seq1 = pF1KA0431.tfa, 2001 bp
seq2 = pF1KA0431/gi568815582f_80942287.tfa (gi568815582f:80942287_81144967), 202681 bp

>pF1KA0431 2001
>gi568815582f:80942287_81144967 (Chr16)

1-194  (100001-100194)   100% ->
195-2001  (100875-102681)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAATGCATGCTGAGAAGAAGCACAAATGTAGTAAGTGCAGCAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAAATGCATGCTGAGAAGAAGCACAAATGTAGTAAGTGCAGCAATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACGGTACAGAATGGGACCTGAAAAGACATGCAGAGGACTGTGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTACGGTACAGAATGGGACCTGAAAAGACATGCAGAGGACTGTGGCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTTCCGGTGCACATGCGGCTGTCCCTACGCCAGTAGAACAGCACTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTTCCGGTGCACATGCGGCTGTCCCTACGCCAGTAGAACAGCACTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTCACATCTACCGAACTGGGCACGAGATACCTGCAGAACACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100151 TCTCACATCTACCGAACTGGGCACGAGATACCTGCAGAACACAGGTG...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195    GGACCCACCTAGTAAGAAAAGGAAAATGGAAAACTGTGCACAAAACC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100872 CAGGGACCCACCTAGTAAGAAAAGGAAAATGGAAAACTGTGCACAAAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAAGTTATCCAACAAGACCATTGAATCATTGAACAACCAACCAATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100922 AGAAGTTATCCAACAAGACCATTGAATCATTGAACAACCAACCAATCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGACCAGACACTCAAGAACTAGAAGCTTCAGAAATAAAGCTAGAACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100972 AGACCAGACACTCAAGAACTAGAAGCTTCAGAAATAAAGCTAGAACCATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTTTGAAGACTCTTGTGGCTCTAACACTGACAAGCAGACTCTTACAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101022 TTTTGAAGACTCTTGTGGCTCTAACACTGACAAGCAGACTCTTACAACAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CACCGAGATATCCTCAGAAGTTGCTTTTACCAAAGCCCAAAGTGGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101072 CACCGAGATATCCTCAGAAGTTGCTTTTACCAAAGCCCAAAGTGGCTTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTTAAACTACCCGTGATGCAGTTTTCTGTCATGCCTGTCTTTGTGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101122 GTTAAACTACCCGTGATGCAGTTTTCTGTCATGCCTGTCTTTGTGCCTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGCCGACTCCTCAGCCCAGCCTGTGGTGTTAGGTGTTGATCAGGGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101172 AGCCGACTCCTCAGCCCAGCCTGTGGTGTTAGGTGTTGATCAGGGCTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCACAGGGGCTGTGCACTTAATGCCCTTGTCAGTAGGAACCCTGATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101222 CCACAGGGGCTGTGCACTTAATGCCCTTGTCAGTAGGAACCCTGATCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGCCTAGATTCAGAGGCTTGCTCTCTTAAGGAGAGCCTACCTCTTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101272 GGCCTAGATTCAGAGGCTTGCTCTCTTAAGGAGAGCCTACCTCTTTTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AATTGCTAATCCTATTGCTGGTGAGCCAATAAGTACTGGTGTTCAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101322 AATTGCTAATCCTATTGCTGGTGAGCCAATAAGTACTGGTGTTCAAGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACTTTGGTAAAAGTCCATCTAATCCTTTACAAGAACTAGGGAACACGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101372 ACTTTGGTAAAAGTCCATCTAATCCTTTACAAGAACTAGGGAACACGTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAAAAGAATAGCATTTCTTCAATCAACGTGCAGACAGATCTGTCTTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101422 CAAAAGAATAGCATTTCTTCAATCAACGTGCAGACAGATCTGTCTTATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTCACAAAACTTTATACCTTCTGCACAGTGGGCCACTGCTGATTCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101472 CTCACAAAACTTTATACCTTCTGCACAGTGGGCCACTGCTGATTCCTCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGTCGTCTTGTTCTCAAACTGATTTGTCGTTTGATTCTCAAGTGTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101522 TGTCGTCTTGTTCTCAAACTGATTTGTCGTTTGATTCTCAAGTGTCTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CCCATTAGTGTTCACACTCAGACATTTTTGCCCAGCTCTAAGGTAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101572 CCCATTAGTGTTCACACTCAGACATTTTTGCCCAGCTCTAAGGTAACTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 ATCTATAGCTGCTCAGACTGATGCATTTATGGACACCTGTTTCCAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101622 ATCTATAGCTGCTCAGACTGATGCATTTATGGACACCTGTTTCCAGTCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GTGGGGTCTCCAGAGAAACTCAAACCAGTGGGATAGAAAGTCCAACGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101672 GTGGGGTCTCCAGAGAAACTCAAACCAGTGGGATAGAAAGTCCAACGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GACCATGTACAGATGGACCAAGCTGGAATGTGCGGAGACATTTTTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101722 GACCATGTACAGATGGACCAAGCTGGAATGTGCGGAGACATTTTTGAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TGTTCATTCATCATATAATGTTGCTACAGGTAACATTATAAGCAACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101772 TGTTCATTCATCATATAATGTTGCTACAGGTAACATTATAAGCAACAGTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TAGTAGCAGAGACAGTAACTCATAGTTTGTTACCTCAGAATGAGCCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101822 TAGTAGCAGAGACAGTAACTCATAGTTTGTTACCTCAGAATGAGCCTAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 ACTTTAAATCAAGATATTGAGAAATCTGCACCAATTATAAATTTCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101872 ACTTTAAATCAAGATATTGAGAAATCTGCACCAATTATAAATTTCAGTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 ACAGAATAGTATGCTTCCTTCACAGAACATGACAGATAATCAGACCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101922 ACAGAATAGTATGCTTCCTTCACAGAACATGACAGATAATCAGACCCAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CCATAGATTTATTAAGTGATTTGGAAAACATCTTGTCAAGTAATCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101972 CCATAGATTTATTAAGTGATTTGGAAAACATCTTGTCAAGTAATCTGCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GCCCAGACATTGGATCATCGTAGTCTTTTGTCTGACACAAATCCTGGACC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102022 GCTCAGACATTGGATCATCGTAGTCTTTTGTCTGACACAAATCCTGGACC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 TGACACCCAGCTCCCATCTGGCCCAGCCCAGAACCCCGGAATCGATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102072 TGACACCCAGCTCCCATCTGGCCCAGCCCAGAACCCCGGAATCGATTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 ATATCGAAGAGTTCTTTTCGGCCTCAAATATCCAGACTCAAACTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102122 ATATCGAAGAGTTCTTTTCGGCCTCAAATATCCAGACTCAAACTGAAGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 AGTGAACTTAGCACCATGACCACCGAGCCAGTCTTGGAGTCACTGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102172 AGTGAACTTAGCACCATGACCACCGAGCCAGTCTTGGAGTCACTGGACAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 AGAGACTCAAACGGACTTCTTACTCGCAGATACCTCTGCTCAGTCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102222 AGAGACTCAAACGGACTTCTTACTCGCAGATACCTCTGCTCAGTCCTATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 GGTGTAGGGGAAATTCTAACTTCTTAGGCCTTGAGATGTTTGACACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102272 GGTGTAGGGGAAATTCTAACTTCTTAGGCCTTGAGATGTTTGACACACAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 ACACAGACAGACTTAAACTTTTTCTTAGACAGTAGCCCTCATCTGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102322 ACACAGACAGACTTAAACTTTTTCTTAGACAGTAGCCCTCATCTGCCTCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 GGGAAGTATTCTGAAACACTCCAGCTTTTCCGTGAGTACTGATTCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102372 GGGAAGTATTCTGAAACACTCCAGCTTTTCCGTGAGTACTGATTCATCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 ACACAGAGACCCAAACTGAAGGAGTCTCCACTGCTAAAAATATACCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102422 ACACAGAGACCCAAACTGAAGGAGTCTCCACTGCTAAAAATATACCTGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 CTAGAAAGCAAAGTTCAGTTGAACAGTACAGAAACACAGACCATGAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102472 CTAGAAAGCAAAGTTCAGTTGAACAGTACAGAAACACAGACCATGAGTTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 TGGGTTTGAAACCCTGGGGAGCTTGTTCTTCACCAGCAACGAAACTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102522 TGGGTTTGAAACCCTGGGGAGCTTGTTCTTCACCAGCAACGAAACTCAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 CAGCAATGGATGACTTTCTTCTGGCTGATCTGGCCTGGAACACGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102572 CAGCAATGGATGACTTTCTTCTGGCTGATCTGGCCTGGAACACGATGGAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 TCTCAGTTCAGCTCTGTAGAAACCCAGACTTCTGCGGAACCACACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102622 TCTCAGTTCAGCTCTGTAGAAACCCAGACTTCTGCGGAACCACACACAGT

   2000     .    :
   1992 CTCCAACTTC
        ||||||||||
 102672 CTCCAACTTC