Result of FASTA (omim) for pF1KA0584
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KA0584, 626 aa
  1>>>pF1KA0584 626 - 626 aa - 626 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7788+/-0.000392; mu= 22.2618+/- 0.024
 mean_var=69.3400+/-14.026, 0's: 0 Z-trim(112.4): 36  B-trim: 523 in 1/48
 Lambda= 0.154022
 statistics sampled from 21233 (21263) to 21233 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.621), E-opt: 0.2 (0.249), width:  16
 Scan time:  7.630

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_016870283 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable in ( 595) 2152 487.8 4.6e-137
XP_005252092 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable in ( 595) 2152 487.8 4.6e-137
XP_011517064 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable in ( 595) 2152 487.8 4.6e-137
NP_057258 (OMIM: 616626) probable inactive glycosy ( 595) 2152 487.8 4.6e-137
NP_001273689 (OMIM: 616626) probable inactive glyc ( 517) 1874 426.0 1.6e-118
XP_011517065 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable in ( 517) 1874 426.0 1.6e-118
NP_000926 (OMIM: 601865,609220) procollagen-lysine ( 737)  304 77.2 2.2e-13
NP_001075 (OMIM: 603066,612394) procollagen-lysine ( 738)  284 72.8 4.8e-12
NP_000293 (OMIM: 153454,225400) procollagen-lysine ( 727)  283 72.6 5.5e-12
NP_001303249 (OMIM: 153454,225400) procollagen-lys ( 774)  283 72.6 5.8e-12
XP_005247592 (OMIM: 601865,609220) PREDICTED: proc ( 666)  263 68.1 1.1e-10
XP_016862114 (OMIM: 601865,609220) PREDICTED: proc ( 666)  263 68.1 1.1e-10
NP_891988 (OMIM: 601865,609220) procollagen-lysine ( 758)  263 68.1 1.2e-10


>>XP_016870283 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable inacti  (595 aa)
 initn: 2096 init1: 1712 opt: 2152  Z-score: 2581.8  bits: 487.8 E(85289): 4.6e-137
Smith-Waterman score: 2153; 52.8% identity (78.7% similar) in 581 aa overlap (47-626:27-595)

         20        30        40        50        60        70      
pF1KA0 SSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLE
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XP_016     MRAARAAPLLQLLLLLGPWLEAAGVAESPL--PAVVLAILARNAEHSLPHYLGALE
                   10        20        30          40        50    

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pF1KA0 RLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRPMDEPESYPDEIGPKHW
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XP_016 RLDYPRARMALWCATDHNVDNTTEMLQEWLAAVGDDYAAVVWRPEGEPRFYPDEEGPKHW
           60        70        80        90       100       110    

        140       150       160       170       180       190      
pF1KA0 PTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESR
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XP_016 TKERHQFLMELKQEALTFARNWGADYILFADTDNILTNNQTLRLLMGQGLPVVAPMLDSQ
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pF1KA0 GLYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLIDLRKEASDKLTFYPP
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XP_016 TYYSNFWCGITPQGYYRRTAEYFPTKNRQRRGCFRVPMVHSTFLASLRAEGADQLAFYPP
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pF1KA0 HQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLIHVQIEA
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XP_016 HPNYTWPFDDIIVFAYACQAAGVSVHVCNEHRYGYMNVPVKSHQGLEDERVNFIHLILEA
          240       250       260       270       280       290    

        320       330       340       350       360       370      
pF1KA0 MIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEAV
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XP_016 LVDGPRMQASAHVTRPSKRPSKIGFDEVFVISLARRPDRRERMLASLWEMEISGRVVDAV
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pF1KA0 DGKALNTSQLKALNIEMLPGYRDPYSSRPLTRGEIGCFLSHYSVWKEVIDRELEKTLVIE
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XP_016 DGWMLNSSAIRNLGVDLLPGYQDPYSGRTLTKGEVGCFLSHYSIWEEVVARGLARVLVFE
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pF1KA0 DDVRFEHQFKKKLMKLMDNIDQAQLDWELIYIGRKRMQVKEPEKAVPNVANLVEADYSYW
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XP_016 DDVRFESNFRGRLERLMEDVEAEKLSWDLIYLGRKQVN-PEKETAVEGLPGLVVAGYSYW
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pF1KA0 TLGYVISLEGAQKLVGANPFGKMLPVDEFLPVMYNKHPVAEYKEYYESRDLKAFSAEPLL
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XP_016 TLAYALRLAGARKLLASQPLRRMLPVDEFLPIMFDQHPNEQYKAHFWPRDLVAFSAQPLL
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pF1KA0 IYPTHYTGQPGYLSDTETSTIWDNET-VATDWDRTHAWKSRKQSRIYSNAKNTEALPPPT
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XP_016 AAPTHYAGDAEWLSDTETSSPWDDDSGRLISW--SGSQKTLRSPRLDLTGSSGHSLQPQ-
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         620      
pF1KA0 SLDTVPSRDEL
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XP_016 -----P-RDEL
                  

>>XP_005252092 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable inacti  (595 aa)
 initn: 2096 init1: 1712 opt: 2152  Z-score: 2581.8  bits: 487.8 E(85289): 4.6e-137
Smith-Waterman score: 2153; 52.8% identity (78.7% similar) in 581 aa overlap (47-626:27-595)

         20        30        40        50        60        70      
pF1KA0 SSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLE
                                     ::::  :.:..:.::::: :.:::.:: ::
XP_005     MRAARAAPLLQLLLLLGPWLEAAGVAESPL--PAVVLAILARNAEHSLPHYLGALE
                   10        20        30          40        50    

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pF1KA0 RLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRPMDEPESYPDEIGPKHW
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XP_005 RLDYPRARMALWCATDHNVDNTTEMLQEWLAAVGDDYAAVVWRPEGEPRFYPDEEGPKHW
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pF1KA0 PTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESR
          :   .:.:.: ::  ::.  .::::: :.::.::: ::: ::....  .:::::.:.
XP_005 TKERHQFLMELKQEALTFARNWGADYILFADTDNILTNNQTLRLLMGQGLPVVAPMLDSQ
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pF1KA0 GLYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLIDLRKEASDKLTFYPP
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XP_005 TYYSNFWCGITPQGYYRRTAEYFPTKNRQRRGCFRVPMVHSTFLASLRAEGADQLAFYPP
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pF1KA0 HQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLIHVQIEA
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XP_005 HPNYTWPFDDIIVFAYACQAAGVSVHVCNEHRYGYMNVPVKSHQGLEDERVNFIHLILEA
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pF1KA0 MIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEAV
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XP_005 LVDGPRMQASAHVTRPSKRPSKIGFDEVFVISLARRPDRRERMLASLWEMEISGRVVDAV
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pF1KA0 DGKALNTSQLKALNIEMLPGYRDPYSSRPLTRGEIGCFLSHYSVWKEVIDRELEKTLVIE
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XP_005 DGWMLNSSAIRNLGVDLLPGYQDPYSGRTLTKGEVGCFLSHYSIWEEVVARGLARVLVFE
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pF1KA0 DDVRFEHQFKKKLMKLMDNIDQAQLDWELIYIGRKRMQVKEPEKAVPNVANLVEADYSYW
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XP_005 DDVRFESNFRGRLERLMEDVEAEKLSWDLIYLGRKQVN-PEKETAVEGLPGLVVAGYSYW
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pF1KA0 TLGYVISLEGAQKLVGANPFGKMLPVDEFLPVMYNKHPVAEYKEYYESRDLKAFSAEPLL
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XP_005 TLAYALRLAGARKLLASQPLRRMLPVDEFLPIMFDQHPNEQYKAHFWPRDLVAFSAQPLL
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pF1KA0 IYPTHYTGQPGYLSDTETSTIWDNET-VATDWDRTHAWKSRKQSRIYSNAKNTEALPPPT
         ::::.:.  .:::::::. ::...    .:  . . :. .. :.  .... ..: :  
XP_005 AAPTHYAGDAEWLSDTETSSPWDDDSGRLISW--SGSQKTLRSPRLDLTGSSGHSLQPQ-
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         620      
pF1KA0 SLDTVPSRDEL
            : ::::
XP_005 -----P-RDEL
                  

>>XP_011517064 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable inacti  (595 aa)
 initn: 2096 init1: 1712 opt: 2152  Z-score: 2581.8  bits: 487.8 E(85289): 4.6e-137
Smith-Waterman score: 2153; 52.8% identity (78.7% similar) in 581 aa overlap (47-626:27-595)

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pF1KA0 SSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLE
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XP_011     MRAARAAPLLQLLLLLGPWLEAAGVAESPL--PAVVLAILARNAEHSLPHYLGALE
                   10        20        30          40        50    

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pF1KA0 RLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRPMDEPESYPDEIGPKHW
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XP_011 RLDYPRARMALWCATDHNVDNTTEMLQEWLAAVGDDYAAVVWRPEGEPRFYPDEEGPKHW
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        140       150       160       170       180       190      
pF1KA0 PTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESR
          :   .:.:.: ::  ::.  .::::: :.::.::: ::: ::....  .:::::.:.
XP_011 TKERHQFLMELKQEALTFARNWGADYILFADTDNILTNNQTLRLLMGQGLPVVAPMLDSQ
          120       130       140       150       160       170    

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pF1KA0 GLYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLIDLRKEASDKLTFYPP
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XP_011 TYYSNFWCGITPQGYYRRTAEYFPTKNRQRRGCFRVPMVHSTFLASLRAEGADQLAFYPP
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pF1KA0 HQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLIHVQIEA
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XP_011 HPNYTWPFDDIIVFAYACQAAGVSVHVCNEHRYGYMNVPVKSHQGLEDERVNFIHLILEA
          240       250       260       270       280       290    

        320       330       340       350       360       370      
pF1KA0 MIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEAV
       ..: : :. : .:.   : :.:.::::.:.:.: :: :::.::: .:.:.::  ..:.::
XP_011 LVDGPRMQASAHVTRPSKRPSKIGFDEVFVISLARRPDRRERMLASLWEMEISGRVVDAV
          300       310       320       330       340       350    

        380       390       400       410       420       430      
pF1KA0 DGKALNTSQLKALNIEMLPGYRDPYSSRPLTRGEIGCFLSHYSVWKEVIDRELEKTLVIE
       ::  ::.: .. :....::::.::::.: ::.::.::::::::.:.::. : : ..::.:
XP_011 DGWMLNSSAIRNLGVDLLPGYQDPYSGRTLTKGEVGCFLSHYSIWEEVVARGLARVLVFE
          360       370       380       390       400       410    

        440       450       460       470       480       490      
pF1KA0 DDVRFEHQFKKKLMKLMDNIDQAQLDWELIYIGRKRMQVKEPEKAVPNVANLVEADYSYW
       :::::: .:. .: .::....  .:.:.:::.:::...  : : :: .. .:: : ::::
XP_011 DDVRFESNFRGRLERLMEDVEAEKLSWDLIYLGRKQVN-PEKETAVEGLPGLVVAGYSYW
          420       430       440       450        460       470   

        500       510       520       530       540       550      
pF1KA0 TLGYVISLEGAQKLVGANPFGKMLPVDEFLPVMYNKHPVAEYKEYYESRDLKAFSAEPLL
       ::.:.. : ::.::....:. .:::::::::.:...::  .:: ..  ::: ::::.:::
XP_011 TLAYALRLAGARKLLASQPLRRMLPVDEFLPIMFDQHPNEQYKAHFWPRDLVAFSAQPLL
           480       490       500       510       520       530   

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pF1KA0 IYPTHYTGQPGYLSDTETSTIWDNET-VATDWDRTHAWKSRKQSRIYSNAKNTEALPPPT
         ::::.:.  .:::::::. ::...    .:  . . :. .. :.  .... ..: :  
XP_011 AAPTHYAGDAEWLSDTETSSPWDDDSGRLISW--SGSQKTLRSPRLDLTGSSGHSLQPQ-
           540       550       560         570       580       590 

         620      
pF1KA0 SLDTVPSRDEL
            : ::::
XP_011 -----P-RDEL
                  

>>NP_057258 (OMIM: 616626) probable inactive glycosyltra  (595 aa)
 initn: 2096 init1: 1712 opt: 2152  Z-score: 2581.8  bits: 487.8 E(85289): 4.6e-137
Smith-Waterman score: 2153; 52.8% identity (78.7% similar) in 581 aa overlap (47-626:27-595)

         20        30        40        50        60        70      
pF1KA0 SSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLE
                                     ::::  :.:..:.::::: :.:::.:: ::
NP_057     MRAARAAPLLQLLLLLGPWLEAAGVAESPL--PAVVLAILARNAEHSLPHYLGALE
                   10        20        30          40        50    

         80        90       100       110       120       130      
pF1KA0 RLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRPMDEPESYPDEIGPKHW
       :::::..:::.: :::::::::::...:::  :   :  : :::  ::. :::: :::::
NP_057 RLDYPRARMALWCATDHNVDNTTEMLQEWLAAVGDDYAAVVWRPEGEPRFYPDEEGPKHW
           60        70        80        90       100       110    

        140       150       160       170       180       190      
pF1KA0 PTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESR
          :   .:.:.: ::  ::.  .::::: :.::.::: ::: ::....  .:::::.:.
NP_057 TKERHQFLMELKQEALTFARNWGADYILFADTDNILTNNQTLRLLMGQGLPVVAPMLDSQ
          120       130       140       150       160       170    

        200       210       220       230       240       250      
pF1KA0 GLYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLIDLRKEASDKLTFYPP
         ::::::::::.:.:.:: .:   .. .: ::: ::::::::: .:: :..:.:.::::
NP_057 TYYSNFWCGITPQGYYRRTAEYFPTKNRQRRGCFRVPMVHSTFLASLRAEGADQLAFYPP
          180       190       200       210       220       230    

        260       270       280       290       300       310      
pF1KA0 HQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLIHVQIEA
       : .::: ::::::::.. . ::.....::...:::. .:.: :: :...  :.::. .::
NP_057 HPNYTWPFDDIIVFAYACQAAGVSVHVCNEHRYGYMNVPVKSHQGLEDERVNFIHLILEA
          240       250       260       270       280       290    

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pF1KA0 MIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEAV
       ..: : :. : .:.   : :.:.::::.:.:.: :: :::.::: .:.:.::  ..:.::
NP_057 LVDGPRMQASAHVTRPSKRPSKIGFDEVFVISLARRPDRRERMLASLWEMEISGRVVDAV
          300       310       320       330       340       350    

        380       390       400       410       420       430      
pF1KA0 DGKALNTSQLKALNIEMLPGYRDPYSSRPLTRGEIGCFLSHYSVWKEVIDRELEKTLVIE
       ::  ::.: .. :....::::.::::.: ::.::.::::::::.:.::. : : ..::.:
NP_057 DGWMLNSSAIRNLGVDLLPGYQDPYSGRTLTKGEVGCFLSHYSIWEEVVARGLARVLVFE
          360       370       380       390       400       410    

        440       450       460       470       480       490      
pF1KA0 DDVRFEHQFKKKLMKLMDNIDQAQLDWELIYIGRKRMQVKEPEKAVPNVANLVEADYSYW
       :::::: .:. .: .::....  .:.:.:::.:::...  : : :: .. .:: : ::::
NP_057 DDVRFESNFRGRLERLMEDVEAEKLSWDLIYLGRKQVN-PEKETAVEGLPGLVVAGYSYW
          420       430       440       450        460       470   

        500       510       520       530       540       550      
pF1KA0 TLGYVISLEGAQKLVGANPFGKMLPVDEFLPVMYNKHPVAEYKEYYESRDLKAFSAEPLL
       ::.:.. : ::.::....:. .:::::::::.:...::  .:: ..  ::: ::::.:::
NP_057 TLAYALRLAGARKLLASQPLRRMLPVDEFLPIMFDQHPNEQYKAHFWPRDLVAFSAQPLL
           480       490       500       510       520       530   

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pF1KA0 IYPTHYTGQPGYLSDTETSTIWDNET-VATDWDRTHAWKSRKQSRIYSNAKNTEALPPPT
         ::::.:.  .:::::::. ::...    .:  . . :. .. :.  .... ..: :  
NP_057 AAPTHYAGDAEWLSDTETSSPWDDDSGRLISW--SGSQKTLRSPRLDLTGSSGHSLQPQ-
           540       550       560         570       580       590 

         620      
pF1KA0 SLDTVPSRDEL
            : ::::
NP_057 -----P-RDEL
                  

>>NP_001273689 (OMIM: 616626) probable inactive glycosyl  (517 aa)
 initn: 1852 init1: 1468 opt: 1874  Z-score: 2248.7  bits: 426.0 E(85289): 1.6e-118
Smith-Waterman score: 1875; 50.7% identity (77.6% similar) in 527 aa overlap (101-626:1-517)

               80        90       100       110       120       130
pF1KA0 FLGCLERLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRPMDEPESYPDE
                                     ...:::  :   :  : :::  ::. ::::
NP_001                               MLQEWLAAVGDDYAAVVWRPEGEPRFYPDE
                                             10        20        30

              140       150       160       170       180       190
pF1KA0 IGPKHWPTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVA
        :::::   :   .:.:.: ::  ::.  .::::: :.::.::: ::: ::....  .::
NP_001 EGPKHWTKERHQFLMELKQEALTFARNWGADYILFADTDNILTNNQTLRLLMGQGLPVVA
               40        50        60        70        80        90

              200       210       220       230       240       250
pF1KA0 PMLESRGLYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLIDLRKEASDK
       :::.:.  ::::::::::.:.:.:: .:   .. .: ::: ::::::::: .:: :..:.
NP_001 PMLDSQTYYSNFWCGITPQGYYRRTAEYFPTKNRQRRGCFRVPMVHSTFLASLRAEGADQ
              100       110       120       130       140       150

              260       270       280       290       300       310
pF1KA0 LTFYPPHQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLI
       :.::::: .::: ::::::::.. . ::.....::...:::. .:.: :: :...  :.:
NP_001 LAFYPPHPNYTWPFDDIIVFAYACQAAGVSVHVCNEHRYGYMNVPVKSHQGLEDERVNFI
              160       170       180       190       200       210

              320       330       340       350       360       370
pF1KA0 HVQIEAMIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEV
       :. .::..: : :. : .:.   : :.:.::::.:.:.: :: :::.::: .:.:.::  
NP_001 HLILEALVDGPRMQASAHVTRPSKRPSKIGFDEVFVISLARRPDRRERMLASLWEMEISG
              220       230       240       250       260       270

              380       390       400       410       420       430
pF1KA0 KIVEAVDGKALNTSQLKALNIEMLPGYRDPYSSRPLTRGEIGCFLSHYSVWKEVIDRELE
       ..:.::::  ::.: .. :....::::.::::.: ::.::.::::::::.:.::. : : 
NP_001 RVVDAVDGWMLNSSAIRNLGVDLLPGYQDPYSGRTLTKGEVGCFLSHYSIWEEVVARGLA
              280       290       300       310       320       330

              440       450       460       470       480       490
pF1KA0 KTLVIEDDVRFEHQFKKKLMKLMDNIDQAQLDWELIYIGRKRMQVKEPEKAVPNVANLVE
       ..::.::::::: .:. .: .::....  .:.:.:::.:::...  : : :: .. .:: 
NP_001 RVLVFEDDVRFESNFRGRLERLMEDVEAEKLSWDLIYLGRKQVN-PEKETAVEGLPGLVV
              340       350       360       370        380         

              500       510       520       530       540       550
pF1KA0 ADYSYWTLGYVISLEGAQKLVGANPFGKMLPVDEFLPVMYNKHPVAEYKEYYESRDLKAF
       : ::::::.:.. : ::.::....:. .:::::::::.:...::  .:: ..  ::: ::
NP_001 AGYSYWTLAYALRLAGARKLLASQPLRRMLPVDEFLPIMFDQHPNEQYKAHFWPRDLVAF
     390       400       410       420       430       440         

              560       570       580        590       600         
pF1KA0 SAEPLLIYPTHYTGQPGYLSDTETSTIWDNET-VATDWDRTHAWKSRKQSRIYSNAKNTE
       ::.:::  ::::.:.  .:::::::. ::...    .:. ..  :. .. :.  .... .
NP_001 SAQPLLAAPTHYAGDAEWLSDTETSSPWDDDSGRLISWSGSQ--KTLRSPRLDLTGSSGH
     450       460       470       480       490         500       

     610       620      
pF1KA0 ALPPPTSLDTVPSRDEL
       .: :       : ::::
NP_001 SLQPQ------P-RDEL
       510              

>>XP_011517065 (OMIM: 616626) PREDICTED: probable inacti  (517 aa)
 initn: 1852 init1: 1468 opt: 1874  Z-score: 2248.7  bits: 426.0 E(85289): 1.6e-118
Smith-Waterman score: 1875; 50.7% identity (77.6% similar) in 527 aa overlap (101-626:1-517)

               80        90       100       110       120       130
pF1KA0 FLGCLERLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRPMDEPESYPDE
                                     ...:::  :   :  : :::  ::. ::::
XP_011                               MLQEWLAAVGDDYAAVVWRPEGEPRFYPDE
                                             10        20        30

              140       150       160       170       180       190
pF1KA0 IGPKHWPTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVA
        :::::   :   .:.:.: ::  ::.  .::::: :.::.::: ::: ::....  .::
XP_011 EGPKHWTKERHQFLMELKQEALTFARNWGADYILFADTDNILTNNQTLRLLMGQGLPVVA
               40        50        60        70        80        90

              200       210       220       230       240       250
pF1KA0 PMLESRGLYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLIDLRKEASDK
       :::.:.  ::::::::::.:.:.:: .:   .. .: ::: ::::::::: .:: :..:.
XP_011 PMLDSQTYYSNFWCGITPQGYYRRTAEYFPTKNRQRRGCFRVPMVHSTFLASLRAEGADQ
              100       110       120       130       140       150

              260       270       280       290       300       310
pF1KA0 LTFYPPHQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLI
       :.::::: .::: ::::::::.. . ::.....::...:::. .:.: :: :...  :.:
XP_011 LAFYPPHPNYTWPFDDIIVFAYACQAAGVSVHVCNEHRYGYMNVPVKSHQGLEDERVNFI
              160       170       180       190       200       210

              320       330       340       350       360       370
pF1KA0 HVQIEAMIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEV
       :. .::..: : :. : .:.   : :.:.::::.:.:.: :: :::.::: .:.:.::  
XP_011 HLILEALVDGPRMQASAHVTRPSKRPSKIGFDEVFVISLARRPDRRERMLASLWEMEISG
              220       230       240       250       260       270

              380       390       400       410       420       430
pF1KA0 KIVEAVDGKALNTSQLKALNIEMLPGYRDPYSSRPLTRGEIGCFLSHYSVWKEVIDRELE
       ..:.::::  ::.: .. :....::::.::::.: ::.::.::::::::.:.::. : : 
XP_011 RVVDAVDGWMLNSSAIRNLGVDLLPGYQDPYSGRTLTKGEVGCFLSHYSIWEEVVARGLA
              280       290       300       310       320       330

              440       450       460       470       480       490
pF1KA0 KTLVIEDDVRFEHQFKKKLMKLMDNIDQAQLDWELIYIGRKRMQVKEPEKAVPNVANLVE
       ..::.::::::: .:. .: .::....  .:.:.:::.:::...  : : :: .. .:: 
XP_011 RVLVFEDDVRFESNFRGRLERLMEDVEAEKLSWDLIYLGRKQVN-PEKETAVEGLPGLVV
              340       350       360       370        380         

              500       510       520       530       540       550
pF1KA0 ADYSYWTLGYVISLEGAQKLVGANPFGKMLPVDEFLPVMYNKHPVAEYKEYYESRDLKAF
       : ::::::.:.. : ::.::....:. .:::::::::.:...::  .:: ..  ::: ::
XP_011 AGYSYWTLAYALRLAGARKLLASQPLRRMLPVDEFLPIMFDQHPNEQYKAHFWPRDLVAF
     390       400       410       420       430       440         

              560       570       580        590       600         
pF1KA0 SAEPLLIYPTHYTGQPGYLSDTETSTIWDNET-VATDWDRTHAWKSRKQSRIYSNAKNTE
       ::.:::  ::::.:.  .:::::::. ::...    .:. ..  :. .. :.  .... .
XP_011 SAQPLLAAPTHYAGDAEWLSDTETSSPWDDDSGRLISWSGSQ--KTLRSPRLDLTGSSGH
     450       460       470       480       490         500       

     610       620      
pF1KA0 ALPPPTSLDTVPSRDEL
       .: :       : ::::
XP_011 SLQPQ------P-RDEL
       510              

>>NP_000926 (OMIM: 601865,609220) procollagen-lysine,2-o  (737 aa)
 initn: 329 init1: 143 opt: 304  Z-score: 361.3  bits: 77.2 E(85289): 2.2e-13
Smith-Waterman score: 355; 29.4% identity (59.6% similar) in 272 aa overlap (29-292:268-515)

                 10        20        30        40        50        
pF1KA0   MAARPAATLAWSLLLLSSALLREGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQS----PT
                                     .: .  ..:.:     :    :..    :.
NP_000 ARAKNTFYETLPVAINGNGPTKILLNYFGNYVPNSWTQDNGCTLCEFDTVDLSAVDVHPN
       240       250       260       270       280       290       

           60        70        80        90       100       110    
pF1KA0 VLVAVLARNAAHTLPHFLGCLERLDYPKSRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYH
       : ..:. .. .  ::.::  :  :::::  . ..    ::     :...:  :... .. 
NP_000 VSIGVFIEQPTPFLPRFLDILLTLDYPKEALKLFI---HN----KEVYHE--KDIKVFFD
       300       310       320       330              340          

          120       130       140       150       160       170    
pF1KA0 YVEWRPMDEPESYPDEIGPKHWPTSRFAHVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTN
           .   : ..    .::..  ..  :. : .    .    ::  :: . .:.:  :::
NP_000 ----KAKHEIKTIKI-VGPEENLSQAEARNMGMD---FCRQDEK-CDYYFSVDADVVLTN
          350        360       370          380        390         

          180       190        200       210       220       230   
pF1KA0 PQTLNLLIAENKTIVAPMLESRG-LYSNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVP
       :.::..:: .:. :.::..  .: :.:::: ...: :.: :. :::.: . .:.: . ::
NP_000 PRTLKILIEQNRKIIAPLVTRHGKLWSNFWGALSPDGYYARSEDYVDIVQGNRVGVWNVP
     400       410       420       430       440       450         

           240          250       260       270       280       290
pF1KA0 MVHSTFLID---LRKEASDKLTFYPPHQDYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYG
       .. ...::    ::.: ...  :    .:    .:  ...  ..:. :. ::. ::...:
NP_000 YMANVYLIKGKTLRSEMNERNYFV---RD---KLDPDMALCRNAREMGVFMYISNRHEFG
     460       470       480             490       500       510   

              300       310       320       330       340       350
pF1KA0 YLPIPLKPHQTLQEDIENLIHVQIEAMIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLK
        :                                                          
NP_000 RLLSTANYNTSHYNNDLWQIFENPVDWKEKYINRDYSKIFTENIVEQPCPDVFWFPIFSE
           520       530       540       550       560       570   

>>NP_001075 (OMIM: 603066,612394) procollagen-lysine,2-o  (738 aa)
 initn: 265 init1: 129 opt: 284  Z-score: 337.3  bits: 72.8 E(85289): 4.8e-12
Smith-Waterman score: 356; 30.1% identity (57.8% similar) in 282 aa overlap (53-329:296-545)

             30        40        50        60        70        80  
pF1KA0 EGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLERLDYPK
                                     : :..::.... .  ::.::  :  :::: 
NP_001 GNYVPNGWTPEGGCGFCNQDRRTLPGGQPPPRVFLAVFVEQPTPFLPRFLQRLLLLDYPP
         270       280       290       300       310       320     

             90       100       110        120       130       140 
pF1KA0 SRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVE-WRPMDEPESYPDEIGPKHWPTSRF
       .:....    ::    .:.:.:         : .. :  ...  :    .::..  .   
NP_001 DRVTLFL---HN----NEVFHE--------PHIADSWPQLQDHFSAVKLVGPEEALSPGE
         330              340               350       360       370

             150        160       170       180       190          
pF1KA0 AHVMKLRQAALRTAREK-WSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESRG-LY
       :     :. :.   :.    .. . .:.:  ::: ::: .:: ::. ..::::  .: :.
NP_001 A-----RDMAMDLCRQDPECEFYFSLDADAVLTNLQTLRILIEENRKVIAPMLSRHGKLW
                   380       390       400       410       420     

     200       210       220       230       240       250         
pF1KA0 SNFWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLIDLRKEASDKLTFYPPHQD
       :::: ...:  .: :. :::.. . ::.: . ::.. ....:      .: : .  :..:
NP_001 SNFWGALSPDEYYARSEDYVELVQRKRVGVWNVPYISQAYVIR-----GDTLRMELPQRD
         430       440       450       460            470       480

      260        270       280       290       300       310       
pF1KA0 -YTWT-FDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQTLQEDIENLIHVQIEAM
        .. .  :  ..:  : :. :: ..: :....: :        : . : :.: : ..  .
NP_001 VFSGSDTDPDMAFCKSFRDKGIFLHLSNQHEFGRL------LATSRYDTEHL-HPDLWQI
              490       500       510             520        530   

       320       330       340       350       360       370       
pF1KA0 IDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEAVD
       .: :     ::.                                                
NP_001 FDNPVDWKEQYIHENYSRALEGEGIVEQPCPDVYWFPLLSEQMCDELVAEMEHYGQWSGG
           540       550       560       570       580       590   

>>NP_000293 (OMIM: 153454,225400) procollagen-lysine,2-o  (727 aa)
 initn: 271 init1: 138 opt: 283  Z-score: 336.1  bits: 72.6 E(85289): 5.5e-12
Smith-Waterman score: 315; 28.8% identity (59.6% similar) in 260 aa overlap (53-306:286-520)

             30        40        50        60        70        80  
pF1KA0 EGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLERLDYPK
                                     :::::.:. .. .  .  :.  : :: ::.
NP_000 YIPRFWTFETGCTVCDEGLRSLKGIGDEALPTVLVGVFIEQPTPFVSLFFQRLLRLHYPQ
         260       270       280       290       300       310     

             90       100       110       120       130       140  
pF1KA0 SRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRPMDEPESYPDEIGPKHWPTSRFA
       ..: ..   .:.  . ... .:.: .    :. :.             .::.     :.:
NP_000 KHMRLFIH-NHEQHHKAQV-EEFLAQHGSEYQSVKL------------VGPE----VRMA
         320        330        340                   350           

            150       160       170       180       190        200 
pF1KA0 HVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESRG-LYSN
       ..    ..:    ...   : . .:.:  ::.:..: ::: .::...::..  .: :.::
NP_000 NADARNMGADLCRQDRSCTYYFSVDADVALTEPNSLRLLIQQNKNVIAPLMTRHGRLWSN
       360       370       380       390       400       410       

             210       220       230       240          250        
pF1KA0 FWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLID---LRKEASDKLTFYPPHQ
       :: ...  :.: :. :::.: . .:.: . ::.. . .::    :: : ...  :.  :.
NP_000 FWGALSADGYYARSEDYVDIVQGRRVGVWNVPYISNIYLIKGSALRGELQSSDLFH--HS
       420       430       440       450       460       470       

      260       270       280       290       300         310      
pF1KA0 DYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQT--LQEDIENLIHVQIEA
            .:  ..:  . ::  . :.: ::.  :.: . :  ..:  :..:.          
NP_000 ----KLDPDMAFCANIRQQDVFMFLTNRHTLGHL-LSLDSYRTTHLHNDLWEVFSNPEDW
             480       490       500        510       520       530

        320       330       340       350       360       370      
pF1KA0 MIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEAV
                                                                   
NP_000 KEKYIHQNYTKALAGKLVETPCPDVYWFPIFTEVACDELVEEMEHFGQWSLGNNKDNRIQ
              540       550       560       570       580       590

>>NP_001303249 (OMIM: 153454,225400) procollagen-lysine,  (774 aa)
 initn: 271 init1: 138 opt: 283  Z-score: 335.8  bits: 72.6 E(85289): 5.8e-12
Smith-Waterman score: 315; 28.8% identity (59.6% similar) in 260 aa overlap (53-306:333-567)

             30        40        50        60        70        80  
pF1KA0 EGCRARFVAERDSEDDGEEPVVFPESPLQSPTVLVAVLARNAAHTLPHFLGCLERLDYPK
                                     :::::.:. .. .  .  :.  : :: ::.
NP_001 YIPRFWTFETGCTVCDEGLRSLKGIGDEALPTVLVGVFIEQPTPFVSLFFQRLLRLHYPQ
            310       320       330       340       350       360  

             90       100       110       120       130       140  
pF1KA0 SRMAIWAATDHNVDNTTEIFREWLKNVQRLYHYVEWRPMDEPESYPDEIGPKHWPTSRFA
       ..: ..   .:.  . ... .:.: .    :. :.             .::.     :.:
NP_001 KHMRLFIH-NHEQHHKAQV-EEFLAQHGSEYQSVKL------------VGPE----VRMA
            370        380        390                   400        

            150       160       170       180       190        200 
pF1KA0 HVMKLRQAALRTAREKWSDYILFIDVDNFLTNPQTLNLLIAENKTIVAPMLESRG-LYSN
       ..    ..:    ...   : . .:.:  ::.:..: ::: .::...::..  .: :.::
NP_001 NADARNMGADLCRQDRSCTYYFSVDADVALTEPNSLRLLIQQNKNVIAPLMTRHGRLWSN
          410       420       430       440       450       460    

             210       220       230       240          250        
pF1KA0 FWCGITPKGFYKRTPDYVQIREWKRTGCFPVPMVHSTFLID---LRKEASDKLTFYPPHQ
       :: ...  :.: :. :::.: . .:.: . ::.. . .::    :: : ...  :.  :.
NP_001 FWGALSADGYYARSEDYVDIVQGRRVGVWNVPYISNIYLIKGSALRGELQSSDLFH--HS
          470       480       490       500       510       520    

      260       270       280       290       300         310      
pF1KA0 DYTWTFDDIIVFAFSSRQAGIQMYLCNREHYGYLPIPLKPHQT--LQEDIENLIHVQIEA
            .:  ..:  . ::  . :.: ::.  :.: . :  ..:  :..:.          
NP_001 ----KLDPDMAFCANIRQQDVFMFLTNRHTLGHL-LSLDSYRTTHLHNDLWEVFSNPEDW
                530       540       550        560       570       

        320       330       340       350       360       370      
pF1KA0 MIDRPPMEPSQYVSVVPKYPDKMGFDEIFMINLKRRKDRRDRMLRTLYEQEIEVKIVEAV
                                                                   
NP_001 KEKYIHQNYTKALAGKLVETPCPDVYWFPIFTEVACDELVEEMEHFGQWSLGNNKDNRIQ
       580       590       600       610       620       630       




626 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Wed Nov  2 19:21:13 2016 done: Wed Nov  2 19:21:14 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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