Result of FASTA (ccds) for pFN21AE2776
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2776, 405 aa
  1>>>pF1KE2776     405 - 405 aa - 405 aa
Library: human.CCDS.faa
  18921897 residues in 33420 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6786+/-0.00108; mu= 16.2671+/- 0.065
 mean_var=131.9373+/-24.017, 0's: 0 Z-trim(108.3): 86  B-trim: 25 in 1/49
 Lambda= 0.111658
 statistics sampled from 10183 (10258) to 10183 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.676), E-opt: 0.2 (0.307), width:  16
 Scan time:  1.310

The best scores are:                                      opt bits E(33420)
CCDS47587.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7           ( 405) 2824 466.7 1.8e-131
CCDS5516.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7            ( 628) 2815 465.4 6.6e-131
CCDS5515.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7            ( 705) 2815 465.5 7.1e-131
CCDS5514.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7            (1210) 2815 465.8 9.9e-131
CCDS87507.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7           (1091) 1614 272.3 1.6e-72
CCDS87506.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7           (1165) 1614 272.3 1.7e-72
CCDS42811.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs109|chr2          (1292) 1353 230.3 8.2e-60
CCDS2394.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs109|chr2           (1308) 1353 230.3 8.2e-60
CCDS31833.1 ERBB3 gene_id:2065|Hs109|chr12         (1342) 1233 211.0 5.5e-54
CCDS77017.1 ERBB2 gene_id:2064|Hs109|chr17         ( 603)  948 164.7 2.2e-40
CCDS77016.1 ERBB2 gene_id:2064|Hs109|chr17         (1055)  948 165.0 3.1e-40
CCDS45667.1 ERBB2 gene_id:2064|Hs109|chr17         (1225)  948 165.0 3.4e-40
CCDS74052.1 ERBB2 gene_id:2064|Hs109|chr17         (1240)  948 165.1 3.5e-40
CCDS32642.1 ERBB2 gene_id:2064|Hs109|chr17         (1255)  948 165.1 3.5e-40
CCDS42487.1 INSR gene_id:3643|Hs109|chr19          (1370)  444 83.9   1e-15
CCDS12176.1 INSR gene_id:3643|Hs109|chr19          (1382)  444 83.9   1e-15
CCDS73785.1 IGF1R gene_id:3480|Hs109|chr15         (1366)  391 75.4 3.8e-13
CCDS10378.1 IGF1R gene_id:3480|Hs109|chr15         (1367)  391 75.4 3.8e-13
CCDS44918.1 ERBB3 gene_id:2065|Hs109|chr12         ( 183)  341 66.3 2.8e-11


>>CCDS47587.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7                (405 aa)
 initn: 2824 init1: 2824 opt: 2824  Z-score: 2473.9  bits: 466.7 E(33420): 1.8e-131
Smith-Waterman score: 2824; 100.0% identity (100.0% similar) in 405 aa overlap (1-405:1-405)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400     
pF1KE2 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS
              370       380       390       400     

>>CCDS5516.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7                 (628 aa)
 initn: 2904 init1: 2815 opt: 2815  Z-score: 2463.9  bits: 465.4 E(33420): 6.6e-131
Smith-Waterman score: 2815; 99.8% identity (100.0% similar) in 404 aa overlap (1-404:1-404)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400                    
pF1KE2 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS               
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.                
CCDS55 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGFLLIQAWPENRTDLHAF
              370       380       390       400       410       420

CCDS55 ENLEIIRGRTKQHGQFSLAVVSLNITSLGLRSLKEISDGDVIISGNKNLCYANTINWKKL
              430       440       450       460       470       480

>>CCDS5515.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7                 (705 aa)
 initn: 2904 init1: 2815 opt: 2815  Z-score: 2463.3  bits: 465.5 E(33420): 7.1e-131
Smith-Waterman score: 2815; 99.8% identity (100.0% similar) in 404 aa overlap (1-404:1-404)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400                    
pF1KE2 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS               
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.                
CCDS55 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGFLLIQAWPENRTDLHAF
              370       380       390       400       410       420

CCDS55 ENLEIIRGRTKQHGQFSLAVVSLNITSLGLRSLKEISDGDVIISGNKNLCYANTINWKKL
              430       440       450       460       470       480

>>CCDS5514.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7                 (1210 aa)
 initn: 2904 init1: 2815 opt: 2815  Z-score: 2460.7  bits: 465.8 E(33420): 9.9e-131
Smith-Waterman score: 2815; 99.8% identity (100.0% similar) in 404 aa overlap (1-404:1-404)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
              310       320       330       340       350       360

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pF1KE2 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS               
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.                
CCDS55 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGFLLIQAWPENRTDLHAF
              370       380       390       400       410       420

CCDS55 ENLEIIRGRTKQHGQFSLAVVSLNITSLGLRSLKEISDGDVIISGNKNLCYANTINWKKL
              430       440       450       460       470       480

>>CCDS87507.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7                (1091 aa)
 initn: 2571 init1: 1600 opt: 1614  Z-score: 1415.6  bits: 272.3 E(33420): 1.6e-72
Smith-Waterman score: 2394; 88.6% identity (88.9% similar) in 404 aa overlap (1-404:1-359)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
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pF1KE2 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
       :::::::::::::::::::::    :                                  
CCDS87 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQ----G----------------------------------
              130       140                                        

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
              :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 -------QKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
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pF1KE2 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
         200       210       220       230       240       250     

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
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pF1KE2 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS               
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.                
CCDS87 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGFLLIQAWPENRTDLHAF
         320       330       340       350       360       370     

CCDS87 ENLEIIRGRTKQHGQFSLAVVSLNITSLGLRSLKEISDGDVIISGNKNLCYANTINWKKL
         380       390       400       410       420       430     

>>CCDS87506.1 EGFR gene_id:1956|Hs109|chr7                (1165 aa)
 initn: 2513 init1: 1600 opt: 1614  Z-score: 1415.3  bits: 272.3 E(33420): 1.7e-72
Smith-Waterman score: 2394; 88.6% identity (88.9% similar) in 404 aa overlap (1-404:1-359)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
               70        80        90       100       110       120

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pF1KE2 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDF
       :::::::::::::::::::::    :                                  
CCDS87 VLSNYDANKTGLKELPMRNLQ----G----------------------------------
              130       140                                        

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 QNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
              :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 -------QKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGC
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pF1KE2 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 TGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYV
         200       210       220       230       240       250     

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pF1KE2 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS87 VTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKHFK
         260       270       280       290       300       310     

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pF1KE2 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS               
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.                
CCDS87 NCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGFLLIQAWPENRTDLHAF
         320       330       340       350       360       370     

CCDS87 ENLEIIRGRTKQHGQFSLAVVSLNITSLGLRSLKEISDGDVIISGNKNLCYANTINWKKL
         380       390       400       410       420       430     

>>CCDS42811.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs109|chr2               (1292 aa)
 initn: 1085 init1: 775 opt: 1353  Z-score: 1187.5  bits: 230.3 E(33420): 8.2e-60
Smith-Waterman score: 1353; 45.6% identity (77.8% similar) in 406 aa overlap (1-404:1-401)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
       :.:. :.  . ..::.:   . .  . ..:: :: :::..:. .:... .:.....::::
CCDS42 MKPA-TGLWVWVSLLVA-AGTVQPSDSQSVCAGTENKLSSLSDLEQQYRALRKYYENCEV
                10         20        30        40        50        

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
       :.:::::: ...: :::::....::.::::.:::  . .:::::.::::.  ::. ::::
CCDS42 VMGNLEITSIEHNRDLSFLRSVREVTGYVLVALNQFRYLPLENLRIIRGTKLYEDRYALA
       60        70        80        90       100       110        

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pF1KE2 VLSNY--DANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSM
       .. ::  :.:  ::.:: ..:: :::.:.:  ..:  :: ...:.:.::: . . ::...
CCDS42 IFLNYRKDGN-FGLQELGLKNLTEILNGGVYVDQNKFLCYADTIHWQDIVRNPWPSNLTL
      120        130       140       150       160       170       

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pF1KE2 DFQNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAA
          :  ..: .:  :: .: :::  :..:: ::. .::.::.::: :   ::::: .::.
CCDS42 VSTNGSSGCGRCHKSC-TGRCWGPTENHCQTLTRTVCAEQCDGRCYGPYVSDCCHRECAG
       180       190        200       210       220       230      

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pF1KE2 GCTGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRN
       ::.::...::..: .: : ..:   ::  ..:::::.:.. : ..::..:: ::::::.:
CCDS42 GCSGPKDTDCFACMNFNDSGACVTQCPQTFVYNPTTFQLEHNFNAKYTYGAFCVKKCPHN
        240       250       260       270       280       290      

      300       310       320       330       340       350        
pF1KE2 YVVTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKH
       .:: : .:::::: ....:.::.:.. :: :   : :.:.::: : . .. .....:: .
CCDS42 FVV-DSSSCVRACPSSKMEVEENGIKMCKPCTDICPKACDGIGTGSLMSAQTVDSSNIDK
         300       310       320       330       340       350     

      360       370       380       390       400                  
pF1KE2 FKNCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS             
       : :::.:.:.: .: ....:: ..    .::..:....::.::::.              
CCDS42 FINCTKINGNLIFLVTGIHGDPYNAIEAIDPEKLNVFRTVREITGFLNIQSWPPNMTDFS
         360       370       380       390       400       410     

CCDS42 VFSNLVTIGGRVLYSGLSLLILKQQGITSLQFQSLKEISAGNIYITDNSNLCYYHTINWT
         420       430       440       450       460       470     

>>CCDS2394.1 ERBB4 gene_id:2066|Hs109|chr2                (1308 aa)
 initn: 1085 init1: 775 opt: 1353  Z-score: 1187.5  bits: 230.3 E(33420): 8.2e-60
Smith-Waterman score: 1353; 45.6% identity (77.8% similar) in 406 aa overlap (1-404:1-401)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
       :.:. :.  . ..::.:   . .  . ..:: :: :::..:. .:... .:.....::::
CCDS23 MKPA-TGLWVWVSLLVA-AGTVQPSDSQSVCAGTENKLSSLSDLEQQYRALRKYYENCEV
                10         20        30        40        50        

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
       :.:::::: ...: :::::....::.::::.:::  . .:::::.::::.  ::. ::::
CCDS23 VMGNLEITSIEHNRDLSFLRSVREVTGYVLVALNQFRYLPLENLRIIRGTKLYEDRYALA
       60        70        80        90       100       110        

                130       140       150       160       170        
pF1KE2 VLSNY--DANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSM
       .. ::  :.:  ::.:: ..:: :::.:.:  ..:  :: ...:.:.::: . . ::...
CCDS23 IFLNYRKDGN-FGLQELGLKNLTEILNGGVYVDQNKFLCYADTIHWQDIVRNPWPSNLTL
      120        130       140       150       160       170       

      180       190       200       210       220       230        
pF1KE2 DFQNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAA
          :  ..: .:  :: .: :::  :..:: ::. .::.::.::: :   ::::: .::.
CCDS23 VSTNGSSGCGRCHKSC-TGRCWGPTENHCQTLTRTVCAEQCDGRCYGPYVSDCCHRECAG
       180       190        200       210       220       230      

      240       250       260       270       280       290        
pF1KE2 GCTGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRN
       ::.::...::..: .: : ..:   ::  ..:::::.:.. : ..::..:: ::::::.:
CCDS23 GCSGPKDTDCFACMNFNDSGACVTQCPQTFVYNPTTFQLEHNFNAKYTYGAFCVKKCPHN
        240       250       260       270       280       290      

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pF1KE2 YVVTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATNIKH
       .:: : .:::::: ....:.::.:.. :: :   : :.:.::: : . .. .....:: .
CCDS23 FVV-DSSSCVRACPSSKMEVEENGIKMCKPCTDICPKACDGIGTGSLMSAQTVDSSNIDK
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pF1KE2 FKNCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS             
       : :::.:.:.: .: ....:: ..    .::..:....::.::::.              
CCDS23 FINCTKINGNLIFLVTGIHGDPYNAIEAIDPEKLNVFRTVREITGFLNIQSWPPNMTDFS
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CCDS23 VFSNLVTIGGRVLYSGLSLLILKQQGITSLQFQSLKEISAGNIYITDNSNLCYYHTINWT
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>>CCDS31833.1 ERBB3 gene_id:2065|Hs109|chr12              (1342 aa)
 initn: 1203 init1: 494 opt: 1233  Z-score: 1082.9  bits: 211.0 E(33420): 5.5e-54
Smith-Waterman score: 1233; 42.5% identity (74.7% similar) in 395 aa overlap (11-403:9-395)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MRPSGTAGAALLALLAALCPASRALEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEV
                 .:.:: .:  .:.. . . :: :: : :.  :  :... .: .... :::
CCDS31   MRANDALQVLGLLFSLARGSEVGNSQAVCPGTLNGLSVTGDAENQYQTLYKLYERCEV
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pF1KE2 VLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALA
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CCDS31 VMGNLEIVLTGHNADLSFLQWIREVTGYVLVAMNEFSTLPLPNLRVVRGTQVYDGKFAIF
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       :. ::..:.. .:..: . .: ::: :.: . .:  ::....:.::::: .    .  . 
CCDS31 VMLNYNTNSSHALRQLRLTQLTEILSGGVYIEKNDKLCHMDTIDWRDIVRD---RDAEIV
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pF1KE2 FQNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAG
        ...  ::  :   : .: ::: : :.:: ::: ::: ::.:.: : .:..:::..::.:
CCDS31 VKDNGRSCPPCHEVC-KGRCWGPGSEDCQTLTKTICAPQCNGHCFGPNPNQCCHDECAGG
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pF1KE2 CTGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNY
       :.::...::..::.: : ..:   ::  ..::  :.:.. ::. ::..:..:: .::.:.
CCDS31 CSGPQDTDCFACRHFNDSGACVPRCPQPLVYNKLTFQLEPNPHTKYQYGGVCVASCPHNF
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pF1KE2 VVTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIG-EFKDSLSINATNIKH
       :: :. ::::::  :..:....:.. :. : : : :.:.: : : .:.   .....::  
CCDS31 VV-DQTSCVRACPPDKMEVDKNGLKMCEPCGGLCPKACEGTGSGSRFQ---TVDSSNIDG
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pF1KE2 FKNCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGLS             
       : :::.: :.: .: ... :: . . : :::..:....::.::::               
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CCDS31 VFSNLTTIGGRSLYNRGFSLLIMKNLNVTSLGFRSLKEISAGRIYISANRQLCYHHSLNW
              420       430       440       450       460       470

>>CCDS77017.1 ERBB2 gene_id:2064|Hs109|chr17              (603 aa)
 initn: 756 init1: 423 opt: 948  Z-score: 838.7  bits: 164.7 E(33420): 2.2e-40
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CCDS77                              MKLRLPASPETHLDMLRHLYQGCQVVQGNLE
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pF1KE2 ITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENLQIIRGNMYYENSYALAVLSNYD
       .::.  : .::::. :::: :::::: : :...::. :.:.::.. .:..::::::.: :
CCDS77 LTYLPTNASLSFLQDIQEVQGYVLIAHNQVRQVPLQRLRIVRGTQLFEDNYALAVLDNGD
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pF1KE2 ----------ANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNM
                 :.  ::.:: .:.: :::.:.: .. :: ::  ..: :.::  ..    .
CCDS77 PLNNTTPVTGASPGGLRELQLRSLTEILKGGVLIQRNPQLCYQDTILWKDIFHKNNQLAL
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pF1KE2 SMDFQNHLGSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQC
       ..   :.  .:. :.: : .. ::: . :.::.::. .::  :. ::.:  :.::::.::
CCDS77 TLIDTNRSRACHPCSPMCKGSRCWGESSEDCQSLTRTVCAGGCA-RCKGPLPTDCCHEQC
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pF1KE2 AAGCTGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTCPPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCP
       :::::::..::::.: .:   . :.  :: :. ::  :..   ::::.:.:::.::  ::
CCDS77 AAGCTGPKHSDCLACLHFNHSGICELHCPALVTYNTDTFESMPNPEGRYTFGASCVTACP
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pF1KE2 RNYVVTDHGSCVRACGADSYEME-EDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGEFKDSLSINATN
        ::. :: :::. .:   . :.  :::...:.::  :: .:: :.:. ....  .....:
CCDS77 YNYLSTDVGSCTLVCPLHNQEVTAEDGTQRCEKCSKPCARVCYGLGMEHLREVRAVTSAN
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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