FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3163, 381 aa 1>>>pF1KE3163 381 - 381 aa - 381 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5416+/-0.000394; mu= 10.9313+/- 0.025 mean_var=96.8657+/-19.781, 0's: 0 Z-trim(114.2): 87 B-trim: 602 in 1/52 Lambda= 0.130313 statistics sampled from 23896 (23988) to 23896 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.657), E-opt: 0.2 (0.281), width: 16 Scan time: 8.580 The best scores are: opt bits E(85289) XP_016857693 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcripti ( 327) 406 86.7 8.2e-17 XP_016857691 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcripti ( 466) 406 86.8 1.1e-16 NP_003187 (OMIM: 604128) transcription elongation ( 348) 327 71.9 2.6e-12 XP_006710927 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcripti ( 351) 327 71.9 2.6e-12 XP_011540355 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcripti ( 364) 327 71.9 2.7e-12 XP_016857692 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcripti ( 450) 327 72.0 3.2e-12 XP_016857690 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcripti ( 466) 327 72.0 3.3e-12 XP_016857689 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcripti ( 487) 327 72.0 3.4e-12 NP_958845 (OMIM: 601425) transcription elongation ( 280) 321 70.7 4.6e-12 NP_006747 (OMIM: 601425) transcription elongation ( 301) 315 69.6 1.1e-11 XP_006716530 (OMIM: 601425) PREDICTED: transcripti ( 254) 311 68.8 1.6e-11 XP_011515880 (OMIM: 601425) PREDICTED: transcripti ( 266) 311 68.8 1.6e-11 XP_016883526 (OMIM: 604784) PREDICTED: transcripti ( 272) 305 67.7 3.6e-11 NP_942016 (OMIM: 604784) transcription elongation ( 272) 305 67.7 3.6e-11 XP_016883525 (OMIM: 604784) PREDICTED: transcripti ( 272) 305 67.7 3.6e-11 XP_011527329 (OMIM: 604784) PREDICTED: transcripti ( 297) 305 67.7 3.9e-11 XP_011527325 (OMIM: 604784) PREDICTED: transcripti ( 297) 305 67.7 3.9e-11 XP_011527324 (OMIM: 604784) PREDICTED: transcripti ( 297) 305 67.7 3.9e-11 NP_003186 (OMIM: 604784) transcription elongation ( 299) 305 67.7 4e-11 XP_005260286 (OMIM: 604784) PREDICTED: transcripti ( 324) 305 67.8 4.2e-11 XP_005248760 (OMIM: 607789) PREDICTED: PHD finger (1308) 167 42.1 0.009 XP_016866115 (OMIM: 607789) PREDICTED: PHD finger (1308) 167 42.1 0.009 >>XP_016857693 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcription e (327 aa) initn: 463 init1: 262 opt: 406 Z-score: 422.8 bits: 86.7 E(85289): 8.2e-17 Smith-Waterman score: 475; 29.5% identity (59.1% similar) in 352 aa overlap (31-373:1-324) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MISAHRKLCLPGSSNSPASAFRVAGTTAVKMSDKNQIAARASLIEQLMSKRNFEDLGNHL :...... :. .:......: : . : XP_016 MGQEEELLRIAKKLEKMVARKNTEGALDLL 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 TELETIYVTKEHLQETDVVRAVYRVLKNCPSVALKKKAKCLLSKWKAVYKQTHSKARNSP .:.. .. . :: : . :: : :.: . . . :: :...:: . .:: XP_016 KKLHSCQMSIQLLQTTRIGVAVNGVRKHCSDKEVVSLAKVLIKNWK--------RLLDSP 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 pF1KE3 KLFPVRGNKEENSGPSHDPSQNETLGI-CSSNSLSSQDVAKLSEMIVPENRAIQLKPKEE : .:.: : .. .... :. ::. . . .. :..:. . : : : XP_016 G--PPKGEK----GEEREKAKKKEKGLECSDWKPEAGLSPPRKKREDPKTRSNSSKSKAE 90 100 110 120 130 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 HFGDGDPES----TGKRSSELLDPT----TPMRTKCIELLYAALTSSSTDQPKADLWQNF . : : : : :: : .: ::.:.: ::: ... . . ... XP_016 --SPKTPSSPLTPTFASSMCLLAPCYLTGDSVRDKCVEMLSAALKADDDYKDYGVNCDKM 140 150 160 170 180 190 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 AREIEEHVFTLYSKNIKKYKTCIRSKVANLKNPRNSHLQQNLLSGTTSPREFAEMTVMEM : :::.:.. ... ::.. .::...:::.::: :..:.:::. : .:.::. :: XP_016 ASEIEDHIYQELKSTDMKYRNRVRSRISNLKDPRNPGLRRNVLSGAISAGLIAKMTAEEM 200 210 220 230 240 250 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 ANKELKQLRASYTESCIQEHYLPQVIDGTQTNKIKCRRCEKYNCKVTVIDRGTLFLPSWV :. ::..:: ..:. :.:: . .. :: :. ..: .:.: :: . : XP_016 ASDELRELRNAMTQEAIREHQMAKT-GGTTTDLFQCSKCKKKNCTY-----------NQV 260 270 280 290 300 360 370 380 pF1KE3 RNSNPDEQMMTYVICNECGEQWYHSKWVCW .. . :: : :.:.:::::..: XP_016 QTRSADEPMTTFVLCNECGNRWKFC 310 320 >>XP_016857691 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcription e (466 aa) initn: 406 init1: 262 opt: 406 Z-score: 420.5 bits: 86.8 E(85289): 1.1e-16 Smith-Waterman score: 481; 29.5% identity (59.3% similar) in 359 aa overlap (31-380:1-330) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MISAHRKLCLPGSSNSPASAFRVAGTTAVKMSDKNQIAARASLIEQLMSKRNFEDLGNHL :...... :. .:......: : . : XP_016 MGQEEELLRIAKKLEKMVARKNTEGALDLL 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 TELETIYVTKEHLQETDVVRAVYRVLKNCPSVALKKKAKCLLSKWKAVYKQTHSKARNSP .:.. .. . :: : . :: : :.: . . . :: :...:: . .:: XP_016 KKLHSCQMSIQLLQTTRIGVAVNGVRKHCSDKEVVSLAKVLIKNWKRLL--------DSP 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 pF1KE3 KLFPVRGNKEENSGPSHDPSQNETLGI-CSSNSLSSQDVAKLSEMIVPENRAIQLKPKEE : .:.: : .. .... :. ::. . . .. :..:. . : : : XP_016 G--PPKGEK----GEEREKAKKKEKGLECSDWKPEAGLSPPRKKREDPKTRSNSSKSKAE 90 100 110 120 130 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 HFGDGDPES----TGKRSSELLDPT----TPMRTKCIELLYAALTSSSTDQPKADLWQNF . : : : : :: : .: ::.:.: ::: ... . . ... XP_016 --SPKTPSSPLTPTFASSMCLLAPCYLTGDSVRDKCVEMLSAALKADDDYKDYGVNCDKM 140 150 160 170 180 190 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 AREIEEHVFTLYSKNIKKYKTCIRSKVANLKNPRNSHLQQNLLSGTTSPREFAEMTVMEM : :::.:.. ... ::.. .::...:::.::: :..:.:::. : .:.::. :: XP_016 ASEIEDHIYQELKSTDMKYRNRVRSRISNLKDPRNPGLRRNVLSGAISAGLIAKMTAEEM 200 210 220 230 240 250 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 ANKELKQLRASYTESCIQEHYLPQVIDGTQTNKIKCRRCEKYNCKVTVIDRGTLFLPSWV :. ::..:: ..:. :.:: . .. :: :. ..: .:.: :: . : XP_016 ASDELRELRNAMTQEAIREHQMAKT-GGTTTDLFQCSKCKKKNCTY-----------NQV 260 270 280 290 300 360 370 380 pF1KE3 RNSNPDEQMMTYVICNECGEQWYHSKWVCW .. . :: : :.:.:::::..: ... :: XP_016 QTRSADEPMTTFVLCNECGNRW-KDEQVCHLSTDGIGFLRSTEERKNILHLDHASLESAS 310 320 330 340 350 360 >>NP_003187 (OMIM: 604128) transcription elongation fact (348 aa) initn: 463 init1: 262 opt: 327 Z-score: 342.1 bits: 71.9 E(85289): 2.6e-12 Smith-Waterman score: 467; 29.4% identity (58.2% similar) in 361 aa overlap (31-373:1-345) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MISAHRKLCLPGSSNSPASAFRVAGTTAVKMSDKNQIAARASLIEQLMSKRNFEDLGNHL :...... :. .:......: : . : NP_003 MGQEEELLRIAKKLEKMVARKNTEGALDLL 10 20 30 70 80 90 100 110 pF1KE3 TELETIYVTKEHLQETDVVRAVYRVLKNCPSVALKKKAKCLLSKWKAVYK---------- .:.. .. . :: : . :: : :.: . . . :: :...:: . NP_003 KKLHSCQMSIQLLQTTRIGVAVNGVRKHCSDKEVVSLAKVLIKNWKRLLDSPGPPKGEKG 40 50 60 70 80 90 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 QTHSKARNSPKLFPVRGNKEENSGPSHDPSQNETLGICSSNSLSSQDVAKLSEMIVPENR . . ::... : . : : .: : : ... .:..:.. :. : .: NP_003 EEREKAKKKEKGLECSDWKPE-AGLS-PPRKKREDPKTRRDSVDSKSSASSSPKRPSVER 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 pF1KE3 AIQLKPKEEHFGDGDPES----TGKRSSELLDPT----TPMRTKCIELLYAALTSSSTDQ . . : : : . : : : : :: : .: ::.:.: ::: ... . NP_003 SNSSKSKAE--SPKTPSSPLTPTFASSMCLLAPCYLTGDSVRDKCVEMLSAALKADDDYK 150 160 170 180 190 200 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 PKADLWQNFAREIEEHVFTLYSKNIKKYKTCIRSKVANLKNPRNSHLQQNLLSGTTSPRE . ...: :::.:.. ... ::.. .::...:::.::: :..:.:::. : NP_003 DYGVNCDKMASEIEDHIYQELKSTDMKYRNRVRSRISNLKDPRNPGLRRNVLSGAISAGL 210 220 230 240 250 260 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 FAEMTVMEMANKELKQLRASYTESCIQEHYLPQVIDGTQTNKIKCRRCEKYNCKVTVIDR .:.::. :::. ::..:: ..:. :.:: . .. :: :. ..: .:.: :: NP_003 IAKMTAEEMASDELRELRNAMTQEAIREHQMAKT-GGTTTDLFQCSKCKKKNCTY----- 270 280 290 300 310 320 350 360 370 380 pF1KE3 GTLFLPSWVRNSNPDEQMMTYVICNECGEQWYHSKWVCW . :.. . :: : :.:.:::::..: NP_003 ------NQVQTRSADEPMTTFVLCNECGNRWKFC 330 340 >>XP_006710927 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcription e (351 aa) initn: 463 init1: 262 opt: 327 Z-score: 342.1 bits: 71.9 E(85289): 2.6e-12 Smith-Waterman score: 467; 29.4% identity (58.2% similar) in 361 aa overlap (31-373:1-345) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MISAHRKLCLPGSSNSPASAFRVAGTTAVKMSDKNQIAARASLIEQLMSKRNFEDLGNHL :...... :. .:......: : . : XP_006 MGQEEELLRIAKKLEKMVARKNTEGALDLL 10 20 30 70 80 90 100 110 pF1KE3 TELETIYVTKEHLQETDVVRAVYRVLKNCPSVALKKKAKCLLSKWKAVYK---------- .:.. .. . :: : . :: : :.: . . . :: :...:: . XP_006 KKLHSCQMSIQLLQTTRIGVAVNGVRKHCSDKEVVSLAKVLIKNWKRLLDSPGPPKGEKG 40 50 60 70 80 90 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 QTHSKARNSPKLFPVRGNKEENSGPSHDPSQNETLGICSSNSLSSQDVAKLSEMIVPENR . . ::... : . : : .: : : ... .:..:.. :. : .: XP_006 EEREKAKKKEKGLECSDWKPE-AGLS-PPRKKREDPKTRRDSVDSKSSASSSPKRPSVER 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 pF1KE3 AIQLKPKEEHFGDGDPES----TGKRSSELLDPT----TPMRTKCIELLYAALTSSSTDQ . . : : : . : : : : :: : .: ::.:.: ::: ... . XP_006 SNSSKSKAE--SPKTPSSPLTPTFASSMCLLAPCYLTGDSVRDKCVEMLSAALKADDDYK 150 160 170 180 190 200 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 PKADLWQNFAREIEEHVFTLYSKNIKKYKTCIRSKVANLKNPRNSHLQQNLLSGTTSPRE . ...: :::.:.. ... ::.. .::...:::.::: :..:.:::. : XP_006 DYGVNCDKMASEIEDHIYQELKSTDMKYRNRVRSRISNLKDPRNPGLRRNVLSGAISAGL 210 220 230 240 250 260 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 FAEMTVMEMANKELKQLRASYTESCIQEHYLPQVIDGTQTNKIKCRRCEKYNCKVTVIDR .:.::. :::. ::..:: ..:. :.:: . .. :: :. ..: .:.: :: XP_006 IAKMTAEEMASDELRELRNAMTQEAIREHQMAKT-GGTTTDLFQCSKCKKKNCTY----- 270 280 290 300 310 320 350 360 370 380 pF1KE3 GTLFLPSWVRNSNPDEQMMTYVICNECGEQWYHSKWVCW . :.. . :: : :.:.:::::..: XP_006 ------NQVQTRSADEPMTTFVLCNECGNRWKMESAS 330 340 350 >>XP_011540355 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcription e (364 aa) initn: 463 init1: 262 opt: 327 Z-score: 341.8 bits: 71.9 E(85289): 2.7e-12 Smith-Waterman score: 468; 29.2% identity (57.9% similar) in 366 aa overlap (31-378:1-349) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MISAHRKLCLPGSSNSPASAFRVAGTTAVKMSDKNQIAARASLIEQLMSKRNFEDLGNHL :...... :. .:......: : . : XP_011 MGQEEELLRIAKKLEKMVARKNTEGALDLL 10 20 30 70 80 90 100 110 pF1KE3 TELETIYVTKEHLQETDVVRAVYRVLKNCPSVALKKKAKCLLSKWKAVYK---------- .:.. .. . :: : . :: : :.: . . . :: :...:: . XP_011 KKLHSCQMSIQLLQTTRIGVAVNGVRKHCSDKEVVSLAKVLIKNWKRLLDSPGPPKGEKG 40 50 60 70 80 90 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 QTHSKARNSPKLFPVRGNKEENSGPSHDPSQNETLGICSSNSLSSQDVAKLSEMIVPENR . . ::... : . : : .: : : ... .:..:.. :. : .: XP_011 EEREKAKKKEKGLECSDWKPE-AGLS-PPRKKREDPKTRRDSVDSKSSASSSPKRPSVER 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 pF1KE3 AIQLKPKEEHFGDGDPES----TGKRSSELLDPT----TPMRTKCIELLYAALTSSSTDQ . . : : : . : : : : :: : .: ::.:.: ::: ... . XP_011 SNSSKSKAE--SPKTPSSPLTPTFASSMCLLAPCYLTGDSVRDKCVEMLSAALKADDDYK 150 160 170 180 190 200 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 PKADLWQNFAREIEEHVFTLYSKNIKKYKTCIRSKVANLKNPRNSHLQQNLLSGTTSPRE . ...: :::.:.. ... ::.. .::...:::.::: :..:.:::. : XP_011 DYGVNCDKMASEIEDHIYQELKSTDMKYRNRVRSRISNLKDPRNPGLRRNVLSGAISAGL 210 220 230 240 250 260 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 FAEMTVMEMANKELKQLRASYTESCIQEHYLPQVIDGTQTNKIKCRRCEKYNCKVTVIDR .:.::. :::. ::..:: ..:. :.:: . .. :: :. ..: .:.: :: XP_011 IAKMTAEEMASDELRELRNAMTQEAIREHQMAKT-GGTTTDLFQCSKCKKKNCTY----- 270 280 290 300 310 320 350 360 370 380 pF1KE3 GTLFLPSWVRNSNPDEQMMTYVICNECGEQWYHSKWVCW . :.. . :: : :.:.:::::..: . : XP_011 ------NQVQTRSADEPMTTFVLCNECGNRW-KPPWRMPRNLSNFVAFLVL 330 340 350 360 >>XP_016857692 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcription e (450 aa) initn: 398 init1: 262 opt: 327 Z-score: 340.4 bits: 72.0 E(85289): 3.2e-12 Smith-Waterman score: 435; 31.0% identity (57.4% similar) in 326 aa overlap (73-380:6-314) 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 LIEQLMSKRNFEDLGNHLTELETIYVTKEHLQETDVVRAVYRVLKNCPSVALKKKAKCLL :: : . :: : :.: . . . :: :. XP_016 MSIQLLQTTRIGVAVNGVRKHCSDKEVVSLAKVLI 10 20 30 110 120 130 140 150 pF1KE3 SKWKAVYK----------QTHSKARNSPKLFPVRGNKEENSGPSHDPSQNETLGICSSNS ..:: . . . ::... : . : : .: : : ... .: XP_016 KNWKRLLDSPGPPKGEKGEEREKAKKKEKGLECSDWKPE-AGLS-PPRKKREDPKTRRDS 40 50 60 70 80 90 160 170 180 190 200 pF1KE3 LSSQDVAKLSEMIVPENRAIQLKPKEEHFGDGDPES----TGKRSSELLDPT----TPMR ..:.. :. : .:. . : : : . : : : : :: : .: XP_016 VDSKSSASSSPKRPSVERSNSSKSKAE--SPKTPSSPLTPTFASSMCLLAPCYLTGDSVR 100 110 120 130 140 150 210 220 230 240 250 260 pF1KE3 TKCIELLYAALTSSSTDQPKADLWQNFAREIEEHVFTLYSKNIKKYKTCIRSKVANLKNP ::.:.: ::: ... . . ...: :::.:.. ... ::.. .::...:::.: XP_016 DKCVEMLSAALKADDDYKDYGVNCDKMASEIEDHIYQELKSTDMKYRNRVRSRISNLKDP 160 170 180 190 200 210 270 280 290 300 310 320 pF1KE3 RNSHLQQNLLSGTTSPREFAEMTVMEMANKELKQLRASYTESCIQEHYLPQVIDGTQTNK :: :..:.:::. : .:.::. :::. ::..:: ..:. :.:: . .. :: :. XP_016 RNPGLRRNVLSGAISAGLIAKMTAEEMASDELRELRNAMTQEAIREHQMAKT-GGTTTDL 220 230 240 250 260 270 330 340 350 360 370 380 pF1KE3 IKCRRCEKYNCKVTVIDRGTLFLPSWVRNSNPDEQMMTYVICNECGEQWYHSKWVCW ..: .:.: :: . :.. . :: : :.:.:::::..: ... :: XP_016 FQCSKCKKKNCTY-----------NQVQTRSADEPMTTFVLCNECGNRW-KDEQVCHLST 280 290 300 310 XP_016 DGIGFLRSTEERKNILHLDHASLESASTDGISFEPGHSQGWETGRLSPVRKELNLNATRP 320 330 340 350 360 370 >>XP_016857690 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcription e (466 aa) initn: 387 init1: 262 opt: 327 Z-score: 340.2 bits: 72.0 E(85289): 3.3e-12 Smith-Waterman score: 427; 30.1% identity (56.5% similar) in 345 aa overlap (54-380:5-330) 30 40 50 60 70 80 pF1KE3 AGTTAVKMSDKNQIAARASLIEQLMSKRNFEDLGNHLTELETIYVTKEHLQETDVVRAVY :.: .:: . . :. . : :: XP_016 MGQEEELLRIAKKLEKMVARKNTTTRIGV--AVN 10 20 30 90 100 110 120 130 pF1KE3 RVLKNCPSVALKKKAKCLLSKWKAVYK----------QTHSKARNSPKLFPVRGNKEENS : :.: . . . :: :...:: . . . ::... : . : : . XP_016 GVRKHCSDKEVVSLAKVLIKNWKRLLDSPGPPKGEKGEEREKAKKKEKGLECSDWKPE-A 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 pF1KE3 GPSHDPSQNETLGICSSNSLSSQDVAKLSEMIVPENRAIQLKPKEEHFGDGDPES----T : : : ... .:..:.. :. : .:. . : : : . : : : XP_016 GLS-PPRKKREDPKTRRDSVDSKSSASSSPKRPSVERSNSSKSKAE--SPKTPSSPLTPT 100 110 120 130 140 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 GKRSSELLDPT----TPMRTKCIELLYAALTSSSTDQPKADLWQNFAREIEEHVFTLYSK : :: : .: ::.:.: ::: ... . . ...: :::.:.. .. XP_016 FASSMCLLAPCYLTGDSVRDKCVEMLSAALKADDDYKDYGVNCDKMASEIEDHIYQELKS 150 160 170 180 190 200 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 NIKKYKTCIRSKVANLKNPRNSHLQQNLLSGTTSPREFAEMTVMEMANKELKQLRASYTE . ::.. .::...:::.::: :..:.:::. : .:.::. :::. ::..:: ..:. XP_016 TDMKYRNRVRSRISNLKDPRNPGLRRNVLSGAISAGLIAKMTAEEMASDELRELRNAMTQ 210 220 230 240 250 260 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 SCIQEHYLPQVIDGTQTNKIKCRRCEKYNCKVTVIDRGTLFLPSWVRNSNPDEQMMTYVI :.:: . .. :: :. ..: .:.: :: . :.. . :: : :.:. XP_016 EAIREHQMAKT-GGTTTDLFQCSKCKKKNCTY-----------NQVQTRSADEPMTTFVL 270 280 290 300 310 370 380 pF1KE3 CNECGEQWYHSKWVCW :::::..: ... :: XP_016 CNECGNRW-KDEQVCHLSTDGIGFLRSTEERKNILHLDHASLESASTDGISFEPGHSQGW 320 330 340 350 360 370 >>XP_016857689 (OMIM: 604128) PREDICTED: transcription e (487 aa) initn: 406 init1: 262 opt: 327 Z-score: 339.9 bits: 72.0 E(85289): 3.4e-12 Smith-Waterman score: 473; 29.3% identity (58.4% similar) in 368 aa overlap (31-380:1-351) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MISAHRKLCLPGSSNSPASAFRVAGTTAVKMSDKNQIAARASLIEQLMSKRNFEDLGNHL :...... :. .:......: : . : XP_016 MGQEEELLRIAKKLEKMVARKNTEGALDLL 10 20 30 70 80 90 100 110 pF1KE3 TELETIYVTKEHLQETDVVRAVYRVLKNCPSVALKKKAKCLLSKWKAVYK---------- .:.. .. . :: : . :: : :.: . . . :: :...:: . XP_016 KKLHSCQMSIQLLQTTRIGVAVNGVRKHCSDKEVVSLAKVLIKNWKRLLDSPGPPKGEKG 40 50 60 70 80 90 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 QTHSKARNSPKLFPVRGNKEENSGPSHDPSQNETLGICSSNSLSSQDVAKLSEMIVPENR . . ::... : . : : .: : : ... .:..:.. :. : .: XP_016 EEREKAKKKEKGLECSDWKPE-AGLS-PPRKKREDPKTRRDSVDSKSSASSSPKRPSVER 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 pF1KE3 AIQLKPKEEHFGDGDPES----TGKRSSELLDPT----TPMRTKCIELLYAALTSSSTDQ . . : : : . : : : : :: : .: ::.:.: ::: ... . XP_016 SNSSKSKAE--SPKTPSSPLTPTFASSMCLLAPCYLTGDSVRDKCVEMLSAALKADDDYK 150 160 170 180 190 200 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 PKADLWQNFAREIEEHVFTLYSKNIKKYKTCIRSKVANLKNPRNSHLQQNLLSGTTSPRE . ...: :::.:.. ... ::.. .::...:::.::: :..:.:::. : XP_016 DYGVNCDKMASEIEDHIYQELKSTDMKYRNRVRSRISNLKDPRNPGLRRNVLSGAISAGL 210 220 230 240 250 260 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 FAEMTVMEMANKELKQLRASYTESCIQEHYLPQVIDGTQTNKIKCRRCEKYNCKVTVIDR .:.::. :::. ::..:: ..:. :.:: . .. :: :. ..: .:.: :: XP_016 IAKMTAEEMASDELRELRNAMTQEAIREHQMAKT-GGTTTDLFQCSKCKKKNCTY----- 270 280 290 300 310 320 350 360 370 380 pF1KE3 GTLFLPSWVRNSNPDEQMMTYVICNECGEQWYHSKWVCW . :.. . :: : :.:.:::::..: ... :: XP_016 ------NQVQTRSADEPMTTFVLCNECGNRW-KDEQVCHLSTDGIGFLRSTEERKNILHL 330 340 350 360 370 XP_016 DHASLESASTDGISFEPGHSQGWETGRLSPVRKELNLNATRPSFPPKEALKVLPKSVTQT 380 390 400 410 420 430 >>NP_958845 (OMIM: 601425) transcription elongation fact (280 aa) initn: 410 init1: 236 opt: 321 Z-score: 337.5 bits: 70.7 E(85289): 4.6e-12 Smith-Waterman score: 398; 29.4% identity (58.4% similar) in 296 aa overlap (82-373:5-277) 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 NFEDLGNHLTELETIYVTKEHLQETDVVRAVYRVLKNCPSVALKKKAKCLLS-KWKAVYK : : :. ... ::.:. .. . .:. : NP_958 MEDEVVRFAKKMDKMVQKKNASTRIGMSVNAIRK 10 20 30 120 130 140 150 160 pF1KE3 QTHSKARNSPKLFPVRGNKEENSGPSHDPSQNETL---GICSSNSLSSQDVAKLSEMIVP :. .. .: ... :. .::: . . .: .: :.:: ... . : . NP_958 QSTDEEVTSLAKSLIKSWKKLLDGPSTEKDLDEKKKEPAITSQNSPEAREESTSSGNV-- 40 50 60 70 80 90 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 ENRAIQLKPKEEHFGDGDPESTGKRSSELLDPTTPMRTKCIELLYAALTSSSTDQPKADL :: . . .. . :. :. : .: :: :.: ::: ... . NP_958 SNRKDETNARDTYV------SSFPRAPSTSDS---VRLKCREMLAAALRTGDDYIAIGAD 100 110 120 130 140 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 WQNFAREIEEHVFTLYSKNIKKYKTCIRSKVANLKNPRNSHLQQNLLSGTTSPREFAEMT .... .::: .. .. :::. .::...:::. .: .:..:.: :. : ::.:: NP_958 EEELGSQIEEAIYQEIRNTDMKYKNRVRSRISNLKDAKNPNLRKNVLCGNIPPDLFARMT 150 160 170 180 190 200 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 VMEMANKELKQLRASYTESCIQEHYLPQVIDGTQTNKIKCRRCEKYNCKVTVIDRGTLFL . :::. :::..: . :. :.:: . .. ::::. . : .:.: :: : NP_958 AEEMASDELKEMRKNLTKEAIREHQMAKT-GGTQTDLFTCGKCKKKNCTYT--------- 210 220 230 240 250 350 360 370 380 pF1KE3 PSWVRNSNPDEQMMTYVICNECGEQWYHSKWVCW :.. . :: : :.:.:::::..: NP_958 --QVQTRSADEPMTTFVVCNECGNRWKFC 260 270 280 >>NP_006747 (OMIM: 601425) transcription elongation fact (301 aa) initn: 475 init1: 236 opt: 315 Z-score: 330.9 bits: 69.6 E(85289): 1.1e-11 Smith-Waterman score: 419; 27.9% identity (55.6% similar) in 340 aa overlap (34-373:2-298) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 AHRKLCLPGSSNSPASAFRVAGTTAVKMSDKNQIAARASLIEQLMSKRNFEDLGNHLTEL ..... :. ......:.: . : :: NP_006 MEDEVVRFAKKMDKMVQKKNAAGALDLLKEL 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 ETIYVTKEHLQETDVVRAVYRVLKNCPSVALKKKAKCLLSKWKAVYKQTHSKARNSPKLF ..: .: : :: : . .: . :. . . . :: :...:: . .. . : NP_006 KNIPMTLELLQSTRIGMSVNAIRKQSTDEEVTSLAKSLIKSWKKLLDGPSTEKDLDEK-- 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 PVRGNKEENSGPSHDPSQNETLGICSSNSLSSQDVAKLSEMIVPENRAIQLKPKEEHFGD .:: ...: : .: :: .:. :: . . .. . NP_006 ----KKEPAITSQNSPEARE-------ESTSSGNVS---------NRKDETNARDTYV-- 90 100 110 120 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 GDPESTGKRSSELLDPTTPMRTKCIELLYAALTSSSTDQPKADLWQNFAREIEEHVFTLY :. :. : .: :: :.: ::: ... . .... .::: .. NP_006 ----SSFPRAPSTSDS---VRLKCREMLAAALRTGDDYIAIGADEEELGSQIEEAIYQEI 130 140 150 160 170 180 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 SKNIKKYKTCIRSKVANLKNPRNSHLQQNLLSGTTSPREFAEMTVMEMANKELKQLRASY .. :::. .::...:::. .: .:..:.: :. : ::.::. :::. :::..: . NP_006 RNTDMKYKNRVRSRISNLKDAKNPNLRKNVLCGNIPPDLFARMTAEEMASDELKEMRKNL 190 200 210 220 230 240 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 TESCIQEHYLPQVIDGTQTNKIKCRRCEKYNCKVTVIDRGTLFLPSWVRNSNPDEQMMTY :. :.:: . .. ::::. . : .:.: :: : :.. . :: : :. NP_006 TKEAIREHQMAKT-GGTQTDLFTCGKCKKKNCTYT-----------QVQTRSADEPMTTF 250 260 270 280 370 380 pF1KE3 VICNECGEQWYHSKWVCW :.:::::..: NP_006 VVCNECGNRWKFC 290 300 381 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 05:22:40 2016 done: Sun Nov 6 05:22:41 2016 Total Scan time: 8.580 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]