seq1 = pF1KA0943.tfa, 1179 bp
seq2 = pF1KA0943/gi568815596f_241551007.tfa (gi568815596f:241551007_241772261), 221255 bp

>pF1KA0943 1179
>gi568815596f:241551007_241772261 (Chr2)

8-112  (100001-100105)   100% ->
113-184  (100258-100329)   100% ->
185-283  (102506-102604)   100% ->
284-385  (103540-103641)   100% ->
386-458  (104265-104337)   100% ->
459-538  (108102-108181)   100% ->
539-732  (115639-115832)   100% ->
733-811  (117137-117215)   100% ->
812-957  (117534-117679)   100% ->
958-1014  (119720-119776)   100% ->
1015-1108  (120306-120399)   98% ->
1109-1179  (121185-121255)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      8 CAGCTACTCTGACCTACGACACTCTCCGGTTTGCTGAGTTTGAAGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 CAGCTACTCTGACCTACGACACTCTCCGGTTTGCTGAGTTTGAAGATTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58 CCTGAGACCTCAGAGCCCGTTTGGATACTGGGTAGAAAATACAGCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGAGACCTCAGAGCCCGTTTGGATACTGGGTAGAAAATACAGCATTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    108 CACAG         AAAAGGACGAGATCTTGTCTGATGTGGCATCTAGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACAGGTA...TAGAAAAGGACGAGATCTTGTCTGATGTGGCATCTAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    149 TTTGGTTTACATACAGGAAAAACTTTCCAGCCATTG         GGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100294 TTTGGTTTACATACAGGAAAAACTTTCCAGCCATTGGTA...CAGGGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190 ACAGGCCCCACCTCGGACACAGGCTGGGGCTGCATGCTGCGGTGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102511 ACAGGCCCCACCTCGGACACAGGCTGGGGCTGCATGCTGCGGTGTGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    240 GATGATCTTTGCCCAAGCCCTGGTGTGCCGGCACCTAGGCCGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102561 GATGATCTTTGCCCAAGCCCTGGTGTGCCGGCACCTAGGCCGAGGTG...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    284    ATTGGAGGTGGACACAAAGGAAGAGGCAGCCAGACAGCTACTTCAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103537 TAGATTGGAGGTGGACACAAAGGAAGAGGCAGCCAGACAGCTACTTCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331 GTCCTCAACGCATTCATCGACAGGAAGGACAGTTACTACTCCATTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103587 GTCCTCAACGCATTCATCGACAGGAAGGACAGTTACTACTCCATTCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    381 GATAG         CGCAAATGGGAGTTGGCGAAGGCAAGTCCATAGGCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103637 GATAGGTG...CAGCGCAAATGGGAGTTGGCGAAGGCAAGTCCATAGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    422 AGTGGTACGGGCCCAACACTGTCGCCCAGGTCCTGAA         GAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104301 AGTGGTACGGGCCCAACACTGTCGCCCAGGTCCTGAAGTA...TAGGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463 CTTGCTGTCTTCGATACGTGGAGCTCCTTGGCGGTCCACATTGCAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108106 CTTGCTGTCTTCGATACGTGGAGCTCCTTGGCGGTCCACATTGCAATGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    513 CAACACTGTTGTGATGGAGGAAATCA         GAAGGTTGTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108156 CAACACTGTTGTGATGGAGGAAATCAGTA...TAGGAAGGTTGTGCAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    554 CCAGCGTTCCCTGTGCAGGCGCCACTGCGTTTCCTGCAGATTCCGACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115654 CCAGCGTTCCCTGTGCAGGCGCCACTGCGTTTCCTGCAGATTCCGACCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    604 CACTGCAACGGATTCCCTGCCGGAGCTGAGGTCACCAACAGGCCGTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115704 CACTGCAACGGATTCCCTGCCGGAGCTGAGGTCACCAACAGGCCGTCGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    654 ATGGAGACCCCTGGTACTTCTCATTCCCCTGCGCCTGGGGCTCACGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115754 ATGGAGACCCCTGGTACTTCTCATTCCCCTGCGCCTGGGGCTCACGGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    704 TCAACGAGGCCTACGTGGAGACGCTGAAG         CACTGCTTCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 115804 TCAACGAGGCCTACGTGGAGACGCTGAAGGTG...CAGCACTGCTTCATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    745 ATGCCCCAGTCCCTGGGCGTCATCGGAGGGAAGCCCAACAGCGCCCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117149 ATGCCCCAGTCCCTGGGCGTCATCGGAGGGAAGCCCAACAGCGCCCACTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    795 CTTCATCGGCTACGTTG         GTGAGGAGCTCATCTACCTGGACC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 117199 CTTCATCGGCTACGTTGGTG...CAGGTGAGGAGCTCATCTACCTGGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    836 CCCACACCACGCAGCCAGCCGTGGAGCCCACTGATGGCTGCTTCATCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117558 CCCACACCACGCAGCCAGCCGTGGAGCCCACTGATGGCTGCTTCATCCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    886 GACGAGAGCTTCCACTGCCAGCACCCGCCGTGCCGCATGAGCATCGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117608 GACGAGAGCTTCCACTGCCAGCACCCGCCGTGCCGCATGAGCATCGCGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    936 GCTTGACCCGTCCATCGCTGTG         GGGTTTTTCTGTAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 117658 GCTTGACCCGTCCATCGCTGTGGTA...TAGGGGTTTTTCTGTAAGACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    977 AAGATGACTTCAATGATTGGTGCCAGCAAGTCAAAAAG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 119739 AAGATGACTTCAATGATTGGTGCCAGCAAGTCAAAAAGGTT...CAGCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1018 TCTCTGCTTGGAGGTGCCCTGCCCATGTTTGAGCTGGTGGAGCAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 120309 TCTCTGCTTGGAGGTGCCCTGCCCATGTTTGAGCTGGTGGAGCTGCAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1068 TTCACATCTGGCCTGCCCCGACGTCCTGAACCTGTCCCTAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 120359 TTCACATCTGGCCTGCCCCGACGTCCTGAACCTGTCCCTAGGTG...TAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1109 ATTCTTCTGATGTAGAGCGACTGGAAAGATTCTTCGACTCAGAAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121185 ATTCTTCTGATGTAGAGCGACTGGAAAGATTCTTCGACTCAGAAGATGAA

   1250     .    :    .    :
   1159 GACTTTGAAATCCTGTCCCTT
        |||||||||||||||||||||
 121235 GACTTTGAAATCCTGTCCCTT