Result of FASTA (ccds) for pFN21AE3429
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE3429, 655 aa
  1>>>pF1KE3429 655 - 655 aa - 655 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4538+/-0.000997; mu= 7.5700+/- 0.060
 mean_var=239.5827+/-50.080, 0's: 0 Z-trim(111.8): 79  B-trim: 0 in 0/54
 Lambda= 0.082860
 statistics sampled from 12577 (12648) to 12577 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.72), E-opt: 0.2 (0.389), width:  16
 Scan time:  4.210

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS47415.1 SRPK1 gene_id:6732|Hs108|chr6          ( 655) 4386 537.8 1.8e-152
CCDS34724.1 SRPK2 gene_id:6733|Hs108|chr7          ( 699) 1527 196.0 1.5e-49
CCDS5735.1 SRPK2 gene_id:6733|Hs108|chr7           ( 688) 1522 195.4 2.2e-49
CCDS55537.1 SRPK3 gene_id:26576|Hs108|chrX         ( 533) 1346 174.3   4e-43
CCDS55538.1 SRPK3 gene_id:26576|Hs108|chrX         ( 566) 1346 174.3 4.1e-43
CCDS35441.1 SRPK3 gene_id:26576|Hs108|chrX         ( 567) 1337 173.2 8.7e-43


>>CCDS47415.1 SRPK1 gene_id:6732|Hs108|chr6               (655 aa)
 initn: 4386 init1: 4386 opt: 4386  Z-score: 2850.7  bits: 537.8 E(32554): 1.8e-152
Smith-Waterman score: 4386; 100.0% identity (100.0% similar) in 655 aa overlap (1-655:1-655)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MERKVLALQARKKRTKAKKDKAQRKSETQHRGSAPHSESDLPEQEEEILGSDDDEQEDPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 MERKVLALQARKKRTKAKKDKAQRKSETQHRGSAPHSESDLPEQEEEILGSDDDEQEDPN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 DYCKGGYHLVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLSWDIQGKKFVAMKVVKSAEHYTET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 DYCKGGYHLVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLSWDIQGKKFVAMKVVKSAEHYTET
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 ALDEIRLLKSVRNSDPNDPNREMVVQLLDDFKISGVNGTHICMVFEVLGHHLLKWIIKSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 ALDEIRLLKSVRNSDPNDPNREMVVQLLDDFKISGVNGTHICMVFEVLGHHLLKWIIKSN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 YQGLPLPCVKKIIQQVLQGLDYLHTKCRIIHTDIKPENILLSVNEQYIRRLAAEATEWQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 YQGLPLPCVKKIIQQVLQGLDYLHTKCRIIHTDIKPENILLSVNEQYIRRLAAEATEWQR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 SGAPPPSGSAVSTAPQPKPADKMSKNKKKKLKKKQKRQAELLEKRMQEIEEMEKESGPGQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 SGAPPPSGSAVSTAPQPKPADKMSKNKKKKLKKKQKRQAELLEKRMQEIEEMEKESGPGQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 KRPNKQEESESPVERPLKENPPNKMTQEKLEESSTIGQDQTLMERDTEGGAAEINCNGVI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 KRPNKQEESESPVERPLKENPPNKMTQEKLEESSTIGQDQTLMERDTEGGAAEINCNGVI
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE3 EVINYTQNSNNETLRHKEDLHNANDCDVQNLNQESSFLSSQNGDSSTSQETDSCTPITSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 EVINYTQNSNNETLRHKEDLHNANDCDVQNLNQESSFLSSQNGDSSTSQETDSCTPITSE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE3 VSDTMVCQSSSTVGQSFSEQHISQLQESIRAEIPCEDEQEQEHNGPLDNKGKSTAGNFLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VSDTMVCQSSSTVGQSFSEQHISQLQESIRAEIPCEDEQEQEHNGPLDNKGKSTAGNFLV
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE3 NPLEPKNAEKLKVKIADLGNACWVHKHFTEDIQTRQYRSLEVLIGSGYNTPADIWSTACM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 NPLEPKNAEKLKVKIADLGNACWVHKHFTEDIQTRQYRSLEVLIGSGYNTPADIWSTACM
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE3 AFELATGDYLFEPHSGEEYTRDEDHIALIIELLGKVPRKLIVAGKYSKEFFTKKGDLKHI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 AFELATGDYLFEPHSGEEYTRDEDHIALIIELLGKVPRKLIVAGKYSKEFFTKKGDLKHI
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650     
pF1KE3 TKLKPWGLFEVLVEKYEWSQEEAAGFTDFLLPMLELIPEKRATAAECLRHPWLNS
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 TKLKPWGLFEVLVEKYEWSQEEAAGFTDFLLPMLELIPEKRATAAECLRHPWLNS
              610       620       630       640       650     

>>CCDS34724.1 SRPK2 gene_id:6733|Hs108|chr7               (699 aa)
 initn: 2620 init1: 1515 opt: 1527  Z-score: 1003.2  bits: 196.0 E(32554): 1.5e-49
Smith-Waterman score: 2603; 58.3% identity (76.7% similar) in 709 aa overlap (3-655:4-699)

                10        20        30                     40      
pF1KE3  MERKVLALQARKKRTKAKKDKAQRKSETQHRGS-------------APHSESDLPEQEE
          :::::.::::.:   :..:  .: : :...               :  .   :: ::
CCDS34 MSSRKVLAIQARKRRP--KREKHPKKPEPQQKAPLVPPPPPPPPPPPPPLPDPTPPEPEE
               10          20        30        40        50        

         50        60        70        80        90       100      
pF1KE3 EILGSDDDEQEDPNDYCKGGYHLVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLSWDIQGKKFV
       :::::::.::::: :::::::: ::::::::::::::::::::::::::: ::.:::.::
CCDS34 EILGSDDEEQEDPADYCKGGYHPVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLCWDMQGKRFV
       60        70        80        90       100       110        

        110       120       130       140       150       160      
pF1KE3 AMKVVKSAEHYTETALDEIRLLKSVRNSDPNDPNREMVVQLLDDFKISGVNGTHICMVFE
       ::::::::.::::::::::.::: ::.:::.:::..:::::.:::::::.:: :.:::::
CCDS34 AMKVVKSAQHYTETALDEIKLLKCVRESDPSDPNKDMVVQLIDDFKISGMNGIHVCMVFE
      120       130       140       150       160       170        

        170       180       190       200       210       220      
pF1KE3 VLGHHLLKWIIKSNYQGLPLPCVKKIIQQVLQGLDYLHTKCRIIHTDIKPENILLSVNEQ
       :::::::::::::::::::. :::.::.::::::::::.::.::::::::::::. :.. 
CCDS34 VLGHHLLKWIIKSNYQGLPVRCVKSIIRQVLQGLDYLHSKCKIIHTDIKPENILMCVDDA
      180       190       200       210       220       230        

        230       240       250       260       270       280      
pF1KE3 YIRRLAAEATEWQRSGAPPPSGSAVSTAPQPKPADKMSKNKKKKLKKKQKRQAELLEKRM
       :.::.::::::::..::::::::::::::: ::  :.::::::::::::::::::::::.
CCDS34 YVRRMAAEATEWQKAGAPPPSGSAVSTAPQQKPIGKISKNKKKKLKKKQKRQAELLEKRL
      240       250       260       270       280       290        

        290              300       310       320       330         
pF1KE3 QEIEEMEKES-------GPGQKRPNKQEESESPVERPLKENPPNKMTQEKLEESSTIGQD
       :::::.:.:.       .  .  :......:   :  :: .  .. .. .  ...  ..:
CCDS34 QEIEELEREAERKIIEENITSAAPSNDQDGEYCPEVKLKTTGLEEAAEAETAKDNGEAED
      300       310       320       330       340       350        

     340               350                  360         370        
pF1KE3 QTL--------MERDTEGGAAEI-----------NCNGVIEVINYT--QNSNNETLRHKE
       :          .:.: .    :.           . :: ::   ..  :. ..:    .:
CCDS34 QEEKEDAEKENIEKDEDDVDQELANIDPTWIESPKTNGHIENGPFSLEQQLDDED-DDEE
      360       370       380       390       400       410        

      380       390       400                   410       420      
pF1KE3 DLHNANDCDVQNLNQESSFLSSQ-----NGDSST-------SQETDSCTPITSEVSDTMV
       :  : .. .... : ::..  :.     ::.  .       ::  .  : . :   . ..
CCDS34 DCPNPEEYNLDEPNAESDYTYSSSYEQFNGELPNGRHKIPESQFPEFSTSLFSGSLEPVA
       420       430       440       450       460       470       

        430       440       450       460          470       480   
pF1KE3 CQSSSTVGQSFSEQHISQLQESIRAEIPCEDEQEQ---EHNGPLDNKGKSTAGNFLVNPL
       : :  . :. ..::. :.         : .:...      .: :  :.:. :...:::::
CCDS34 CGSVLSEGSPLTEQEESS---------PSHDRSRTVSASSTGDLP-KAKTRAADLLVNPL
       480       490                500       510        520       

           490       500       510       520       530       540   
pF1KE3 EPKNAEKLKVKIADLGNACWVHKHFTEDIQTRQYRSLEVLIGSGYNTPADIWSTACMAFE
       .:.::.:..:::::::::::::::::::::::::::.:::::.::.::::::::::::::
CCDS34 DPRNADKIRVKIADLGNACWVHKHFTEDIQTRQYRSIEVLIGAGYSTPADIWSTACMAFE
       530       540       550       560       570       580       

           550       560       570       580       590       600   
pF1KE3 LATGDYLFEPHSGEEYTRDEDHIALIIELLGKVPRKLIVAGKYSKEFFTKKGDLKHITKL
       ::::::::::::::.:.::::::: ::::::..::.. ..::::.:::...:.:.:::::
CCDS34 LATGDYLFEPHSGEDYSRDEDHIAHIIELLGSIPRHFALSGKYSREFFNRRGELRHITKL
       590       600       610       620       630       640       

           610       620       630       640       650     
pF1KE3 KPWGLFEVLVEKYEWSQEEAAGFTDFLLPMLELIPEKRATAAECLRHPWLNS
       :::.::.:::::: : .:.:: :::::.::::..:::::.:.::::::::::
CCDS34 KPWSLFDVLVEKYGWPHEDAAQFTDFLIPMLEMVPEKRASAGECLRHPWLNS
       650       660       670       680       690         

>>CCDS5735.1 SRPK2 gene_id:6733|Hs108|chr7                (688 aa)
 initn: 2559 init1: 1515 opt: 1522  Z-score: 1000.1  bits: 195.4 E(32554): 2.2e-49
Smith-Waterman score: 2553; 59.9% identity (78.5% similar) in 664 aa overlap (35-655:36-688)

           10        20        30        40        50        60    
pF1KE3 VLALQARKKRTKAKKDKAQRKSETQHRGSAPHSESDLPEQEEEILGSDDDEQEDPNDYCK
                                     :  .   :: :::::::::.::::: ::::
CCDS57 EKSSSSERPEPQQKAPLVPPPPPPPPPPPPPLPDPTPPEPEEEILGSDDEEQEDPADYCK
          10        20        30        40        50        60     

           70        80        90       100       110       120    
pF1KE3 GGYHLVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLSWDIQGKKFVAMKVVKSAEHYTETALDE
       :::: ::::::::::::::::::::::::::: ::.:::.::::::::::.:::::::::
CCDS57 GGYHPVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLCWDMQGKRFVAMKVVKSAQHYTETALDE
          70        80        90       100       110       120     

          130       140       150       160       170       180    
pF1KE3 IRLLKSVRNSDPNDPNREMVVQLLDDFKISGVNGTHICMVFEVLGHHLLKWIIKSNYQGL
       :.::: ::.:::.:::..:::::.:::::::.:: :.:::::::::::::::::::::::
CCDS57 IKLLKCVRESDPSDPNKDMVVQLIDDFKISGMNGIHVCMVFEVLGHHLLKWIIKSNYQGL
         130       140       150       160       170       180     

          190       200       210       220       230       240    
pF1KE3 PLPCVKKIIQQVLQGLDYLHTKCRIIHTDIKPENILLSVNEQYIRRLAAEATEWQRSGAP
       :. :::.::.::::::::::.::.::::::::::::. :.. :.::.::::::::..:::
CCDS57 PVRCVKSIIRQVLQGLDYLHSKCKIIHTDIKPENILMCVDDAYVRRMAAEATEWQKAGAP
         190       200       210       220       230       240     

          250       260       270       280       290              
pF1KE3 PPSGSAVSTAPQPKPADKMSKNKKKKLKKKQKRQAELLEKRMQEIEEMEKES-------G
       :::::::::::: ::  :.::::::::::::::::::::::.:::::.:.:.       .
CCDS57 PPSGSAVSTAPQQKPIGKISKNKKKKLKKKQKRQAELLEKRLQEIEELEREAERKIIEEN
         250       260       270       280       290       300     

       300       310       320       330       340                 
pF1KE3 PGQKRPNKQEESESPVERPLKENPPNKMTQEKLEESSTIGQDQTL--------MERDTEG
         .  :......:   :  :: .  .. .. .  ...  ..::          .:.: . 
CCDS57 ITSAAPSNDQDGEYCPEVKLKTTGLEEAAEAETAKDNGEAEDQEEKEDAEKENIEKDEDD
         310       320       330       340       350       360     

     350                  360         370       380       390      
pF1KE3 GAAEI-----------NCNGVIEVINYT--QNSNNETLRHKEDLHNANDCDVQNLNQESS
          :.           . :: ::   ..  :. ..:    .::  : .. .... : ::.
CCDS57 VDQELANIDPTWIESPKTNGHIENGPFSLEQQLDDED-DDEEDCPNPEEYNLDEPNAESD
         370       380       390       400        410       420    

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pF1KE3 FLSSQ-----NGDSST-------SQETDSCTPITSEVSDTMVCQSSSTVGQSFSEQHISQ
       .  :.     ::.  .       ::  .  : . :   . ..: :  . :. ..::. :.
CCDS57 YTYSSSYEQFNGELPNGRHKIPESQFPEFSTSLFSGSLEPVACGSVLSEGSPLTEQEESS
          430       440       450       460       470       480    

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pF1KE3 LQESIRAEIPCEDEQEQ---EHNGPLDNKGKSTAGNFLVNPLEPKNAEKLKVKIADLGNA
                : .:...      .: :  :.:. :...:::::.:.::.:..:::::::::
CCDS57 ---------PSHDRSRTVSASSTGDLP-KAKTRAADLLVNPLDPRNADKIRVKIADLGNA
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pF1KE3 CWVHKHFTEDIQTRQYRSLEVLIGSGYNTPADIWSTACMAFELATGDYLFEPHSGEEYTR
       ::::::::::::::::::.:::::.::.::::::::::::::::::::::::::::.:.:
CCDS57 CWVHKHFTEDIQTRQYRSIEVLIGAGYSTPADIWSTACMAFELATGDYLFEPHSGEDYSR
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pF1KE3 DEDHIALIIELLGKVPRKLIVAGKYSKEFFTKKGDLKHITKLKPWGLFEVLVEKYEWSQE
       :::::: ::::::..::.. ..::::.:::...:.:.::::::::.::.:::::: : .:
CCDS57 DEDHIAHIIELLGSIPRHFALSGKYSREFFNRRGELRHITKLKPWSLFDVLVEKYGWPHE
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             630       640       650     
pF1KE3 EAAGFTDFLLPMLELIPEKRATAAECLRHPWLNS
       .:: :::::.::::..:::::.:.::::::::::
CCDS57 DAAQFTDFLIPMLEMVPEKRASAGECLRHPWLNS
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>>CCDS55537.1 SRPK3 gene_id:26576|Hs108|chrX              (533 aa)
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Smith-Waterman score: 2114; 54.0% identity (70.5% similar) in 633 aa overlap (22-654:21-532)

               10        20        30        40        50        60
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                            .: .   .  ::     . .:.. . .:::::.:::::.
CCDS55  MSASTGGGGDSGGSGGSSSSSQASCGPESSGSELALATPVPQMLQGLLGSDDEEQEDPK
                10        20        30        40        50         

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pF1KE3 DYCKGGYHLVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLSWDIQGKKFVAMKVVKSAEHYTET
       :::::::: :::::.:::::::.::::::::::::: :::: :.:::.:::::: :::::
CCDS55 DYCKGGYHPVKIGDVFNGRYHVVRKLGWGHFSTVWLCWDIQRKRFVALKVVKSAGHYTET
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pF1KE3 ALDEIRLLKSVRNSDPNDPNREMVVQLLDDFKISGVNGTHICMVFEVLGHHLLKWIIKSN
       :.:::.::: ::.:::.::.:: .:::.:::.::::::.:.:::.:::::.:::::::::
CCDS55 AVDEIKLLKCVRDSDPSDPKRETIVQLIDDFRISGVNGVHVCMVLEVLGHQLLKWIIKSN
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pF1KE3 YQGLPLPCVKKIIQQVLQGLDYLHTKCRIIHTDIKPENILLSVNEQYIRRLAAEATEWQR
       :::::.::::.:..:::.:::::::::.::::::::::::: :.. :::::::::::::.
CCDS55 YQGLPVPCVKSIVRQVLHGLDYLHTKCKIIHTDIKPENILLCVGDAYIRRLAAEATEWQQ
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pF1KE3 SGAPPPSGSAVSTAPQPKPADKMSKNKKKKLKKKQKRQAELLEKRMQEIEEMEKESGPGQ
       .:::::: : ::::::   . :.::::.::...:.:.: .:::.:.......:       
CCDS55 AGAPPPSRSIVSTAPQEVLTGKLSKNKRKKMRRKRKQQKRLLEERLRDLQRLEA------
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pF1KE3 KRPNKQEESESPVERPLKENPPNKMTQEKLEESSTIGQDQTLMERDTEGGAAEINCNGVI
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CCDS55 ------------------------------------------MEAATQA-----------
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pF1KE3 EVINYTQNSNNETLRHKEDLHNANDCDVQNLNQESSFLSSQNGDSSTSQETDSCTPITSE
                                        :.: :  ..:..:::            
CCDS55 ---------------------------------EDSGLRLDGGSGSTS------------
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pF1KE3 VSDTMVCQSSSTVGQSFSEQHISQLQESIRAEIPCEDEQEQEHNGPLDNKGKSTAGNFLV
               ::.  :. ::    : :. :          ...: .: :. .    :.:.::
CCDS55 --------SSGFSGSLFSPASCSILSGS---------SNQRETGGLLSPSTPFGASNLLV
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pF1KE3 NPLEPKNAEKLKVKIADLGNACWVHKHFTEDIQTRQYRSLEVLIGSGYNTPADIWSTACM
       :::::.::.:.:.:::::::::::::::::::::::::..:::::. :. ::::::::::
CCDS55 NPLEPQNADKIKIKIADLGNACWVHKHFTEDIQTRQYRAVEVLIGAEYGPPADIWSTACM
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pF1KE3 AFELATGDYLFEPHSGEEYTRDEDHIALIIELLGKVPRKLIVAGKYSKEFFTKKGDLKHI
       :::::::::::::::::.:.::::::: :.:::: .:  . ..:.::.:::...:.:.::
CCDS55 AFELATGDYLFEPHSGEDYSRDEDHIAHIVELLGDIPPAFALSGRYSREFFNRRGELRHI
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pF1KE3 TKLKPWGLFEVLVEKYEWSQEEAAGFTDFLLPMLELIPEKRATAAECLRHPWLNS
        .:: :::.:::.:::::  :.:. :. :::::.: ::::::.::.::.::::: 
CCDS55 HNLKHWGLYEVLMEKYEWPLEQATQFSAFLLPMMEYIPEKRASAADCLQHPWLNP
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>>CCDS55538.1 SRPK3 gene_id:26576|Hs108|chrX              (566 aa)
 initn: 2302 init1: 1345 opt: 1346  Z-score: 887.5  bits: 174.3 E(32554): 4.1e-43
Smith-Waterman score: 2177; 54.7% identity (73.3% similar) in 633 aa overlap (22-654:21-565)

               10        20        30        40        50        60
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CCDS55  MSASTGGGGDSGGSGGSSSSSQASCGPESSGSELALATPVPQMLQGLLGSDDEEQEDPK
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pF1KE3 DYCKGGYHLVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLSWDIQGKKFVAMKVVKSAEHYTET
       :::::::: :::::.:::::::.::::::::::::: :::: :.:::.:::::: :::::
CCDS55 DYCKGGYHPVKIGDVFNGRYHVVRKLGWGHFSTVWLCWDIQRKRFVALKVVKSAGHYTET
      60        70        80        90       100       110         

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pF1KE3 ALDEIRLLKSVRNSDPNDPNREMVVQLLDDFKISGVNGTHICMVFEVLGHHLLKWIIKSN
       :.:::.::: ::.:::.::.:: .:::.:::.::::::.:.:::.:::::.:::::::::
CCDS55 AVDEIKLLKCVRDSDPSDPKRETIVQLIDDFRISGVNGVHVCMVLEVLGHQLLKWIIKSN
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pF1KE3 YQGLPLPCVKKIIQQVLQGLDYLHTKCRIIHTDIKPENILLSVNEQYIRRLAAEATEWQR
       :::::.::::.:..:::.:::::::::.::::::::::::: :.. :::::::::::::.
CCDS55 YQGLPVPCVKSIVRQVLHGLDYLHTKCKIIHTDIKPENILLCVGDAYIRRLAAEATEWQQ
     180       190       200       210       220       230         

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pF1KE3 SGAPPPSGSAVSTAPQPKPADKMSKNKKKKLKKKQKRQAELLEKRMQEIEEMEKESGPGQ
       .:::::: : ::::::   . :.::::.::...:.:.: .:::.:.......:       
CCDS55 AGAPPPSRSIVSTAPQEVLTGKLSKNKRKKMRRKRKQQKRLLEERLRDLQRLEAM-----
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pF1KE3 KRPNKQEESESPVERPLKENPPNKMTQEKLEESSTIGQDQTLMERDTEGGAAEINCNGVI
                                      :..: ..:. :     .::..  . .:  
CCDS55 -------------------------------EAATQAEDSGLR---LDGGSGSTSSSGC-
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pF1KE3 EVINYTQNSNNETLRHKEDLHNANDCDVQNLNQESSFLSSQNGDSSTSQETDSCTPITSE
                           : ..               .. : : .:   .: .:  ..
CCDS55 --------------------HPGG---------------ARAGPSPAS---SSPAPGGGR
                         320                      330          340 

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pF1KE3 VSDTMVCQSSSTVGQSFSEQHISQLQESIRAEIPCEDEQEQEHNGPLDNKGKSTAGNFLV
        : .   :.:.  :. ::    : :. :          ...: .: :. .    :.:.::
CCDS55 -SLSAGSQTSGFSGSLFSPASCSILSGS---------SNQRETGGLLSPSTPFGASNLLV
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pF1KE3 NPLEPKNAEKLKVKIADLGNACWVHKHFTEDIQTRQYRSLEVLIGSGYNTPADIWSTACM
       :::::.::.:.:.:::::::::::::::::::::::::..:::::. :. ::::::::::
CCDS55 NPLEPQNADKIKIKIADLGNACWVHKHFTEDIQTRQYRAVEVLIGAEYGPPADIWSTACM
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pF1KE3 AFELATGDYLFEPHSGEEYTRDEDHIALIIELLGKVPRKLIVAGKYSKEFFTKKGDLKHI
       :::::::::::::::::.:.::::::: :.:::: .:  . ..:.::.:::...:.:.::
CCDS55 AFELATGDYLFEPHSGEDYSRDEDHIAHIVELLGDIPPAFALSGRYSREFFNRRGELRHI
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pF1KE3 TKLKPWGLFEVLVEKYEWSQEEAAGFTDFLLPMLELIPEKRATAAECLRHPWLNS
        .:: :::.:::.:::::  :.:. :. :::::.: ::::::.::.::.::::: 
CCDS55 HNLKHWGLYEVLMEKYEWPLEQATQFSAFLLPMMEYIPEKRASAADCLQHPWLNP
             520       530       540       550       560      

>>CCDS35441.1 SRPK3 gene_id:26576|Hs108|chrX              (567 aa)
 initn: 2207 init1: 1250 opt: 1337  Z-score: 881.6  bits: 173.2 E(32554): 8.7e-43
Smith-Waterman score: 2168; 54.6% identity (73.2% similar) in 634 aa overlap (22-654:21-566)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MERKVLALQARKKRTKAKKDKAQRKSETQHRGSAPHSESDLPEQEEEILGSDDDEQEDPN
                            .: .   .  ::     . .:.. . .:::::.:::::.
CCDS35  MSASTGGGGDSGGSGGSSSSSQASCGPESSGSELALATPVPQMLQGLLGSDDEEQEDPK
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pF1KE3 DYCKGGYHLVKIGDLFNGRYHVIRKLGWGHFSTVWLSWDIQGKKFVAMKVVKSAEHYTET
       :::::::: :::::.:::::::.::::::::::::: :::: :.:::.:::::: :::::
CCDS35 DYCKGGYHPVKIGDVFNGRYHVVRKLGWGHFSTVWLCWDIQRKRFVALKVVKSAGHYTET
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 ALDEIRLLKSVRNSDPNDPNREMVVQLLDDFKISGVNGTHICMVFEVLGHHLLKWIIKSN
       :.:::.::: ::.:::.::.:: .:::.:::.::::::.:.:::.:::::.:::::::::
CCDS35 AVDEIKLLKCVRDSDPSDPKRETIVQLIDDFRISGVNGVHVCMVLEVLGHQLLKWIIKSN
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CCDS35 AGAPPPSRSIVSTAPQEVLQTGKLSKNKRKKMRRKRKQQKRLLEERLRDLQRLEAM----
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       . : .   :.:.  :. ::    : :. :          ...: .: :. .    :.:.:
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       ::::::::::::::::::.:.::::::: :.:::: .:  . ..:.::.:::...:.:.:
CCDS35 MAFELATGDYLFEPHSGEDYSRDEDHIAHIVELLGDIPPAFALSGRYSREFFNRRGELRH
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655 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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