FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1925, 462 aa 1>>>pF1KE1925 462 - 462 aa - 462 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4100+/-0.0004; mu= 10.7098+/- 0.025 mean_var=227.7374+/-50.041, 0's: 0 Z-trim(119.8): 457 B-trim: 1784 in 1/53 Lambda= 0.084988 statistics sampled from 33760 (34357) to 33760 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.722), E-opt: 0.2 (0.403), width: 16 Scan time: 10.140 The best scores are: opt bits E(85289) NP_000674 (OMIM: 104250) alpha-2C adrenergic recep ( 462) 3099 392.9 9.4e-109 NP_000672 (OMIM: 104210) alpha-2A adrenergic recep ( 465) 1308 173.3 1.2e-42 NP_000673 (OMIM: 104260,607876) alpha-2B adrenergi ( 450) 948 129.2 2.3e-29 XP_016872785 (OMIM: 126450,159900) PREDICTED: D(2) ( 443) 706 99.5 1.9e-20 NP_000786 (OMIM: 126450,159900) D(2) dopamine rece ( 443) 706 99.5 1.9e-20 NP_009163 (OMIM: 604525) histamine H3 receptor [Ho ( 445) 624 89.4 2.1e-17 XP_005260323 (OMIM: 604525) PREDICTED: histamine H ( 453) 624 89.5 2.1e-17 NP_000515 (OMIM: 109760,614674) 5-hydroxytryptamin ( 422) 567 82.4 2.5e-15 XP_005265876 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 328) 553 80.6 7.1e-15 XP_006714884 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 331) 553 80.6 7.2e-15 XP_005265875 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 366) 553 80.6 7.7e-15 XP_011532740 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 389) 553 80.7 8e-15 XP_011532739 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 402) 553 80.7 8.1e-15 NP_000670 (OMIM: 104220) alpha-1B adrenergic recep ( 520) 553 80.8 9.5e-15 XP_011532737 (OMIM: 104220) PREDICTED: alpha-1B ad ( 556) 553 80.9 1e-14 NP_000855 (OMIM: 182133) 5-hydroxytryptamine recep ( 377) 535 78.4 3.6e-14 XP_011542714 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 308) 524 77.0 8.1e-14 XP_016868585 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 317) 524 77.0 8.2e-14 XP_011542713 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 324) 524 77.0 8.3e-14 NP_001309433 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 342) 524 77.0 8.6e-14 NP_001309432 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 370) 524 77.1 9.1e-14 NP_001309431 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic re ( 372) 524 77.1 9.1e-14 NP_150645 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 429) 524 77.2 9.9e-14 XP_006716356 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 429) 524 77.2 9.9e-14 NP_150647 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 455) 524 77.2 1e-13 NP_000671 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 466) 524 77.2 1e-13 NP_150646 (OMIM: 104221) alpha-1A adrenergic recep ( 475) 524 77.2 1.1e-13 XP_016868584 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475) 524 77.2 1.1e-13 XP_006716355 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475) 524 77.2 1.1e-13 XP_016868583 (OMIM: 104221) PREDICTED: alpha-1A ad ( 475) 524 77.2 1.1e-13 XP_011543044 (OMIM: 118510) PREDICTED: muscarinic ( 460) 522 77.0 1.2e-13 NP_000729 (OMIM: 118510) muscarinic acetylcholine ( 460) 522 77.0 1.2e-13 NP_000669 (OMIM: 104219) alpha-1D adrenergic recep ( 572) 514 76.1 2.8e-13 NP_000788 (OMIM: 126452,143465,601696) D(4) dopami ( 419) 491 73.1 1.6e-12 NP_000854 (OMIM: 182131) 5-hydroxytryptamine recep ( 390) 490 72.9 1.7e-12 NP_000856 (OMIM: 182132) 5-hydroxytryptamine recep ( 365) 477 71.3 4.9e-12 XP_011534091 (OMIM: 182132) PREDICTED: 5-hydroxytr ( 365) 477 71.3 4.9e-12 NP_001309138 (OMIM: 182134) 5-hydroxytryptamine re ( 366) 468 70.2 1.1e-11 XP_011531966 (OMIM: 182134) PREDICTED: 5-hydroxytr ( 366) 468 70.2 1.1e-11 NP_001309139 (OMIM: 182134) 5-hydroxytryptamine re ( 366) 468 70.2 1.1e-11 XP_005264808 (OMIM: 182134) PREDICTED: 5-hydroxytr ( 366) 468 70.2 1.1e-11 NP_001309137 (OMIM: 182134) 5-hydroxytryptamine re ( 366) 468 70.2 1.1e-11 NP_000857 (OMIM: 182134) 5-hydroxytryptamine recep ( 366) 468 70.2 1.1e-11 NP_000675 (OMIM: 109630,607276) beta-1 adrenergic ( 477) 469 70.5 1.1e-11 XP_016883112 (OMIM: 604525) PREDICTED: histamine H ( 399) 466 70.0 1.3e-11 NP_057658 (OMIM: 126450,159900) D(2) dopamine rece ( 414) 462 69.5 1.9e-11 NP_076917 (OMIM: 601305) 5-hydroxytryptamine recep ( 357) 456 68.7 2.9e-11 NP_387512 (OMIM: 126451,181500,190300) D(3) dopami ( 367) 455 68.6 3.2e-11 XP_016861318 (OMIM: 126451,181500,190300) PREDICTE ( 400) 455 68.7 3.4e-11 NP_001269492 (OMIM: 126451,181500,190300) D(3) dop ( 400) 455 68.7 3.4e-11 >>NP_000674 (OMIM: 104250) alpha-2C adrenergic receptor (462 aa) initn: 3099 init1: 3099 opt: 3099 Z-score: 2073.4 bits: 392.9 E(85289): 9.4e-109 Smith-Waterman score: 3099; 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NP_000 MFRQEQPLAEGSFAPMGSLQPDAG-NASWNGTEAPGGGARAT------P---YSLQVTLT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 LAAVVGFLIVFTVVGNVLVVIAVLTSRALRAPQNLFLVSLASADILVATLVMPFSLANEL :. ..:.:...:: :::::.:::.:::::.:::::::::::::::::::::.:::::::. NP_000 LVCLAGLLMLLTVFGNVLVIIAVFTSRALKAPQNLFLVSLASADILVATLVIPFSLANEV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 MAYWYFGQVWCGVYLALDVLFCTSSIVHLCAISLDRYWSVTQAVEYNLKRTPRRVKATIV :.:::::..:: .::::::::::::::::::::::::::.:::.::::::::::.:: :. NP_000 MGYWYFGKAWCEIYLALDVLFCTSSIVHLCAISLDRYWSITQAIEYNLKRTPRRIKAIII 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KE1 AVWLISAVISFPPLVSLYRQPDGA----AYPQCGLNDETWYILSSCIGSFFAPCLIMGLV .::.::::::::::.:. .. :. : :.: .::. ::..:::::::::::::: :: NP_000 TVWVISAVISFPPLISIEKKGGGGGPQPAEPRCEINDQKWYVISSCIGSFFAPCLIMILV 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE1 YARIYRVAKLRTRTLSEKRAP---VGPDGASPTTENGLGAAAGAGENGHCAPP-PADVE- :.:::..:: :::. .:.: ..: :.. :::: .:: .: : : :.... NP_000 YVRIYQIAKRRTRVPPSRRGPDAVAAPPGGTERRPNGLGPERSAGPGGAEAEPLPTQLNG 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 pF1KE1 -PDESSAAAERRRRRGALRRGG-----RRRAGAEGGAGGADGQG-AGPGAAESGALTASR : : . :. : :.... .: : . : :.: : . .. : : NP_000 APGEPAPAGPRDTDALDLEESSSSDHAERPPGPRRPERGPRGKGKARASQVKPGDSLPRR 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 390 pF1KE1 SPGPGGRLSRASSRSVEFFLSRRRRARSSVCRRKVAQAREKRFTFVLAVVMGVFVLCWFP .:: : . :.. . : : :..: : . : ::::::::::::.::::.:::: NP_000 GPGATGIGTPAAGPGEE----RVGAAKAS--RWRGRQNREKRFTFVLAVVIGVFVVCWFP 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 450 pF1KE1 FFFSYSLYGICREACQVPGPLFKFFFWIGYCNSSLNPVIYTVFNQDFRRSFKHILFRRRR :::.:.: .. .:.:: :::::::.:::::::::::::.::.::::.::.:: : : NP_000 FFFTYTLTAV---GCSVPRTLFKFFFWFGYCNSSLNPVIYTIFNHDFRRAFKKILCRGDR 410 420 430 440 450 460 460 pF1KE1 RGFRQ . NP_000 KRIV >>NP_000673 (OMIM: 104260,607876) alpha-2B adrenergic re (450 aa) initn: 1391 init1: 727 opt: 948 Z-score: 648.2 bits: 129.2 E(85289): 2.3e-29 Smith-Waterman score: 1377; 54.5% identity (71.8% similar) in 444 aa overlap (46-454:7-443) 20 30 40 50 60 70 pF1KE1 AGPNASGAGERGSGGVANASGASWGPPRGQYSAGAVAGLAAVVGFLIVFTVVGNVLVVIA ::. :.:..::.. :::.::. ::.::..: NP_000 MDHQDPYSVQATAAIAAAITFLILFTIFGNALVILA 10 20 30 80 90 100 110 120 130 pF1KE1 VLTSRALRAPQNLFLVSLASADILVATLVMPFSLANELMAYWYFGQVWCGVYLALDVLFC :::::.:::::::::::::.::::::::..::::::::..:::: ..:: :::::::::: NP_000 VLTSRSLRAPQNLFLVSLAAADILVATLIIPFSLANELLGYWYFRRTWCEVYLALDVLFC 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KE1 TSSIVHLCAISLDRYWSVTQAVEYNLKRTPRRVKATIVAVWLISAVISFPPLVSLYRQ-P ::::::::::::::::.:..:.::: ::::::.: :..::::.::::.:::. : : NP_000 TSSIVHLCAISLDRYWAVSRALEYNSKRTPRRIKCIILTVWLIAAVISLPPLIYKGDQGP 100 110 120 130 140 150 200 210 220 230 240 250 pF1KE1 DGAAYPQCGLNDETWYILSSCIGSFFAPCLIMGLVYARIYRVAKLRTRTLSEKRAPVGP- . . ::: ::.:.::::.: ::::::::::: ::: ::: .:: .: :: :: NP_000 QPRGRPQCKLNQEAWYILASSIGSFFAPCLIMILVYLRIYLIAKRSNRR--GPRAKGGPG 160 170 180 190 200 210 260 270 280 290 pF1KE1 DGAS--PTTENG----------LGAAAGAGE-NGHCAPPPADVEPDESSAAAERRR---R .: : : ..: :...:.: : ::: . .. : :. . : NP_000 QGESKQPRPDHGGALASAKLPALASVASAREVNGH-SKSTGEKEEGETPEDTGTRALPPS 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 pF1KE1 RGALRRGGRRRAGAEGGAGGADGQGAG--------------PGAAESGALTASRSP--GP .:: .:. : . :. ::. . . : :. . .: : : NP_000 WAALPNSGQ---GQKEGVCGASPEDEAEEEEEEEEEEEECEPQAVPVSPASACSPPLQQP 280 290 300 310 320 330 350 360 370 380 390 400 pF1KE1 GGRLSRASSRSVEFFLSRRRRARSSVCRRKVAQ-AREKRFTFVLAVVMGVFVLCWFPFFF : :. :. . .:.: : .. :. :: .::::::::::::.:::::::::::: NP_000 QGSRVLATLRG-QVLLGRGVGAIGGQWWRRRAQLTREKRFTFVLAVVIGVFVLCWFPFFF 340 350 360 370 380 410 420 430 440 450 460 pF1KE1 SYSLYGICREACQVPGPLFKFFFWIGYCNSSLNPVIYTVFNQDFRRSFKHILFRRRRRGF :::: .:: . :.:: ::.::::::::::::::::::.:::::::.:..:: : NP_000 SYSLGAICPKHCKVPHGLFQFFFWIGYCNSSLNPVIYTIFNQDFRRAFRRILCRPWTQTA 390 400 410 420 430 440 pF1KE1 RQ NP_000 W 450 >>XP_016872785 (OMIM: 126450,159900) PREDICTED: D(2) dop (443 aa) initn: 746 init1: 342 opt: 706 Z-score: 487.9 bits: 99.5 E(85289): 1.9e-20 Smith-Waterman score: 718; 32.9% identity (63.4% similar) in 423 aa overlap (55-452:38-441) 30 40 50 60 70 80 pF1KE1 ERGSGGVANASGASWGPPRGQYSAGAVAGLAAVVGFLIVFTVVGNVLVVIAVLTSRALRA :... .::. : ::::: .:: .::.. 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XP_016 TRTSLKTMSRRKLSQQKEKKATQMLAIVLGVFIICWLPFFITHILNIHCD--CNIPPVLY 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 pF1KE1 KFFFWIGYCNSSLNPVIYTVFNQDFRRSFKHILFRRRRRGFRQ . : :.:: ::..::.:::.:: .::..: .:: XP_016 SAFTWLGYVNSAVNPIIYTTFNIEFRKAFLKILHC 410 420 430 440 >>NP_000786 (OMIM: 126450,159900) D(2) dopamine receptor (443 aa) initn: 746 init1: 342 opt: 706 Z-score: 487.9 bits: 99.5 E(85289): 1.9e-20 Smith-Waterman score: 718; 32.9% identity (63.4% similar) in 423 aa overlap (55-452:38-441) 30 40 50 60 70 80 pF1KE1 ERGSGGVANASGASWGPPRGQYSAGAVAGLAAVVGFLIVFTVVGNVLVVIAVLTSRALRA :... .::. : ::::: .:: .::.. 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NP_000 FRAHLRAPLKGNCTHPEDMKLCTVIMKSNGSFPVNRRRVEAA-RRAQELEMEMLSSTSPP 240 250 260 270 280 290 320 330 340 350 pF1KE1 D-----------GQGAGPGAAESGALTASRSPGPGGRLSRASS--RSVEFFL------SR . : . : .. : .. ::. . ..:.. . ...: .. NP_000 ERTRYSPIPPSHHQLTLPDPSHHGLHSTPDSPAKPEKNGHAKDHPKIAKIFEIQTMPNGK 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE1 RRRARSSVCRRKVAQAREKRFTFVLAVVMGVFVLCWFPFFFSYSLYGICREACQVPGPLF : . ... :::..: .::. : .::.:.:::..::.:::... : : :..: :. NP_000 TRTSLKTMSRRKLSQQKEKKATQMLAIVLGVFIICWLPFFITHILNIHCD--CNIPPVLY 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 pF1KE1 KFFFWIGYCNSSLNPVIYTVFNQDFRRSFKHILFRRRRRGFRQ . : :.:: ::..::.:::.:: .::..: .:: NP_000 SAFTWLGYVNSAVNPIIYTTFNIEFRKAFLKILHC 410 420 430 440 >>NP_009163 (OMIM: 604525) histamine H3 receptor [Homo s (445 aa) initn: 528 init1: 305 opt: 624 Z-score: 433.5 bits: 89.4 E(85289): 2.1e-17 Smith-Waterman score: 640; 31.5% identity (59.4% similar) in 451 aa overlap (13-452:4-427) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MASPALAAALAVAAAAGP-NASGAGERGSGGVANASGASWGPPRGQYSAGAVAGLAAVVG : :: ::::: .: .: :.:: :: .::. .: :::... 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XP_005 ASSAS--LEKRMKMVSQSFTQRFRLSRDRKVAKSLAVIVSIFGLCWAPYTLLMIIRAACH 330 340 350 360 370 380 410 420 430 440 450 460 pF1KE1 EACQVPGPLFKFFFWIGYCNSSLNPVIYTVFNQDFRRSFKHILFRRRRRGFRQ : :: .. ::. . ::..:::.: . ...:::.: ..: XP_005 GHC-VPDYWYETSFWLLWANSAVNPVLYPLCHHSFRRAFTKLLCPQKLKIQPHSSLEHCW 390 400 410 420 430 440 XP_005 KKMKKKTCL 450 >>NP_000515 (OMIM: 109760,614674) 5-hydroxytryptamine re (422 aa) initn: 850 init1: 546 opt: 567 Z-score: 396.0 bits: 82.4 E(85289): 2.5e-15 Smith-Waterman score: 832; 36.7% identity (63.8% similar) in 403 aa overlap (57-452:42-415) 30 40 50 60 70 80 pF1KE1 GSGGVANASGASWGPPRGQYSAGAVAGLAAVVGFLIVFTVVGNVLVVIAVLTSRALRAPQ ..: :: .:.::. :: :. :.:. NP_000 TTSPPAPFETGGNTTGISDVTVSYQVITSLLLGTLIFCAVLGNACVVAAIALERSLQNVA 20 30 40 50 60 70 90 100 110 120 130 140 pF1KE1 NLFLVSLASADILVATLVMPFSLANELMAYWYFGQVWCGVYLALDVLFCTSSIVHLCAIS : .. ::: .:..:..::.:.. ... : .::: : ...::::: :::::.:::::. 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