FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5783, 681 aa 1>>>pF1KE5783 681 - 681 aa - 681 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7171+/-0.000969; mu= 9.1204+/- 0.059 mean_var=135.1426+/-27.170, 0's: 0 Z-trim(109.9): 36 B-trim: 49 in 1/50 Lambda= 0.110326 statistics sampled from 11196 (11218) to 11196 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.694), E-opt: 0.2 (0.345), width: 16 Scan time: 3.520 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS47897.1 ESRP1 gene_id:54845|Hs108|chr8 ( 681) 4585 741.5 9.2e-214 CCDS47898.1 ESRP1 gene_id:54845|Hs108|chr8 ( 677) 4533 733.2 2.8e-211 CCDS47895.1 ESRP1 gene_id:54845|Hs108|chr8 ( 659) 4364 706.3 3.5e-203 CCDS47896.1 ESRP1 gene_id:54845|Hs108|chr8 ( 608) 4070 659.5 3.9e-189 CCDS10863.1 ESRP2 gene_id:80004|Hs108|chr16 ( 717) 2636 431.3 2.3e-120 CCDS47070.1 GRSF1 gene_id:2926|Hs108|chr4 ( 318) 356 68.2 2e-11 >>CCDS47897.1 ESRP1 gene_id:54845|Hs108|chr8 (681 aa) initn: 4585 init1: 4585 opt: 4585 Z-score: 3951.2 bits: 741.5 E(32554): 9.2e-214 Smith-Waterman score: 4585; 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CCDS10 VLSQSGALVRMQGVPYTAGMKDLLSVFQAYQLPADDYTSLMPVGDPPRTVLQAPKEWVCL 660 670 680 690 700 710 >>CCDS47070.1 GRSF1 gene_id:2926|Hs108|chr4 (318 aa) initn: 409 init1: 154 opt: 356 Z-score: 318.4 bits: 68.2 E(32554): 2e-11 Smith-Waterman score: 401; 28.5% identity (57.1% similar) in 326 aa overlap (239-524:2-313) 210 220 230 240 250 260 pF1KE5 KFESGTCSKMELIDDNTVVRARGLPWQSSDQDIARFFKGLNIAKG--GAALCLNAQGRRN .:. ::. : .: : . :: .:.: CCDS47 MEDVLNFFSDCRIRNGENGIHFLLNRDGKRR 10 20 30 270 280 290 300 310 320 pF1KE5 GEALVRFVSEEHRDLALQRHKHHMGTRYIEVYKATGEDFLKIAGGTSNEVAQFLSKENQV :.::... ::. . ::..:. .:: ::.:::. ..:: . . . . . . :. CCDS47 GDALIEMESEQDVQKALEKHRMYMGQRYVEVYEINNEDVDALMKSLQVKSSPVV---NDG 40 50 60 70 80 330 340 350 360 370 380 pF1KE5 IVRMRGLPFTATAEEVVAFFGQHCPITGGKEGILFVT-YPDGRPTGDAFVLFACEEYAQN .::.::::.. . ...: ::. . : :: : : ::.:.: : :.:.. 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