FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2703, 865 aa 1>>>pF1KE2703 865 - 865 aa - 865 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4487+/-0.00107; mu= 20.4931+/- 0.064 mean_var=80.3321+/-15.546, 0's: 0 Z-trim(104.0): 30 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.143097 statistics sampled from 7660 (7679) to 7660 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.589), E-opt: 0.2 (0.236), width: 16 Scan time: 4.180 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS47029.1 PROM1 gene_id:8842|Hs108|chr4 ( 865) 5692 1185.7 0 CCDS54748.1 PROM1 gene_id:8842|Hs108|chr4 ( 842) 5493 1144.6 0 CCDS54747.1 PROM1 gene_id:8842|Hs108|chr4 ( 834) 5442 1134.1 0 CCDS54746.1 PROM1 gene_id:8842|Hs108|chr4 ( 856) 5025 1048.0 0 CCDS2012.1 PROM2 gene_id:150696|Hs108|chr2 ( 834) 1192 256.7 1.3e-67 >>CCDS47029.1 PROM1 gene_id:8842|Hs108|chr4 (865 aa) initn: 5692 init1: 5692 opt: 5692 Z-score: 6348.0 bits: 1185.7 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 5692; 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CCDS20 LDSLYGTVRRFLSVVQLNPFPSELVKALLNELASVKVN-----------EVVRYEAGYVV 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 CCVLGLLFIILMPLVGYFFCMCRCCNKCGGEMHQRQKENGPFLRKCFAISLLVICIIISI : :.. :...:.: .: :: ::: .:::... ..: . : . . ::. ... : CCDS20 CAVIAGLYLLLVPTAGLCFCCCRCHRRCGGRVKTEHKALA-CERAALMVFLLLTTLLLLI 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 GIFYGFVANHQVRTRIKRSRKLADSNFKDLRTLLNETPEQIKYILAQYNTTKDKAFTDLN :. .::.:.... .. : . .. .: :....:.... . :.. .... .:. CCDS20 GVVCAFVTNQRTHEQMGPSIEAMPETLLSLWGLVSDVPQELQAVAQQFSLPQEQVSEELD 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 SINSVLGGGILDRLRPNIIPVLDEIKSMATAIKETKEALENMNSTLKSLHQQSTQLSSSL ... .:..: .:: .. :.: . :.. ... . . :...:.:. :. . .: .. CCDS20 GVGVSIGSAIHTQLRSSVYPLLAAVGSLGQVLQVSVHHLQTLNATVVELQAGQQDLEPAI 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 TSVKTSLRSSLNDPLCLVHPSSETCNSIRLSLSQ-LNSNPELRQLPPVDAELDNVNNVLR . : :.. : . : . :: .. :. . .. :.: :: : ....: . CCDS20 REHRDRLLELLQEARC-----QGDCAGA-LSWARTLELGADFSQVPSVDHVLHQLKGVPE 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 TDLDGLVQQGYQSLNDIPDRVQRQTTTVVAGIKRVLNSIGSDIDNVTQRLPIQDILSAFS ......::. ...: .: . ::..:: .:... . . .... .: . : .. CCDS20 ANFSSMVQEENSTFNALPALAAMQTSSVVQELKKAVAQQPEGVRTLAEGFPGLEAASRWA 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 VYVNNTESYIHRNLPTLEEYDSYWWLGGLVICSLLTLIVIFYYLGLLCGVCGYDRHATPT ....: . : ...:..: :. : :.::.. ..:. ::: :. : . . :. CCDS20 QALQEVEESSRPYLQEVQRYETYRWIVGCVLCSVVLFVVLCNLLGLNLGIWGLSARDDPS 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 TRGCVSNTGGVFLMVGVGLSFLFCWILMIIVVLTFVFGANVEKLICEPYTSKELFRVLDT ...:. :::.:::::::: :...: ::. :.::. :.:. . . :::. :: CCDS20 HPEAKGEAGARFLMAGVGLSFLFAAPLILLVFATFLVGGNVQTLVCQSWENGELFEFADT 470 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 PYLLNEDWEYYLSGKLFNKSKMKLTFEQVYSDCKKNRGTYGTLHLQNSFNISEHLNINEH : : . . :: .:.. : .....:.:..::.. . . .:.:..:... :::.::.. CCDS20 PGNLPPSMN--LS-QLLGLRK-NISIHQAYQQCKEGAALWTVLQLNDSYDLEEHLDINQY 530 540 550 560 570 600 610 620 630 640 pF1KE2 TGSISSELESLKVNLNIF-LLGAAGRKNLQDFAACGIDRMNYDSYLAQTGKSPAGVNLLS :... .::.::::. . . ::..:.:..:. . . :..:..: ..:.: . . ... . CCDS20 TNKLRQELQSLKVDTQSLDLLSSAARRDLEALQSSGLQRIHYPDFLVQIQRPVVKTSMEQ 580 590 600 610 620 630 650 660 670 680 690 700 pF1KE2 FAYDLEAKANSLPPGNLRNSLKRDAQTIKTIHQQRVLPIEQSLSTLYQSVKILQRTGNGL .: .:.. :.. . : . :...:: ....::..:.: .. .. : ::. :. .. .: CCDS20 LAQELQGLAQAQDNSVLGQRLQEEAQGLRNLHQEKVVPQQSLVAKLNLSVRALESSAPNL 640 650 660 670 680 690 710 720 730 740 750 760 pF1KE2 LERVTRILASLDFAQNFITNNTSSVIIEETKKYGRTIIGYFEHYLQWIEFSISEKVASCK ... .::.. . .. . .. .. . .. . .::: .:. :.. .....:.:. CCDS20 QLETSDVLANVTYLKGELPAWAARILRNVSECFLAREMGYFSQYVAWVREEVTQRIATCQ 700 710 720 730 740 750 770 780 790 800 810 820 pF1KE2 PVATALDTAVDVFLCSYIIDPLNLFWFGIGKATVFLLPALIFAVKLAKYYRRMDSEDVYD :.. :::.. :.::... :: : ::: .. : ::.:..::::: .::.: CCDS20 PLSGALDNS-RVILCDMMADPWNAFWFCLAWCTFFLIPSIIFAVKTSKYFRPIRKRLSST 760 770 780 790 800 810 830 840 850 860 pF1KE2 DVETIPMKNMENGNNGYHKDHVYGIHNPVMTSPSQH CCDS20 SSEETQLFHIPRVTSLKL 820 830 865 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Thu Sep 21 11:33:22 2017 done: Thu Sep 21 11:33:22 2017 Total Scan time: 4.180 Total Display time: 0.160 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]