FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE9449, 354 aa 1>>>pF1KE9449 354 - 354 aa - 354 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1117+/-0.00107; mu= 17.0973+/- 0.064 mean_var=146.2574+/-57.279, 0's: 0 Z-trim(104.0): 259 B-trim: 1000 in 2/46 Lambda= 0.106051 statistics sampled from 7231 (7671) to 7231 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.587), E-opt: 0.2 (0.236), width: 16 Scan time: 2.190 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS4923.1 OPN5 gene_id:221391|Hs108|chr6 ( 354) 2420 382.9 2.2e-106 CCDS3687.1 RRH gene_id:10692|Hs108|chr4 ( 337) 595 103.6 2.4e-22 CCDS7376.1 OPN4 gene_id:94233|Hs108|chr10 ( 478) 547 96.5 4.8e-20 CCDS31237.1 OPN4 gene_id:94233|Hs108|chr10 ( 489) 515 91.7 1.4e-18 CCDS31072.1 OPN3 gene_id:23596|Hs108|chr1 ( 402) 491 87.9 1.7e-17 CCDS3063.1 RHO gene_id:6010|Hs108|chr3 ( 348) 449 81.3 1.3e-15 CCDS35447.1 OPN1MW2 gene_id:728458|Hs108|chrX ( 364) 446 80.9 1.9e-15 CCDS83509.1 OPN1MW3 gene_id:101060233|Hs108|chrX ( 364) 446 80.9 1.9e-15 CCDS14743.1 OPN1MW gene_id:2652|Hs108|chrX ( 364) 446 80.9 1.9e-15 CCDS14742.1 OPN1LW gene_id:5956|Hs108|chrX ( 364) 438 79.7 4.3e-15 CCDS5806.1 OPN1SW gene_id:611|Hs108|chr7 ( 348) 402 74.1 1.9e-13 >>CCDS4923.1 OPN5 gene_id:221391|Hs108|chr6 (354 aa) initn: 2420 init1: 2420 opt: 2420 Z-score: 2023.4 bits: 382.9 E(32554): 2.2e-106 Smith-Waterman score: 2420; 100.0% identity (100.0% similar) in 354 aa overlap (1-354:1-354) 10 20 30 40 50 60 pF1KE9 MALNHTALPQDERLPHYLRDGDPFASKLSWEADLVAGFYLTIIGILSTFGNGYVLYMSSR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 MALNHTALPQDERLPHYLRDGDPFASKLSWEADLVAGFYLTIIGILSTFGNGYVLYMSSR 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE9 RKKKLRPAEIMTINLAVCDLGISVVGKPFTIISCFCHRWVFGWIGCRWYGWAGFFFGCGS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 RKKKLRPAEIMTINLAVCDLGISVVGKPFTIISCFCHRWVFGWIGCRWYGWAGFFFGCGS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE9 LITMTAVSLDRYLKICYLSYGVWLKRKHAYICLAAIWAYASFWTTMPLVGLGDYVPEPFG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 LITMTAVSLDRYLKICYLSYGVWLKRKHAYICLAAIWAYASFWTTMPLVGLGDYVPEPFG 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE9 TSCTLDWWLAQASVGGQVFILNILFFCLLLPTAVIVFSYVKIIAKVKSSSKEVAHFDSRI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 TSCTLDWWLAQASVGGQVFILNILFFCLLLPTAVIVFSYVKIIAKVKSSSKEVAHFDSRI 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE9 HSSHVLEMKLTKVAMLICAGFLIAWIPYAVVSVWSAFGRPDSIPIQLSVVPTLLAKSAAM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 HSSHVLEMKLTKVAMLICAGFLIAWIPYAVVSVWSAFGRPDSIPIQLSVVPTLLAKSAAM 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE9 YNPIIYQVIDYKFACCQTGGLKATKKKSLEGFRLHTVTTVRKSSAVLEIHEEWE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS49 YNPIIYQVIDYKFACCQTGGLKATKKKSLEGFRLHTVTTVRKSSAVLEIHEEWE 310 320 330 340 350 >>CCDS3687.1 RRH gene_id:10692|Hs108|chr4 (337 aa) initn: 567 init1: 368 opt: 595 Z-score: 514.5 bits: 103.6 E(32554): 2.4e-22 Smith-Waterman score: 595; 32.4% identity (65.9% similar) in 296 aa overlap (20-313:16-301) 10 20 30 40 50 60 pF1KE9 MALNHTALPQDERLPHYLRDGDPFASKLSWEADLVAGFYLTIIGILSTFGNGYVLYMSSR ::. :.. : ..:: :: . :..: ..: :: . . 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CCDS36 RDWSDQIDVTKMS--VIMICM-FLVAWSPYSIVCLWASFGDPKKIPPPMAIIAPLFAKSS 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE9 AMYNPIIYQVIDYKFACCQTGGLKATKKKSLEGFRLHTVTTVRKSSAVLEIHEEWE ..::: :: : . :: CCDS36 TFYNPCIYVVANKKFRRAMLAMFKCQTHQTMPVTSILPMDVSQNPLASGRI 290 300 310 320 330 >>CCDS7376.1 OPN4 gene_id:94233|Hs108|chr10 (478 aa) initn: 418 init1: 229 opt: 547 Z-score: 473.4 bits: 96.5 E(32554): 4.8e-20 Smith-Waterman score: 547; 30.8% identity (62.0% similar) in 292 aa overlap (32-313:69-357) 10 20 30 40 50 60 pF1KE9 ALNHTALPQDERLPHYLRDGDPFASKLSWEADLVAGFYLTIIGILSTFGNGYVLYMSSRR : . : . ..:. . .:: :.: : CCDS73 LGRLPSISPTAPGTWAAAWVPLPTVDVPDHAHYTLGTVILLVGLTGMLGNLTVIYTFCRS 40 50 60 70 80 90 70 80 90 100 110 120 pF1KE9 KKKLRPAEIMTINLAVCDLGISVVGKPFTIISCFCHRWVFGWIGCRWYGWAGFFFGCGSL .. ::... ::::: :. .: . : . : . ..:.:: ::..:.. : .:: .:. CCDS73 RSLRTPANMFIINLAVSDFLMSFTQAPVFFTSSLYKQWLFGETGCEFYAFCGALFGISSM 100 110 120 130 140 150 130 140 150 160 170 pF1KE9 ITMTAVSLDRYLKICY--LSYGVWLKRKHAYICLAAIWAYASFWTTMPLVGLGDYVPEPF ::.::..::::: : ..:: ::. :.. :. .: :: :. :. : . :::: . CCDS73 ITLTAIALDRYLVITRPLATFGVASKRRAAFVLLG-VWLYALAWSLPPFFGWSAYVPEGL 160 170 180 190 200 210 180 190 200 210 220 230 pF1KE9 GTSCTLDWWLAQASVGGQVFILNILFFCLLLPTAVIVFSYVKIIAKVKSSSKEVAHFDSR :::. :. .: ... . . : ..:: .:.. :. :. .. ... . : . CCDS73 LTSCSWDYMSFTPAV--RAYTMLLCCFVFFLPLLIIIYCYIFIFRAIRETGRALQTFGAC 220 230 240 250 260 270 240 250 260 270 280 290 pF1KE9 IHSSHVL--------EMKLTKVAMLICAGFLIAWIPYAVVSVWSAFGRPDSIPIQLSVVP ... : : :..:. .:. :...: ::..:.. . : . .: :: CCDS73 KGNGESLWQRQRLQSECKMAKIMLLVILLFVLSWAPYSAVALVAFAGYAHVLTPYMSSVP 280 290 300 310 320 330 300 310 320 330 340 350 pF1KE9 TLLAKSAAMYNPIIYQVIDYKFACCQTGGLKATKKKSLEGFRLHTVTTVRKSSAVLEIHE ...::..:..::::: . :. CCDS73 AVIAKASAIHNPIIYAITHPKYRVAIAQHLPCLGVLLGVSRRHSRPYPSYRSTHRSTLTS 340 350 360 370 380 390 >>CCDS31237.1 OPN4 gene_id:94233|Hs108|chr10 (489 aa) initn: 397 init1: 208 opt: 515 Z-score: 446.8 bits: 91.7 E(32554): 1.4e-18 Smith-Waterman score: 526; 30.4% identity (61.1% similar) in 303 aa overlap (32-313:69-368) 10 20 30 40 50 60 pF1KE9 ALNHTALPQDERLPHYLRDGDPFASKLSWEADLVAGFYLTIIGILSTFGNGYVLYMSSR- : . : . ..:. . .:: :.: : CCDS31 LGRLPSISPTAPGTWAAAWVPLPTVDVPDHAHYTLGTVILLVGLTGMLGNLTVIYTFCRA 40 50 60 70 80 90 70 80 90 100 110 pF1KE9 ---------RKKKLR-PAEIMTINLAVCDLGISVVGKPFTIISCFCHRWVFGWIGCRWYG ....:: ::... ::::: :. .: . : . : . ..:.:: ::..:. CCDS31 VLRGVTVMMQSRSLRTPANMFIINLAVSDFLMSFTQAPVFFTSSLYKQWLFGETGCEFYA 100 110 120 130 140 150 120 130 140 150 160 pF1KE9 WAGFFFGCGSLITMTAVSLDRYLKICY--LSYGVWLKRKHAYICLAAIWAYASFWTTMPL . : .:: .:.::.::..::::: : ..:: ::. :.. :. .: :: :. :. CCDS31 FCGALFGISSMITLTAIALDRYLVITRPLATFGVASKRRAAFVLLG-VWLYALAWSLPPF 160 170 180 190 200 210 170 180 190 200 210 220 pF1KE9 VGLGDYVPEPFGTSCTLDWWLAQASVGGQVFILNILFFCLLLPTAVIVFSYVKIIAKVKS : . :::: . :::. :. .: ... . . : ..:: .:.. :. :. .. CCDS31 FGWSAYVPEGLLTSCSWDYMSFTPAV--RAYTMLLCCFVFFLPLLIIIYCYIFIFRAIRE 220 230 240 250 260 270 230 240 250 260 270 280 pF1KE9 SSKEVAHFDSRIHSSHVL--------EMKLTKVAMLICAGFLIAWIPYAVVSVWSAFGRP ... . : . ... : : :..:. .:. :...: ::..:.. . : CCDS31 TGRALQTFGACKGNGESLWQRQRLQSECKMAKIMLLVILLFVLSWAPYSAVALVAFAGYA 280 290 300 310 320 330 290 300 310 320 330 340 pF1KE9 DSIPIQLSVVPTLLAKSAAMYNPIIYQVIDYKFACCQTGGLKATKKKSLEGFRLHTVTTV . .: ::...::..:..::::: . :. CCDS31 HVLTPYMSSVPAVIAKASAIHNPIIYAITHPKYRVAIAQHLPCLGVLLGVSRRHSRPYPS 340 350 360 370 380 390 350 pF1KE9 RKSSAVLEIHEEWE CCDS31 YRSTHRSTLTSHTSNLSWISIRRRQESLGSESEVGWTHMEAAAVWGAAQQANGRSLYGQG 400 410 420 430 440 450 >>CCDS31072.1 OPN3 gene_id:23596|Hs108|chr1 (402 aa) initn: 492 init1: 228 opt: 491 Z-score: 427.8 bits: 87.9 E(32554): 1.7e-17 Smith-Waterman score: 491; 30.4% identity (63.0% similar) in 276 aa overlap (43-313:51-316) 20 30 40 50 60 70 pF1KE9 RLPHYLRDGDPFASKLSWEADLVAGFYLTIIGILSTFGNGYVLYMSSRRKKKLRPAEIMT ::.:.. .: :: . . .. :.... CCDS31 AEGPAPAGTLSPAPLFSPGTYERLALLLGSIGLLGVGNNLLVLVLYYKFQRLRTPTHLLL 30 40 50 60 70 80 80 90 100 110 120 130 pF1KE9 INLAVCDLGISVVGKPFTIISCFCHRWVFGWIGCRWYGWAGFFFGCGSLITMTAVSLDRY .:... :: .:. : ::..::. . ::. .:: : :..: .:: :. :.:... .:: CCDS31 VNISLSDLLVSLFGVTFTFVSCLRNGWVWDTVGCVWDGFSGSLFGIVSIATLTVLAYERY 90 100 110 120 130 140 140 150 160 170 180 pF1KE9 LKICY---LSYGVWLKRKHAYICLAAIWAYASFWTTMPLVGLGDYVPEPFGTSCTLDWWL ... . .... : : .:: : :. :. ::.: . :. . : .::.:: CCDS31 IRVVHARVINFS-WAWRAITYI-----WLYSLAWAGAPLLGWNRYILDVHGLGCTVDWKS 150 160 170 180 190 190 200 210 220 230 240 pF1KE9 AQASVGGQVFILNILFFCLLLPTAVIVFSYVKIIAKVKSSSKEVAHFDSRIHSSHVL--E .:. . :.: ... ::..: .::. : .:. ... . : ... :. ..: : CCDS31 KDAN--DSSFVLFLFLGCLVVPLGVIAHCYGHILYSIRML-RCVEDLQT-IQVIKILKYE 200 210 220 230 240 250 250 260 270 280 290 300 pF1KE9 MKLTKVAMLICAGFLIAWIPYAVVSVWSAFGRPDSIPIQLSVVPTLLAKSAAMYNPIIYQ ::.:. .:. ::. :.:: :. . :. . .:.: :.::: ..:::.:: CCDS31 KKLAKMCFLMIFTFLVCWMPYIVICFLVVNGHGHLVTPTISIVSYLFAKSNTVYNPVIYV 260 270 280 290 300 310 310 320 330 340 350 pF1KE9 VIDYKFACCQTGGLKATKKKSLEGFRLHTVTTVRKSSAVLEIHEEWE . :: CCDS31 FMIRKFRRSLLQLLCLRLLRCQRPAKDLPAAGSEMQIRPIVMSQKDGDRPKKKVTFNSSS 320 330 340 350 360 370 >>CCDS3063.1 RHO gene_id:6010|Hs108|chr3 (348 aa) initn: 452 init1: 275 opt: 449 Z-score: 393.7 bits: 81.3 E(32554): 1.3e-15 Smith-Waterman score: 449; 27.7% identity (63.0% similar) in 289 aa overlap (30-316:35-316) 10 20 30 40 50 pF1KE9 MALNHTALPQDERLPHYLRDGDPFASKLSWEADLVAGFYLTIIGILSTFGNGYVLYMSS :. ...:.... .: .:. : .::.. CCDS30 EGPNFYVPFSNATGVVRSPFEYPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLI-VLGFPINFLTLYVTV 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 RRKKKLRPAEIMTINLAVCDLGISVVGKPFTIISCFCHRWVFGWIGCRWYGWAGFFFGCG ..:: : . . .:::: :: . . : :. . . .::: :: :. . . : CCDS30 QHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVLGGFTSTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEI 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE9 SLITMTAVSLDRYLKICYLSYGVWLKRKHAYICLAAIWAYASFWTTMPLVGLGDYVPEPF .: ........::. .: . . ..:: . .: :..: .. ::.: . :.:: . CCDS30 ALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLAGWSRYIPEGL 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE9 GTSCTLDWWLAQASVGGQVFILNILFFCLLLPTAVIVFSYVKIIAKVKSSSKEVAHFDSR :: .:.. . :... :.. .. . .: .: : : ... : ::.: ... CCDS30 QCSCGIDYYTLKPEVNNESFVIYMFVVHFTIPMIIIFFCYGQLVFTV----KEAAAQQQE 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE9 IHSSHVLEMKLTKVAMLICAGFLIAWIPYAVVSVWSAFGRPDSI--PIQLSVVPTLLAKS ... : ..:...... .::: :.::: :. . : . : :: ... :...::: CCDS30 SATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWVPYASVAFY-IFTHQGSNFGPIFMTI-PAFFAKS 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE9 AAMYNPIIYQVIDYKFACCQTGGLKATKKKSLEGFRLHTVTTVRKSSAVLEIHEEWE ::.:::.:: ... .: : CCDS30 AAIYNPVIYIMMNKQFRNCMLTTICCGKNPLGDDEASATVSKTETSQVAPA 300 310 320 330 340 >>CCDS35447.1 OPN1MW2 gene_id:728458|Hs108|chrX (364 aa) initn: 430 init1: 282 opt: 446 Z-score: 391.0 bits: 80.9 E(32554): 1.9e-15 Smith-Waterman score: 446; 26.2% identity (61.2% similar) in 317 aa overlap (30-344:51-357) 10 20 30 40 50 pF1KE9 MALNHTALPQDERLPHYLRDGDPFASKLSWEADLVAGFYLTIIGILSTFGNGYVLYMSS : :.. ... .. : :.: :: :: . CCDS35 DSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWMIFVV-IASVFTNGLVLAATM 30 40 50 60 70 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 RRKKKLRPAEIMTINLAVCDLGISVVGKPFTIISCFCHRWVFGWIGCRWYGWAGFFFGCG . :: .: . . .:::: ::. .:... ..... .:.: : :.. . : CCDS35 KFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISVVNQVYGYFVLGHPMCVLEGYTVSLCGIT 80 90 100 110 120 130 120 130 140 150 160 170 pF1KE9 SLITMTAVSLDRYLKICYLSYGVWLKRKHAYICLAAIWAYASFWTTMPLVGLGDYVPEPF .: ... .: .:.. .: .: . : : . .: : .:. ::. :. : . : :. . CCDS35 GLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWAAVWTAPPIFGWSRYWPHGL 140 150 160 170 180 190 180 190 200 210 220 230 pF1KE9 GTSCTLDWWLAQASVGGQVFILNILFFCLLLPTAVIVFSYVKIIAKVKSSSKEVAHFDSR ::: : . ... : : ... .. : . : ..::. :... ... .:. ... CCDS35 KTSCGPDVFSGSSYPGVQSYMIVLMVTCCITPLSIIVLCYLQVWLAIRAVAKQ----QKE 200 210 220 230 240 250 240 250 260 270 280 290 pF1KE9 IHSSHVLEMKLTKVAMLICAGFLIAWIPYAVVSVWSAF--GRPDSIPIQLSVVPTLLAKS .:.. : ..:...... .: . : ::: . ..: : : :. ....:...::: CCDS35 SESTQKAEKEVTRMVVVMVLAFCFCWGPYAFFACFAAANPGYPFH-PL-MAALPAFFAKS 260 270 280 290 300 310 300 310 320 330 340 350 pF1KE9 AAMYNPIIYQVIDYKFACCQTGGLKATKKKSLEGFRLHTVTTVRKSSAVLEIHEEWE :..:::.:: .. .: : :. :: .: .: ... .. :: CCDS35 ATIYNPVIYVFMNRQFRNCI---LQLFGKKVDDGSELSSASKTEVSSVSSVSPA 320 330 340 350 360 >>CCDS83509.1 OPN1MW3 gene_id:101060233|Hs108|chrX (364 aa) initn: 430 init1: 282 opt: 446 Z-score: 391.0 bits: 80.9 E(32554): 1.9e-15 Smith-Waterman score: 446; 26.2% identity (61.2% similar) in 317 aa overlap (30-344:51-357) 10 20 30 40 50 pF1KE9 MALNHTALPQDERLPHYLRDGDPFASKLSWEADLVAGFYLTIIGILSTFGNGYVLYMSS : :.. ... .. : :.: :: :: . CCDS83 DSTQSSIFTYTNSNSTRGPFEGPNYHIAPRWVYHLTSVWMIFVV-IASVFTNGLVLAATM 30 40 50 60 70 60 70 80 90 100 110 pF1KE9 RRKKKLRPAEIMTINLAVCDLGISVVGKPFTIISCFCHRWVFGWIGCRWYGWAGFFFGCG . :: .: . . .:::: ::. .:... ..... .:.: : :.. . : CCDS83 KFKKLRHPLNWILVNLAVADLAETVIASTISVVNQVYGYFVLGHPMCVLEGYTVSLCGIT 80 90 100 110 120 130 120 130 140 150 160 170 pF1KE9 SLITMTAVSLDRYLKICYLSYGVWLKRKHAYICLAAIWAYASFWTTMPLVGLGDYVPEPF .: ... .: .:.. .: .: . : : . .: : .:. ::. :. : . : :. . CCDS83 GLWSLAIISWERWMVVCKPFGNVRFDAKLAIVGIAFSWIWAAVWTAPPIFGWSRYWPHGL 140 150 160 170 180 190 180 190 200 210 220 230 pF1KE9 GTSCTLDWWLAQASVGGQVFILNILFFCLLLPTAVIVFSYVKIIAKVKSSSKEVAHFDSR ::: : . ... : : ... .. : . : ..::. :... ... .:. ... 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