seq1 = pF1KB4196.tfa, 2871 bp
seq2 = pF1KB4196/gi568815575f_101131648.tfa (gi568815575f:101131648_101360618), 228971 bp

>pF1KB4196 2871
>gi568815575f:101131648_101360618 (ChrX)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-281  (104213-104376)   100% ->
282-438  (105972-106128)   100% ->
439-559  (107334-107454)   100% ->
560-828  (110021-110289)   100% ->
829-975  (110678-110824)   100% ->
976-1054  (111257-111335)   100% ->
1055-1115  (113370-113430)   100% ->
1116-1177  (113741-113802)   100% ->
1178-1252  (115443-115517)   100% ->
1253-1454  (116442-116643)   100% ->
1455-1540  (116867-116952)   100% ->
1541-1698  (118776-118933)   100% ->
1699-1865  (119270-119436)   100% ->
1866-1977  (120958-121069)   100% ->
1978-2114  (122778-122914)   100% ->
2115-2180  (123212-123277)   100% ->
2181-2246  (123537-123602)   100% ->
2247-2390  (124471-124614)   100% ->
2391-2628  (126662-126899)   100% ->
2629-2749  (128402-128522)   100% ->
2750-2871  (128850-128971)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAACCTATGGTCATGCAGGGATGCCCTTACACCCTCCCACGATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAACCTATGGTCATGCAGGGATGCCCTTACACCCTCCCACGATGTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGACTGGCAGGCAGCTGACCAGTTCCATCATAGCAGCAGCCTCCGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGACTGGCAGGCAGCTGACCAGTTCCATCATAGCAGCAGCCTCCGAAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTGCCCCCACCCTCAG         GTTAGAGCTGCTGTCACCAGCCCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTGCCCCCACCCTCAGGTA...CAGGTTAGAGCTGCTGTCACCAGCCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCACCTCCTCAAGATGGTGCTGGGGTTCCCTGCCTAAGCCTAAAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104237 GCACCTCCTCAAGATGGTGCTGGGGTTCCCTGCCTAAGCCTAAAGCTGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAACGGGTCTGTTGGTGCCTCTGGACCCCTGGAACCACCAGCCATGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104287 GAACGGGTCTGTTGGTGCCTCTGGACCCCTGGAACCACCAGCCATGAATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTGTTGGAATGAAATAAAAAAGAAGTCTCACAACCTCCG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104337 TGTGTTGGAATGAAATAAAAAAGAAGTCTCACAACCTCCGGTA...CAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTCGCCTAGAGGCCTTCTCAGACCACAGTGGAAAGCTTCAGCTCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105973 GCTCGCCTAGAGGCCTTCTCAGACCACAGTGGAAAGCTTCAGCTCCCTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAAGAGATTATTGACTGGCTCAGCCAAAAGGATGAGGAGTTGTCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106023 TCAAGAGATTATTGACTGGCTCAGCCAAAAGGATGAGGAGTTGTCAGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCTGCCCCTACAGGGGGATGTGGCCCTGGTGCAACAGGAGAAGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106073 AGCTGCCCCTACAGGGGGATGTGGCCCTGGTGCAACAGGAGAAGGAGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CATGCG         GCCTTTATGGAAGAAGTCAAGTCTCGGGGCCCCTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106123 CATGCGGTA...TAGGCCTTTATGGAAGAAGTCAAGTCTCGGGGCCCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCTATTCTGTGCTGGAGTCAGCTCAGGCCTTCCTGTCCCAGCACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107369 CATCTATTCTGTGCTGGAGTCAGCTCAGGCCTTCCTGTCCCAGCACCCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGAGGAGTTAGAGGAGCCTCATTCTGAGAGCAAAG         ATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107419 TTGAGGAGTTAGAGGAGCCTCATTCTGAGAGCAAAGGTA...CAGATACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCCCGAAACAGCGGATCCAGAATCTCAGCCGCTTTGTATGGAAGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110026 TCCCCGAAACAGCGGATCCAGAATCTCAGCCGCTTTGTATGGAAGCAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GACGGTGGCCAGTGAACTGTGGGAGAAGTTGACAGCCCGCTGTGTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110076 GACGGTGGCCAGTGAACTGTGGGAGAAGTTGACAGCCCGCTGTGTGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGCACCGTCACATTGAGCGGACTCTGGAGCAGCTCTTGGAGATTCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110126 AGCACCGTCACATTGAGCGGACTCTGGAGCAGCTCTTGGAGATTCAAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCAATGGAGGAACTAAGCACTACTCTGAGCCAAGCTGAGGGAGTCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110176 GCAATGGAGGAACTAAGCACTACTCTGAGCCAAGCTGAGGGAGTCCGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CACTTGGGAGCCCATTGGGGATCTCTTCATTGATTCACTCCCAGAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110226 CACTTGGGAGCCCATTGGGGATCTCTTCATTGATTCACTCCCAGAGCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCCAGGCTATTAAG         CTGTTCAAAGAAGAATTCTCCCCCATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110276 TCCAGGCTATTAAGGTA...CAGCTGTTCAAAGAAGAATTCTCCCCCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAAGATGGAGTAAAGTTGGTGAATGATCTGGCCCACCAACTTGCCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110705 AAAGATGGAGTAAAGTTGGTGAATGATCTGGCCCACCAACTTGCCATTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGATGTGCACTTGTCAATGGAGAATTCCCAGGCCCTGGAACAGATCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110755 TGATGTGCACTTGTCAATGGAGAATTCCCAGGCCCTGGAACAGATCAACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCCGATGGAAACAACTACAG         GCGTCAGTTAGTGAGAGGCTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 110805 TCCGATGGAAACAACTACAGGTA...TAGGCGTCAGTTAGTGAGAGGCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAGCAGCTCCAGGATGCCCACCGGGACTTTGGGCCTGGGTCACAGCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111278 AAGCAGCTCCAGGATGCCCACCGGGACTTTGGGCCTGGGTCACAGCACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCTCTCCT         CCTCTGTCCAGGTTCCCTGGGAAAGAGCAATTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 111328 TCTCTCCTGTA...CAGCCTCTGTCCAGGTTCCCTGGGAAAGAGCAATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CACCCAATAAAGTTCCCTACTACATCAA         CCACCAGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 113403 CACCCAATAAAGTTCCCTACTACATCAAGTG...TAGCCACCAGGCTCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACCACATGCTGGGACCATCCCAAGATGACAGAGTTATACCAAACCCTAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113754 ACCACATGCTGGGACCATCCCAAGATGACAGAGTTATACCAAACCCTAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1178         CTGATCTGAACAACATTAAGTTCTCAGCTTATCGCACTGCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113804 TA...CAGCTGATCTGAACAACATTAAGTTCTCAGCTTATCGCACTGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGAAACTCCGCAGAGTCCAGAAAGCCCTGCGCT         TGGACCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115485 TGAAACTCCGCAGAGTCCAGAAAGCCCTGCGCTGTA...CAGTGGACCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GTAACTTTAACCACAGCCCTGGAAATCTTCAATGAGCATGATCTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116450 GTAACTTTAACCACAGCCCTGGAAATCTTCAATGAGCATGATCTGCAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CAGTGAGCACGTGATGGATGTGGTAGAGGTCATTCACTGCCTGACTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116500 CAGTGAGCACGTGATGGATGTGGTAGAGGTCATTCACTGCCTGACTGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TATATGAACGTTTGGAGGAGGAAAGAGGCATCCTGGTCAACGTGCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116550 TATATGAACGTTTGGAGGAGGAAAGAGGCATCCTGGTCAACGTGCCACTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TGTGTGGACATGAGCCTCAATTGGCTCCTCAATGTTTTTGATAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 116600 TGTGTGGACATGAGCCTCAATTGGCTCCTCAATGTTTTTGATAGGTA...

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1455    TGGTCGCAGCGGAAAGATGCGGGCATTGTCTTTTAAGACTGGCATTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116864 TAGTGGTCGCAGCGGAAAGATGCGGGCATTGTCTTTTAAGACTGGCATTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CATGCTTGTGTGGCACGGAAGTGAAGGAAAAACTTCAGT         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 116914 CATGCTTGTGTGGCACGGAAGTGAAGGAAAAACTTCAGTGTG...CAGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CTCTTCAGCCAAGTGGCCAACTCAGGCAGCCAGTGTGACCAGCGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118778 CTCTTCAGCCAAGTGGCCAACTCAGGCAGCCAGTGTGACCAGCGCCACCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TGGTGTCCTGCTTCATGAGGCCATTCAGGTGCCCCGTCAGCTGGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118828 TGGTGTCCTGCTTCATGAGGCCATTCAGGTGCCCCGTCAGCTGGGTGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TGGCAGCCTTTGGGGGCAGCAATGTGGAGCCCAGTGTCCGTAGTTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118878 TGGCAGCCTTTGGGGGCAGCAATGTGGAGCCCAGTGTCCGTAGTTGCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CGTTTT         AGCACCGGGAAGCCAGTCATTGAAGCATCCCAGTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118928 CGTTTTGTG...TAGAGCACCGGGAAGCCAGTCATTGAAGCATCCCAGTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 CCTGGAGTGGGTCAACCTGGAGCCCCAGTCCATGGTGTGGCTGGCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119305 CCTGGAGTGGGTCAACCTGGAGCCCCAGTCCATGGTGTGGCTGGCTGTTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGCATCGGGTCACCATTGCTGAGCAAGTGAAGCATCAGACCAAGTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119355 TGCATCGGGTCACCATTGCTGAGCAAGTGAAGCATCAGACCAAGTGCTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 ATCTGTAGGCAGTGCCCCATCAAGGGGTTCAG         GTACCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 119405 ATCTGTAGGCAGTGCCCCATCAAGGGGTTCAGGTA...AAGGTACCGGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TCTGAAGCAATTCAACGTTGACATCTGCCAGACCTGCTTCTTGACAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120967 TCTGAAGCAATTCAACGTTGACATCTGCCAGACCTGCTTCTTGACAGGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GGGCCAGCAAAGGCAATAAGCTGCACTACCCCATCATGGAGTATTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121017 GGGCCAGCAAAGGCAATAAGCTGCACTACCCCATCATGGAGTATTACACA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CCG         ACCACATCCAGTGAGAACATGAGGGACTTTGCCACAAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121067 CCGGTA...CAGACCACATCCAGTGAGAACATGAGGGACTTTGCCACAAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 CTTAAAGAACAAATTCCGCTCCAAGCATTATTTCAGCAAACACCCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122816 CTTAAAGAACAAATTCCGCTCCAAGCATTATTTCAGCAAACACCCTCAGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 GAGGTTATCTGCCTGTGCAATCAGTGCTGGAGGCTGACTACAGTGAGAC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 122866 GAGGTTATCTGCCTGTGCAATCAGTGCTGGAGGCTGACTACAGTGAGACG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115         GCCGGCTTCTTCCCCGATGTGGCCACACGCCGACACACACTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122916 TG...TAGGCCGGCTTCTTCCCCGATGTGGCCACACGCCGACACACACTC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CCGAATTGAGCATTTTGCCAGCAG         GCTTGCTGAGATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123254 CCGAATTGAGCATTTTGCCAGCAGGTA...TAGGCTTGCTGAGATGGAAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 GTCAAAATTGCTCCTTCTTTAATGACAGCTTGTCCCCAGATGACAGCAT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 123554 GTCAAAATTGCTCCTTCTTTAATGACAGCTTGTCCCCAGATGACAGCATG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2247         AGACGAGGACCAGTACCTGCTGCGGCACTCCAGCCCCATCAC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123604 TG...CAGAGACGAGGACCAGTACCTGCTGCGGCACTCCAGCCCCATCAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 AGACCGGGAGCCAGCCTTTGGACAGCAGGCTCCATGCAGTGTGGCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124513 AGACCGGGAGCCAGCCTTTGGACAGCAGGCTCCATGCAGTGTGGCCACAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 AAAGCAAAGGGGAGCTACAGAAGATCCTGGCCCACTTGGAAGATGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124563 AAAGCAAAGGGGAGCTACAGAAGATCCTGGCCCACTTGGAAGATGAGAAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 CG         GATTCTCCAGGGAGAGCTGAGGCGCCTGAAGTGGCAGCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124613 CGGTG...CAGGATTCTCCAGGGAGAGCTGAGGCGCCTGAAGTGGCAGCA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 TGAGGAGGCAGCTGAGGCACCCAGTCTGGCTGACGGCTCCACTGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126701 TGAGGAGGCAGCTGAGGCACCCAGTCTGGCTGACGGCTCCACTGAGGCAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 CAACAGACCACCGCAATGAGGAGCTTCTGGCCGAGGCCCGTATCCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126751 CAACAGACCACCGCAATGAGGAGCTTCTGGCCGAGGCCCGTATCCTTCGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2530 CAACATAAGAGCCGCCTGGAGACGCGCATGCAGATCCTCGAAGATCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126801 CAACATAAGAGCCGCCTGGAGACGCGCATGCAGATCCTCGAAGATCACAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2580 CAAGCAGCTAGAGTCCCAGCTGCAGCGTCTGAGGGAGCTTCTCCTGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 126851 CAAGCAGCTAGAGTCCCAGCTGCAGCGTCTGAGGGAGCTTCTCCTGCAGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2629         CCACCCACCGAATCAGATGGCAGTGGCTCTGCAGGCTCGTCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126901 TG...TAGCCACCCACCGAATCAGATGGCAGTGGCTCTGCAGGCTCGTCC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 CTAGCTTCCTCTCCACAGCAGTCAGAAGGCAGTCACCCCCGGGAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128444 CTAGCTTCCTCTCCACAGCAGTCAGAAGGCAGTCACCCCCGGGAGAAGGG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 ACAGACTACTCCAGATACCGAGGCTGCAG         ATGATGTGGGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 128494 ACAGACTACTCCAGATACCGAGGCTGCAGGTG...CAGATGATGTGGGGT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2762 CAAAGAGCCAGGATGTCAGCCTGTGCTTGGAGGACATCATGGAGAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128862 CAAAGAGCCAGGATGTCAGCCTGTGCTTGGAGGACATCATGGAGAAACTC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2812 CGTCATGCCTTCCCCAGTGTGCGAAGTTCTGATGTGACTGCCAACACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128912 CGTCATGCCTTCCCCAGTGTGCGAAGTTCTGATGTGACTGCCAACACCCT

   3050     .    :
   2862 GCTGGCCTCT
        ||||||||||
 128962 GCTGGCCTCT