FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3098, 435 aa 1>>>pF1KE3098 435 - 435 aa - 435 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8994+/-0.000406; mu= -3.0273+/- 0.025 mean_var=243.9007+/-50.497, 0's: 0 Z-trim(120.2): 24 B-trim: 868 in 1/56 Lambda= 0.082124 statistics sampled from 35123 (35147) to 35123 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.746), E-opt: 0.2 (0.412), width: 16 Scan time: 8.550 The best scores are: opt bits E(85289) NP_003205 (OMIM: 603170) transcriptional enhancer ( 435) 2890 355.3 1.8e-97 XP_006723487 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 451) 1826 229.2 1.7e-59 NP_001243589 (OMIM: 601729) transcriptional enhanc ( 451) 1826 229.2 1.7e-59 NP_001243590 (OMIM: 601729) transcriptional enhanc ( 451) 1826 229.2 1.7e-59 XP_011525706 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 441) 1660 209.6 1.4e-53 NP_068780 (OMIM: 108985,189967) transcriptional en ( 426) 1513 192.1 2.3e-48 NP_003204 (OMIM: 601714) transcriptional enhancer ( 434) 1462 186.1 1.5e-46 NP_958851 (OMIM: 601714) transcriptional enhancer ( 305) 1396 178.2 2.6e-44 NP_958849 (OMIM: 601714) transcriptional enhancer ( 391) 1352 173.0 1.2e-42 NP_003589 (OMIM: 601729) transcriptional enhancer ( 447) 1302 167.1 8e-41 XP_011525700 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 454) 1211 156.4 1.4e-37 XP_011525703 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 454) 1211 156.4 1.4e-37 XP_011525704 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 454) 1211 156.4 1.4e-37 XP_011525702 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 454) 1211 156.4 1.4e-37 XP_011525701 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 454) 1211 156.4 1.4e-37 XP_006723491 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 434) 1201 155.2 3.1e-37 NP_001243588 (OMIM: 601729) transcriptional enhanc ( 450) 1189 153.8 8.7e-37 NP_001243587 (OMIM: 601729) transcriptional enhanc ( 450) 1189 153.8 8.7e-37 XP_011525705 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 450) 1189 153.8 8.7e-37 XP_011525708 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 228) 743 100.7 4e-21 XP_011525707 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 231) 738 100.1 6.1e-21 NP_001243591 (OMIM: 601729) transcriptional enhanc ( 319) 706 96.4 1.1e-19 XP_005259391 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 411) 686 94.1 7e-19 XP_006723492 (OMIM: 601729) PREDICTED: transcripti ( 261) 650 89.7 9.3e-18 >>NP_003205 (OMIM: 603170) transcriptional enhancer fact (435 aa) initn: 2890 init1: 2890 opt: 2890 Z-score: 1870.8 bits: 355.3 E(85289): 1.8e-97 Smith-Waterman score: 2890; 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NP_003 LCIAYVFEVSASEHGAQHHIYRLVKE 410 420 430 >>NP_958851 (OMIM: 601714) transcriptional enhancer fact (305 aa) initn: 1384 init1: 1273 opt: 1396 Z-score: 916.5 bits: 178.2 E(85289): 2.6e-44 Smith-Waterman score: 1396; 67.4% identity (85.9% similar) in 313 aa overlap (126-435:1-305) 100 110 120 130 140 150 pF1KE3 VLARKKVREYQVGIKAMNLDQVSKDKALQSMASMSSAQIVSASVLQNKFS-PPSPLPQAV ::.::::::.::........ .: :: NP_958 MAAMSSAQIISATAFHSSMALARGPGRPAV 10 20 30 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 FSTSSRFWSSPPLLGQQPGPSQDIKPFAQPAYPIQPPLPPTLSSYE-PLAPLPSAAAS-V : ::.. : : : :.:.:::.: .: .::::: : ..: : .: :: .: . 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NP_958 NFTILQVVTNRDTQETLLCIAYVFEVSASEHGAQHHIYRLVKE 270 280 290 300 >>NP_958849 (OMIM: 601714) transcriptional enhancer fact (391 aa) initn: 1847 init1: 1273 opt: 1352 Z-score: 886.7 bits: 173.0 E(85289): 1.2e-42 Smith-Waterman score: 1815; 64.8% identity (78.5% similar) in 438 aa overlap (1-435:8-391) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MASNSWNASSSP-GEAREDGPEGLDKGLDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIYPP ..:: :.. .:: : . : ..::: .::::::::::::::::::::::::: NP_958 MEGTAGTITSNEWSSPTSPEGSTASGGSQALDKPIDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIYPP 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 CGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARKKVREYQVGIKAM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:: :. .: NP_958 CGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARRKAREIQAKLK-- 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 NLDQVSKDKALQSMASMSSAQIVSASVLQNKFSPPSPLPQAVFSTSSRFWSSPPLLGQQP ::.. : : NP_958 ------------------------------------------------FWQGA--LPGQA 120 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 GPSQDIKPFAQPAYPIQPPLPPTLSSYE-PLAPLPSAAAS-VPVWQDRTIASSRLRLLEY : :.:.:::.: .: .::::: : ..: : .: :: .: .: :: :..:::.: .::. NP_958 GTSHDVKPFSQQTYAVQPPLP--LPGFESPAGPAPSPSAPPAPPWQGRSVASSKLWMLEF 130 140 150 160 170 180 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 SAFMEVQRDPDTYSKHLFVHIGQTNPAFSDPPLEAVDVRQIYDKFPEKKGGLKELYEKGP :::.: :.:::::.:::::::::..:..::: :::::.:::::::::::::::.:.:.:: NP_958 SAFLEQQQDPDTYNKHLFVHIGQSSPSYSDPYLEAVDIRQIYDKFPEKKGGLKDLFERGP 190 200 210 220 230 240 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 PNAFFLVKFWADLNSTIQEGPGAFYGVSSQYSSADSMTISVSTKVCSFGKQVVEKVETEY :::::::::::::..:.. ..:::::::: : ..: :. ::::::::::::::::::: NP_958 SNAFFLVKFWADLNTNIEDEGSSFYGVSSQYESPENMIITCSTKVCSFGKQVVEKVETEY 250 260 270 280 290 300 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 ARLENGRFVYRIHRSPMCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTILQVVTSRDSQETLL :: :::.. :::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.::::: NP_958 ARYENGHYSYRIHRSPLCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTILQVVTNRDTQETLL 310 320 330 340 350 360 420 430 pF1KE3 VIAFVFEVSTSEHGAQHHVYKLVKD ::.:::::.::::::::.:.:::. NP_958 CIAYVFEVSASEHGAQHHIYRLVKE 370 380 390 >>NP_003589 (OMIM: 601729) transcriptional enhancer fact (447 aa) initn: 1731 init1: 640 opt: 1302 Z-score: 853.9 bits: 167.1 E(85289): 8e-41 Smith-Waterman score: 1792; 63.4% identity (79.1% similar) in 445 aa overlap (4-435:14-447) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MASNSWNASSSPGEAREDGPEGLDKGLDNDAEGVWSPDIEQSFQEALAIY ..:..: .: : :: ::::::::::::::::::::: NP_003 MGEPRAGAALDDGSGWTGSEEGSEEGTGGSEGAGGDGGPDAEGVWSPDIEQSFQEALAIY 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 PPCGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARKKVREYQVGIK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :: : .: NP_003 PPCGRRKIILSDEGKMYGRNELIARYIKLRTGKTRTRKQVSSHIQVLARRKSREIQSKLK 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 AMNLDQVSKDKALQSMASMSSAQIVSASVLQNKFSPPSPLPQAVFSTSSRFWSSPPLLGQ ::::::::.:.::.:::::..:: :: :..: .: . .: .:::. . NP_003 ----DQVSKDKAFQTMATMSSAQLISAPSLQAKLGPTGPQASELF----QFWSGG---SG 130 140 150 160 180 190 200 210 220 pF1KE3 QPGPSQDIKPFAQPAYPIQPPLPPT-LSSYEP---LAPLPSAAASVPVWQDRTIASSRLR : :.:::.: . .. : : : .::: :.::: . : :.:: : ....::. NP_003 PPWNVPDVKPFSQTPFTLSLTPPSTDLPGYEPPQALSPLPPPTPSPPAWQARGLGTARLQ 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 LLEYSAFMEVQRDPDTYSKHLFVHIGQTNPAFSDPPLEAVDVRQIYDKFPEKKGGLKELY :.:.:::.: :.:..::::::.: :. . ::::.:::::::::::::::::.::: NP_003 LVEFSAFVEPPDAVDSYQRHLFVHISQHCPSPGAPPLESVDVRQIYDKFPEKKGGLRELY 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 EKGPPNAFFLVKFWADLN---STIQEGPGA------FYGVSSQYSSADSMTISVSTKVCS ..:::.:::::::::::: : . : :. :::::::: : . ::.. :.:::: NP_003 DRGPPHAFFLVKFWADLNWGPSGEEAGAGGSISSGGFYGVSSQYESLEHMTLTCSSKVCS 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 FGKQVVEKVETEYARLENGRFVYRIHRSPMCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTIL :::::::::::: :.::.::::::. :::::::..::.:::..:::.::::::::::::: NP_003 FGKQVVEKVETERAQLEDGRFVYRLLRSPMCEYLVNFLHKLRQLPERYMMNSVLENFTIL 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 pF1KE3 QVVTSRDSQETLLVIAFVFEVSTSEHGAQHHVYKLVKD ::::.::.:: :: :.::::::::.:::::.:.::.: NP_003 QVVTNRDTQELLLCTAYVFEVSTSERGAQHHIYRLVRD 410 420 430 440 435 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 16:39:54 2016 done: Tue Nov 8 16:39:55 2016 Total Scan time: 8.550 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]