FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1254, 547 aa 1>>>pF1KE1254 547 - 547 aa - 547 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.2937+/-0.00114; mu= -13.2410+/- 0.070 mean_var=535.6113+/-108.412, 0's: 0 Z-trim(116.5): 28 B-trim: 55 in 1/52 Lambda= 0.055418 statistics sampled from 17155 (17178) to 17155 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.78), E-opt: 0.2 (0.528), width: 16 Scan time: 4.210 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS47693.1 LMOD2 gene_id:442721|Hs108|chr7 ( 547) 3558 298.8 1.1e-80 CCDS53457.1 LMOD1 gene_id:25802|Hs108|chr1 ( 600) 927 88.5 2.5e-17 CCDS46862.1 LMOD3 gene_id:56203|Hs108|chr3 ( 560) 780 76.7 8.3e-14 >>CCDS47693.1 LMOD2 gene_id:442721|Hs108|chr7 (547 aa) initn: 3558 init1: 3558 opt: 3558 Z-score: 1561.9 bits: 298.8 E(32554): 1.1e-80 Smith-Waterman score: 3558; 100.0% identity (100.0% similar) in 547 aa overlap (1-547:1-547) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MSTFGYRRGLSKYESIDEDELLASLSAEELKELERELEDIEPDRNLPVGLRQKSLTEKTP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 MSTFGYRRGLSKYESIDEDELLASLSAEELKELERELEDIEPDRNLPVGLRQKSLTEKTP 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 TGTFSREALMAYWEKESQKLLEKERLGECGKVAEDKEESEEELIFTESNSEVSEEVYTEE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 TGTFSREALMAYWEKESQKLLEKERLGECGKVAEDKEESEEELIFTESNSEVSEEVYTEE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 EEEESQEEEEEEDSDEEERTIETAKGINGTVNYDSVNSDNSKPKIFKSQIENINLTNGSN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 EEEESQEEEEEEDSDEEERTIETAKGINGTVNYDSVNSDNSKPKIFKSQIENINLTNGSN 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 GRNTESPAAIHPCGNPTVIEDALDKIKSNDPDTTEVNLNNIENITTQTLTRFAEALKDNT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 GRNTESPAAIHPCGNPTVIEDALDKIKSNDPDTTEVNLNNIENITTQTLTRFAEALKDNT 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 VVKTFSLANTHADDSAAMAIAEMLKVNEHITNVNVESNFITGKGILAIMRALQHNTVLTE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 VVKTFSLANTHADDSAAMAIAEMLKVNEHITNVNVESNFITGKGILAIMRALQHNTVLTE 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 LRFHNQRHIMGSQVEMEIVKLLKENTTLLRLGYHFELPGPRMSMTSILTRNMDKQRQKRL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 LRFHNQRHIMGSQVEMEIVKLLKENTTLLRLGYHFELPGPRMSMTSILTRNMDKQRQKRL 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 QEQKQQEGYDGGPNLRTKVWQRGTPSSSPYVSPRHSPWSSPKLPKKVQTVRSRPLSPVAT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 QEQKQQEGYDGGPNLRTKVWQRGTPSSSPYVSPRHSPWSSPKLPKKVQTVRSRPLSPVAT 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE1 PPPPPPPPPPPPPSSQRLPPPPPPPPPPLPEKKLITRNIAEVIKQQESAQRALQNGQKKK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 PPPPPPPPPPPPPSSQRLPPPPPPPPPPLPEKKLITRNIAEVIKQQESAQRALQNGQKKK 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE1 KGKKVKKQPNSILKEIKNSLRSVQEKKMEDSSRPSTPQRSAHENLMEAIRGSSIKQLKRV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS47 KGKKVKKQPNSILKEIKNSLRSVQEKKMEDSSRPSTPQRSAHENLMEAIRGSSIKQLKRV 490 500 510 520 530 540 pF1KE1 EVPEALR ::::::: CCDS47 EVPEALR >>CCDS53457.1 LMOD1 gene_id:25802|Hs108|chr1 (600 aa) initn: 1215 init1: 770 opt: 927 Z-score: 424.5 bits: 88.5 E(32554): 2.5e-17 Smith-Waterman score: 952; 37.1% identity (62.7% similar) in 553 aa overlap (7-547:127-600) 10 20 30 pF1KE1 MSTFGYRRGLSKYESIDEDELLASLSAEELKELERE : ::.: : :.:: .. :.:. :: :. 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