Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE0800
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0800, 1531 aa
1>>>pF1KE0800 1531 - 1531 aa - 1531 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1604+/-0.00137; mu= 5.6344+/- 0.082
mean_var=192.4636+/-37.941, 0's: 0 Z-trim(104.8): 43 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.092449
statistics sampled from 8074 (8088) to 8074 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.59), E-opt: 0.2 (0.248), width: 16
Scan time: 4.920
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45672.1 TOP2A gene_id:7153|Hs108|chr17 (1531) 10077 1358.3 0
CCDS82746.1 TOP2B gene_id:7155|Hs108|chr3 (1626) 6650 901.2 0
CCDS46776.1 TOP2B gene_id:7155|Hs108|chr3 (1621) 6648 901.0 0
>>CCDS45672.1 TOP2A gene_id:7153|Hs108|chr17 (1531 aa)
initn: 10077 init1: 10077 opt: 10077 Z-score: 7272.1 bits: 1358.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 10077; 100.0% identity (100.0% similar) in 1531 aa overlap (1-1531:1-1531)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MEVSPLQPVNENMQVNKIKKNEDAKKRLSVERIYQKKTQLEHILLRPDTYIGSVELVTQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MEVSPLQPVNENMQVNKIKKNEDAKKRLSVERIYQKKTQLEHILLRPDTYIGSVELVTQQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 MWVYDEDVGINYREVTFVPGLYKIFDEILVNAADNKQRDPKMSCIRVTIDPENNLISIWN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MWVYDEDVGINYREVTFVPGLYKIFDEILVNAADNKQRDPKMSCIRVTIDPENNLISIWN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 NGKGIPVVEHKVEKMYVPALIFGQLLTSSNYDDDEKKVTGGRNGYGAKLCNIFSTKFTVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 NGKGIPVVEHKVEKMYVPALIFGQLLTSSNYDDDEKKVTGGRNGYGAKLCNIFSTKFTVE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 TASREYKKMFKQTWMDNMGRAGEMELKPFNGEDYTCITFQPDLSKFKMQSLDKDIVALMV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TASREYKKMFKQTWMDNMGRAGEMELKPFNGEDYTCITFQPDLSKFKMQSLDKDIVALMV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 RRAYDIAGSTKDVKVFLNGNKLPVKGFRSYVDMYLKDKLDETGNSLKVIHEQVNHRWEVC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RRAYDIAGSTKDVKVFLNGNKLPVKGFRSYVDMYLKDKLDETGNSLKVIHEQVNHRWEVC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 LTMSEKGFQQISFVNSIATSKGGRHVDYVADQIVTKLVDVVKKKNKGGVAVKAHQVKNHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LTMSEKGFQQISFVNSIATSKGGRHVDYVADQIVTKLVDVVKKKNKGGVAVKAHQVKNHM
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 WIFVNALIENPTFDSQTKENMTLQPKSFGSTCQLSEKFIKAAIGCGIVESILNWVKFKAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 WIFVNALIENPTFDSQTKENMTLQPKSFGSTCQLSEKFIKAAIGCGIVESILNWVKFKAQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 VQLNKKCSAVKHNRIKGIPKLDDANDAGGRNSTECTLILTEGDSAKTLAVSGLGVVGRDK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 VQLNKKCSAVKHNRIKGIPKLDDANDAGGRNSTECTLILTEGDSAKTLAVSGLGVVGRDK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 YGVFPLRGKILNVREASHKQIMENAEINNIIKIVGLQYKKNYEDEDSLKTLRYGKIMIMT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 YGVFPLRGKILNVREASHKQIMENAEINNIIKIVGLQYKKNYEDEDSLKTLRYGKIMIMT
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE0 DQDQDGSHIKGLLINFIHHNWPSLLRHRFLEEFITPIVKVSKNKQEMAFYSLPEFEEWKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DQDQDGSHIKGLLINFIHHNWPSLLRHRFLEEFITPIVKVSKNKQEMAFYSLPEFEEWKS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE0 STPNHKKWKVKYYKGLGTSTSKEAKEYFADMKRHRIQFKYSGPEDDAAISLAFSKKQIDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 STPNHKKWKVKYYKGLGTSTSKEAKEYFADMKRHRIQFKYSGPEDDAAISLAFSKKQIDD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE0 RKEWLTNFMEDRRQRKLLGLPEDYLYGQTTTYLTYNDFINKELILFSNSDNERSIPSMVD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RKEWLTNFMEDRRQRKLLGLPEDYLYGQTTTYLTYNDFINKELILFSNSDNERSIPSMVD
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE0 GLKPGQRKVLFTCFKRNDKREVKVAQLAGSVAEMSSYHHGEMSLMMTIINLAQNFVGSNN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GLKPGQRKVLFTCFKRNDKREVKVAQLAGSVAEMSSYHHGEMSLMMTIINLAQNFVGSNN
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE0 LNLLQPIGQFGTRLHGGKDSASPRYIFTMLSSLARLLFPPKDDHTLKFLYDDNQRVEPEW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LNLLQPIGQFGTRLHGGKDSASPRYIFTMLSSLARLLFPPKDDHTLKFLYDDNQRVEPEW
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE0 YIPIIPMVLINGAEGIGTGWSCKIPNFDVREIVNNIRRLMDGEEPLPMLPSYKNFKGTIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 YIPIIPMVLINGAEGIGTGWSCKIPNFDVREIVNNIRRLMDGEEPLPMLPSYKNFKGTIE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE0 ELAPNQYVISGEVAILNSTTIEISELPVRTWTQTYKEQVLEPMLNGTEKTPPLITDYREY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ELAPNQYVISGEVAILNSTTIEISELPVRTWTQTYKEQVLEPMLNGTEKTPPLITDYREY
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE0 HTDTTVKFVVKMTEEKLAEAERVGLHKVFKLQTSLTCNSMVLFDHVGCLKKYDTVLDILR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 HTDTTVKFVVKMTEEKLAEAERVGLHKVFKLQTSLTCNSMVLFDHVGCLKKYDTVLDILR
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE0 DFFELRLKYYGLRKEWLLGMLGAESAKLNNQARFILEKIDGKIIIENKPKKELIKVLIQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DFFELRLKYYGLRKEWLLGMLGAESAKLNNQARFILEKIDGKIIIENKPKKELIKVLIQR
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE0 GYDSDPVKAWKEAQQKVPDEEENEESDNEKETEKSDSVTDSGPTFNYLLDMPLWYLTKEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GYDSDPVKAWKEAQQKVPDEEENEESDNEKETEKSDSVTDSGPTFNYLLDMPLWYLTKEK
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KE0 KDELCRLRNEKEQELDTLKRKSPSDLWKEDLATFIEELEAVEAKEKQDEQVGLPGKGGKA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KDELCRLRNEKEQELDTLKRKSPSDLWKEDLATFIEELEAVEAKEKQDEQVGLPGKGGKA
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KE0 KGKKTQMAEVLPSPRGQRVIPRITIEMKAEAEKKNKKKIKNENTEGSPQEDGVELEGLKQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KGKKTQMAEVLPSPRGQRVIPRITIEMKAEAEKKNKKKIKNENTEGSPQEDGVELEGLKQ
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KE0 RLEKKQKREPGTKTKKQTTLAFKPIKKGKKRNPWSDSESDRSSDESNFDVPPRETEPRRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RLEKKQKREPGTKTKKQTTLAFKPIKKGKKRNPWSDSESDRSSDESNFDVPPRETEPRRA
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KE0 ATKTKFTMDLDSDEDFSDFDEKTDDEDFVPSDASPPKTKTSPKLSNKELKPQKSVVSDLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ATKTKFTMDLDSDEDFSDFDEKTDDEDFVPSDASPPKTKTSPKLSNKELKPQKSVVSDLE
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KE0 ADDVKGSVPLSSSPPATHFPDETEITNPVPKKNVTVKKTAAKSQSSTSTTGAKKRAAPKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 ADDVKGSVPLSSSPPATHFPDETEITNPVPKKNVTVKKTAAKSQSSTSTTGAKKRAAPKG
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KE0 TKRDPALNSGVSQKPDPAKTKNRRKRKPSTSDDSDSNFEKIVSKAVTSKKSKGESDDFHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TKRDPALNSGVSQKPDPAKTKNRRKRKPSTSDDSDSNFEKIVSKAVTSKKSKGESDDFHM
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530
pF1KE0 DFDSAVAPRAKSVRAKKPIKYLEESDEDDLF
:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 DFDSAVAPRAKSVRAKKPIKYLEESDEDDLF
1510 1520 1530
>>CCDS82746.1 TOP2B gene_id:7155|Hs108|chr3 (1626 aa)
initn: 6509 init1: 6179 opt: 6650 Z-score: 4801.4 bits: 901.2 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6939; 69.3% identity (84.4% similar) in 1568 aa overlap (14-1503:28-1584)
10 20 30
pF1KE0 MEVSPLQPVNENMQVNKIKKNE-------DAKKRLSVERIYQKKTQ
: : ::.: :..:.:::::.::::::
CCDS82 MAKSGGCGAGAGVGGGNGALTWVTLFDQNNAAKKEESETANKNDSSKKLSVERVYQKKTQ
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 LEHILLRPDTYIGSVELVTQQMWVYDEDVGINYREVTFVPGLYKIFDEILVNAADNKQRD
:::::::::::::::: .:: :::::::::.: :::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 LEHILLRPDTYIGSVEPLTQFMWVYDEDVGMNCREVTFVPGLYKIFDEILVNAADNKQRD
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 PKMSCIRVTIDPENNLISIWNNGKGIPVVEHKVEKMYVPALIFGQLLTSSNYDDDEKKVT
.:.::.:.::::.:.:::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS82 KNMTCIKVSIDPESNIISIWNNGKGIPVVEHKVEKVYVPALIFGQLLTSSNYDDDEKKVT
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 GGRNGYGAKLCNIFSTKFTVETASREYKKMFKQTWMDNMGRAGEMELKPFNGEDYTCITF
::::::::::::::::::::::: .:::. ::::::.:: ...: ..: :.:::::::::
CCDS82 GGRNGYGAKLCNIFSTKFTVETACKEYKHSFKQTWMNNMMKTSEAKIKHFDGEDYTCITF
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 QPDLSKFKMQSLDKDIVALMVRRAYDIAGSTKDVKVFLNGNKLPVKGFRSYVDMYLKDKL
:::::::::..:::::::::.:::::.::: . :::..::.::::.:::::::.:.::::
CCDS82 QPDLSKFKMEKLDKDIVALMTRRAYDLAGSCRGVKVMFNGKKLPVNGFRSYVDLYVKDKL
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 DETGNSLKVIHEQVNHRWEVCLTMSEKGFQQISFVNSIATSKGGRHVDYVADQIVTKLVD
:::: .:::::: .:.::.::::.::::::::::::::::.:::::::::.::.: ::..
CCDS82 DETGVALKVIHELANERWDVCLTLSEKGFQQISFVNSIATTKGGRHVDYVVDQVVGKLIE
310 320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 VVKKKNKGGVAVKAHQVKNHMWIFVNALIENPTFDSQTKENMTLQPKSFGSTCQLSEKFI
:::::::.::.:: :::::.:.:.: :::::::::::::::::::::::: :::::::.
CCDS82 VVKKKNKAGVSVKPFQVKNHIWVFINCLIENPTFDSQTKENMTLQPKSFGSKCQLSEKFF
370 380 390 400 410 420
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 KAAIGCGIVESILNWVKFKAQVQLNKKCSAVKHNRIKGIPKLDDANDAGGRNSTECTLIL
::: .::::::::::::::::.:::::::.::...:::::::::::::::..: ::::::
CCDS82 KAASNCGIVESILNWVKFKAQTQLNKKCSSVKYSKIKGIPKLDDANDAGGKHSLECTLIL
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490 500 510
pF1KE0 TEGDSAKTLAVSGLGVVGRDKYGVFPLRGKILNVREASHKQIMENAEINNIIKIVGLQYK
:::::::.::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 TEGDSAKSLAVSGLGVIGRDRYGVFPLRGKILNVREASHKQIMENAEINNIIKIVGLQYK
490 500 510 520 530 540
520 530 540 550 560 570
pF1KE0 KNYEDEDSLKTLRYGKIMIMTDQDQDGSHIKGLLINFIHHNWPSLLRHRFLEEFITPIVK
:.:.: .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :::::::::::
CCDS82 KSYDDAESLKTLRYGKIMIMTDQDQDGSHIKGLLINFIHHNWPSLLKHGFLEEFITPIVK
550 560 570 580 590 600
580 590 600 610 620 630
pF1KE0 VSKNKQEMAFYSLPEFEEWKSSTPNHKKWKVKYYKGLGTSTSKEAKEYFADMKRHRIQFK
.::::::..:::.:::.:::. :.: ::.::::::::::.::::::::::.:::: :.
CCDS82 ASKNKQELSFYSIPEFDEWKKHIENQKAWKIKYYKGLGTSTAKEAKEYFADMERHRILFR
610 620 630 640 650 660
640 650 660 670 680 690
pF1KE0 YSGPEDDAAISLAFSKKQIDDRKEWLTNFMEDRRQRKLLGLPEDYLYGQTTTYLTYNDFI
:.::::::::.::::::.::::::::::::::::::.: ::::..::: .: .:::::::
CCDS82 YAGPEDDAAITLAFSKKKIDDRKEWLTNFMEDRRQRRLHGLPEQFLYGTATKHLTYNDFI
670 680 690 700 710 720
700 710 720 730 740 750
pF1KE0 NKELILFSNSDNERSIPSMVDGLKPGQRKVLFTCFKRNDKREVKVAQLAGSVAEMSSYHH
::::::::::::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::.:::
CCDS82 NKELILFSNSDNERSIPSLVDGFKPGQRKVLFTCFKRNDKREVKVAQLAGSVAEMSAYHH
730 740 750 760 770 780
760 770 780 790 800 810
pF1KE0 GEMSLMMTIINLAQNFVGSNNLNLLQPIGQFGTRLHGGKDSASPRYIFTMLSSLARLLFP
::..:::::.:::::::::::.::::::::::::::::::.:::::::::::.:::::::
CCDS82 GEQALMMTIVNLAQNFVGSNNINLLQPIGQFGTRLHGGKDAASPRYIFTMLSTLARLLFP
790 800 810 820 830 840
820 830 840 850 860 870
pF1KE0 PKDDHTLKFLYDDNQRVEPEWYIPIIPMVLINGAEGIGTGWSCKIPNFDVREIVNNIRRL
::. :::::::::::::::::::::::::::::::::::.::.::.:.::::::.::.
CCDS82 AVDDNLLKFLYDDNQRVEPEWYIPIIPMVLINGAEGIGTGWACKLPNYDAREIVNNVRRM
850 860 870 880 890 900
880 890 900 910 920 930
pF1KE0 MDGEEPLPMLPSYKNFKGTIEELAPNQYVISGEVAILNSTTIEISELPVRTWTQTYKEQV
.:: .: ::::.::::::::.::. :::..:::. ... .:.::.:::::::::.:::::
CCDS82 LDGLDPHPMLPNYKNFKGTIQELGQNQYAVSGEIFVVDRNTVEITELPVRTWTQVYKEQV
910 920 930 940 950 960
940 950 960 970 980 990
pF1KE0 LEPMLNGTEKTPPLITDYREYHTDTTVKFVVKMTEEKLAEAERVGLHKVFKLQTSLTCNS
::::::::.::: ::.::.::::::::::::::::::::.:: .::::::::::.:::::
CCDS82 LEPMLNGTDKTPALISDYKEYHTDTTVKFVVKMTEEKLAQAEAAGLHKVFKLQTTLTCNS
970 980 990 1000 1010 1020
1000 1010 1020 1030 1040 1050
pF1KE0 MVLFDHVGCLKKYDTVLDILRDFFELRLKYYGLRKEWLLGMLGAESAKLNNQARFILEKI
::::::.::::::.:: :::..::.:::.:::::::::.:::::::.:::::::::::::
CCDS82 MVLFDHMGCLKKYETVQDILKEFFDLRLSYYGLRKEWLVGMLGAESTKLNNQARFILEKI
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1060 1070 1080 1090 1100 1110
pF1KE0 DGKIIIENKPKKELIKVLIQRGYDSDPVKAWKEAQQKVPDEEENEESDNEKETEKSDSVT
.::: :::. ::.::..:.::::.:::::::::::.:. .: .:..:... .::: :
CCDS82 QGKITIENRSKKDLIQMLVQRGYESDPVKAWKEAQEKAAEE---DETQNQHDDSSSDSGT
1090 1100 1110 1120 1130
1120 1130 1140 1150 1160 1170
pF1KE0 DSGPTFNYLLDMPLWYLTKEKKDELCRLRNEKEQELDTLKRKSPSDLWKEDLATFIEELE
::: :::.:.: :: ::::: .:: . :. : .:.. :::::::::::::::.:.:::.
CCDS82 PSGPDFNYILNMSLWSLTKEKVEELIKQRDAKGREVNDLKRKSPSDLWKEDLAAFVEELD
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1180 1190 1200 1210 1220 1230
pF1KE0 AVEAKEKQDEQVGLPGKG-----GKAKGKKTQMAEVLPSPRGQRVIPRITIEMKAEAEKK
::..:..: .:. ::. :: : :: :. :..::: :.:.::.:: :::.: ::
CCDS82 KVESQEREDVLAGMSGKAIKGKVGKPKVKKLQLEETMPSPYGRRIIPEITA-MKADASKK
1200 1210 1220 1230 1240 1250
1240 1250 1260 1270
pF1KE0 NKKKIK------------NENTEGSPQEDGVELEGLKQRLE-------KKQKREPGTKTK
:: : .:. :.: : :. :.: . :..:.::::...
CCDS82 LLKKKKGDLDTAAVKVEFDEEFSGAPVE-GAGEEALTPSVPINKGPKPKREKKEPGTRVR
1260 1270 1280 1290 1300 1310
1280 1290 1300 1310 1320 1330
pF1KE0 KQTTLAFKP-IKKGKKRNPWSDSESDRSSD--ESNFDVPPRETEPRRAAT-KTKFTMDL-
: : . :: :: ::::::::.:: :: :.. : ::.. ::::. . :.:.:.
CCDS82 KTPTSSGKPSAKKVKKRNPWSDDESKSESDLEETEPVVIPRDSLLRRAAAERPKYTFDFS
1320 1330 1340 1350 1360 1370
1340 1350 1360
pF1KE0 --------DSDEDFSDFDE--------KTDDED-FVPSDA--------SPPKTKTSPKLS
:.:.: .:..: .: :: :::::. :: :.:..:. :
CCDS82 EEEDDDADDDDDDNNDLEELKVKASPITNDGEDEFVPSDGLDKDEYTFSPGKSKATPEKS
1380 1390 1400 1410 1420 1430
1370 1380 1390 1400 1410
pF1KE0 NKELKPQK--SVVS----DLEADDVKGSVPLSSSPPATHFPDETEI--TNPVPKKNVTVK
.. : : .. : . ...: ... . :. : . :. ::.:.:
CCDS82 LHDKKSQDFGNLFSFPSYSQKSEDDSAKFDSNEEDSASVFSPSFGLKQTDKVPSKTV---
1440 1450 1460 1470 1480 1490
1420 1430 1440 1450 1460
pF1KE0 KTAAKSQSSTSTTGAKKRAAPKGTKRDPALNS------GVSQKPDPAKTKNR--RKRKPS
:::. . .: : : . ::: : :.:: :. .: : :.: .::: :
CCDS82 --AAKKGKPSSDTVPKPKRAPKQKKVVEAVNSDSDSEFGIPKKTTTPKGKGRGAKKRKAS
1500 1510 1520 1530 1540 1550
1470 1480 1490 1500 1510 1520
pF1KE0 TSDD-SDSNFEKIVSKAVTSKKSKGESDDFHMDFDSAVAPRAKSVRAKKPIKYLEESDED
:.. .: : . .::. :::: : : : : :
CCDS82 GSENEGDYNPGRKTSKT-TSKKPKKTSFDQDSDVDIFPSDFPTEPPSLPRTGRARKEVKY
1560 1570 1580 1590 1600
1530
pF1KE0 DLF
CCDS82 FAESDEEEDDVDFAMFN
1610 1620
>>CCDS46776.1 TOP2B gene_id:7155|Hs108|chr3 (1621 aa)
initn: 6509 init1: 6179 opt: 6648 Z-score: 4800.0 bits: 901.0 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 6937; 69.6% identity (84.8% similar) in 1555 aa overlap (20-1503:37-1579)
10 20 30 40
pF1KE0 MEVSPLQPVNENMQVNKIKKNEDAKKRLSVERIYQKKTQLEHILLRPDT
:: :..:.:::::.::::::::::::::::
CCDS46 CGAGAGVGGGNGALTWVNNAAKKEESETANKN-DSSKKLSVERVYQKKTQLEHILLRPDT
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 YIGSVELVTQQMWVYDEDVGINYREVTFVPGLYKIFDEILVNAADNKQRDPKMSCIRVTI
:::::: .:: :::::::::.: ::::::::::::::::::::::::::: .:.::.:.:
CCDS46 YIGSVEPLTQFMWVYDEDVGMNCREVTFVPGLYKIFDEILVNAADNKQRDKNMTCIKVSI
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 DPENNLISIWNNGKGIPVVEHKVEKMYVPALIFGQLLTSSNYDDDEKKVTGGRNGYGAKL
:::.:.:::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 DPESNIISIWNNGKGIPVVEHKVEKVYVPALIFGQLLTSSNYDDDEKKVTGGRNGYGAKL
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 CNIFSTKFTVETASREYKKMFKQTWMDNMGRAGEMELKPFNGEDYTCITFQPDLSKFKMQ
::::::::::::: .:::. ::::::.:: ...: ..: :.::::::::::::::::::.
CCDS46 CNIFSTKFTVETACKEYKHSFKQTWMNNMMKTSEAKIKHFDGEDYTCITFQPDLSKFKME
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 SLDKDIVALMVRRAYDIAGSTKDVKVFLNGNKLPVKGFRSYVDMYLKDKLDETGNSLKVI
.:::::::::.:::::.::: . :::..::.::::.:::::::.:.:::::::: .::::
CCDS46 KLDKDIVALMTRRAYDLAGSCRGVKVMFNGKKLPVNGFRSYVDLYVKDKLDETGVALKVI
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 HEQVNHRWEVCLTMSEKGFQQISFVNSIATSKGGRHVDYVADQIVTKLVDVVKKKNKGGV
:: .:.::.::::.::::::::::::::::.:::::::::.::.: ::..:::::::.::
CCDS46 HELANERWDVCLTLSEKGFQQISFVNSIATTKGGRHVDYVVDQVVGKLIEVVKKKNKAGV
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 AVKAHQVKNHMWIFVNALIENPTFDSQTKENMTLQPKSFGSTCQLSEKFIKAAIGCGIVE
.:: :::::.:.:.: :::::::::::::::::::::::: :::::::.::: .:::::
CCDS46 SVKPFQVKNHIWVFINCLIENPTFDSQTKENMTLQPKSFGSKCQLSEKFFKAASNCGIVE
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 SILNWVKFKAQVQLNKKCSAVKHNRIKGIPKLDDANDAGGRNSTECTLILTEGDSAKTLA
:::::::::::.:::::::.::...:::::::::::::::..: :::::::::::::.::
CCDS46 SILNWVKFKAQTQLNKKCSSVKYSKIKGIPKLDDANDAGGKHSLECTLILTEGDSAKSLA
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 VSGLGVVGRDKYGVFPLRGKILNVREASHKQIMENAEINNIIKIVGLQYKKNYEDEDSLK
::::::.:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.: .:::
CCDS46 VSGLGVIGRDRYGVFPLRGKILNVREASHKQIMENAEINNIIKIVGLQYKKSYDDAESLK
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KE0 TLRYGKIMIMTDQDQDGSHIKGLLINFIHHNWPSLLRHRFLEEFITPIVKVSKNKQEMAF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :::::::::::.::::::..:
CCDS46 TLRYGKIMIMTDQDQDGSHIKGLLINFIHHNWPSLLKHGFLEEFITPIVKASKNKQELSF
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KE0 YSLPEFEEWKSSTPNHKKWKVKYYKGLGTSTSKEAKEYFADMKRHRIQFKYSGPEDDAAI
::.:::.:::. :.: ::.::::::::::.::::::::::.:::: :.:.::::::::
CCDS46 YSIPEFDEWKKHIENQKAWKIKYYKGLGTSTAKEAKEYFADMERHRILFRYAGPEDDAAI
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690 700
pF1KE0 SLAFSKKQIDDRKEWLTNFMEDRRQRKLLGLPEDYLYGQTTTYLTYNDFINKELILFSNS
.::::::.::::::::::::::::::.: ::::..::: .: .:::::::::::::::::
CCDS46 TLAFSKKKIDDRKEWLTNFMEDRRQRRLHGLPEQFLYGTATKHLTYNDFINKELILFSNS
670 680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
pF1KE0 DNERSIPSMVDGLKPGQRKVLFTCFKRNDKREVKVAQLAGSVAEMSSYHHGEMSLMMTII
::::::::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::..:::::.
CCDS46 DNERSIPSLVDGFKPGQRKVLFTCFKRNDKREVKVAQLAGSVAEMSAYHHGEQALMMTIV
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KE0 NLAQNFVGSNNLNLLQPIGQFGTRLHGGKDSASPRYIFTMLSSLARLLFPPKDDHTLKFL
:::::::::::.::::::::::::::::::.:::::::::::.::::::: ::. ::::
CCDS46 NLAQNFVGSNNINLLQPIGQFGTRLHGGKDAASPRYIFTMLSTLARLLFPAVDDNLLKFL
790 800 810 820 830 840
830 840 850 860 870 880
pF1KE0 YDDNQRVEPEWYIPIIPMVLINGAEGIGTGWSCKIPNFDVREIVNNIRRLMDGEEPLPML
:::::::::::::::::::::::::::::::.::.::.:.::::::.::..:: .: :::
CCDS46 YDDNQRVEPEWYIPIIPMVLINGAEGIGTGWACKLPNYDAREIVNNVRRMLDGLDPHPML
850 860 870 880 890 900
890 900 910 920 930 940
pF1KE0 PSYKNFKGTIEELAPNQYVISGEVAILNSTTIEISELPVRTWTQTYKEQVLEPMLNGTEK
:.::::::::.::. :::..:::. ... .:.::.:::::::::.:::::::::::::.:
CCDS46 PNYKNFKGTIQELGQNQYAVSGEIFVVDRNTVEITELPVRTWTQVYKEQVLEPMLNGTDK
910 920 930 940 950 960
950 960 970 980 990 1000
pF1KE0 TPPLITDYREYHTDTTVKFVVKMTEEKLAEAERVGLHKVFKLQTSLTCNSMVLFDHVGCL
:: ::.::.::::::::::::::::::::.:: .::::::::::.:::::::::::.:::
CCDS46 TPALISDYKEYHTDTTVKFVVKMTEEKLAQAEAAGLHKVFKLQTTLTCNSMVLFDHMGCL
970 980 990 1000 1010 1020
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KE0 KKYDTVLDILRDFFELRLKYYGLRKEWLLGMLGAESAKLNNQARFILEKIDGKIIIENKP
:::.:: :::..::.:::.:::::::::.:::::::.:::::::::::::.::: :::.
CCDS46 KKYETVQDILKEFFDLRLSYYGLRKEWLVGMLGAESTKLNNQARFILEKIQGKITIENRS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KE0 KKELIKVLIQRGYDSDPVKAWKEAQQKVPDEEENEESDNEKETEKSDSVTDSGPTFNYLL
::.::..:.::::.:::::::::::.:. .:.: ..:... .::: : ::: :::.:
CCDS46 KKDLIQMLVQRGYESDPVKAWKEAQEKAAEEDE---TQNQHDDSSSDSGTPSGPDFNYIL
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KE0 DMPLWYLTKEKKDELCRLRNEKEQELDTLKRKSPSDLWKEDLATFIEELEAVEAKEKQDE
.: :: ::::: .:: . :. : .:.. :::::::::::::::.:.:::. ::..:..:
CCDS46 NMSLWSLTKEKVEELIKQRDAKGREVNDLKRKSPSDLWKEDLAAFVEELDKVESQEREDV
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1190 1200 1210 1220 1230 1240
pF1KE0 QVGLPGKG-----GKAKGKKTQMAEVLPSPRGQRVIPRITIEMKAEAEKKNKKKIK----
.:. ::. :: : :: :. :..::: :.:.::.:: :::.: :: :: :
CCDS46 LAGMSGKAIKGKVGKPKVKKLQLEETMPSPYGRRIIPEITA-MKADASKKLLKKKKGDLD
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1250 1260 1270 1280
pF1KE0 --------NENTEGSPQEDGVELEGLKQRLE-------KKQKREPGTKTKKQTTLAFKP-
.:. :.: : :. :.: . :..:.::::...: : . ::
CCDS46 TAAVKVEFDEEFSGAPVE-GAGEEALTPSVPINKGPKPKREKKEPGTRVRKTPTSSGKPS
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1290 1300 1310 1320 1330
pF1KE0 IKKGKKRNPWSDSESDRSSD--ESNFDVPPRETEPRRAAT-KTKFTMDL---------DS
:: ::::::::.:: :: :.. : ::.. ::::. . :.:.:. :.
CCDS46 AKKVKKRNPWSDDESKSESDLEETEPVVIPRDSLLRRAAAERPKYTFDFSEEEDDDADDD
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1340 1350 1360 1370
pF1KE0 DEDFSDFDE--------KTDDED-FVPSDA--------SPPKTKTSPKLSNKELKPQK--
:.: .:..: .: :: :::::. :: :.:..:. : .. : :
CCDS46 DDDNNDLEELKVKASPITNDGEDEFVPSDGLDKDEYTFSPGKSKATPEKSLHDKKSQDFG
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1380 1390 1400 1410 1420
pF1KE0 SVVS----DLEADDVKGSVPLSSSPPATHFPDETEI--TNPVPKKNVTVKKTAAKSQSST
.. : . ...: ... . :. : . :. ::.:.: :::. . .
CCDS46 NLFSFPSYSQKSEDDSAKFDSNEEDSASVFSPSFGLKQTDKVPSKTV-----AAKKGKPS
1450 1460 1470 1480 1490
1430 1440 1450 1460 1470
pF1KE0 STTGAKKRAAPKGTKRDPALNS------GVSQKPDPAKTKNR--RKRKPSTSDD-SDSNF
: : : . ::: : :.:: :. .: : :.: .::: : :.. .: :
CCDS46 SDTVPKPKRAPKQKKVVEAVNSDSDSEFGIPKKTTTPKGKGRGAKKRKASGSENEGDYNP
1500 1510 1520 1530 1540 1550
1480 1490 1500 1510 1520 1530
pF1KE0 EKIVSKAVTSKKSKGESDDFHMDFDSAVAPRAKSVRAKKPIKYLEESDEDDLF
. .::. :::: : : : : :
CCDS46 GRKTSKT-TSKKPKKTSFDQDSDVDIFPSDFPTEPPSLPRTGRARKEVKYFAESDEEEDD
1560 1570 1580 1590 1600 1610
1531 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sun Nov 6 10:39:26 2016 done: Sun Nov 6 10:39:26 2016
Total Scan time: 4.920 Total Display time: 0.360
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]