Result of FASTA (ccds) for pF1KA1739
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1739, 833 aa
  1>>>pF1KA1739 833 - 833 aa - 833 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7487+/-0.000947; mu= 5.7977+/- 0.057
 mean_var=182.5425+/-35.604, 0's: 0 Z-trim(112.6): 56  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.094928
 statistics sampled from 13273 (13326) to 13273 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.741), E-opt: 0.2 (0.409), width:  16
 Scan time:  3.360

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS2029.1 SEMA4C gene_id:54910|Hs108|chr2         ( 833) 5771 803.0       0
CCDS7501.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10        ( 843) 1789 257.7 6.1e-68
CCDS6685.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9         ( 862) 1700 245.5 2.9e-64
CCDS47991.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9        ( 738) 1636 236.7 1.1e-61
CCDS45347.1 SEMA4B gene_id:10509|Hs108|chr15       ( 837) 1624 235.1 3.9e-61
CCDS55724.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10       ( 702) 1567 227.2 7.5e-59
CCDS1955.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2         ( 770) 1395 203.7   1e-51
CCDS82779.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3         ( 754) 1165 172.2   3e-42
CCDS82780.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3         ( 686) 1158 171.2 5.3e-42
CCDS74529.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2        ( 737) 1139 168.6 3.4e-41
CCDS74941.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3         ( 749) 1132 167.7 6.8e-41
CCDS5599.1 SEMA3A gene_id:10371|Hs108|chr7         ( 771) 1099 163.2 1.6e-39
CCDS34676.1 SEMA3D gene_id:223117|Hs108|chr7       ( 777) 1054 157.0 1.2e-37
CCDS77744.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3         ( 748) 1049 156.3 1.8e-37
CCDS34674.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7         ( 775)  967 145.1 4.4e-34
CCDS2856.1 SEMA3G gene_id:56920|Hs108|chr3         ( 782)  963 144.5 6.5e-34
CCDS2811.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3          ( 785)  940 141.4 5.8e-33
CCDS55121.1 SEMA3E gene_id:9723|Hs108|chr7         ( 715)  927 139.6 1.8e-32
CCDS5596.1 SEMA3C gene_id:10512|Hs108|chr7         ( 751)  913 137.7 7.3e-32
CCDS62942.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2        ( 615)  817 124.5 5.6e-28
CCDS1132.1 SEMA4A gene_id:64218|Hs108|chr1         ( 761)  712 110.2 1.4e-23
CCDS77743.1 SEMA3B gene_id:7869|Hs108|chr3         ( 754)  711 110.0 1.6e-23
CCDS984.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1          ( 930)  686 106.6   2e-22
CCDS53364.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1        ( 962)  686 106.7   2e-22
CCDS32229.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       ( 476)  649 101.4 3.8e-21
CCDS32228.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       ( 597)  649 101.5 4.6e-21
CCDS32227.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       ( 998)  649 101.6   7e-21
CCDS32224.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       (1011)  649 101.6 7.1e-21
CCDS32226.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       (1017)  649 101.6 7.2e-21
CCDS32225.1 SEMA6D gene_id:80031|Hs108|chr15       (1073)  649 101.6 7.5e-21
CCDS47256.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5        (1030)  648 101.5   8e-21
CCDS75288.1 SEMA6A gene_id:57556|Hs108|chr5        (1047)  648 101.5 8.1e-21
CCDS74995.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3        (1057)  615 97.0 1.9e-19
CCDS35491.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3        (1151)  615 97.0   2e-19
CCDS58848.1 SEMA5B gene_id:54437|Hs108|chr3        (1205)  615 97.0 2.1e-19
CCDS3875.1 SEMA5A gene_id:9037|Hs108|chr5          (1074)  594 94.1 1.4e-18
CCDS53363.1 SEMA6C gene_id:10500|Hs108|chr1        ( 922)  579 92.0 5.1e-18
CCDS12131.1 SEMA6B gene_id:10501|Hs108|chr19       ( 888)  557 89.0   4e-17


>>CCDS2029.1 SEMA4C gene_id:54910|Hs108|chr2              (833 aa)
 initn: 5771 init1: 5771 opt: 5771  Z-score: 4280.5  bits: 803.0 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5771; 100.0% identity (100.0% similar) in 833 aa overlap (1-833:1-833)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGELATVVRRFSQTGIQDFLTLTLTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGELATVVRRFSQTGIQDFLTLTLTE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KA1 PTGLLYVGAREALFAFSMEALELQGAISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIRFLQPY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 PTGLLYVGAREALFAFSMEALELQGAISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIRFLQPY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KA1 NASHLYVCGTYAFQPKCTYVNMLTFTLEHGEFEDGKGKCPYDPAKGHAGLLVDGELYSAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 NASHLYVCGTYAFQPKCTYVNMLTFTLEHGEFEDGKGKCPYDPAKGHAGLLVDGELYSAT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KA1 LNNFLGTEPIILRNMGPHHSMKTEYLAFWLNEPHFVGSAYVPESVGSFTGDDDKVYFFFR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 LNNFLGTEPIILRNMGPHHSMKTEYLAFWLNEPHFVGSAYVPESVGSFTGDDDKVYFFFR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KA1 ERAVESDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAPNWQLYFNQLQAM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 ERAVESDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAPNWQLYFNQLQAM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KA1 HTLQDTSWHNTTFFGVFQAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVFEGPYKEYHEEAQKWDRYTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 HTLQDTSWHNTTFFGVFQAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVFEGPYKEYHEEAQKWDRYTD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KA1 PVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVGPRWSRPLLVKKGTNF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 PVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVGPRWSRPLLVKKGTNF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KA1 THLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQLFDQEPMRSLVLSQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 THLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQLFDQEPMRSLVLSQS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KA1 KKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSRCVAVGGHSGSLLIQH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 KKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSRCVAVGGHSGSLLIQH
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KA1 VMTSDTSGICNLRGSKKVRPTPKNITVVAGTDLVLPCHLSSNLAHARWTFGGRDLPAEQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 VMTSDTSGICNLRGSKKVRPTPKNITVVAGTDLVLPCHLSSNLAHARWTFGGRDLPAEQP
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KA1 GSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSEEQGARLAAEGYLVAVVAGPSVTLEARAPLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 GSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSEEQGARLAAEGYLVAVVAGPSVTLEARAPLE
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KA1 NLGLVWLAVVALGAVCLVLLLLVLSLRRRLREELEKGAKATERTLVYPLELPKEPTSPPF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 NLGLVWLAVVALGAVCLVLLLLVLSLRRRLREELEKGAKATERTLVYPLELPKEPTSPPF
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KA1 RPCPEPDEKLWDPVGYYYSDGSLKIVPGHARCQPGGGPPSPPPGIPGQPLPSPTRLHLGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 RPCPEPDEKLWDPVGYYYSDGSLKIVPGHARCQPGGGPPSPPPGIPGQPLPSPTRLHLGG
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830   
pF1KA1 GRNSNANGYVRLQLGGEDRGGLGHPLPELADELRRKLQQRQPLPDSNPEESSV
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 GRNSNANGYVRLQLGGEDRGGLGHPLPELADELRRKLQQRQPLPDSNPEESSV
              790       800       810       820       830   

>>CCDS7501.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10             (843 aa)
 initn: 1648 init1: 533 opt: 1789  Z-score: 1333.2  bits: 257.7 E(32554): 6.1e-68
Smith-Waterman score: 1881; 42.8% identity (66.4% similar) in 830 aa overlap (29-821:34-830)

                 10        20        30        40        50        
pF1KA1   MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGELATVVRRFSQTGIQDFLTLTL
                                     :: :.   ::. . :.: .   :.. :: :
CCDS75 RLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGT-RHF-KGQAQNYSTLLL
            10        20        30        40          50        60 

       60        70        80           90       100       110     
pF1KA1 TEPTGLLYVGAREALFAFSMEALELQGA---ISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIR
        : .. : :::: :::..: . .  .::   : :::  : ...: :::::::::::: .:
CCDS75 EEASARLLVGARGALFSLSANDIG-DGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVR
              70        80         90       100       110       120

         120       130       140       150       160       170     
pF1KA1 FLQPYNASHLYVCGTYAFQPKCTYVNMLTFTLEHGEFEDGKGKCPYDPAKGHAGLLVDGE
       :::  :..:::.:::.:::: :. ..  .:::  . ::.:: :::::::.: .::..:: 
CCDS75 FLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTS-FEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGG
              130       140       150        160       170         

         180       190       200        210       220       230    
pF1KA1 LYSATLNNFLGTEPIILRNMGPHHSMKTEYLAF-WLNEPHFVGSAYVPESVGSFTGDDDK
       ::.::  .: .  : : :.  :: :..::   . :::. .:: :. : :: .: .:::::
CCDS75 LYTATRYEFRSI-PDIRRSRHPH-SLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDK
     180       190        200        210       220       230       

          240             250       260       270       280        
pF1KA1 VYFFFRERAVE------SDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAP
       ::.:: :::.:      ..  . . :::::::::::.:: . ::.:::.:::::: :  :
CCDS75 VYYFFTERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIP
       240       250       260       270       280       290       

      290       300       310         320       330       340      
pF1KA1 NWQLYFNQLQAMHTLQDTSWHNTTFFGVF--QAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVFEGPYK
          :: . :... .:.  .   : :...:  ..::  .  ::::.:.: ::: :: ::: 
CCDS75 ---LY-ETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFAGPYM
           300       310       320       330       340       350   

        350       360       370       380       390       400      
pF1KA1 EYHEEAQKWDRYTDPVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVGP
       ::.. ...: ::   :: :::::::..  : .::.:: .::. .:.::: :::: . : :
CCDS75 EYQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVP
           360       370       380       390       400       410   

        410       420       430       440       450       460      
pF1KA1 RWSRPLLVKKGTNFTHLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQL
         .::::.:..  .:::..  ::   : :: .::.::.:::. ::: ::  .:.::: :.
CCDS75 TRGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQV
           420       430       440       450       460       470   

         470       480       490       500       510       520     
pF1KA1 F-DQEPMRSLVLSQSKKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSR
       : ... ...::.:  .. :..:. : ..:::...: .:::: ::.:::::::.:. .:  
CCDS75 FRESQSVENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTHA
           480       490       500       510       520       530   

            530          540       550       560         570       
pF1KA1 CVA---VGGHS-GS--LLIQHVMTSDTSGICNLRGSKKVRPTP--KNITVVAGTDLVLPC
       :.:   ....: ::   ::: .  .. .  :.  .:. . : :  :. .:. : :..:::
CCDS75 CAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGNRG--CE--SSRDTGPPPPLKTRSVLRGDDVLLPC
           540       550       560           570       580         

       580       590        600       610       620       630      
pF1KA1 HLSSNLAHARWTFGGR-DLPAEQPGSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSEEQGARL
          ::::.: : ..:   :   : :   : . ...:.:  :::.:.: : :..::.: : 
CCDS75 DQPSNLARALWLLNGSMGLSDGQGG---YRVGVDGLLVTDAQPEHSGNYGCYAEENGLRT
     590       600       610          620       630       640      

        640        650        660            670          680      
pF1KA1 AAEGYLVAVV-AGPSVTLEARA-PLENLG-----LVWLAVVALGAVCLVL---LLLVLSL
          .: ..:  : :. . .: : :  .:.     :  ::..:::..::.:   :: :  :
CCDS75 LLASYSLTVRPATPAPAPKAPATPGAQLAPDVRLLYVLAIAALGGLCLILASSLLYVACL
        650       660       670       680       690       700      

          690       700       710       720        730       740   
pF1KA1 R--RRLREELEKGAKATERTLVYPLELPKEPTSPPFRPCP-EPDEKLWDPVGYYYSDGS-
       :  :: :..  . ..:. :.    ..:  . .:     :: : ::   :  :    .:: 
CCDS75 REGRRGRRRKYSLGRAS-RAGGSAVQL--QTVSG---QCPGEEDEG--DDEGAGGLEGSC
        710       720        730            740         750        

            750       760        770       780       790       800 
pF1KA1 LKIVPGHARCQPGGGPPSPPPG-IPGQPLPSPTRLHLGGGRNSNANGYVRLQLGGEDRGG
       :.:.::..   :   :: :::. . .  .  :.::     :  :.:.:: :.   .. .:
CCDS75 LQIIPGEGAPAPPPPPPPPPPAELTNGLVALPSRL-----RRMNGNSYVLLR---QSNNG
      760       770       780       790            800          810

             810       820       830    
pF1KA1 LGHPLPELADELRRKLQQRQPLPDSNPEESSV 
       .      .:.:: : :..:.             
CCDS75 VPAGPCSFAEELSRILEKRKHTQLVEQLDESSV
              820       830       840   

>>CCDS6685.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9              (862 aa)
 initn: 1279 init1: 441 opt: 1700  Z-score: 1267.2  bits: 245.5 E(32554): 2.9e-64
Smith-Waterman score: 1700; 44.9% identity (69.7% similar) in 623 aa overlap (20-632:19-629)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGELATVVRRFSQTGIQDFLTLTLTE
                          :. . .  .:: :    :.  :  .: .  : .. .: :.:
CCDS66  MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAPIPRITWEHREVHLV--QFHEPDIYNYSALLLSE
                10        20        30        40          50       

               70         80        90       100       110         
pF1KA1 PTGLLYVGAREALFAFS-MEALELQGAISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIRFLQP
           ::.:::::.:: . ..  : :  . :..  .::..: .:::..::::.:.:: :::
CCDS66 DKDTLYIGAREAVFAVNALNISEKQHEVYWKVSEDKKAKCAEKGKSKQTECLNYIRVLQP
        60        70        80        90       100       110       

     120       130       140       150       160       170         
pF1KA1 YNASHLYVCGTYAFQPKCTYVNMLTFTLEHGEFEDGKGKCPYDPAKGHAGLLVDGELYSA
        .:. :::::: :::: : ..:. .: .  :. :::::.::.:::.......:::::::.
CCDS66 LSATSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFL-GKNEDGKGRCPFDPAHSYTSVMVDGELYSG
       120       130       140        150       160       170      

     180       190       200       210       220       230         
pF1KA1 TLNNFLGTEPIILRNMGPHHSMKTEYLAFWLNEPHFVGSAYVPESVGSFTGDDDKVYFFF
       :  ::::.:::: :: . :  ..:::   ::::: :: .  . .:  :  :.::.:::::
CCDS66 TSYNFLGSEPIISRN-SSHSPLRTEYAIPWLNEPSFVFADVIRKSPDSPDGEDDRVYFFF
        180       190        200       210       220       230     

     240       250       260       270       280       290         
pF1KA1 RERAVESDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAPNWQLYFNQLQA
        : .:: .   . .. :.:::::::.:: ::::.:::.:::::: :: :.  : :: :. 
CCDS66 TEVSVEYEFVFRVLIPRIARVCKGDQGGLRTLQKKWTSFLKARLICSRPDSGLVFNVLRD
         240       250       260       270       280       290     

     300       310       320       330       340        350        
pF1KA1 MHTLQDTSWHNTTFFGVFQAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVF-EGPYKEYHEEAQ---KW
       . .:.. . .  .:...:  : ... :::.: :.:   ..:: .: : .     :   ::
CCDS66 VFVLRSPGLKVPVFYALFTPQLNNVGLSAVCAYNLSTAEEVFSHGKYMQSTTVEQSHTKW
         300       310       320       330       340       350     

         360       370       380       390       400       410     
pF1KA1 DRYTDPVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVGPRWSRPLLVK
        ::. :::.::::.::..  :  .:::::.:::. :.::: ::::...: :  .:: :.:
CCDS66 VRYNGPVPKPRPGACIDSEARAANYTSSLNLPDKTLQFVKDHPLMDDSVTPIDNRPRLIK
         360       370       380       390       400       410     

         420       430       440       450       460        470    
pF1KA1 KGTNFTHLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQLF-DQEPMRS
       : .:.:..:.::. .:::..: :.:..:  : : ::.::   ::.::: ::: : ::...
CCDS66 KDVNYTQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDRGALHKAISLEHAVHIIEETQLFQDFEPVQT
         420       430       440       450       460       470     

          480         490       500       510       520       530  
pF1KA1 LVLSQSK--KLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSRCVAVGG-
       :.::..:  ....::: : .:: :.: : :. .: :::::::::::::  :. :::.   
CCDS66 LLLSSKKGNRFVYAGSNSGVVQAPLAFCGKHGTCEDCVLARDPYCAWSPPTATCVALHQT
         480       490       500       510       520       530     

              540       550       560       570       580       590
pF1KA1 HSGSL-LIQHVMTSDTSGICNLRGSKKVRPTPKNITVVAGTDLVLPCHLSSNLAHARWTF
       .: :  :::. :..:.: .:      : . . ..     :    : :  .::::.. : :
CCDS66 ESPSRGLIQE-MSGDAS-VC----PDKSKGSYRQHFFKHGGTAELKCSQKSNLARVFWKF
         540        550            560       570       580         

              600       610       620       630       640       650
pF1KA1 GGRDLPAEQPGSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSEEQGARLAAEGYLVAVVAGPS
        .  : ::.:   :.  .   :...  .   .:.:.:.:::.                  
CCDS66 QNGVLKAESPKYGLMGRK--NLLIFNLSEGDSGVYQCLSEERVKNKTVFQVVAKHVLEVK
     590       600         610       620       630       640       

              660       670       680       690       700       710
pF1KA1 VTLEARAPLENLGLVWLAVVALGAVCLVLLLLVLSLRRRLREELEKGAKATERTLVYPLE
                                                                   
CCDS66 VVPKPVVAPTLSVVQTEGSRIATKVLVASTQGSSPPTPAVQATSSGAITLPPKPAPTGTS
       650       660       670       680       690       700       

>>CCDS47991.1 SEMA4D gene_id:10507|Hs108|chr9             (738 aa)
 initn: 1310 init1: 441 opt: 1636  Z-score: 1220.8  bits: 236.7 E(32554): 1.1e-61
Smith-Waterman score: 1636; 43.6% identity (67.4% similar) in 628 aa overlap (20-633:19-628)

               10        20        30        40        50        60
pF1KA1 MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGELATVVRRFSQTGIQDFLTLTLTE
                          :. . .  .:: :    :.  :  .: .  : .. .: :.:
CCDS47  MRMCTPIRGLLMALAVMFGTAMAFAPIPRITWEHREVHLV--QFHEPDIYNYSALLLSE
                10        20        30        40          50       

               70         80        90       100       110         
pF1KA1 PTGLLYVGAREALFAFS-MEALELQGAISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIRFLQP
           ::.:::::.:: . ..  : :  . :..  .::..: .:::..::::.:.:: :::
CCDS47 DKDTLYIGAREAVFAVNALNISEKQHEVYWKVSEDKKAKCAEKGKSKQTECLNYIRVLQP
        60        70        80        90       100       110       

     120       130       140       150       160       170         
pF1KA1 YNASHLYVCGTYAFQPKCTYVNMLTFTLEHGEFEDGKGKCPYDPAKGHAGLLVDGELYSA
        .:. :::::: :::: : ..:. .: .  :. :::::.::.:::.......:::::::.
CCDS47 LSATSLYVCGTNAFQPACDHLNLTSFKFL-GKNEDGKGRCPFDPAHSYTSVMVDGELYSG
       120       130       140        150       160       170      

     180       190       200       210       220       230         
pF1KA1 TLNNFLGTEPIILRNMGPHHSMKTEYLAFWLNEPHFVGSAYVPESVGSFTGDDDKVYFFF
       :  ::::.:::: :: . :  ..:::   ::::: :: .  . .:  :  :.::.:::::
CCDS47 TSYNFLGSEPIISRN-SSHSPLRTEYAIPWLNEPSFVFADVIRKSPDSPDGEDDRVYFFF
        180       190        200       210       220       230     

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pF1KA1 RERAVESDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAPNWQLYFNQLQA
        : .:: .   . .. :.:::::::.:: ::::.:::.:::::: :: :.  : :: :. 
CCDS47 TEVSVEYEFVFRVLIPRIARVCKGDQGGLRTLQKKWTSFLKARLICSRPDSGLVFNVLRD
         240       250       260       270       280       290     

     300       310       320       330       340        350        
pF1KA1 MHTLQDTSWHNTTFFGVFQAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVF-EGPYKEYHEEAQ---KW
       . .:.. . .  .:...:  : ... :::.: :.:   ..:: .: : .     :   ::
CCDS47 VFVLRSPGLKVPVFYALFTPQLNNVGLSAVCAYNLSTAEEVFSHGKYMQSTTVEQSHTKW
         300       310       320       330       340       350     

         360       370       380       390       400       410     
pF1KA1 DRYTDPVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVGPRWSRPLLVK
        ::. :::.::::.::..  :  .:::::.:::. :.::: ::::...: :  .:: :.:
CCDS47 VRYNGPVPKPRPGACIDSEARAANYTSSLNLPDKTLQFVKDHPLMDDSVTPIDNRPRLIK
         360       370       380       390       400       410     

         420       430       440       450       460        470    
pF1KA1 KGTNFTHLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQLF-DQEPMRS
       : .:.:..:.::. .:::..: :.:..:  : : ::.::   ::.::: ::: : ::...
CCDS47 KDVNYTQIVVDRTQALDGTVYDVMFVSTDRGALHKAISLEHAVHIIEETQLFQDFEPVQT
         420       430       440       450       460       470     

          480         490       500       510       520       530  
pF1KA1 LVLSQSK--KLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSRCVAVGGH
       :.::..:  ....::: : .:: :.: : :. .: :::::::::::::  :. :::.   
CCDS47 LLLSSKKGNRFVYAGSNSGVVQAPLAFCGKHGTCEDCVLARDPYCAWSPPTATCVAL---
         480       490       500       510       520       530     

            540        550       560         570       580         
pF1KA1 SGSLLIQHVMTSDTSG-ICNLRGSKKVRP--TPKNITVVAGTDLVLPCHLSSNLAHARWT
              :   : . : : .. :. .: :  .:: .   ....:    :...    . ::
CCDS47 -------HQTESPSRGLIQEMSGDASVCPASSPKPLPPPGSSSLSCLGHVGDRRLSSPWT
                   540       550       560       570       580     

     590         600       610       620        630       640      
pF1KA1 FGGRDLPAEQ--PGSFLYDARLQALVVMAAQPRHA-GAYHCFSEEQGARLAAEGYLVAVV
             ::    : :    . :  ..   ::  :: : .. : .  :             
CCDS47 ----PWPASGAGPDSSSRVSLLPPFLSDQAQHVHALGNFYLFCQATGPADIRFVWEKNGR
             590       600       610       620       630       640 

        650       660       670       680       690       700      
pF1KA1 AGPSVTLEARAPLENLGLVWLAVVALGAVCLVLLLLVLSLRRRLREELEKGAKATERTLV
                                                                   
CCDS47 ALETCVPVQTHALPDGRAHALSWLQDAIRESAEYRCSVLSSAGNKTSKVQVAVMRPEVTH
             650       660       670       680       690       700 

>>CCDS45347.1 SEMA4B gene_id:10509|Hs108|chr15            (837 aa)
 initn: 1268 init1: 436 opt: 1624  Z-score: 1211.1  bits: 235.1 E(32554): 3.9e-61
Smith-Waterman score: 1691; 40.7% identity (63.9% similar) in 761 aa overlap (25-736:42-787)

                     10        20        30        40        50    
pF1KA1       MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGELATVVRRFSQTGIQDFL
                                     : : :: ..  :       ::    :... 
CCDS45 LAAPWGALPPRPPLLLLLLLLLLLQPPPPTWALSPRISLPLGSEERPFLRFEAEHISNYT
              20        30        40        50        60        70 

           60        70        80            90       100       110
pF1KA1 TLTLTEPTGLLYVGAREALFAFSMEALELQGA----ISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTEC
       .: :..    :::::::::::.: .   : :.    . : : .::: .:  :::. : .:
CCDS45 ALLLSRDGRTLYVGAREALFALSSNLSFLPGGEYQELLWGADAEKKQQCSFKGKDPQRDC
              80        90       100       110       120       130 

              120       130       140       150            160     
pF1KA1 FNFIRFLQPYNASHLYVCGTYAFQPKCTYVNMLTFTLEHGE-----FEDGKGKCPYDPAK
        :.:..: : ..:::..::: ::.: :::.:: .::: . :     .:::::.::.::  
CCDS45 QNYIKILLPLSGSHLFTCGTAAFSPMCTYINMENFTLARDEKGNVLLEDGKGRCPFDPNF
             140       150       160       170       180       190 

         170       180       190       200       210       220     
pF1KA1 GHAGLLVDGELYSATLNNFLGTEPIILRNMGPHHSMKTEYLAFWLNEPHFVGSAYVPESV
         ..:.::::::..:...: :..: : :... . . :::    ::..: ::.:::.:::.
CCDS45 KSTALVVDGELYTGTVSSFQGNDPAISRSQSLRPT-KTESSLNWLQDPAFVASAYIPESL
             200       210       220        230       240       250

         230       240       250       260       270       280     
pF1KA1 GSFTGDDDKVYFFFRERAVESDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLAC
       ::. :::::.:::: : . : . . . .:.:.::.:::: :: :.::..::.::::.: :
CCDS45 GSLQGDDDKIYFFFSETGQEFEFFENTIVSRIARICKGDEGGERVLQQRWTSFLKAQLLC
              260       270       280       290       300       310

         290       300         310       320         330       340 
pF1KA1 SAPNWQLYFNQLQAMHTLQDT--SWHNTTFFGVFQAQW--GDMYLSAICEYQLEEIQRVF
       : :.  . :: :: . ::. .  .:..: :.::: .::  :    ::.: . ....::::
CCDS45 SRPDDGFPFNVLQDVFTLSPSPQDWRDTLFYGVFTSQWHRGTTEGSAVCVFTMKDVQRVF
              320       330       340       350       360       370

             350       360       370       380       390       400 
pF1KA1 EGPYKEYHEEAQKWDRYTDPVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLME
        : ::: ..:.:.:   : :::.::::.::.:  :..  .:::.::: .:::.: : ::.
CCDS45 SGLYKEVNRETQQWYTVTHPVPTPRPGACITNSARERKINSSLQLPDRVLNFLKDHFLMD
              380       390       400       410       420       430

             410       420       430       440       450       460 
pF1KA1 EQVGPRWSRPLLVKKGTNFTHLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLI
        ::  : :: ::..  . . .... :: ::   :: :::.::::: : ::::.:: ::.:
CCDS45 GQV--R-SRMLLLQPQARYQRVAVHRVPGLHH-TYDVLFLGTGDGRLHKAVSVGPRVHII
                 440       450        460       470       480      

              470       480       490       500       510       520
pF1KA1 EELQLFDQ-EPMRSLVLSQSKKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWS
       ::::.:.. .:...:.:.  . ::.:.:.: .::.:.:.:  ::::.::.::::::::::
CCDS45 EELQIFSSGQPVQNLLLDTHRGLLYAASHSGVVQVPMANCSLYRSCGDCLLARDPYCAWS
        490       500       510       520       530       540      

              530           540       550         560           570
pF1KA1 VNTSRCVAVGGHSGSLL----IQHVMTSDTSGICNLRG--SKKVRPT---P-KNITVVAG
          : :  :. .. .:     :: .  .... .:.  .  : .  ::   : ...    .
CCDS45 --GSSCKHVSLYQPQLATRPWIQDIEGASAKDLCSASSVVSPSFVPTGEKPCEQVQFQPN
          550       560       570       580       590       600    

              580       590       600       610       620       630
pF1KA1 TDLVLPCHLSSNLAHARWTFGGRDLPAEQPGSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSE
       :  .: : : ::::   :  .:  . :      :  . :  :.: . :    : ..:.: 
CCDS45 TVNTLACPLLSNLATRLWLRNGAPVNASASCHVLPTGDL--LLVGTQQ---LGEFQCWSL
          610       620       630       640         650            

              640                650               660             
pF1KA1 EQGARLAAEGYLVAVVA---------GPSV-----TLEARAPL---ENLGL---VW----
       :.: .  . .:   ::          : ::     : .. ::     . :     :    
CCDS45 EEGFQQLVASYCPEVVEDGVADQTDEGGSVPVIISTSRVSAPAGGKASWGADRSYWKEFL
     660       670       680       690       700       710         

         670       680       690       700       710       720     
pF1KA1 -LAVVALGAVCLVLLLLVLSLRRRLREELEKGAKATERTLVYPLELPKEPTSPPFRPCPE
        . .. . :: : .:.:.   :  ..  :..:  :. .  . :. ::  : . :.     
CCDS45 VMCTLFVLAVLLPVLFLLYRHRNSMKVFLKQGECASVHPKTCPVVLP--PETRPLNGLGP
     720       730       740       750       760         770       

         730       740       750       760       770       780     
pF1KA1 PDEKLWDPVGYYYSDGSLKIVPGHARCQPGGGPPSPPPGIPGQPLPSPTRLHLGGGRNSN
       :.  : :  ::                                                 
CCDS45 PSTPL-DHRGYQSLSDSPPGSRVFTESEKRPLSIQDSFVEVSPVCPRPRVRLGSEIRDSV
       780        790       800       810       820       830      

>>CCDS55724.1 SEMA4G gene_id:57715|Hs108|chr10            (702 aa)
 initn: 1528 init1: 533 opt: 1567  Z-score: 1170.0  bits: 227.2 E(32554): 7.5e-59
Smith-Waterman score: 1567; 45.9% identity (69.5% similar) in 573 aa overlap (29-579:34-589)

                 10        20        30        40        50        
pF1KA1   MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGELATVVRRFSQTGIQDFLTLTL
                                     :: :.   ::. . :.:.  . :.. :: :
CCDS55 RLWPLLLSILTATAVPGPSLRRPSRELDATPRMTIPYEELSGT-RHFKGQA-QNYSTLLL
            10        20        30        40         50         60 

       60        70        80           90       100       110     
pF1KA1 TEPTGLLYVGAREALFAFSMEALELQGA---ISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIR
        : .. : :::: :::..: . .  .::   : :::  : ...: :::::::::::: .:
CCDS55 EEASARLLVGARGALFSLSANDIG-DGAHKEIHWEASPEMQSKCHQKGKNNQTECFNHVR
              70        80         90       100       110       120

         120       130       140       150       160       170     
pF1KA1 FLQPYNASHLYVCGTYAFQPKCTYVNMLTFTLEHGEFEDGKGKCPYDPAKGHAGLLVDGE
       :::  :..:::.:::.:::: :. ..  .:::  . ::.:: :::::::.: .::..:: 
CCDS55 FLQRLNSTHLYACGTHAFQPLCAAIDAEAFTLPTS-FEEGKEKCPYDPARGFTGLIIDGG
              130       140       150        160       170         

         180       190       200        210       220       230    
pF1KA1 LYSATLNNFLGTEPIILRNMGPHHSMKTEYLAF-WLNEPHFVGSAYVPESVGSFTGDDDK
       ::.::  .: .  : : :.  :: :..::   . :::. .:: :. : :: .: .:::::
CCDS55 LYTATRYEFRSI-PDIRRSRHPH-SLRTEETPMHWLNDAEFVFSVLVRESKASAVGDDDK
     180       190        200        210       220       230       

          240             250       260       270       280        
pF1KA1 VYFFFRERAVE------SDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAP
       ::.:: :::.:      ..  . . :::::::::::.:: . ::.:::.:::::: :  :
CCDS55 VYYFFTERATEEGSGSFTQSRSSHRVARVARVCKGDLGGKKILQKKWTSFLKARLICHIP
       240       250       260       270       280       290       

      290       300       310         320       330       340      
pF1KA1 NWQLYFNQLQAMHTLQDTSWHNTTFFGVF--QAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVFEGPYK
            .. :... .:.  .   : :...:  ..::  .  ::::.:.: ::: :: ::: 
CCDS55 ----LYETLRGVCSLDAETSSRTHFYAAFTLSTQWKTLEASAICRYDLAEIQAVFAGPYM
           300       310       320       330       340       350   

        350       360       370       380       390       400      
pF1KA1 EYHEEAQKWDRYTDPVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVGP
       ::.. ...: ::   :: :::::::..  : .::.:: .::. .:.::: :::: . : :
CCDS55 EYQDGSRRWGRYEGGVPEPRPGSCITDSLRSQGYNSSQDLPSLVLDFVKLHPLMARPVVP
           360       370       380       390       400       410   

        410       420       430       440       450       460      
pF1KA1 RWSRPLLVKKGTNFTHLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQL
         .::::.:..  .:::..  ::   : :: .::.::.:::. ::: ::  .:.::: :.
CCDS55 TRGRPLLLKRNIRYTHLTGTPVTTPAGPTYDLLFLGTADGWIHKAVVLGSGMHIIEETQV
           420       430       440       450       460       470   

         470       480       490       500       510       520     
pF1KA1 F-DQEPMRSLVLSQSKKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSR
       : ... ...::.:  .. :..:. : ..:::...: .:::: ::.:::::::.:. .:  
CCDS55 FRESQSVENLVISLLQHSLYVGAPSGVIQLPLSSCSRYRSCYDCILARDPYCGWDPGTHA
           480       490       500       510       520       530   

            530          540       550       560       570         
pF1KA1 CVA---VGGHS-GS--LLIQHVMTSDTSGICNLRGSKKVRPTPKNITVVAGT---DLVLP
       :.:   ....: ::   ::: .  ..       :: .. : : . . :  :.     . :
CCDS55 CAAATTIANRSQGSRTALIQDIERGN-------RGCESSRDTGRALQVHMGSMSPPSAWP
           540       550              560       570       580      

        580       590       600       610       620       630      
pF1KA1 CHLSSNLAHARWTFGGRDLPAEQPGSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSEEQGARL
       : :                                                         
CCDS55 CVLDGPETRQDLCQPPKPCVHSHAHMEECLSAGLQCPHPHLLLVHSCFIPASGLGVPSQL
        590       600       610       620       630       640      

>>CCDS1955.1 SEMA4F gene_id:10505|Hs108|chr2              (770 aa)
 initn: 959 init1: 418 opt: 1395  Z-score: 1042.1  bits: 203.7 E(32554): 1e-51
Smith-Waterman score: 1498; 36.5% identity (62.9% similar) in 762 aa overlap (28-780:40-759)

                  10        20        30        40        50       
pF1KA1    MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGELATVVRRFSQTGIQDFLTLT
                                     ::: ..  .:  . . ::.     .. .: 
CCDS19 PGPGQPTASPFPLLLLAVLSGPVSGRVPRSVPRTSLPISEADSCLTRFAVPHTYNYSVLL
      10        20        30        40        50        60         

        60        70         80        90       100       110      
pF1KA1 LTEPTGLLYVGAREALFAFSME-ALELQGAISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIRF
       .   .  ::::::...::.:.  . :    :.: .:  .. .: .:::. . :: ::...
CCDS19 VDPASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERPRRIDWMVPEAHRQNCRKKGKK-EDECHNFVQI
      70        80        90       100       110        120        

        120       130       140       150       160       170      
pF1KA1 LQPYNASHLYVCGTYAFQPKCTYVNMLTFTLEHGEFEDGKGKCPYDPAKGHAGLLVDGEL
       :   ::::: .:::.::.:::  ...  :  .  ..:.:.::::..::.  :.... : :
CCDS19 LAIANASHLLTCGTFAFDPKCGVIDVSRFQ-QVERLESGRGKCPFEPAQRSAAVMAGGVL
      130       140       150        160       170       180       

        180       190       200        210        220       230    
pF1KA1 YSATLNNFLGTEPIILRNMGPHHS-MKTEYLAFWLNEPHFVGS-AYVPESVGSFTGDDDK
       :.::..:.::::::: : .:  .. ..:. :  ::: : ::.. :  :   :.  :::. 
CCDS19 YAATVKNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWGDEDGDDE-
       190       200       210       220       230       240       

          240       250       260       270       280       290    
pF1KA1 VYFFFRERAVESDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAPNWQLYF
       .:::: : .   : : .  : :::::: ::.:: .:::..::::::: : : .:.     
CCDS19 IYFFFTETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGPEHGRAS
        250       260       270       280       290       300      

          300       310        320       330       340       350   
pF1KA1 NQLQAMHTLQDTSWHNTT-FFGVFQAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVFEGPYKEYHEEAQ
       . :: . .:.     .:  :.:.:..::    .::.: .. ..:. :..::..: ... .
CCDS19 SVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRELKHDCN
        310       320       330       340       350       360      

           360        370        380       390       400       410 
pF1KA1 KWDRYTD-PVPSPRPGSCI-NNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVGPRWSRP
       .    .:  ::.:::: :: :: . :: . ::: ::: .:.:.. ::::.. : :  ..:
CCDS19 RGLPVVDNDVPQPRPGECITNNMKLRH-FGSSLSLPDRVLTFIRDHPLMDRPVFPADGHP
        370       380       390        400       410       420     

             420       430       440       450       460        470
pF1KA1 LLVKKGTNFTHLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQLFDQ-E
       :::   : . ..:: :::.:.:  : ::..:: :: : .:: .:  . ..:.: :: . .
CCDS19 LLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLALFPEPQ
         430       440       450       460       470       480     

              480       490       500       510       520          
pF1KA1 PMRSLVLSQSKKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKYRSCADCVLARDPYCAWSVNTSRCVA-V
       :.... : .:   :..:::....:. ...: . .::..:.::.:: ::::   ..::: .
CCDS19 PVENMKLYHS--WLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECVAHA
         490         500       510       520       530       540   

     530       540       550       560       570       580         
pF1KA1 GGHSGSLLIQHVMTSDTSGICNLRGSKKVRPTPKNITVVAGTDLVLPCHLSSNLAHARWT
       : : :  :.: . ..:.:..:  . ..  ::.  .. :.... .::::  ::  :   : 
CCDS19 GEHRG--LVQDIESADVSSLCPKEPGE--RPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVW-
             550       560         570       580       590         

     590       600        610       620       630       640        
pF1KA1 FGGRDLPAEQP-GSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSEEQGARLAAEGYLVAVVAG
               .:: :      : ..: :... :   ::: :  .: ::  .. .:  ..: :
CCDS19 --------HQPSGVTALTPRRDGLEVVVT-PGAMGAYACECQEGGAAHVVAAY--SLVWG
              600       610        620       630       640         

      650       660       670       680       690       700        
pF1KA1 PSVTLEARAPLENLGLVWLAVVALGAVCLVLLLLVLSLRRRLREELEKGAKATERTLVYP
        .    .::   . ::. . .  :.:   ..:.   . ::: :: : .  :.     . :
CCDS19 SQRDAPSRAHTVGAGLAGFFLGILAASLTLILIGRRQQRRRQRELLARD-KVGLDLGAPP
       650       660       670       680       690        700      

      710       720       730       740       750       760        
pF1KA1 LELPKEPTSPPFRPCPEPDEKLWDPVGYYYSDGSLKIVPGHARCQPGGGPPSPPPGIPGQ
           .   .::  : :: ::.:  :..              :.   : :  :::  .  .
CCDS19 SGTTSYSQDPP-SPSPE-DERL--PLAL-------------AKRGSGFGGFSPPFLL--D
        710        720          730                    740         

      770       780       790       800       810       820        
pF1KA1 PLPSPTRLHLGGGRNSNANGYVRLQLGGEDRGGLGHPLPELADELRRKLQQRQPLPDSNP
       : :::....: :                                                
CCDS19 PCPSPAHIRLTGAPLATCDETSI                                     
       750       760       770                                     

>>CCDS82779.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3              (754 aa)
 initn: 765 init1: 285 opt: 1165  Z-score: 872.0  bits: 172.2 E(32554): 3e-42
Smith-Waterman score: 1194; 33.3% identity (61.4% similar) in 660 aa overlap (29-659:30-679)

                10        20        30         40          50      
pF1KA1  MAPHWAVWLLAARLWGLGIGAEVWWNLVPRKTVSSGEL-ATVVRRFSQ--TGIQDFLTL
                                    ::  .:  :: :: . .: .   .  :.  :
CCDS82 MLVAGLLLWASLLTGAWPSFPTQDHLPATPRVRLSFKELKATGTAHFFNFLLNTTDYRIL
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80         90       100       110     
pF1KA1 TLTEPTGLLYVGAREALFAFSMEALELQG-AISWEAPVEKKTECIQKGKNNQTECFNFIR
          :    .:::... ....... .. .   : : :  ..  ::. .::. . :: ::.:
CCDS82 LKDEDHDRMYVGSKDYVLSLDLHDINREPLIIHWAASPQRIEECVLSGKDVNGECGNFVR
               70        80        90       100       110       120

         120       130       140             150       160         
pF1KA1 FLQPYNASHLYVCGTYAFQPKCTYVNM------LTFTLEHGEFEDGKGKCPYDPAKGHAG
       ..::.: .::::::: :..: :::::         : ::  ..:.:::::::::    :.
CCDS82 LIQPWNRTHLYVCGTGAYNPMCTYVNRGRRAQDYIFYLEPERLESGKGKCPYDPKLDTAS
              130       140       150       160       170       180

     170       180       190       200        210       220        
pF1KA1 LLVDGELYSATLNNFLGTEPIILRNMGPHHSMKTE-YLAFWLNEPHFVGSAYVPESVGSF
        :.. :::...  .:.::.  :.:..: . .:.:. : . :::.: :. .  .:.:.   
CCDS82 ALINEELYAGVYIDFMGTDAAIFRTLGKQTAMRTDQYNSRWLNDPSFIHAELIPDSA---
              190       200       210       220       230          

      230       240       250       260       270       280        
pF1KA1 TGDDDKVYFFFRERAVESDCYAEQVVARVARVCKGDMGGARTLQRKWTTFLKARLACSAP
         .:::.:::::::..:.   .  : ::..:.: .: ::   :  ::.:::::::.::.:
CCDS82 ERNDDKLYFFFRERSAEAP-QSPAVYARIGRICLNDDGGHCCLVNKWSTFLKARLVCSVP
       240       250        260       270       280       290      

      290          300       310       320       330       340     
pF1KA1 NW---QLYFNQLQAMHTLQDTSWHNTTFFGVFQAQWGDMYLSAICEYQLEEIQRVFEGPY
       .    . .:..:: . . :  . .: ....:: .. . .  ::.: :.. .:. ::.::.
CCDS82 GEDGIETHFDELQDVFVQQTQDVRNPVIYAVFTSSGSVFRGSAVCVYSMADIRMVFNGPF
        300       310       320       330       340       350      

         350       360       370       380       390       400     
pF1KA1 KEYHEEAQKWDRYTDPVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSSLELPDNILNFVKKHPLMEEQVG
        . .    .:  ..  .: ::::.: ..     .. :. . ::...::...:::: . : 
CCDS82 AHKEGPNYQWMPFSGKMPYPRPGTCPGGTFT-PSMKSTKDYPDEVINFMRSHPLMYQAVY
        360       370       380        390       400       410     

         410       420         430       440       450       460   
pF1KA1 PRWSRPLLVKKGTNF--THLVADRVTGLDGATYTVLFIGTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEE
       :   :::.:. :. .  : ...:.: . ::  : :::.::  : . :.. :    . .::
CCDS82 PLQRRPLVVRTGAPYRLTTIAVDQVDAADG-RYEVLFLGTDRGTVQKVIVLPKDDQELEE
         420       430       440        450       460       470    

                 470       480       490       500        510      
pF1KA1 LQL-----F-DQEPMRSLVLSQSKKLLFAGSRSQLVQLPVADCMKY-RSCADCVLARDPY
       :.:     : :  :......:.... :...:   ...: .  :. :  .:::: ::::::
CCDS82 LMLEEVEVFKDPAPVKTMTISSKRQQLYVASAVGVTHLSLHRCQAYGAACADCCLARDPY
          480       490       500       510       520       530    

        520        530       540       550       560        570    
pF1KA1 CAWSVNT-SRCVAVGGHSGSLLIQHVMTSDTSGICNLRGSKKVRPTPKNITV-VAGTDLV
       :::. .. :: .: . . .    : :  ..    :   .:.  . . ...   :::.   
CCDS82 CAWDGQACSRYTASSKRRSRR--QDVRHGNPIRQCRGFNSNANKNAVESVQYGVAGSAAF
          540       550         560       570       580       590  

          580       590           600       610       620       630
pF1KA1 LPCHLSSNLAHARWTF----GGRDLPAEQPGSFLYDARLQALVVMAAQPRHAGAYHCFSE
       : :.  :  : ..: :    : :    .    ::     :.:.. : :    : : : . 
CCDS82 LECQPRSPQATVKWLFQRDPGDRRREIRAEDRFLRTE--QGLLLRALQLSDRGLYSCTAT
            600       610       620         630       640       650

              640       650       660       670       680       690
pF1KA1 EQGARLAAEGYLVAVVAGPSVTLEARAPLENLGLVWLAVVALGAVCLVLLLLVLSLRRRL
       :.. . ..    . :..  .:      ::                               
CCDS82 ENNFKHVVTRVQLHVLGRDAVHAALFPPLSMSAPPPPGAGPPTPPYQELAQLLAQPEVGL
              660       670       680       690       700       710

>>CCDS82780.1 SEMA3F gene_id:6405|Hs108|chr3              (686 aa)
 initn: 765 init1: 285 opt: 1158  Z-score: 867.5  bits: 171.2 E(32554): 5.3e-42
Smith-Waterman score: 1182; 33.7% identity (62.5% similar) in 621 aa overlap (65-659:1-611)

           40        50        60        70        80         90   
pF1KA1 SGELATVVRRFSQTGIQDFLTLTLTEPTGLLYVGAREALFAFSMEALELQG-AISWEAPV
                                     .:::... ....... .. .   : : :  
CCDS82                               MYVGSKDYVLSLDLHDINREPLIIHWAASP
                                             10        20        30

           100       110       120       130       140             
pF1KA1 EKKTECIQKGKNNQTECFNFIRFLQPYNASHLYVCGTYAFQPKCTYVNM------LTFTL
       ..  ::. .::. . :: ::.:..::.: .::::::: :..: :::::         : :
CCDS82 QRIEECVLSGKDVNGECGNFVRLIQPWNRTHLYVCGTGAYNPMCTYVNRGRRAQDYIFYL
               40        50        60        70        80        90

       150       160       170       180       190       200       
pF1KA1 EHGEFEDGKGKCPYDPAKGHAGLLVDGELYSATLNNFLGTEPIILRNMGPHHSMKTE-YL
       :  ..:.:::::::::    :. :.. :::...  .:.::.  :.:..: . .:.:. : 
CCDS82 EPERLESGKGKCPYDPKLDTASALINEELYAGVYIDFMGTDAAIFRTLGKQTAMRTDQYN
              100       110       120       130       140       150

        210       220       230       240       250       260      
pF1KA1 AFWLNEPHFVGSAYVPESVGSFTGDDDKVYFFFRERAVESDCYAEQVVARVARVCKGDMG
       . :::.: :. .  .:.:.     .:::.:::::::..:.   .  : ::..:.: .: :
CCDS82 SRWLNDPSFIHAELIPDSAER---NDDKLYFFFRERSAEAP-QSPAVYARIGRICLNDDG
              160       170          180        190       200      

        270       280       290          300       310       320   
pF1KA1 GARTLQRKWTTFLKARLACSAPNW---QLYFNQLQAMHTLQDTSWHNTTFFGVFQAQWGD
       :   :  ::.:::::::.::.:.    . .:..:: . . :  . .: ....:: .. . 
CCDS82 GHCCLVNKWSTFLKARLVCSVPGEDGIETHFDELQDVFVQQTQDVRNPVIYAVFTSSGSV
        210       220       230       240       250       260      

           330       340       350       360       370       380   
pF1KA1 MYLSAICEYQLEEIQRVFEGPYKEYHEEAQKWDRYTDPVPSPRPGSCINNWHRRHGYTSS
       .  ::.: :.. .:. ::.::. . .    .:  ..  .: ::::.: ..     .. :.
CCDS82 FRGSAVCVYSMADIRMVFNGPFAHKEGPNYQWMPFSGKMPYPRPGTCPGGTFT-PSMKST
        270       280       290       300       310        320     

           390       400       410       420         430       440 
pF1KA1 LELPDNILNFVKKHPLMEEQVGPRWSRPLLVKKGTNF--THLVADRVTGLDGATYTVLFI
        . ::...::...:::: . : :   :::.:. :. .  : ...:.: . ::  : :::.
CCDS82 KDYPDEVINFMRSHPLMYQAVYPLQRRPLVVRTGAPYRLTTIAVDQVDAADG-RYEVLFL
         330       340       350       360       370        380    

             450       460             470       480       490     
pF1KA1 GTGDGWLLKAVSLGPWVHLIEELQL-----F-DQEPMRSLVLSQSKKLLFAGSRSQLVQL
       ::  : . :.. :    . .:::.:     : :  :......:.... :...:   ...:
CCDS82 GTDRGTVQKVIVLPKDDQELEELMLEEVEVFKDPAPVKTMTISSKRQQLYVASAVGVTHL
          390       400       410       420       430       440    

         500        510       520        530       540       550   
pF1KA1 PVADCMKY-RSCADCVLARDPYCAWSVNT-SRCVAVGGHSGSLLIQHVMTSDTSGICNLR
        .  :. :  .:::: :::::::::. .. :: .: . . .    : :  ..    :   
CCDS82 SLHRCQAYGAACADCCLARDPYCAWDGQACSRYTASSKRRSRR--QDVRHGNPIRQCRGF
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pF1KA1 GSKKVRPTPKNITV-VAGTDLVLPCHLSSNLAHARWTF----GGRDLPAEQPGSFLYDAR
       .:.  . . ...   :::.   : :.  :  : ..: :    : :    .    ::    
CCDS82 NSNANKNAVESVQYGVAGSAAFLECQPRSPQATVKWLFQRDPGDRRREIRAEDRFLRTE-
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pF1KA1 LQALVVMAAQPRHAGAYHCFSEEQGARLAAEGYLVAVVAGPSVTLEARAPLENLGLVWLA
        :.:.. : :    : : : . :.. . ..    . :..  .:      ::         
CCDS82 -QGLLLRALQLSDRGLYSCTATENNFKHVVTRVQLHVLGRDAVHAALFPPLSMSAPPPPG
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CCDS82 AGPPTPPYQELAQLLAQPEVGLIHQYCQGYWRHVPPSPREAPGAPRSPEPQDQKKPRNRR
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CCDS74 VDPASHTLYVGARDTIFALSLPFSGERPRRIDWMVPEAHRQNCRKKGKKEDVS-----RF
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        :                     :. :         :.:.::::..::.  :.... : :
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       :.::..:.::::::: : .:  .. ..:. :  ::: : ::.. :  :   :.  :::. 
CCDS74 YAATVKNYLGTEPIITRAVGRAEDWIRTDTLPSWLNAPAFVAAVALSPAEWGDEDGDDE-
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       .:::: : .   : : .  : :::::: ::.:: .:::..::::::: : : .:.     
CCDS74 IYFFFTETSRAFDSYERIKVPRVARVCAGDLGGRKTLQQRWTTFLKADLLCPGPEHGRAS
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       . :: . .:.     .:  :.:.:..::    .::.: .. ..:. :..::..: ... .
CCDS74 SVLQDVAVLRPELGAGTPIFYGIFSSQWEGATISAVCAFRPQDIRTVLNGPFRELKHDCN
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       .    .:  ::.:::: :: :: . :: . ::: ::: .:.:.. ::::.. : :  ..:
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CCDS74 LLVTTDTAYLRVVAHRVTSLSGKEYDVLYLGTEDGHLHRAVRIGAQLSVLEDLALFPEPQ
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CCDS74 PVENMKLYHS--WLLVGSRTEVTQVNTTNCGRLQSCSECILAQDPVCAWSFRLDECVAHA
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CCDS74 GEHRG--LVQDIESADVSSLCPKEPGE--RPVVFEVPVATAAHVVLPCSPSSAWASCVW-
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CCDS74 --------HQPSGVTALTPRRDGLEVVVT-PGAMGAYACECQEGGAAHVVAAY--SLVWG
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CCDS74 SQRDAPSRAHTVGAGLAGFFLGILAASLTLILIGRRQQRRRQRELLARD-KVGLDLGAPP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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