Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0517
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0517, 771 aa
  1>>>pF1KSDA0517 771 - 771 aa - 771 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8516+/-0.00134; mu= 13.5907+/- 0.079
 mean_var=189.6534+/-41.039, 0's: 0 Z-trim(104.7): 148  B-trim: 4 in 1/51
 Lambda= 0.093131
 statistics sampled from 7875 (8024) to 7875 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.246), width:  16
 Scan time:  3.000

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS3781.2 TRIM2 gene_id:23321|Hs108|chr4          ( 771) 5132 703.6  3e-202
CCDS47147.1 TRIM2 gene_id:23321|Hs108|chr4         ( 744) 4930 676.5 4.3e-194
CCDS7764.1 TRIM3 gene_id:10612|Hs108|chr11         ( 744) 3470 480.3 4.9e-135
CCDS58115.1 TRIM3 gene_id:10612|Hs108|chr11        ( 625) 2894 402.8 8.6e-112
CCDS893.1 TRIM45 gene_id:80263|Hs108|chr1          ( 580)  498 80.9 6.7e-15
CCDS43060.1 TRIM71 gene_id:131405|Hs108|chr3       ( 868)  444 73.8 1.3e-12


>>CCDS3781.2 TRIM2 gene_id:23321|Hs108|chr4               (771 aa)
 initn: 5132 init1: 5132 opt: 5132  Z-score: 3744.5  bits: 703.6 E(32554): 3e-202
Smith-Waterman score: 5132; 100.0% identity (100.0% similar) in 771 aa overlap (1-771:1-771)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MHRSGRYGTQQQRAGSKTAGPPCQWSRMASEGTNIPSPVVRQIDKQFLICSICLERYKNP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 MHRSGRYGTQQQRAGSKTAGPPCQWSRMASEGTNIPSPVVRQIDKQFLICSICLERYKNP
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KVLPCLHTFCERCLQNYIPAHSLTLSCPVCRQTSILPEKGVAALQNNFFITNLMDVLQRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 KVLPCLHTFCERCLQNYIPAHSLTLSCPVCRQTSILPEKGVAALQNNFFITNLMDVLQRT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD PGSNAEESSILETVTAVAAGKPLSCPNHDGNVMEFYCQSCETAMCRECTEGEHAEHPTVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 PGSNAEESSILETVTAVAAGKPLSCPNHDGNVMEFYCQSCETAMCRECTEGEHAEHPTVP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD LKDVVEQHKASLQVQLDAVNKRLPEIDSALQFISEIIHQLTNQKASIVDDIHSTFDELQK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 LKDVVEQHKASLQVQLDAVNKRLPEIDSALQFISEIIHQLTNQKASIVDDIHSTFDELQK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD TLNVRKSVLLMELEVNYGLKHKVLQSQLDTLLQGQESIKSCSNFTAQALNHGTETEVLLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 TLNVRKSVLLMELEVNYGLKHKVLQSQLDTLLQGQESIKSCSNFTAQALNHGTETEVLLV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD KKQMSEKLNELADQDFPLHPRENDQLDFIVETEGLKKSIHNLGTILTTNAVASETVATGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 KKQMSEKLNELADQDFPLHPRENDQLDFIVETEGLKKSIHNLGTILTTNAVASETVATGE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD GLRQTIIGQPMSVTITTKDKDGELCKTGNAYLTAELSTPDGSVADGEILDNKNGTYEFLY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 GLRQTIIGQPMSVTITTKDKDGELCKTGNAYLTAELSTPDGSVADGEILDNKNGTYEFLY
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD TVQKEGDFTLSLRLYDQHIRGSPFKLKVIRSADVSPTTEGVKRRVKSPGSGHVKQKAVKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 TVQKEGDFTLSLRLYDQHIRGSPFKLKVIRSADVSPTTEGVKRRVKSPGSGHVKQKAVKR
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD PASMYSTGKRKENPIEDDLIFRVGTKGRNKGEFTNLQGVAASTNGKILIADSNNQCVQIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 PASMYSTGKRKENPIEDDLIFRVGTKGRNKGEFTNLQGVAASTNGKILIADSNNQCVQIF
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD SNDGQFKSRFGIRGRSPGQLQRPTGVAVHPSGDIIIADYDNKWVSIFSSDGKFKTKIGSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 SNDGQFKSRFGIRGRSPGQLQRPTGVAVHPSGDIIIADYDNKWVSIFSSDGKFKTKIGSG
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD KLMGPKGVSVDRNGHIIVVDNKACCVFIFQPNGKIVTRFGSRGNGDRQFAGPHFAAVNSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 KLMGPKGVSVDRNGHIIVVDNKACCVFIFQPNGKIVTRFGSRGNGDRQFAGPHFAAVNSN
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD NEIIITDFHNHSVKVFNQEGEFMLKFGSNGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 NEIIITDFHNHSVKVFNQEGEFMLKFGSNGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSRI
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770 
pF1KSD QVFDGSGSFLSYINTSADPLYGPQGLALTSDGHVVVADSGNHCFKVYRYLQ
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 QVFDGSGSFLSYINTSADPLYGPQGLALTSDGHVVVADSGNHCFKVYRYLQ
              730       740       750       760       770 

>>CCDS47147.1 TRIM2 gene_id:23321|Hs108|chr4              (744 aa)
 initn: 4930 init1: 4930 opt: 4930  Z-score: 3598.0  bits: 676.5 E(32554): 4.3e-194
Smith-Waterman score: 4930; 100.0% identity (100.0% similar) in 744 aa overlap (28-771:1-744)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MHRSGRYGTQQQRAGSKTAGPPCQWSRMASEGTNIPSPVVRQIDKQFLICSICLERYKNP
                                  :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47                            MASEGTNIPSPVVRQIDKQFLICSICLERYKNP
                                          10        20        30   

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD KVLPCLHTFCERCLQNYIPAHSLTLSCPVCRQTSILPEKGVAALQNNFFITNLMDVLQRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KVLPCLHTFCERCLQNYIPAHSLTLSCPVCRQTSILPEKGVAALQNNFFITNLMDVLQRT
            40        50        60        70        80        90   

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD PGSNAEESSILETVTAVAAGKPLSCPNHDGNVMEFYCQSCETAMCRECTEGEHAEHPTVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PGSNAEESSILETVTAVAAGKPLSCPNHDGNVMEFYCQSCETAMCRECTEGEHAEHPTVP
           100       110       120       130       140       150   

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD LKDVVEQHKASLQVQLDAVNKRLPEIDSALQFISEIIHQLTNQKASIVDDIHSTFDELQK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 LKDVVEQHKASLQVQLDAVNKRLPEIDSALQFISEIIHQLTNQKASIVDDIHSTFDELQK
           160       170       180       190       200       210   

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD TLNVRKSVLLMELEVNYGLKHKVLQSQLDTLLQGQESIKSCSNFTAQALNHGTETEVLLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TLNVRKSVLLMELEVNYGLKHKVLQSQLDTLLQGQESIKSCSNFTAQALNHGTETEVLLV
           220       230       240       250       260       270   

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD KKQMSEKLNELADQDFPLHPRENDQLDFIVETEGLKKSIHNLGTILTTNAVASETVATGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KKQMSEKLNELADQDFPLHPRENDQLDFIVETEGLKKSIHNLGTILTTNAVASETVATGE
           280       290       300       310       320       330   

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD GLRQTIIGQPMSVTITTKDKDGELCKTGNAYLTAELSTPDGSVADGEILDNKNGTYEFLY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 GLRQTIIGQPMSVTITTKDKDGELCKTGNAYLTAELSTPDGSVADGEILDNKNGTYEFLY
           340       350       360       370       380       390   

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD TVQKEGDFTLSLRLYDQHIRGSPFKLKVIRSADVSPTTEGVKRRVKSPGSGHVKQKAVKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TVQKEGDFTLSLRLYDQHIRGSPFKLKVIRSADVSPTTEGVKRRVKSPGSGHVKQKAVKR
           400       410       420       430       440       450   

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD PASMYSTGKRKENPIEDDLIFRVGTKGRNKGEFTNLQGVAASTNGKILIADSNNQCVQIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 PASMYSTGKRKENPIEDDLIFRVGTKGRNKGEFTNLQGVAASTNGKILIADSNNQCVQIF
           460       470       480       490       500       510   

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD SNDGQFKSRFGIRGRSPGQLQRPTGVAVHPSGDIIIADYDNKWVSIFSSDGKFKTKIGSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SNDGQFKSRFGIRGRSPGQLQRPTGVAVHPSGDIIIADYDNKWVSIFSSDGKFKTKIGSG
           520       530       540       550       560       570   

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD KLMGPKGVSVDRNGHIIVVDNKACCVFIFQPNGKIVTRFGSRGNGDRQFAGPHFAAVNSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KLMGPKGVSVDRNGHIIVVDNKACCVFIFQPNGKIVTRFGSRGNGDRQFAGPHFAAVNSN
           580       590       600       610       620       630   

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD NEIIITDFHNHSVKVFNQEGEFMLKFGSNGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NEIIITDFHNHSVKVFNQEGEFMLKFGSNGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSRI
           640       650       660       670       680       690   

              730       740       750       760       770 
pF1KSD QVFDGSGSFLSYINTSADPLYGPQGLALTSDGHVVVADSGNHCFKVYRYLQ
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QVFDGSGSFLSYINTSADPLYGPQGLALTSDGHVVVADSGNHCFKVYRYLQ
           700       710       720       730       740    

>>CCDS7764.1 TRIM3 gene_id:10612|Hs108|chr11              (744 aa)
 initn: 2269 init1: 1692 opt: 3470  Z-score: 2537.9  bits: 480.3 E(32554): 4.9e-135
Smith-Waterman score: 3470; 67.3% identity (88.5% similar) in 740 aa overlap (36-771:8-744)

          10        20        30        40        50        60     
pF1KSD RYGTQQQRAGSKTAGPPCQWSRMASEGTNIPSPVVRQIDKQFLICSICLERYKNPKVLPC
                                     :.: :. .:::::.:::::.::. ::::::
CCDS77                        MAKREDSPGPEVQPMDKQFLVCSICLDRYQCPKVLPC
                                      10        20        30       

          70        80        90       100       110       120     
pF1KSD LHTFCERCLQNYIPAHSLTLSCPVCRQTSILPEKGVAALQNNFFITNLMDVLQRTP-GSN
       :::::::::::::::.:::::::::::::::::.::.::::::::..::...:..: :..
CCDS77 LHTFCERCLQNYIPAQSLTLSCPVCRQTSILPEQGVSALQNNFFISSLMEAMQQAPDGAH
        40        50        60        70        80        90       

          130       140       150       160       170       180    
pF1KSD AEESSILETVTAVAAGKPLSCPNHDGNVMEFYCQSCETAMCRECTEGEHAEHPTVPLKDV
         :.       .:.::.:::::::.:..:::::..:::::: ::  ::: :: :: :.::
CCDS77 DPEDP---HPLSVVAGRPLSCPNHEGKTMEFYCEACETAMCGECRAGEHREHGTVLLRDV
       100          110       120       130       140       150    

          190       200       210       220       230       240    
pF1KSD VEQHKASLQVQLDAVNKRLPEIDSALQFISEIIHQLTNQKASIVDDIHSTFDELQKTLNV
       ::::::.:: ::.::  :::....:. ... : .:: ..::  . .: ..:..:...:. 
CCDS77 VEQHKAALQRQLEAVRGRLPQLSAAIALVGGISQQLQERKAEALAQISAAFEDLEQALQQ
          160       170       180       190       200       210    

          250       260       270       280       290       300    
pF1KSD RKSVLLMELEVNYGLKHKVLQSQLDTLLQGQESIKSCSNFTAQALNHGTETEVLLVKKQM
       ::..:. .::.  : :.:::::::::: :::: : :  .:. :::  :.  :::::.:.:
CCDS77 RKQALVSDLETICGAKQKVLQSQLDTLRQGQEHIGSSCSFAEQALRLGSAPEVLLVRKHM
          220       230       240       250       260       270    

          310       320       330       340       350       360    
pF1KSD SEKLNELADQDFPLHPRENDQLDFIVETEGLKKSIHNLGTILTTNAVASETVATGEGLRQ
        :.:  :: : :: .:.:: ::....:..::..:. :::..:::.:.: :::::::::::
CCDS77 RERLAALAAQAFPERPHENAQLELVLEVDGLRRSVLNLGALLTTSATAHETVATGEGLRQ
          280       290       300       310       320       330    

          370       380       390       400       410       420    
pF1KSD TIIGQPMSVTITTKDKDGELCKTGNAYLTAELSTPDGSVADGEILDNKNGTYEFLYTVQK
       ...::: :.:.:::::::.: .::.: : ::.. :::.     ..:.::::::..::.. 
CCDS77 ALVGQPASLTVTTKDKDGRLVRTGSAELRAEITGPDGTRLPVPVVDHKNGTYELVYTART
          340       350       360       370       380       390    

          430       440       450       460       470         480  
pF1KSD EGDFTLSLRLYDQHIRGSPFKLKVIRSADVSPTTEGVKRRVKSPGS--GHVKQKAVKRPA
       ::.. ::. :: : .:::::.....: .:. :. . :::::::::.  .::.::::.::.
CCDS77 EGELLLSVLLYGQPVRGSPFRVRALRPGDLPPSPDDVKRRVKSPGGPGSHVRQKAVRRPS
          400       410       420       430       440       450    

             490       500       510       520       530       540 
pF1KSD SMYSTG-KRKENPIEDDLIFRVGTKGRNKGEFTNLQGVAASTNGKILIADSNNQCVQIFS
       :::::: :::.:::::.:.::::..::.::::::::::.:...:.:..:::::::.:.::
CCDS77 SMYSTGGKRKDNPIEDELVFRVGSRGREKGEFTNLQGVSAASSGRIVVADSNNQCIQVFS
          460       470       480       490       500       510    

             550       560       570       580       590       600 
pF1KSD NDGQFKSRFGIRGRSPGQLQRPTGVAVHPSGDIIIADYDNKWVSIFSSDGKFKTKIGSGK
       :.:::: :::.::::::::::::::::  .::::.:::::.:::::: .::::::::.:.
CCDS77 NEGQFKFRFGVRGRSPGQLQRPTGVAVDTNGDIIVADYDNRWVSIFSPEGKFKTKIGAGR
          520       530       540       550       560       570    

             610       620       630       640       650       660 
pF1KSD LMGPKGVSVDRNGHIIVVDNKACCVFIFQPNGKIVTRFGSRGNGDRQFAGPHFAAVNSNN
       :::::::.:::::::::::::.:::: ::::::.: :::.::  ::.::::::.:::..:
CCDS77 LMGPKGVAVDRNGHIIVVDNKSCCVFTFQPNGKLVGRFGGRGATDRHFAGPHFVAVNNKN
          580       590       600       610       620       630    

             670       680       690       700       710       720 
pF1KSD EIIITDFHNHSVKVFNQEGEFMLKFGSNGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSRIQ
       ::..::::::::::.. .:::..::::.::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 EIVVTDFHNHSVKVYSADGEFLFKFGSHGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSRIQ
          640       650       660       670       680       690    

             730       740       750       760       770 
pF1KSD VFDGSGSFLSYINTSADPLYGPQGLALTSDGHVVVADSGNHCFKVYRYLQ
       :::.::::::::::::.::::::::::::::::::::.::::::.:::::
CCDS77 VFDSSGSFLSYINTSAEPLYGPQGLALTSDGHVVVADAGNHCFKAYRYLQ
          700       710       720       730       740    

>>CCDS58115.1 TRIM3 gene_id:10612|Hs108|chr11             (625 aa)
 initn: 1692 init1: 1692 opt: 2894  Z-score: 2120.5  bits: 402.8 E(32554): 8.6e-112
Smith-Waterman score: 2894; 67.2% identity (88.4% similar) in 622 aa overlap (153-771:4-625)

            130       140       150       160       170       180  
pF1KSD SNAEESSILETVTAVAAGKPLSCPNHDGNVMEFYCQSCETAMCRECTEGEHAEHPTVPLK
                                     :::::..:::::: ::  ::: :: :: :.
CCDS58                            MKTMEFYCEACETAMCGECRAGEHREHGTVLLR
                                          10        20        30   

            190       200       210       220       230       240  
pF1KSD DVVEQHKASLQVQLDAVNKRLPEIDSALQFISEIIHQLTNQKASIVDDIHSTFDELQKTL
       ::::::::.:: ::.::  :::....:. ... : .:: ..::  . .: ..:..:...:
CCDS58 DVVEQHKAALQRQLEAVRGRLPQLSAAIALVGGISQQLQERKAEALAQISAAFEDLEQAL
            40        50        60        70        80        90   

            250       260       270       280       290       300  
pF1KSD NVRKSVLLMELEVNYGLKHKVLQSQLDTLLQGQESIKSCSNFTAQALNHGTETEVLLVKK
       . ::..:. .::.  : :.:::::::::: :::: : :  .:. :::  :.  :::::.:
CCDS58 QQRKQALVSDLETICGAKQKVLQSQLDTLRQGQEHIGSSCSFAEQALRLGSAPEVLLVRK
           100       110       120       130       140       150   

            310       320       330       340       350       360  
pF1KSD QMSEKLNELADQDFPLHPRENDQLDFIVETEGLKKSIHNLGTILTTNAVASETVATGEGL
       .: :.:  :: : :: .:.:: ::....:..::..:. :::..:::.:.: :::::::::
CCDS58 HMRERLAALAAQAFPERPHENAQLELVLEVDGLRRSVLNLGALLTTSATAHETVATGEGL
           160       170       180       190       200       210   

            370       380       390       400       410       420  
pF1KSD RQTIIGQPMSVTITTKDKDGELCKTGNAYLTAELSTPDGSVADGEILDNKNGTYEFLYTV
       ::...::: :.:.:::::::.: .::.: : ::.. :::.     ..:.::::::..::.
CCDS58 RQALVGQPASLTVTTKDKDGRLVRTGSAELRAEITGPDGTRLPVPVVDHKNGTYELVYTA
           220       230       240       250       260       270   

            430       440       450       460       470         480
pF1KSD QKEGDFTLSLRLYDQHIRGSPFKLKVIRSADVSPTTEGVKRRVKSPGS--GHVKQKAVKR
       . ::.. ::. :: : .:::::.....: .:. :. . :::::::::.  .::.::::.:
CCDS58 RTEGELLLSVLLYGQPVRGSPFRVRALRPGDLPPSPDDVKRRVKSPGGPGSHVRQKAVRR
           280       290       300       310       320       330   

               490       500       510       520       530         
pF1KSD PASMYSTG-KRKENPIEDDLIFRVGTKGRNKGEFTNLQGVAASTNGKILIADSNNQCVQI
       :.:::::: :::.:::::.:.::::..::.::::::::::.:...:.:..:::::::.:.
CCDS58 PSSMYSTGGKRKDNPIEDELVFRVGSRGREKGEFTNLQGVSAASSGRIVVADSNNQCIQV
           340       350       360       370       380       390   

     540       550       560       570       580       590         
pF1KSD FSNDGQFKSRFGIRGRSPGQLQRPTGVAVHPSGDIIIADYDNKWVSIFSSDGKFKTKIGS
       :::.:::: :::.::::::::::::::::  .::::.:::::.:::::: .::::::::.
CCDS58 FSNEGQFKFRFGVRGRSPGQLQRPTGVAVDTNGDIIVADYDNRWVSIFSPEGKFKTKIGA
           400       410       420       430       440       450   

     600       610       620       630       640       650         
pF1KSD GKLMGPKGVSVDRNGHIIVVDNKACCVFIFQPNGKIVTRFGSRGNGDRQFAGPHFAAVNS
       :.:::::::.:::::::::::::.:::: ::::::.: :::.::  ::.::::::.:::.
CCDS58 GRLMGPKGVAVDRNGHIIVVDNKSCCVFTFQPNGKLVGRFGGRGATDRHFAGPHFVAVNN
           460       470       480       490       500       510   

     660       670       680       690       700       710         
pF1KSD NNEIIITDFHNHSVKVFNQEGEFMLKFGSNGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSR
       .:::..::::::::::.. .:::..::::.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 KNEIVVTDFHNHSVKVYSADGEFLFKFGSHGEGNGQFNAPTGVAVDSNGNIIVADWGNSR
           520       530       540       550       560       570   

     720       730       740       750       760       770 
pF1KSD IQVFDGSGSFLSYINTSADPLYGPQGLALTSDGHVVVADSGNHCFKVYRYLQ
       :::::.::::::::::::.::::::::::::::::::::.::::::.:::::
CCDS58 IQVFDSSGSFLSYINTSAEPLYGPQGLALTSDGHVVVADAGNHCFKAYRYLQ
           580       590       600       610       620     

>>CCDS893.1 TRIM45 gene_id:80263|Hs108|chr1               (580 aa)
 initn: 621 init1: 311 opt: 498  Z-score: 381.0  bits: 80.9 E(32554): 6.7e-15
Smith-Waterman score: 512; 25.9% identity (51.6% similar) in 471 aa overlap (50-450:29-499)

      20        30        40        50        60        70         
pF1KSD GPPCQWSRMASEGTNIPSPVVRQIDKQFLICSICLERYKNPKVLPCLHTFCERCLQNYIP
                                     : .::  .: :..:::::: :  ::..  :
CCDS89   MSENRKPLLGFVSKLTSGTALGNSGKTHCPLCLGLFKAPRLLPCLHTVCTTCLEQLEP
                 10        20        30        40        50        

              80                            90       100        110
pF1KSD --------AHSLTLS--------------------CPVCRQTSILPEKGVAALQ-NNFFI
               . : : :                    ::::     ::  :: ::  ... .
CCDS89 FSVVDIRGGDSDTSSEGSIFQELKPRSLQSQIGILCPVCDAQVDLPMGGVKALTIDHLAV
       60        70        80        90       100       110        

                                 120                   130         
pF1KSD TNLM-------------------DVLQRTPGSNA------------EESSILETVTAVA-
       ...:                   .: .:    .:            ....  .:.. .  
CCDS89 NDVMLESLRGEGQGLVCDLCNDREVEKRCQTCKANLCHFCCQAHRRQKKTTYHTMVDLKD
      120       130       140       150       160       170        

            140       150       160       170       180       190  
pF1KSD ------AGKPLSCPNHDGNVMEFYCQSCETAMCRECTEGEHAEHPTVPLKDVVEQHKASL
              :::. :: : .. ....:. :.  .:..:. ::: :::    ..:...:  :.
CCDS89 LKGYSRIGKPILCPVHPAEELRLFCEFCDRPVCQDCVVGEHREHPCDFTSNVIHKHGDSV
      180       190       200       210       220       230        

            200       210       220       230       240       250  
pF1KSD QVQLDAVNKRLPEIDSALQFISEIIHQLTNQKASIVDDIHSTFDELQKTLNVRKSVLLME
          : ... ..  .. ::  :  :   : ..  ... :...  .   :... ... :: .
CCDS89 WELLKGTQPHVEALEEALAQIHIINSALQKRVEAVAADVRTFSEGYIKAIEEHRDKLLKQ
      240       250       260       270       280       290        

            260       270       280       290       300       310  
pF1KSD LEVNYGLKHKVLQSQLDTLLQGQESIKSCSNFTAQALNHGTETEVLLVKKQMSEKLNELA
       ::   . :.. :: :   : :   ....  .:: . :. :.. :.:..:. . :.: .: 
CCDS89 LEDIRAQKENSLQLQKAQLEQLLADMRTGVEFTEHLLTSGSDLEILITKRVVVERLRKLN
      300       310       320       330       340       350        

            320       330        340       350       360       370 
pF1KSD DQDFPLHPRENDQLDFIV-ETEGLKKSIHNLGTILTTNAVASETVATGEGLRQTIIGQPM
         ..  .:  ::.. :   :  :  .. .  ::: : ..  .. :  :: :...   :  
CCDS89 KVQYSTRPGVNDKIRFCPQEKAGQCRGYEIYGTINTKEVDPAKCVLQGEDLHRAREKQTA
      360       370       380       390       400       410        

             380       390       400         410       420         
pF1KSD SVTITTKDKDGELCKTGNAYLTAELSTPD--GSVADGEILDNKNGTYEFLYTVQKEGDFT
       : :.  ::  ::.   :.  . . .   :   : .   . :::.::: . :: .. : .:
CCDS89 SFTLLCKDAAGEIMGRGGDNVQVAVVPKDKKDSPVRTMVQDNKDGTYYISYTPKEPGVYT
      420       430       440       450       460       470        

     430       440       450       460       470       480         
pF1KSD LSLRLYDQHIRGSPFKLKVIRSADVSPTTEGVKRRVKSPGSGHVKQKAVKRPASMYSTGK
       . . . .::..:::: . : :                                       
CCDS89 VWVCIKEQHVQGSPFTVMVRRKHRPHSGVFHCCTFCSSGGQKTARCACGGTMPGGYLGCG
      480       490       500       510       520       530        

>>CCDS43060.1 TRIM71 gene_id:131405|Hs108|chr3            (868 aa)
 initn: 867 init1: 385 opt: 444  Z-score: 339.8  bits: 73.8 E(32554): 1.3e-12
Smith-Waterman score: 952; 29.6% identity (59.3% similar) in 696 aa overlap (21-708:173-806)

                         10        20        30        40        50
pF1KSD           MHRSGRYGTQQQRAGSKTAGPPCQWSRMASEGTNIPSPVVRQIDKQFLIC
                                     ::   :: :  :    :: .  . .    :
CCDS43 AGGHSNHRHHAHHAHPRASASAPPLPQAPQPPAP-SRSAPGGPAA-SPSALLLRRPHG-C
            150       160       170        180        190          

                60        70        80        90       100         
pF1KSD SICLE-RYKNPKVLPCLHTFCERCLQNYIPAHSLTLSCPVCRQTSILPEKGVAALQNNFF
       : : :    . . : : . .:. :.. .  .. :: .  . :     :  :.::  ..  
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        :.:. :  . :...... .: ..:.  :: . :   :. ...  . . .:. ..::..:
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       . .....  . .:.:. :.  :: ..:    .: : :  :.. : :. ....:  . . :
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       .:..:   ..::.. .:  ...::      :.:.:.:.. :    ..:  .:...: . .
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       ..: :  : :::.::.... :.  : :.   :.:::   .:.  ..: .  :::..  .:
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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