Result of FASTA (omim) for
pF1KA0363
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0363, 1469 aa
1>>>pF1KA0363 1469 - 1469 aa - 1469 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.7031+/-0.000515; mu= -26.1045+/- 0.032
mean_var=655.1038+/-134.608, 0's: 0 Z-trim(122.2): 157 B-trim: 0 in 0/60
Lambda= 0.050109
statistics sampled from 39684 (39869) to 39684 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.73), E-opt: 0.2 (0.467), width: 16
Scan time: 18.670
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_011536691 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2078) 1143 99.3 3.3e-19
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XP_006719477 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 1120 97.7 1e-18
XP_006719476 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082) 1120 97.7 1e-18
XP_016874826 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol ( 940) 940 84.4 4.6e-15
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NP_001307122 (OMIM: 601234) nascent polypeptide-as ( 215) 790 73.1 2.7e-12
NP_001106673 (OMIM: 601234) nascent polypeptide-as ( 215) 790 73.1 2.7e-12
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NP_001307123 (OMIM: 601234) nascent polypeptide-as ( 219) 767 71.4 8.5e-12
XP_006719481 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol ( 219) 767 71.4 8.5e-12
NP_954984 (OMIM: 609274) nascent polypeptide-assoc ( 215) 722 68.2 8e-11
>>XP_011536691 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent polypep (2078 aa)
initn: 675 init1: 546 opt: 1143 Z-score: 465.8 bits: 99.3 E(85289): 3.3e-19
Smith-Waterman score: 1303; 30.4% identity (49.9% similar) in 1536 aa overlap (71-1469:660-2078)
50 60 70 80 90 100
pF1KA0 AARTALRDQEGGHASPDPPPELCSQGDLSVPSPPPDPDSFFTPPSTPTKTTYALLPACGP
:. ... : : . : .: : :
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pF1KA0 HGDARDSEAELRDELLDSPPASPSGSYITADGDSWASSPSCSLSLLAPAEGLDFPSGWGL
.. . : .. :..:: . : . . .: :. :. .: :.:
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pF1KA0 SPQGSM-VD----ERELHP-AGTP-EPPSSESSLSADSSSSWGQEGHFFDLDFLANDPMI
.: :. :: : : :..: : :. .:. :: .:: .: : .::..:
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: ::. . : . .. : . . . . : . . . . :. : :: .
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. : : : : . : : .: . .: : . . . :
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: .:. . :. :: .:..: : : : . : : :: .: : .
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pF1KA0 TAEKLPTPQEETSLTLCPDSPQNLKEEGGLDLPSGRK-PVAAATIVPRQAKEDLTLPQDS
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:: : : .:..:: : ::: : .. . :. . : ::: :
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pF1KA0 -LQDTELSSAPKPVAAATLVSQQAEEGLTLPQDS------AMTPPLP---LQDTDLSSAP
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pF1KA0 KPVAAATLVSQQAEEGLTLPQDS------AMTPPLPLQDTDLSSAPK--PVA-AATLVSQ
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pF1KA0 QAEEGLTLPQDS------AMTPPLPLQDTDL---SSAPKPVAAATIVSQQAEEGLTLP--
.. ::. :. . : ::: : ..:: : ::: : .. ::. :
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pF1KA0 ----QDSAMTPPLPLQDTDLS---SAPKPVAAATIVSQQAEEGLTLPQDS----AMTPPL
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pF1KA0 PLQDTDLSSAPKPVAAATPVSQQAEEGLTLPQDS-------AMTPPLPLQDTDLSSAPK-
: . : : : . . :.. ...:: : : . ::::: : . . : ::
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pF1KA0 -PVAAAT--------PVSQQAEEGLTLPQDSAMTAP--LPLQ------DTGPTSGPE-PL
:.. :. :.. ..:: . :. . .: : :.. ..: .:: :
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pF1KA0 AVATPQTLQAEAGCAPGTEPVATMAQQEVGEALGPRPAPEEKNA-ALPTVPE--PAALDQ
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: :. . .: :. .. . .::. . .: . . . . :. : :
XP_011 VPAT-PSSRRDPIAPTATLLSKKTPATLAPKEALIPPAMTVPSPKKTPAIPTPK-----E
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pF1KA0 ARAHTGDGAKPDSPQKETLEVENQQEGGLKLLAQEHGPRSALGGAREVPDAPPAACPEVS
: : : .. . .:: : . . . .:: : . . .:.: .:::. :
XP_011 APA-TPSSKEASSPPAVTPSTYKGAPSPKELLIP---PAVTSPSPKEAP-TPPAVTPP--
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pF1KA0 QARLLSPAREERGLSGKSTPEP--TLPSAVATEASLDSCPESSVGAVSSLDRGCPDAPAP
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XP_011 -----SPEK------GPATPAPKGTPTSPPVTPSSLKDSPTSPASVTCKMGATVPQAS--
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pF1KA0 TSAPTSQQPEPVLGLGSVEQPHEVPSVLGTPLLQPPENLAKGQPSTPVDRPLGPDPSAPG
. :... : . . . :. .: .. .: . :.. :.. ..: :. ::::: .
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pF1KA0 TLAGAALPPLEPPAPCLCQDPQEDSVEDEE-------PPGSLGLPPPQAGVQPAAAAVSG
: :: :: :.:: . . : : :. :: . . : .::.
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pF1KA0 TTQPLGTGPRVSLSPHSPL---LSPK-VASMDAKDLALQILPPCQVPPPSGPQSPAG---
. : . :: .: :. :.:. : .. :. : : . :: : .::
XP_011 KVLPKPESASVSAAPSPPVSLPLAPSPVPTLPPKQQFLPSSPGLVLESPSKPLAPADEDE
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pF1KA0 ------PQGLSA--PEQQ-------EDEDSLEEDSPRAL--------GSGQHSDSHGESS
:. .:. : :. .. .: : ::: .::: ::
XP_011 LLPLIPPEPISGGVPFQSVLVNMPTPKSAGIPVPTPSAKQPVTKNNKGSGTESDSD-ESV
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pF1KA0 AELDEQDILAPQTVQCPAQAPAGGSEETIAKAKQSRSEKKARKAMSKLGLRQIQGVTRIT
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XP_011 PELEEQDSTQATTQQAQLAAAAEIDEEPVSKAKQSRSEKKARKAMSKLGLRQVTGVTRVT
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pF1KA0 IQKSKNILFVIAKPDVFKSPASDTYVVFGEAKIEDLSQQVHKAAAEKFKVPSEPSALVPE
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XP_011 IRKSKNILFVITKPDVYKSPASDTYIVFGEAKIEDLSQQAQLAAAEKFKVQGEAVSNIQE
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1410 1420 1430 1440 1450 1460
pF1KA0 SAPRPRVRLECKEEEEEEEEEVDEAGLELRDIELVMAQANVSRAKAVRALRDNHSDIVNA
.. : : .:: :::::::.:.:..::::::.:::::::::::::..: .:::::
XP_011 NTQTPTV------QEESEEEEVDETGVEVKDIELVMSQANVSRAKAVRALKNNSNDIVNA
2020 2030 2040 2050 2060 2070
pF1KA0 IMELTM
::::::
XP_011 IMELTM
>>XP_006719475 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent polypep (2082 aa)
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Smith-Waterman score: 1280; 30.2% identity (49.7% similar) in 1532 aa overlap (71-1465:660-2074)
50 60 70 80 90 100
pF1KA0 AARTALRDQEGGHASPDPPPELCSQGDLSVPSPPPDPDSFFTPPSTPTKTTYALLPACGP
:. ... : : . : .: : :
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pF1KA0 HGDARDSEAELRDELLDSPPASPSGSYITADGDSWASSPSCSLSLLAPAEGLDFPSGWGL
.. . : .. :..:: . : . . .: :. :. .: :.:
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pF1KA0 SPQGSM-VD----ERELHP-AGTP-EPPSSESSLSADSSSSWGQEGHFFDLDFLANDPMI
.: :. :: : : :..: : :. .:. :: .:: .: : .::..:
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pF1KA0 PAALLPFQGSLIFQVEAVEVTPLSPEEEEEEAVADPD-PGGDLAGEGEEDSTSASFLQSL
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XP_006 -----PL---------GVSVSPQTKRPPTKKGSAGPDTPIGNLSS--PVSPVEASFLPEN
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pF1KA0 SDLSITEGMDEAFAFRDDTSAASSDSDSASYAEADDERLYSGEPHAQATLLQDSVQKTEE
: ::. . : . .. : . . . . : . . . . :. : :: .
XP_006 S-LSFQGSKDSPATTHSPTPPSPKGAPTPSAVTPLSPKGVTLPPKETPT---PSVVNLPF
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pF1KA0 ESGGGA----KGLQAQDGTVSWAVEAAPQTSDRGAYLSQRQELISEVTEEGLALGQESTA
. : : : : . : : .: . .: : . . . :
XP_006 PKEGPATPAPKQAPALSMTSSSPKKARATPAPKGIPASPSPKGAPTPPAATPPSPKGGPA
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pF1KA0 TVTPHTLQVAPGLQVEVATRVTPQAGEEETDSTAGQESAAMAMPQPSQEGISEILGQESV
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pF1KA0 TAEKLPTPQEETSLTLCPDSPQNLKEEGGLDLPSGRK-PVAAATIVPRQAKEDLTLPQDS
. . ::: : : ::.. .. .:.: . : ::. :. . ::. .
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pF1KA0 -LQDTELSSAPKPVAAATLVSQQAEEGLTLPQDS------AMTPPLP---LQDTDLSSAP
: ..:: . ::: : .. ::. : . : ::: : : ..::
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. ::: : .. ::. :. . : ::: : . . .:: :.. ::: :
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.. ::. :. . : ::: : ..:: : ::: : .. ::. :
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pF1KA0 ----QDSAMTPPLPLQDTDLS---SAPKPVAAATIVSQQAEEGLTLPQDS----AMTPPL
. ...::: : : .:: : ::: : .. : :. . :.:::
XP_006 KGAPNPAVVTPPSPKGGPATSPPKGAPTP-PAATPPSPKGSPGTPPPKGAPTPPAVTPPS
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pF1KA0 PLQDTDLSSAPKPVAAATPVSQQAEEGLTLPQDS-------AMTPPLPLQDTDLSSAPK-
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pF1KA0 -PVAAAT--------PVSQQAEEGLTLPQDSAMTAP--LPLQ------DTGPTSGPE-PL
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pF1KA0 AVATPQTLQAEAGCAPGTEPVATMAQQEVGEALGPRPAPEEKNA-ALPTVPE--PAALDQ
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XP_006 SKGDP-TLPAVTPPSPKEPP----APKQVATSSSPKKAPATPAPMGAPTLPAVIPSSPKE
1470 1480 1490 1500 1510
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 VQQDDPQPAAEAGTPWAA--QEDADSTLGMEALSLPEPASGAGEEIAEALSRPGREACLE
: :. . .: :. .. . .::. . .: . . . . :. : :
XP_006 VPAT-PSSRRDPIAPTATLLSKKTPATLAPKEALIPPAMTVPSPKKTPAIPTPK-----E
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pF1KA0 ARAHTGDGAKPDSPQKETLEVENQQEGGLKLLAQEHGPRSALGGAREVPDAPPAACPEVS
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XP_006 APA-TPSSKEASSPPAVTPSTYKGAPSPKELLIP---PAVTSPSPKEAP-TPPAVTPP--
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XP_006 -----SPEK------GPATPAPKGTPTSPPVTPSSLKDSPTSPASVTCKMGATVPQAS--
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XP_006 KGLPAKKGPTALKEVLVAPAPESTP-IITAPTRKGPQT-KKSSATSP---PICPDPSAKN
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. : . :: .: :. :.:. : .. :. : : . :: : .::
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:. .:. : :. .. .: : ::: .::: ::
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::.::: : : : : .:: ..::::::::::::::::::::::. ::::.:
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:.:::::::::.::::.::::::::.:::::::::::::.. :::::::: .: . . :
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.. : : .:: :::::::.:.:..::::::.:::::::::::::..: .:::::
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.. :: . : .::...... . . ::. .: . : .. : :.. .
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NP_001 IMELTM
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: : : : .:: ..::::::::::::::::::::::. ::::.::.::::::
NP_001 TQATTQQAQLAAAAEIDEEPVSKAKQSRSEKKARKAMSKLGLRQVTGVTRVTIRKSKNIL
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pF1KA0 FVIAKPDVFKSPASDTYVVFGEAKIEDLSQQVHKAAAEKFKVPSEPSALVPESAPRPRVR
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NP_001 FVITKPDVYKSPASDTYIVFGEAKIEDLSQQAQLAAAEKFKVQGEAVSNIQENTQTPTV-
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pF1KA0 LECKEEEEEEEEEVDEAGLELRDIELVMAQANVSRAKAVRALRDNHSDIVNAIMELTM
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NP_001 -----QEESEEEEVDETGVEVKDIELVMSQANVSRAKAVRALKNNSNDIVNAIMELTM
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NP_001 MPGEATETVPATEQELPQPQAETGSGTESDSD-ESVPELEEQDS
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