FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1225, 287 aa 1>>>pF1KE1225 287 - 287 aa - 287 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0530+/-0.000956; mu= 11.3974+/- 0.057 mean_var=98.2039+/-19.605, 0's: 0 Z-trim(107.8): 113 B-trim: 8 in 2/49 Lambda= 0.129423 statistics sampled from 9676 (9799) to 9676 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.689), E-opt: 0.2 (0.301), width: 16 Scan time: 1.930 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS46201.1 RFPL4A gene_id:342931|Hs108|chr19 ( 287) 1969 378.0 4.3e-105 CCDS59425.1 RFPL4AL1 gene_id:729974|Hs108|chr19 ( 287) 1946 373.7 8.4e-104 CCDS13857.2 RFPL1 gene_id:5988|Hs108|chr22 ( 317) 1166 228.1 6.3e-60 CCDS13904.1 RFPL3 gene_id:10738|Hs108|chr22 ( 288) 1145 224.2 8.9e-59 CCDS43011.1 RFPL3 gene_id:10738|Hs108|chr22 ( 317) 1145 224.2 9.6e-59 CCDS46694.1 RFPL2 gene_id:10739|Hs108|chr22 ( 317) 1104 216.5 1.9e-56 CCDS43009.2 RFPL2 gene_id:10739|Hs108|chr22 ( 378) 1104 216.6 2.2e-56 CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 530 109.5 5.2e-24 CCDS34515.1 RFPL4B gene_id:442247|Hs108|chr6 ( 263) 508 105.2 5.3e-23 CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 ( 475) 492 102.4 6.7e-22 CCDS31048.1 TRIM11 gene_id:81559|Hs108|chr1 ( 468) 483 100.7 2.1e-21 CCDS4611.1 BTN3A3 gene_id:10384|Hs108|chr6 ( 584) 472 98.7 1e-20 CCDS56405.1 BTN2A1 gene_id:11120|Hs108|chr6 ( 466) 468 97.9 1.5e-20 CCDS4613.1 BTN2A1 gene_id:11120|Hs108|chr6 ( 527) 468 97.9 1.6e-20 CCDS4612.2 BTN3A3 gene_id:10384|Hs108|chr6 ( 535) 467 97.8 1.9e-20 CCDS56403.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 313) 460 96.3 3e-20 CCDS475.1 ERMAP gene_id:114625|Hs108|chr1 ( 475) 461 96.6 3.7e-20 CCDS4607.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 407) 460 96.4 3.7e-20 CCDS4606.1 BTN2A2 gene_id:10385|Hs108|chr6 ( 523) 460 96.4 4.5e-20 CCDS3851.1 TRIML1 gene_id:339976|Hs108|chr4 ( 468) 453 95.1 1e-19 CCDS34378.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 488) 453 95.1 1.1e-19 CCDS4614.1 BTN1A1 gene_id:696|Hs108|chr6 ( 526) 453 95.1 1.1e-19 CCDS47388.1 BTN3A1 gene_id:11119|Hs108|chr6 ( 461) 447 94.0 2.2e-19 CCDS4608.1 BTN3A1 gene_id:11119|Hs108|chr6 ( 513) 447 94.0 2.4e-19 CCDS34377.1 TRIM39 gene_id:56658|Hs108|chr6 ( 518) 446 93.8 2.7e-19 CCDS10498.1 MEFV gene_id:4210|Hs108|chr16 ( 781) 447 94.1 3.3e-19 CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 436 91.9 9.5e-19 CCDS1636.1 TRIM58 gene_id:25893|Hs108|chr1 ( 486) 418 88.6 9.8e-18 CCDS4568.1 TRIM38 gene_id:10475|Hs108|chr6 ( 465) 412 87.4 2.1e-17 CCDS34654.1 TRIM50 gene_id:135892|Hs108|chr7 ( 487) 365 78.7 9.3e-15 CCDS4460.2 BTNL9 gene_id:153579|Hs108|chr5 ( 535) 362 78.2 1.5e-14 CCDS4463.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 ( 303) 358 77.2 1.6e-14 CCDS43414.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 ( 329) 358 77.3 1.7e-14 CCDS4462.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 ( 511) 358 77.4 2.4e-14 CCDS3808.1 TRIM60 gene_id:166655|Hs108|chr4 ( 471) 357 77.2 2.6e-14 CCDS81297.1 TRIM62 gene_id:55223|Hs108|chr1 ( 354) 343 74.5 1.3e-13 CCDS76745.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 263) 341 74.0 1.3e-13 CCDS76746.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 279) 341 74.0 1.3e-13 CCDS73719.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 296) 341 74.1 1.4e-13 CCDS10114.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 341) 341 74.1 1.6e-13 CCDS376.1 TRIM62 gene_id:55223|Hs108|chr1 ( 475) 343 74.6 1.6e-13 CCDS53693.1 TRIM64B gene_id:642446|Hs108|chr11 ( 449) 342 74.4 1.7e-13 CCDS32220.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 500) 341 74.2 2.1e-13 CCDS1571.1 TRIM17 gene_id:51127|Hs108|chr1 ( 477) 333 72.7 5.8e-13 CCDS73363.1 TRIM64 gene_id:120146|Hs108|chr11 ( 449) 329 71.9 9.3e-13 CCDS3850.2 TRIML2 gene_id:205860|Hs108|chr4 ( 437) 325 71.2 1.5e-12 CCDS2015.1 TRIM43 gene_id:129868|Hs108|chr2 ( 446) 325 71.2 1.5e-12 CCDS60930.1 TRIM49D1 gene_id:399939|Hs108|chr11 ( 452) 319 70.1 3.4e-12 CCDS73287.1 TRIM64C gene_id:646754|Hs108|chr11 ( 450) 318 69.9 3.9e-12 CCDS47358.1 BTNL3 gene_id:10917|Hs108|chr5 ( 466) 314 69.2 6.6e-12 >>CCDS46201.1 RFPL4A gene_id:342931|Hs108|chr19 (287 aa) initn: 1969 init1: 1969 opt: 1969 Z-score: 2000.2 bits: 378.0 E(32554): 4.3e-105 Smith-Waterman score: 1969; 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CCDS13 MAALFQEASSCPVCSDYLEKPMSLECGCTVCLKCINSLQKEPHGEDLLCCCCSMVSQRNK 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 IKPKYKLRALVSIIKELEPKLKSVLTMNPRMRKFQVDMTFDVDTANNYLIISEDLRSFRS :.:. .:. ::: :::::::::..: :::::::::::::.:.:::::.:.::.:::: :: CCDS13 IRPNRQLERLVSHIKELEPKLKKILQMNPRMRKFQVDMTLDADTANNFLLISDDLRSVRS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 GDLSQNRKEQAERFDTALCVLGTPRFTSGRHYWEVDVGTSQVWDVGVCKESVNRQGKIVL : ..:::.. :::::...:.::.:::: :::::::::::: ::.:::.:::. .::: : CCDS13 GLITQNRQDLAERFDVSVCILGSPRFTCGRHYWEVDVGTSTEWDLGVCRESVHCKGKIQL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 SSEHGFLTVGCREGKVFAASTVPMTPLWVSPQLHRVGIFLDVGMRSIAFYNVSDGCHIYT ..: :: ::. :.:. ..:::::.: : :. .:.:::::::.::....:... .: :.:: CCDS13 TTELGFWTVSLRDGSRLSASTVPLTFLLVDRKLQRVGIFLDMGMQNVSFFDAESGSHVYT 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE1 FIEIPVCEPWRPFFAHKRGSQDDQSILSICSVINPSAASAPVSSEGK : . . :: :::.: . . ::..:::: ..: ....::: CCDS13 FRSVSAEEPLRPFLAPSIPPNGDQGVLSICPLMNSGTTDAPVRPGEAK 250 260 270 280 >>CCDS43011.1 RFPL3 gene_id:10738|Hs108|chr22 (317 aa) initn: 1145 init1: 1145 opt: 1145 Z-score: 1168.1 bits: 224.2 E(32554): 9.6e-59 Smith-Waterman score: 1145; 57.8% identity (82.6% similar) in 282 aa overlap (1-282:30-311) 10 20 30 pF1KE1 MAEHFKQIIRCPVCLKDLEEAVQLKCGYACC :: :.. :::: ::. ..:.:: . : CCDS43 MKRLSLVTTNRLSPQGNFLPLCTFPLAVDMAALFQEASSCPVCSDYLEKPMSLECGCTVC 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 LQCLNSLQKEPDGEGLLCRFCSVVSQKDDIKPKYKLRALVSIIKELEPKLKSVLTMNPRM :.:.::::::: :: ::: ::.:::.. :.:. .:. ::: :::::::::..: ::::: CCDS43 LKCINSLQKEPHGEDLLCCCCSMVSQRNKIRPNRQLERLVSHIKELEPKLKKILQMNPRM 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 RKFQVDMTFDVDTANNYLIISEDLRSFRSGDLSQNRKEQAERFDTALCVLGTPRFTSGRH ::::::::.:.:::::.:.::.:::: ::: ..:::.. :::::...:.::.:::: ::: CCDS43 RKFQVDMTLDADTANNFLLISDDLRSVRSGLITQNRQDLAERFDVSVCILGSPRFTCGRH 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 YWEVDVGTSQVWDVGVCKESVNRQGKIVLSSEHGFLTVGCREGKVFAASTVPMTPLWVSP ::::::::: ::.:::.:::. .::: :..: :: ::. :.:. ..:::::.: : :. CCDS43 YWEVDVGTSTEWDLGVCRESVHCKGKIQLTTELGFWTVSLRDGSRLSASTVPLTFLLVDR 190 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 QLHRVGIFLDVGMRSIAFYNVSDGCHIYTFIEIPVCEPWRPFFAHKRGSQDDQSILSICS .:.:::::::.::....:... .: :.::: . . :: :::.: . . ::..:::: CCDS43 KLQRVGIFLDMGMQNVSFFDAESGSHVYTFRSVSAEEPLRPFLAPSIPPNGDQGVLSICP 250 260 270 280 290 300 280 pF1KE1 VINPSAASAPVSSEGK ..: ....::: CCDS43 LMNSGTTDAPVRPGEAK 310 >>CCDS46694.1 RFPL2 gene_id:10739|Hs108|chr22 (317 aa) initn: 1104 init1: 1104 opt: 1104 Z-score: 1126.7 bits: 216.5 E(32554): 1.9e-56 Smith-Waterman score: 1104; 56.0% identity (81.6% similar) in 282 aa overlap (1-282:30-311) 10 20 30 pF1KE1 MAEHFKQIIRCPVCLKDLEEAVQLKCGYACC :: :.. :::: ::. ..:.:: : : CCDS46 MKRLSLVTTNRLSPHGNFFTLCTFPLAVDMAALFQEASSCPVCSDYLEKPMSLECGCAVC 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 LQCLNSLQKEPDGEGLLCRFCSVVSQKDDIKPKYKLRALVSIIKELEPKLKSVLTMNPRM :.:.::::::: :: ::: :.::.:. :. . .:. :.: :::::::::..: ::::: CCDS46 LKCINSLQKEPHGEDLLCCCSSMVSRKNKIRRNRQLERLASHIKELEPKLKKILQMNPRM 70 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 RKFQVDMTFDVDTANNYLIISEDLRSFRSGDLSQNRKEQAERFDTALCVLGTPRFTSGRH ::::::::.:..::::.:.::.:::: ::: . :::.. :::::...:.::.:::: ::: CCDS46 RKFQVDMTLDANTANNFLLISDDLRSVRSGRIRQNRQDLAERFDVSVCILGSPRFTCGRH 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 YWEVDVGTSQVWDVGVCKESVNRQGKIVLSSEHGFLTVGCREGKVFAASTVPMTPLWVSP :::::::: ::.:::.:::.:.:.: :..: :: ::. :.: ..:.:::.: :.:. CCDS46 CWEVDVGTSTEWDLGVCRESVHRKGRIQLTTELGFWTVSLRDGGRLSATTVPLTFLFVDR 190 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 QLHRVGIFLDVGMRSIAFYNVSDGCHIYTFIEIPVCEPWRPFFAHKRGSQDDQSILSICS .:.:::::::.::....:... .: :.::: . . :: :::.: . . ::..:::: CCDS46 KLQRVGIFLDMGMQNVSFFDAESGSHVYTFRSVSAEEPLRPFLAPSVPPNGDQGVLSICP 250 260 270 280 290 300 280 pF1KE1 VINPSAASAPVSSEGK ..: ....::: CCDS46 LMNSGTTDAPVRPGEAK 310 >>CCDS43009.2 RFPL2 gene_id:10739|Hs108|chr22 (378 aa) initn: 1104 init1: 1104 opt: 1104 Z-score: 1125.7 bits: 216.6 E(32554): 2.2e-56 Smith-Waterman score: 1104; 56.0% identity (81.6% similar) in 282 aa overlap (1-282:91-372) 10 20 30 pF1KE1 MAEHFKQIIRCPVCLKDLEEAVQLKCGYAC :: :.. :::: ::. ..:.:: : CCDS43 KRPSCAPSPQDLSAQWKQLEDRGASSRRVDMAALFQEASSCPVCSDYLEKPMSLECGCAV 70 80 90 100 110 120 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 CLQCLNSLQKEPDGEGLLCRFCSVVSQKDDIKPKYKLRALVSIIKELEPKLKSVLTMNPR ::.:.::::::: :: ::: :.::.:. :. . .:. :.: :::::::::..: :::: CCDS43 CLKCINSLQKEPHGEDLLCCCSSMVSRKNKIRRNRQLERLASHIKELEPKLKKILQMNPR 130 140 150 160 170 180 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 MRKFQVDMTFDVDTANNYLIISEDLRSFRSGDLSQNRKEQAERFDTALCVLGTPRFTSGR :::::::::.:..::::.:.::.:::: ::: . :::.. :::::...:.::.:::: :: CCDS43 MRKFQVDMTLDANTANNFLLISDDLRSVRSGRIRQNRQDLAERFDVSVCILGSPRFTCGR 190 200 210 220 230 240 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 HYWEVDVGTSQVWDVGVCKESVNRQGKIVLSSEHGFLTVGCREGKVFAASTVPMTPLWVS : :::::::: ::.:::.:::.:.:.: :..: :: ::. :.: ..:.:::.: :.:. CCDS43 HCWEVDVGTSTEWDLGVCRESVHRKGRIQLTTELGFWTVSLRDGGRLSATTVPLTFLFVD 250 260 270 280 290 300 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 PQLHRVGIFLDVGMRSIAFYNVSDGCHIYTFIEIPVCEPWRPFFAHKRGSQDDQSILSIC .:.:::::::.::....:... .: :.::: . . :: :::.: . . ::..:::: CCDS43 RKLQRVGIFLDMGMQNVSFFDAESGSHVYTFRSVSAEEPLRPFLAPSVPPNGDQGVLSIC 310 320 330 340 350 360 280 pF1KE1 SVINPSAASAPVSSEGK ..: ....::: CCDS43 PLMNSGTTDAPVRPGEAK 370 >>CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 (513 aa) initn: 611 init1: 509 opt: 530 Z-score: 544.6 bits: 109.5 E(32554): 5.2e-24 Smith-Waterman score: 530; 38.6% identity (66.4% similar) in 220 aa overlap (70-286:287-506) 40 50 60 70 80 90 pF1KE1 KEPDGEGLLCRFCSVVSQKDDIKPKYKLRALVSIIKELEPKLKSVLTMNPRMRKFQ---V :. .:.. :..: . ..:. : : CCDS46 RAERIRIPEPWITPPDLQEKIHIFAQKCLFLTESLKQFTEKMQSDMEKIQELREAQLYSV 260 270 280 290 300 310 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 DMTFDVDTANNYLIISEDLRSFRSGDLSQNRKEQAERFDTALCVLGTPRFTSGRHYWEVD :.:.: ::: ::.:..::. : . :.:. .. :::. ::::.: : .:::::::. CCDS46 DVTLDPDTAYPSLILSDNLRQVRYSYLQQDLPDNPERFNLFPCVLGSPCFIAGRHYWEVE 320 330 340 350 360 370 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 VGTSQVWDVGVCKESVNRQGKIVLSSEHGFLTVGCREGKVFAASTVPMTPLWVSPQLHRV :: . : .:::..:: :.: .. . ..:: .:. :: . : : ::: : . :.:: CCDS46 VGDKAKWTIGVCEDSVCRKGGVTSAPQNGFWAVSLWYGKEYWALTSPMTALPLRTPLQRV 380 390 400 410 420 430 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 GIFLDVGMRSIAFYNVSDGCHIYTFIEIPVCEPWRPFFAHKRGSQDDQSILSICSVINPS ::::: ..::::.. :: .:: . : : ::.:. . .. . . : :: . . . CCDS46 GIFLDYDAGEVSFYNVTERCHTFTFSHATFCGPVRPYFSLSYSGGKSAAPLIICPMSGID 440 450 460 470 480 490 280 pF1KE1 AASAPVSSEGK . :. :...: CCDS46 GFSGHVGNHGHSMETSP 500 510 >>CCDS34515.1 RFPL4B gene_id:442247|Hs108|chr6 (263 aa) initn: 442 init1: 186 opt: 508 Z-score: 526.4 bits: 105.2 E(32554): 5.3e-23 Smith-Waterman score: 508; 32.4% identity (64.7% similar) in 272 aa overlap (1-270:1-262) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MAEHFKQIIRCPVCLKDLEEAVQLKCGYACCLQCLNSLQKEPDGEGLLCRFCSVVSQKDD ::.... . ::::: . ...:.: .. :..:.. : .: .: : . CCDS34 MAKRLQAELSCPVCLDFFSCSISLSCTHVFCFDCIQRYILENHDFRAMCPLCRDVVKVPA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 IKPKYKLRALVSIIKELEPKLKSVLTMNPRMRKFQVDMTFDVDTANNYLIISEDLRSFRS .. .... .:. . :. . .:.. : . ..:.:. :.:.:. ::.. :..:.:::: . CCDS34 LE-EWQVSVLTLMTKQHNSRLEQSLHVREELRHFREDVTLDAATASSLLVFSNDLRSAQC 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KE1 GDLSQNRKEQAERFDTAL-CVLGTPRFTSGRHYWEVDVGTSQVWDVGVCKESVNRQGKIV . .. . : : :::::: :.::.:::::.:: . :..::::: ..:... . CCDS34 KKIHHDLTK-----DPRLACVLGTPCFSSGQHYWEVEVGEVKSWSLGVCKEPADRKSNDL 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 LSSEHGFLTVGCREGKVFAASTVPMTPLWVSPQLHRVGIFLDVGMRSIAFYNVSDGCHIY . :::: .. . : . : . . : .::.:.:::::::. .. : :..:... :: CCDS34 FP-EHGFW-ISMKAGAIHANTHLERIP--ASPRLRRVGIFLDADLEEIQFFDVDNNVLIY 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE1 TFIEIPVCEPWRPFFAHKR-GSQDDQSILSICSVINPSAASAPVSSEGK : . : ::: . : .. ..:.:: CCDS34 THDGFFSLELLCPFFCLELLGEGESGNVLTICP 240 250 260 >>CCDS44525.1 TRIM21 gene_id:6737|Hs108|chr11 (475 aa) initn: 554 init1: 404 opt: 492 Z-score: 506.7 bits: 102.4 E(32554): 6.7e-22 Smith-Waterman score: 492; 40.7% identity (65.3% similar) in 216 aa overlap (74-279:259-472) 50 60 70 80 90 pF1KE1 GEGLLCRFCSVVSQKDDIKPKYKLRALVSIIKELE---PKLKSVLT---MNPRMRKFQVD .:.:. :.:.:: .. .: : CCDS44 ISELDRRCHSSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVH 230 240 250 260 270 280 100 110 120 130 140 150 pF1KE1 MTFDVDTANNYLIISEDLRSFRSGDLSQNRKEQAERFDTALCVLGTPRFTSGRHYWEVDV .:.: :::: .::.::: :. : :: .:. . ::::. :::. .: ::.::::::: CCDS44 ITLDPDTANPWLILSEDRRQVRLGDTQQSIPGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDV 290 300 310 320 330 340 160 170 180 190 200 210 pF1KE1 GTSQVWDVGVCKESVNRQGKIVLSSEHGFLTVGCREGKVFAASTVPMTPLWVSPQLHRVG ...::.:::..:: :.:...:::. :: :. . . . :.: :.::: .. .:: CCDS44 TGKEAWDLGVCRDSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEAGTYPQTPLHLQVPPCQVG 350 360 370 380 390 400 220 230 240 250 260 270 pF1KE1 IFLDVGMRSIAFYNVSD-GCHIYTFIEIPVCEPWRPFFAHKRGSQD---DQSILSICSVI :::: ..:::..: : ::.: : : ::::. : .: . . :..: . CCDS44 IFLDYEAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSP--GFNDGGKNTAPLTLCPLN 410 420 430 440 450 460 280 pF1KE1 NPSAASAPVSSEGK : .: CCDS44 IGSQGSTDY 470 287 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 10:34:19 2016 done: Sun Nov 6 10:34:19 2016 Total Scan time: 1.930 Total Display time: 0.010 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]