Result of FASTA (ccds) for pF1KSDA0217
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KSDA0217, 738 aa
  1>>>pF1KSDA0217 738 - 738 aa - 738 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2391+/-0.000898; mu= 4.0001+/- 0.054
 mean_var=221.3035+/-44.677, 0's: 0 Z-trim(113.9): 22  B-trim: 254 in 1/52
 Lambda= 0.086214
 statistics sampled from 14473 (14491) to 14473 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.754), E-opt: 0.2 (0.445), width:  16
 Scan time:  3.690

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS31131.1 LARP4B gene_id:23185|Hs108|chr10       ( 738) 4931 626.3 5.2e-179
CCDS44879.2 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12       ( 723) 1295 174.0 7.1e-43
CCDS41782.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12       ( 724) 1295 174.0 7.1e-43
CCDS81690.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12       ( 730) 1244 167.7 5.8e-41
CCDS53789.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12       ( 445) 1147 155.5 1.7e-37
CCDS53790.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12       ( 653) 1123 152.6 1.8e-36
CCDS44880.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12       ( 653)  845 118.0 4.6e-26


>>CCDS31131.1 LARP4B gene_id:23185|Hs108|chr10            (738 aa)
 initn: 4931 init1: 4931 opt: 4931  Z-score: 3327.3  bits: 626.3 E(32554): 5.2e-179
Smith-Waterman score: 4931; 100.0% identity (100.0% similar) in 738 aa overlap (1-738:1-738)

               10        20        30        40        50        60
pF1KSD MTSDQDAKVVAEPQTQRVQEGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MTSDQDAKVVAEPQTQRVQEGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KSD EVWGAPVLHLEASSAADGVSAAWEEVAGHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EVWGAPVLHLEASSAADGVSAAWEEVAGHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KSD PADMNALALGPSEYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PADMNALALGPSEYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLI
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KSD SQMDSDQYVPITTVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SQMDSDQYVPITTVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVIL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KSD REISESTPVEEVEALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 REISESTPVEEVEALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KSD GKPIKARIKAKAIAINTFLPKNGFRPLDVSLYAQQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLIT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GKPIKARIKAKAIAINTFLPKNGFRPLDVSLYAQQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLIT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KSD PQTWSATHSYLDPPLVTPFPNTGFINGFTSPAFKPAASPLTSLRQYPPRSRNPSKSHLRH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PQTWSATHSYLDPPLVTPFPNTGFINGFTSPAFKPAASPLTSLRQYPPRSRNPSKSHLRH
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KSD AIPSAERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AIPSAERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRV
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KSD EPGSLESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 EPGSLESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGA
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KSD AGNLKTEDLFENRLSSLIIGPSKERTLSADASVNTLPVVVSREPSVPASCAVSATYERSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AGNLKTEDLFENRLSSLIIGPSKERTLSADASVNTLPVVVSREPSVPASCAVSATYERSP
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KSD SPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPSALTATACKSVQVNGAATELRKPSYAEICQRTSKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPSALTATACKSVQVNGAATELRKPSYAEICQRTSKE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KSD PPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLAEPAERYREPPALKSTPGAPRDQRRPAGGRPSPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLAEPAERYREPPALKSTPGAPRDQRRPAGGRPSPS
              670       680       690       700       710       720

              730        
pF1KSD AMGKRLSREQSTPPKSPQ
       ::::::::::::::::::
CCDS31 AMGKRLSREQSTPPKSPQ
              730        

>>CCDS44879.2 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12            (723 aa)
 initn: 1259 init1: 855 opt: 1295  Z-score: 883.2  bits: 174.0 E(32554): 7.1e-43
Smith-Waterman score: 1489; 38.4% identity (64.1% similar) in 744 aa overlap (50-738:8-723)

      20        30        40        50        60          70       
pF1KSD EGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNAEVWG--APVLHLEASSAAD
                                     :.: . :::::.::   ::  . .:. .. 
CCDS44                        MLLFVEVASKGTGLNPNAKVWQEIAPG-NTDATPVTH
                                      10        20         30      

        80           90       100       110       120         130  
pF1KSD GVSAAWEEVA---GHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESDPAD--MNALALGPS
       :. ..:.:.:   : : . . . :.      .   ...    ...   .   ... ::: 
CCDS44 GTESSWHEIAATSGAHPEGNAELSEDICKEYEVMYSSSCETTRNTTGIEESTDGMILGPE
         40        50        60        70        80        90      

            140       150       160       170       180       190  
pF1KSD EYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLISQMDSDQYVPIT
         :   .  ...:. ..  : :: .: ::: ::::.:::::..:.::::::::::..:: 
CCDS44 --DLSYQIYDVSGESNSAVSTEDLKECLKKQLEFCFSRENLSKDLYLISQMDSDQFIPIW
          100       110       120       130       140       150    

            200       210       220       230       240       250  
pF1KSD TVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVILREISESTPVEEV
       ::::...::::.:: :::.::::: :.::::::::::::...::::::::: :.::.:::
CCDS44 TVANMEEIKKLTTDPDLILEVLRSSPMVQVDEKGEKVRPSHKRCIVILREIPETTPIEEV
          160       170       180       190       200       210    

            260       270       280       290       300       310  
pF1KSD EALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQGKPIKARIKAKA
       ..:::..: :: :.::::.:.::.:::....:::::.::::::::::::::: :::::  
CCDS44 KGLFKSENCPKVISCEFAHNSNWYITFQSDTDAQQAFKYLREEVKTFQGKPIMARIKA--
          220       230       240       250       260       270    

            320       330            340       350       360       
pF1KSD IAINTFLPKNGFRPLDVSLYA-----QQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLITPQTWSAT
         ::::. :::.: .: :.:.     : .::.  .. :.:.:.::. .::.. ::.:: .
CCDS44 --INTFFAKNGYRLMDSSIYSHPIQTQAQYASPVFMQPVYNPHQQYSVYSIV-PQSWSPN
              280       290       300       310       320          

        370       380       390        400       410          420  
pF1KSD HS-YLDPPLVTPFPNTGFINGFTSP-AFKPAASPLTSLRQYPPRSRNP---SKSHLRHAI
        . :.. ::. :::: .:.:::.:: ..:  :. ..  : .     .:   :..  .:. 
CCDS44 PTPYFETPLA-PFPNGSFVNGFNSPGSYKTNAAAMNMGRPFQKNRVKPQFRSSGGSEHST
     330        340       350       360       370       380        

             430       440       450       460       470       480 
pF1KSD P-SAERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRVE
         :.  : : :.  :  :: :.:     ..: :  . : .: .:. ..  .         
CCDS44 EGSVSLGDGQLNRYSSRNFPAER-----HNP-TVTGHQEQTYLQKETSTLQ---------
      390       400       410             420       430            

             490       500       510       520       530       540 
pF1KSD PGSLESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGAA
          .:..   ::::.. :  :..::.   :    : .  : :.:.:.:  :.::::::..
CCDS44 ---VEQNGDYGRGRRTLFRGRRRREDDRISRPHPSTAESKAPTPKFDLLASNFPPLPGSS
              440       450       460       470       480       490

             550       560            570       580          590   
pF1KSD GNLKTEDLFENRLSSLIIGPSKER-----TLSADASVNTLPVVVSREP---SVPASCAVS
       . .  : ..:::.:... :  ::.     :.:  . ..     .: .    :. . ::. 
CCDS44 SRMPGELVLENRMSDVVKGVYKEKDNEELTISCPVPADEQTECTSAQQLNMSTSSPCAAE
              500       510       520       530       540       550

            600       610       620              630       640     
pF1KSD AT-YERSPSPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPS-------ALTATACKSVQVNGA-ATE
        :    . .   : .: .: .   .  ..   :        : ::. :.. ..:.: :. 
CCDS44 LTALSTTQQEKDLIEDSSVQKDGLNQTTIPVSPPSTTKPSRASTASPCNN-NINAATAVA
              560       570       580       590       600          

             650       660       670       680         690         
pF1KSD LRKP---SYAEICQRTSKEPPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLA--EPAERYREPPAL
       :..:   ::::.::.  ::: :  .:: .: . :.:.  :.: . :  . .:. .: :  
CCDS44 LQEPRKLSYAEVCQKPPKEPSSVLVQPLRELRSNVVSPTKNEDNGAPENSVEKPHEKPEA
     610       620       630       640       650       660         

     700                      710       720       730        
pF1KSD KST-----------P----GAPRDQRRPAGGRPSPSAMGKRLSREQSTPPKSPQ
       ...           :    :  :.:::  . :  :... .: ..:: .::.::.
CCDS44 RASKDYSGFRGNIIPRGAAGKIREQRRQFSHRAIPQGVTRRNGKEQYVPPRSPK
     670       680       690       700       710       720   

>>CCDS41782.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12            (724 aa)
 initn: 1259 init1: 855 opt: 1295  Z-score: 883.2  bits: 174.0 E(32554): 7.1e-43
Smith-Waterman score: 1489; 38.4% identity (64.1% similar) in 744 aa overlap (50-738:9-724)

      20        30        40        50        60          70       
pF1KSD EGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNAEVWG--APVLHLEASSAAD
                                     :.: . :::::.::   ::  . .:. .. 
CCDS41                       MLLFVEQVASKGTGLNPNAKVWQEIAPG-NTDATPVTH
                                     10        20         30       

        80           90       100       110       120         130  
pF1KSD GVSAAWEEVA---GHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESDPAD--MNALALGPS
       :. ..:.:.:   : : . . . :.      .   ...    ...   .   ... ::: 
CCDS41 GTESSWHEIAATSGAHPEGNAELSEDICKEYEVMYSSSCETTRNTTGIEESTDGMILGPE
        40        50        60        70        80        90       

            140       150       160       170       180       190  
pF1KSD EYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLISQMDSDQYVPIT
         :   .  ...:. ..  : :: .: ::: ::::.:::::..:.::::::::::..:: 
CCDS41 --DLSYQIYDVSGESNSAVSTEDLKECLKKQLEFCFSRENLSKDLYLISQMDSDQFIPIW
         100       110       120       130       140       150     

            200       210       220       230       240       250  
pF1KSD TVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVILREISESTPVEEV
       ::::...::::.:: :::.::::: :.::::::::::::...::::::::: :.::.:::
CCDS41 TVANMEEIKKLTTDPDLILEVLRSSPMVQVDEKGEKVRPSHKRCIVILREIPETTPIEEV
         160       170       180       190       200       210     

            260       270       280       290       300       310  
pF1KSD EALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQGKPIKARIKAKA
       ..:::..: :: :.::::.:.::.:::....:::::.::::::::::::::: :::::  
CCDS41 KGLFKSENCPKVISCEFAHNSNWYITFQSDTDAQQAFKYLREEVKTFQGKPIMARIKA--
         220       230       240       250       260       270     

            320       330            340       350       360       
pF1KSD IAINTFLPKNGFRPLDVSLYA-----QQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLITPQTWSAT
         ::::. :::.: .: :.:.     : .::.  .. :.:.:.::. .::.. ::.:: .
CCDS41 --INTFFAKNGYRLMDSSIYSHPIQTQAQYASPVFMQPVYNPHQQYSVYSIV-PQSWSPN
             280       290       300       310       320        330

        370       380       390        400       410          420  
pF1KSD HS-YLDPPLVTPFPNTGFINGFTSP-AFKPAASPLTSLRQYPPRSRNP---SKSHLRHAI
        . :.. ::. :::: .:.:::.:: ..:  :. ..  : .     .:   :..  .:. 
CCDS41 PTPYFETPLA-PFPNGSFVNGFNSPGSYKTNAAAMNMGRPFQKNRVKPQFRSSGGSEHST
              340        350       360       370       380         

             430       440       450       460       470       480 
pF1KSD P-SAERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRVE
         :.  : : :.  :  :: :.:     ..: :  . : .: .:. ..  .         
CCDS41 EGSVSLGDGQLNRYSSRNFPAER-----HNP-TVTGHQEQTYLQKETSTLQ---------
     390       400       410             420       430             

             490       500       510       520       530       540 
pF1KSD PGSLESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGAA
          .:..   ::::.. :  :..::.   :    : .  : :.:.:.:  :.::::::..
CCDS41 ---VEQNGDYGRGRRTLFRGRRRREDDRISRPHPSTAESKAPTPKFDLLASNFPPLPGSS
             440       450       460       470       480       490 

             550       560            570       580          590   
pF1KSD GNLKTEDLFENRLSSLIIGPSKER-----TLSADASVNTLPVVVSREP---SVPASCAVS
       . .  : ..:::.:... :  ::.     :.:  . ..     .: .    :. . ::. 
CCDS41 SRMPGELVLENRMSDVVKGVYKEKDNEELTISCPVPADEQTECTSAQQLNMSTSSPCAAE
             500       510       520       530       540       550 

            600       610       620              630       640     
pF1KSD AT-YERSPSPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPS-------ALTATACKSVQVNGA-ATE
        :    . .   : .: .: .   .  ..   :        : ::. :.. ..:.: :. 
CCDS41 LTALSTTQQEKDLIEDSSVQKDGLNQTTIPVSPPSTTKPSRASTASPCNN-NINAATAVA
             560       570       580       590       600        610

             650       660       670       680         690         
pF1KSD LRKP---SYAEICQRTSKEPPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLA--EPAERYREPPAL
       :..:   ::::.::.  ::: :  .:: .: . :.:.  :.: . :  . .:. .: :  
CCDS41 LQEPRKLSYAEVCQKPPKEPSSVLVQPLRELRSNVVSPTKNEDNGAPENSVEKPHEKPEA
              620       630       640       650       660       670

     700                      710       720       730        
pF1KSD KST-----------P----GAPRDQRRPAGGRPSPSAMGKRLSREQSTPPKSPQ
       ...           :    :  :.:::  . :  :... .: ..:: .::.::.
CCDS41 RASKDYSGFRGNIIPRGAAGKIREQRRQFSHRAIPQGVTRRNGKEQYVPPRSPK
              680       690       700       710       720    

>>CCDS81690.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12            (730 aa)
 initn: 1259 init1: 855 opt: 1244  Z-score: 848.9  bits: 167.7 E(32554): 5.8e-41
Smith-Waterman score: 1481; 38.6% identity (64.5% similar) in 749 aa overlap (50-738:9-730)

      20        30        40        50        60          70       
pF1KSD EGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNAEVWG--APVLHLEASSAAD
                                     :.: . :::::.::   ::  . .:. .. 
CCDS81                       MLLFVEQVASKGTGLNPNAKVWQEIAPG-NTDATPVTH
                                     10        20         30       

        80        90       100        110       120       130      
pF1KSD GVSAAWEEVAGHHADRGPQGSDAN-GDGDQGHENAALPDPQESDPADMNALALGPSEY-D
       :. ..:.:.:.  . . :. :  : :... ...     . . :.  . .  . :  :  :
CCDS81 GTESSWHEIAATSGAH-PEVSVFNTGNAELSEDICKEYEVMYSSSCETTRNTTGIEESTD
        40        50         60        70        80        90      

            140            150       160       170       180       
pF1KSD SL---PEN-----SETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLISQMDSDQ
       ..   ::.      ...:. ..  : :: .: ::: ::::.:::::..:.::::::::::
CCDS81 GMILGPEDLSYQIYDVSGESNSAVSTEDLKECLKKQLEFCFSRENLSKDLYLISQMDSDQ
        100       110       120       130       140       150      

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pF1KSD YVPITTVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVILREISEST
       ..:: ::::...::::.:: :::.::::: :.::::::::::::...::::::::: :.:
CCDS81 FIPIWTVANMEEIKKLTTDPDLILEVLRSSPMVQVDEKGEKVRPSHKRCIVILREIPETT
        160       170       180       190       200       210      

       250       260       270       280       290       300       
pF1KSD PVEEVEALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQGKPIKAR
       :.:::..:::..: :: :.::::.:.::.:::....:::::.::::::::::::::: ::
CCDS81 PIEEVKGLFKSENCPKVISCEFAHNSNWYITFQSDTDAQQAFKYLREEVKTFQGKPIMAR
        220       230       240       250       260       270      

       310       320       330            340       350       360  
pF1KSD IKAKAIAINTFLPKNGFRPLDVSLYA-----QQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLITPQ
       :::    ::::. :::.: .: :.:.     : .::.  .. :.:.:.::. .::.. ::
CCDS81 IKA----INTFFAKNGYRLMDSSIYSHPIQTQAQYASPVFMQPVYNPHQQYSVYSIV-PQ
            280       290       300       310       320        330 

             370       380       390        400       410          
pF1KSD TWSATHS-YLDPPLVTPFPNTGFINGFTSP-AFKPAASPLTSLRQYPPRSRNP---SKSH
       .:: . . :.. ::. :::: .:.:::.:: ..:  :. ..  : .     .:   :.. 
CCDS81 SWSPNPTPYFETPLA-PFPNGSFVNGFNSPGSYKTNAAAMNMGRPFQKNRVKPQFRSSGG
             340        350       360       370       380       390

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pF1KSD LRHAIP-SAERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAG
        .:.   :.  : : :.  :  :: :.:     ..: :  . : .: .:. ..  .    
CCDS81 SEHSTEGSVSLGDGQLNRYSSRNFPAER-----HNP-TVTGHQEQTYLQKETSTLQ----
              400       410            420        430       440    

        480       490       500       510       520       530      
pF1KSD PGRVEPGSLESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPP
               .:..   ::::.. :  :..::.   :    : .  : :.:.:.:  :.:::
CCDS81 --------VEQNGDYGRGRRTLFRGRRRREDDRISRPHPSTAESKAPTPKFDLLASNFPP
                      450       460       470       480       490  

        540       550       560            570       580           
pF1KSD LPGAAGNLKTEDLFENRLSSLIIGPSKER-----TLSADASVNTLPVVVSREP---SVPA
       :::... .  : ..:::.:... :  ::.     :.:  . ..     .: .    :. .
CCDS81 LPGSSSRMPGELVLENRMSDVVKGVYKEKDNEELTISCPVPADEQTECTSAQQLNMSTSS
            500       510       520       530       540       550  

      590        600       610       620              630       640
pF1KSD SCAVSAT-YERSPSPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPS-------ALTATACKSVQVNG
        ::.  :    . .   : .: .: .   .  ..   :        : ::. :.. ..:.
CCDS81 PCAAELTALSTTQQEKDLIEDSSVQKDGLNQTTIPVSPPSTTKPSRASTASPCNN-NINA
            560       570       580       590       600        610 

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pF1KSD A-ATELRKP---SYAEICQRTSKEPPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLA--EPAERYR
       : :. :..:   ::::.::.  ::: :  .:: .: . :.:.  :.: . :  . .:. .
CCDS81 ATAVALQEPRKLSYAEVCQKPPKEPSSVLVQPLRELRSNVVSPTKNEDNGAPENSVEKPH
             620       630       640       650       660       670 

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pF1KSD EPPALKST-----------P----GAPRDQRRPAGGRPSPSAMGKRLSREQSTPPKSPQ
       : :  ...           :    :  :.:::  . :  :... .: ..:: .::.::.
CCDS81 EKPEARASKDYSGFRGNIIPRGAAGKIREQRRQFSHRAIPQGVTRRNGKEQYVPPRSPK
             680       690       700       710       720       730

>>CCDS53789.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12            (445 aa)
 initn: 896 init1: 855 opt: 1147  Z-score: 786.8  bits: 155.5 E(32554): 1.7e-37
Smith-Waterman score: 1147; 45.9% identity (71.0% similar) in 431 aa overlap (50-462:9-430)

      20        30        40        50        60          70       
pF1KSD EGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNAEVWG--APVLHLEASSAAD
                                     :.: . :::::.::   ::  . .:. .. 
CCDS53                       MLLFVEQVASKGTGLNPNAKVWQEIAPG-NTDATPVTH
                                     10        20         30       

        80           90       100       110       120         130  
pF1KSD GVSAAWEEVA---GHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESDPAD--MNALALGPS
       :. ..:.:.:   : : . . . :.      .   ...    ...   .   ... ::: 
CCDS53 GTESSWHEIAATSGAHPEGNAELSEDICKEYEVMYSSSCETTRNTTGIEESTDGMILGPE
        40        50        60        70        80        90       

            140       150       160       170       180       190  
pF1KSD EYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLISQMDSDQYVPIT
         :   .  ...:. ..  : :: .: ::: ::::.:::::..:.::::::::::..:: 
CCDS53 --DLSYQIYDVSGESNSAVSTEDLKECLKKQLEFCFSRENLSKDLYLISQMDSDQFIPIW
         100       110       120       130       140       150     

            200       210       220       230       240       250  
pF1KSD TVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVILREISESTPVEEV
       ::::...::::.:: :::.::::: :.::::::::::::...::::::::: :.::.:::
CCDS53 TVANMEEIKKLTTDPDLILEVLRSSPMVQVDEKGEKVRPSHKRCIVILREIPETTPIEEV
         160       170       180       190       200       210     

            260       270       280       290       300       310  
pF1KSD EALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQGKPIKARIKAKA
       ..:::..: :: :.::::.:.::.:::....:::::.::::::::::::::: :::::  
CCDS53 KGLFKSENCPKVISCEFAHNSNWYITFQSDTDAQQAFKYLREEVKTFQGKPIMARIKA--
         220       230       240       250       260       270     

            320       330            340       350       360       
pF1KSD IAINTFLPKNGFRPLDVSLYA-----QQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLITPQTWSAT
         ::::. :::.: .: :.:.     : .::.  .. :.:.:.::. .::.. ::.:: .
CCDS53 --INTFFAKNGYRLMDSSIYSHPIQTQAQYASPVFMQPVYNPHQQYSVYSIV-PQSWSPN
             280       290       300       310       320        330

        370       380       390        400       410          420  
pF1KSD HS-YLDPPLVTPFPNTGFINGFTSP-AFKPAASPLTSLRQYPPRSRNP---SKSHLRHAI
        . :.. ::. :::: .:.:::.:: ..:  :. ..  : .     .:   :..  .:. 
CCDS53 PTPYFETPLA-PFPNGSFVNGFNSPGSYKTNAAAMNMGRPFQKNRVKPQFRSSGGSEHST
              340        350       360       370       380         

             430       440       450       460       470       480 
pF1KSD P-SAERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRVE
         :.  : : :.  :  :: :.:    : . : .   : .:                   
CCDS53 EGSVSLGDGQLNRYSSRNFPAERHNPTVTGHQEQTYLQKETSTLQVEQNGDYGRGR    
     390       400       410       420       430       440         

             490       500       510       520       530       540 
pF1KSD PGSLESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGAA

>>CCDS53790.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12            (653 aa)
 initn: 1160 init1: 855 opt: 1123  Z-score: 768.3  bits: 152.6 E(32554): 1.8e-36
Smith-Waterman score: 1296; 36.1% identity (59.3% similar) in 740 aa overlap (50-738:9-653)

      20        30        40        50        60          70       
pF1KSD EGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNAEVWG--APVLHLEASSAAD
                                     :.: . :::::.::   ::  . .:. .. 
CCDS53                       MLLFVEQVASKGTGLNPNAKVWQEIAPG-NTDATPVTH
                                     10        20         30       

        80           90       100       110       120         130  
pF1KSD GVSAAWEEVA---GHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESDPAD--MNALALGPS
       :. ..:.:.:   : : . . . :.      .   ...    ...   .   ... ::: 
CCDS53 GTESSWHEIAATSGAHPEGNAELSEDICKEYEVMYSSSCETTRNTTGIEESTDGMILGPE
        40        50        60        70        80        90       

            140       150       160       170       180       190  
pF1KSD EYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLISQMDSDQYVPIT
         :   .  ...:. ..  : :: .: ::: ::::.:::::..:.::::::::::..:: 
CCDS53 --DLSYQIYDVSGESNSAVSTEDLKECLKKQLEFCFSRENLSKDLYLISQMDSDQFIPIW
         100       110       120       130       140       150     

            200       210       220       230       240       250  
pF1KSD TVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVILREISESTPVEEV
       ::::...::::.:: :::.::::: :.::::::::::::...::::::::: :.::.:::
CCDS53 TVANMEEIKKLTTDPDLILEVLRSSPMVQVDEKGEKVRPSHKRCIVILREIPETTPIEEV
         160       170       180       190       200       210     

            260       270       280       290       300       310  
pF1KSD EALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQGKPIKARIKAKA
       ..:::..: :: :.::::.:.::.:::....:::::.::::::::::::::: :::::  
CCDS53 KGLFKSENCPKVISCEFAHNSNWYITFQSDTDAQQAFKYLREEVKTFQGKPIMARIKA--
         220       230       240       250       260       270     

            320       330            340       350       360       
pF1KSD IAINTFLPKNGFRPLDVSLYA-----QQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLITPQTWSAT
         ::::. :::.: .: :.:.     : .::.  .. :.:.:.::. .::.. ::.:: .
CCDS53 --INTFFAKNGYRLMDSSIYSHPIQTQAQYASPVFMQPVYNPHQQYSVYSIV-PQSWSPN
             280       290       300       310       320        330

        370       380       390        400       410       420     
pF1KSD HS-YLDPPLVTPFPNTGFINGFTSP-AFKPAASPLTSLRQYPPRSRNPSKSHLRHAIPSA
        . :.. ::. :::: .:.:::.:: ..:  :. ..  :   : ..:             
CCDS53 PTPYFETPLA-PFPNGSFVNGFNSPGSYKTNAAAMNMGR---PFQKN-------------
              340        350       360          370                

         430       440       450       460       470       480     
pF1KSD ERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRVEPGSL
                                                                   
CCDS53 ------------------------------------------------------------
                                                                   

         490       500       510       520       530       540     
pF1KSD ESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGAAGNLK
                :.. :  :..::.   :    : .  : :.:.:.:  :.::::::... . 
CCDS53 ---------RRTLFRGRRRREDDRISRPHPSTAESKAPTPKFDLLASNFPPLPGSSSRMP
                    380       390       400       410       420    

         550       560            570       580          590       
pF1KSD TEDLFENRLSSLIIGPSKER-----TLSADASVNTLPVVVSREP---SVPASCAVSAT-Y
        : ..:::.:... :  ::.     :.:  . ..     .: .    :. . ::.  :  
CCDS53 GELVLENRMSDVVKGVYKEKDNEELTISCPVPADEQTECTSAQQLNMSTSSPCAAELTAL
          430       440       450       460       470       480    

        600       610       620              630       640         
pF1KSD ERSPSPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPS-------ALTATACKSVQVNGA-ATELRKP
         . .   : .: .: .   .  ..   :        : ::. :.. ..:.: :. :..:
CCDS53 STTQQEKDLIEDSSVQKDGLNQTTIPVSPPSTTKPSRASTASPCNN-NINAATAVALQEP
          490       500       510       520       530        540   

         650       660       670       680         690       700   
pF1KSD ---SYAEICQRTSKEPPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLA--EPAERYREPPALKST-
          ::::.::.  ::: :  .:: .: . :.:.  :.: . :  . .:. .: :  ... 
CCDS53 RKLSYAEVCQKPPKEPSSVLVQPLRELRSNVVSPTKNEDNGAPENSVEKPHEKPEARASK
           550       560       570       580       590       600   

                          710       720       730        
pF1KSD ----------P----GAPRDQRRPAGGRPSPSAMGKRLSREQSTPPKSPQ
                 :    :  :.:::  . :  :... .: ..:: .::.::.
CCDS53 DYSGFRGNIIPRGAAGKIREQRRQFSHRAIPQGVTRRNGKEQYVPPRSPK
           610       620       630       640       650   

>>CCDS44880.1 LARP4 gene_id:113251|Hs108|chr12            (653 aa)
 initn: 1178 init1: 774 opt: 845  Z-score: 581.4  bits: 118.0 E(32554): 4.6e-26
Smith-Waterman score: 1156; 34.4% identity (57.3% similar) in 738 aa overlap (50-738:9-653)

      20        30        40        50        60          70       
pF1KSD EGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNAEVWG--APVLHLEASSAAD
                                     :.: . :::::.::   ::  . .:. .. 
CCDS44                       MLLFVEQVASKGTGLNPNAKVWQEIAPG-NTDATPVTH
                                     10        20         30       

        80           90       100       110       120         130  
pF1KSD GVSAAWEEVA---GHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESDPAD--MNALALGPS
       :. ..:.:.:   : : . . . :.      .   ...    ...   .   ... ::: 
CCDS44 GTESSWHEIAATSGAHPEGNAELSEDICKEYEVMYSSSCETTRNTTGIEESTDGMILGPE
        40        50        60        70        80        90       

            140       150       160       170       180       190  
pF1KSD EYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLISQMDSDQYVPIT
         :   .  ...:. ..  : :: .: ::: ::::.:::::..:.::::::::::..:: 
CCDS44 --DLSYQIYDVSGESNSAVSTEDLKECLKKQLEFCFSRENLSKDLYLISQMDSDQFIPIW
         100       110       120       130       140       150     

            200       210       220       230       240       250  
pF1KSD TVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVILREISESTPVEEV
       ::::...::::.:: :::.::::: :.::::::::::::...::::::::: :.::.:::
CCDS44 TVANMEEIKKLTTDPDLILEVLRSSPMVQVDEKGEKVRPSHKRCIVILREIPETTPIEEV
         160       170       180       190       200       210     

            260       270       280       290       300       310  
pF1KSD EALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQGKPIKARIKAKA
       ..:::..: :: :.::::.:.::.:::....:::::.::::::::::::::: :      
CCDS44 KGLFKSENCPKVISCEFAHNSNWYITFQSDTDAQQAFKYLREEVKTFQGKPIMA------
         220       230       240       250       260               

            320       330       340       350       360       370  
pF1KSD IAINTFLPKNGFRPLDVSLYAQQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLITPQTWSATHSYLD
                                                                   
CCDS44 ------------------------------------------------------------
                                                                   

            380       390        400       410          420        
pF1KSD PPLVTPFPNTGFINGFTSP-AFKPAASPLTSLRQYPPRSRNP---SKSHLRHAIP-SAER
            :::: .:.:::.:: ..:  :. ..  : .     .:   :..  .:.   :.  
CCDS44 -----PFPNGSFVNGFNSPGSYKTNAAAMNMGRPFQKNRVKPQFRSSGGSEHSTEGSVSL
          270       280       290       300       310       320    

       430       440       450       460       470       480       
pF1KSD GPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRVEPGSLES
       : : :.  :  :: :.:     ..: :  . : .: .:. ..  .            .:.
CCDS44 GDGQLNRYSSRNFPAER-----HNP-TVTGHQEQTYLQKETSTLQ------------VEQ
          330       340             350       360                  

       490       500       510       520       530       540       
pF1KSD SPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGAAGNLKTE
       .   ::::.. :  :..::.   :    : .  : :.:.:.:  :.::::::... .  :
CCDS44 NGDYGRGRRTLFRGRRRREDDRISRPHPSTAESKAPTPKFDLLASNFPPLPGSSSRMPGE
        370       380       390       400       410       420      

       550       560            570       580          590         
pF1KSD DLFENRLSSLIIGPSKER-----TLSADASVNTLPVVVSREP---SVPASCAVSAT-YER
        ..:::.:... :  ::.     :.:  . ..     .: .    :. . ::.  :    
CCDS44 LVLENRMSDVVKGVYKEKDNEELTISCPVPADEQTECTSAQQLNMSTSSPCAAELTALST
        430       440       450       460       470       480      

      600       610       620              630       640           
pF1KSD SPSPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPS-------ALTATACKSVQVNGA-ATELRKP--
       . .   : .: .: .   .  ..   :        : ::. :.. ..:.: :. :..:  
CCDS44 TQQEKDLIEDSSVQKDGLNQTTIPVSPPSTTKPSRASTASPCNN-NINAATAVALQEPRK
        490       500       510       520       530        540     

       650       660       670       680         690       700     
pF1KSD -SYAEICQRTSKEPPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLA--EPAERYREPPALKST---
        ::::.::.  ::: :  .:: .: . :.:.  :.: . :  . .:. .: :  ...   
CCDS44 LSYAEVCQKPPKEPSSVLVQPLRELRSNVVSPTKNEDNGAPENSVEKPHEKPEARASKDY
         550       560       570       580       590       600     

                        710       720       730        
pF1KSD --------P----GAPRDQRRPAGGRPSPSAMGKRLSREQSTPPKSPQ
               :    :  :.:::  . :  :... .: ..:: .::.::.
CCDS44 SGFRGNIIPRGAAGKIREQRRQFSHRAIPQGVTRRNGKEQYVPPRSPK
         610       620       630       640       650   




738 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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 start: Thu Nov  3 00:44:25 2016 done: Thu Nov  3 00:44:26 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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