FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1180, 697 aa 1>>>pF1KE1180 697 - 697 aa - 697 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1808+/-0.000971; mu= 7.3176+/- 0.060 mean_var=344.8897+/-68.759, 0's: 0 Z-trim(110.0): 2122 B-trim: 131 in 1/51 Lambda= 0.069061 statistics sampled from 15872 (18255) to 15872 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.509), E-opt: 0.2 (0.214), width: 16 Scan time: 8.880 The best scores are: opt bits E(85289) NP_057349 (OMIM: 194536) zinc finger protein 12 is ( 697) 4963 510.4 9.6e-144 NP_008887 (OMIM: 194536) zinc finger protein 12 is ( 659) 3955 409.9 1.6e-113 NP_066986 (OMIM: 608191) RB-associated KRAB zinc f ( 714) 3256 340.3 1.5e-92 NP_001191385 (OMIM: 608191) RB-associated KRAB zin ( 714) 3256 340.3 1.5e-92 NP_689697 (OMIM: 613904) zinc finger protein 569 i ( 686) 2402 255.2 6.2e-67 XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 2402 255.2 6.2e-67 XP_011524841 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 2402 255.2 6.2e-67 XP_016881865 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 686) 2402 255.2 6.2e-67 XP_006723109 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 2402 255.2 6.3e-67 XP_006723111 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 2402 255.2 6.3e-67 XP_011524840 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 2402 255.2 6.3e-67 XP_006723110 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 710) 2402 255.2 6.3e-67 NP_001311086 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 743) 2262 241.3 1e-62 NP_001311085 (OMIM: 314995) zinc finger protein 41 ( 745) 2262 241.3 1e-62 XP_016881867 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger ( 650) 2233 238.3 7e-62 XP_011543981 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 2155 230.9 2e-59 NP_001304845 (OMIM: 616290) zinc finger protein 65 (1059) 2155 230.9 2e-59 XP_005272572 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 2155 230.9 2e-59 XP_016870103 (OMIM: 616290) PREDICTED: zinc finger (1059) 2155 230.9 2e-59 NP_149350 (OMIM: 616290) zinc finger protein 658 [ (1059) 2155 230.9 2e-59 NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2042 219.4 4.2e-56 NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2042 219.4 4.2e-56 NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 2042 219.4 4.2e-56 NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2042 219.4 4.3e-56 NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2042 219.4 4.3e-56 NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2042 219.4 4.3e-56 NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2042 219.4 4.3e-56 NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2042 219.4 4.3e-56 XP_016882935 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 818) 2042 219.4 4.3e-56 NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2042 219.4 4.3e-56 NP_942596 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 2042 219.4 4.3e-56 NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 2042 219.4 4.3e-56 NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2042 219.4 4.3e-56 NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2042 219.4 4.3e-56 NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2042 219.4 4.3e-56 NP_001309064 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 2042 219.4 4.3e-56 XP_016882934 (OMIM: 600398) PREDICTED: zinc finger ( 837) 2042 219.4 4.3e-56 NP_001291967 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 2032 218.3 7.6e-56 NP_001291969 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 2032 218.3 7.6e-56 NP_001291965 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 2032 218.3 7.6e-56 NP_001291964 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 2032 218.3 7.6e-56 NP_001291966 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 2032 218.3 7.6e-56 NP_001291968 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 666) 2032 218.3 7.6e-56 NP_008886 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33B i ( 778) 2032 218.4 8.3e-56 NP_001291962 (OMIM: 194522) zinc finger protein 33 ( 785) 2032 218.4 8.3e-56 NP_001311106 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 699) 2010 216.1 3.6e-55 NP_001265103 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 699) 2010 216.1 3.6e-55 NP_001265108 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 699) 2010 216.1 3.6e-55 NP_001265100 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 699) 2010 216.1 3.6e-55 NP_001311105 (OMIM: 194521) zinc finger protein 33 ( 699) 2010 216.1 3.6e-55 >>NP_057349 (OMIM: 194536) zinc finger protein 12 isofor (697 aa) initn: 4963 init1: 4963 opt: 4963 Z-score: 2701.7 bits: 510.4 E(85289): 9.6e-144 Smith-Waterman score: 4963; 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NP_066 EQGEEPWIMGGEFPCQHSP-EAWRVDDLIERIQENEDKHSRQAACINSKTLTEEKENTFS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 KTFDVETNPVPSRKIAYKNSLCDSCEKCLTSVSEYISSDGSYARMKADECSGCGKSLLHI . . .::. ::: ::.. : :: : : :.:. ::::::::: : :::. ::: NP_066 QIY-METSLVPSSIIAHN---CVSCGKNLESISQLISSDGSYARTKPDECNECGK----- 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 KLEKTHPGDQAYEFNQNGEPYTLNEESLYQKIRILEKPFEYIECQKAFQKDTVFVNH--- :. :.. ::::::. :. :::.. ::: :::::::: ::..:.....::. : NP_066 ----TYHGEKMCEFNQNGDTYSHNEENILQKISILEKPFEYNECMEALDNEAVFIAHKRA 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 -MEEKPYKWNGSEIAFLQMSDLTVHQTSHMEMKPYECSECGKSFCKKSKFIIHQRTHTGE . ::::.:: : :.:::.....: :.:::::.::::::::::::::::::::.:::: NP_066 YIGEKPYEWNDSGPDFIQMSNFNAYQRSQMEMKPFECSECGKSFCKKSKFIIHQRAHTGE 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 KPYECNQCGKSFCQKGTLTVHQRTHTGEKPYECNECGKNFYQKLHLIQHQRTHSGEKPYE :::::: ::::: ::::::::.:.: ::::.::::::.: ::::: :: :::::::::: NP_066 KPYECNVCGKSFSQKGTLTVHRRSHLEEKPYKCNECGKTFCQKLHLTQHLRTHSGEKPYE 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KE1 CSYCGKSFCQKTHLTQHQRTHSGERPYVCHDCGKTFSQKSALNDHQKIHTGVKLYKCSEC :: :::.:::::::: :::.::::::: :..:::.::.::::.:::. ::: :::::.:: NP_066 CSECGKTFCQKTHLTLHQRNHSGERPYPCNECGKSFSRKSALSDHQRTHTGEKLYKCNEC 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KE1 GKCFCRKSTLTTHLRTHTGEKPYECNECGKFFSRLSYLTVHYRTHSGEKPYECNECGKTF :: . ::::: :: :::::::::.:.::::::::.::::.:::.: ::::::::::::: NP_066 GKSYYRKSTLITHQRTHTGEKPYQCSECGKFFSRVSYLTIHYRSHLEEKPYECNECGKTF 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KE1 YLNSALMRHQRVHTGEKPYECNECGKLFSQLSYLTIHHRTHSGVKPYECSECGKTFYQNS ::::..::..::: :: .::.:::: :::: ::: :: .: :::::.:::::: :: NP_066 NLNSAFIRHRKVHTEEKSHECSECGK-FSQL-YLTDHHTAHLEEKPYECNECGKTFLVNS 470 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 590 pF1KE1 ALCRHRRIHKGEKPYECYICGKFFSQMSYLTIHHRIHSGEKPYECSECGKTFCQNSALNR :. :. . :::: ::: .:::.:...:: : :.: :: :::: :::::::: .::.: : NP_066 AFDGHQPLPKGEKSYECNVCGKLFNELSYYTEHYRSHSEEKPYGCSECGKTFSHNSSLFR 530 540 550 560 570 580 600 610 620 630 640 pF1KE1 HQRTHTGEKAYECYECGKCFSQMSYLTIHHRIHSGEKPFECNECGKAFSRMS-------- :::.::::: :::::::: ::: :::::::::::::::.::..:::.::::: NP_066 HQRVHTGEKPYECYECGKFFSQKSYLTIHHRIHSGEKPYECSKCGKVFSRMSNLTVHYRS 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 pF1KE1 --------------------YLTVHYRTHSGEKPYECTECGKKFYHKSAFNSHQRIHRRG :::::::::::::::::.::::::.:.::::::::::::: NP_066 HSGEKPYECNECGKVFSQKSYLTVHYRTHSGEKPYECNECGKKFHHRSAFNSHQRIHRRG 650 660 670 680 690 700 690 pF1KE1 NMNVIDVGRLL ::::.:: : NP_066 NMNVLDVENL 710 >>NP_001191385 (OMIM: 608191) RB-associated KRAB zinc fi (714 aa) initn: 3510 init1: 1520 opt: 3256 Z-score: 1782.4 bits: 340.3 E(85289): 1.5e-92 Smith-Waterman score: 3350; 67.4% identity (80.8% similar) in 730 aa overlap (1-696:1-714) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MNKSLGPVSFKDVAVDFTQEEWQQLDPEQKITYRDVMLENYSNLVSVGYHIIKPDVISKL :: ::::::::::::::::::::::..:::::::::::::.:::::: ::.:: :: NP_001 MNTLQGPVSFKDVAVDFTQEEWQQLDPDEKITYRDVMLENYSHLVSVGYDTTKPNVIIKL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 EQGEEPWIVEGEFLLQSYPDEVWQTDDLIERIQEEENKPSRQTVFI--ETLIEERGNVPG ::::::::. ::: : : :.:..:::::::::.:.: :::.. : .:: ::. :. . 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NP_689 KKFANVFPLNSDFFPSRHNLYEYDLFG---KCLE--HNFDCHNNVKCLMRKEHCEY-NEP 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 LLHIKLEKTHPGDQAYEFNQNGEPYTLNEESLYQKIRIL--EKPFEYIECQKAFQKDTVF . ..: .. :. :. .. . . : ...:: :::.: .:.:::.. . NP_689 VKSYGNSSSHFVITPFKCNHCGKGFNQTLD-LIRHLRIHTGEKPYECSNCRKAFSHKEKL 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 pF1KE1 VNHME----EKPYKWNGSEIAFLQMSDLTVHQTSHMEMKPYECSECGKSFCKKSKFIIHQ ..:.. :. :: : ::..::.: :: : ::: :.:: ::: .::..: :. NP_689 IKHYKIHSREQSYKCNECGKAFIKMSNLIRHQRIHTGEKPYACKECEKSFSQKSNLIDHE 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE1 RTHTGEKPYECNQCGKSFCQKGTLTVHQRTHTGEKPYECNECGKNFYQKLHLIQHQRTHS . ::::::::::.:::.: :: .: .::..::::::: :::::: : . : :.:.:. NP_689 KIHTGEKPYECNECGKAFSQKQSLIAHQKVHTGEKPYACNECGKAFPRIASLALHMRSHT 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE1 GEKPYECSYCGKSFCQKTHLTQHQRTHSGERPYVCHDCGKTFSQKSALNDHQKIHTGVKL :::::.:. :::.: : . : : : :.::.:: :..:::.:::.:::. :.. ::: : NP_689 GEKPYKCDKCGKAFSQFSMLIIHVRIHTGEKPYECNECGKAFSQSSALTVHMRSHTGEKP 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KE1 YKCSECGKCFCRKSTLTTHLRTHTGEKPYECNECGKFFSRLSYLTVHYRTHSGEKPYECN :.:.:: : : .:... :: . :: ::::::::::: : ..: :. : : :.::::: :. NP_689 YECKECRKAFSHKKNFITHQKIHTREKPYECNECGKAFIQMSNLVRHQRIHTGEKPYICK 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KE1 ECGKTFYLNSALMRHQRVHTGEKPYECNECGKLFSQLSYLTIHHRTHSGVKPYECSECGK ::::.: .: :. :...:.:::::::::::: ::: . . :...:.: :::.:.:::: NP_689 ECGKAFSQKSNLIAHEKIHSGEKPYECNECGKAFSQKQNFITHQKVHTGEKPYDCNECGK 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 pF1KE1 TFYQNSALCRHRRIHKGEKPYECYICGKFFSQMSYLTIHHRIHSGEKPYECSECGKTFCQ .: : ..: : : : ::::::: ::: ::: : :..: : :.::::: :.::::.: : NP_689 AFSQIASLTLHLRSHTGEKPYECDKCGKAFSQCSLLNLHMRSHTGEKPYVCNECGKAFSQ 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 pF1KE1 NSALNRHQRTHTGEKAYECYECGKCFSQMSYLTIHHRIHSGEKPFECNECGKAFSRMSYL ..: :.: ::::: ::: .::: ::: : :::: : :.:::::.:..::::::..: : NP_689 RTSLIVHMRGHTGEKPYECNKCGKAFSQSSSLTIHIRGHTGEKPFDCSKCGKAFSQISSL 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 pF1KE1 TVHYRTHSGEKPYECTECGKKFYHKSAFNSHQRIHRRGNMNVIDVGRLL :.:.: :.:::::.: :::: : .:: . ::::: NP_689 TLHMRKHTGEKPYHCIECGKAFSQKSHLVRHQRIHTH 650 660 670 680 >>XP_016881866 (OMIM: 613904) PREDICTED: zinc finger pro (686 aa) initn: 1955 init1: 1955 opt: 2402 Z-score: 1322.7 bits: 255.2 E(85289): 6.2e-67 Smith-Waterman score: 2402; 50.4% identity (72.2% similar) in 695 aa overlap (1-683:1-684) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MNKSLGPVSFKDVAVDFTQEEWQQLDPEQKITYRDVMLENYSNLVSVGYHIIKPDVISKL :..: : :.:::::.:::::::..::: :. ::.::::::.::..::: . ::::: :: XP_016 MTESQGTVTFKDVAIDFTQEEWKRLDPAQRKLYRNVMLENYNNLITVGYPFTKPDVIFKL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 EQGEEPWIVEGEFLLQSYPDEVWQTDDLIERIQEEENKPSRQTV--FIETLIEERGNVPG :: ::::..: : : . . :.: .:. :..... ::. : .:: ::.:: XP_016 EQEEEPWVMEEEVLRRHWQGEIWGVDEH----QKNQDRLLRQVEVKFQKTLTEEKGNECQ 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 K----TFDVETNPVPSRKIAYKNSLCDSCEKCLTSVSEYISSDGSYARMKADECSGCGKS : .: .... :::. :. .: ::: .. .. :. ..: .. 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