FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4226, 801 aa 1>>>pF1KE4226 801 - 801 aa - 801 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.2841+/-0.000929; mu= -2.1983+/- 0.056 mean_var=271.5193+/-55.372, 0's: 0 Z-trim(113.8): 45 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.077835 statistics sampled from 14392 (14424) to 14392 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.764), E-opt: 0.2 (0.443), width: 16 Scan time: 5.120 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS45938.1 DENND1C gene_id:79958|Hs108|chr19 ( 801) 5423 622.8 7e-178 CCDS77225.1 DENND1C gene_id:79958|Hs108|chr19 ( 757) 5103 586.8 4.4e-167 CCDS72997.1 DENND1B gene_id:163486|Hs108|chr1 ( 775) 1635 197.4 7.6e-50 CCDS41452.2 DENND1B gene_id:163486|Hs108|chr1 ( 426) 1503 182.4 1.4e-45 CCDS35134.1 DENND1A gene_id:57706|Hs108|chr9 ( 559) 1153 143.2 1.1e-33 CCDS35133.1 DENND1A gene_id:57706|Hs108|chr9 (1009) 1153 143.4 1.8e-33 CCDS72996.1 DENND1B gene_id:163486|Hs108|chr1 ( 396) 1002 126.1 1.1e-28 >>CCDS45938.1 DENND1C gene_id:79958|Hs108|chr19 (801 aa) initn: 5423 init1: 5423 opt: 5423 Z-score: 3307.0 bits: 622.8 E(32554): 7e-178 Smith-Waterman score: 5423; 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CCDS72 SQNQVGQHFTFVLTDIESKQRFGFCRLTSGGTICLCILSYLPWFEVYYKLLNTLADYLAK 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 DQVTEAEELLQNLFQQSLSGPQASVGLELGSGVTVSSGQGIPPPTRGNSKPLSCFVAPDS . .. .: :..:... . .. :.: ... . .. : . . : : :.::: CCDS72 ELENDLNETLRSLYNHPVPKANTPVNLSVNQEIFIACEQVLK--DQPALVPHSYFIAPDV 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 GRLPSIPENRNLTELVVAVTDENIVGLFAALLAERRVLLTASKLSTLTSCVHASCALLYP ::.:::.::::: ::: .:.. :.:..: :::... .:::::::.:.:.: ::::: CCDS72 TGLPTIPESRNLTEYFVAVDVNNMLQLYASMLHERRIVIISSKLSTLTACIHGSAALLYP 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 MRWEHVLIPTLPPHLLDYCCAPMPYLIGVHASLAERVREKALEDVVVLNVDANTLETTFN : :.:. ::.::::::::::::::::::.:.:: :::..:.:::::.::::.::::. :. 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CCDS72 SYQQWVHTVKKGG-ALFNTAMTKATPAVRTAYKFAKNHAKLGLKEVKSKLKHKENEEDYG 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 RGGS--LRAPALPSRSDRL--QQRLPITQHFGKNRPLRPSRRRQLEEGTSEPPGAGTPPL .: .:. .... ... ..: : :::. : : . .. . : CCDS72 TCSSSVQYTPVYKLHNEKGGNSEKRKLAQARLK-RPLK-SLDGALYDDEDDDDIERASKL 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 pF1KE4 SPED--EGCPWAEEALDSSFLG-----SGEELDLLSEILDSLSVGAKSAGSLRPSQSLDC : :: :. . :. :: ::: .:::.::::.::. ... :.: ..::: CCDS72 SSEDGEEASAYLYESDDSVETRVKTPYSGE-MDLLGEILDTLSTHSSDQGKLAAAKSLDF 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 640 pF1KE4 CHRGDLDSCFSLPNIPRWQPDDKKLPEPEPQPLSLPSLQNASSLDATSSSKDSRSQLIPS CCDS72 FRSMDDIDYKPTNKSNAPSENNLAFLCGGSGDQAEWNLGQDDSALHGKHLPPSPRKRVSS 600 610 620 630 640 650 >>CCDS41452.2 DENND1B gene_id:163486|Hs108|chr1 (426 aa) initn: 1475 init1: 827 opt: 1503 Z-score: 932.0 bits: 182.4 E(32554): 1.4e-45 Smith-Waterman score: 1503; 53.2% identity (78.2% similar) in 417 aa overlap (1-417:1-414) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MESRAEGGSPAVFDWFFEAACPASLQEDPPILRQFPPDFRDQEAMQMVPKFCFPFDVERE :. :.... .:: ... : :: .::: .: .:: :: ::: .: :::::::::::: CCDS41 MDCRTKANPDRTFDLVLKVKCHASENEDPVVLWKFPEDFGDQEILQSVPKFCFPFDVERV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 PPSPAVQHFTFALTDLAGNRRFGFCRLRAGTQSCLCILSHLPWFEVFYKLLNTVGDLLAQ . . :::::.:::. ...::::::: .: ::::::.::::::.::::::..: ::. CCDS41 SQNQVGQHFTFVLTDIESKQRFGFCRLTSGGTICLCILSYLPWFEVYYKLLNTLADYLAK 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 DQVTEAEELLQNLFQQSLSGPQASVGLELGSGVTVSSGQGIPPPTRGNSKPLSCFVAPDS . .. .: :..:... . .. :.: ... . .. : . . : : :.::: CCDS41 ELENDLNETLRSLYNHPVPKANTPVNLSVNQEIFIACEQVLKD--QPALVPHSYFIAPDV 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 GRLPSIPENRNLTELVVAVTDENIVGLFAALLAERRVLLTASKLSTLTSCVHASCALLYP ::.:::.::::: ::: .:.. :.:..: :::... .:::::::.:.:.: ::::: CCDS41 TGLPTIPESRNLTEYFVAVDVNNMLQLYASMLHERRIVIISSKLSTLTACIHGSAALLYP 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 MRWEHVLIPTLPPHLLDYCCAPMPYLIGVHASLAERVREKALEDVVVLNVDANTLETTFN : :.:. ::.::::::::::::::::::.:.:: :::..:.:::::.::::.::::. :. CCDS41 MYWQHIYIPVLPPHLLDYCCAPMPYLIGIHSSLIERVKNKSLEDVVMLNVDTNTLESPFS 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 DVQALPPDVVSLLRLRLRKVALAPGEGVSRLFLKAQALLFGGYRDALVCSPGQPVTFSEE :.. :: :::: :. .:.: . : :.::.: ::.::: :::.::::: .::.:.:: :: CCDS41 DLNNLPSDVVSALKNKLKKQSTATGDGVARAFLRAQAALFGSYRDALRYKPGEPITFCEE 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 pF1KE4 VFLAQKPGAPLQAFHRRAVHLQLFKQFIEARLEKLNKGEGFSDQFEQEITGCGASSGALR :. .. .. .. : . :..::::::::..:: ::: :.:::: ::.:::. : .: CCDS41 SFVKHRSSV-MKQFLETAINLQLFKQFIDGRLAKLNAGRGFSDVFEEEITSGGFCGGKDK 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 pF1KE4 SYQLWADNLKKGGGALLHSVKAKTQPAVKNMYRSAKSGLKGVQSLLMYKDGDSVLQRGGS CCDS41 LQYDYPFSQ 420 >>CCDS35134.1 DENND1A gene_id:57706|Hs108|chr9 (559 aa) initn: 1139 init1: 991 opt: 1153 Z-score: 717.9 bits: 143.2 E(32554): 1.1e-33 Smith-Waterman score: 1584; 48.4% identity (72.6% similar) in 525 aa overlap (1-511:1-502) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MESRAEGGSPAVFDWFFEAACPAS--LQEDPPILRQFPPDFRDQEAMQMVPKFCFPFDVE : :: . . ..:. . :.: : . :: . :::: :. :::..: . :::::: :. CCDS35 MGSRIKQNPETTFEVYVEVAYPRTGGTLSDPEVQRQFPEDYSDQEVLQTLTKFCFPFYVD 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 REPPSPAVQHFTFALTDLAGNRRFGFCRLRAGTQSCLCILSHLPWFEVFYKLLNTVGDLL : . :.:::.:::. ...::::::: .:..::.::::.:::::::::::: ..: CCDS35 SLTVSQVGQNFTFVLTDIDSKQRFGFCRLSSGAKSCFCILSYLPWFEVFYKLLNILADYT 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 AQDQVTEAEELLQNLFQQSLSGPQASVGLELGSGVTVSSGQGIPPPTRGNSKPLSCFVAP .. : .. .:::..: . . : .:: : . : :: : CCDS35 TKRQENQWNELLETLHKLPIPDPGVSVHLSVHSYFTV----------------------P 130 140 150 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 DSGRLPSIPENRNLTELVVAVTDENIVGLFAALLAERRVLLTASKLSTLTSCVHASCALL :. .:::::::::::: ::: .:.. :.:..: :::.:. :::::::.:.:.: :.: CCDS35 DTRELPSIPENRNLTEYFVAVDVNNMLHLYASMLYERRILIICSKLSTLTACIHGSAAML 160 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 YPMRWEHVLIPTLPPHLLDYCCAPMPYLIGVHASLAERVREKALEDVVVLNVDANTLETT ::: :.:: ::.::::::::::::::::::.: :: :.::. ::.:::.::::.::::: CCDS35 YPMYWQHVYIPVLPPHLLDYCCAPMPYLIGIHLSLMEKVRNMALDDVVILNVDTNTLETP 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 FNDVQALPPDVVSLLRLRLRKVALAPGEGVSRLFLKAQALLFGGYRDALVCSPGQPVTFS :.:.:.:: ::.: :. ::.::. . :.::.: :::::: .::.::.:: : .:.:: CCDS35 FDDLQSLPNDVISSLKNRLKKVSTTTGDGVARAFLKAQAAFFGSYRNALKIEPEEPITFC 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 EEVFLAQKPGAPLQAFHRRAVHLQLFKQFIEARLEKLNKGEGFSDQFEQEITGCGASSGA ::.:... .. .. : . :..::::::::..::. ::.:::::: ::.::. : .:. 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