKE---GQSVQWWHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQ
       :.:           :.:..::     ..: .   ....:::..:.::..:::::::.:::
CCDS13 SFITRITAPTLAPGNSTAVVPTPTPPSKSGSLLDSDNFIGLFVFVLCLLYSSIRTSTNSQ
              310       320       330       340       350       360

              350       360       370       380       390       400
pF1KSD VNKLTLTSDESTLIEDGGARSDGSLEDGDDVHRAVDNERDGVTYSYSFFHFMLFLASLYI
       :.::::....:... :  . . .. :::.  .::::::..:: ::::.::.:: ::::::
CCDS13 VDKLTLSGSDSVILGDTTTSGASDEEDGQP-RRAVDNEKEGVQYSYSLFHLMLCLASLYI
              370       380       390        400       410         

              410        420       430       440       450   
pF1KSD MMTLTNWYRYEPS-REMKSQWTAVWVKISSSWIGIVLYVWTLVAPLVLTNRDFD
       :::::.::  . . . : :.: ::::::::::. ..:::::::::::::.::: 
CCDS13 MMTLTSWYSPDAKFQSMTSKWPAVWVKISSSWVCLLLYVWTLVAPLVLTSRDFS
     420       430       440       450       460       470   

>>CCDS54874.1 SERINC5 gene_id:256987|Hs108|chr5           (461 aa)
 initn: 919 init1: 266 opt: 1124  Z-score: 1362.7  bits: 261.4 E(32554): 1.4e-69
Smith-Waterman score: 1124; 40.0% identity (68.3% similar) in 460 aa overlap (11-452:7-459)

               10        20         30        40        50         
pF1KSD MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPC-LLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVCVACVMLIP
                 :. . : :::: : : : :::   .:  ::..:::.... : . :.:.  
CCDS54     MSAQCCAGQLACCCGSAGCSLCCDCCPRIRQSLSTRFMYALYFILVVVLCCIMMST
                   10        20        30        40        50      

      60         70        80           90       100       110     
pF1KSD GMEEQLNK-IPGFCENEKGVVP---CNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLLSLLMIKVKSSS
        . ..... :: : .  ::.     :. ::::.::::.:::.: :.... :: .:...:.
CCDS54 TVAHKMKEHIPFFEDMCKGIKAGDTCEKLVGYSAVYRVCFGMACFFFIFCLLTLKINNSK
         60        70        80        90       100       110      

         120       130       140        150       160       170    
pF1KSD DPRAAVHNGFWFFKFAAAIAIIIGAFFIPE-GTFTTVWFYVGMAGAFCFILIQLVLLIDF
       . :: .::::::::.    :.  ::::::.  :: ..: ::: .:.: :: :::.::..:
CCDS54 SCRAHIHNGFWFFKLLLLGAMCSGAFFIPDQDTFLNAWRYVGAVGGFLFIGIQLLLLVEF
        120       130       140       150       160       170      

          180       190       200       210       220       230    
pF1KSD AHSWNESWVEKMEEGNSRCWYAALLSATALNYLLSLVAIVLFFVYYTHPASCSENKAFIS
       ::.::..:.     .... :::.:  .: . : ..  ..::. :.::.  :: ::: ...
CCDS54 AHKWNKNWTAG--TASNKLWYASLALVTLIMYSIATGGLVLMAVFYTQKDSCMENKILLG
        180         190       200       210       220       230    

          240       250       260       270       280       290    
pF1KSD VNMLLCVGASVMSILPKIQESQPRSGLLQSSVITVYTMYLTWSAMTNEPETNCNPSLLSI
       ::  ::.  :...: : .:. ::.::::::.::. :. :::.::....:       .:. 
CCDS54 VNGGLCLLISLVAISPWVQNRQPHSGLLQSGVISCYVTYLTFSALSSKPAE----VVLDE
          240       250       260       270       280           290

          300       310        320       330       340             
pF1KSD IGYNTTSTVPKEGQSVQW-WHAQGIIGLILFLLCVFYSSIRTSNNSQVNKLT-------L
        : :.:  ::  ::..    .   :.:  :.. :..:: . ... :. . :        :
CCDS54 HGKNVTICVPDFGQDLYRDENLVTILGTSLLIGCILYSCLTSTTRSSSDALQGRYAAPEL
              300       310       320       330       340       350

        350       360       370       380       390       400      
pF1KSD TSDESTLIEDGGARSDGSLEDGDDVHRAVDNERDGVTYSYSFFHFMLFLASLYIMMTLTN
          .  .  . :...    . : .  :.. .:. :..: ::.:::..::::::.:::.::
CCDS54 EIARCCFCFSPGGEDTEEQQPGKEGPRVIYDEKKGTVYIYSYFHFVFFLASLYVMMTVTN
              360       370       380       390       400       410

        410           420       430       440       450    
pF1KSD WYRYEPSREMKS----QWTAVWVKISSSWIGIVLYVWTLVAPLVLTNRDFD 
       :. :: : ...:    .:.  :::..: :: ..::. ::::::   .:.:  
CCDS54 WFNYE-SANIESFFSGSWSIFWVKMASCWICVLLYLCTLVAPLCCPTREFSV
               420       430       440       450       460 

>>CCDS83009.1 SERINC5 gene_id:256987|Hs108|chr5           (420 aa)
 initn: 780 init1: 266 opt: 1006  Z-score: 1220.2  bits: 234.9 E(32554): 1.2e-61
Smith-Waterman score: 1006; 39.5% identity (68.3% similar) in 413 aa overlap (11-409:7-413)

               10        20         30        40        50         
pF1KSD MGSVLGLCSMASWIPCLCGSAPC-LLCRCCPSGNNSTVTRLIYALFLLVGVCVACVMLIP
                 :. . : :::: : : : :::   .:  ::..:::.... : . :.:.  
CCDS83     MSAQCCAGQLACCCGSAGCSLCCDCCPRIRQSLSTRFMYALYFILVVVLCCIMMST
                   10        20        30        40        50      

      60         70        80           90       100       110     
pF1KSD GMEEQLNK-IPGFCENEKGVVP---CNILVGYKAVYRLCFGLAMFYLLLSLLMIKVKSSS
        . ..... :: : .  ::.     :. ::::.::::.:::.: :.... :: .:...:.
CCDS83 TVAHKMKEHIPFFEDMCKGIKAGDTCEKLVGYSAVYRVCFGMACFFFIFCLLTLKINNSK
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         120       130       140        150       160       170    
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CCDS83 AHKWNKNWTAG--TASNKLWYASLALVTLIMYSIATGGLVLMAVFYTQKDSCMENKILLG
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       ::  ::.  :...: : .:. ::.::::::.::. :. :::.::....:       .:. 
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        : :.:  ::  ::..    .   :.:  :.. :..:: . ... :. . :        :
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       :..                                            
CCDS83 WFKSAFHLLP                                     
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