FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2767, 1822 aa 1>>>pF1KE2767 1822 - 1822 aa - 1822 aa Library: human.CCDS.faa 18921897 residues in 33420 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9958+/-0.00118; mu= 7.1339+/- 0.070 mean_var=238.5301+/-44.751, 0's: 0 Z-trim(110.0): 135 B-trim: 3 in 1/52 Lambda= 0.083043 statistics sampled from 11290 (11423) to 11290 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.342), width: 16 Scan time: 3.100 The best scores are: opt bits E(33420) CCDS11727.1 ITGB4 gene_id:3691|Hs109|chr17 (1822) 12545 1518.1 0 CCDS58599.1 ITGB4 gene_id:3691|Hs109|chr17 (1752) 9480 1150.8 0 CCDS32736.1 ITGB4 gene_id:3691|Hs109|chr17 (1805) 9480 1150.9 0 CCDS2212.1 ITGB6 gene_id:3694|Hs109|chr2 ( 788) 1578 203.8 2.1e-51 CCDS11511.1 ITGB3 gene_id:3690|Hs109|chr17 ( 788) 1537 198.9 6.3e-50 CCDS74596.1 ITGB6 gene_id:3694|Hs109|chr2 ( 746) 1518 196.6 2.9e-49 CCDS7174.1 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.:. . .::.:..: : CCDS22 MGIELLCLFFLFLGRNDHVQGGCALGGAETCEDCLLIGPQCAWCAQENFTHPS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 ---RRCNTQAELLAAGCQRESIVVMESSFQITEETQIDTTLRRS-----QMSPQGLRVRL .::.: :.::: ::: . : :. .: .. ... ... :..::.: ..: CCDS22 GVGERCDTPANLLAKGCQLNFIENPVSQVEILKNKPLSVGRQKNSSDIVQIAPQSLILKL 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 RPGEERHFELEVFEPLESPVDLYILMDFSNSMSDDLDNLKKMGQNLARVLSQLTSDYTIG ::: . ....: . . ::::: :::.: ::.:::...:..:. :.. .:.:::.. .: CCDS22 RPGGAQTLQVHVRQTEDYPVDLYYLMDLSASMDDDLNTIKELGSRLSKEMSKLTSNFRLG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 FGKFVDKVSVPQTDMRPEKLKEPWPNSD----PPFSFKNVISLTEDVDEFRNKLQGERIS ::.::.: : . ::.. .: . : :.::... ::.:...: . .....:: CCDS22 FGSFVEKPVSPFVKTTPEEIANPCSSIPYFCLPTFGFKHILPLTNDAERFNEIVKNQKIS 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 GNLDAPEGGFDAILQTAVCTRDIGWRPDSTHLLVFSTESAFHYEADGANVLAGIMSRNDE .:.:.::::::::.:.::: . :::: :: ::::: ... :. :. ::::. :: CCDS22 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CCDS22 LLQKDSGNILQLIISAYEELRSEVELEVLGDTEGLNLSFTAICNNGTLFQHQKKCS-HMK 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 RGEVGIYQVQLRALEHVDGTHVCQLPEDQKGNIHLKP-SFSDGLKMDAGIICDVCTCELQ :... ..: :. : : : .. .: .:: ...:.:.. .. :. : :. . CCDS22 VGDTASFSVT------VNIPH-C---ERRSRHIIIKPVGLGDALELLVSPECN-CDCQKE 420 430 440 450 470 480 490 500 510 pF1KE2 KEVRSARCSF-NGDFVCGQCVCSEGWSGQTCNCSTGSLSDIQPCLREGEDKP-CSGRGEC :: :..: ::.: :: :.: : : :.:. :: . : .:. :.: :::::.: CCDS22 VEVNSSKCHHGNGSFQCGVCACHPGHMGPRCECGEDMLST-DSC-KEAPDHPSCSGRGDC 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 pF1KE2 QCGHCVCY--GEGRYEGQFCEYDNFQCPRTSGFLCNDRGRCSMGQCVCEPGWTGPSCDCP ::.:.:. : : .:. :::.: : .:.::. : :. :.:::. :::: :.: CCDS22 YCGQCICHLSPYGNIYGPYCQCDNFSCVRHKGLLCGGNGDCDCGECVCRSGWTGEYCNCT 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 pF1KE2 LSNATCIDSNGGICNGRGHCECGRCHCHQQSLYTDTICEINYSAIHPGLCEDLRSCVQCQ :. .:.. .: .:.::: : ::.: : . . : :: . : :.. :::..:. CCDS22 TSTDSCVSEDGVLCSGRGDCVCGKCVCTNPGASGPT-CERCPTCGDP--CNSKRSCIECH 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 pF1KE2 AWGTGEKKGRTCEECNFKVKMVDELKR-AEEVVVRCSFRDEDDDCTYSYTMEGDGAPGPN ..:. . . ..:.. ..: . ... : ::.. :.. : .. . :. . CCDS22 LSAAGQAREECVDKCKLAGATISEEEDFSKDGSVSCSLQGENE-CLITFLITTDN----E 640 650 660 670 680 700 710 720 730 740 pF1KE2 STVLVHK--KKDCP-PGSFWWLIPLLLLLLPLLALLL---LLC-WKYCACCKACLALLPC . ...:. .:::: : . ::...: . : ::. ::: :: CCDS22 GKTIIHSINEKDCPKPPN----IPMIMLGVSLAILLIGVVLLCIWKLLVSFHDRKEVAKF 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 pF1KE2 CNRGHMVGFKEDHYMLRENLMASDHLDTPMLRSGNLKGRDVVRWKVTNNMQRPGFATHAA CCDS22 EAERSKAKWQTGTNPLYRGSTSTFKNVTYKHREKQKVDLSTDC 750 760 770 780 >>CCDS11511.1 ITGB3 gene_id:3690|Hs109|chr17 (788 aa) initn: 1003 init1: 506 opt: 1537 Z-score: 1010.1 bits: 198.9 E(33420): 6.3e-50 Smith-Waterman score: 1655; 36.9% identity (64.3% similar) in 759 aa overlap (2-734:3-742) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MAGPRPSP-WARLL-LAALISVSLSGTLANRCKKAPVKSCTECVRVDKDCAYCTDEMFR : ::: : :: .: :.:: .:...: : : :.:: .:. :. ::.:.:: . CCDS11 MRARPRPRPLWATVLALGALAGVGVGGP--NICTTRGVSSCQQCLAVSPMCAWCSDEALP 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 --DRRCNTQAELLAAGCQRESIVVMESSFQITEETQIDT-----TLRRSQMSPQGLRVRL . ::. . .:: .: ::: : .. :. .. . . .:.::: . .:: CCDS11 LGSPRCDLKENLLKDNCAPESIEFPVSEARVLEDRPLSDKGSGDSSQVTQVSPQRIALRL 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 RPGEERHFELEVFEPLESPVDLYILMDFSNSMSDDLDNLKKMGQNLARVLSQLTSDYTIG :: . ..: ..: . . :::.: :::.: ::.::: .....: .:: . .:::. :: CCDS11 RPDDSKNFSIQVRQVEDYPVDIYYLMDLSYSMKDDLWSIQNLGTKLATQMRKLTSNLRIG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 FGKFVDKVSVPQTDMRP-EKLKEPWPNSD----PPFSFKNVISLTEDVDEFRNKLQGERI :: :::: : . : : :..: . : :..:.:..::..: .: .... . . CCDS11 FGAFVDKPVSPYMYISPPEALENPCYDMKTTCLPMFGYKHVLTLTDQVTRFNEEVKKQSV 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 SGNLDAPEGGFDAILQTAVCTRDIGWRPDSTHLLVFSTESAFHYEADGANVLAGIMSRND : : ::::::::::.:..:: . :::: :..:::::.:.. : :: ::::.. :: CCDS11 SRNRDAPEGGFDAIMQATVCDEKIGWRNDASHLLVFTTDAKTHIALDGR--LAGIVQPND 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 ERCHLDTTGTYTQYRTQDYPSVPTLVRLLAKHNIIPIFAVTNYSYSYYEKLHTYFPVSSL .::. . . :. :.::::. ... :...:: :::::. . :.. .: ... CCDS11 GQCHVGSDNHYSASTTMDYPSLGLMTEKLSQKNINLIFAVTENVVNLYQNYSELIPGTTV 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 GVLQEDSSNIVELLEEAFNRIRSNLDIRALDSPRGLRTEVTSKMFQKTRTGSFHIRRG-E :::. ::::...:. .:...:::...... : :. : .. ... ... : . CCDS11 GVLSMDSSNVLQLIVDAYGKIRSKVELEVRDLPEELSLSFNATCLNNEVIPGLKSCMGLK 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 VGIYQVQLRALEHVDGTHVCQLPEDQKGNIHLKP-SFSDGLKMDAGIICDVCTCELQKEV .: :.. .: : : :.... .. .:: .:.:.: ... . :: :.:. : : CCDS11 IG-DTVSFSIEAKVRG---C--PQEKEKSFTIKPVGFKDSLIVQVTFDCD-CACQAQAEP 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 pF1KE2 RSARCSF-NGDFVCGQCVCSEGWSGQTCNCSTGSLSDIQP--CL-REGEDKPCSGRGECQ : ::. :: : :: : :. :: :. :.:: . : : :::. :: :::: CCDS11 NSHRCNNGNGTFECGVCRCGPGWLGSQCECSEEDYRPSQQDECSPREGQPV-CSQRGECL 470 480 490 500 510 520 520 530 540 550 560 570 pF1KE2 CGHCVCYGE--GRYEGQFCEYDNFQCPRTSGFLCNDRGRCSMGQCVCEPGWTGPSCDCPL ::.:::.. :. :..:: :.:.: : .: .:. .:.:: :.:.:. ::: :.: CCDS11 CGQCVCHSSDFGKITGKYCECDDFSCVRYKGEMCSGHGQCSCGDCLCDSDWTGYYCNCTT 530 540 550 560 570 580 580 590 600 610 620 630 pF1KE2 SNATCIDSNGGICNGRGHCECGRCHCHQQSLYTDTICEINYSAIHPGLCEDLRSCVQCQA . ::..::: .:.:::.:::: : : : . : :: :: . : : . ::.:. CCDS11 RTDTCMSSNGLLCSGRGKCECGSCVCIQPGSYGDT-CEKCPTC--PDACTFKKECVECKK 590 600 610 620 630 640 640 650 660 670 680 690 pF1KE2 WGTGEKKGR-TCEE-CNFKVKMVDELKRAEEVVVRCSFRDEDDDCTYSYTMEGDGAPGPN . : . . ::.. : ... : ::: . . .: :....::: :. . . :.. : . CCDS11 FDRGALHDENTCNRYCRDEIESVKELKDTGKDAVNCTYKNEDD-CVVRFQYYEDSS-G-K 650 660 670 680 690 700 700 710 720 730 740 750 pF1KE2 STVLVHKKKDCPPGSFWWLIPLLLLL--LPLLALLLLLCWKYCACCKACLALLPCCNRGH : . : .. .:: : :. :: .. . :..: :: :: CCDS11 SILYVVEEPECPKGPDI-LVVLLSVMGAILLIGLAALLIWKLLITIHDRKEFAKFEEERA 710 720 730 740 750 760 760 770 780 790 800 810 pF1KE2 MVGFKEDHYMLRENLMASDHLDTPMLRSGNLKGRDVVRWKVTNNMQRPGFATHAASINPT CCDS11 RAKWDTANNPLYKEATSTFTNITYRGT 770 780 >>CCDS74596.1 ITGB6 gene_id:3694|Hs109|chr2 (746 aa) initn: 1168 init1: 327 opt: 1518 Z-score: 998.1 bits: 196.6 E(33420): 2.9e-49 Smith-Waterman score: 1536; 35.3% identity (66.0% similar) in 702 aa overlap (60-734:16-689) 30 40 50 60 70 80 pF1KE2 CKKAPVKSCTECVRVDKDCAYCTDEMFRDRRCNTQAELLAAGCQRESIVVMESSFQITEE ::.: :.::: ::: . : :. .: .. CCDS74 MITYKNFTHPSGVGERCDTPANLLAKGCQLNFIENPVSQVEILKN 10 20 30 40 90 100 110 120 130 140 pF1KE2 TQIDTTLRRS-----QMSPQGLRVRLRPGEERHFELEVFEPLESPVDLYILMDFSNSMSD ... ... :..::.: ..:::: . ....: . . ::::: :::.: ::.: CCDS74 KPLSVGRQKNSSDIVQIAPQSLILKLRPGGAQTLQVHVRQTEDYPVDLYYLMDLSASMDD 50 60 70 80 90 100 150 160 170 180 190 200 pF1KE2 DLDNLKKMGQNLARVLSQLTSDYTIGFGKFVDKVSVPQTDMRPEKLKEPWPNSD----PP ::...:..:. :.. .:.:::.. .:::.::.: : . ::.. .: . : CCDS74 DLNTIKELGSRLSKEMSKLTSNFRLGFGSFVEKPVSPFVKTTPEEIANPCSSIPYFCLPT 110 120 130 140 150 160 210 220 230 240 250 260 pF1KE2 FSFKNVISLTEDVDEFRNKLQGERISGNLDAPEGGFDAILQTAVCTRDIGWRPDSTHLLV :.::... ::.:...: . .....::.:.:.::::::::.:.::: . :::: :: :::: CCDS74 FGFKHILPLTNDAERFNEIVKNQKISANIDTPEGGFDAIMQAAVCKEKIGWRNDSLHLLV 170 180 190 200 210 220 270 280 290 300 310 320 pF1KE2 FSTESAFHYEADGANVLAGIMSRNDERCHLDTTGTYTQYRTQDYPSVPTLVRLLAKHNII : ... :. :. ::::. :: ::::. . :.. . .::.. :. :...:.. CCDS74 FVSDADSHFGMDSK--LAGIVIPNDGLCHLDSKNEYSMSTVLEYPTIGQLIDKLVQNNVL 230 240 250 260 270 280 330 340 350 360 370 380 pF1KE2 PIFAVTNYSYSYYEKLHTYFPVSSLGVLQEDSSNIVELLEEAFNRIRSNLDIRALDSPRG :::::. . ::. .: ...:.::.::.::..:. :....::......: . .: CCDS74 LIFAVTQEQVHLYENYAKLIPGATVGLLQKDSGNILQLIISAYEELRSEVELEVLGDTEG 290 300 310 320 330 340 390 400 410 420 430 pF1KE2 LRTEVTS-----KMFQKTRTGSFHIRRGEVGIYQVQLRALEHVDGTHVCQLPEDQKGNIH : :. .::. . : :.. :... ..: :. : : : .. .: CCDS74 LNLSFTAICNNGTLFQHQKKCS-HMKVGDTASFSVT------VNIPH-C---ERRSRHII 350 360 370 380 390 440 450 460 470 480 490 pF1KE2 LKP-SFSDGLKMDAGIICDVCTCELQKEVRSARCSF-NGDFVCGQCVCSEGWSGQTCNCS .:: ...:.:.. .. :. : :. . :: :..: ::.: :: :.: : : :.:. CCDS74 IKPVGLGDALELLVSPECN-CDCQKEVEVNSSKCHHGNGSFQCGVCACHPGHMGPRCECG 400 410 420 430 440 450 500 510 520 530 540 550 pF1KE2 TGSLSDIQPCLREGEDKP-CSGRGECQCGHCVCY--GEGRYEGQFCEYDNFQCPRTSGFL :: . : .:. :.: :::::.: ::.:.:. : : .:. :::.: : .:.: CCDS74 EDMLST-DSC-KEAPDHPSCSGRGDCYCGQCICHLSPYGNIYGPYCQCDNFSCVRHKGLL 460 470 480 490 500 560 570 580 590 600 610 pF1KE2 CNDRGRCSMGQCVCEPGWTGPSCDCPLSNATCIDSNGGICNGRGHCECGRCHCHQQSLYT :. : :. :.:::. :::: :.: :. .:.. .: .:.::: : ::.: : . . CCDS74 CGGNGDCDCGECVCRSGWTGEYCNCTTSTDSCVSEDGVLCSGRGDCVCGKCVCTNPGASG 510 520 530 540 550 560 620 630 640 650 660 pF1KE2 DTICEINYSAIHPGLCEDLRSCVQCQAWGTGEKKGRTCEECNFKVKMVDELKR-AEEVVV : :: . : :.. :::..:. ..:. . . ..:.. ..: . ... : CCDS74 PT-CERCPTCGDP--CNSKRSCIECHLSAAGQAREECVDKCKLAGATISEEEDFSKDGSV 570 580 590 600 610 620 670 680 690 700 710 720 pF1KE2 RCSFRDEDDDCTYSYTMEGDGAPGPNSTVLVHK--KKDCP-PGSFWWLIPLLLLLLPLLA ::.. :.. : .. . :. .. ...:. .:::: : . ::...: . : CCDS74 SCSLQGENE-CLITFLITTDN----EGKTIIHSINEKDCPKPPN----IPMIMLGVSLAI 630 640 650 660 670 730 740 750 760 770 780 pF1KE2 LLL---LLC-WKYCACCKACLALLPCCNRGHMVGFKEDHYMLRENLMASDHLDTPMLRSG ::. ::: :: CCDS74 LLIGVVLLCIWKLLVSFHDRKEVAKFEAERSKAKWQTGTNPLYRGSTSTFKNVTYKHREK 680 690 700 710 720 730 >>CCDS7174.1 ITGB1 gene_id:3688|Hs109|chr10 (798 aa) initn: 1353 init1: 342 opt: 1515 Z-score: 995.8 bits: 196.3 E(33420): 3.9e-49 Smith-Waterman score: 1622; 36.6% identity (63.6% similar) in 771 aa overlap (5-734:4-752) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MAGPRPSPWARLLLAALISVSLSGTLANRCKKAPVKSCTECVRVDKDCAYCTDEMFRDR- .: : :. . . .. : ::: :: .::: ::... .:..::. : .. CCDS71 MNLQPIFWIGLISS--VCCVFAQTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 -----RCNTQAELLAAGCQRESIVVMESSFQITEETQIDTTLRRS----------QMSPQ ::. : :: ..: ..: .: .. .. . . . :..:: CCDS71 MPTSARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSKGTAEKLKPEDITQIQPQ 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 GLRVRLRPGEERHFELEVFEPLESPVDLYILMDFSNSMSDDLDNLKKMGQNLARVLSQLT : .::: :: . : :. . . :.::: :::.: ::.:::.:.:..: .: . ..: CCDS71 QLVLRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRIT 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 SDYTIGFGKFVDKVSVPQTDMRPEKLKEP---WPNSDPPFSFKNVISLTEDVDEFRNKLQ ::. ::::.::.:. .: . : ::..: : :::.:::.:::. . : :.: CCDS71 SDFRIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVF-NELV 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 G-ERISGNLDAPEGGFDAILQTAVCTRDIGWRPDSTHLLVFSTESAFHYEADGANVLAGI : .:::::::.::::::::.:.::: :::: . :.::::::...::. .:: :.:: CCDS71 GKQRISGNLDSPEGGFDAIMQVAVCGSLIGWR-NVTRLLVFSTDAGFHFAGDGK--LGGI 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 MSRNDERCHLDTTGTYTQYRTQDYPSVPTLVRLLAKHNIIPIFAVTNYSYSYYEKLHTYF . :: .:::... ::. . ::::. ::. :...:: :::::. :..:.. . CCDS71 VLPNDGQCHLENN-MYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEEFQPVYKELKNLI 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 pF1KE2 PVSSLGVLQEDSSNIVELLEEAFNRIRSNLDIRALDSPRGLRTEVTSKMFQKTRT-GSFH : :..:.:. .:::...:. .:.: . :.. .. .:. .. : . :. . :. . CCDS71 PKSAVGTLSANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVT--ISYKSYCKNGVNGTGE 360 370 380 390 400 410 400 410 420 430 440 450 pF1KE2 IRRGEVGIYQVQLRALEHVDGTHVCQLPEDQKGNIHLKP-SFSDGLKMDAGIICDVCTCE : .: . .: .. : :. .. .....: .:.. ... ::. : :. CCDS71 NGRKCSNISIGDEVQFEISITSNKC--PKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICE-CECQ 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 510 pF1KE2 LQKEVRSARCSF-NGDFVCGQCVCSEGWSGQTCNCSTGSLS--DIQP-CLREGEDKPCSG . .: .: :: : :: : :.:: :. :.::: .. :.. : .:. .. ::. CCDS71 SEGIPESPKCHEGNGTFECGACRCNEGRVGRHCECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSN 470 480 490 500 510 520 520 530 540 550 560 570 pF1KE2 RGECQCGHCVCYGEGR----YEGQFCEYDNFQCPRTSGFLCNDRGRCSMGQCVCEPGWTG ::: ::.::: . : :.::: :::.: :..:..:. : :. : :.:..:: CCDS71 NGECVCGQCVCRKRDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCECNPNYTG 530 540 550 560 570 580 580 590 600 610 620 630 pF1KE2 PSCDCPLSNATCIDSNGGICNGRGHCECGRCHCHQQSLYTDTICEINYSAIHPGLCEDLR .::: :...:: ::: :::::: :::: :.: . .. .: ::. . . :.: . . CCDS71 SACDCSLDTSTCEASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQT-CEMCQTCL--GVCAEHK 590 600 610 620 630 640 640 650 660 670 680 pF1KE2 SCVQCQAWGTGEKKGRTCEECNF----KVKMVDELKRA--EEVVVRCSFRDEDDDCTYSY ::::.:.. :::: .::.. ::. :.: . . : .:. .: :: : . . CCDS71 ECVQCRAFNKGEKKDTCTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDD-CWFYF 650 660 670 680 690 700 690 700 710 720 730 pF1KE2 TMEGDGAPGPNSTVLVH--KKKDCPPGSFWWLIPLLLLLLP---LLALLLLLCWKYCACC :. .: :. :.:: .. .:: : .::.. .. :..: ::: :: CCDS71 TYSVNG----NNEVMVHVVENPECPTGPD--IIPIVAGVVAGIVLIGLALLLIWKLLMII 710 720 730 740 750 740 750 760 770 780 790 pF1KE2 KACLALLPCCNRGHMVGFKEDHYMLRENLMASDHLDTPMLRSGNLKGRDVVRWKVTNNMQ CCDS71 HDRREFAKFEKEKMNAKWDTGENPIYKSAVTTVVNPKYEGK 760 770 780 790 >>CCDS3030.1 ITGB5 gene_id:3693|Hs109|chr3 (799 aa) initn: 1003 init1: 364 opt: 1475 Z-score: 969.9 bits: 191.5 E(33420): 1.1e-47 Smith-Waterman score: 1593; 36.1% identity (62.7% similar) in 765 aa overlap (4-734:2-743) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MAGPR-PSP-WARLL-LAALISVSLSGTLANRCKKAPVKSCTECVRVDKDCAYCTDEMFR :: :.: .: :: : ::. :.: : : .. . :: ::. . ::.:. : : CCDS30 MPRAPAPLYACLLGLCALLP-RLAGL--NICTSGSATSCEECLLIHPKCAWCSKEDFG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 pF1KE2 D-----RRCNTQAELLAAGCQRESIVVMESSFQITEETQIDTTLRRS------QMSPQGL . ::. .:.:. :: : : :::.. . ... : ::.:: . CCDS30 SPRSITSRCDLRANLVKNGCGGE-IESPASSFHVLRSLPLSSKGSGSAGWDVIQMTPQEI 60 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 RVRLRPGEERHFELEVFEPLESPVDLYILMDFSNSMSDDLDNLKKMGQNLARVLSQLTSD : ::::.. :.:.: . . ::::: :::.: ::.:::::....: .::. . .:::. CCDS30 AVNLRPGDKTTFQLQVRQVEDYPVDLYYLMDLSLSMKDDLDNIRSLGTKLAEEMRKLTSN 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE2 YTIGFGKFVDKVSVPQTDMRPEKLKEP------WPNSDPPFSFKNVISLTEDVDEFRNKL . .:::.:::: : . :. .: .:: : :.:.... ::. :: : ... CCDS30 FRLGFGSFVDKDISPFSYTAPRYQTNPCIGYKLFPNCVPSFGFRHLLPLTDRVDSFNEEV 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE2 QGERISGNLDAPEGGFDAILQTAVCTRDIGWRPDSTHLLVFSTESAFHYEADGANVLAGI . .:.: : :::::::::.::.::: . :::: :. :::::.:... : :: :.:. CCDS30 RKQRVSRNRDAPEGGFDAVLQAAVCKEKIGWRKDALHLLVFTTDDVPHIALDGK--LGGL 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 MSRNDERCHLDTTGTYTQYRTQDYPSVPTLVRLLAKHNIIPIFAVTNYSYSYYEKLHTYF .. .: .:::. .. :: .::::. : . ::..:: :::::. : :... . . CCDS30 VQPHDGQCHLNEANEYTASNQMDYPSLALLGEKLAENNINLIFAVTKNHYMLYKNFTALI 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 pF1KE2 PVSSLGVLQEDSSNIVELLEEAFNRIRSNLDIRALDSPRGLRTEVTSKMFQK-TRTGSFH : ... .:. ::.::..:. .:.: :::.... . :.:. : :. . . :. . CCDS30 PGTTVEILDGDSKNIIQLIINAYNSIRSKVELSVWDQPEDLNLFFTATCQDGVSYPGQRK 360 370 380 390 400 410 400 410 420 430 440 450 pF1KE2 ---IRRGEVGIYQVQLRALEHVDGTHVCQLPEDQKGNIH-LKP-SFSDGLKMDAGIICDV .. :... ..:.:.: . : : . .. :.: .: :.:.. . : . CCDS30 CEGLKIGDTASFEVSLEA-------RSC--PSRHTEHVFALRPVGFRDSLEVGVTYNC-T 420 430 440 450 460 460 470 480 490 500 510 pF1KE2 CTCELQKEVRSARCSFNGDFVCGQCVCSEGWSGQTCNCSTGSLSDIQPCL-REGEDKP-C : : . : ::::. .: .::: : :: :. : :.:. : ... : ::.: :: : CCDS30 CGCSVGLEPNSARCNGSGTYVCGLCECSPGYLGTRCECQDGENQSVYQNLCREAEGKPLC 470 480 490 500 510 520 520 530 540 550 560 570 pF1KE2 SGRGECQCGHCVCYGE--GRYEGQFCEYDNFQCPRTSGFLCNDRGRCSMGQCVCEPGWTG ::::.:.:..: :. :. : ::: :::.: :..: ::. .:.: :.: :. :. : CCDS30 SGRGDCSCNQCSCFESEFGKIYGPFCECDNFSCARNKGVLCSGHGECHCGECKCHAGYIG 530 540 550 560 570 580 580 590 600 610 620 630 pF1KE2 PSCDCPLSNATCIDSNGGICNGRGHCECGRCHCHQQSLYTDTICEINYSAIHPGLCEDLR .:.: . .:: .: ::. :::: ::.:.: . . . . .:: . : : : CCDS30 DNCNCSTDISTCRGRDGQICSERGHCLCGQCQCTEPGAFGE-MCEKCPTC--PDACSTKR 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 pF1KE2 SCVQCQAWGTGEKKGRTCEE-CNFKV-KMVDELKRAEEVVVRCSFRDEDDDCTYSYTMEG .::.: .:. ..::. : .: :: . . .. .: : : ::.. .:. CCDS30 DCVECLLLHSGKPDNQTCHSLCRDEVITWVDTIVKDDQEAVLC-FYKTAKDCVMMFTYVE 640 650 660 670 680 690 690 700 710 720 730 740 pF1KE2 DGAPGPNSTVLVHKKKDC--PPGSFWWLIPLLLLLLPLLALLLLLCWKYCACCKACLALL :. .:.. : .. .: :... :. .. .: :..: :: :: CCDS30 --LPSGKSNLTVLREPECGNTPNAMTILLAVVGSIL-LVGLALLAIWKLLVTIHDRREFA 700 710 720 730 740 750 750 760 770 780 790 800 pF1KE2 PCCNRGHMVGFKEDHYMLRENLMASDHLDTPMLRSGNLKGRDVVRWKVTNNMQRPGFATH CCDS30 KFQSERSRARYEMASNPLYRKPISTHTVDFTFNKFNKSYNGTVD 760 770 780 790 >>CCDS13716.1 ITGB2 gene_id:3689|Hs109|chr21 (769 aa) initn: 753 init1: 431 opt: 1461 Z-score: 961.0 bits: 189.8 E(33420): 3.4e-47 Smith-Waterman score: 1471; 34.3% identity (61.9% similar) in 804 aa overlap (1-781:1-756) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MAGPRPSPWARLLLAALISVSLSGTLANRCKKAPVKSCTECVRVDKDCAYCTDEMFR--- : : :: : ::: . .::. .:...: : :.:: ::.. :..: : CCDS13 MLGLRP-P----LLALVGLLSLGCVLSQECTKFKVSSCRECIESGPGCTWCQKLNFTGPG 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 --DR-RCNTQAELLAAGCQRESIVVMESSFQITEETQIDTTLRRSQMSPQGLRVRLRPGE : ::.:. .:: :: ..:. : ::: : . ..:.::: . . ::::. CCDS13 DPDSIRCDTRPQLLMRGCAADDIMDPTS----LAETQEDHNGGQKQLSPQKVTLYLRPGQ 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 ERHFELEVFEPLESPVDLYILMDFSNSMSDDLDNLKKMGQNLARVLSQLTSDYTIGFGKF :.. . :.::: :::.: :: ::: :.::.: .: :.:...: . ::::.: CCDS13 AAAFNVTFRRAKGYPIDLYYLMDLSYSMLDDLRNVKKLGGDLLRALNEITESGRIGFGSF 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 VDKVSVPQTDMRPEKLKEPWPNSD----PPFSFKNVISLTEDVDEFRNKLQGERISGNLD :::. .: .. .:.::..: ::.. :::.:..:..::.. ..:.... . :::::: CCDS13 VDKTVLPFVNTHPDKLRNPCPNKEKECQPPFAFRHVLKLTNNSNQFQTEVGKQLISGNLD 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 APEGGFDAILQTAVCTRDIGWRPDSTHLLVFSTESAFHYEADGANVLAGIMSRNDERCHL :::::.::..:.:.: ..:::: . :.::::.:...::. .:: :..:.. :: :::: CCDS13 APEGGLDAMMQVAACPEEIGWR-NVTRLLVFATDDGFHFAGDGK--LGAILTPNDGRCHL 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 DTTGTYTQYRTQDYPSVPTLVRLLAKHNIIPIFAVTNYSYSYYEKLHTYFPVSSLGVLQE . . : . ::::: :.. ::..:: ::::::. . :::: .: :..: :.: CCDS13 EDN-LYKRSNEFDYPSVGQLAHKLAENNIQPIFAVTSRMVKTYEKLTEIIPKSAVGELSE 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 pF1KE2 DSSNIVELLEEAFNRIRSN--LDIRALDSPRGLRTEVTSKMFQKTRTGSFHIRRGEVGIY ::::.:.:...:.:.. : :: :: : :. :: : .. . . ::. CCDS13 DSSNVVHLIKNAYNKLSSRVFLDHNAL--PDTLK--VTYDSFCSNGVTHRNQPRGDCDGV 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 QVQLRALEHVDGTHVCQLPEDQKGNIHLKPSFSDGLKMDAGIICDVCTCELQKEVRSARC :... .: : . . ..:. :. .:.: . ... :. : :. :.. :: : CCDS13 QINVPITFQVKVT-ATECIQEQSFVIR-ALGFTDIVTVQVLPQCE-CRCRDQSRDRSL-C 410 420 430 440 450 470 480 490 500 510 520 pF1KE2 SFNGDFVCGQCVCSEGWSGQTCNCSTGSLSDIQ---PCLREGEDKPCSGRGECQCGHCVC .: . :: : :. :. :..:.:.: . :. . : ..... ::: :.: ::.:.: CCDS13 HGKGFLECGICRCDTGYIGKNCECQTQGRSSQELEGSCRKDNNSIICSGLGDCVCGQCLC 460 470 480 490 500 510 530 540 550 560 570 pF1KE2 YGE---GRY-EGQFCEYDNFQCPRTSGFLCNDRGR--CSMGQCVCEPGWTGPSCDCPLSN . :. ::.:: :...: : .: .:. :: : :.: :.::. : .:.: .. CCDS13 HTSDVPGKLIYGQYCECDTINCERYNGQVCGGPGRGLCFCGKCRCHPGFEGSACQCERTT 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 pF1KE2 ATCIDSNGGICNGRGHCECGRCHCHQQSLYTDTICEINYSAIHPGLCEDLRSCVQCQAWG :.. :.:::.:.:. :.:: : : .:. . : : ::..: . CCDS13 EGCLNPRRVECSGRGRCRCNVCECH--SGYQLPLCQECPGCPSP--CGKYISCAECLKFE 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 pF1KE2 TGEKKGRTCEECNFKVKMVDELKRAEEVVVRCSFRDEDDDCTYSYTMEG-DGAPGPNSTV : :..: ... .. ... :. :: .. : .::.: :: . CCDS13 KGPF-GKNCSAACPGLQLSNNPVKGRT----CKERD-SEGCWVAYTLEQQDGMD--RYLI 640 650 660 670 680 700 710 720 730 740 750 pF1KE2 LVHKKKDCPPG-SFWWLIPLLLLLLPLLALLLLLCWKYCACCKACLALLPCCNRGHMVGF : ....: : .. .. . . :...:::. :: ::. :. . CCDS13 YVDESRECVAGPNIAAIVGGTVAGIVLIGILLLVIWK---------ALI------HLSDL 690 700 710 720 730 760 770 780 790 800 810 pF1KE2 KEDHYMLRENLMASDHLDTPMLRSGNLKGRDVVRWKVTNNMQRPGFATHAASINPTELVP .: . . .:.: .. . :.:...: CCDS13 REYRRFEKEKLKSQWNNDNPLFKSATTTVMNPKFAES 740 750 760 >>CCDS74597.1 ITGB6 gene_id:3694|Hs109|chr2 (693 aa) initn: 1107 init1: 327 opt: 1413 Z-score: 930.5 bits: 184.0 E(33420): 1.7e-45 Smith-Waterman score: 1431; 35.4% identity (66.0% similar) in 644 aa overlap (113-734:21-636) 90 100 110 120 130 140 pF1KE2 SFQITEETQIDTTLRRSQMSPQGLRVRLRPGEERHFELEVFEPLESPVDLYILMDFSNSM : . ....: . . ::::: :::.: :: CCDS74 MGIELLCLFFLFLGRNDHVQGGAQTLQVHVRQTEDYPVDLYYLMDLSASM 10 20 30 40 50 150 160 170 180 190 pF1KE2 SDDLDNLKKMGQNLARVLSQLTSDYTIGFGKFVDKVSVPQTDMRPEKLKEPWPNSD---- .:::...:..:. :.. .:.:::.. .:::.::.: : . ::.. .: . CCDS74 DDDLNTIKELGSRLSKEMSKLTSNFRLGFGSFVEKPVSPFVKTTPEEIANPCSSIPYFCL 60 70 80 90 100 110 200 210 220 230 240 250 pF1KE2 PPFSFKNVISLTEDVDEFRNKLQGERISGNLDAPEGGFDAILQTAVCTRDIGWRPDSTHL : :.::... ::.:...: . .....::.:.:.::::::::.:.::: . :::: :: :: CCDS74 PTFGFKHILPLTNDAERFNEIVKNQKISANIDTPEGGFDAIMQAAVCKEKIGWRNDSLHL 120 130 140 150 160 170 260 270 280 290 300 310 pF1KE2 LVFSTESAFHYEADGANVLAGIMSRNDERCHLDTTGTYTQYRTQDYPSVPTLVRLLAKHN ::: ... :. :. ::::. :: ::::. . :.. . .::.. :. :...: CCDS74 LVFVSDADSHFGMDSK--LAGIVIPNDGLCHLDSKNEYSMSTVLEYPTIGQLIDKLVQNN 180 190 200 210 220 320 330 340 350 360 370 pF1KE2 IIPIFAVTNYSYSYYEKLHTYFPVSSLGVLQEDSSNIVELLEEAFNRIRSNLDIRALDSP .. :::::. . ::. .: ...:.::.::.::..:. :....::......: . CCDS74 VLLIFAVTQEQVHLYENYAKLIPGATVGLLQKDSGNILQLIISAYEELRSEVELEVLGDT 230 240 250 260 270 280 380 390 400 410 420 430 pF1KE2 RGLRTEVTS-----KMFQKTRTGSFHIRRGEVGIYQVQLRALEHVDGTHVCQLPEDQKGN .:: :. .::. . : :.. :... ..: :. : : : .. . CCDS74 EGLNLSFTAICNNGTLFQHQKKCS-HMKVGDTASFSVT------VNIPH-C---ERRSRH 290 300 310 320 330 440 450 460 470 480 490 pF1KE2 IHLKP-SFSDGLKMDAGIICDVCTCELQKEVRSARCSF-NGDFVCGQCVCSEGWSGQTCN : .:: ...:.:.. .. :. : :. . :: :..: ::.: :: :.: : : :. CCDS74 IIIKPVGLGDALELLVSPECN-CDCQKEVEVNSSKCHHGNGSFQCGVCACHPGHMGPRCE 340 350 360 370 380 390 500 510 520 530 540 pF1KE2 CSTGSLSDIQPCLREGEDKP-CSGRGECQCGHCVCY--GEGRYEGQFCEYDNFQCPRTSG :. :: . : .:. :.: :::::.: ::.:.:. : : .:. :::.: : .: CCDS74 CGEDMLST-DSC-KEAPDHPSCSGRGDCYCGQCICHLSPYGNIYGPYCQCDNFSCVRHKG 400 410 420 430 440 450 550 560 570 580 590 600 pF1KE2 FLCNDRGRCSMGQCVCEPGWTGPSCDCPLSNATCIDSNGGICNGRGHCECGRCHCHQQSL .::. : :. :.:::. :::: :.: :. .:.. .: .:.::: : ::.: : . . CCDS74 LLCGGNGDCDCGECVCRSGWTGEYCNCTTSTDSCVSEDGVLCSGRGDCVCGKCVCTNPGA 460 470 480 490 500 510 610 620 630 640 650 660 pF1KE2 YTDTICEINYSAIHPGLCEDLRSCVQCQAWGTGEKKGRTCEECNFKVKMVDELKR-AEEV : :: . : :.. :::..:. ..:. . . ..:.. ..: . ... CCDS74 SGPT-CERCPTCGDP--CNSKRSCIECHLSAAGQAREECVDKCKLAGATISEEEDFSKDG 520 530 540 550 560 570 670 680 690 700 710 720 pF1KE2 VVRCSFRDEDDDCTYSYTMEGDGAPGPNSTVLVHK--KKDCP-PGSFWWLIPLLLLLLPL : ::.. :.. : .. . :. .. ...:. .:::: : . ::...: . : CCDS74 SVSCSLQGENE-CLITFLITTDN----EGKTIIHSINEKDCPKPPN----IPMIMLGVSL 580 590 600 610 620 730 740 750 760 770 780 pF1KE2 LALLL---LLC-WKYCACCKACLALLPCCNRGHMVGFKEDHYMLRENLMASDHLDTPMLR ::. ::: :: CCDS74 AILLIGVVLLCIWKLLVSFHDRKEVAKFEAERSKAKWQTGTNPLYRGSTSTFKNVTYKHR 630 640 650 660 670 680 1822 residues in 1 query sequences 18921897 residues in 33420 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Fri Jul 3 20:35:32 2020 done: Fri Jul 3 20:35:33 2020 Total Scan time: 3.100 Total Display time: 0.370 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]