Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0552
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0552, 673 aa
  1>>>pF1KSDA0552 673 - 673 aa - 673 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.0299+/-0.000981; mu= -4.6520+/- 0.059
 mean_var=361.6578+/-74.154, 0's: 0 Z-trim(115.6): 17  B-trim: 123 in 2/53
 Lambda= 0.067441
 statistics sampled from 16130 (16143) to 16130 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.778), E-opt: 0.2 (0.496), width:  16
 Scan time:  4.400

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS63218.1 LZTS3 gene_id:9762|Hs108|chr20         ( 627) 2415 249.0 1.5e-65
CCDS7507.1 LZTS2 gene_id:84445|Hs108|chr10         ( 669)  994 110.8 6.4e-24
CCDS6015.1 LZTS1 gene_id:11178|Hs108|chr8          ( 596)  562 68.7 2.7e-11


>>CCDS63218.1 LZTS3 gene_id:9762|Hs108|chr20              (627 aa)
 initn: 2455 init1: 2375 opt: 2415  Z-score: 1290.5  bits: 249.0 E(32554): 1.5e-65
Smith-Waterman score: 4035; 93.2% identity (93.2% similar) in 673 aa overlap (1-673:1-627)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAKLETLPVRADPGRDPLLAFAPRPSELGPPDPRLAMGSVGSGVAHAQEFAMKSVGTRTG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 MAKLETLPVRADPGRDPLLAFAPRPSELGPPDPRLAMGSVGSGVAHAQEFAMKSVGTRTG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD GGGSQGSFPGPRGSGSGASRERPGRYPSEDKGLANSLYLNGELRGSDHTDVCGNVVGSSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 GGGSQGSFPGPRGSGSGASRERPGRYPSEDKGLANSLYLNGELRGSDHTDVCGNVVGSSG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD GSSSSGGSDKAPPQYREPSHPPKLLATSGKLDQCSEPLVRPSAFKPVVPKNFHSMQNLCP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 GSSSSGGSDKAPPQYREPSHPPKLLATSGKLDQCSEPLVRPSAFKPVVPKNFHSMQNLCP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD PQTNGTPEGRQGPGGLKGGLDKSRTMTPAGGSGSGLSDSGRNSLTSLPTYSSSYSQHLAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 PQTNGTPEGRQGPGGLKGGLDKSRTMTPAGGSGSGLSDSGRNSLTSLPTYSSSYSQHLAP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD LSASTSHINRIGTASYGSGSGGSSGGGSGYQDLGTSDSGRASSKSGSSSSMGRPGHLGSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 LSASTSHINRIGTASYGSGSGGSSGGGSGYQDLGTSDSGRASSKSGSSSSMGRPGHLGSG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD EGGGGGLPFAACSPPSPSALIQELEERLWEKEQEVAALRRSLEQSEAAVAQVLEERQKAW
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::         
CCDS63 EGGGGGLPFAACSPPSPSALIQELEERLWEKEQEVAALRRSLEQSEAAVAQ---------
              310       320       330       340       350          

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD ERELAELRQGCSGKLQQVARRAQRAQQGLQLQVLRLQQDKKQLQEEAARLMRQREELEDK
                                            :::::::::::::::::::::::
CCDS63 -------------------------------------QDKKQLQEEAARLMRQREELEDK
                                                  360       370    

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD VAACQKEQADFLPRIEETKWEVCQKAGEISLLKQQLKDSQADVSQKLSEIVGLRSQLREG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 VAACQKEQADFLPRIEETKWEVCQKAGEISLLKQQLKDSQADVSQKLSEIVGLRSQLREG
          380       390       400       410       420       430    

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD RASLREKEEQLLSLRDSFSSKQASLELGEGELPAACLKPALTPVDPAEPQDALATCESDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 RASLREKEEQLLSLRDSFSSKQASLELGEGELPAACLKPALTPVDPAEPQDALATCESDE
          440       450       460       470       480       490    

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD AKMRRQAGVAAAASLVSVDGEAEAGGESGTRALRREVGRLQAELAAERRARERQGASFAE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 AKMRRQAGVAAAASLVSVDGEAEAGGESGTRALRREVGRLQAELAAERRARERQGASFAE
          500       510       520       530       540       550    

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD ERRVWLEEKEKVIEYQKQLQLSYVEMYQRNQQLERRLRERGAAGGASTPTPQHGEEKKAW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 ERRVWLEEKEKVIEYQKQLQLSYVEMYQRNQQLERRLRERGAAGGASTPTPQHGEEKKAW
          560       570       580       590       600       610    

              670   
pF1KSD TPSRLERIESTEI
       :::::::::::::
CCDS63 TPSRLERIESTEI
          620       

>>CCDS7507.1 LZTS2 gene_id:84445|Hs108|chr10              (669 aa)
 initn: 847 init1: 537 opt: 994  Z-score: 542.9  bits: 110.8 E(32554): 6.4e-24
Smith-Waterman score: 1114; 38.9% identity (59.5% similar) in 696 aa overlap (1-639:1-637)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MAKLETLPVRADPGRDPLLAFAPRPSELGPPDPRLAMGSVGSGVAHAQEFAMKSVGTRTG
       :: ..::::  .:.  :  : ::.    .:     .::::.: ..          :    
CCDS75 MAIVQTLPVPLEPA--PEAATAPQ----AP-----VMGSVSSLIS----------GRPCP
               10          20                 30                   

               70             80        90       100       110     
pF1KSD GGGSQGSFPGPRG-----SGSGASRERPGRYPSEDKGLANSLYLNGELRGSDHTDVCGNV
       :: .     :: :     . .:  :   : : ...  :  ..     .  .. : .  . 
CCDS75 GGPAPPRHHGPPGPTFFRQQDGLLR---GGYEAQEP-LCPAVPPRKAVPVTSFTYINEDF
      40        50        60           70         80        90     

         120       130       140           150        160       170
pF1KSD VGSSGGSSSSGGSDKAPPQYREPSH----PPKLLATSGKLDQCSEP-LVRPSAFKPVVPK
          :  : ::   : :  :  . .:    ::::. .::::..  :  :.::.:::::.::
CCDS75 RTESPPSPSSDVED-AREQRAHNAHLRGPPPKLIPVSGKLEKNMEKILIRPTAFKPVLPK
         100        110       120       130       140       150    

                180       190            200                 210   
pF1KSD --NFHSMQNLCPPQTNGTPEGRQGP-----GGLKGGLDKSRTMT----P------AGGSG
         .  :. ..  :...:   : ::      ::  .. ..: . .    :      :.:  
CCDS75 PRGAPSLPSFMGPRATGLS-GSQGSLTQLFGGPASSSSSSSSSSAADKPLAFSGWASGCP
          160       170        180       190       200       210   

            220       230       240        250       260       270 
pF1KSD SG-LSDSGRNSLTSLPTYSSSYSQHLAPLSASTS-HINRIGTASYGSGSGGSSGGGSGYQ
       :: :::::::::.::::::.. ..   : ..: . :.      :.::: :.  : . :  
CCDS75 SGTLSDSGRNSLSSLPTYSTGGAE---PTTSSPGGHL-----PSHGSGRGALPGPARGVP
           220       230          240            250       260     

              280       290         300              310       320 
pF1KSD DLGT-SDSGRASSKSGSSSSMGR--PGHLGSGEGG-------GGGLPFAACSPPSPSALI
          . :::::.::.....:  ::   : ::::  .       :   :     :::  ::.
CCDS75 TGPSHSDSGRSSSSKSTGSLGGRVAGGLLGSGTRASPDSSSCGERSPPPPPPPPSDEALL
         270       280       290       300       310       320     

              330       340       350       360       370       380
pF1KSD QE-LEERLWEKEQEVAALRRSLEQSEAAVAQVLEERQKAWERELAELRQGCSGKLQQVAR
       .  :: .: ..: :.  :: ::...::.. :. ::::. :.::   ::. :...    :.
CCDS75 HCVLEGKLRDREAELQQLRDSLDENEATMCQAYEERQRHWQREREALREDCAAQ----AQ
         330       340       350       360       370           380 

              390       400       410       420       430       440
pF1KSD RAQRAQQGLQLQVLRLQQDKKQLQEEAARLMRQREELEDKVAACQKEQADFLPRIEETKW
       ::::::: :::::..:::.:.:::.. :.:...::.:: . :. ..:: .. ::.:::::
CCDS75 RAQRAQQLLQLQVFQLQQEKRQLQDDFAQLLQEREQLERRCATLEREQRELGPRLEETKW
             390       400       410       420       430       440 

              450       460       470       480       490       500
pF1KSD EVCQKAGEISLLKQQLKDSQADVSQKLSEIVGLRSQLREGRASLREKEEQLLSLRDSFSS
       :::::.:::::::::::.:::.. :: ::.:.::  :::.::.:: .: .  .:...  .
CCDS75 EVCQKSGEISLLKQQLKESQAELVQKGSELVALRVALREARATLRVSEGRARGLQEAARA
             450       460       470       480       490       500 

                               510       520       530       540   
pF1KSD KQASLE---------------LGE--GELPAACLKPALTPVDPAEPQDALATCESDEAKM
       ..  ::               : :  :.: :        :: ::   : .   ::::::.
CCDS75 RELELEACSQELQRHRQEAEQLREKAGQLDAEAAGLREPPVPPATA-DPFLLAESDEAKV
             510       520       530       540        550       560

           550       560       570       580       590       600   
pF1KSD RRQAGVAAAASLVSVDGEAEAGGESGTRALRREVGRLQAELAAERRARERQGASFAEERR
       .:     :::..         ::     .:: .: ::..::  :::  :.:  ::  :: 
CCDS75 QR-----AAAGV---------GG-----SLRAQVERLRVELQRERRRGEEQRDSFEGERL
                                 570       580       590       600 

           610       620       630       640       650       660   
pF1KSD VWLEEKEKVIEYQKQLQLSYVEMYQRNQQLERRLRERGAAGGASTPTPQHGEEKKAWTPS
       .:  :::.::.:::::: .:..::.::.:::..:..                        
CCDS75 AWQAEKEQVIRYQKQLQHNYIQMYRRNRQLEQELQQLSLELEARELADLGLAEQAPCICL
             610       620       630       640       650       660 

           670   
pF1KSD RLERIESTEI
                 
CCDS75 EEITATEI  
                 

>>CCDS6015.1 LZTS1 gene_id:11178|Hs108|chr8               (596 aa)
 initn: 939 init1: 529 opt: 562  Z-score: 316.4  bits: 68.7 E(32554): 2.7e-11
Smith-Waterman score: 1028; 37.7% identity (62.4% similar) in 612 aa overlap (68-673:44-596)

        40        50        60        70        80        90       
pF1KSD GSVGSGVAHAQEFAMKSVGTRTGGGGSQGSFPGPRGSGSGASRERPGRYPSEDKGLANSL
                                     :   . :: : :  . :.  :::      .
CCDS60 HSKHCRASQYKLRKSSHLKKLNRYSDGLLRFGFSQDSGHGKSSSKMGK--SED---FFYI
            20        30        40        50        60             

       100       110       120       130       140       150       
pF1KSD YLNGELRGSDHTDVCGNVVGSSGGSSSSGGSDKAPPQYREPSHPPKLLATSGKLDQCSEP
        .. . ::: : :  .   :. ::..   : :       .:: ::::.  :..:.. :: 
CCDS60 KVSQKARGSHHPDYTALSSGDLGGQA---GVD------FDPSTPPKLMPFSNQLEMGSEK
       70        80        90                100       110         

        160       170          180       190       200       210   
pF1KSD -LVRPSAFKPVVPKN---FHSMQNLCPPQTNGTPEGRQGPGGLKGGLDKSRTMTPAGGSG
         :::.:::::.:..   .::  .    : . .:  .     :: ::           ::
CCDS60 GAVRPTAFKPVLPRSGAILHSSPESASHQLHPAPPDKPKEQELKPGL----------CSG
     120       130       140       150       160                   

           220       230       240       250       260       270   
pF1KSD SGLSDSGRNSLTSLPTYSSSYSQHLAPLSASTSHINRIGTASYGSGSGGSSGGGSGYQDL
       . ::::::::..::::.:.: : .: :: . ..  .:.:    ::. . ..:       .
CCDS60 A-LSDSGRNSMSSLPTHSTSSSYQLDPLVTPVGPTSRFG----GSAHNITQG-------I
     170        180       190       200           210              

           280       290        300       310       320        330 
pF1KSD GTSDSGRASSKSGSSSSMG-RPGHLGSGEGGGGGLPFAACSPPSPSAL-IQELEERLWEK
         .::.  : :. : :. : . :: .... :    :  . :: : .   :::::..: :.
CCDS60 VLQDSNMMSLKALSFSDGGSKLGHSNKADKG----PSCVRSPISTDECSIQELEQKLLER
       220       230       240           250       260       270   

             340       350       360       370       380       390 
pF1KSD EQEVAALRRSLEQSEAAVAQVLEERQKAWERELAELRQGCSGKLQQVARRAQRAQQGLQL
       :  .  :.::.:..: : . . ::: .  . ::   .   ..::.:.....::::: :.:
CCDS60 EGALQKLQRSFEEKELASSLAYEERPRRCRDELEGPEPKGGNKLKQASQKSQRAQQVLHL
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       :::.:::.:.::..:   ::.... :: :. . ..:...: : .:::.::::::.:::::
CCDS60 QVLQLQQEKRQLRQELESLMKEQDLLETKLRSYEREKTSFGPALEETQWEVCQKSGEISL
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       ::::::.::..:. : :::.::..::.. :..:.  : .  .:. .. .:   ::. :.:
CCDS60 LKQQLKESQTEVNAKASEILGLKAQLKDTRGKLEGLELRTQDLEGALRTKGLELEVCENE
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       :     .  :        .. .   :..  ..: ::..:   .  .   .. :       
CCDS60 LQRKKNEAELL-------REKVNLLEQELQELRAQAALARDMGPPTFPEDVPA-------
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        :.::. ::.:::  ::.........: .:: :: :::::::.:::::: ::: ::::::
CCDS60 -LQRELERLRAELREERQGHDQMSSGFQHERLVWKEEKEKVIQYQKQLQQSYVAMYQRNQ
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       .::. :..   : : :.  : . . . :  :   : : .:::
CCDS60 RLEKALQQ--LARGDSAGEPLEVDLEGADIP--YEDIIATEI
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