FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3270, 673 aa 1>>>pF1KE3270 673 - 673 aa - 673 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4073+/-0.000716; mu= 16.5447+/- 0.044 mean_var=118.5019+/-23.527, 0's: 0 Z-trim(114.3): 118 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.117818 statistics sampled from 14700 (14836) to 14700 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.78), E-opt: 0.2 (0.456), width: 16 Scan time: 4.250 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS46068.1 RASGRP4 gene_id:115727|Hs108|chr19 ( 673) 4690 808.0 0 CCDS59382.1 RASGRP4 gene_id:115727|Hs108|chr19 ( 659) 3415 591.3 1.4e-168 CCDS59383.1 RASGRP4 gene_id:115727|Hs108|chr19 ( 639) 2949 512.1 9.8e-145 CCDS54263.1 RASGRP4 gene_id:115727|Hs108|chr19 ( 576) 2530 440.8 2.5e-123 CCDS54264.1 RASGRP4 gene_id:115727|Hs108|chr19 ( 581) 2185 382.2 1.1e-105 CCDS59384.1 RASGRP4 gene_id:115727|Hs108|chr19 ( 604) 2169 379.5 7.7e-105 CCDS54262.1 RASGRP4 gene_id:115727|Hs108|chr19 ( 484) 1913 335.9 8.1e-92 CCDS45222.1 RASGRP1 gene_id:10125|Hs108|chr15 ( 797) 1903 334.4 3.8e-91 CCDS46256.1 RASGRP3 gene_id:25780|Hs108|chr2 ( 690) 1658 292.7 1.2e-78 CCDS54346.1 RASGRP3 gene_id:25780|Hs108|chr2 ( 689) 1648 291.0 3.8e-78 CCDS31598.1 RASGRP2 gene_id:10235|Hs108|chr11 ( 609) 1616 285.5 1.5e-76 CCDS76733.1 RASGRP1 gene_id:10125|Hs108|chr15 ( 597) 1261 225.1 2.2e-58 CCDS45221.1 RASGRP1 gene_id:10125|Hs108|chr15 ( 762) 1261 225.2 2.6e-58 >>CCDS46068.1 RASGRP4 gene_id:115727|Hs108|chr19 (673 aa) initn: 4690 init1: 4690 opt: 4690 Z-score: 4310.9 bits: 808.0 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 4690; 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86.3% identity (86.3% similar) in 673 aa overlap (1-673:1-581) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MNRKDSKRKSHQECTGKIGGRGRPRQVRRHKTCPSPREISKVMASMNLGLLSEGGCSEDE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 MNRKDSKRKSHQECTGKIGGRGRPRQVRRHKTCPSPREISKVMASMNLGLLSEGGCSEDE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 LLEKCIQSFDSAGSLCHEDHMLNMVLAMHSWVLPSADLAARLLTSYQKATGDTQELRRLQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 LLEKCIQSFDSAGSLCHEDHMLNMVLAMHSWVLPSADLAARLLTSYQKATGDTQELRRLQ 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 ICHLVRYWLMRHPEVMHQDPQLEEVIGRFWATVAREGNSAQRRLGDSSDLLSPGGPGPPL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 ICHLVRYWLMRHPEVMHQDPQLEEVIGRFWATVAREGNSAQRRLGDSSDLLSPGGPGPPL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 PMSSPGLGKKRKVSLLFDHLETGELAQHLTYLEFRSFQAITPQDLRSYVLQGSVRGCPAL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 PMSSPGLGKKRKVSLLFDHLETGELAQHLTYLEFRSFQAITPQDLRSYVLQGSVRGCPAL 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 EGSVGLSNSVSRWVQVMVLSRPGPLQRAQVLDKFIHVAQRLHQLQNFNTLMAVTGGLCHS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 EGSVGLSNSVSRWVQVMVLSRPGPLQRAQVLDKFIHVAQRLHQLQNFNTLMAVTGGLCHS 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 AISRLKDSHAHLSPDSTKALLELTELLASHNNYARYRRTWAGCAGFRLPVLGVHLKDLVS :::::::::::::::::: CCDS54 AISRLKDSHAHLSPDSTK------------------------------------------ 310 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 LHEAQPDRLPDGRLHLPKLNNLYLRLQELVALQGQHPPCSANEDLLHLLTLSLDLFYTED :::::::::: CCDS54 --------------------------------------------------LSLDLFYTED 320 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 EIYELSYAREPRCPKSLPPSPFNAPLVVEWAPGVTPKPDRVTLGRHVEQLVESVFKNYDP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 EIYELSYAREPRCPKSLPPSPFNAPLVVEWAPGVTPKPDRVTLGRHVEQLVESVFKNYDP 330 340 350 360 370 380 490 500 510 520 530 540 pF1KE3 EGRGTISQEDFERLSGNFPFACHGLHPPPRQGRGSFSREELTGYLLRASAICSKLGLAFL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 EGRGTISQEDFERLSGNFPFACHGLHPPPRQGRGSFSREELTGYLLRASAICSKLGLAFL 390 400 410 420 430 440 550 560 570 580 590 600 pF1KE3 HTFHEVTFRKPTFCDSCSGFLWGVTKQGYRCRECGLCCHKHCRDQVKVECKKRPGAKGDA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 HTFHEVTFRKPTFCDSCSGFLWGVTKQGYRCRECGLCCHKHCRDQVKVECKKRPGAKGDA 450 460 470 480 490 500 610 620 630 640 650 660 pF1KE3 GPPGAPVPSTPAPHASCGSEENHSYTLSLEPETGCQLRHAWTQTESPHPSWETDTVPCPV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 GPPGAPVPSTPAPHASCGSEENHSYTLSLEPETGCQLRHAWTQTESPHPSWETDTVPCPV 510 520 530 540 550 560 670 pF1KE3 MDPPSTASSKLDS ::::::::::::: CCDS54 MDPPSTASSKLDS 570 580 >>CCDS59384.1 RASGRP4 gene_id:115727|Hs108|chr19 (604 aa) initn: 2229 init1: 2169 opt: 2169 Z-score: 1995.7 bits: 379.5 E(32554): 7.7e-105 Smith-Waterman score: 4075; 89.7% identity (89.7% similar) in 673 aa overlap (1-673:1-604) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MNRKDSKRKSHQECTGKIGGRGRPRQVRRHKTCPSPREISKVMASMNLGLLSEGGCSEDE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 MNRKDSKRKSHQECTGKIGGRGRPRQVRRHKTCPSPREISKVMASMNLGLLSEGGCSEDE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 LLEKCIQSFDSAGSLCHEDHMLNMVLAMHSWVLPSADLAARLLTSYQKATGDTQELRRLQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 LLEKCIQSFDSAGSLCHEDHMLNMVLAMHSWVLPSADLAARLLTSYQKATGDTQELRRLQ 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 ICHLVRYWLMRHPEVMHQDPQLEEVIGRFWATVAREGNSAQRRLGDSSDLLSPGGPGPPL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 ICHLVRYWLMRHPEVMHQDPQLEEVIGRFWATVAREGNSAQRRLGDSSDLLSPGGPGPPL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 PMSSPGLGKKRKVSLLFDHLETGELAQHLTYLEFRSFQAITPQDLRSYVLQGSVRGCPAL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 PMSSPGLGKKRKVSLLFDHLETGELAQHLTYLEFRSFQAITPQDLRSYVLQGSVRGCPAL 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 EGSVGLSNSVSRWVQVMVLSRPGPLQRAQVLDKFIHVAQRLHQLQNFNTLMAVTGGLCHS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 EGSVGLSNSVSRWVQVMVLSRPGPLQRAQVLDKFIHVAQRLHQLQNFNTLMAVTGGLCHS 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 AISRLKDSHAHLSPDSTKALLELTELLASHNNYARYRRTWAGCAGFRLPVLGVHLKDLVS :::::::::::::::::: CCDS59 AISRLKDSHAHLSPDSTK------------------------------------------ 310 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 LHEAQPDRLPDGRLHLPKLNNLYLRLQELVALQGQHPPCSANEDLLHLLTLSLDLFYTED ::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 ---------------------------ELVALQGQHPPCSANEDLLHLLTLSLDLFYTED 320 330 340 350 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 EIYELSYAREPRCPKSLPPSPFNAPLVVEWAPGVTPKPDRVTLGRHVEQLVESVFKNYDP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 EIYELSYAREPRCPKSLPPSPFNAPLVVEWAPGVTPKPDRVTLGRHVEQLVESVFKNYDP 360 370 380 390 400 410 490 500 510 520 530 540 pF1KE3 EGRGTISQEDFERLSGNFPFACHGLHPPPRQGRGSFSREELTGYLLRASAICSKLGLAFL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 EGRGTISQEDFERLSGNFPFACHGLHPPPRQGRGSFSREELTGYLLRASAICSKLGLAFL 420 430 440 450 460 470 550 560 570 580 590 600 pF1KE3 HTFHEVTFRKPTFCDSCSGFLWGVTKQGYRCRECGLCCHKHCRDQVKVECKKRPGAKGDA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 HTFHEVTFRKPTFCDSCSGFLWGVTKQGYRCRECGLCCHKHCRDQVKVECKKRPGAKGDA 480 490 500 510 520 530 610 620 630 640 650 660 pF1KE3 GPPGAPVPSTPAPHASCGSEENHSYTLSLEPETGCQLRHAWTQTESPHPSWETDTVPCPV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS59 GPPGAPVPSTPAPHASCGSEENHSYTLSLEPETGCQLRHAWTQTESPHPSWETDTVPCPV 540 550 560 570 580 590 670 pF1KE3 MDPPSTASSKLDS ::::::::::::: CCDS59 MDPPSTASSKLDS 600 >>CCDS54262.1 RASGRP4 gene_id:115727|Hs108|chr19 (484 aa) initn: 1913 init1: 1913 opt: 1913 Z-score: 1761.9 bits: 335.9 E(32554): 8.1e-92 Smith-Waterman score: 3031; 71.9% identity (71.9% similar) in 673 aa overlap (1-673:1-484) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MNRKDSKRKSHQECTGKIGGRGRPRQVRRHKTCPSPREISKVMASMNLGLLSEGGCSEDE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 MNRKDSKRKSHQECTGKIGGRGRPRQVRRHKTCPSPREISKVMASMNLGLLSEGGCSEDE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 LLEKCIQSFDSAGSLCHEDHMLNMVLAMHSWVLPSADLAARLLTSYQKATGDTQELRRLQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 LLEKCIQSFDSAGSLCHEDHMLNMVLAMHSWVLPSADLAARLLTSYQKATGDTQELRRLQ 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 ICHLVRYWLMRHPEVMHQDPQLEEVIGRFWATVAREGNSAQRRLGDSSDLLSPGGPGPPL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 ICHLVRYWLMRHPEVMHQDPQLEEVIGRFWATVAREGNSAQRRLGDSSDLLSPGGPGPPL 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 PMSSPGLGKKRKVSLLFDHLETGELAQHLTYLEFRSFQAITPQDLRSYVLQGSVRGCPAL ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 PMSSPGLGKKRKVSLLFDHLETGELAQHLTYLEFRSFQAIT------------------- 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 EGSVGLSNSVSRWVQVMVLSRPGPLQRAQVLDKFIHVAQRLHQLQNFNTLMAVTGGLCHS CCDS54 ------------------------------------------------------------ 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 AISRLKDSHAHLSPDSTKALLELTELLASHNNYARYRRTWAGCAGFRLPVLGVHLKDLVS CCDS54 ------------------------------------------------------------ 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 LHEAQPDRLPDGRLHLPKLNNLYLRLQELVALQGQHPPCSANEDLLHLLTLSLDLFYTED :::::::::: CCDS54 --------------------------------------------------LSLDLFYTED 230 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 EIYELSYAREPRCPKSLPPSPFNAPLVVEWAPGVTPKPDRVTLGRHVEQLVESVFKNYDP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 EIYELSYAREPRCPKSLPPSPFNAPLVVEWAPGVTPKPDRVTLGRHVEQLVESVFKNYDP 240 250 260 270 280 290 490 500 510 520 530 540 pF1KE3 EGRGTISQEDFERLSGNFPFACHGLHPPPRQGRGSFSREELTGYLLRASAICSKLGLAFL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 EGRGTISQEDFERLSGNFPFACHGLHPPPRQGRGSFSREELTGYLLRASAICSKLGLAFL 300 310 320 330 340 350 550 560 570 580 590 600 pF1KE3 HTFHEVTFRKPTFCDSCSGFLWGVTKQGYRCRECGLCCHKHCRDQVKVECKKRPGAKGDA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 HTFHEVTFRKPTFCDSCSGFLWGVTKQGYRCRECGLCCHKHCRDQVKVECKKRPGAKGDA 360 370 380 390 400 410 610 620 630 640 650 660 pF1KE3 GPPGAPVPSTPAPHASCGSEENHSYTLSLEPETGCQLRHAWTQTESPHPSWETDTVPCPV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 GPPGAPVPSTPAPHASCGSEENHSYTLSLEPETGCQLRHAWTQTESPHPSWETDTVPCPV 420 430 440 450 460 470 670 pF1KE3 MDPPSTASSKLDS ::::::::::::: CCDS54 MDPPSTASSKLDS 480 >>CCDS45222.1 RASGRP1 gene_id:10125|Hs108|chr15 (797 aa) initn: 1877 init1: 1483 opt: 1903 Z-score: 1749.7 bits: 334.4 E(32554): 3.8e-91 Smith-Waterman score: 1904; 47.0% identity (74.3% similar) in 634 aa overlap (4-634:8-629) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MNRKDSKRKSHQECTGKIGGRGRPRQVRR-HKTCPSPREISKVMASMNLGLLSEGG ... :: . : . .: . . . . :: .:.. ..:: :..:. CCDS45 MGTLGKAREAPRKPSHGCRAASKARLEAKPANSPFPSHPSLAHITQFRMMVSLGHLAKGA 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 CSEDELLEKCIQSFDSAGSLCHEDHMLNMVLAMHSWVLPSADLAARLLTSYQKATGDTQE : :.:...::::::. :.::. ...:...:.:: :. ::.: ...: :. : . .. CCDS45 -SLDDLIDSCIQSFDADGNLCRSNQLLQVMLTMHRIVISSAELLQKVITLYKDALAKNSP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 LRRLQICHLVRYWLMRHPEVMHQDPQLEEVIGRFWATVAREGNSAQRRLGDSSDLLSPGG :.::..::::. . ....: .: ... .: : .:. . :: :.... . CCDS45 GLCLKICYFVRYWITEFWVMFKMDASLTDTMEEFQELVKAKGEELHCRLIDTTQINARDW 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 PGPPLPMSSPGLGKKRKVSLLFDHLETGELAQHLTYLEFRSFQAITPQDLRSYVLQGSVR . . .::::::::::::: ::..:::::::.::. :. .: ..:.... :. 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CCDS46 SSEVTKNWNEMTELVSSNGNYCNYRKAFADCDGFKIPILGVHLKDLIAVHVIFPDWTEEN 270 280 290 300 310 320 380 390 400 410 420 430 pF1KE3 RLHLPKLNNLYLRLQELVALQGQHPPCSANEDLLHLLTLSLDLFYTEDEIYELSYAREPR .... :...: . :.:::.::. : ::..::::::::..:::.::.:: . ::: CCDS46 KVNIVKMHQLSVTLSELVSLQNASHHLEPNMDLINLLTLSLDLYHTEDDIYKLSLVLEPR 330 340 350 360 370 380 440 450 460 470 480 pF1KE3 CPKSLPPSPF--NAPLV-VEWAPGVTPKPDRVTLGRHVEQLVESVFKNYDPEGRGTISQE :: : :: : :.: .::: :: :::: .....:...::::::.::: . : :::: CCDS46 NSKSQPTSPTTPNKPVVPLEWALGVMPKPDPTVINKHIRKLVESVFRNYDHDHDGYISQE 390 400 410 420 430 440 490 500 510 520 530 540 pF1KE3 DFERLSGNFPFACHGLHPPPRQGRGSFSREELTGYLLRA-SAICSKLGLAFLHTFHEVTF ::: ...:::: .. .. : .:..:. .:.::: : . :.: .:.:.:.:.:. 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CCDS54 MGSSGLG----KAATLDELLCTCIEMFDDN 10 20 80 90 100 110 120 130 pF1KE3 GSLCHEDHMLNMVLAMHSWVLPSADLAARLLTSYQKATGDTQELRRLQICHLVRYWLMRH : : .... .:: :: : : :..:: .:: :..:::.. . ::.::...:::... CCDS54 GEL-DNSYLPRIVLLMHRWYLSSTELAEKLLCMYRNATGESCNEFRLKICYFMRYWILKF 30 40 50 60 70 80 140 150 160 170 180 190 pF1KE3 PEVMHQDPQLEEVIGRFWATVAREGNSAQRRLGDSSDLLSPGGPGPPLPMSSPGLGKKRK : .. : : .. .: .... : . : : :.. :. . ..:: : CCDS54 PAEFNLDLGLIRMTEEFREVASQLGYEKHVSLIDISSI--PSYDWMRRVTQRKKVSKKGK 90 100 110 120 130 140 200 210 220 230 240 250 pF1KE3 VSLLFDHLETGELAQHLTYLEFRSFQAITPQDLRSYVLQGSVRGCPALEGSVGLSNSVSR . ::::::: :::.:::.:: .::. :. : .:::..: ... :.:: :..: :..:. CCDS54 ACLLFDHLEPIELAEHLTFLEHKSFRRISFTDYQSYVIHGCLENNPTLERSIALFNGISK 150 160 170 180 190 200 260 270 280 290 300 310 pF1KE3 WVQVMVLSRPGPLQRAQVLDKFIHVAQRLHQLQNFNTLMAVTGGLCHSAISRLKDSHAHL :::.::::.: : :::.:. :::.::..: ::.::::::::.::: ::.:::::..:.:: CCDS54 WVQLMVLSKPTPQQRAEVITKFINVAKKLLQLKNFNTLMAVVGGLSHSSISRLKETHSHL 210 220 230 240 250 260 320 330 340 350 360 370 pF1KE3 SPDSTKALLELTELLASHNNYARYRRTWAGCAGFRLPVLGVHLKDLVSLHEAQPDRLPDG : . :: :.:::..:..:: ::...: : ::..:.::::::::...: :: .. CCDS54 SSEVTKNWNEMTELVSSNGNYCNYRKAFADCDGFKIPILGVHLKDLIAVHVIFPDWTEEN 270 280 290 300 310 320 380 390 400 410 420 430 pF1KE3 RLHLPKLNNLYLRLQELVALQGQHPPCSANEDLLHLLTLSLDLFYTEDEIYELSYAREPR .... :...: . :.:::.::. : ::..::::::::..:::.::.:: . ::: CCDS54 KVNIVKMHQLSVTLSELVSLQNASHHLEPNMDLINLLTLSLDLYHTEDDIYKLSLVLEPR 330 340 350 360 370 380 440 450 460 470 480 pF1KE3 CPKSLPPSPF--NAPLV-VEWAPGVTPKPDRVTLGRHVEQLVESVFKNYDPEGRGTISQE :: : :: : :.: .::: :: :::: .....:...::::::.::: . : :::: CCDS54 NSKS-PTSPTTPNKPVVPLEWALGVMPKPDPTVINKHIRKLVESVFRNYDHDHDGYISQE 390 400 410 420 430 440 490 500 510 520 530 540 pF1KE3 DFERLSGNFPFACHGLHPPPRQGRGSFSREELTGYLLRA-SAICSKLGLAFLHTFHEVTF ::: ...:::: .. .. : .:..:. .:.::: : . :.: .:.:.:.:.:. 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