Result of FASTA (omim) for pF1KSDA1195
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA1195, 709 aa
  1>>>pF1KSDA1195 709 - 709 aa - 709 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0470+/-0.000394; mu= 16.3410+/- 0.024
 mean_var=86.1899+/-17.479, 0's: 0 Z-trim(112.7): 36  B-trim: 615 in 1/55
 Lambda= 0.138148
 statistics sampled from 21714 (21740) to 21714 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.619), E-opt: 0.2 (0.255), width:  16
 Scan time: 11.710

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_057382 (OMIM: 609107) F-box only protein 40 [Ho ( 709) 4838 974.8       0
XP_005267216 (OMIM: 609101) PREDICTED: F-box only  ( 745)  601 130.4 2.6e-29
XP_011534479 (OMIM: 609101) PREDICTED: F-box only  ( 745)  601 130.4 2.6e-29
NP_115521 (OMIM: 609101) F-box only protein 30 [Ho ( 745)  601 130.4 2.6e-29
XP_016866842 (OMIM: 609101) PREDICTED: F-box only  ( 745)  601 130.4 2.6e-29


>>NP_057382 (OMIM: 609107) F-box only protein 40 [Homo s  (709 aa)
 initn: 4838 init1: 4838 opt: 4838  Z-score: 5211.5  bits: 974.8 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4838; 100.0% identity (100.0% similar) in 709 aa overlap (1-709:1-709)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MGKARRSPPGHHRHCEGCFNRHCHIPVEPNTSCLVISCHLLCGATFHMCKEAEHQLLCPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 MGKARRSPPGHHRHCEGCFNRHCHIPVEPNTSCLVISCHLLCGATFHMCKEAEHQLLCPL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD EQVPCLNSEYGCPLSMSRHKLAKHLQVCPASVVCCSMEWNRWPNVDSETTLHENIMKETP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 EQVPCLNSEYGCPLSMSRHKLAKHLQVCPASVVCCSMEWNRWPNVDSETTLHENIMKETP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD SEECLDTALALQDQKVLFRSLKMVELFPETREATEEEPTMNGETSVEEMGGAVGGVDIGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SEECLDTALALQDQKVLFRSLKMVELFPETREATEEEPTMNGETSVEEMGGAVGGVDIGL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD VPHGLSATNGEMAELSQEEREVLAKTKEGMDLVKFGQWENIFSKEHAASALTNSSASCES
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 VPHGLSATNGEMAELSQEEREVLAKTKEGMDLVKFGQWENIFSKEHAASALTNSSASCES
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD KNKNDSEKEQISSGHNMVEGEGAPKKKEPQENQKQQDVRTAMETTGLAPWQDGVLERLKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 KNKNDSEKEQISSGHNMVEGEGAPKKKEPQENQKQQDVRTAMETTGLAPWQDGVLERLKT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD AVDAKDYNMYLVHNGRMLIHFGQMPACTPKERDFVYGKLEAQEVKTVYTFKVPVSYCGKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 AVDAKDYNMYLVHNGRMLIHFGQMPACTPKERDFVYGKLEAQEVKTVYTFKVPVSYCGKR
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD ARLGDAMLSCKPSEHKAVDTSDLGITVEDLPKSDLIKTTLQCALERELKGHVISESRSID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 ARLGDAMLSCKPSEHKAVDTSDLGITVEDLPKSDLIKTTLQCALERELKGHVISESRSID
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD GLFMDFATQTYNFEPEQFSSGTVLADLTAATPGGLHVELHSECVTRRHNKSSSAFTFTCN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 GLFMDFATQTYNFEPEQFSSGTVLADLTAATPGGLHVELHSECVTRRHNKSSSAFTFTCN
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD KFFRRDEFPLHFKNVHTDIQSCLNGWFQHRCPLAYLGCTFVQNHFRPPGQKAKVIYSQEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 KFFRRDEFPLHFKNVHTDIQSCLNGWFQHRCPLAYLGCTFVQNHFRPPGQKAKVIYSQEL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD KTFAIKPEVAPELSEGRKNNHLLGHGGKSQNSLTSLPLEILKYIAGFLDSVSLAQLSQVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 KTFAIKPEVAPELSEGRKNNHLLGHGGKSQNSLTSLPLEILKYIAGFLDSVSLAQLSQVS
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD VLMRNICATLLQERGMVLLQWKKKRYSHGGTSWRVHREIWQFSSLFSKIKSWEFNEVTSM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 VLMRNICATLLQERGMVLLQWKKKRYSHGGTSWRVHREIWQFSSLFSKIKSWEFNEVTSM
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700         
pF1KSD SEHLKSCPFNIVEHKTDPILLTSMCQPREQARESLVSTFRIRPRGRYVS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_057 SEHLKSCPFNIVEHKTDPILLTSMCQPREQARESLVSTFRIRPRGRYVS
              670       680       690       700         

>>XP_005267216 (OMIM: 609101) PREDICTED: F-box only prot  (745 aa)
 initn: 1544 init1: 578 opt: 601  Z-score: 647.3  bits: 130.4 E(85289): 2.6e-29
Smith-Waterman score: 1462; 35.6% identity (65.4% similar) in 739 aa overlap (11-693:6-733)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MGKARRSPPGHHRHCEGCFNRHCHIPVEPNTSCLVISCHLLCGATFHMCKEAEHQLLCPL
                 .: :: .: .:.:    ::. :: .:.: :.:::.:: ::  ::.::::.
XP_005      MEEELQHSHCVNCVSRRCMTRPEPGISCDLIGCPLVCGAVFHSCKADEHRLLCPF
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD EQVPCLNSEYGCPLSMSRHKLAKHLQVCPASVVCCSMEWNRWPNVDSETTLHENIMKETP
       :.::::::..:::..:.:.:.:.::..::::::::.:::::::   ..   .::. ... 
XP_005 ERVPCLNSDFGCPFTMARNKVAEHLEMCPASVVCCTMEWNRWPVSYADRKSYENLSRDVD
          60        70        80        90       100       110     

              130       140        150       160       170         
pF1KSD SEECLDTALALQDQKVLFRSLKMVELFPE-TREATEEEPTMNGETSVEEMGGAVGGVDI-
           :: :::::::..:..:::.. .. . : .... .  .. ..:: :.  : : :.. 
XP_005 EVAQLDMALALQDQRMLLESLKVATMMSKATDKVSKPREQISVKSSVPEIPHANGLVSVD
         120       130       140       150       160       170     

          180       190           200                    210       
pF1KSD ----GLVPHGLSATNGEMAE----LSQEEREV-------------LAKTKEGMDLVKFGQ
           : . ..   :.  .:     :.   :..               ...:...  .. .
XP_005 EESYGALYQATVETTRSLAAALDILNTATRDIGMLNTSVPNDMDEQQNARESLEDQNLKD
         180       190       200       210       220       230     

       220       230            240       250        260           
pF1KSD WENIFSKEHAASAL-----TNSSASCESKNKNDSEKEQISSGHNMVE-GEGAPKK----K
        .... .: .: .      ::..:. :.....:   .  .:...     .: : .    .
XP_005 QDHLYEEEIGAVGGIDYNDTNQNAQSEQNGSSDLLCDLNTSSYDTSALCNGFPLENICTQ
         240       250       260       270       280       290     

       270        280        290       300        310          320 
pF1KSD EPQENQKQQ-DVRTAMETTG-LAPWQDGVLERLKT-AVDAKDYNMY---LVHNGRMLIHF
         ..::. . : . .  :.:  .  .::. .  .. :: :.  ..     . ::   .. 
XP_005 VIDQNQNLHGDSKQSNLTNGDCVASSDGTSKPSSSLAVAAQLREIIPSSALPNGT--VQH
         300       310       320       330       340       350     

             330       340       350       360       370       380 
pF1KSD GQMPACTPKERDFVYGKLEAQEVKTVYTFKVPVSYCGKRARLGDAMLSCKPSEHKAVDTS
         ::     : .. . :..  .::.: ...   :.  .   :...  : ::.: ::::::
XP_005 ILMPD-DEGEGELCWKKVDLGDVKNVDVLS--FSHAPSFNFLSNSCWS-KPKEDKAVDTS
            360       370       380         390        400         

                390       400       410       420       430        
pF1KSD DLGITVED---LPKSDLIKTTLQCALERELKGHVISESRSIDGLFMDFATQTYNFEPEQF
       :: .. ::   :   ::: ..:   :     :. ::.::  :   .: .:::...    .
XP_005 DLEVA-EDPMGLQGIDLITAALLFCLGDSPGGRGISDSRMADIYHIDVGTQTFSLPSAIL
     410        420       430       440       450       460        

      440       450                     460       470       480    
pF1KSD SSGTVLADLTAAT-----------PGG---LHVELHSECVTRRHNKSSSAFTFTCNKFFR
       ...:.......:.           :.    : ..:  :::.: . :. : :::.:...::
XP_005 ATSTMVGEIASASACDHANPQLSNPSPFQTLGLDLVLECVARYQPKQRSMFTFVCGQLFR
      470       480       490       500       510       520        

          490       500       510       520       530       540    
pF1KSD RDEFPLHFKNVHTDIQSCLNGWFQHRCPLAYLGCTFVQNHFRPPGQKAKVIYSQELKTFA
       : ::  :::::: ::.. ::::...:::::: :::. : .: :  : ::.:....:..:.
XP_005 RKEFSSHFKNVHGDIHAGLNGWMEQRCPLAYYGCTYSQRRFCPSIQGAKIIHDRHLRSFG
      530       540       550       560       570       580        

          550       560       570       580       590       600    
pF1KSD IKPEVAPELSEGRKNNHLLGHGGKSQNSLTSLPLEILKYIAGFLDSVSLAQLSQVSVLMR
       ..: :.  : :  .:  :    :  .. :.:::.:.:..::::::. :: ::: :: :::
XP_005 VQPCVSTVLVEPARNCVL----GLHNDHLSSLPFEVLQHIAGFLDGFSLCQLSCVSKLMR
      590       600           610       620       630       640    

          610       620       630       640       650       660    
pF1KSD NICATLLQERGMVLLQWKKKRYSHGGTSWRVHREIWQFSSLFSKIKSWEFNEVTSMSEHL
       ..:..::: ::::.::: :..: .:..::......:.::. : ... :.: .. ::..::
XP_005 DVCGSLLQSRGMVILQWGKRKYPEGNSSWQIKEKVWRFSTAFCSVNEWKFADILSMADHL
          650       660       670       680       690       700    

          670       680       690       700         
pF1KSD KSCPFNIVEHKTDPILLTSMCQPREQARESLVSTFRIRPRGRYVS
       :.: .:.::.. . : :  ::  :: ..:                
XP_005 KKCSYNVVEKREEAIPLPCMCVTRELTKEGRSLRSVLKPVL    
          710       720       730       740         

>>XP_011534479 (OMIM: 609101) PREDICTED: F-box only prot  (745 aa)
 initn: 1544 init1: 578 opt: 601  Z-score: 647.3  bits: 130.4 E(85289): 2.6e-29
Smith-Waterman score: 1462; 35.6% identity (65.4% similar) in 739 aa overlap (11-693:6-733)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MGKARRSPPGHHRHCEGCFNRHCHIPVEPNTSCLVISCHLLCGATFHMCKEAEHQLLCPL
                 .: :: .: .:.:    ::. :: .:.: :.:::.:: ::  ::.::::.
XP_011      MEEELQHSHCVNCVSRRCMTRPEPGISCDLIGCPLVCGAVFHSCKADEHRLLCPF
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD EQVPCLNSEYGCPLSMSRHKLAKHLQVCPASVVCCSMEWNRWPNVDSETTLHENIMKETP
       :.::::::..:::..:.:.:.:.::..::::::::.:::::::   ..   .::. ... 
XP_011 ERVPCLNSDFGCPFTMARNKVAEHLEMCPASVVCCTMEWNRWPVSYADRKSYENLSRDVD
          60        70        80        90       100       110     

              130       140        150       160       170         
pF1KSD SEECLDTALALQDQKVLFRSLKMVELFPE-TREATEEEPTMNGETSVEEMGGAVGGVDI-
           :: :::::::..:..:::.. .. . : .... .  .. ..:: :.  : : :.. 
XP_011 EVAQLDMALALQDQRMLLESLKVATMMSKATDKVSKPREQISVKSSVPEIPHANGLVSVD
         120       130       140       150       160       170     

          180       190           200                    210       
pF1KSD ----GLVPHGLSATNGEMAE----LSQEEREV-------------LAKTKEGMDLVKFGQ
           : . ..   :.  .:     :.   :..               ...:...  .. .
XP_011 EESYGALYQATVETTRSLAAALDILNTATRDIGMLNTSVPNDMDEQQNARESLEDQNLKD
         180       190       200       210       220       230     

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pF1KSD WENIFSKEHAASAL-----TNSSASCESKNKNDSEKEQISSGHNMVE-GEGAPKK----K
        .... .: .: .      ::..:. :.....:   .  .:...     .: : .    .
XP_011 QDHLYEEEIGAVGGIDYNDTNQNAQSEQNGSSDLLCDLNTSSYDTSALCNGFPLENICTQ
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pF1KSD EPQENQKQQ-DVRTAMETTG-LAPWQDGVLERLKT-AVDAKDYNMY---LVHNGRMLIHF
         ..::. . : . .  :.:  .  .::. .  .. :: :.  ..     . ::   .. 
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pF1KSD GQMPACTPKERDFVYGKLEAQEVKTVYTFKVPVSYCGKRARLGDAMLSCKPSEHKAVDTS
         ::     : .. . :..  .::.: ...   :.  .   :...  : ::.: ::::::
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       :: .. ::   :   ::: ..:   :     :. ::.::  :   .: .:::...    .
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pF1KSD SSGTVLADLTAAT-----------PGG---LHVELHSECVTRRHNKSSSAFTFTCNKFFR
       ...:.......:.           :.    : ..:  :::.: . :. : :::.:...::
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       : ::  :::::: ::.. ::::...:::::: :::. : .: :  : ::.:....:..:.
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       ..: :.  : :  .:  :    :  .. :.:::.:.:..::::::. :: ::: :: :::
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pF1KSD NICATLLQERGMVLLQWKKKRYSHGGTSWRVHREIWQFSSLFSKIKSWEFNEVTSMSEHL
       ..:..::: ::::.::: :..: .:..::......:.::. : ... :.: .. ::..::
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pF1KSD KSCPFNIVEHKTDPILLTSMCQPREQARESLVSTFRIRPRGRYVS
       :.: .:.::.. . : :  ::  :: ..:                
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                 .: :: .: .:.:    ::. :: .:.: :.:::.:: ::  ::.::::.
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pF1KSD WENIFSKEHAASAL-----TNSSASCESKNKNDSEKEQISSGHNMVE-GEGAPKK----K
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pF1KSD EPQENQKQQ-DVRTAMETTG-LAPWQDGVLERLKT-AVDAKDYNMY---LVHNGRMLIHF
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NP_115 VIDQNQNLHGDSKQSNLTNGDCVASSDGTSKPSSSLAVAAQLREIIPSSALPNGT--VQH
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pF1KSD GQMPACTPKERDFVYGKLEAQEVKTVYTFKVPVSYCGKRARLGDAMLSCKPSEHKAVDTS
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       :: .. ::   :   ::: ..:   :     :. ::.::  :   .: .:::...    .
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pF1KSD SSGTVLADLTAAT-----------PGG---LHVELHSECVTRRHNKSSSAFTFTCNKFFR
       ...:.......:.           :.    : ..:  :::.: . :. : :::.:...::
NP_115 ATSTMVGEIASASACDHANPQLSNPSPFQTLGLDLVLECVARYQPKQRSMFTFVCGQLFR
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       : ::  :::::: ::.. ::::...:::::: :::. : .: :  : ::.:....:..:.
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pF1KSD NICATLLQERGMVLLQWKKKRYSHGGTSWRVHREIWQFSSLFSKIKSWEFNEVTSMSEHL
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NP_115 DVCGSLLQSRGMVILQWGKRKYPEGNSSWQIKEKVWRFSTAFCSVNEWKFADILSMADHL
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       :.: .:.::.. . : :  ::  :: ..:                
NP_115 KKCSYNVVEKREEAIPLPCMCVTRELTKEGRSLRSVLKPVL    
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>>XP_016866842 (OMIM: 609101) PREDICTED: F-box only prot  (745 aa)
 initn: 1544 init1: 578 opt: 601  Z-score: 647.3  bits: 130.4 E(85289): 2.6e-29
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pF1KSD EPQENQKQQ-DVRTAMETTG-LAPWQDGVLERLKT-AVDAKDYNMY---LVHNGRMLIHF
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pF1KSD GQMPACTPKERDFVYGKLEAQEVKTVYTFKVPVSYCGKRARLGDAMLSCKPSEHKAVDTS
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XP_016 ILMPD-DEGEGELCWKKVDLGDVKNVDVLS--FSHAPSFNFLSNSCWS-KPKEDKAVDTS
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