FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE9638, 1828 aa 1>>>pF1KE9638 1828 - 1828 aa - 1828 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6750+/-0.000484; mu= -0.0324+/- 0.030 mean_var=315.7014+/-63.591, 0's: 0 Z-trim(119.6): 257 B-trim: 491 in 1/56 Lambda= 0.072183 statistics sampled from 33433 (33715) to 33433 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.395), width: 16 Scan time: 18.690 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001262 (OMIM: 602119,615369) chromodomain-helic (1828) 12296 1296.0 0 XP_005271923 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomai (1798) 5068 543.3 8.1e-153 XP_005271924 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomai (1710) 4987 534.8 2.7e-150 NP_001261 (OMIM: 602118) chromodomain-helicase-DNA (1710) 4987 534.8 2.7e-150 XP_011541414 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomai (1552) 4952 531.1 3.1e-149 NP_001036037 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XP_005 MNGHS-DEESVRNSSGESSQSDDDSGSASGSGSGSSSGSSSD 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 SSESQS-ESESES---AGSKSQPVLPEAKEKPASKKERIADVKKMWEEYPDVYGVRRS-- .: ::: :.:.: .::.:. ..:. .. : .: ..:. :.. .:.:: XP_005 GSSSQSGSSDSDSGSESGSQSESESDTSRENKVQAKPPKVDGAEFWKSSPSILAVQRSAI 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 pF1KE9 ---------NRSRQEPSRFNIKEEASSGSESGSPKRRGQRQLKKQEKWKQEPSEDEQEQG ....: : . .:..::. .: . . . .:. .:.: :.. : . ...: XP_005 LKKQQQQQQQQQHQASSNSGSEEDSSSSEDSDDSSSEVKRKKHKDEDWQMSGSGSPSQSG 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 pF1KE9 TSAESEPEQKKVKARRPV----PRRTVP--KPRVKKQPKTQR---GKRKKQ-DSSDEDDD ...::: :..: . . :. : ::. ... :. . :..:.: :::.:::: XP_005 SDSESEEEREKSSCDETESDYEPKNKVKSRKPQNRSKSKNGKKILGQKKRQIDSSEEDDD 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KE9 --DDEAPKRQTRRRAAKNVSYKEDDDFETDSDDLIEMTGEGVDE-QQDNSETIEKVLDSR : . ::..::.:. :::::::....::::::.:. :: : . .... ::::. .: : XP_005 EEDYDNDKRSSRRQATVNVSYKEDEEMKTDSDDLLEVCGEDVPQPEEEEFETIERFMDCR 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KE9 LGKKGATGASTTVYAIEANGDPSGDFDTEKDEGEIQYLIKWKGWSYIHSTWESEESLQQQ .:.::::::.::.::.::.:::.. :. .:. :::::::::::::.::.:::.::.:.:: XP_005 IGRKGATGATTTIYAVEADGDPNAGFEKNKEPGEIQYLIKWKGWSHIHNTWETEETLKQQ 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 390 pF1KE9 KVKGLKKLENFKKKEDEIKQWLGKVSPEDVEYFNCQQELASELNKQYQIVERVIAVKTSK .:.:.:::.:.:::..: :.:: ..:::::::.::::::...:.::::::::.:: XP_005 NVRGMKKLDNYKKKDQETKRWLKNASPEDVEYYNCQQELTDDLHKQYQIVERIIA----- 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KE9 STLGQTDFPAHSRKPAPSNEPEYLCKWMGLPYSECSWEDEALIGKKFQNCIDSFHSRNNS :: . . .. :.: :::.::::::::::: :::.:::: ::: . :::.: XP_005 ----------HSNQKSAAGYPDYYCKWQGLPYSECSWEDGALISKKFQACIDEYFSRNQS 400 410 420 430 440 460 470 480 490 500 pF1KE9 KTIPTRECKALKQRPRFVALKKQPAYLGG-ENLELRDYQLEGLNWLAHSWCKNNSVILAD :: : ..::.::::::::::::::.:.:: :.::::::::.:::::::::::.:: :::: XP_005 KTTPFKDCKVLKQRPRFVALKKQPSYIGGHEGLELRDYQLNGLNWLAHSWCKGNSCILAD 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 pF1KE9 EMGLGKTIQTISFLSYLFHQHQLYGPFLIVVPLSTLTSWQREFEIWAPEINVVVYIGDLM ::::::::::::::.::::.::::::::.:::::::::::::.. :: ..:.:::.::. 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XP_005 IPEDQRRRLEEEERQKELEEIYMLPRMRNCAKQISFNGSEG---RRSRSRRYSGSDSDS- 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 pF1KE9 DSDDDKKPKRRGRPRSVRKDLVEGFTDAEIRRFIKAYKKFGLPLERLECIARDAELVDKS .. :.::.:::::.. .. ..::.:::::::::.::::: :::::. ::::::::::: XP_005 -ISEGKRPKKRGRPRTIPRENIKGFSDAEIRRFIKSYKKFGGPLERLDAIARDAELVDKS 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KE9 VADLKRLGELIHNSCVSAMQEYEEQLKENASEGKGPGKRRGPTIKISGVQVNVKSIIQHE .::.:::::.::.:..:... ... : :: .:::..:::::::.: .:.:: XP_005 ETDLRRLGELVHNGCIKALKDSSSGTERT---GGRLGKVKGPTFRISGVQVNAKLVISHE 1170 1180 1190 1200 1210 1230 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KE9 EEFEMLHKSIPVDPEEKKKYCLTCRVKAAHFDVEWGVEDDSRLLLGIYEHGYGNWELIKT ::. :::::: ::::.:.: . :..::::::..:: :::: ::.::::.:::.::.:: XP_005 EELIPLHKSIPSDPEERKQYTIPCHTKAAHFDIDWGKEDDSNLLIGIYEYGYGSWEMIKM 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1290 1300 1310 1320 1330 1340 pF1KE9 DPELKLTDKILPVETDKKPQGKQLQTRADYLLKLLRKGLEKKGAVTGGEEAKLKKRKPRV ::.:.:: :::: . :::::.::::::::::.::: . : :: :..:. .: .: . . XP_005 DPDLSLTHKILPDDPDKKPQAKQLQTRADYLIKLLSRDLAKKEALSGAGSSKRRKARAKK 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1350 1360 1370 1380 pF1KE9 KKENKVPRLKEE-----------------HGIELSSPRH------SDNPSEEGEVKDDGL .: : ..::: :.:: .: .. ::: : . XP_005 NKAMKSIKVKEEIKSDSSPLPSEKSDEDDDKDEISSVKHPNKKIKTERDSEEKPEPDVYI 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1390 1400 1410 1420 pF1KE9 EKSPMKKKQ-KKKENKENKEKQMSSRKDKEGDKER--------------KKSKDKKEKP- .: : .:.. :.::::.. ..... ..::. ::. .: :: ::. XP_005 KKEPEEKREAKEKENKKELKREIKEKEDKKDIKEKDFKEKRENKVKEAIQKEKDIKEEKL 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1430 1440 1450 1460 1470 1480 pF1KE9 ---KSGDAKSSSKSKRSQGPVHITAGSEPVPIGEDEDDDLDQETFSICKERMRPVKKALK :: . :.::. :..::::::..:::::.: :...:::.::::::::::::: ::: XP_005 SESKSDGRERSKKSSVSDAPVHITASGEPVPISE-ESEELDQKTFSICKERMRPVKAALK 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1490 1500 1510 1520 1530 1540 pF1KE9 QLDKPDKGLNVQEQLEHTRNCLLKIGDRIAECLKAYSDQEHIKLWRRNLWIFVSKFTEFD :::.:.:::. .:::::::.::.::::.:.:::: :.. :.:: ::.::::::::::::: XP_005 QLDRPEKGLSEREQLEHTRQCLIKIGDHITECLKEYTNPEQIKQWRKNLWIFVSKFTEFD 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1550 1560 1570 1580 1590 1600 pF1KE9 ARKLHKLYKMAHKKRSQEEEEQKKKDDVTGGKKPFRPEASGSSRDSLISQSHTSHNLHPQ ::::::::: : ::: .:.....: ... .: . : . .:.:. . XP_005 ARKLHKLYKHAIKKR----QESQQNSDQNSNLNPHVIRNPDVER----LKENTNHDDSSR 1580 1590 1600 1610 1620 1610 1620 1630 1640 1650 1660 pF1KE9 KPHLPASHGPQMHGHPRDNYNHPNKRHFSNADRGDWQRERKFN-YGGGNNNPPWGSDRHH . : :.: : .: :: ... . . .:.: .. ...:... : :. XP_005 DSYSSDRHLTQYHDHHKD-------RHQGDSYKKSDSRKRPYSSFSNGKDHRDWD---HY 1630 1640 1650 1660 1670 1670 1680 1690 1700 1710 1720 pF1KE9 QYEQHWYKDHHYGDRRHMDAHRSGSYRPNNMSRKRPYDQYSSDRDHRGHRDYYDRHHHDS . ....:.:.. .:..: ::: ..: : . .::.: ::.. :.. : : XP_005 KQDSRYYSDRE--KHRKLDDHRSRDHRSN-------LEGSLKDRSHSDHRSHSDHRLH-S 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 pF1KE9 KRRRSDEFRPQNYHQQDFRRMSDHRPAMGYHGQGPSDHYRSFHTDKLGEYKQPLPPLHPA .: :.:. :... : :.: ::.. :: : XP_005 DHRSSSEYT----HHKSSR---DYR----YHSDWQMDHRAS------------------- 1730 1740 1750 1790 1800 1810 1820 pF1KE9 VSDPRSPPSQKSPHDSKSPLDHRSPLERSLEQKNNPDYNWNVRKT : :::: .:.::. :.::..: :.:.:..:...:. ::: XP_005 SSGPRSPLDQRSPYGSRSPFEH------SVEHKSTPEHTWSSRKT 1760 1770 1780 1790 >>XP_005271924 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomain-he (1710 aa) initn: 5064 init1: 3063 opt: 4987 Z-score: 2819.3 bits: 534.8 E(85289): 2.7e-150 Smith-Waterman score: 6559; 57.3% identity (78.3% similar) in 1844 aa overlap (20-1828:2-1710) 10 20 30 40 50 pF1KE9 MMRNKDKSQEEDSSLHSNASSHSASEEASGSDSG--SQSESEQGSDPGSGHGSESNSSSE ..:: .::. ..:: :::....:: ::: :: :.:::. XP_005 MNGHS-DEESVRNSSGESSQSDDDSGSASGSGSGSSSGSSSD 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 SSESQS-ESESES---AGSKSQPVLPEAKEKPASKKERIADVKKMWEEYPDVYGVRRS-- .: ::: :.:.: .::.:. ..:. .. : .: ..:. :.. .:.:: XP_005 GSSSQSGSSDSDSGSESGSQSESESDTSRENKVQAKPPKVDGAEFWKSSPSILAVQRSAI 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 pF1KE9 ---------NRSRQEPSRFNIKEEASSGSESGSPKRRGQRQLKKQEKWKQEPSEDEQEQG ....: : . .:..::. .: . . . .:. .:.: :.. : . ...: XP_005 LKKQQQQQQQQQHQASSNSGSEEDSSSSEDSDDSSSEVKRKKHKDEDWQMSGSGSPSQSG 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 pF1KE9 TSAESEPEQKKVKARRPV----PRRTVP--KPRVKKQPKTQR---GKRKKQ-DSSDEDDD ...::: :..: . . :. : ::. ... :. . :..:.: :::.:::: XP_005 SDSESEEEREKSSCDETESDYEPKNKVKSRKPQNRSKSKNGKKILGQKKRQIDSSEEDDD 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KE9 --DDEAPKRQTRRRAAKNVSYKEDDDFETDSDDLIEMTGEGVDE-QQDNSETIEKVLDSR : . ::..::.:. :::::::....::::::.:. :: : . .... ::::. .: : XP_005 EEDYDNDKRSSRRQATVNVSYKEDEEMKTDSDDLLEVCGEDVPQPEEEEFETIERFMDCR 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KE9 LGKKGATGASTTVYAIEANGDPSGDFDTEKDEGEIQYLIKWKGWSYIHSTWESEESLQQQ .:.::::::.::.::.::.:::.. :. .:. :::::::::::::.::.:::.::.:.:: XP_005 IGRKGATGATTTIYAVEADGDPNAGFEKNKEPGEIQYLIKWKGWSHIHNTWETEETLKQQ 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 390 pF1KE9 KVKGLKKLENFKKKEDEIKQWLGKVSPEDVEYFNCQQELASELNKQYQIVERVIAVKTSK .:.:.:::.:.:::..: :.:: ..:::::::.::::::...:.::::::::.:: XP_005 NVRGMKKLDNYKKKDQETKRWLKNASPEDVEYYNCQQELTDDLHKQYQIVERIIA----- 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KE9 STLGQTDFPAHSRKPAPSNEPEYLCKWMGLPYSECSWEDEALIGKKFQNCIDSFHSRNNS :: . . .. :.: :::.::::::::::: :::.:::: ::: . :::.: XP_005 ----------HSNQKSAAGYPDYYCKWQGLPYSECSWEDGALISKKFQACIDEYFSRNQS 400 410 420 430 440 460 470 480 490 500 pF1KE9 KTIPTRECKALKQRPRFVALKKQPAYLGG-ENLELRDYQLEGLNWLAHSWCKNNSVILAD :: : ..::.::::::::::::::.:.:: :.::::::::.:::::::::::.:: :::: XP_005 KTTPFKDCKVLKQRPRFVALKKQPSYIGGHEGLELRDYQLNGLNWLAHSWCKGNSCILAD 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 pF1KE9 EMGLGKTIQTISFLSYLFHQHQLYGPFLIVVPLSTLTSWQREFEIWAPEINVVVYIGDLM ::::::::::::::.::::.::::::::.:::::::::::::.. :: ..:.:::.::. 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XP_005 IPEDQRRRLEEEERQKELEEIYMLPRMRNCAKQISFNGSEG---RRSRSRRYSGSDSDS- 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 pF1KE9 DSDDDKKPKRRGRPRSVRKDLVEGFTDAEIRRFIKAYKKFGLPLERLECIARDAELVDKS .. :.::.:::::.. .. ..::.:::::::::.::::: :::::. ::::::::::: XP_005 -ISEGKRPKKRGRPRTIPRENIKGFSDAEIRRFIKSYKKFGGPLERLDAIARDAELVDKS 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KE9 VADLKRLGELIHNSCVSAMQEYEEQLKENASEGKGPGKRRGPTIKISGVQVNVKSIIQHE .::.:::::.::.:..:... ... : :: .:::..:::::::.: .:.:: XP_005 ETDLRRLGELVHNGCIKALKDSSSGTERT---GGRLGKVKGPTFRISGVQVNAKLVISHE 1170 1180 1190 1200 1210 1230 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KE9 EEFEMLHKSIPVDPEEKKKYCLTCRVKAAHFDVEWGVEDDSRLLLGIYEHGYGNWELIKT ::. :::::: ::::.:.: . :..::::::..:: :::: ::.::::.:::.::.:: XP_005 EELIPLHKSIPSDPEERKQYTIPCHTKAAHFDIDWGKEDDSNLLIGIYEYGYGSWEMIKM 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1290 1300 1310 1320 1330 1340 pF1KE9 DPELKLTDKILPVETDKKPQGKQLQTRADYLLKLLRKGLEKKGAVTGGEEAKLKKRKPRV ::.:.:: :::: . :::::.::::::::::.::: . : :: :..:. .: .:: :. 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XP_005 KQWRKNLWIFVSKFTEFDARKLHKLYKHAIKKR----QESQQNSDQNSNLNPHVIRNPDV 1480 1490 1500 1510 1520 1590 1600 1610 1620 1630 1640 pF1KE9 SRDSLISQSHTSHNLHPQKPHLPASHGPQMHGHPRDNYNHPNKRHFSNADRGDWQRERKF : . .:.:. . . : :.: : .: :: ... . . .:.: . XP_005 ER----LKENTNHDDSSRDSYSSDRHLTQYHDHHKD-------RHQGDSYKKSDSRKRPY 1530 1540 1550 1560 1570 1650 1660 1670 1680 1690 1700 pF1KE9 N-YGGGNNNPPWGSDRHHQYEQHWYKDHHYGDRRHMDAHRSGSYRPNNMSRKRPYDQYSS . ...:... : :.. ....:.:.. .:..: ::: ..: : . . XP_005 SSFSNGKDHRDWD---HYKQDSRYYSDRE--KHRKLDDHRSRDHRSN-------LEGSLK 1580 1590 1600 1610 1620 1710 1720 1730 1740 1750 1760 pF1KE9 DRDHRGHRDYYDRHHHDSKRRRSDEFRPQNYHQQDFRRMSDHRPAMGYHGQGPSDHYRSF ::.: ::.. :.. : : .: :.:. :... : :.: ::.. :: : XP_005 DRSHSDHRSHSDHRLH-SDHRSSSEYT----HHKSSR---DYR----YHSDWQMDHRAS- 1630 1640 1650 1660 1670 1770 1780 1790 1800 1810 1820 pF1KE9 HTDKLGEYKQPLPPLHPAVSDPRSPPSQKSPHDSKSPLDHRSPLERSLEQKNNPDYNWNV : :::: .:.::. :.::..: :.:.:..:...:. XP_005 ------------------SSGPRSPLDQRSPYGSRSPFEH------SVEHKSTPEHTWSS 1680 1690 1700 pF1KE9 RKT ::: XP_005 RKT 1710 >>NP_001261 (OMIM: 602118) chromodomain-helicase-DNA-bin (1710 aa) initn: 5064 init1: 3063 opt: 4987 Z-score: 2819.3 bits: 534.8 E(85289): 2.7e-150 Smith-Waterman score: 6559; 57.3% identity (78.3% similar) in 1844 aa overlap (20-1828:2-1710) 10 20 30 40 50 pF1KE9 MMRNKDKSQEEDSSLHSNASSHSASEEASGSDSG--SQSESEQGSDPGSGHGSESNSSSE ..:: .::. ..:: :::....:: ::: :: :.:::. NP_001 MNGHS-DEESVRNSSGESSQSDDDSGSASGSGSGSSSGSSSD 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 SSESQS-ESESES---AGSKSQPVLPEAKEKPASKKERIADVKKMWEEYPDVYGVRRS-- .: ::: :.:.: .::.:. ..:. .. : .: ..:. :.. .:.:: NP_001 GSSSQSGSSDSDSGSESGSQSESESDTSRENKVQAKPPKVDGAEFWKSSPSILAVQRSAI 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 pF1KE9 ---------NRSRQEPSRFNIKEEASSGSESGSPKRRGQRQLKKQEKWKQEPSEDEQEQG ....: : . .:..::. .: . . . .:. .:.: :.. : . ...: NP_001 LKKQQQQQQQQQHQASSNSGSEEDSSSSEDSDDSSSEVKRKKHKDEDWQMSGSGSPSQSG 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 pF1KE9 TSAESEPEQKKVKARRPV----PRRTVP--KPRVKKQPKTQR---GKRKKQ-DSSDEDDD ...::: :..: . . :. : ::. ... :. . :..:.: :::.:::: NP_001 SDSESEEEREKSSCDETESDYEPKNKVKSRKPQNRSKSKNGKKILGQKKRQIDSSEEDDD 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KE9 --DDEAPKRQTRRRAAKNVSYKEDDDFETDSDDLIEMTGEGVDE-QQDNSETIEKVLDSR : . ::..::.:. :::::::....::::::.:. :: : . .... ::::. .: : NP_001 EEDYDNDKRSSRRQATVNVSYKEDEEMKTDSDDLLEVCGEDVPQPEEEEFETIERFMDCR 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KE9 LGKKGATGASTTVYAIEANGDPSGDFDTEKDEGEIQYLIKWKGWSYIHSTWESEESLQQQ .:.::::::.::.::.::.:::.. :. .:. :::::::::::::.::.:::.::.:.:: NP_001 IGRKGATGATTTIYAVEADGDPNAGFEKNKEPGEIQYLIKWKGWSHIHNTWETEETLKQQ 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 390 pF1KE9 KVKGLKKLENFKKKEDEIKQWLGKVSPEDVEYFNCQQELASELNKQYQIVERVIAVKTSK .:.:.:::.:.:::..: :.:: ..:::::::.::::::...:.::::::::.:: NP_001 NVRGMKKLDNYKKKDQETKRWLKNASPEDVEYYNCQQELTDDLHKQYQIVERIIA----- 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KE9 STLGQTDFPAHSRKPAPSNEPEYLCKWMGLPYSECSWEDEALIGKKFQNCIDSFHSRNNS :: . . .. :.: :::.::::::::::: :::.:::: ::: . :::.: NP_001 ----------HSNQKSAAGYPDYYCKWQGLPYSECSWEDGALISKKFQACIDEYFSRNQS 400 410 420 430 440 460 470 480 490 500 pF1KE9 KTIPTRECKALKQRPRFVALKKQPAYLGG-ENLELRDYQLEGLNWLAHSWCKNNSVILAD :: : ..::.::::::::::::::.:.:: :.::::::::.:::::::::::.:: :::: NP_001 KTTPFKDCKVLKQRPRFVALKKQPSYIGGHEGLELRDYQLNGLNWLAHSWCKGNSCILAD 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 pF1KE9 EMGLGKTIQTISFLSYLFHQHQLYGPFLIVVPLSTLTSWQREFEIWAPEINVVVYIGDLM ::::::::::::::.::::.::::::::.:::::::::::::.. :: ..:.:::.::. 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NP_001 IPEDQRRRLEEEERQKELEEIYMLPRMRNCAKQISFNGSEG---RRSRSRRYSGSDSDS- 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 pF1KE9 DSDDDKKPKRRGRPRSVRKDLVEGFTDAEIRRFIKAYKKFGLPLERLECIARDAELVDKS .. :.::.:::::.. .. ..::.:::::::::.::::: :::::. ::::::::::: NP_001 -ISEGKRPKKRGRPRTIPRENIKGFSDAEIRRFIKSYKKFGGPLERLDAIARDAELVDKS 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KE9 VADLKRLGELIHNSCVSAMQEYEEQLKENASEGKGPGKRRGPTIKISGVQVNVKSIIQHE .::.:::::.::.:..:... ... : :: .:::..:::::::.: .:.:: NP_001 ETDLRRLGELVHNGCIKALKDSSSGTERT---GGRLGKVKGPTFRISGVQVNAKLVISHE 1170 1180 1190 1200 1210 1230 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KE9 EEFEMLHKSIPVDPEEKKKYCLTCRVKAAHFDVEWGVEDDSRLLLGIYEHGYGNWELIKT ::. :::::: ::::.:.: . :..::::::..:: :::: ::.::::.:::.::.:: NP_001 EELIPLHKSIPSDPEERKQYTIPCHTKAAHFDIDWGKEDDSNLLIGIYEYGYGSWEMIKM 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1290 1300 1310 1320 1330 1340 pF1KE9 DPELKLTDKILPVETDKKPQGKQLQTRADYLLKLLRKGLEKKGAVTGGEEAKLKKRKPRV ::.:.:: :::: . :::::.::::::::::.::: . : :: :..:. .: .:: :. NP_001 DPDLSLTHKILPDDPDKKPQAKQLQTRADYLIKLLSRDLAKKEALSGAGSSK--RRKARA 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1350 1360 1370 1380 1390 1400 pF1KE9 KKENKVPRLKEEHGIELSSPRHSDNPSEEGEVKDDGLEKSPMKKKQKKKENKENKEKQMS ::.. . .: .. :.:.:. ::. : NP_001 KKNKAMKSIKVKE-----------------EIKSDS---SPLP----------------S 1340 1350 1360 1410 1420 1430 1440 1450 1460 pF1KE9 SRKDKEGDKERKKSKDKKEKPKSGDAKSSSKSKRSQGPVHITAGSEPVPIGEDEDDDLDQ ..:.. :: ....: .:. : ::. :..::::::..:::::.: :...::: NP_001 EKSDEDDDKLSESKSDGRERSK--------KSSVSDAPVHITASGEPVPISE-ESEELDQ 1370 1380 1390 1400 1410 1470 1480 1490 1500 1510 1520 pF1KE9 ETFSICKERMRPVKKALKQLDKPDKGLNVQEQLEHTRNCLLKIGDRIAECLKAYSDQEHI .::::::::::::: ::::::.:.:::. .:::::::.::.::::.:.:::: :.. :.: NP_001 KTFSICKERMRPVKAALKQLDRPEKGLSEREQLEHTRQCLIKIGDHITECLKEYTNPEQI 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1530 1540 1550 1560 1570 1580 pF1KE9 KLWRRNLWIFVSKFTEFDARKLHKLYKMAHKKRSQEEEEQKKKDDVTGGKKPFRPEASGS : ::.:::::::::::::::::::::: : ::: .:.....: ... .: . NP_001 KQWRKNLWIFVSKFTEFDARKLHKLYKHAIKKR----QESQQNSDQNSNLNPHVIRNPDV 1480 1490 1500 1510 1520 1590 1600 1610 1620 1630 1640 pF1KE9 SRDSLISQSHTSHNLHPQKPHLPASHGPQMHGHPRDNYNHPNKRHFSNADRGDWQRERKF : . .:.:. . . : :.: : .: :: ... . . .:.: . NP_001 ER----LKENTNHDDSSRDSYSSDRHLTQYHDHHKD-------RHQGDSYKKSDSRKRPY 1530 1540 1550 1560 1570 1650 1660 1670 1680 1690 1700 pF1KE9 N-YGGGNNNPPWGSDRHHQYEQHWYKDHHYGDRRHMDAHRSGSYRPNNMSRKRPYDQYSS . ...:... : :.. ....:.:.. .:..: ::: ..: : . . NP_001 SSFSNGKDHRDWD---HYKQDSRYYSDRE--KHRKLDDHRSRDHRSN-------LEGSLK 1580 1590 1600 1610 1620 1710 1720 1730 1740 1750 1760 pF1KE9 DRDHRGHRDYYDRHHHDSKRRRSDEFRPQNYHQQDFRRMSDHRPAMGYHGQGPSDHYRSF ::.: ::.. :.. : : .: :.:. :... : :.: ::.. :: : NP_001 DRSHSDHRSHSDHRLH-SDHRSSSEYT----HHKSSR---DYR----YHSDWQMDHRAS- 1630 1640 1650 1660 1670 1770 1780 1790 1800 1810 1820 pF1KE9 HTDKLGEYKQPLPPLHPAVSDPRSPPSQKSPHDSKSPLDHRSPLERSLEQKNNPDYNWNV : :::: .:.::. :.::..: :.:.:..:...:. NP_001 ------------------SSGPRSPLDQRSPYGSRSPFEH------SVEHKSTPEHTWSS 1680 1690 1700 pF1KE9 RKT ::: NP_001 RKT 1710 >>XP_011541414 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomain-he (1552 aa) initn: 5081 init1: 3063 opt: 4952 Z-score: 2800.1 bits: 531.1 E(85289): 3.1e-149 Smith-Waterman score: 6336; 61.9% identity (82.0% similar) in 1605 aa overlap (20-1590:2-1534) 10 20 30 40 50 pF1KE9 MMRNKDKSQEEDSSLHSNASSHSASEEASGSDSG--SQSESEQGSDPGSGHGSESNSSSE ..:: .::. ..:: :::....:: ::: :: :.:::. XP_011 MNGHS-DEESVRNSSGESSQSDDDSGSASGSGSGSSSGSSSD 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 SSESQS-ESESES---AGSKSQPVLPEAKEKPASKKERIADVKKMWEEYPDVYGVRRS-- .: ::: :.:.: .::.:. ..:. .. : .: ..:. :.. .:.:: XP_011 GSSSQSGSSDSDSGSESGSQSESESDTSRENKVQAKPPKVDGAEFWKSSPSILAVQRSAI 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 pF1KE9 ---------NRSRQEPSRFNIKEEASSGSESGSPKRRGQRQLKKQEKWKQEPSEDEQEQG ....: : . .:..::. .: . . . .:. .:.: :.. : . ...: XP_011 LKKQQQQQQQQQHQASSNSGSEEDSSSSEDSDDSSSEVKRKKHKDEDWQMSGSGSPSQSG 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 pF1KE9 TSAESEPEQKKVKARRPV----PRRTVP--KPRVKKQPKTQR---GKRKKQ-DSSDEDDD ...::: :..: . . :. : ::. ... :. . :..:.: :::.:::: XP_011 SDSESEEEREKSSCDETESDYEPKNKVKSRKPQNRSKSKNGKKILGQKKRQIDSSEEDDD 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KE9 --DDEAPKRQTRRRAAKNVSYKEDDDFETDSDDLIEMTGEGVDE-QQDNSETIEKVLDSR : . ::..::.:. :::::::....::::::.:. :: : . .... ::::. .: : XP_011 EEDYDNDKRSSRRQATVNVSYKEDEEMKTDSDDLLEVCGEDVPQPEEEEFETIERFMDCR 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KE9 LGKKGATGASTTVYAIEANGDPSGDFDTEKDEGEIQYLIKWKGWSYIHSTWESEESLQQQ .:.::::::.::.::.::.:::.. :. .:. :::::::::::::.::.:::.::.:.:: XP_011 IGRKGATGATTTIYAVEADGDPNAGFEKNKEPGEIQYLIKWKGWSHIHNTWETEETLKQQ 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 390 pF1KE9 KVKGLKKLENFKKKEDEIKQWLGKVSPEDVEYFNCQQELASELNKQYQIVERVIAVKTSK .:.:.:::.:.:::..: :.:: ..:::::::.::::::...:.::::::::.:: XP_011 NVRGMKKLDNYKKKDQETKRWLKNASPEDVEYYNCQQELTDDLHKQYQIVERIIA----- 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KE9 STLGQTDFPAHSRKPAPSNEPEYLCKWMGLPYSECSWEDEALIGKKFQNCIDSFHSRNNS :: . . .. :.: :::.::::::::::: :::.:::: ::: . :::.: XP_011 ----------HSNQKSAAGYPDYYCKWQGLPYSECSWEDGALISKKFQACIDEYFSRNQS 400 410 420 430 440 460 470 480 490 500 pF1KE9 KTIPTRECKALKQRPRFVALKKQPAYLGG-ENLELRDYQLEGLNWLAHSWCKNNSVILAD :: : ..::.::::::::::::::.:.:: :.::::::::.:::::::::::.:: :::: XP_011 KTTPFKDCKVLKQRPRFVALKKQPSYIGGHEGLELRDYQLNGLNWLAHSWCKGNSCILAD 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 pF1KE9 EMGLGKTIQTISFLSYLFHQHQLYGPFLIVVPLSTLTSWQREFEIWAPEINVVVYIGDLM ::::::::::::::.::::.::::::::.:::::::::::::.. :: ..:.:::.::. XP_011 EMGLGKTIQTISFLNYLFHEHQLYGPFLLVVPLSTLTSWQREIQTWASQMNAVVYLGDIN 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 pF1KE9 SRNTIREYEWIHSQTKRLKFNALITTYEILLKDKTVLGSINWAFLGVDEAHRLKNDDSLL ::: :: .:: : :::::::: :.::::::::::. ::..::::.::::::::::::::: XP_011 SRNMIRTHEWTHHQTKRLKFNILLTTYEILLKDKAFLGGLNWAFIGVDEAHRLKNDDSLL 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 pF1KE9 YKTLIDFKSNHRLLITGTPLQNSLKELWSLLHFIMPEKFEFWEDFEEDHGKGRENGYQSL ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::.:::::: :: :: XP_011 YKTLIDFKSNHRLLITGTPLQNSLKELWSLLHFIMPEKFSSWEDFEEEHGKGREYGYASL 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 pF1KE9 HKVLEPFLLRRVKKDVEKSLPAKVEQILRVEMSALQKQYYKWILTRNYKALAKGTRGSTS :: ::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::.::..:::: XP_011 HKELEPFLLRRVKKDVEKSLPAKVEQILRMEMSALQKQYYKWILTRNYKALSKGSKGSTS 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 pF1KE9 GFLNIVMELKKCCNHCYLIKPPEENERENGQEILLSLIRSSGKLILLDKLLTRLRERGNR :::::.::::::::::::::::..:: : :: : ::::::::::::::: :::::::: XP_011 GFLNIMMELKKCCNHCYLIKPPDNNEFYNKQEALQHLIRSSGKLILLDKLLIRLRERGNR 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 pF1KE9 VLIFSQMVRMLDILAEYLTIKHYPFQRLDGSIKGEIRKQALDHFNADGSEDFCFLLSTRA :::::::::::::::::: ...::::::::::::.::::::::::.::::::::::::: XP_011 VLIFSQMVRMLDILAEYLKYRQFPFQRLDGSIKGELRKQALDHFNAEGSEDFCFLLSTRA 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 pF1KE9 GGLGINLASADTVVIFDSDWNPQNDLQAQARAHRIGQKKQVNIYRLVTKGTVEEEIIERA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.:.::: XP_011 GGLGINLASADTVVIFDSDWNPQNDLQAQARAHRIGQKKQVNIYRLVTKGSVEEDILERA 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 pF1KE9 KKKMVLDHLVIQRMDTTGRTILENNSGRSNSNPFNKEELTAILKFGAEDLFKELEGEESE ::::::::::::::::::.:.:...:. :.:.:::::::.::::::::.:::: ::::.: XP_011 KKKMVLDHLVIQRMDTTGKTVLHTGSAPSSSTPFNKEELSAILKFGAEELFKEPEGEEQE 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 pF1KE9 PQEMDIDEILRLAETRENEVST-SATDELLSQFKVANFATM-EDEEELE-ERPHKDWDEI ::::::::::. :::.::: . .. ::::::::::::..: ::. ::: :: :.:.:: XP_011 PQEMDIDEILKRAETHENEPGPLTVGDELLSQFKVANFSNMDEDDIELEPERNSKNWEEI 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 pF1KE9 IPEEQRKKVEEEERQKELEEIYMLPRIRSSTKKAQTNDSDSDTESKRQAQRSSASESETE :::.::...:::::::::::::::::.:. .:. . : :.. . ...: :.:.:.. XP_011 IPEDQRRRLEEEERQKELEEIYMLPRMRNCAKQISFNGSEG---RRSRSRRYSGSDSDS- 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 pF1KE9 DSDDDKKPKRRGRPRSVRKDLVEGFTDAEIRRFIKAYKKFGLPLERLECIARDAELVDKS .. :.::.:::::.. .. ..::.:::::::::.::::: :::::. ::::::::::: XP_011 -ISEGKRPKKRGRPRTIPRENIKGFSDAEIRRFIKSYKKFGGPLERLDAIARDAELVDKS 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KE9 VADLKRLGELIHNSCVSAMQEYEEQLKENASEGKGPGKRRGPTIKISGVQVNVKSIIQHE .::.:::::.::.:..:... ... : :: .:::..:::::::.: .:.:: XP_011 ETDLRRLGELVHNGCIKALKDSSSGTERT---GGRLGKVKGPTFRISGVQVNAKLVISHE 1170 1180 1190 1200 1210 1230 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KE9 EEFEMLHKSIPVDPEEKKKYCLTCRVKAAHFDVEWGVEDDSRLLLGIYEHGYGNWELIKT ::. :::::: ::::.:.: . :..::::::..:: :::: ::.::::.:::.::.:: XP_011 EELIPLHKSIPSDPEERKQYTIPCHTKAAHFDIDWGKEDDSNLLIGIYEYGYGSWEMIKM 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1290 1300 1310 1320 1330 1340 pF1KE9 DPELKLTDKILPVETDKKPQGKQLQTRADYLLKLLRKGLEKKGAVTGGEEAKLKKRKPRV ::.:.:: :::: . :::::.::::::::::.::: . : :: :..:. .: .:: :. XP_011 DPDLSLTHKILPDDPDKKPQAKQLQTRADYLIKLLSRDLAKKEALSGAGSSK--RRKARA 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1350 1360 1370 1380 1390 1400 pF1KE9 KKENKVPRLKEEHGIELSSPRHSDNPSEEGEVKDDGLEKSPMKKKQKKKENKENKEKQMS ::.. . .: .. :.:.: .::. : XP_011 KKNKAMKSIKVKE-----------------EIKSD---SSPLP----------------S 1340 1350 1360 1410 1420 1430 1440 1450 1460 pF1KE9 SRKDKEGDKERKKSKDKKEKPKSGDAKSSSKSKRSQGPVHITAGSEPVPIGEDEDDDLDQ ..:.. :: ....: .:. : ::. :..::::::..:::::.: :...::: XP_011 EKSDEDDDKLSESKSDGRERSK--------KSSVSDAPVHITASGEPVPISE-ESEELDQ 1370 1380 1390 1400 1410 1470 1480 1490 1500 1510 1520 pF1KE9 ETFSICKERMRPVKKALKQLDKPDKGLNVQEQLEHTRNCLLKIGDRIAECLKAYSDQEHI .::::::::::::: ::::::.:.:::. .:::::::.::.::::.:.:::: :.. :.: XP_011 KTFSICKERMRPVKAALKQLDRPEKGLSEREQLEHTRQCLIKIGDHITECLKEYTNPEQI 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1530 1540 1550 1560 1570 1580 pF1KE9 KLWRRNLWIFVSKFTEFDARKLHKLYKMAHKKRSQEEEEQKKKDDVTGGKKPFRPEASGS : ::.:::::::::::::::::::::: : ::: :: .... ... . . :. . . XP_011 KQWRKNLWIFVSKFTEFDARKLHKLYKHAIKKR-QESQQNSDQNSNLNPHVIRNPDITVT 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1590 1600 1610 1620 1630 1640 pF1KE9 SRDSLISQSHTSHNLHPQKPHLPASHGPQMHGHPRDNYNHPNKRHFSNADRGDWQRERKF :.. XP_011 ERNTENWMITGVEITGQIWKEV 1540 1550 >>NP_001036037 (OMIM: 602119,615369) chromodomain-helica (501 aa) initn: 3351 init1: 3351 opt: 3351 Z-score: 1905.9 bits: 364.0 E(85289): 2e-99 Smith-Waterman score: 3351; 100.0% identity (100.0% similar) in 501 aa overlap (1-501:1-501) 10 20 30 40 50 60 pF1KE9 MMRNKDKSQEEDSSLHSNASSHSASEEASGSDSGSQSESEQGSDPGSGHGSESNSSSESS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MMRNKDKSQEEDSSLHSNASSHSASEEASGSDSGSQSESEQGSDPGSGHGSESNSSSESS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE9 ESQSESESESAGSKSQPVLPEAKEKPASKKERIADVKKMWEEYPDVYGVRRSNRSRQEPS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 ESQSESESESAGSKSQPVLPEAKEKPASKKERIADVKKMWEEYPDVYGVRRSNRSRQEPS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE9 RFNIKEEASSGSESGSPKRRGQRQLKKQEKWKQEPSEDEQEQGTSAESEPEQKKVKARRP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 RFNIKEEASSGSESGSPKRRGQRQLKKQEKWKQEPSEDEQEQGTSAESEPEQKKVKARRP 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE9 VPRRTVPKPRVKKQPKTQRGKRKKQDSSDEDDDDDEAPKRQTRRRAAKNVSYKEDDDFET :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 VPRRTVPKPRVKKQPKTQRGKRKKQDSSDEDDDDDEAPKRQTRRRAAKNVSYKEDDDFET 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE9 DSDDLIEMTGEGVDEQQDNSETIEKVLDSRLGKKGATGASTTVYAIEANGDPSGDFDTEK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 DSDDLIEMTGEGVDEQQDNSETIEKVLDSRLGKKGATGASTTVYAIEANGDPSGDFDTEK 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE9 DEGEIQYLIKWKGWSYIHSTWESEESLQQQKVKGLKKLENFKKKEDEIKQWLGKVSPEDV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 DEGEIQYLIKWKGWSYIHSTWESEESLQQQKVKGLKKLENFKKKEDEIKQWLGKVSPEDV 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE9 EYFNCQQELASELNKQYQIVERVIAVKTSKSTLGQTDFPAHSRKPAPSNEPEYLCKWMGL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 EYFNCQQELASELNKQYQIVERVIAVKTSKSTLGQTDFPAHSRKPAPSNEPEYLCKWMGL 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE9 PYSECSWEDEALIGKKFQNCIDSFHSRNNSKTIPTRECKALKQRPRFVALKKQPAYLGGE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PYSECSWEDEALIGKKFQNCIDSFHSRNNSKTIPTRECKALKQRPRFVALKKQPAYLGGE 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE9 NLELRDYQLEGLNWLAHSWCKNNSVILADEMGLGKTIQTISFLSYLFHQHQLYGPFLIVV ::::::::::::::::::::: NP_001 NLELRDYQLEGLNWLAHSWCK 490 500 >>XP_016864480 (OMIM: 602118) PREDICTED: chromodomain-he (869 aa) initn: 1852 init1: 655 opt: 1839 Z-score: 1051.6 bits: 206.8 E(85289): 7.8e-52 Smith-Waterman score: 2573; 47.6% identity (71.3% similar) in 942 aa overlap (933-1828:1-869) 910 920 930 940 950 960 pF1KE9 RIGQKKQVNIYRLVTKGTVEEEIIERAKKKMVLDHLVIQRMDTTGRTILENNSGRSNSNP :::::::::::::::.:.:...:. :.:.: XP_016 MVLDHLVIQRMDTTGKTVLHTGSAPSSSTP 10 20 30 970 980 990 1000 1010 1020 pF1KE9 FNKEELTAILKFGAEDLFKELEGEESEPQEMDIDEILRLAETRENEVST-SATDELLSQF ::::::.::::::::.:::: ::::.:::::::::::. :::.::: . .. ::::::: XP_016 FNKEELSAILKFGAEELFKEPEGEEQEPQEMDIDEILKRAETHENEPGPLTVGDELLSQF 40 50 60 70 80 90 1030 1040 1050 1060 1070 pF1KE9 KVANFATM-EDEEELE-ERPHKDWDEIIPEEQRKKVEEEERQKELEEIYMLPRIRSSTKK :::::..: ::. ::: :: :.:.:::::.::...:::::::::::::::::.:. .:. 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