Result of FASTA (omim) for pF1KA1145
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA1145, 446 aa
  1>>>pF1KA1145 446 - 446 aa - 446 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7887+/-0.000461; mu= 7.3593+/- 0.029
 mean_var=180.0829+/-36.040, 0's: 0 Z-trim(114.3): 51  B-trim: 46 in 1/53
 Lambda= 0.095574
 statistics sampled from 24018 (24069) to 24018 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.638), E-opt: 0.2 (0.282), width:  16
 Scan time:  8.930

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_016861429 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 463) 1239 183.5 9.8e-46
XP_016861430 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 463) 1239 183.5 9.8e-46
XP_011510885 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 463) 1239 183.5 9.8e-46
XP_011510886 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 463) 1239 183.5 9.8e-46
XP_006713616 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 470) 1239 183.6   1e-45
XP_011510884 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 474) 1239 183.6   1e-45
XP_006713615 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 480) 1239 183.6   1e-45
XP_016861427 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 539) 1239 183.6 1.1e-45
XP_016861428 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 539) 1239 183.6 1.1e-45
XP_011510882 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 539) 1239 183.6 1.1e-45
XP_011510883 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 539) 1239 183.6 1.1e-45
XP_016861424 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 539) 1239 183.6 1.1e-45
XP_016861425 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 539) 1239 183.6 1.1e-45
XP_016861426 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 539) 1239 183.6 1.1e-45
XP_006713613 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 539) 1239 183.6 1.1e-45
XP_016861423 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 539) 1239 183.6 1.1e-45
NP_001121696 (OMIM: 616242) transmembrane and coil ( 539) 1239 183.6 1.1e-45
XP_006713607 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 653) 1239 183.7 1.3e-45
XP_016861421 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 653) 1239 183.7 1.3e-45
XP_016861422 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 653) 1239 183.7 1.3e-45
XP_011510881 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 653) 1239 183.7 1.3e-45
XP_011510878 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 653) 1239 183.7 1.3e-45
XP_011510875 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 653) 1239 183.7 1.3e-45
XP_011510874 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 653) 1239 183.7 1.3e-45
XP_016861420 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 653) 1239 183.7 1.3e-45
XP_006713606 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 653) 1239 183.7 1.3e-45
NP_001017395 (OMIM: 616242) transmembrane and coil ( 653) 1239 183.7 1.3e-45
XP_006713605 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembra ( 653) 1239 183.7 1.3e-45
NP_001192130 (OMIM: 300092) testis-specific protei ( 410)  275 50.6 9.3e-06
NP_001577 (OMIM: 300092) testis-specific protein T ( 410)  275 50.6 9.3e-06
XP_011529420 (OMIM: 300092) PREDICTED: testis-spec ( 413)  275 50.6 9.3e-06
XP_011529419 (OMIM: 300092) PREDICTED: testis-spec ( 413)  275 50.6 9.3e-06
XP_011529418 (OMIM: 300092) PREDICTED: testis-spec ( 472)  275 50.6   1e-05


>>XP_016861429 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembrane a  (463 aa)
 initn: 1234 init1: 674 opt: 1239  Z-score: 942.0  bits: 183.5 E(85289): 9.8e-46
Smith-Waterman score: 1398; 53.1% identity (80.5% similar) in 446 aa overlap (15-446:22-463)

                      10        20        30        40        50   
pF1KA1        MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKVKLTADSLKQKILKVTEQIKI
                            .: ... :  ::  : ...: .   :.:::::.::::::
XP_016 MKIERLEVSSLAQTSSAVASSTDGSIHTDSVDGTPDPQRTKAAIAHLQQKILKLTEQIKI
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KA1 EQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAHSIAQLQKKLEQYHRKLREIE
        ::.:: ::::::::.:.::::::.::::::::::::::..: :::::::.:::::::.:
XP_016 AQTARDDNVAEYLKLANSADKQQAARIKQVFEKKNQKSAQTILQLQKKLEHYHRKLREVE
               70        80        90       100       110       120

           120       130       140        150       160            
pF1KA1 QNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKDAHVK-SRTAPHCMESSKSGMPGVSL---TPPVFVF
       :::  :. ::.    ..:.:..:::. .: .  .   ..: :.:. . :    .    : 
XP_016 QNGIPRQPKDV----FRDMHQGLKDVGAKVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQATHSAAGAVV
              130           140       150       160       170      

     170       180       190       200       210       220         
pF1KA1 NKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGGSATIVNKPKYGSDDECSSG
       .: ::.:.:::::::::::: .::.:::: . . ...: :  ... ..:::::...:::.
XP_016 SKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLEEGQVDDAGKALGVISNFQSSPKYGSEEDCSSA
        180       190       200       210       220       230      

     230       240            250        260       270       280   
pF1KA1 TSGSADSNGNQSFGAGGAS-----TLDSQGK-LAVILEELREIKDTQAQLAEDIEALKVQ
       ::::. .:.. .  : :::     ::: :.. . ..:.:..::..:::.: :..:.:: .
XP_016 TSGSVGANSTTGGIAVGASSSKTNTLDMQSSGFDALLHEIQEIRETQARLEESFETLKEH
        240       250       260       270       280       290      

           290       300       310       320       330       340   
pF1KA1 FKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASIEEKVAYQAYERSR
       ..:.:..: ::::::::: ::::.::.:::.:::.:  ::::::::.:::.:::.:::.:
XP_016 YQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLNDLTELHQNEILNLKQELASMEEKIAYQSYERAR
        300       310       320       330       340       350      

           350       360       370          380       390       400
pF1KA1 DIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTD---TVNAKVLLGRCINVILAFMTVILVCVST
       :::::::.:::::::.::.::.::..: .   ...:. :::. ::..:: :.:.:: :::
XP_016 DIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQLEGLENATARNLLGKLINILLAVMAVLLVFVST
        360       370       380       390       400       410      

              410       420       430       440       
pF1KA1 IAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCAIERMII-PR
       .:. : :.::.: . ..:.: :...:.. :.:: ..  .::..  ::
XP_016 VANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFLWKHWDALFSYVERFFSSPR
        420       430       440       450       460   

>>XP_016861430 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembrane a  (463 aa)
 initn: 1234 init1: 674 opt: 1239  Z-score: 942.0  bits: 183.5 E(85289): 9.8e-46
Smith-Waterman score: 1398; 53.1% identity (80.5% similar) in 446 aa overlap (15-446:22-463)

                      10        20        30        40        50   
pF1KA1        MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKVKLTADSLKQKILKVTEQIKI
                            .: ... :  ::  : ...: .   :.:::::.::::::
XP_016 MKIERLEVSSLAQTSSAVASSTDGSIHTDSVDGTPDPQRTKAAIAHLQQKILKLTEQIKI
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KA1 EQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAHSIAQLQKKLEQYHRKLREIE
        ::.:: ::::::::.:.::::::.::::::::::::::..: :::::::.:::::::.:
XP_016 AQTARDDNVAEYLKLANSADKQQAARIKQVFEKKNQKSAQTILQLQKKLEHYHRKLREVE
               70        80        90       100       110       120

           120       130       140        150       160            
pF1KA1 QNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKDAHVK-SRTAPHCMESSKSGMPGVSL---TPPVFVF
       :::  :. ::.    ..:.:..:::. .: .  .   ..: :.:. . :    .    : 
XP_016 QNGIPRQPKDV----FRDMHQGLKDVGAKVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQATHSAAGAVV
              130           140       150       160       170      

     170       180       190       200       210       220         
pF1KA1 NKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGGSATIVNKPKYGSDDECSSG
       .: ::.:.:::::::::::: .::.:::: . . ...: :  ... ..:::::...:::.
XP_016 SKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLEEGQVDDAGKALGVISNFQSSPKYGSEEDCSSA
        180       190       200       210       220       230      

     230       240            250        260       270       280   
pF1KA1 TSGSADSNGNQSFGAGGAS-----TLDSQGK-LAVILEELREIKDTQAQLAEDIEALKVQ
       ::::. .:.. .  : :::     ::: :.. . ..:.:..::..:::.: :..:.:: .
XP_016 TSGSVGANSTTGGIAVGASSSKTNTLDMQSSGFDALLHEIQEIRETQARLEESFETLKEH
        240       250       260       270       280       290      

           290       300       310       320       330       340   
pF1KA1 FKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASIEEKVAYQAYERSR
       ..:.:..: ::::::::: ::::.::.:::.:::.:  ::::::::.:::.:::.:::.:
XP_016 YQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLNDLTELHQNEILNLKQELASMEEKIAYQSYERAR
        300       310       320       330       340       350      

           350       360       370          380       390       400
pF1KA1 DIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTD---TVNAKVLLGRCINVILAFMTVILVCVST
       :::::::.:::::::.::.::.::..: .   ...:. :::. ::..:: :.:.:: :::
XP_016 DIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQLEGLENATARNLLGKLINILLAVMAVLLVFVST
        360       370       380       390       400       410      

              410       420       430       440       
pF1KA1 IAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCAIERMII-PR
       .:. : :.::.: . ..:.: :...:.. :.:: ..  .::..  ::
XP_016 VANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFLWKHWDALFSYVERFFSSPR
        420       430       440       450       460   

>>XP_011510885 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembrane a  (463 aa)
 initn: 1234 init1: 674 opt: 1239  Z-score: 942.0  bits: 183.5 E(85289): 9.8e-46
Smith-Waterman score: 1398; 53.1% identity (80.5% similar) in 446 aa overlap (15-446:22-463)

                      10        20        30        40        50   
pF1KA1        MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKVKLTADSLKQKILKVTEQIKI
                            .: ... :  ::  : ...: .   :.:::::.::::::
XP_011 MKIERLEVSSLAQTSSAVASSTDGSIHTDSVDGTPDPQRTKAAIAHLQQKILKLTEQIKI
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KA1 EQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAHSIAQLQKKLEQYHRKLREIE
        ::.:: ::::::::.:.::::::.::::::::::::::..: :::::::.:::::::.:
XP_011 AQTARDDNVAEYLKLANSADKQQAARIKQVFEKKNQKSAQTILQLQKKLEHYHRKLREVE
               70        80        90       100       110       120

           120       130       140        150       160            
pF1KA1 QNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKDAHVK-SRTAPHCMESSKSGMPGVSL---TPPVFVF
       :::  :. ::.    ..:.:..:::. .: .  .   ..: :.:. . :    .    : 
XP_011 QNGIPRQPKDV----FRDMHQGLKDVGAKVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQATHSAAGAVV
              130           140       150       160       170      

     170       180       190       200       210       220         
pF1KA1 NKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGGSATIVNKPKYGSDDECSSG
       .: ::.:.:::::::::::: .::.:::: . . ...: :  ... ..:::::...:::.
XP_011 SKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLEEGQVDDAGKALGVISNFQSSPKYGSEEDCSSA
        180       190       200       210       220       230      

     230       240            250        260       270       280   
pF1KA1 TSGSADSNGNQSFGAGGAS-----TLDSQGK-LAVILEELREIKDTQAQLAEDIEALKVQ
       ::::. .:.. .  : :::     ::: :.. . ..:.:..::..:::.: :..:.:: .
XP_011 TSGSVGANSTTGGIAVGASSSKTNTLDMQSSGFDALLHEIQEIRETQARLEESFETLKEH
        240       250       260       270       280       290      

           290       300       310       320       330       340   
pF1KA1 FKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASIEEKVAYQAYERSR
       ..:.:..: ::::::::: ::::.::.:::.:::.:  ::::::::.:::.:::.:::.:
XP_011 YQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLNDLTELHQNEILNLKQELASMEEKIAYQSYERAR
        300       310       320       330       340       350      

           350       360       370          380       390       400
pF1KA1 DIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTD---TVNAKVLLGRCINVILAFMTVILVCVST
       :::::::.:::::::.::.::.::..: .   ...:. :::. ::..:: :.:.:: :::
XP_011 DIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQLEGLENATARNLLGKLINILLAVMAVLLVFVST
        360       370       380       390       400       410      

              410       420       430       440       
pF1KA1 IAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCAIERMII-PR
       .:. : :.::.: . ..:.: :...:.. :.:: ..  .::..  ::
XP_011 VANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFLWKHWDALFSYVERFFSSPR
        420       430       440       450       460   

>>XP_011510886 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembrane a  (463 aa)
 initn: 1234 init1: 674 opt: 1239  Z-score: 942.0  bits: 183.5 E(85289): 9.8e-46
Smith-Waterman score: 1398; 53.1% identity (80.5% similar) in 446 aa overlap (15-446:22-463)

                      10        20        30        40        50   
pF1KA1        MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKVKLTADSLKQKILKVTEQIKI
                            .: ... :  ::  : ...: .   :.:::::.::::::
XP_011 MKIERLEVSSLAQTSSAVASSTDGSIHTDSVDGTPDPQRTKAAIAHLQQKILKLTEQIKI
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KA1 EQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAHSIAQLQKKLEQYHRKLREIE
        ::.:: ::::::::.:.::::::.::::::::::::::..: :::::::.:::::::.:
XP_011 AQTARDDNVAEYLKLANSADKQQAARIKQVFEKKNQKSAQTILQLQKKLEHYHRKLREVE
               70        80        90       100       110       120

           120       130       140        150       160            
pF1KA1 QNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKDAHVK-SRTAPHCMESSKSGMPGVSL---TPPVFVF
       :::  :. ::.    ..:.:..:::. .: .  .   ..: :.:. . :    .    : 
XP_011 QNGIPRQPKDV----FRDMHQGLKDVGAKVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQATHSAAGAVV
              130           140       150       160       170      

     170       180       190       200       210       220         
pF1KA1 NKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGGSATIVNKPKYGSDDECSSG
       .: ::.:.:::::::::::: .::.:::: . . ...: :  ... ..:::::...:::.
XP_011 SKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLEEGQVDDAGKALGVISNFQSSPKYGSEEDCSSA
        180       190       200       210       220       230      

     230       240            250        260       270       280   
pF1KA1 TSGSADSNGNQSFGAGGAS-----TLDSQGK-LAVILEELREIKDTQAQLAEDIEALKVQ
       ::::. .:.. .  : :::     ::: :.. . ..:.:..::..:::.: :..:.:: .
XP_011 TSGSVGANSTTGGIAVGASSSKTNTLDMQSSGFDALLHEIQEIRETQARLEESFETLKEH
        240       250       260       270       280       290      

           290       300       310       320       330       340   
pF1KA1 FKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASIEEKVAYQAYERSR
       ..:.:..: ::::::::: ::::.::.:::.:::.:  ::::::::.:::.:::.:::.:
XP_011 YQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLNDLTELHQNEILNLKQELASMEEKIAYQSYERAR
        300       310       320       330       340       350      

           350       360       370          380       390       400
pF1KA1 DIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTD---TVNAKVLLGRCINVILAFMTVILVCVST
       :::::::.:::::::.::.::.::..: .   ...:. :::. ::..:: :.:.:: :::
XP_011 DIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQLEGLENATARNLLGKLINILLAVMAVLLVFVST
        360       370       380       390       400       410      

              410       420       430       440       
pF1KA1 IAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCAIERMII-PR
       .:. : :.::.: . ..:.: :...:.. :.:: ..  .::..  ::
XP_011 VANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFLWKHWDALFSYVERFFSSPR
        420       430       440       450       460   

>>XP_006713616 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembrane a  (470 aa)
 initn: 1234 init1: 674 opt: 1239  Z-score: 942.0  bits: 183.6 E(85289): 1e-45
Smith-Waterman score: 1398; 53.1% identity (80.5% similar) in 446 aa overlap (15-446:29-470)

                             10        20        30        40      
pF1KA1               MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKVKLTADSLKQKILK
                                   .: ... :  ::  : ...: .   :.:::::
XP_006 MEPSLSSETIERLEVSSLAQTSSAVASSTDGSIHTDSVDGTPDPQRTKAAIAHLQQKILK
               10        20        30        40        50        60

         50        60        70        80        90       100      
pF1KA1 VTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAHSIAQLQKKLEQYH
       .:::::: ::.:: ::::::::.:.::::::.::::::::::::::..: :::::::.::
XP_006 LTEQIKIAQTARDDNVAEYLKLANSADKQQAARIKQVFEKKNQKSAQTILQLQKKLEHYH
               70        80        90       100       110       120

        110       120       130       140        150       160     
pF1KA1 RKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKDAHVK-SRTAPHCMESSKSGMPGVSL---
       :::::.::::  :. ::.    ..:.:..:::. .: .  .   ..: :.:. . :    
XP_006 RKLREVEQNGIPRQPKDV----FRDMHQGLKDVGAKVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQATH
              130           140       150       160       170      

            170       180       190       200       210       220  
pF1KA1 TPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGGSATIVNKPKYGS
       .    : .: ::.:.:::::::::::: .::.:::: . . ...: :  ... ..:::::
XP_006 SAAGAVVSKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLEEGQVDDAGKALGVISNFQSSPKYGS
        180       190       200       210       220       230      

            230       240            250        260       270      
pF1KA1 DDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGAS-----TLDSQGK-LAVILEELREIKDTQAQLAED
       ...:::.::::. .:.. .  : :::     ::: :.. . ..:.:..::..:::.: :.
XP_006 EEDCSSATSGSVGANSTTGGIAVGASSSKTNTLDMQSSGFDALLHEIQEIRETQARLEES
        240       250       260       270       280       290      

        280       290       300       310       320       330      
pF1KA1 IEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASIEEKVAY
       .:.:: ...:.:..: ::::::::: ::::.::.:::.:::.:  ::::::::.:::.::
XP_006 FETLKEHYQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLNDLTELHQNEILNLKQELASMEEKIAY
        300       310       320       330       340       350      

        340       350       360       370          380       390   
pF1KA1 QAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTD---TVNAKVLLGRCINVILAFMTV
       :.:::.::::::::.:::::::.::.::.::..: .   ...:. :::. ::..:: :.:
XP_006 QSYERARDIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQLEGLENATARNLLGKLINILLAVMAV
        360       370       380       390       400       410      

           400       410       420       430       440       
pF1KA1 ILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCAIERMII-PR
       .:: :::.:. : :.::.: . ..:.: :...:.. :.:: ..  .::..  ::
XP_006 LLVFVSTVANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFLWKHWDALFSYVERFFSSPR
        420       430       440       450       460       470

>>XP_011510884 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembrane a  (474 aa)
 initn: 1234 init1: 674 opt: 1239  Z-score: 941.9  bits: 183.6 E(85289): 1e-45
Smith-Waterman score: 1398; 53.1% identity (80.5% similar) in 446 aa overlap (15-446:33-474)

                               10        20        30        40    
pF1KA1                 MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKVKLTADSLKQKI
                                     .: ... :  ::  : ...: .   :.:::
XP_011 QRFSLRRQLSKIERLEVSSLAQTSSAVASSTDGSIHTDSVDGTPDPQRTKAAIAHLQQKI
             10        20        30        40        50        60  

           50        60        70        80        90       100    
pF1KA1 LKVTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAHSIAQLQKKLEQ
       ::.:::::: ::.:: ::::::::.:.::::::.::::::::::::::..: :::::::.
XP_011 LKLTEQIKIAQTARDDNVAEYLKLANSADKQQAARIKQVFEKKNQKSAQTILQLQKKLEH
             70        80        90       100       110       120  

          110       120       130       140        150       160   
pF1KA1 YHRKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKDAHVK-SRTAPHCMESSKSGMPGVSL-
       :::::::.::::  :. ::.    ..:.:..:::. .: .  .   ..: :.:. . :  
XP_011 YHRKLREVEQNGIPRQPKDV----FRDMHQGLKDVGAKVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQA
            130       140           150       160       170        

              170       180       190       200       210       220
pF1KA1 --TPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGGSATIVNKPKY
         .    : .: ::.:.:::::::::::: .::.:::: . . ...: :  ... ..:::
XP_011 THSAAGAVVSKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLEEGQVDDAGKALGVISNFQSSPKY
      180       190       200       210       220       230        

              230       240            250        260       270    
pF1KA1 GSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGAS-----TLDSQGK-LAVILEELREIKDTQAQLA
       ::...:::.::::. .:.. .  : :::     ::: :.. . ..:.:..::..:::.: 
XP_011 GSEEDCSSATSGSVGANSTTGGIAVGASSSKTNTLDMQSSGFDALLHEIQEIRETQARLE
      240       250       260       270       280       290        

          280       290       300       310       320       330    
pF1KA1 EDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASIEEKV
       :..:.:: ...:.:..: ::::::::: ::::.::.:::.:::.:  ::::::::.:::.
XP_011 ESFETLKEHYQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLNDLTELHQNEILNLKQELASMEEKI
      300       310       320       330       340       350        

          340       350       360       370          380       390 
pF1KA1 AYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTD---TVNAKVLLGRCINVILAFM
       :::.:::.::::::::.:::::::.::.::.::..: .   ...:. :::. ::..:: :
XP_011 AYQSYERARDIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQLEGLENATARNLLGKLINILLAVM
      360       370       380       390       400       410        

             400       410       420       430       440       
pF1KA1 TVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCAIERMII-PR
       .:.:: :::.:. : :.::.: . ..:.: :...:.. :.:: ..  .::..  ::
XP_011 AVLLVFVSTVANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFLWKHWDALFSYVERFFSSPR
      420       430       440       450       460       470    

>>XP_006713615 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembrane a  (480 aa)
 initn: 1234 init1: 674 opt: 1239  Z-score: 941.8  bits: 183.6 E(85289): 1e-45
Smith-Waterman score: 1398; 53.1% identity (80.5% similar) in 446 aa overlap (15-446:39-480)

                               10        20        30        40    
pF1KA1                 MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKVKLTADSLKQKI
                                     .: ... :  ::  : ...: .   :.:::
XP_006 FCESHFSETVKIERLEVSSLAQTSSAVASSTDGSIHTDSVDGTPDPQRTKAAIAHLQQKI
       10        20        30        40        50        60        

           50        60        70        80        90       100    
pF1KA1 LKVTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAHSIAQLQKKLEQ
       ::.:::::: ::.:: ::::::::.:.::::::.::::::::::::::..: :::::::.
XP_006 LKLTEQIKIAQTARDDNVAEYLKLANSADKQQAARIKQVFEKKNQKSAQTILQLQKKLEH
       70        80        90       100       110       120        

          110       120       130       140        150       160   
pF1KA1 YHRKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKDAHVK-SRTAPHCMESSKSGMPGVSL-
       :::::::.::::  :. ::.    ..:.:..:::. .: .  .   ..: :.:. . :  
XP_006 YHRKLREVEQNGIPRQPKDV----FRDMHQGLKDVGAKVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQA
      130       140           150       160       170       180    

              170       180       190       200       210       220
pF1KA1 --TPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGGSATIVNKPKY
         .    : .: ::.:.:::::::::::: .::.:::: . . ...: :  ... ..:::
XP_006 THSAAGAVVSKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLEEGQVDDAGKALGVISNFQSSPKY
          190       200       210       220       230       240    

              230       240            250        260       270    
pF1KA1 GSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGAS-----TLDSQGK-LAVILEELREIKDTQAQLA
       ::...:::.::::. .:.. .  : :::     ::: :.. . ..:.:..::..:::.: 
XP_006 GSEEDCSSATSGSVGANSTTGGIAVGASSSKTNTLDMQSSGFDALLHEIQEIRETQARLE
          250       260       270       280       290       300    

          280       290       300       310       320       330    
pF1KA1 EDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASIEEKV
       :..:.:: ...:.:..: ::::::::: ::::.::.:::.:::.:  ::::::::.:::.
XP_006 ESFETLKEHYQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLNDLTELHQNEILNLKQELASMEEKI
          310       320       330       340       350       360    

          340       350       360       370          380       390 
pF1KA1 AYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTD---TVNAKVLLGRCINVILAFM
       :::.:::.::::::::.:::::::.::.::.::..: .   ...:. :::. ::..:: :
XP_006 AYQSYERARDIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQLEGLENATARNLLGKLINILLAVM
          370       380       390       400       410       420    

             400       410       420       430       440       
pF1KA1 TVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCAIERMII-PR
       .:.:: :::.:. : :.::.: . ..:.: :...:.. :.:: ..  .::..  ::
XP_006 AVLLVFVSTVANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFLWKHWDALFSYVERFFSSPR
          430       440       450       460       470       480

>>XP_016861427 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembrane a  (539 aa)
 initn: 1234 init1: 674 opt: 1239  Z-score: 941.2  bits: 183.6 E(85289): 1.1e-45
Smith-Waterman score: 1398; 53.1% identity (80.5% similar) in 446 aa overlap (15-446:98-539)

                               10        20        30        40    
pF1KA1                 MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKVKLTADSLKQKI
                                     .: ... :  ::  : ...: .   :.:::
XP_016 CLPGEEGTAERIERLEVSSLAQTSSAVASSTDGSIHTDSVDGTPDPQRTKAAIAHLQQKI
        70        80        90       100       110       120       

           50        60        70        80        90       100    
pF1KA1 LKVTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAHSIAQLQKKLEQ
       ::.:::::: ::.:: ::::::::.:.::::::.::::::::::::::..: :::::::.
XP_016 LKLTEQIKIAQTARDDNVAEYLKLANSADKQQAARIKQVFEKKNQKSAQTILQLQKKLEH
       130       140       150       160       170       180       

          110       120       130       140        150       160   
pF1KA1 YHRKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKDAHVK-SRTAPHCMESSKSGMPGVSL-
       :::::::.::::  :. ::.    ..:.:..:::. .: .  .   ..: :.:. . :  
XP_016 YHRKLREVEQNGIPRQPKDV----FRDMHQGLKDVGAKVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQA
       190       200           210       220       230       240   

              170       180       190       200       210       220
pF1KA1 --TPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGGSATIVNKPKY
         .    : .: ::.:.:::::::::::: .::.:::: . . ...: :  ... ..:::
XP_016 THSAAGAVVSKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLEEGQVDDAGKALGVISNFQSSPKY
           250       260       270       280       290       300   

              230       240            250        260       270    
pF1KA1 GSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGAS-----TLDSQGK-LAVILEELREIKDTQAQLA
       ::...:::.::::. .:.. .  : :::     ::: :.. . ..:.:..::..:::.: 
XP_016 GSEEDCSSATSGSVGANSTTGGIAVGASSSKTNTLDMQSSGFDALLHEIQEIRETQARLE
           310       320       330       340       350       360   

          280       290       300       310       320       330    
pF1KA1 EDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASIEEKV
       :..:.:: ...:.:..: ::::::::: ::::.::.:::.:::.:  ::::::::.:::.
XP_016 ESFETLKEHYQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLNDLTELHQNEILNLKQELASMEEKI
           370       380       390       400       410       420   

          340       350       360       370          380       390 
pF1KA1 AYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTD---TVNAKVLLGRCINVILAFM
       :::.:::.::::::::.:::::::.::.::.::..: .   ...:. :::. ::..:: :
XP_016 AYQSYERARDIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQLEGLENATARNLLGKLINILLAVM
           430       440       450       460       470       480   

             400       410       420       430       440       
pF1KA1 TVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCAIERMII-PR
       .:.:: :::.:. : :.::.: . ..:.: :...:.. :.:: ..  .::..  ::
XP_016 AVLLVFVSTVANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFLWKHWDALFSYVERFFSSPR
           490       500       510       520       530         

>>XP_016861428 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembrane a  (539 aa)
 initn: 1234 init1: 674 opt: 1239  Z-score: 941.2  bits: 183.6 E(85289): 1.1e-45
Smith-Waterman score: 1398; 53.1% identity (80.5% similar) in 446 aa overlap (15-446:98-539)

                               10        20        30        40    
pF1KA1                 MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKVKLTADSLKQKI
                                     .: ... :  ::  : ...: .   :.:::
XP_016 CLPGEEGTAERIERLEVSSLAQTSSAVASSTDGSIHTDSVDGTPDPQRTKAAIAHLQQKI
        70        80        90       100       110       120       

           50        60        70        80        90       100    
pF1KA1 LKVTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAHSIAQLQKKLEQ
       ::.:::::: ::.:: ::::::::.:.::::::.::::::::::::::..: :::::::.
XP_016 LKLTEQIKIAQTARDDNVAEYLKLANSADKQQAARIKQVFEKKNQKSAQTILQLQKKLEH
       130       140       150       160       170       180       

          110       120       130       140        150       160   
pF1KA1 YHRKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKDAHVK-SRTAPHCMESSKSGMPGVSL-
       :::::::.::::  :. ::.    ..:.:..:::. .: .  .   ..: :.:. . :  
XP_016 YHRKLREVEQNGIPRQPKDV----FRDMHQGLKDVGAKVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQA
       190       200           210       220       230       240   

              170       180       190       200       210       220
pF1KA1 --TPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGGSATIVNKPKY
         .    : .: ::.:.:::::::::::: .::.:::: . . ...: :  ... ..:::
XP_016 THSAAGAVVSKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLEEGQVDDAGKALGVISNFQSSPKY
           250       260       270       280       290       300   

              230       240            250        260       270    
pF1KA1 GSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGAS-----TLDSQGK-LAVILEELREIKDTQAQLA
       ::...:::.::::. .:.. .  : :::     ::: :.. . ..:.:..::..:::.: 
XP_016 GSEEDCSSATSGSVGANSTTGGIAVGASSSKTNTLDMQSSGFDALLHEIQEIRETQARLE
           310       320       330       340       350       360   

          280       290       300       310       320       330    
pF1KA1 EDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASIEEKV
       :..:.:: ...:.:..: ::::::::: ::::.::.:::.:::.:  ::::::::.:::.
XP_016 ESFETLKEHYQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLNDLTELHQNEILNLKQELASMEEKI
           370       380       390       400       410       420   

          340       350       360       370          380       390 
pF1KA1 AYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTD---TVNAKVLLGRCINVILAFM
       :::.:::.::::::::.:::::::.::.::.::..: .   ...:. :::. ::..:: :
XP_016 AYQSYERARDIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQLEGLENATARNLLGKLINILLAVM
           430       440       450       460       470       480   

             400       410       420       430       440       
pF1KA1 TVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCAIERMII-PR
       .:.:: :::.:. : :.::.: . ..:.: :...:.. :.:: ..  .::..  ::
XP_016 AVLLVFVSTVANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFLWKHWDALFSYVERFFSSPR
           490       500       510       520       530         

>>XP_011510882 (OMIM: 616242) PREDICTED: transmembrane a  (539 aa)
 initn: 1234 init1: 674 opt: 1239  Z-score: 941.2  bits: 183.6 E(85289): 1.1e-45
Smith-Waterman score: 1398; 53.1% identity (80.5% similar) in 446 aa overlap (15-446:98-539)

                               10        20        30        40    
pF1KA1                 MNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPDGILDFHKVKLTADSLKQKI
                                     .: ... :  ::  : ...: .   :.:::
XP_011 CLPGEEGTAERIERLEVSSLAQTSSAVASSTDGSIHTDSVDGTPDPQRTKAAIAHLQQKI
        70        80        90       100       110       120       

           50        60        70        80        90       100    
pF1KA1 LKVTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFEKKNQKSAHSIAQLQKKLEQ
       ::.:::::: ::.:: ::::::::.:.::::::.::::::::::::::..: :::::::.
XP_011 LKLTEQIKIAQTARDDNVAEYLKLANSADKQQAARIKQVFEKKNQKSAQTILQLQKKLEH
       130       140       150       160       170       180       

          110       120       130       140        150       160   
pF1KA1 YHRKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKDAHVK-SRTAPHCMESSKSGMPGVSL-
       :::::::.::::  :. ::.    ..:.:..:::. .: .  .   ..: :.:. . :  
XP_011 YHRKLREVEQNGIPRQPKDV----FRDMHQGLKDVGAKVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQA
       190       200           210       220       230       240   

              170       180       190       200       210       220
pF1KA1 --TPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFRPEASARAYGGSATIVNKPKY
         .    : .: ::.:.:::::::::::: .::.:::: . . ...: :  ... ..:::
XP_011 THSAAGAVVSKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLEEGQVDDAGKALGVISNFQSSPKY
           250       260       270       280       290       300   

              230       240            250        260       270    
pF1KA1 GSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGAS-----TLDSQGK-LAVILEELREIKDTQAQLA
       ::...:::.::::. .:.. .  : :::     ::: :.. . ..:.:..::..:::.: 
XP_011 GSEEDCSSATSGSVGANSTTGGIAVGASSSKTNTLDMQSSGFDALLHEIQEIRETQARLE
           310       320       330       340       350       360   

          280       290       300       310       320       330    
pF1KA1 EDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLTDLHQHETANLKQELASIEEKV
       :..:.:: ...:.:..: ::::::::: ::::.::.:::.:::.:  ::::::::.:::.
XP_011 ESFETLKEHYQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLNDLTELHQNEILNLKQELASMEEKI
           370       380       390       400       410       420   

          340       350       360       370          380       390 
pF1KA1 AYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTD---TVNAKVLLGRCINVILAFM
       :::.:::.::::::::.:::::::.::.::.::..: .   ...:. :::. ::..:: :
XP_011 AYQSYERARDIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQLEGLENATARNLLGKLINILLAVM
           430       440       450       460       470       480   

             400       410       420       430       440       
pF1KA1 TVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCKNWDHILCAIERMII-PR
       .:.:: :::.:. : :.::.: . ..:.: :...:.. :.:: ..  .::..  ::
XP_011 AVLLVFVSTVANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFLWKHWDALFSYVERFFSSPR
           490       500       510       520       530         




446 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Wed Nov  2 20:37:23 2016 done: Wed Nov  2 20:37:24 2016
 Total Scan time:  8.930 Total Display time:  0.080

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com