Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2241
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2241, 509 aa
1>>>pF1KE2241 509 - 509 aa - 509 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5788+/-0.000965; mu= 16.7619+/- 0.058
mean_var=64.8261+/-13.211, 0's: 0 Z-trim(103.7): 22 B-trim: 73 in 1/50
Lambda= 0.159294
statistics sampled from 7641 (7650) to 7641 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.591), E-opt: 0.2 (0.229), width: 16
Scan time: 1.370
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS9259.1 SCARB1 gene_id:949|Hs109|chr12 ( 509) 3442 800.1 0
CCDS45008.1 SCARB1 gene_id:949|Hs109|chr12 ( 506) 3174 738.5 4.1e-213
CCDS3577.1 SCARB2 gene_id:950|Hs109|chr4 ( 478) 985 235.5 1.1e-61
CCDS34673.1 CD36 gene_id:948|Hs109|chr7 ( 472) 970 232.0 1.2e-60
CCDS78251.1 CD36 gene_id:948|Hs109|chr7 ( 396) 838 201.6 1.3e-51
CCDS78250.1 CD36 gene_id:948|Hs109|chr7 ( 412) 593 145.3 1.2e-34
CCDS56335.1 SCARB2 gene_id:950|Hs109|chr4 ( 335) 531 131.1 2e-30
CCDS78249.1 CD36 gene_id:948|Hs109|chr7 ( 433) 397 100.3 4.7e-21
>>CCDS9259.1 SCARB1 gene_id:949|Hs109|chr12 (509 aa)
initn: 3442 init1: 3442 opt: 3442 Z-score: 4272.5 bits: 800.1 E(33420): 0
Smith-Waterman score: 3442; 100.0% identity (100.0% similar) in 509 aa overlap (1-509:1-509)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
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CCDS92 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 IPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDTVSFLEYRTFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 IPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDTVSFLEYRTFQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 FQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVGEIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 FQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVGEIM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 WGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKWNGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 WGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKWNGL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 SKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIPTYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 SKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIPTYR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 FVAPKTLFANGSIYPPNEGFCPCLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 FVAPKTLFANGSIYPPNEGFCPCLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 LHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLPLLWFAESG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 LHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLPLLWFAESG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 AMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQEKCYLFWSSSKKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 AMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQEKCYLFWSSSKKG
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KE2 SKDKEAIQAYSESLMTSAPKGSVLQEAKL
:::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 SKDKEAIQAYSESLMTSAPKGSVLQEAKL
490 500
>>CCDS45008.1 SCARB1 gene_id:949|Hs109|chr12 (506 aa)
initn: 3174 init1: 3174 opt: 3174 Z-score: 3939.7 bits: 738.5 E(33420): 4.1e-213
Smith-Waterman score: 3174; 100.0% identity (100.0% similar) in 467 aa overlap (1-467:1-467)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 IPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDTVSFLEYRTFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 IPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDTVSFLEYRTFQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 FQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVGEIM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVGEIM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 WGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKWNGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 WGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKWNGL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 SKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIPTYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIPTYR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 FVAPKTLFANGSIYPPNEGFCPCLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FVAPKTLFANGSIYPPNEGFCPCLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 LHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLPLLWFAESG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLPLLWFAESG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 AMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQEKCYLFWSSSKKG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 AMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQGPEDTVSQPGLAA
430 440 450 460 470 480
490 500
pF1KE2 SKDKEAIQAYSESLMTSAPKGSVLQEAKL
CCDS45 GPDRPPSPYTPLLPDSPSGQPPSPTA
490 500
>>CCDS3577.1 SCARB2 gene_id:950|Hs109|chr4 (478 aa)
initn: 623 init1: 321 opt: 985 Z-score: 1221.3 bits: 235.5 E(33420): 1.1e-61
Smith-Waterman score: 985; 34.3% identity (67.5% similar) in 452 aa overlap (15-458:10-452)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIV--MVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKE
:. .:: : .....: . . . :.. :.. . .. .:. :..
CCDS35 MGRCCFYTAGTLSLLLLVTSVTLLVARVFQKAVDQSIEKKIVLRNGTEAFDSWEK
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 IPIPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYREFRHKSNITFNNNDT-VSFLEYR
:.: : . :::.: :: :::.:: :.:.: :::.:::.:.:.:: :..: : .: . .
CCDS35 PPLPVYTQFYFFNVTNPEEILRGETPRVEEVGPYTYRELRNKANIQFGDNGTTISAVSNK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 TFQFQPSKSHGSES-DYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTV
.. :. ..: :. . : : :: :: .:. .. :. :. . . .. :...::
CCDS35 AYVFERDQSVGDPKIDLIRTLNIPVL--TVIEWSQVHFLREIIEAMLKAYQQKLFVTHTV
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 GEIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDK
:..::::: ...::. . : . :. :::: : :....: .. .:: .. . . .
CCDS35 DELLWGYKDEILSLIHVFRPDISPY---FGLFYEKNGTNDGDYVFLTGEDSYLNFTKIVE
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 WNGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGI
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CCDS35 WNGKTSLDWWITDKCNMINGTDGDSFHPLITKDEVLYVFPSDFCRSVYITFSDYESVQGL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 PTYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFC-P---CLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNADP
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CCDS35 PAFRYKVPAEILANTS---DNAGFCIPEGNCLGSGVLNVSICKNGAPIIMSFPHFYQADE
300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE2 VLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIEPVVLP
.. :. :.::::: : :.::.:.::: .. . ..:...:.:.. . .:: :. .:.:
CCDS35 RFVSAIEGMHPNQEDHETFVDINPLTGIILKAAKRFQINIYVKKLDDFVETGDIRTMVFP
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE2 LLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVICQIRSQEKCYL
.... :: .. :: . . .. .. :...::: . ::
CCDS35 VMYLNESVHIDKETASRLKS-MINTTLIITNIPYIIMALGVFFGLVFTWLACKGQGSMDE
410 420 430 440 450 460
480 490 500
pF1KE2 FWSSSKKGSKDKEAIQAYSESLMTSAPKGSVLQEAKL
CCDS35 GTADERAPLIRT
470
>>CCDS34673.1 CD36 gene_id:948|Hs109|chr7 (472 aa)
initn: 653 init1: 232 opt: 970 Z-score: 1202.8 bits: 232.0 E(33420): 1.2e-60
Smith-Waterman score: 970; 32.7% identity (65.8% similar) in 480 aa overlap (1-467:1-469)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
:::. . ::: : : . ::.:.... . ::.. . :.: .. ....:. : .
CCDS34 MGCDRNCGLIAGA--VIGAVLAVFGGILMPVGDLLIQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKTG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE2 IPFYLSVYFFDVMNPSEIL-KGEKPQVRERGPYVYR-EFRHKSNITFNNND-TVSFLEYR
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CCDS34 TEVYRQFWIFDVQNPQEVMMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVSFLQPN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 TFQFQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVG
:.:: : :.:.: ... :. : .:. ...:. ...:.. .. :. ::.
CCDS34 GAIFEPSLSVGTEADNFTVLNLAVAAASHIYQNQ--FVQMILNSLINKSKSSMFQVRTLR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 EIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKW
:..:::.::...:. : .: ::: ::. .:.. ::.: .:::.. ..: .
CCDS34 ELLWGYRDPFLSLV----P--YPVTTTVGLFYPYNNTADGVYKVFNGKDNISKVAIIDTY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 NGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIP
.: ....:.: .:.:::::.. .:::. . :.:.: . :::. ... . ..:::
CCDS34 KGKRNLSYWES-HCDMINGTDAASFPPFVEKSQVLQFFSSDICRSIYAVFESDVNLKGIP
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE2 TYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFCP-------CLESGIQNVSTCRFSAPLFLSHPHFLNA
.:::: :. ::. : : :: : :. ..: :. . :...: :::: :
CCDS34 VYRFVLPSKAFASPVENPDNYCFCTEKIISKNCTSYGVLDISKCKEGRPVYISLPHFLYA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KE2 DPVLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSLYMKSVAGIGQTGKIE-PV
.: ..: . ::.::.: : .:::.:.::. .. . .::..: .: : ...
CCDS34 SPDVSEPIDGLNPNEEEHRTYLDIEPITGFTLQFAKRLQVNLLVKPSEKIQVLKNLKRNY
350 360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE2 VLPLLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLALGCVLLLVPVI--CQIRSQ
..:.::. :.:.. : . : .:.. ... ...::..: :.... .: : ::.
CCDS34 IVPILWLNETGTIGDEKANMFRSQVTGKINLLGLIEMILLSVGVVMFVAFMISYCACRSK
410 420 430 440 450 460
470 480 490 500
pF1KE2 EKCYLFWSSSKKGSKDKEAIQAYSESLMTSAPKGSVLQEAKL
CCDS34 TIK
470
>>CCDS78251.1 CD36 gene_id:948|Hs109|chr7 (396 aa)
initn: 592 init1: 232 opt: 838 Z-score: 1040.0 bits: 201.6 E(33420): 1.3e-51
Smith-Waterman score: 838; 33.6% identity (65.4% similar) in 408 aa overlap (72-467:1-393)
50 60 70 80 90 100
pF1KE2 KNVRIDPSSLSFNMWKEIPIPFYLSVYFFDVMNPSEILKGEKPQVRERGPYVYR-EFRHK
.:: :.: ::..::::.:: .: :
CCDS78 MMNSSNI------QVKQRGPYTYRVRFLAK
10 20
110 120 130 140 150
pF1KE2 SNITFNNND-TVSFLEYRTFQFQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIM
:.: . .: :::::. :.:: : :.:.: ... :. : .:. ...:. ...:.
CCDS78 ENVTQDAEDNTVSFLQPNGAIFEPSLSVGTEADNFTVLNLAVAAASHIYQNQ--FVQMIL
30 40 50 60 70 80
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 TLAFTTLGERAFMNRTVGEIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLF
. .. :. ::. :..:::.::...:. : .: ::: ::. .:..
CCDS78 NSLINKSKSSMFQVRTLRELLWGYRDPFLSLV----P--YPVTTTVGLFYPYNNTADGVY
90 100 110 120 130
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 TVFTGVQNISRIHLVDKWNGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEA
::.: .:::.. ..: ..: ....:.: .:.:::::.. .:::. . :.:.: .
CCDS78 KVFNGKDNISKVAIIDTYKGKRNLSYWES-HCDMINGTDAASFPPFVEKSQVLQFFSSDI
140 150 160 170 180 190
280 290 300 310 320 330
pF1KE2 CRSMKLMYKESGVFEGIPTYRFVAPKTLFANGSIYPPNEGFCP-------CLESGIQNVS
:::. ... . ..:::.:::: :. ::. : : :: : :. ..:
CCDS78 CRSIYAVFESDVNLKGIPVYRFVLPSKAFASPVENPDNYCFCTEKIISKNCTSYGVLDIS
200 210 220 230 240 250
340 350 360 370 380 390
pF1KE2 TCRFSAPLFLSHPHFLNADPVLAEAVTGLHPNQEAHSLFLDIHPVTGIPMNCSVKLQLSL
:. . :...: :::: :.: ..: . ::.::.: : .:::.:.::. .. . .::..:
CCDS78 KCKEGRPVYISLPHFLYASPDVSEPIDGLNPNEEEHRTYLDIEPITGFTLQFAKRLQVNL
260 270 280 290 300 310
400 410 420 430 440 450
pF1KE2 YMKSVAGIGQTGKIE-PVVLPLLWFAESGAMEGETLHTFYTQLVLMPKVMHYAQYVLLAL
.: : ... ..:.::. :.:.. : . : .:.. ... ...::..
CCDS78 LVKPSEKIQVLKNLKRNYIVPILWLNETGTIGDEKANMFRSQVTGKINLLGLIEMILLSV
320 330 340 350 360 370
460 470 480 490 500
pF1KE2 GCVLLLVPVI--CQIRSQEKCYLFWSSSKKGSKDKEAIQAYSESLMTSAPKGSVLQEAKL
: :.... .: : ::.
CCDS78 GVVMFVAFMISYCACRSKTIK
380 390
>>CCDS78250.1 CD36 gene_id:948|Hs109|chr7 (412 aa)
initn: 592 init1: 209 opt: 593 Z-score: 735.5 bits: 145.3 E(33420): 1.2e-34
Smith-Waterman score: 739; 29.6% identity (57.7% similar) in 480 aa overlap (1-467:1-409)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MGCSAKARWAAGALGVAGLLCAVLGAVMIVMVPSLIKQQVLKNVRIDPSSLSFNMWKEIP
:::. . ::: : : . ::.:.... . ::.. . :.: .. ....:. : .
CCDS78 MGCDRNCGLIAGA--VIGAVLAVFGGILMPVGDLLIQKTIKKQVVLEEGTIAFKNWVKTG
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE2 IPFYLSVYFFDVMNPSEIL-KGEKPQVRERGPYVYR-EFRHKSNITFNNND-TVSFLEYR
: . ..:::.::.:.. .. . ::..::::.:: .: : :.: . .: :::::.
CCDS78 TEVYRQFWIFDVQNPQEVMMNSSNIQVKQRGPYTYRVRFLAKENVTQDAEDNTVSFLQPN
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 TFQFQPSKSHGSESDYIVMPNILVLGAAVMMENKPMTLKLIMTLAFTTLGERAFMNRTVG
:.:: : :.:.: :. ::. :: .
CCDS78 GAIFEPSLSVGTEAD-----NFTVLNLAVAY-----------------------------
120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 EIMWGYKDPLVNLINKYFPGMFPFKDKFGLFAELNNSDSGLFTVFTGVQNISRIHLVDKW
::. .:.. ::.: .:::.. ..: .
CCDS78 ----------------------------------NNTADGVYKVFNGKDNISKVAIIDTY
150 160 170
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 NGLSKVDFWHSDQCNMINGTSGQMWPPFMTPESSLEFYSPEACRSMKLMYKESGVFEGIP
.: ....:.: .:.:::::.. .:::. . :.:.: . :::. ... . ..:::
CCDS78 KGKRNLSYWES-HCDMINGTDAASFPPFVEKSQVLQFFSSDICRSIYAVFESDVNLKGIP
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