FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2441, 1836 aa 1>>>pF1KE2441 1836 - 1836 aa - 1836 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5938+/-0.000371; mu= 13.8710+/- 0.023 mean_var=125.8954+/-26.246, 0's: 0 Z-trim(116.6): 302 B-trim: 13 in 1/53 Lambda= 0.114306 statistics sampled from 27526 (27854) to 27526 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.654), E-opt: 0.2 (0.327), width: 16 Scan time: 14.770 The best scores are: opt bits E(85289) NP_000325 (OMIM: 168300,170400,170500,603967,60839 (1836) 12368 2052.0 0 XP_005246812 (OMIM: 182390,607745,613721) PREDICTE (1754) 6257 1044.3 0 XP_016860147 (OMIM: 182390,607745,613721) PREDICTE (1754) 6257 1044.3 0 XP_016860144 (OMIM: 182390,607745,613721) PREDICTE (2005) 6257 1044.3 0 XP_016860145 (OMIM: 182390,607745,613721) PREDICTE (2005) 6257 1044.3 0 NP_001035233 (OMIM: 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XP_016 ESDFENLNTEEFSSESDMEESK---EKLNATSSSEGSTVDIGAPAEG--EQPEVEPEESL 1120 1130 1140 1150 1160 990 1000 1010 1020 1030 1040 pF1KE2 QPEECFTEACVQRWPCLYVDISQGRGKKWWTLRRACFKIVEHNWFETFIVFMILLSSGAL .:: :::: ::... : ..: .:.:: ::.::..:.::::::::::::::::::::::: XP_016 EPEACFTEDCVRKFKCCQISIEEGKGKLWWNLRKTCYKIVEHNWFETFIVFMILLSSGAL 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1050 1060 1070 1080 1090 1100 pF1KE2 AFEDIYIEQRRVIRTILEYADKVFTYIFIMEMLLKWVAYGFKVYFTNAWCWLDFLIVDVS ::::::::::..:.:.:::::::::::::.:::::::::::.:::::::::::::::::: XP_016 AFEDIYIEQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGFQVYFTNAWCWLDFLIVDVS 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1110 1120 1130 1140 1150 1160 pF1KE2 IISLVANWLGYSELGPIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCL ..::.:: ::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: XP_016 LVSLTANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCL 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KE2 IFWLIFSIMGVNLFAGKFYYCINTTTSERFDISEVNNKSECESLMHTGQV-RWLNVKVNY :::::::::::::::::::.::: ::.: ::.: ::: :::..:....:. :: :::::. 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XP_016 AGKSLPFIYGDIPPEMVSVPLEDLDPYYINKKTFIVLNKGKAISRFSATPALYILTPFNP 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 VRRGAIKVLIHALFSMFIMITILTNCVFMTMSDPPPWSKNVEYTFTGIYTFESLIKILAR .:. :::.:.:.::.:.:: ::::::::: XP_016 IRKLAIKILVHSLFNMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKILAR 120 130 140 150 160 170 >>NP_001035233 (OMIM: 182390,607745,613721) sodium chann (2005 aa) initn: 8504 init1: 3051 opt: 6257 Z-score: 5571.4 bits: 1044.3 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 7572; 65.6% identity (78.5% similar) in 1857 aa overlap (149-1792:147-1972) 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 VVRRGAIKVLIHALFSMFIMITILTNCVFMTMSDPPPWSKNVEYTFTGIYTFESLIKILA :::.:: :.::::::::::::::::::::: NP_001 PIRKLAIKILVHSLFNMLIMCTILTNCVFMTMSNPPDWTKNVEYTFTGIYTFESLIKILA 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 RGFCVDDFTFLRDPWNWLDFSVIMMAYLTEFVDLGNISALRTFRVLRALKTITVIPGLKT ::::..::::::::::::::.:: .::.::::.:::.:::::::::::::::.::::::: NP_001 RGFCLEDFTFLRDPWNWLDFTVITFAYVTEFVNLGNVSALRTFRVLRALKTISVIPGLKT 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 IVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFALVGLQLFMGNLRQKCVRWPPPFNDTNTTWYSND ::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::..::: :... : NP_001 IVGALIQSVKKLSDVMILTVFCLSVFALIGLQLFMGNLRNKCLQWPPD----NSSFEINI 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 TWYGNDTWYGNEMWYGNDSWYANDTWNSHASWATNDTFDWDAYISDEGNFYFLEGSNDAL : . :.. :: . :.: .: :.:: :: :...::::::.:::: NP_001 TSFFNNSLDGN-----------GTTFNRTVS-----IFNWDEYIEDKSHFYFLEGQNDAL 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 LCGNSSDAGHCPEGYECIKTGRNPNYGYTSYDTFSWAFLALFRLMTQDYWENLFQLTLRA :::::::::.::::: :.:.::::::::::.::::::::.::::::::.::::.:::::: NP_001 LCGNSSDAGQCPEGYICVKAGRNPNYGYTSFDTFSWAFLSLFRLMTQDFWENLYQLTLRA 340 350 360 370 380 390 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 AGKTYMIFFVVIIFLGSFYLINLILAVVAMAYAEQNEATLAEDKEKEEEFQQMLEKFKKH ::::::::::..:::::::::::::::::::: :::.::: : ..:: :::::::..::. NP_001 AGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMLEQLKKQ 400 410 420 430 440 450 480 490 pF1KE2 QEELEKAKAAQA------------------------------------------------ ::: . : :: . NP_001 QEEAQAAAAAASAESRDFSGAGGIGVFSESSSVASKLSSKSEKELKNRRKKKKQKEQSGE 460 470 480 490 500 510 pF1KE2 ------------------------LEG--------------------------------- ::: NP_001 EEKNDRVRKSESEDSIRRKGFRFSLEGSRLTYEKRFSSPHQSLLSIRGSLFSPRRNSRAS 520 530 540 550 560 570 pF1KE2 -----GEA------------------DGD------------------------------- :.: :.: NP_001 LFSFRGRAKDIGSENDFADDEHSTFEDNDSRRDSLFVPHRHGERRHSNVSQASRASRVLP 580 590 600 610 620 630 500 510 520 pF1KE2 --PAHGK-----DCNG--------SLDTSQGE---KGAP-------RQSSSGD------- : .:: :::: : :: :. .:. :.::: NP_001 ILPMNGKMHSAVDCNGVVSLVGGPSTLTSAGQLLPEGTTTETEIRKRRSSSYHVSMDLLE 640 650 660 670 680 690 530 540 550 560 570 pF1KE2 ------------SGISDAMEELEEAHQKCPPWWYKCAHKVLIWNCCAPWLKFKNIIHLIV : ....::::::..::::: ::: :. :::.:: :::: :....:.: NP_001 DPTSRQRAMSIASILTNTMEELEESRQKCPPCWYKFANMCLIWDCCKPWLKVKHLVNLVV 700 710 720 730 740 750 580 590 600 610 620 630 pF1KE2 MDPFVDLGITICIVLNTLFMAMEHYPMTEHFDNVLTVGNLVFTGIFTAEMVLKLIAMDPY :::::::.:::::::::::::::::::::.:..::.:::::::::::::: ::.:::::: NP_001 MDPFVDLAITICIVLNTLFMAMEHYPMTEQFSSVLSVGNLVFTGIFTAEMFLKIIAMDPY 760 770 780 790 800 810 640 650 660 670 680 690 pF1KE2 EYFQQGWNIFDSIIVTLSLVELGLANVQGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGN :::.::::::..::.:::.:::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 YYFQEGWNIFDGFIVSLSLMELGLANVEGLSVLRSFRLLRVFKLAKSWPTLNMLIKIIGN 820 830 840 850 860 870 700 710 720 730 740 750 pF1KE2 SVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKECVCKIALDCNLPRWHMHDFFHSFLIVF ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::. ::.::::::::::::::::: NP_001 SVGALGNLTLVLAIIVFIFAVVGMQLFGKSYKECVCKISNDCELPRWHMHDFFHSFLIVF 880 890 900 910 920 930 760 770 780 790 800 810 pF1KE2 RILCGEWIETMWDCMEVAGQAMCLTVFLMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSADSLAASDE :.::::::::::::::::::.::::::.:::::::::::::::::::::::.:.:::.:. NP_001 RVLCGEWIETMWDCMEVAGQTMCLTVFMMVMVIGNLVVLNLFLALLLSSFSSDNLAATDD 940 950 960 970 980 990 820 830 840 850 860 870 pF1KE2 DGEMNNLQIAIGRIKLGIGFAKAFLLGLLHGKILSPKDIMLSLGEADGAGEAGEAGETAP :.::::::::.::.. :: :.: . ... .. . .: : . .. .. NP_001 DNEMNNLQIAVGRMQKGIDFVKRKIREFIQKAFVRKQK---ALDEIKPLEDLNNKKDSCI 1000 1010 1020 1030 1040 1050 880 890 900 910 920 pF1KE2 EDEKKEPPEEDLKKDNHILNHMGLADGPPSSLEL------DHLNFINNPYLTIQVPIASE .. .:: :.. . : ..: ::.: :...::::: ::. :::: NP_001 SNHTTIEIGKDL---NYLKDGNGTTSGIGSSVEKYVVDESDYMSFINNPSLTVTVPIAVG 1060 1070 1080 1090 1100 1110 930 940 950 960 970 980 pF1KE2 ESDLEMPTEEETDTFSEPEDSKKPPQPLYDGNSSVCSTADYKPPEEDPEEQAEENPE-GE :::.: . :: .. :. :.:: . : .:: ::.: : : :: : .:: . NP_001 ESDFENLNTEEFSSESDMEESK---EKLNATSSSEGSTVDIGAPAEG--EQPEVEPEESL 1120 1130 1140 1150 1160 990 1000 1010 1020 1030 1040 pF1KE2 QPEECFTEACVQRWPCLYVDISQGRGKKWWTLRRACFKIVEHNWFETFIVFMILLSSGAL .:: :::: ::... : ..: .:.:: ::.::..:.::::::::::::::::::::::: NP_001 EPEACFTEDCVRKFKCCQISIEEGKGKLWWNLRKTCYKIVEHNWFETFIVFMILLSSGAL 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1050 1060 1070 1080 1090 1100 pF1KE2 AFEDIYIEQRRVIRTILEYADKVFTYIFIMEMLLKWVAYGFKVYFTNAWCWLDFLIVDVS ::::::::::..:.:.:::::::::::::.:::::::::::.:::::::::::::::::: NP_001 AFEDIYIEQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGFQVYFTNAWCWLDFLIVDVS 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1110 1120 1130 1140 1150 1160 pF1KE2 IISLVANWLGYSELGPIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCL ..::.:: ::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LVSLTANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCL 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KE2 IFWLIFSIMGVNLFAGKFYYCINTTTSERFDISEVNNKSECESLMHTGQV-RWLNVKVNY :::::::::::::::::::.::: ::.: ::.: ::: :::..:....:. :: :::::. NP_001 IFWLIFSIMGVNLFAGKFYHCINYTTGEMFDVSVVNNYSECKALIESNQTARWKNVKVNF 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1230 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KE2 DNVGLGYLSLLQVATFKGWMDIMYAAVDSREKEEQPQYEVNLYMYLYFVIFIIFGSFFTL ::::::::::::::::::::::::::::::. : ::.:: :::::::::::::::::::: NP_001 DNVGLGYLSLLQVATFKGWMDIMYAAVDSRNVELQPKYEDNLYMYLYFVIFIIFGSFFTL 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1290 1300 1310 1320 1330 1340 pF1KE2 NLFIGVIIDNFNQQKKKLGGKDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPQNKIQGMVY :::::::::::::::::.::.:::::::::::::::::::::::::::::: ::.::::. NP_001 NLFIGVIIDNFNQQKKKFGGQDIFMTEEQKKYYNAMKKLGSKKPQKPIPRPANKFQGMVF 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1350 1360 1370 1380 1390 1400 pF1KE2 DLVTKQAFDITIMILICLNMVTMMVETDNQSQLKVDILYNINMIFIIIFTGECVLKMLAL :.::::.:::.:::::::::::::::::.::: ..::: ::..::..::::::::...: NP_001 DFVTKQVFDISIMILICLNMVTMMVETDDQSQEMTNILYWINLVFIVLFTGECVLKLISL 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1410 1420 1430 1440 1450 1460 pF1KE2 RQYYFTVGWNIFDFVVVILSIVGLALSDLIQKYFVSPTLFRVIRLARIGRVLRLIRGAKG : ::::.::::::::::::::::. :..::.:::::::::::::::::::.::::.:::: NP_001 RYYYFTIGWNIFDFVVVILSIVGMFLAELIEKYFVSPTLFRVIRLARIGRILRLIKGAKG 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1470 1480 1490 1500 1510 1520 pF1KE2 IRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYSIFGMSNFAYVKKESGIDDMFNFETFGNSII :::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::.: ::::::::::::::.: NP_001 IRTLLFALMMSLPALFNIGLLLFLVMFIYAIFGMSNFAYVKREVGIDDMFNFETFGNSMI 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1530 1540 1550 1560 1570 1580 pF1KE2 CLFEITTSAGWDGLLNPILNSGPPDCDPNLENPGTSVKGDCGNPSIGICFFCSYIIISFL :::.::::::::::: ::::::::::::. ..::.::::::::::.:: :: :::::::: NP_001 CLFQITTSAGWDGLLAPILNSGPPDCDPDKDHPGSSVKGDCGNPSVGIFFFVSYIIISFL 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1590 1600 1610 1620 1630 1640 pF1KE2 IVVNMYIAIILENFNVATEESSEPLGEDDFEMFYETWEKFDPDATQFIAYSRLSDFVDTL .:::::::.:::::.::::::.:::.:::::::::.:::::::::::: ...::::.:.: NP_001 VVVNMYIAVILENFSVATEESAEPLSEDDFEMFYEVWEKFDPDATQFIEFAKLSDFADAL 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1650 1660 1670 1680 1690 1700 pF1KE2 QEPLRIAKPNKIKLITLDLPMVPGDKIHCLDILFALTKEVLGDSGEMDALKQTMEEKFMA . :: ::::::..::..::::: ::.:::::::::.::.:::.:::::::. :::.::: NP_001 DPPLLIAKPNKVQLIAMDLPMVSGDRIHCLDILFAFTKRVLGESGEMDALRIQMEERFMA 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1710 1720 1730 1740 1750 1760 pF1KE2 ANPSKVSYEPITTTLKRKHEEVCAIKIQRAYRRHLLQRSMKQASYMYRHSHDGSGDDAPE .:::::::::::::::::.::: :: :::::::.::....:..: .:.... : .: NP_001 SNPSKVSYEPITTTLKRKQEEVSAIIIQRAYRRYLLKQKVKKVSSIYKKDKGKECDGTPI 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1770 1780 1790 1800 1810 1820 pF1KE2 KEGLLANTMSKMYGHENGN--SSSPSPEEKGEAGDAGPTMGLMPISPSDTAWPPAPPPGQ :: : . ... :. . :. :: NP_001 KEDTLIDKLNENSTPEKTDMTPSTTSPPSYDSVTKPEKEKFEKDKSEKEDKGKDIRESKK 1950 1960 1970 1980 1990 2000 >-- initn: 623 init1: 506 opt: 630 Z-score: 556.4 bits: 116.3 E(85289): 3e-24 Smith-Waterman score: 630; 68.8% identity (87.2% similar) in 141 aa overlap (9-148:6-146) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MARPSLCTLVPLGPECLRPFTRESLAAIEQRAVEEEA-RLQRNKQMEIEEPERKPRSDLE ::: ::. .: :::::::::::: .::.: : ..... : .: :: :::: NP_001 MAQSVLVPPGPDSFRFFTRESLAAIEQRIAEEKAKRPKQERKDEDDENGPKPNSDLE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 AGKNLPMIYGDPPPEVIGIPLEDLDPYYSNKKTFIVLNKGKAIFRFSATPALYLLSPFSV :::.::.:::: :::....::::::::: :::::::::::::: :::::::::.:.::. 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NP_066 AGKTYMIFFVLVIFLGSFYLINLILAVVAMAYEEQNQATLEEAEQKEAEFQQMLEQLKKQ 400 410 420 430 440 450 480 490 pF1KE2 QEELEKAKAAQA------------------------------------------------ ::: . : :: . 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NP_001 ESDFENLNTEEFSSESDMEESK---EKLNATSSSEGSTVDIGAPAEG--EQPEVEPEESL 1120 1130 1140 1150 1160 990 1000 1010 1020 1030 1040 pF1KE2 QPEECFTEACVQRWPCLYVDISQGRGKKWWTLRRACFKIVEHNWFETFIVFMILLSSGAL .:: :::: ::... : ..: .:.:: ::.::..:.::::::::::::::::::::::: NP_001 EPEACFTEDCVRKFKCCQISIEEGKGKLWWNLRKTCYKIVEHNWFETFIVFMILLSSGAL 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1050 1060 1070 1080 1090 1100 pF1KE2 AFEDIYIEQRRVIRTILEYADKVFTYIFIMEMLLKWVAYGFKVYFTNAWCWLDFLIVDVS ::::::::::..:.:.:::::::::::::.:::::::::::.:::::::::::::::::: NP_001 AFEDIYIEQRKTIKTMLEYADKVFTYIFILEMLLKWVAYGFQVYFTNAWCWLDFLIVDVS 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1110 1120 1130 1140 1150 1160 pF1KE2 IISLVANWLGYSELGPIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCL ..::.:: ::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LVSLTANALGYSELGAIKSLRTLRALRPLRALSRFEGMRVVVNALLGAIPSIMNVLLVCL 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KE2 IFWLIFSIMGVNLFAGKFYYCINTTTSERFDISEVNNKSECESLMHTGQV-RWLNVKVNY :::::::::::::::::::.::: ::.: ::.: ::: :::..:....:. :: :::::. 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