FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2367, 2145 aa 1>>>pF1KE2367 2145 - 2145 aa - 2145 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4515+/-0.00113; mu= 1.1963+/- 0.068 mean_var=271.2131+/-55.810, 0's: 0 Z-trim(110.5): 81 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.077879 statistics sampled from 11553 (11625) to 11553 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.357), width: 16 Scan time: 6.570 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS33876.1 MED12L gene_id:116931|Hs108|chr3 (2145) 14389 1632.0 0 CCDS43970.1 MED12 gene_id:9968|Hs108|chrX (2177) 2175 259.7 1e-67 >>CCDS33876.1 MED12L gene_id:116931|Hs108|chr3 (2145 aa) initn: 14389 init1: 14389 opt: 14389 Z-score: 8745.9 bits: 1632.0 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 14389; 100.0% identity (100.0% similar) in 2145 aa overlap (1-2145:1-2145) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 RSGAMMQPPSLHAITSQQQLIQMKLLQQQQQQRLLRQAQTRPFQQGQPGDQAALFAAQAR 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 pF1KE2 PSPQLPQYPGLQQAQTMPQGYTMYGTQMPLQQTSQQQAGSVVLSPSYNSRAYPAAHSNPV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 PSPQLPQYPGLQQAQTMPQGYTMYGTQMPLQQTSQQQAGSVVLSPSYNSRAYPAAHSNPV 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 pF1KE2 LMERLRQIQQQPSGYVQQQASPYLQPLTGSQRLNHQALQQSPLVGGGIDAVLTSAHPNLP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 LMERLRQIQQQPSGYVQQQASPYLQPLTGSQRLNHQALQQSPLVGGGIDAVLTSAHPNLP 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 pF1KE2 SVPLPQDPMRPRQPQVRQQQRLLQMQQPQQPQPQQPPQPQQSSQSQSQTLGLQAMQPQQP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 SVPLPQDPMRPRQPQVRQQQRLLQMQQPQQPQPQQPPQPQQSSQSQSQTLGLQAMQPQQP 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 pF1KE2 LFPRQGLQQTQQQQQTAALVRQLQKQLSSNQPQQGVTPYGHPSHF ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 LFPRQGLQQTQQQQQTAALVRQLQKQLSSNQPQQGVTPYGHPSHF 2110 2120 2130 2140 >>CCDS43970.1 MED12 gene_id:9968|Hs108|chrX (2177 aa) initn: 7659 init1: 1845 opt: 2175 Z-score: 1329.2 bits: 259.7 E(32554): 1e-67 Smith-Waterman score: 8245; 59.6% identity (78.5% similar) in 2245 aa overlap (1-2140:1-2175) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MAAFGLLSYEQRPLKRPRLGPPDVYPQDPKQKEDELTAVNVKQGFNNQPAFTGDEHGSAR :::::.::::.:::::::::::::::::::::::::::.::::::::::: .:::::::. 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CCDS43 AGTKPLTQLAKKVPIFSKKEEVFGYLAKYTVPVMRAAWLIKMTCAYYAAISETKVKKRHV 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 PDPNLEWTQISTRYLREQLAKISDFYHM--ASSTGDGPV--PVPPEVEQAMKQWEYNEKL :: .::::: :.:: ::: :....:. :.: : : . :.: .:: :..::.:.::: CCDS43 -DPFMEWTQIITKYLWEQLQKMAEYYRPGPAGSGGCGSTIGPLPHDVEVAIRQWDYTEKL 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 AFHMFQEGMLEKHEYLTWILDVLEKIRPMDDDLLKLLLPLMLQYSDEFVQSAYLSRRLAY :. :::.:::..::.:::.:. .::::: .:.::::::::.:.:: :::::::::::::: CCDS43 AMFMFQDGMLDRHEFLTWVLECFEKIRPGEDELLKLLLPLLLRYSGEFVQSAYLSRRLAY 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 FCARRLSLLLSDSPNLLAAHSPHMMIGPNNSSIGAPSPGPPGPGMSPVQLAFSDFLSCAQ ::.:::.: :. ...:: :.. . ..:.. . .:.: : : . :::.: : : CCDS43 FCTRRLALQLDG----VSSHSSHVISAQSTSTLPT-TPAPQPPTSSTPSTPFSDLLMCPQ 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 HGPLVYGLSCMLQTVTLCCPSALVWNYSTNENKSANPGSPLDLLQVAPSSLPMPGGNTAF : :::.::::.:::. :::::::::.:: .... . ::::: : .:::.:::: ::.:: CCDS43 HRPLVFGLSCILQTILLCCPSALVWHYSLTDSR-IKTGSPLDHLPIAPSNLPMPEGNSAF 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 NQQVRARIYEVEQQIKQRGRAVEVRWSFDKCQESTAGVTISRVLHTLEVLDRHCFDRTDS .:::::.. :.:::::.::.:::::::::::::.::: ::.:::::::::: : :.:.: CCDS43 TQQVRAKLREIEQQIKERGQAVEVRWSFDKCQEATAGFTIGRVLHTLEVLDSHSFERSDF 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 SNSMETLYHKIFWANQNKDNQEVAPNDEAVVTLLCEWAVSCKRSGKHRAMAVAKLLEKRQ :::...: ..:: . .::..:.. .:.:::.:::::::::::::.::::.::::::::: CCDS43 SNSLDSLCNRIFGLGPSKDGHEISSDDDAVVSLLCEWAVSCKRSGRHRAMVVAKLLEKRQ 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 AEIEAERCGESEVLDEKESISSSSLAGSSLPVFQNVLLRFLDTQAPSLSDPNSECEKVEF ::::::::::::. ::: ::.:.::.. : :.::.:::.::::::: :.:: :: :.::: CCDS43 AEIEAERCGESEAADEKGSIASGSLSAPSAPIFQDVLLQFLDTQAPMLTDPRSESERVEF 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 pF1KE2 VNLVLLFCEFIRHDVFSHDAYMCTLISRGDLSVTA-STRPRSPVGENAD--EH------- ::::::::.::::::::. : :::::::::. : . :: :: . :: :: CCDS43 FNLVLLFCELIRHDVFSHNMYTCTLISRGDLAFGAPGPRPPSPFDDPADDPEHKEAEGSS 600 610 620 630 640 650 650 660 670 680 pF1KE2 --------YSKDHDVK---------ME-----IFSP-MPGESCENANTSLGRRMSVNCEK :.. :. :: .::: :: ::. .. .. .: :: CCDS43 SSKLEDPGLSESMDIDPSSSVLFEDMEKPDFSLFSPTMP---CEGKGSPSPEKPDV--EK 660 670 680 690 700 690 700 710 720 730 740 pF1KE2 LVKREKPRELIFPSN---YDLLRHLQYATHFPIPLDESSSHECNQRTILLYGVGKERDEA :: :.: : . :: ::.::::::::: .:: ::::::: ..:.::::.::.: CCDS43 EVK-PPPKEKIEGTLGVLYDQPRHVQYATHFPIPQEESCSHECNQRLVVLFGVGKQRDDA 710 720 730 740 750 760 750 760 770 780 pF1KE2 RHQLKKITKDILKILNKKSTTETGV----------------GDEGQKARKNKQETFPTLE :: .:::::::::.::.:.:.:: :..::: :.:. :.::: : CCDS43 RHAIKKITKDILKVLNRKGTAETDQLAPIVPLNPGDLTFLGGEDGQKRRRNRPEAFPTAE 770 780 790 800 810 820 790 800 810 820 830 840 pF1KE2 TVFTKLQLLSYFDQHQVTSQISNNVLEQITSFASGTSYHLPLAHHIQLIFDLMEPALNIN .:.:.: ::..::::::.:.: :::::::::: : ::::::..:.:.:::::: .:.:. 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CCDS43 CQSDGNKPTVGIRSSCDRHLLAASQNRIVDGAVFAVLKAVFVLGDAE--------LKGSG 1190 1200 1210 1220 1230 1210 1220 1230 1240 1250 1260 pF1KE2 FTMRGLRCDGNADDIWTASQNPKSCGKSISIETANLREYARYVLRTICQQEWVGEHCLKE ::. : . .. .: . .. :..::.:::.: ::.::::.:::::::::.::: CCDS43 FTVTGGTEELPEEEGGGGSGGRRQGGRNISVETASLDVYAKYVLRSICQQEWVGERCLK- 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1270 1280 1290 1300 1310 1320 pF1KE2 PERLCTDKELILDPVLSNMQAQKLLQLICYPHGIKECTEGDNLQRQHIKRILQNLEQWTL :: :.. . :::::. :::.:.::::::: . . .:.: :::.::::::::.:::. 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CCDS43 APLSWGWFGTVRVDRRVARGEEQQRLLLYHTHLRPRPRAYYLEPLPLPPEDEE--PPAPT 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1750 1760 1770 1780 1790 pF1KE2 SQEPERKSAELSDQGKT-----TTDEEKK--TKGRKRKTKSSSRVDEYPQSNIYRVPPNY :::.:. : : .:.:.:: :::.:: .. ......: .. : : CCDS43 LLEPEKKAPEPPKTDKPGAAPPSTEERKKKSTKGKKR-SQPATKTEDYGMGP-GRSGPYG 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1800 1810 1820 1830 1840 1850 pF1KE2 SPISSQMMHHPQSTLWGYNLVGQPQQPGFFLQNQSLTPGGSRLDPAGSF-VPTN---TKQ . ...:::. . : . . :.. ::: : :: :.:: .: . :. CCDS43 VTVPPDLLHHPNPGSITH-LNYRQGSIGLYTQNQPLPAGGPRVDPYRPVRLPMQKLPTRP 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1860 1870 1880 1890 1900 1910 pF1KE2 ALSNMLQRR-SGAM-MQPPSLHAITSQQQLIQMKLLQQQQQQRLLRQAQTRPFQQGQPGD . ..: .:.: ..: : .. . .:: . : ::: .: : .::. :. CCDS43 TYPGVLPTTMTGVMGLEPSSYKTSVYRQQQPAV-----PQGQRLRQQLQQ---SQGMLGQ 1880 1890 1900 1910 1920 1920 1930 1940 1950 1960 1970 pF1KE2 QAALFAAQARPSPQLPQYPGLQQAQTMPQGYTMYGTQMPLQQTSQQQAGSVVLSPSYNSR ... : :: . ::: .: ::: : ... ::: . ::..: :::.:. 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