FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1753, 260 aa 1>>>pF1KE1753 260 - 260 aa - 260 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4134+/-0.000774; mu= 13.9573+/- 0.046 mean_var=66.3212+/-13.325, 0's: 0 Z-trim(107.9): 27 B-trim: 9 in 1/50 Lambda= 0.157488 statistics sampled from 9847 (9871) to 9847 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.303), width: 16 Scan time: 2.090 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS6239.1 CA2 gene_id:760|Hs108|chr8 ( 260) 1803 418.2 2.7e-117 CCDS6236.1 CA13 gene_id:377677|Hs108|chr8 ( 262) 1104 259.4 1.8e-69 CCDS6238.1 CA3 gene_id:761|Hs108|chr8 ( 260) 1099 258.3 3.9e-69 CCDS6237.1 CA1 gene_id:759|Hs108|chr8 ( 261) 1073 252.4 2.3e-67 CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 264) 1058 249.0 2.5e-66 CCDS14171.1 CA5B gene_id:11238|Hs108|chrX ( 317) 941 222.4 2.9e-58 CCDS10965.1 CA5A gene_id:763|Hs108|chr16 ( 305) 889 210.6 1e-54 CCDS42173.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 ( 208) 823 195.5 2.4e-50 CCDS6174.1 CA8 gene_id:767|Hs108|chr8 ( 290) 696 166.7 1.6e-41 CCDS947.1 CA14 gene_id:23632|Hs108|chr1 ( 337) 559 135.7 4.2e-32 CCDS10186.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 343) 544 132.2 4.5e-31 CCDS10185.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 354) 544 132.3 4.6e-31 CCDS30578.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 308) 530 129.0 3.7e-30 CCDS57970.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 313) 530 129.0 3.8e-30 CCDS6585.1 CA9 gene_id:768|Hs108|chr9 ( 459) 500 122.3 5.9e-28 CCDS32684.1 CA10 gene_id:56934|Hs108|chr17 ( 328) 498 121.8 6.1e-28 CCDS12729.1 CA11 gene_id:770|Hs108|chr19 ( 328) 487 119.3 3.4e-27 CCDS11624.1 CA4 gene_id:762|Hs108|chr17 ( 312) 451 111.1 9.5e-25 CCDS76767.1 CA12 gene_id:771|Hs108|chr15 ( 283) 420 104.0 1.2e-22 CCDS2895.1 PTPRG gene_id:5793|Hs108|chr3 (1445) 414 103.0 1.2e-21 CCDS56505.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (1448) 405 101.0 4.9e-21 CCDS34740.1 PTPRZ1 gene_id:5803|Hs108|chr7 (2315) 405 101.1 7.3e-21 CCDS57971.1 CA6 gene_id:765|Hs108|chr1 ( 248) 388 96.7 1.6e-20 >>CCDS6239.1 CA2 gene_id:760|Hs108|chr8 (260 aa) initn: 1803 init1: 1803 opt: 1803 Z-score: 2219.2 bits: 418.2 E(32554): 2.7e-117 Smith-Waterman score: 1803; 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CCDS62 SCLFPACRDYWTYQGSFTTPPCEECIVWLLLKEPMTVSSDQMAKLRSLLSSAENEPPVPL 190 200 210 220 230 240 250 260 pF1KE1 VDNWRPAQPLKNRQIKASFK :.:::: ::..:: ..:::: CCDS62 VSNWRPPQPINNRVVRASFK 250 260 >>CCDS6237.1 CA1 gene_id:759|Hs108|chr8 (261 aa) initn: 585 init1: 546 opt: 1073 Z-score: 1322.7 bits: 252.4 E(32554): 2.3e-67 Smith-Waterman score: 1073; 60.2% identity (82.6% similar) in 259 aa overlap (2-259:3-261) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRI : ::: .::::.: : .:::.:. :::::: : .:.: ::::.::::. ::. .: CCDS62 MASPDWGYDDKNGPEQWSKLYPIANGNNQSPVDIKTSETKHDTSLKPISVSYNPATAKEI 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 LNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELH .: ::.:.:.:.:.....::::::.. .:::.:::::::: . .::::::: ::.:::: CCDS62 INVGHSFHVNFEDNDNRSVLKGGPFSDSYRLFQFHFHWGSTNEHGSEHTVDGVKYSAELH 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 LVHWNT-KYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNF ..:::. ::.....:... :::::.:...::: :.: ::::.:.:..:::::: : :::: CCDS62 VAHWNSAKYSSLAEAASKADGLAVIGVLMKVGEANPKLQKVLDALQAIKTKGKRAPFTNF 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 DPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEE :: ::: :::.:::::::: ::: : ::::. :: :::::::. .::.: : ::. CCDS62 DPSTLLPSSLDFWTYPGSLTHPPLYESVTWIICKESISVSSEQLAQFRSLLSNVEGDNAV 190 200 210 220 230 240 240 250 260 pF1KE1 LMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK : : ::.::::.: ..::: CCDS62 PMQHNNRPTQPLKGRTVRASF 250 260 >>CCDS10821.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 (264 aa) initn: 1062 init1: 565 opt: 1058 Z-score: 1304.3 bits: 249.0 E(32554): 2.5e-66 Smith-Waterman score: 1058; 56.4% identity (81.1% similar) in 259 aa overlap (3-260:5-263) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLR : ::::. .:: :::: .:::.:.::::..: . : :.:::.:: .::. :: CCDS10 MTGHHGWGYGQDDGPSHWHKLYPIAQGDRQSPINIISSQAVYSPSLQPLELSYEACMSLS 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 ILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAEL : ::::. .:.:.::.:..:. ::::.: ::: :::::::. ::::::: :.. .:: CCDS10 ITNNGHSVQVDFNDSDDRTVVTGGPLEGPYRLKQFHFHWGKKHDVGSEHTVDGKSFPSEL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 HLVHWNTK-YGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTN ::::::.: :. ::.:.. ::::::.:.::..:. .:......:.: .. :: .:.:. CCDS10 HLVHWNAKKYSTFGEAASAPDGLAVVGVFLETGDEHPSMNRLTDALYMVRFKGTKAQFSC 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 FDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPE :.:. ::: : ::::::::::::: : ::::::.::: .: .:. :::.: :..: . . CCDS10 FNPKCLLPASRHYWTYPGSLTTPPLSESVTWIVLREPICISERQMGKFRSLLFTSEDDER 190 200 210 220 230 240 240 250 260 pF1KE1 ELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK ::.:.:: ::::.: .::::. CCDS10 IHMVNNFRPPQPLKGRVVKASFRA 250 260 >>CCDS14171.1 CA5B gene_id:11238|Hs108|chrX (317 aa) initn: 920 init1: 472 opt: 941 Z-score: 1159.4 bits: 222.4 E(32554): 2.9e-58 Smith-Waterman score: 941; 53.7% identity (76.7% similar) in 257 aa overlap (7-260:41-297) 10 20 30 pF1KE1 MSHHWGYGKHNGPEH--WHKDFPIAKGERQSPVDID : .: : :.. . :.::::..: CCDS14 LQASPGKLLWRKFQIPRFMPARPCSLYTCTYKTRNRALHPLWESVDLVPGGDRQSPINIR 20 30 40 50 60 70 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 THTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFH . . :::.::::..::: :: :.. :::..: :::.:: ::.:.:::::. .::: ::: CCDS14 WRDSVYDPGLKPLTISYDPATCLHVWNNGYSFLVEFEDSTDKSVIKGGPLEHNYRLKQFH 80 90 100 110 120 130 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 FHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNT-KYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAK ::::..:. :::::::.: . :::::::::. .. .: :. . .::::.:.:::.:. . CCDS14 FHWGAIDAWGSEHTVDSKCFPAELHLVHWNAVRFENFEDAALEENGLAVIGVFLKLGKHH 140 150 160 170 180 190 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 PGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKE :::.::.: ::: : ..: .::: :.: ::::: :::::::: : ::::. :. CCDS14 KELQKLVDTLPSIKHKDALVEFGSFDPSCLMPTCPDYWTYSGSLTTPPLSESVTWIIKKQ 200 210 220 230 240 250 220 230 240 250 260 pF1KE1 PISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK :. :. .:. .:: : :..::: :. ::::.:: ::: :: ...::. CCDS14 PVEVDHDQLEQFRTLLFTSEGEKEKRMVDNFRPLQPLMNRTVRSSFRHDYVLNVQAKPKP 260 270 280 290 300 310 CCDS14 ATSQATP >>CCDS10965.1 CA5A gene_id:763|Hs108|chr16 (305 aa) initn: 878 init1: 475 opt: 889 Z-score: 1095.8 bits: 210.6 E(32554): 1e-54 Smith-Waterman score: 889; 51.0% identity (72.0% similar) in 257 aa overlap (5-260:41-297) 10 20 30 pF1KE1 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDID : .... : . : ::::..:. CCDS10 AFSFLVEQMWAPLWSRSMRPGRWCSQRSCAWQTSNNTLHPLWTVPVSVPGGTRQSPINIQ 20 30 40 50 60 70 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 THTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFH . . :::.:::: :::. :. : : :.:. :.:::::. . . ..::::.. ::: ::: CCDS10 WRDSVYDPQLKPLRVSYEAASCLYIWNTGYLFQVEFDDATEASGISGGPLENHYRLKQFH 80 90 100 110 120 130 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 FHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNT-KYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAK ::::... ::::::: . : :::::::::. :: .. .:: .::::.:.:::.:. . CCDS10 FHWGAVNEGGSEHTVDGHAYPAELHLVHWNSVKYQNYKEAVVGENGLAVIGVFLKLGAHH 140 150 160 170 180 190 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 PGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKE ::..::.: :: : : . ::: ::: ::::: :::::::: : ::::. :: CCDS10 QTLQRLVDILPEIKHKDARAAMRPFDPSTLLPTCWDYWTYAGSLTTPPLTESVTWIIQKE 200 210 220 230 240 250 220 230 240 250 260 pF1KE1 PISVSSEQVLKFRKLNFNGEGEPEELMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK :. :. :. :: : :.. :: :..::.:.:: ::: ::.. :::. CCDS10 PVEVAPSQLSAFRTLLFSALGEEEKMMVNNYRPLQPLMNRKVWASFQATNEGTRS 260 270 280 290 300 >>CCDS42173.1 CA7 gene_id:766|Hs108|chr16 (208 aa) initn: 827 init1: 511 opt: 823 Z-score: 1017.3 bits: 195.5 E(32554): 2.4e-50 Smith-Waterman score: 823; 56.8% identity (82.0% similar) in 206 aa overlap (56-260:2-207) 30 40 50 60 70 80 pF1KE1 ERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPLD :: : ::::. .:.:.::.:..:. ::::. 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CCDS42 SVTWIVLREPICISERQMGKFRSLLFTSEDDERIHMVNNFRPPQPLKGRVVKASFRA 160 170 180 190 200 >>CCDS6174.1 CA8 gene_id:767|Hs108|chr8 (290 aa) initn: 527 init1: 174 opt: 696 Z-score: 859.1 bits: 166.7 E(32554): 1.6e-41 Smith-Waterman score: 696; 41.4% identity (71.6% similar) in 268 aa overlap (5-260:29-290) 10 20 30 pF1KE1 MSHHWGYGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTH ::: ..: : : :: :.:: :::...... CCDS61 MADLSFIEDTVAFPEKEEDEEEEEEGVEWGY--EEGVE-WGLVFPDANGEYQSPINLNSR 10 20 30 40 50 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 TAKYDPSLKP--LSVSYDQATSLRILNNGHAFNVEFDDSQDKAVLKGGPL-DG-TYRLIQ :.::::: :: .: . .. :.::...: . ..:.::.:::: .: ..: . CCDS61 EARYDPSLLDVRLSPNYVVCRDCEVTNDGHTIQVIL---KSKSVLSGGPLPQGHEFELYE 60 70 80 90 100 110 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 FHFHWGSLDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWN-TKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGS .:::: . .::::::. : . ::::.::: : .:.. .:: .: :.:....:...:. 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